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Trabajos

trabajos originales Diagnstico Ode


molecular candidemia
riginales

Diagnstico molecular de candidemia


mediante PCR semianidada en pacientes
crticos

Molecular diagnosis of candidemia by semi-


nested PCR in critically ill patients
William Pascual Ospina, Jorge Alberto Corts
Bogot, D.C. (Colombia)

Resumen
Objetivos: estandarizar una prueba molecular basada en PCR semianidada para el diagnstico
de candidemia
Metodologa: se desarroll un estudio piloto en que se optimiz el protocolo de extraccin y
utilizacin de ADN ribosomal, amplificando la regin ITS-2 completa de Candida spp. y mediante
PCR semianidada, reamplificando segmentos especficos de nueve especies clnicamente relevantes de
Candida. Se utilizaron muestras clnicas de plasma de pacientes crticamente enfermos con candidemia
documentada microbiolgicamente del Hospital de La Samaritana en Bogot. Se utiliz una muestra
de candidemia simulada utilizando una cepa de Candida obtenida de orina.
Resultados: se logr protocolizar dicha tcnica y tener a partir de muestras clnicas de plasma una
sensibilidad probable de 90% y especificidad terica cercana a 100%. La capacidad de deteccin de
este ensayo es hasta de una clula por 200 l de plasma.
Conclusiones: se estandariz una prueba molecular para deteccin de candidemia en pacientes
crticamente enfermos (Acta Med Colomb 2011; 36: 135-140).
Palabras clave: (DeCS), Candida, Candida/aislamiento & purificacin, candidemia, candidemia/
diagnstico, candidemia/microbiology, tcnicas de diagnstico molecular, reaccin en cadena de la
polimerasa.

Abstract
Objectives: to standardize a molecular test based on semi-nested PCR for diagnosis of candidemia.
Methods: we developed a pilot study by means of optimizing the extraction protocol and use of
ribosomal DNA, amplifying the complete ITS-2 region of Candida spp. and by semi-nested PCR re-
amplifying specific segments of nine clinically relevant Candida species. Clinical samples of plasma
Dr. William Pascual Ospina Barragn: De-
of critically ill patients with microbiologically proven candidemia from a third level hospital in Bogot.
partamento de Medicina, Facultad de Me-
Another sample of simulated candidemia was used with Candida strain form a urine sample. dicina, Universidad Nacional de Colombia;
Results: we were able to standardize this technique and achieved from clinical samples of plasma Dr. Jorge Alberto Corts: Departamento de
Medicina, Grupo de Investigacin en Enfer-
a likely sensitivity of 90% and a theoretical specificity of 100%. The detection capability of this test
medades Infecciosas, Facultad de Medicina,
is up to 1 cell per 200 l of plasma. Universidad Nacional de Colombia. Bogot,
Conclusion: a molecular test for detection of candidemia among critically ill patients was stan- D.C. (Colombia).
Correspondencia: Dr. William Pascual
dardized (Acta Med Colomb 2011; 36: 135-140).
Ospina. Bogot, D.C. (Colombia).
Key words (MeSH): candida, candida/isolation & purification, candidemia, candidemia/diagnosis, E-mail: wipos@hotmail.com
candidemia/microbiology, molecular diagnostic technology, polymerase chain reaction, nested PCR. Recibido: 29/XI/2010 Aceptado: 28/VII/2011

Introduccin ciones subyacentes propias del paciente predisponen a la


Los adelantos tcnicocientficos en medicina han logrado colonizacin y posterior infeccin por agentes oportunistas
mejorar la supervivencia de pacientes con enfermedades incluyendo diferentes especies de hongos. Las infecciones
graves; sin embargo, la exposicin prolongada de dichos del torrente sanguneo por Candida en los pacientes crti-
pacientes al medio hospitalario y una variedad de condi- camente enfermos determinan un factor de mortalidad que

ed Colomb
Acta Mdica Vol. 36VN
Colombiana ol.336~N3
2011
~ Julio-Septiembre ~ 2011 135
W.P. Ospina y col.

