7.

Metagenmica
Es la ltima de las patas en la secuenciacin de genomas. El concepto de
metagenmica tiene sobre todo una aplicacin en cuanto a organismos
microscpicos. Hasta ahora todos los organismos que bamos a secuenciar
se podan hacer de forma individual, pero no se puede coger solo UNA
bacteria.
Entonces ocurre que para secuenciar microorganismos, hasta ahora se
haba realizado en base a cultivos que eran, o creamos que eran, puros. La
diversidad de microorganismos que hay en la naturaleza es sin embargo
mucho ms grande que la que se puede crecer en laboratorios, porque los
requerimientos de cultivo y convivencia con otras bacterias no son posibles.
As para definir una especie entre animales y plantas es diferente, ya que se
basa en que puedan reproducirse generando una descendencia frtil. Sin
embargo, las bacterias no tienen reproduccin sexual, presentan
transferencia horizontal de genes. La metagenmica nos va a permitir o
facilitar establecer la taxonoma de los microorganismos.

Introduccin
El trmino metagenmica se defini tericamente en el 98 por Jo
Handelsman, aunque su aplicacin ha sido posterior. La metagenmica
hacer referencia a la idea de una coleccin de genes secuenciados del
medio ambiente puede ser analizada de manera similar al estudio de un
solo genoma.
Se puede definir metagenmica como una coleccin de genes secuenciados
del medio ambiente (aire, suelo) y secuenciar todo lo que hay ah. No se
secuencia un organismo sino una mezcla de microorganismos. Esto se
puede plantear por ejemplo como la secuenciacin de microorganismos de
un estuario, s se puede conocer lo que hay ah, pero ser una mezcla de
genomas de distintos organismos en distintas proporciones, lo que puede
darnos unos resultados complicados de entender.
As, podemos aplicar la metagenmica al estudio de comunidades de
organismos microbianos directamente en sus ambientes naturales,
baypasseando la necesidad de aislarlos y el cultivo de especies individuales
en el laboratorio. Esto tiene que ver por ejemplo con el microbioma, las
bacterias de la piel, intestino Lo que sabemos es que es muy complejo y
no solo eso, sino que directamente estudiamos la muestra del medio
ambiente, sin cultivo ni seleccin, para no alterar la estructura de esa
comunidad.
Esto es porque en el laboratorio se pueden morir aquellos microorganismos
que no crezcan en el medio de cultivo, as obtenemos la muestra propia sin
aislar. Esto nos permite ver de una forma mucho ms real la muestra que
tenemos, porque no hay un procesamiento.

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Mtodo de estudio
Este tipo de anlisis se suelen aplicar al estudio de la diversidad de
comunidades en los casos de comunidades de microorganismos, tanto
procariotas como eucariotas, que se pueden analizar en situaciones de
mezcla. Los sistemas de secuenciacin se han convertido en un estndar
para la identificacin del RNA ribosomal (por ejemplo el 16S, el 18S, etc.) y
los estudios de genoma completo han permitido obtener una perspectiva de
la diversidad microbiana sin precedente en diversos medios, como el
intestino humano y la boca, el suelo, los arrecifes de coral, los respiraderos
termales de las profundidades del ocano, el agua potable y muchos ms.
As, las lecturas de los clones proporcionadas por los sistemas de
secuenciacin permiten la caracterizacin de poblaciones sin protocolos de
clonaje difciles.
Si tenemos que estudiar un genoma de un solo organismo y lo
secuenciamos tendremos un problema para ensamblar las secuencias. Pero
con los genomas de 10 organismos distintos cercanos, el ensamblaje es
mucho ms difcil. Para poder estudiar esto se plante la utilizacin de esta
metodologa para determinar el nmero distinto de especies de la muestra.
Sabemos que todas las especies requieren de un rRNA que es diferente
entre en procariotas y eucariotas. Este tiene la caracterstica de que
presenta una regin constante y una regin variable. Utilizando primers
para la regin constante se puede amplificar adems la regin variable, y
as podremos amplificar solo ese gen, secuenciarlo y ver las diferentes
regiones variables que hay.
Esto se puede hacer tanto para procariotas (16S) como para eucariotas
(18S). Ocurre que al secuenciar vemos secuencias distintas, lo que supone
un problema. Si dos secuencias son diferentes, en qu momento las
consideramos lo suficientemente diferentes para considerar que son
especies distintas? Esto planteaba un problema para separar.
Si tenemos una diferencia mayor del 97% consideramos que son especies
distintas. Todas aquellas secuencias con una similitud superior al 97% son la
misma especie (aunque en este caso no lo sabemos, solo es un criterio). La
clasificacin de especies ir en base a la similitud del genoma del ribosoma.
Sin embargo, en el laboratorio tendremos especies bacterianas que no
cumplan este requerimiento, por lo que en vez de denominarlos especies se
denominan OTUs (operational taxonomic unit). Consideramos que hay una
especie de criterio en base a la similitud de la secuencia. Se denominan
OTUs porque no se puede asegurar que sea una especie, ya que son
criterios completamente diferentes a los utilizados hasta ahora para la
clasificacin.
Esto permiti que se pudieran realizar anlisis de comunidades complejas
de microorganismos (como muestras de tierra, le aadimos agua, la
mezclamos, la parte del sobrenadante la secuenciamos y vemos lo que
tenemos), ya que secuenciamos no todo el genoma sino solo el 16S.

