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Genmica en plantas
Por qu?
Vamos a ver cules son las razones de secuenciar el genoma de las plantas,
que son bsicamente las misma que habamos visto para los animales:
1. Las razones econmicas (alimentacin). Tendremos unas plantas
con inters econmico y se realizan tpicamente estudios similares a
los de los animales. La aproximacin terica y de concepto es muy
similar a las ya vistas.
2. La siguiente razn es la generacin de frmacos. Las plantas se
pueden transformar y modificar genticamente de forma ms sencilla
que los animales y la tecnologa para este proceso ya era conocida.
Hay muchos frmacos que tienen su origen en las plantas, frmacos
que tienen que ver con el tratamiento del cncer. Son especies
difciles de cultivar que si se conocen los genes, estos se podran
trasladas a plantas ms fciles de cultivar
3. Y por ltimo tendramos el aspecto de la evolucin de las distintas
especies y la posibilidad de comparacin.
Modelo vegetal
Cuando hablemos de las plantas hablaremos primero del modelo vegetal
por excelencia, que es Arabidopsis thaliana.
Arabidopsis respecto a las plantas con las que trabajamos (como la patata)
tiene muchas similitudes. Arabidopsis tiene ciertas ventajas que la
convierten en el modelo idneo:
1. Es pequea, por lo que se pueden tener miles en un invernadero.
2. Es fcil de crecer sin requerimientos especficos.
3. Es hermafrodita de forma que se puede auto-fecundar, y as obtener
clones, lneas puras y que sean todas iguales genticamente a la
lnea parental.
4. Pertenece a la familia Brassica.(*dato mo: Este gnero se destaca
por incluir muchas especies cultivadas importantes en agricultura y
horticultura.Debido a su importancia agrcola, las brassica tienen
mucho inters cientfico).
5. Adems tiene un ciclo de vida corto, de 6 a 8 semanas en el
laboratorio. Esto supone la ventaja de que en un ao podemos tener
muchsimas generaciones.
Tiene una distribucin en todos los pases del mundo, muy extensa, y
adems tiene un panel de 300 genotipos de distintos a travs del mundo.
Es un panel estndar para poder ver situaciones de estrs frente a distintos
nutrientes y ver cules de los paneles funcionan mejor. Todos pueden
utilizar dicho panel y as los datos son comparables entre pases porque se
utiliza la misma planta genticamente hablando.
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Genoma de plantas
Otra de las ventajas de Arabidopsis es que tiene un genoma pequeo,
haciendo el anlisis ms barato. Si comparamos su genoma con el de
humano si es pequeo, pero comparado con el trigo es muy muy pequeo,
de forma que el anlisis va a ser ms sencillo en esta planta.
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Sabemos que son secuencias que se expresan porque son secuencias que
aparecen a nivel de RNA mensajero. Si secuenciamos el RNA mensajero
sabremos que secuencias se expresan. El transcriptoma tiene susproblemas,
porque no todos los genes se transcriben en los mismos momentos y en los
mismos tejidos. La planta en cuanto a tejidos es mucho ms sencilla que los
animales, porque tiene tallo, races y hojas, por lo que hacer un anlisis en
cuanto a transcriptoma puede ser buena idea. Se realizan algunas lecturas
para ver que en el transcriptoma estn los complementarios de los genes.
Debajo tenemos los transposones, los TE, que hacen que el genoma est
lleno de DNA basura. Los transposones se localizan de la siguiente manera:
si encontramos una misma secuencia en 18 lugares distintos de un
cromosoma, lo ms probable es que sean copias, pero si est un milln de
veces no sern copias sino elementos transponibles, es el hecho de ser
repetitivos. Al ser tan elevados en plantas, estos transposones favorecen la
recombnacin y la aparicin de individuos poliploides. Y luego tenemos el
RNA.
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Otras especies, sin duplicar
el genoma completo (n),
tienen duplicaciones dentro
del mismo cromosoma o en
cromosomas distintos. As la
mayor parte de las plantes
tienen duplicaciones totales
o parciales del genoma, y
pueden tener la misma
secuencia en dos
cromosomas distintos. Esto
dificulta a la hora de secuenciar el genoma. Vemos que muchas partes en
este ejemplo estn secuenciadas.
En las plantas, las duplicaciones son un proceso muy abundante, lo que
hace que el anlisis de los genomas, ensamblar y ver cuntos genes hay, se
complique mucho, porque ver el mismo gen tres veces puede ser que
tenemos 3 alelos del mismo gen (3n) o el mismo gen tres veces en distintas
partes del cromosoma. Es un procesos clave que se da en casi todo tipo de
plantas, todos los genes se encuentran agrupados en familias de al menos 5
integrantes.