se puede elevar por encima de 50% (1). En Estados Unidos, en el Hospital Universitario La Samaritana en Bogot. Los
Candida spp. es la cuarta causa ms frecuente de infeccin hemocultivos eran solicitados por los mdicos tratantes de
del torrente sanguneo (2) y en Colombia es la quinta entre acuerdo con con su propia sospecha de infeccin bacteriana
los pacientes en la unidad de cuidado intensivo (3). o mictica del torrente sanguneo. A los pacientes (o sus
El gold standard de infeccin por Candida spp. dise- acudientes) con hemocultivos positivos para una levadura
minada o invasiva lo constituyen los hemocultivos cuyo se les inform de la posibilidad de participar en el estudio
rendimiento para mejor los casos es del 50% (4); esto quiere y se le solicit consentimiento informado durante el segun-
decir que en ms de la mitad de los pacientes infectados por do semestre de 2009. Se tomaron dos muestras de sangre
Candida spp. no se lograr documentar la infeccin mic- total por venopuncin simple de pacientes con candidemia
tica o slo se identificar en forma tarda. La supervivencia diagnosticada, previo al inicio del antimictico.
de pacientes con candidiasis diseminada depende en gran Tambin se utiliz una cepa de Candida spp., obtenida
medida del pronto inicio de antimicticos y de su actividad a partir de un urocultivo.
frente a la Candida spp, aislada (5). Se ha demostrado que Por conveniencia, se seleccionaron los diez primeros
un retardo en el inicio de antimicticos superior a 12 horas pacientes con hemocultivos positivos para realizar la ex-
puede relacionarse con un aumento de la mortalidad de traccin de ADN y la prueba molecular. Los diagnsticos
forma significativa. Sin embargo, los resultados de los he- microbiolgicos del laboratorio de microbiologa se mantu-
mocultivos tardan mucho ms que aquellos para los agentes vieron cegados a los investigadores hasta el final.
bacterianos (6).
Los mtodos de deteccin basados en ADN ofrecen un Aspectos ticos
medio potencialmente ms sensible para el diagnstico de Se obtuvo la aprobacin por los comits cientfico y tico
infecciones con baja carga infecciosa. La presencia de ADN del Hospital de La Samaritana E.S.E. de Bogot D.C.. Cada
de diversos microorganismos patgenos en la sangre de paciente o su acudiente en casos en los que el paciente no
paciente infectados ha sido demostrada. La localizacin del estuviera en capacidad de dar su consentimiento fue informa-
microorganismo en la sangre es de valor crtico y un paso do del estudio y nuevas muestras de sangre fueron tomadas
limitante para definir a partir de qu tipo de muestra se debe previo al inicio del antimictico.
trabajar; es decir, para microorganismos de localizacin intra-
celular la muestra ideal inicial es sangre total y el material de Procedimientos de laboratorio
trabajo ser el concentrado de glbulos rojos y blancos, luego Se tomaron 10 mL de sangre en tubos de vaco con
de centrifugacin y separacin del plasma. En el caso de las EDTA. Estas muestras se llevan a centrifugacin a 1000 g/
infecciones por Candida spp., no exista claridad acerca de min para separar la fase celular y de plasma. Se toma el
la muestra de trabajo inicial para optimizar la localizacin y sobrenadante con micropipeta evitando la fase celular y
posterior purificacin de ADN mictico. Hasta el momento obteniendo muestras de plasma de estos pacientes de 4-6 mL
diversos protocolos de PCR realizados en lquidos corporales de cada uno, dado que es la muestra que tericamente tiene
para detectar ADN de Candida han producido resultados algu- mejor rendimiento de deteccin de candidemia por PCR (8).
nos satisfactorios y otros no tan alentadores (7). Los trabajos Estas muestras se transportaron de forma independiente,
hasta el momento realizados que involucran la amplificacin debidamente rotuladas y refrigeradas al laboratorio de bio-
de ADN por PCR se basan en el previo cultivo de sangre loga molecular de la Fundacin Instituto de Inmunologa
y no han probado su eficacia a partir de muestras clnicas de Colombia, FIDIC, para su almacenamiento en frascos
directas. Adicionalmente debido al aumento de infecciones cerrados con rosca a 20C.
por Candida spp. no albicans cuyo perfil de susceptibilidad El almacenaje en promedio duro seis meses hasta el mo-
a los antimicticos es variable; se quiere disponer de un m- mento del anlisis molecular de las 10 muestras recolectadas.
todo diagnstico que sea completamente sensible y a la vez Los primers a utilizar son: dos primers universales
suficientemente especfico y que logre caracterizar a nivel de CTSF (5-TCGCATCGATGAAGAACGCAGC-3) y CTSR
especie. El objetivo del presente estudio fue el de desarrollar (5-TCTTTTCCTCCGCTTATTGATATGC-3) para ampli-
una prueba de PCR para la identificacin de Candida en el ficar la regin ITS 2 entera. Luego se utilizarn primers di-
torrente sanguneo de pacientes con candidemia. rectos, especficos para nueve especies de Candida anidados
en el extremo 3 suministrados por la FIDIC, no mostrados.
Material y mtodos Los resultados se consideran positivos con la aparicin de
Se trata de un estudio experimental de desarrollo y una o varias bandas de ADN marcado, del tamao esperado
estandarizacin de una prueba molecular para aplicar en y visualizado con luz ultravioleta en comparacin con mar-
muestras de plasma. cadores de tamao molecular de 100 pares de bases de ADN.
La sensibilidad esperada segn los conceptos tericos
Muestras debe superar 80% y la especificidad ser cercana a 100%
Se seleccionaron pacientes con hemocultivos positivos con la capacidad de identificar nueve especies de Candida
para especies de Candida que estaban crticamente enfermos spp., clnicamente relevantes.