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Hacemos una PCR que amplifique el 16S de todas las bacterias que
tengamos y luego los secuenciamos.
Pero si tenemos una comunidad, cuantos ms individuos de una especie
(OTU) haya, habr una mayor sobrerrepresentacin de una secuencia
determinada, de forma que podemos hacer una estima de la proporcin de
los tipos de especies en nuestra muestra concreta.
Estos anlisis metagenmicos en base a los rRNA 18S y 16S abre un mundo
nuevo, que no requiere el cultivo en laboratorio de los microorganismos,
siendo la nica manera de analizar muestras complejas.
Esto nos permiti hacer una especie de anlisis cuantitativo del nmero de
especies, su proporcin, y entonces podemos realizar predicciones, variar el
ambiente y ver como esto afecta a las distintas poblaciones, por ejemplo
coger una muestra antes y despus de un efecto contamnate y cuantificar
ambas poblaciones. Empieza a haber una posibilidad de aplicacin a la
ecologa que hasta ahora no se poda realizar.
Adems, como no cultivamos la muestra, es la real, incluso podemos
descubrir nuevos de genes y realizar predicciones funcionales de parte del
genoma de especies imposibles de cultivar en laboratorio (muestras de las
fosas marianas de condiciones de presin y T imposibles de replicar). Pero
ocurre que con el RNA 16S y el 18S no se puede ir ms all de decir cuntos
OTUs hay y en qu proporcin.
Pero podemos encontrar organismos con metabolismos especficos y
caractersticos con una aplicacin biotecnolgica especifica, as que
queremos secuenciar el propio genoma. El problema vendr en el
ensamblaje de esos genomas. Pero haciendo estos anlisis con suficiente
profundidad, se pueden obtener fragmentos lo suficientemente grandes que
puedan contener un gen completo. No necesitamos el genoma completo,
sino scaffolds con al menos un gen. As se pueden realizar anlisis de
expresin de genes y anotaciones funcionales entre las comunidades
microbianas. Nos podemos aprovechar de las lecturas largas para generar
una representacin de las muestras ms precisa. Esto abre una perspectiva
nueva que la genmica hasta ahora no tena.
Esto va ms all porque incluso podemos utilizar esto para identificar
posibles patgenos y ver las cepas de virus en diferentes regiones mediante
la secuenciacin de fragmentos del RNA amplificado de individuos
infectados (esto se hizo por ejemplo con el bola).
ESTRUCTURA DEL RRNA:

Sabemos que en esos fragmentos las regiones azules claritas son

constantes y las azules oscuras son variables. Podemos disear parejas de
primers que encajen en las regiones constantes (podemos amplificar
muchos organismos diferentes) y en la secuenciacin de las regiones
intermedias tendremos las variacin.