ARABIDOPSIS CONTIENE 41 FAMILIAS DE GENES DESCRITOS
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En la imagen podemos observar el anlisis
funcional del genoma de Arabidopsis y lo
primero que se vio es que haba muchos genes
relacionados con el metabolismo y la
transcripcin. Genes relacionados con la
divisin celular y la defensa, pero todava hay
muchsimas secuencias con aspecto de gen
que no sabemos si son genes o no ni sabemos
que es lo que hacen.
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Adems las duplicaciones son de ms de 100.000 bases
(100kb), que constituyen aproximadamente el 60% del genoma
de Arabidopsis.
No son tetraploides porque solo tienen 2 juegos de
cromosomas pero presenta un proceso de ploidizacin
mediante la duplicacin de segmentos.
Solo el 35% de los genes de Arabidopsis son nicos,
mientras que el 38% pertenecen a familias de ms de
cinco miembros
En la evolucin siempre se ha dado un proceso de duplicacin y divergencia,
ya que si la acumulacin de mutaciones hiciera que una copia no funcionase
tendramos otra copia funcional, pero adems las copias nuevas pueden
obtener nuevas funciones. Esto hace que tengamos que consumir ms
recursos para duplicar un genoma ms grande en las divisiones, pero el
balance parece que es eficiente, es decir, merece la pena esta estrategia.
Agricultura y genmica
BACKGROUND
La revolucin verde fue cuando se dej de usar tanto pesticida en el
momento en el que la qumica entr en la agricultura mediante herbicidas,
fosfatos, fertilizantes. Esto hizo que la cantidad de produccin de las tierras
modificara el periodo de rotacin de las tierras, ya que aadan los
fertilizantes y ya no haca falta rotar los cultivos. Eso mataba todo el
ecosistema de ese medio.
As, la agricultura utiliz la genmica para realizar la revolucin verde. La
revolucin verde se produjo principalmente porque se produjo una explosin
en la poblacin, existiendo una malnutricin de 7 billones y 800 millones de
personas.
Esta revolucin ha permitido que la produccin pudiera seguir adelante,
evitando este proceso de adicin de qumicos. Se tiende a una mejora en la
que no todo reside en la qumica sino que pretenden hacer que la propia
planta sea resistente en vez de aadir pesticida. La situacin en este punto
es que nos interesa conocer qu caractersticas de las plantas son las que
van a tener un efecto en el rendimiento econmico, tanto en la produccin
de frutos como en la resistencia, como en el crecimiento. La tasa de
fecundacin de plantas tradicional era lenta, por lo que se pretenda
identificar genes para caracteres que fueran tiles y poder relacionar estos
caracteres mediante mapas genticos y fsicos y realizar estrategias de
genoma completo. As se pudo mejorar la cadena alimenticia y la seguridad
en cuanto a patgenos.
PROYECTOS DE SECUENCIACIN RELACIONADOS CON LA AGRICULTURA
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Raramente son caracteres monognicos
As volvemos a los anlisis de QTLS (Quantitative Trait Loci),
caractersticas cuantitativas que presentan las plantas y que
nos proporcionaban una ventaja, es el mismo concepto que en
animales.
La secuencia de DNA:
Presenta algunos problemas debido al tamao del genoma
Por lo tanto se utilizan relaciones sintticas
Se utilizan los ESTs
Los genes pueden ser manipulados, tanto por fecundacin como por
ingeniera gentica, para eliminar caracteres deletreos y mejorar los
caracteres deseados.
El problema en este caso es que para encontrar unas caractersticas
especficas tendremos que secuenciar muchas cosas que no son
informativas. Si conocemos las caractersticas importantes se pueden
modificar, porque la generacin de organismos transgnicos en plantas es
relativamente sencillo.
ANIMALES DE GRANJA Y P ATGENOS
Hay otros procesos ms de plantas que estn relacionados con la
agricultura, que son las plantas para el consumo y con el estudio de
patgenos.
SECUENCIACIN DE GENOMAS DE PLANTAS PARA CULTIVO:
As se plante la secuenciacin de otras plantas a parte de Arabidopsis, y se
comenz por el arroz por las siguientes razones:
1. Tiene importancia como cultivo ya que es la mayor fuente de
alimentacin en los pases pobres y es la principal fuente de
alimentacin para la mitad de la poblacin mundial (3 billones de
personas). Millones de personas viven del arroz como sustento de su
alimentacin .
2. Porque su demanda se ha incrementado drsticamente
3. En Asia el 80% de las caloras diarias provienen del arroz
4. Slo en Asia la demanda podra incrementarse al menos en un 35%
EL GENOMA DEL ARROZ
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El arroz tiene la ventaja de que es una
monocotiledonia. En la imagen vemos los
cromosomas que tiene comparados con el
maz y con el trigo, que es pequeo y
adems tiene pocas secuencias repetitivas
con respecto a otras plantas (no son pocas
en s mismas).