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trabajos originales Diagnstico molecular de candidemia

Simultneamente se decide para efecto de control de visualizar DNA genmico en las muestras de candidemia
calidad y estandarizacin, fabricar muestras de candidemia simulada (concentradas mediante Speedvac) del orden de
simulada (9), a partir de muestras de plasma (una) de los 5 x 105 y 5 clulas/mL; sin lograr visualizar el mismo en
investigadores y cultivo de Candida spp., de aislamiento las muestras de 5 x 103 y 5 x 101 suponiendo degradacin o
de orina suministrado tambin por el laboratorio de micro- prdida de DNA en estas ltimas muestras.
biologa del Hospital Universitario de La Samaritana. Este A pesar de este resultado negativo en el gel de electrofore-
cultivo se transport en fase slida al laboratorio de biologa sis de ADN genmico de Candida spp., en muestra clnicas,
molecular del Instituto, en donde se replica para cultivo se decide continuar con el protocolo para amplificacin
lquido el cual fue cuantificado por mtodo de estndares de del producto de ITS2 completo por PCR en las muestras
turbidez de McFarland, para luego hacer diluciones seriadas clnicas dado que la concentracin probable esperada de
y mezcla con el plasma de los investigadores hasta obtener ADN es mnima tal como ocurre con las bajas candidemias
candidemias simuladas del orden de 5 x 105 , 5 x 103, 5 x101 habituales las cuales son positivas para hemocultivos slo
y 5 clulas por l de plasma. Estas candidemias simuladas en la mitad de los casos.
sirvieron para estandarizar la tcnica de extraccin de ADN. El resultado de este producto inicial de PCR amplificando
El protocolo de extraccin final incluye: la regin completa de ITS2 se logra visualizar en siete de las
1. Tomar 1.8 mL de plasma infectado en tubos de 2 mL y 10 muestras; sin embargo, la muestra identificada como #2
centrifugar a 10000 g/min a temperatura ambiente. amplifica claramente dos bandas, lo cual se puede interpre-
2. Descartar el sobrenadante y resuspender el pellet en 300 tar como inespecificidad de la prueba o la presencia de dos
l de la solucin Microbead UltraCleanMicrobial ADN amplicones positivos de diferente tamao y provenientes
Isolation Kit de (MO BIO laboratories Inc.). Este kit de dos especies diferentes de Candida spp. Amplifican
se escogi por incluir un paso de lisis celular qumico tambin con la primera PCR las muestras de candidemia
optimizado por el efecto mecnico de microcpsulas. simulada identificadas como #11 y #14 del orden de 5 x 105
Continuar el protocolo segn el fabricante. y 5 clulas/mL respectivamente. No amplifica la PCR de
Es importante en el momento de utilizar SDS incubar la la muestra identificada como #13 de candidemia simulada
muestra a 65oC durante 10 minutos antes de continuar. Al por lo cual se decide descartar las muestras #12 y #13 del
final del protocolo el filtro se desecha y quedamos con una orden 5 x 103 y 5 x 101 respectivamente, confirmando la