3
 En los rRNAs 16S y 18S las
lecturas largas abarcan mltiples
regiones variables, permitiendo la
identificacin de especies con
mayor resolucin. En los estudios
shotgun las lecturas largas
permiten ms alineamientos
nicos cuando buscamos en las
bases de datos de referencia,
cubren mayores porciones de
genes para el descubrimiento de posibles genes, y permiten el ensamblaje
de novo.

Ocurre que en estos casos las secuencias son bastante homogneas, estas
regiones variables son variables en trminos muy bajos. Cuando hacemos la
secuenciacin del resto del genoma (ya no solo esta parte), para ensamblar
necesitamos compararlo con algo, que se parezca a algo y por eso
necesitamos las bases de referencia. Ocurre que los organismos comunes
como E. coli tienen bases de datos bien surtidas, pero en el caso de otros
microorganismos extremfilos, los genes que vamos a esperar van a ser
mucho menores que las especies de laboratorio, y no tendremos la
secuencia homloga. En este caso no podremos determinar si es un gen
nuevo o un problema al ensamblar.
Para esto s es importante que el proceso de secuenciacin nos proporcione
secuencias largas. Actualmente en los sistemas de secuenciacin nos dan
lecturas muy cortas (100 bases). Para ensamblar secuencias de 100 en 100
tenemos un problema grave, y para estos necesitamos secuenciaciones de
al menos 500 bases porque si no, no seremos capaces de secuenciar esa
regin. Las estrategias van a ser diferentes.
As podemos obtener la resolucin a nivel de especies de poblaciones y de
genomas en el contexto de medio ambiente. La informacin de la secuencia
de los genomas proporciona la base necesaria para los subsiguientes
anlisis de campo y de laboratorio y para el mapeo de los metabolismos de
las comunidades microbianas en los procesos medioambientales.
El primer artculo de este tipo de investigacin lo realiz Craig Venter. Cogi
su yate, cogi muestras de mar y descubri miles de secuencias nuevas y
miles de genes nuevos. Plante que estas especies desconocidas podan
presentar un reservorio de genes que pudieran hacer frente a metabolismos
completamente distintos de condiciones naturales extremas. Puede tener la
naturaleza ya de por si un arsenal de gens de rutas que hasta ahora son
desconocidas para nosotros.
De aqu muchas empresas empezaron a utilizar este sistema, utilizar
microorganismos extremfilos, secuenciar los genes interesantes para el
metabolismo que nos interesa y no tener que cultivarlos. Esto est algo

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relacionado con el genoma mnimo al que podemos meterle estos genes de
inters.
AISLAMIENTO DEL DNA DEL SUELO:

Esto se puede hacer de dos

maneras:
1. Obtener la muestra y
extraer el DNA. El
tratamiento de la muestra
puede hacer que las
bacterias de la muestra se
vea reducida. El
tratamiento de la muestra
tiene unos protocolos muy
crticos. Solo por haber
usado dos protocolos
diferentes con una misma
muestra podemos tener
diferentes resultados. Pero
la idea es obtener
directamente el DNA.
Despus de obtener el DNA
se puede secuenciar
directamente o se puede
clonar. Si secuenciamos el
DNA se gasta, si
encontramos un gen
importante, al secuenciarlo se ha consumido, de forma que para poder
conseguir ese gen otra vez hay que volver a tomar muestra.
2. En el otro sistema se fragmenta el DNA y se clona en diferentes clones de
bacterias y se va secuenciando el DNA de cada uno de los clones. Es un
trabajo ms extenso, porque hay que secuenciar cada uno de los clones
pero es mucho ms sencillo volver a obtener el gen de inters.
Normalmente se usa la primera, pero cuando sabes que el microorganismo
tiene el metabolismo de inters, lo mejor es clonarlo, porque sabes que vas
a tener resultados.
Cuando hacemos este tipo de genmicas podemos abordarlo de formas
distintas. Podemos hacer un sistema grande y usar insertos largos de unas
500 pares de bases, o podemos hacer un sistema pequeo y luego ir
comparndolo con otras bases de datos y ensamblarlo. No es que sean
excluyentes sino que cada uno prefiere unas estrategias. Una estrategia no
va a ser mejor que otra sino que depende de los conocimientos que
tengamos, del caso en el que estemos trabajando.