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El privado: Por Monsanto/Syngenta mediante la tecnologa shotgun.
Consiguieron la suficiente covertura que permitiera mapear ciertos
caracteres fenotpicos como el tamao de las plantas y la fertilidad.
El proyecto pblico obtuvo una cobertura de 10x utilizando dos cepas:
Indica y Japonica. As el arroz se convirti en un modelo estandar (gold
standard) para otros genomas de cereales. Lo compararon no solo con esto
sino tambin con el maz que es el sustento principal en Amrica, as como
en Europa el trigo, y se pueden utilizar microarrays de arroz en el RNA del
maz.
HECHOS ACERCA DEL GENOMA DEL ARROZ :
Tiene un tamao de 430Mbp (3,3XArabidopsis)
Tiene aproximadamente 60.000 genes
Tiene elementos repetitivos, sobre todo en regiones intergnicas,
mientras que los humanos los tenemos en intrones
Los animales utilizan el splicing alternativo y las plantas podran
utilizar la duplicacin de genes.
LOS GENOMAS DE ARABIDOPSIS Y DEL ARROZ :
No presentan grandes reas de sintena, de forma que el 80% de los genes
de Arabidopsis tiene homlogos en el arroz, pero no ocurre al revs, el 80%
de los genes del arroz no tiene homlogos en Arabidopsis. Solo el 50% de
los genes del arroz tienen homlogos en Arabidopsis. Presentan alrededor
de 150-200 millones de aos de divergencia (cambios rpidos), y adems
presentan un cambio en el uso de aminocidos.
Esto ltimo es importante porque cuando buscamos un gen traducimos las
secuencia a aminocidos, pero en el uso de aminocidos no son todos igual
de probables por lo que la presencia de unos aminocidos determinados
puede hacer que la secuencia sea ms probable de ser un gen, lo que es
importante a la hora de ensamblar.
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grande que el del trigo, y adems es ms de seis veces ms grande que el
genoma del arroz.
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El principal problema de las plantas es que el genoma es muy grande, por lo
que tenemos que utilizar otras estrategias alternativas para secuenciarlo.
Realmente TODO el genoma no nos interesa porque tiene mucho DNA
basura, tenemos que usar un mtodo ms eficiente, entre ellos tenemos
tres alternativas:
1. La secuenciacin del transcritoma
2. La secuenciacin basada en metilaciones: aquellas secuencias que
estn metiladas son regiones trascripcionalmente inactivas y en
muchos casos heterocromatina, secuencias de DNA que no tienen ni
funcin, ni relevancia, ni nada. As se plantea que usando un mtodo
de secuenciacin que solo secuencie las secuencias NO metiladas,
podemos secuenciar aquellas regiones que nos interesan. Esto se
puede hacer utilizando DNA digerido en sus regiones metiladas
mediante enzimas bacterianas, y como lo no metilado no se ha
cortado, se secuencia.
3. Otra de las estrategias es basarnos en la hibridacin: Si sabemos
unasecuencia que la tenemos millones de veces, podemos capturar
esa regin, de forma que nos quedan solo las secuencias no
repetidas.
Por otro lado, en lugar de secuenciar todo el genoma, se secuencian solo los
ESTs, con tener un fragmento suficiente para identificarlo nosvaldra para
secuenciarlo. Esto se utiliza para reducir el esfuerzo y el gasto, sin embargo
las colecciones de EST estn basadas en la sintena y las compaas
privadas no comparten la informacin.
GENMICA DE OTROS CULTIVOS DE PLANTAS
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insertamos genes de otra planta pero de la misma especie podemos
conseguir otras cosas interesantes.
Muchas de las posibilidades se plantean en el campo del conocimiento para
poder lograr organismos transgnicos. Tenemos muchas variedades de
plantas que son transgnicas y nos las comemos (lecitina de soja que suele
ser transgnica). Para realizar este tipo de
modificaciones tenemos la siguiente estrategia:
Transformacin mediada por Agrobacterium
Insercin de genes en plsmidos Ti.
Se cultiva Agrobacterium con la planta.
Se transfiere el plsmido Ti en el genoma de
la planta
Se seleccionan los transgnicos con
antibiticos.
FECUNDACIN
Tambin podemos realizar una buena seleccin
natural.
TRANSFORMACIN DEL MAZ:
Asociado a la deficiencia en vitamina-A est la
ceguera. En vistas de esto se realiz un arroz
transgnico, el "Golden rice", que produce
vitamina-A. Si se hiciera un arroz que lo comes y
te pones moreno deriva en cosas raras la
clase.
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