muestra de aproximadamente 40-50 l de ADN en Tris 10 ausencia de ADN ntegro en estas mismas. Los respectivos
mM pH8 que no contiene EDTA el cual es guardado 20oC. controles negativos no amplificaron (fotografa omitida por
Las condiciones de PCR inicial son: mala calidad, pero registrada).
Se utilizan los primers descritos previamente (10) CTSF y Con este resultado tenemos una sensibilidad de la PCR
CTSR, directo y reverso, respectivamente a concentraciones a partir de sangre de pacientes con candidemia de 70% y
finales de 10 pmol buffer 1X, MgCl2 1.5 mM, dNTPs 0.1 para descartar la inespecificidad de la prueba se hace PCR
mM, Taq ADN polimerasa a razn de 0.5 unidades por 10 semianidada de la muestra clnica #5, que fue el amplicon
l, 2 l de ADN extrado en una reaccin total de 10 l con mejor visualizado y de la muestra clnica #2, que es la que
los siguientes ciclos: 94oC 3 minutos por un ciclo; 35 ciclos presenta dos ampliaciones se realiza inicialmente la PCR
de tres temperaturas as: 94oC un minuto, 60oC 30 segundos seminidada para estas dos muestras.
y 72oC un minuto y un ciclo final de 72o C por 10 minutos. El resultado de este ensayo con las muestras clnicas #2
Ciclo final de seguridad a 4oC. y #5 inicial amplifica con los primers para C. guilliermondii
La PCR semianidada se realiza con CTSR descrito y 9 (primer directo especfico) y C. famata /guilliermondii (este
primers directos de nueve especies clnicamente relevantes de primer ampifica para ambas especies) en ambas muestras,
Candida spp. a saber: C. albicans, C. tropicalis, C. glabrata, lo cual corresponde a la presencia de C. guilliermondii en
C. parapsilosis, C. famata, C. krusei, C. guilliermondii, C. las dos muestras (Figuras 1 y 2). Sin embargo, al tener la
dubliniensis and C. lusitaniae (10)( FIDIC). Las condiciones amplificacin inicial de la PCR con dos bandas en la segunda
fueron las siguientes: primers 5 pM, buffer 1X, MgCl2 1,5 muestra y amplificar con los dos sets de primers se asume
mM, dNTPs 0.1 mM, Taq DNA polimerasa 0.5 unidades, 1 que se encuentran presentes las dos especies de Candida
l del amplificado de DNA inicial diluido 1:10, en un volu- en la muestra dos.
men total de 10 l, realizando el siguiente ciclado: Un ciclo Al descartar la posibilidad de inespecificidad de la prueba
94oC por 3 min; 20 ciclos de tres temperaturas asi: 94OC un se procede entonces a realizar PCR semianidada de las ocho
minuto, 60oC 30 segundos y 72oC un minuto; y un ciclo de muestras clnicas restantes (1, 3, 4, 6, 7, 8, 9 y #10) y de
final de extensin de 72oC 10 minutos. las dos muestras de candidemia simulada ptimas descritas
(#11, #14), bajo las mismas condiciones anteriormente
Resultados descritas y con sus respectivos controles negativos (Figuras
Al momento del primer gel de electroforesis en agarosa 3, 4 y 5).
al 1% para ADN genmico, no logramos visualizar ADN El resultado de esta PCR es analizado de la siguiente
de Candida spp. en las 10 muestras clnicas, pero se logra manera: para C. lusitaniae amplifica la muestra clnica #8;