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 Cuando hablbamos de la
secuenciacin, hacindolo con
un solo genoma, sacbamos
las piezas del puzzle y lo
montbamos. Pero es
complicado hacer un puzzle
sin la foto original.

En la metagenmica tenemos
varios puzzles y no tenemos
tampoco la foto. Tenemos que
ir ensamblando piezas y no
ensamblar dos piezas de
especies distintas, ya que
tienen regiones homlogas
que no podemos diferenciar.
El proceso de ensamblaje es
un problema complicado.

En muchos casos no se llega a la situacin completa, sino que nos vale con
ensamblar regiones de 6kb que puedan contener uno o dos genes, as
tendremos bloques de genes y podemos determinar de qu especie es cada
gen en base a algunos criterios (como el porcentaje de bases CG). Podemos
usar un istmea de clasificacin de especies en base al porcentaje de bases,
o en base al uso de codones (no todas las especies usan el mismo codn
para el Trp). Estos criterios nos pueden ir ajustando y asignar un fragmento
a una especie concreta.
ESTIMAR LA RIQUEZA Y LA IGUALDAD DE LAS ESPECIES:

Otro de los problemas de esta metodologa es que no todos los

microorganismos estn en la misma proporcin, sino que en una poblacin
hay algunos muy frecuentes. Si en una muestra el 80% es E. Coli solo
encontraremos E. Coli, pero no nos suele interesar lo ms frecuente, sino lo
menos frecuente.
De forma que si hacemos una secuenciacin pobre en cuanto a profundidad,
solo observaremos el genoma de la especie ms representada, teniendo
que hacer una secuenciacin profunda para obtener los genomas de las
especies minoritarias. O tambin podemos encontrar un estema para

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eliminar las secuencias abundantes. Las especies ms frecuentes se
tendran que poder eliminar directamente de la muestra. Se pueden realizar
anlisis de libreras de genes del rRNA 16S o realizar hibridacin
fluorescente in situ.

METAGENMICA APLICADA:

Se puede aplicar al anlisis de las poblaciones de especies y sus

interacciones, y para reconocer que la composicin y la interaccin entre
ambas especies cambia en el tiempo en respuesta a estmulos
medioambientales.
La metagenmica se puede aplicar a todos los
campos, aquellos en los que tengamos una mezcla
y queramos estudiar organismos vivos, aplicamos
este sistema. Adems se puede complementar con
otros sistemas como protemica, microarrays,
fisiologa, evolucin, ecologa, diversidad,
geoqumica, oceanografa
Realizar anlisis de poblaciones, como varan,
como afectan algunos factores como el cambio
climtico en microorganismos de diferentes
latitudes. Mientras tenga DNA no tenemos que
saber nada del patgeno porque obtenemos la
secuencia y as lo podemos comparar y saber que especie es.

Secuenciacin por amplicn del rRNA 16S y 18S:

En esta aproximacin, los productos de PCR del gen del rRNA (amplicn) se
disean para cubrir determinadas regiones variables de los genes del rRNA
16S y/o 18S.
Las diferencias organismo-especficas en la secuencia de regiones variables
permite la identificacin de los organismos de la muestra para lecturas
individuales utilizando una bsqueda en BLAST u otras estrategias de
mapeo. Las secuencias de lecturas largas cubren mltiples regiones

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variables en una sola lectura, permitiendo mayores niveles de identificacin
filogentica y una mayor confianza en la asignacin taxonmica.
Los mritos de secuenciar las regiones variables de los genes de los rRNAs
se han discutido en muchas publicaciones. Wu GD et al. discuten el
rendimiento de los amplicones 16S en una de sus publicaciones.
SECUENCIACIN DEL RRNA 16S:

Las sondas se pueden disear para que hibriden con las regiones
conservadas, permitiendo la amplificacin y secuenciacin de las regiones
variables. Centrarse en una pequea parte del genoma microbiano reduce
drsticamente los costes de secuenciacin. Esta aproximacin ha sido
particularmente efectiva en el seguimiento de las fluctuaciones en las
poblaciones.
Vamos a describir la composicin en OTUs y saber la proporcin de cada uno
de ellos en base al 16S. Cuanto ms secuenciemos el rRNA de una especie
ms representada estar. Tenemos regiones constantes y regiones variables
y diseamos una pareja de primers para dos regiones constantes. La
variacin que est en estas regiones es lo que nos va a permitir diferenciar
las especies de la muestra, en base al criterio del 97%.
Lo importante en estas situaciones es que al secuenciar, necesitamos
secuenciaciones largas, que vayan ente las dos regiones constantes.
Muchas metodologas de secuenciacin solo lo hacen de 50 en 50 bases, de
forma que no llegaramos a la segunda regin variable. Este sistema tiene la
ventaja de que es muy sencillo porque solo hay que hacer una amplificacin
y una secuenciacin y permite realizar cuantificaciones, por eso son
ensayos muy interesantes. En eucariotas sera con el 18S lo mismo.

PRIMER PASO : SELECCIONAR UNA REGIN DEL DNA QUE SEA HOMLOGA, O
SIMILAR , A LO LARGO DE ESPECIES DEBIDO A UN ANCESTRO COMN

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En la imagen podemos observar la estructura
secundaria del rRNA de E. coli. Es un gen ideal
para los estudios filogenticos porque:
1. Es un gen esencial que est presente en
todos los organismos
2. Es una diana comn para los estudios de
secuenciacin, por lo que tenemos muchas
bases de datos para hacer comparaciones
3. Contiene sitios que estn relativamente
conservados (tallos) y sitios que estn ms
sometidos a variaciones (loops).

SEGUNDO PASO :
AMPLIFICAR Y SECUENCIAR
ESTA REGIN DE LOS
GENOMAS AISLADOS :

TERCER PASO : EL ALINEAMIENTO DE SECUENCIA ES CRUCIAL PARA INFERIR

COMO HAN CAMBIADO LOS DNA S

Lo importante es como tenemos que

hacer el alineamiento.
Los alineamientos pobres implican que
la especie I diverge de las otras, pero
no es el caso.
Los buenos alineamientos muestran
que la especie I probablemente ha
experimentado un evento de deleccin
en las posiciones 6 o 7.

CUARTO PASO : ESTIMAR LAS RELACIONES BASADAS EN LA EXTENSIN DE LA

SIMILITUD DEL DNA

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En diferentes posiciones del DNA, los
grupos relacionados van a compartir los
mismos nucletidos. El nmero completo
de caracteres puede ayudarnos a
distinguir la "seal filogentica" del ruido.
Las letras coloreados son diferentes de la
secuencia original (taxn G)
En este caso empezamos a establecer
relaciones de OTU y especie en base a
como se parecen las secuencias, no
como hasta ahora lo haban estado
haciendo los microbilogos. Por eso utilizamos el trmino OTU. Son criterios
arbitrarios porque podramos haber puesto el 96% o 98%.
Somos capaces de alinear las secuencias que son idnticas, se pondrn
juntas y luego tendremos otras ms diferentes. El 97% se ha establecido
porque nuestros sistemas de secuenciacin masivo tienen una tasa de erros
del 1 o 2%, de forma que si tenemos un error de una base puede ser porque
el sistema se ha equivocado y no porque sea otra especie. Esto nos
permitira ir agrupando secuencias y ver cuntos organismos tenemos de
cada especie.
EJEMPLO :
La filogentica molecular ha revelado caracteres inesperados en la
evolucin de las bacterias. Por el momento, un modo de vida endosimbitico
ha evolucionado muchas veces de forma independiente.
Aqu tenemos una especie que se ha visto en distintos organismos, un
parsito, y se quiere saber si es la misma en todos ellos o son especies
distintas, ya que los parsitos suelen tener una relacin muy estrecha con el
hospedador.
Lo que hicieron fue secuenciar el genoma y se dieron cuenta que las
secuencias de diferentes hospedadores eran del mismo parsito. Este haba
sido capaz de utilizar como hospedador especies muy distintas.
Cuando hablamos de parsito y hospedador se generan algunos problemas,
porque tendremos dos genomas, uno del hospedador (muy abundante y
grande respecto al del parsito, por lo que secuenciaramos ms el del
hospedador). Tendremos que desarrollar estrategias que me permitan
diferenciar ambos genomas.

