MICROBIOLOGA

AMBIENTAL
 SEMANA 5:
Procesamiento y coleccin de muestras ambientales:
Suelos y sedimentos, agua y aire. Identificacin de
microorganismos: Tcnicas de cultivo
SUELOS Y SEDIMENTOS
CARACTERSTICAS
Ambiente heterogneo
Microorganismos varan con la profundidad y tipo de suelo.
Se necesita tomar ms de una muestra para obtener muestras microbianas
representativas.
Muestras compuestas.
Muestreos secuenciales.
ESTRATEGIAS DE MUESTREO
MUESTRAS SUPERFICIALES:
Barrenos o Nucleadores manuales (hasta 180 cm).
Toman muestras a la misma profundidad.
Muestras para anlisis microbiolgicos:
-Contaminacin superficial.
-Limpieza con agua + etanol 75% + ADE
-Muestras compuestas
-Almacenamiento en coolers con hielo.
-Traslado al laboratorio.
ESTRATEGIAS DE MUESTREO
TOMA DE MUESTRAS SUPERFICIALES:
Muestreos bidimensionales.
Disminuye el nmero de muestras.
El muestreo se hace ms representativo.
Para conocer sobre comunidades
microbianas en profundidad se necesita
un anlisis tridimensional.
Ejem: muestreo de suelo rizosfrico (2-
10 mm)
ESTRATEGIAS DE MUESTREO
TOMA DE MUESTRAS NO
SUPERFICIALES:
Para ambientes insaturados.
Perforadores giratorios (aire y lodo).
Puede llegar a varios cientos de metros.
Se obtienen pocas muestras (ncleos).
Aire es filtrado (HEPA).
Las muestras son congeladas.
El anlisis microbiolgico se realizar
dentro de las 18 horas luego de la
coleccin.
ESTRATEGIAS DE MUESTREO
TOMA DE MUESTRAS NO
SUPERFICIALES:
Para ambientes saturados
Perforador hueco.
Las muestras son colectadas
en tubos.
Luego son retirados.
Luego de la colecta el ncleo
es almacenado de forma
estril y congelado.
Traslado al laboratorio.
PROCESAMIENTO DE LA MUESTRA Y
ALMACENAMIENTO

Realizar el anlisis microbiolgico lo ms pronto posible luego de la coleccin.

ALMACENAMIENTO EN CONDICIONES DE HUMEDAD DE CAMPO A 4C POR 3

MESES: REDUCN DE NMERO Y ACTIVIDAD DE COMUNIDADES
BACTERIANAS, PERO NO HUBO CAMBIOS EN COMUNIDADES DE
ACTINOMICETOS

Pasos a seguir: Secado (sin que la humedad del suelo disminuya tanto),
tamizado (cernidor 2mm), almacenamiento a corto plazo (4C)
PROCESAMIENTO DE LA MUESTRA Y
ALMACENAMIENTO
Pasos a seguir:
PRIMER: Secado (sin que la humedad del suelo disminuya tanto).
SEGUNDO: tamizado (cernidor 2mm).
TERCERO: Almacenamiento a corto plazo (4C) de ser necesario.
CUARTO: Si las muestras son almacenadas no permitir que se sequen ni crear
ambientes anaerbios (21 das es un tiempo ptimo).
NOTA: no es necesario esterilizar muestra.

PARA EL MUESTREO DE SUELOS NO SUPERFICIALES TENER EN CUENTA:

-Baja cantidad de microorganismos.
-Los sedimentos no son expuestos a la atmsfera.
- Es ms complicado y costoso el obtener estas muestras.
PROCESAMIENTO DE MUESTRAS DE SUELO Y
SEDIMIENTOS PARA BACTERIAS
El eleccin del medio de cultivo es crucial.
AGUA
MTODOS Y ESTRATEGIAS DE MUESTREO
Ms homogneo que las muestras de suelo.
La toma de muestras es fsicamente ms sencilla.
Mayor diversidad que en el suelo?
PROCESAMIENTO DE MUESTRAS DE AGUA
VIRUS:
PRIMERO: Coleccin de la muestra, concentrados del agua mediante
adsrocin usando filtro.

SEGUNDO: Elucin, recuperacin de los virus

TERCERO: Reconcentracin, reduccin de la muestra antes del ensayo.

CUARTO: Deteccin, mediante cultivos celulares, PCR

PROCESOS COLECCIN DE LA MUESTRA
VIRADEL (Virus adsorption-elution)
PROCESOS - ELUCIN
Solucin de extracto de carne 1.5% a pH 9.5: este pH incrementa las cargas
negativas tanto en los virus como en el filtro (desorcin del virus).
PROCESOS - RECONCENTRACIN
Reduccin de la muestra (de 1 - 2 litros a 20 30 ml)
PROCESOS - DETECCIN
Cultivos celulares: efectos citopatognicos (CPE).
Por enumeracin de zonas claras o unidades formadoras de placas (PFU).
MTODOS Y ESTRATEGIAS DE MUESTREO
BACTERIAS: Filtracin, NMP
PROTOZOARIOS: Coleccin de la muestra, Elucin, Centrifugacin y
concentracin.
MTODOS Y ESTRATEGIAS DE MUESTREO
SEPARACIN INMUNOMAGNTICA
TINCIN CON ANTICUERPOS FLUORESCENTES
MTODOS Y ESTRATEGIAS DE MUESTREO
EXAMINACIN/DETECCIN
AIRE
DISPOSITIVOS DE MUESTREO PARA
MUESTRAS DE AIRE
Recoleccin en una matriz acuosa (Impingement).

Deposicin forzada de partculas aerotransportadas en medio slido

(impactacin).

Deposicin forzada mecnicamente de partculas en el aire mediante fuerzas

inerciales (centrifugacin).

Atrapamiento de partculas aerotransportadas por exclusin de tamaos

(filtracin).

Coleccin de partculas usando fueras de deposicin naturales (deposicin).

IMPINGEMENT
Volumen de entrada: 12.5 L/min a una altura de 1.5 m
Volumen de muestra: 20 ml (solucin NaCl 0.85%, Sol. de peptona 1%)
Duracin: 15 20 min.
IMPACTACIN
Impactador de Andersen 6 STG
(Impactador multinivel,
multioroficio y en cascada).
Flujo de entrada: 28.3 L/min
Acero inoxidable, placas Petri.
Las partculas ms grandes quedan
en el primer nivel.
Las partculas ms pequeas pasan
al siguiente nivel.
CENTRIFUGACIN, DEPOSICIN
CENTRIFUGACIN
El cicln
Volmenes de muestreo: 1 400 L/min
Entrada de aire: tangencial.
Forma cnica.

DEPOSICIN
Placas expuestas al interperie
En suelo
A 1.5 m