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Figura 1. PCR semianidada de la muestra 2 amplificando con primers de C. guilliermondii Figura 2. PCR semianidada de la muestra 5 amplificando con primers de C. guilliermondii
(E10) y primers de C. famata/guilliermondii (E6). No amplifican E8 C. lusitaniae; D10 C. (E10) y primers de C. famata/guilliermondii (E6). No amplifican E8 C. lusitaniae; D10 C.
krusei; D12 C. glabrata; E12 C dubliniensis; D8 C. parapsilosis; D6 C. tropicalis; D4 C. krusei; D12 C. glabrata; E12 C dubliniensis; D8 C. parapsilosis; D6 C. tropicalis; D4 C.
albicans. M son los marcadores de peso molecular y CN control negativo. Los cdigos albicans. M son los marcadores de peso molecular y CN control negativo. Los cdigos
de letras y nmeros as como su respectivo color asignado a los primers se especifican de letras y nmeros as como su respectivo color asignado a los primers se especifican
en la Figura 5. en la Figura 5.

Figura 3. PCR semianidada en las muestras clnicas del 1 al 10 y controles negativos. Se Figura 4. C. lusitaniae amplifica la muestra clnica #8; para C. guilliermondii amplifican
omiten muestras 2 y 5 antes analizadas; se adicionan las muestras 11 y 14 de candidemia las muestras clnicas #4, #6, 7, 8, 9 y #10 y la candidemia simulada # 14; para C. famata/
simulada y control negativo para cada set de primers. C. lusitaniae amplifica la muestra guilliermondii amplifican las muestra clnicas #6, #7, 8, 9 y #10 y la candidemia simulada
clnica #8; para C. guilliermondii amplifican las muestras clnicas #4, #6, 7, 8, 9 y #10 y la #14 nuevamente; no hay resultado de amplificacin para C. krusei ni para C. glabrata. Se
candidemia simulada # 14; para C. famata/guilliermondii amplifican las muestra clnicas #6, trata de la continuacin de la foto anterior. Los cdigos de letras y nmeros as como su
#7, 8, 9 y #10 y la candidemia simulada #14 nuevamente; no hay resultado de amplificacin respectivo color asignado a los primers se especifican en la Figura 5.
para C. krusei ni para C. glabrata. Los cdigos de letras y nmeros as como su respectivo
color asignado a los primers se especifican en la Figura 5.

para C. guilliermondii amplifican las muestras clnicas #4, La Tabla 1 muestra los resultados obtenidos por el labora-
#5, 7, 8, 9 y #10 y la candidemia simulada # 14; para C. torio de microbiologa y por la tcnica de PCR semianidada.
famata/guilliermondii amplifican las muestra clnicas #6, #7,
8, 9 y #10 y la candidemia simulada #14 nuevamente; no hay Discusin
resultado de amplificacin para C. krusei ni para C. glabrata. Las limitaciones de los sistemas de hemocultivo para
C. dubliniensis amplifica en las muestras #1 y #7. la deteccin de fungemia han llamado la necesidad de
C. parapsilosis y C. tropicalis no tiene amplificados y desarrollar mtodos alternativos de diagnstico que sean
curiosamente al contrario de lo ampliamente esperado no rpidos, sencillos y precisos. La PCR semianidada a partir
hay amplificacin para C. albicans. de ADN extrado por mtodos de lisis y purificado mediante

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trabajos originales Diagnstico molecular de candidemia

Tabla 1. Resultados del laboratorio de microbiologa de la PCR.

Muestra Identificacin Identificacin


por microbiologa por PCR

1 C. famata C. dubliniensis

2 C. famata C. famata y C. guilliermondii

3 C. albicans No amplificada

4 C. parapsilosis C. guilliermondii

5 C. parapsilosis C. guilliermondii

6 C. albicans C. guilliermondii

7 C. parapsilosis C. guilliermondii y C. dubliniensis

8 Candida spp. C. lusitaniae y C. guilliermondii

9 C. tropicalis C. guilliermondii
Figura 5. C. dubliniensis amplifica en la muestra #1 y #7. C. parapsilosis , C. tropicalis y
C. albicans no tiene amplificados. Los cdigos de letras y nmeros as como el respectivo 10 C. albicans C. guilliermondii
color asignado a los primers se especifican en esta figura.
Muestra orina C. guilliermondii C. guilliermondii