cDNA y metagenmica - Deteccin de patgenos:

Secuenciar el RNA vrico y el DNA en una muestra ha sido muy til en el
descubrimiento de posibles organismos patgenos. El ensamblaje de
lecturas largas, que resulta en una porcin sustancial del genoma vrico, es
en muchas ocasiones suficiente para la identificacin de posibles virus.
Desde que los genomas de RNA vrico suponen solo una pequea fraccin
del RNA total, la fuente de la muestra puede determinar el xito o el fallo.

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Idealmente, la fuente debe contener una cantidad significativa de genomas
vricos o una reduccin en el RNA celular.
En muchos casos por tanto se plantean realizar no solo la secuenciacin del
genoma sino tambin del RNA, porque podemos transformarlo en cDNA y
secuenciarlo. Porque cuando secuenciamos el RNA sabemos que son todo
genes que se expresan. Empiezan a hacer la metagenmica del cDNA de
una muestra.
Nos sirve porque hay organismos, como virus que contienen molculas de
RNA que no los veramos sin este paso. Se puede hacer tanto para el cDNA
para analizar un transcriptoma en una situacin o para buscar las protenas
que realizan una funcin determinada.
APLICACIONES
El anlisis comprensivo de los genes
de una comunidad de un
medioambiente determinado (El mar
de Saragasso, el drenaje minero, el
suelo para agricultura). No depende
de la PCR, es ms probable encontrar
cosas inesperadas. Queremos ver que
la metagenmica nos abre un campo
relacionado con la ecologa, no
secuenciar un organismo concreto sino
una muestra. En muchos campos esta
es una situacin muy importante
relacionada con virus y enfermedades,
con el cambio climtico
No todos los genes sirven como
marcadores filogenticos pero si los
genes ligados.

El descubrimiento de nuevos genes de organismos conocidos y nuevos

genes en organismos nuevos. Es importante que si hacemos estos anlisis
de regiones diferentes, podemos encontrar genes con funciones
desconocidas que puedan tener un uso industrial. Necesitamos encontrar
esos genes, ver lo que hacen
Los resultados guan la bsqueda de nuevos organismos. Podemos ir
aadiendo estos genes al genoma mnimo para hacer un organismo con las
caractersticas interesantes.
HERRAMIENTAS PARA LA ANOTACIN:

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Necesitamos bases de datos que nos permitan contrastar que estas
secuencias son nuevas y reales y no son nuevas por ser artefactos. Es decir,
se corresponden con genes. Si encontramos una secuencia muy diferente a
las que hemos secuenciado hasta ahora puede ser porque sea un artefacto.
La secuenciacin tiene muchos artefactos, si secuenciamos mucho
perdemos fidelidad.

GenBank+Em
Bases de Bases de datos de DNA y protenas
bl
datos
SwissProt+PIR Bases de datos de protenas anotadas
COG Ensamblaje de grupos de ortlogos
Prosite Bsqueda de motivos
Ensamblaje Pfam Dominios de familias de protenas
Bases de datos de combinaciones de
IPR
motivos
GO Sistemas de clasificacin
Clasificacin Sistema de clasificacin basado en
MIPSyeast
levaduras
Estructuras Base de datos de Brookhaven

A partir de aqu no ha dado, meto las diapos traducidas sin ms

Secuenciacin Shotgun aleatoria:

CONSTRUCCIN DE LIBRERAS SHOTGUN

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PODRECIMIENTO DEL SHOTGUN:

