MLST

Tipificacin multilocus de secuencias

(Multilocus sequence typing)
 MLST
Tcnica basada en secuencias de nucletidos
para la caracterizacin sin ambigedades de
aislados bacterianos y otros organismos.
Particularmente til para la tipificacin de
bacterias patgenas.
Los organismos ms antiguos
Necesitamos bacterias para vivir
Algunas cepas pueden ser
patgenas
huspedes
Transmisin
Algunas bacterias patgenas
famosas
 Factores de virulencia
Adhesin
Se unen a la superficie cellular del husped interfiere en
procesos biolgicos normales
Colonizacin
Invasin
producen protenas que modifican las clulas hospederas
facilitando su entrada
Inmunosupresin
ej. producen protenas que se unen a anticuerpos
Toxins
protenas/metabolitos que son txicos para el hospedero
 MLST: Multi-Locus Sequence Typing
Secuencia de ~7 fragmentos de genes conservados
(house-keeping) 450-500 bp
Cada especie/cepa tiene su propio patrn MLST
Se necesita conocimiento previo, bases de datos de
secuencias MLST
Las diferentes secuencias presentes dentro de una
especie bacteriana son asignadas a distintos alelos
y, para cada aislado, 7 alelos en conjunto definen el
perfil allico o sequence type (ST).

Las secuencias pueden ser obtenidas mediante secuenciacin

del genoma completo o PCR de los genes involucrados
 MLST: Multi-Locus Sequence Typing
El nmero de mutaciones entre alelos es ignorado.
Se ignora la mayora del genoma
Genes de resistencia
plsmidos
ADN mvil
Siempre se est actualizando
Bases de datos
An no es escalable
Resolucin baja
Un promedio de 30 alelos por locus producira 20
billones de genotipos.
 Prctica
Usar BLAST para realizar un genotipaje simple (MLST) en un
draft genome de un aislado bacteriano para identificar la
fuente bacteriana en un caso hipottico de envenenamiento
por comida.
Muestra:
Genoma secuenciado y ensamblado (gastro1.fna) de un
paciente con gastroenteritis severa. (Una identificacin
preliminar fenotpica ha identificado la muestra como
Salmonella enterica)
Base de datos:
http://www.mlst.net/databases/default.asp
http://mlst.warwick.ac.uk/mlst/dbs/Senterica/
Programa:
BLAST(NCBI) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
 Parte 1 (Preguntas)
En qu contig se encuentra el gen de ARNr
16s?
Cul es el tamao del contig?
Cuntas bases contiene usualmente un gen
de ARNr 16s en una bacteria? Es el contig ms
largo o ms corto que un tpico gen de ARNr
16s?
 Parte 2
Se requiere identificar la comida que fue la
fuente de la infeccin.
Se han secuenciado los genomas de
Salmonella enterica aislada de dos fuentes
candidatas (salami y huevos), y se han
genotipado usando MLST.
 Desarrollo
Realizar un genotipaje MLST con la muestra del
paciente y compararla con el MLST de las muestras
de comida.

Consejo: seleccionar una de las secuencias para cada

gen del MLST de S. enterica (base de datos) y realizar
un BLAST con respecto al genoma de la muestra del
paciente.

Nota: El gen aroC tiene 433 alelos Con qu alelos

intentaramos primero el genotipaje?