precipitacin tiene la posibilidad de un mejor desempeo que real para el diagnstico y compararla de manera indepen-
los hemocultivos para candidemia y ms an si se realiza a diente al resultado de los hemocultivos. La ventaja primor-
partir de plasma o suero, de esta manera logrando un diag- dial de realizar el diagnstico molecular de candidemia
nstico acelerado a nivel de especie. Un estudio utilizando el por PCR semianidada, radica en un diagnstico temprano
sistema de hemocultivos BACT/Alert mostr que el tiempo (aproximadamente 14 horas luego de tomada la muestra) y
promedio de crecimiento de Candida vari dependiendo de la determinacin temprana de la especie, lo cual brindar
la especie entre 26.2 y 80 horas, con un tiempo promedio de una herramienta para guiar el tratamiento antimictico de
reporte sin identificacin de especie entre 28.7 y 98 horas (6). la especie en particular de acuerdo con los lineamientos
Esto significara que una prueba molecular podra abreviar teraputicos ya establecidos (13).
el tiempo de reporte a cerca de 24 horas (o menos) con un Se encontr discordancia entre los resultados del labo-
ahorro de hasta tres das. ratorio de microbiologa y de la tcnica molecular. Esto se
Para nuestra prueba piloto podemos concluir que el puede explicar por varias razones: una sera la falta de espe-
diagnstico molecular de candidemia lo podemos tener cificidad de la prueba para la identificacin de las diversas es-
para la primera PCR alrededor de ocho horas posterior a pecies por errores de la tcnica microbiolgica o de la tcnica
la toma de la muestra, si se tiene implementado un labora- molecular (14); otra debido a errores en la interpretacin de
torio de biologa molecular y de procesamiento inmediato los resultados obtenidos y de los patrones de amplificacin.
de la misma, con una sensibilidad inicial de al menos 70% Tambin existe la posibilidad de la presencia de un brote de
sin dar resultados a nivel de especie. Esta sensibilidad es C. guilliermondii en el interior de las unidades de cuidado
relativamente baja, si es comparada frente a 100%, que para intensivo estudiadas. Finalmente, estos resultados podran
este estudio corresponde al resultado de los hemocultivos, y corresponder a contaminacin de la prueba con ADN de la
debe ser evaluada en pacientes con factores de riesgo para cepa utilizada para la candidemia simulada, aunque esta
candidemia y que tienen hemocultivos negativos en los ltima es menos probable ya que los controles negativos se
cuales se espera mayor rendimiento de la prueba molecular mantuvieron durante todos los ensayos.
y para quienes sera de la mayor utilidad clnica. Resultados Otra ventaja que claramente es evidente del anlisis mo-
similares con respecto a una menor sensibilidad cuando se lecular, es el hecho de facilitar el diagnstico de coinfeccin
trabaja a partir de resultados positivos de microbiologa se por dos o ms especies de Candida, lo cual se puede ver en
han obtenido en otros modelos experimentales como es el 30% de los casos y ha sido reportado previamente (15), lo
ejemplo de tuberculosis menngea (12). Una vez utilizada cual predice un probable foco abdominal, la necesidad de
la metodologa semianidada se obtuvo una sensibilidad ampliar cubrimiento antimictico y de igual forma puede
probable de 90% con la ventaja de la especificidad a nivel explicar el fallo teraputico en algunas ocasiones.
de especie y con una sensibilidad de deteccin de hasta una La cantidad de muestras para este estudio nos permiti
clula /200 l de plasma. estandarizar las condiciones para el estudio de biologa
La sensibilidad global de la PCR semianidada a partir de molecular a partir de muestras clnicas; sin embargo, es insu-
muestras de hemocultivo debe estar por encima de 90%. Se ficiente para el clculo de medidas de precisin diagnstica
deben adelantar pruebas similares en pacientes con factores como sensibilidad, especificidad, valores predictivos, razn
de riesgo para candidemia y determinar as la sensibilidad de probabilidad y medidas de correlacin con otras pruebas y

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de validez interna y externa. Para esto se requiere un estudio Effect of fluconazole prophylaxis on fungal blood cultures: an autopsy-based
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