Metagenmica:
Anlisis shotgun de muestras de medio ambiente:
BENEFICIOS:
1. Proporciona una visin de conjunto de especies (no cultivables) de
muestras no definidas
2. Anlisis reveladores de los genomas de especies
3. Permite realizar hiptesis acerca de prerrequisitos comunes en un
nicho determinado
INCONVENIENTES :
1. Sobreestimacin del nmero de especies debido a la fragmentacin
2. Las especies poco abundantes no estn bien definidas
3. Las especies con contigos sin otras homlogos no se pueden
categorizar fcilmente.
Debe acompaarse de secuenciacin de especies cultivables.
CONSTRUCCIN Y ANLISIS DE LIBRERAS METAGENMICAS:

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ANLISIS BASADOS EN LA FUNCIN :
1. Identificacin de clones que
expresan el carcter
deseado
2. Secuenciacin y anlisis
bioqumico de los clones
3. Identificacin rpida de
actividades de inters
4. Todos los genes requeridos
para la funcin de un clon y
la expresin en la clula
hospedadora.
5. Buenos y tediosos mtodos
de ensayo.

ANLISIS BASADO EN LA
SECUENCIA :

Uso de secuencias de DNA

conservadas para disear sondas
de hibridacin para PCR como
primers para analizar libreras metagenmicas de clones que contienen la
secuencia de inters. Esto supone una frustracin debido a la baja
frecuencia de los clones deseados en la naturaleza.
POR QU HACER METAGENMICA?

1. Entender la estructura y la funcin de la clula

2. Entender las interacciones en el hospedador
3. Entender el metabolismo
4. Ingeniera genmica
5. Desarrollo de vacunas y frmacos
6. Entender las interacciones protena-protena
7. Entender la expresin de RNA y protenas
8. Descubrir variaciones en el FNA y el
genotipado forense
9. Definir el mnimo grupo de genes.
OPORTUNIDADES DE LA METAGENMICA:

FISIOLOGA Y METABOLISMO :
1. Potencial gentico y metablico de los organismos no cultivables.
2. Relacin genotipo:fenotipo
3. Genes con funciones desconocidas
4. Cultivar lo no cultivable
FENMENOS DE AUTOECOLOGA :
1. Adaptacin medioambiental
2. Patrones biogeogrficos
3. Diversidad y dinmica espaciotemporal
4. Control medioambiental de la expresin

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PROCESOS EVOLUTIVOS:
1. Evolucin y seleccin de las especies en modo y tiempo
2. Definicin de especie
DESCUBRIMIENTOS :
1. Genes nuevos, metabolismo, fisiologa
2. Diversidad

Objetivos especficos de la metagenmica:

1. Examinar la diversidad filogentica utilizado el rRNA 16S
2. Utilizacin de los patrones de diversidad de los microorganismos para
seguir y predecir las condiciones medioambientales y sus cambios.
3. Examinar los genes y operones para encontrar posibles enzimas de
inters (por ejemplo celulasas, quitinasas, lipasas, antibiticos, otros
productos naturales)
4. La explotacin de estos descubrimientos para aplicaciones mdicas o
industriales
5. Examinar los mecanismos de excrecin, regulacin y transduccin de
seales asociados como muestras o genes de inters.
6. Examinar secuencias de bacterifagos o plsmidos. Esto puede
influenciar de forma potencial la diversidad y la estructura de
comunidades microbianas
7. Examinar la transferencia horizontal de genes. El conocimiento de la
plasticidad de genes puede proporcionarnos una idea de la presin
selectiva para la adquisicin de genes y la evolucin en un hbitat.
8. Examinar las rutas metablicas
9. Aproximaciones dirigidas al diseo de medios de cultivo para el
crecimiento de microorganismos previamente no cultivables
10.Examinar los genes que predominan en un medioambiente dado
comparado con otros
11.Finalmente, la informacin metagenmica y los metadatos pueden
ser aplicados al diseo de experimentos de alto y bajo rendimiento
centrados en definir el papel de los genes y los microorganismos en el
establecimiento de una comunidad microbiana dinmica.
FUTUROS SISTEMAS DE OBSERVAR LA TIERRA IN SITU:

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