Microbial Bioremediation: A Metagenomic Approach

La contaminacin es una preocupacin mundial ubicua, ya que muchos compuestos

naturales y sintticos introducidos en ambientes plantean riesgos para la salud de
los seres humanos y ecosistemas. La mayora de estos contaminantes son
compuestos sintetizados qumicamente, tambin denominados xenobiticos, ellos,
persisten en el medio ambiente durante ms tiempo debido a la presencia de
elementos o componentes estructurales que no ocurren naturalmente en la
naturaleza, y por lo tanto, son resistentes al ataque por la degradacin de enzimas
contaminantes. Actualmente, no existe una tecnologa eficiente para almacenar
estos residuos de forma segura de los sitios contaminados (Lakshmi, 2010).
La biorremediacin es la degradacin, conversin o estabilizacin de estos
compuestos por organismos, generalmente realizados por microorganismos y
plantas. Cuando los organismos nativos de un sitio contaminado eliminan
eficazmente contaminantes sin intervencin, la toxicidad del sitio puede
simplemente ser monitoreado a medida que el contaminante se reduce o se
convierte en una forma menos txica. Sin embargo, en muchos casos, la
intervencin puede aumentar la tasa de biorremediacin. La adicin de estimulantes
modificaciones en el sitio (por ejemplo, nutrientes, materia orgnica) y la reubicacin
del material para las instalaciones de tratamiento fuera del sitio, son los enfoques
ms comunes para fomentar la remediacin [metagenomics potential].
Numerosas revisiones, han subrayado que la metagenmica es muy prometedora
para la biorremediacin. La metagenmica, es el estudio de los genomas colectivos
de los miembros de una comunidad microbiana. Implica clonar y analizar los
genomas sin cultivar los organismos en la comunidad, ofreciendo as la oportunidad
de describir los diversos habitantes microbianos del planeta, muchos de los cuales
an no pueden ser cultivados (Bell, Greer, & Yergeau, 2012), permite adems, el
estudio de las comunidades ambientales en toda su complejidad, que incluye
interacciones entre los miembros de la comunidad. A menudo, se encuentra que la
mineralizacin completa de un contaminante requiere conversacin metablica
entre diferentes especies, y por lo tanto, es realizada por consorcios de bacterias
en lugar de una sola especie (Techtmann & Hazen, 2016). Pero sobre todo, la
metagenmica tiene el potencial de mejorar sustancialmente el descubrimiento y
caracterizacin de las vas metablicas bacterianas y fngicas implicadas en la
degradacin de contaminantes peligrosos, muchos de los cuales an son
desconocidos. Desde un punto de vista prctico, la riqueza de datos producidos por
estudios metagenmicos ayudar a (1) identificar rasgos funcionales en
comunidades microbianas que confieren robustez a la contaminacin y/o capacidad
de biodegradacin, permitiendo distinguir entre sitios contaminados, donde la
atenuacin natural es suficiente de sitios donde la biorremediacin activa es
necesaria; (2) disear herramientas eficientes de monitoreo, de daos ambientales
y restauracin tales como microarrays o biosensores; y (3) ampliar los catlogos de
genes para el diseo de nuevos biocatalizadores utilizando enfoques de evolucin
dirigida (George, Bouhajja, & Agathos, 2011)
La metagenmica va un paso adelante y tiene como objetivo trascender las
limitaciones del organismo individual al "meta nivel" dirigindose al perfil de la
comunidad. La comunidad microbiana de la muestra ambiental se extrae
directamente extrayendo datos de formas microbianas tanto conocidas como
nuevas. As, mientras que la genmica determina el complemento gentico
completo de un organismo solamente, por contraste, la metagenmica implica el
muestreo de las secuencias del genoma de una comunidad de organismos que
habitan un ambiente comn. En principio, cualquier ambiente es susceptible de
anlisis metagenmico, siempre que los cidos nucleicos puedan extraerse del
material de muestra (Lakshmi, 2010).

La composicin de la comunidad tiene una gran influencia sobre el modo y los

resultados del anlisis metagenmico. El conocimiento previo de la poblacin
dominante es til en el diseo de estrategias posteriores. La cuestin de evaluar la
cantidad de datos de secuencia que se va a obtener para una comunidad tambin
se vuelve muy importante ya que no hay un punto final fijo, a diferencia de los
genomas completos. Dado que las especies difieren en las densidades de
codificacin gentica de su genoma y no tienen abundancia uniforme en una
comunidad, es sencillo abordar la cobertura de las poblaciones individuales. Para
obtener una cobertura de secuenciacin superior a la nica, el tamao de una
biblioteca metagenmica moderada necesitara ser muchas veces el tamao del
metagenoma que puede alcanzar hasta 100 Mbp (Lakshmi, 2010)
En la Ilustracin 1, se muestran los pasos que se debe seguir para llevar a cabo la
construccin de bibliotecas metagenmicas. En ella, se observa que el ADN que se
extrae directamente de la comunidad, se clona en un husped sustituto y luego se
estudia mediante secuenciacin o seleccin para la expresin de actividades de
inters (Sabree, Rondon, & Handelsman, 2009)
 Ilustracin 1. Construccin de bibliotecas metagenmicas (Sabree, Rondon, & Handelsman,
2009)

Muchas comunidades microbianas han sido aprovechadas para realizar anlisis

metagenmicos. Despus de la construccin de una biblioteca metagenmica, dos
enfoques se pueden tomar para acceder a la informacin genmica. La
metagenmica funcional requiere que la bacteria husped pueda expresar el ADN
recombinante en cualquiera de las pantallas para las enzimas activas o la
produccin de antibiticos o selecciones para el crecimiento en condiciones
supresoras del crecimiento (por ejemplo, deficiencia de nutrientes o presencia de
un antibitico). En la metagenmica basada en secuencias, el ADN clonado se
secuenci aleatoriamente usando cebadores basados en vector o se busca un gen
especfico usando oligonucletidos complementarios (oligos) para hibridarse con
clones metagenmicos en disposicin (Sabree, Rondon, & Handelsman, 2009).
En la Ilustracin 2, se muestran algunos mtodos para integrar la metagenmica en
estudios de biorremediacin, tambin se listan sus principales ventajas y
desventajas (Bell, Greer, & Yergeau, 2012).

Ilustracin 2. Mtodos para integrar la metagenmica en estudios de biorremediacin

A pesar del enorme impacto de metagenmica en diferentes campos, hay varias
dificultades con este tipo de anlisis del genoma. Las tres limitaciones bsicas
notables de la aproximacin metagenmica son: (1) baja resolucin, (2) incapacidad
para clasificar cortos fragmentos metagenmicos y (3) ardua tarea de verificacin
funcional. El reto es determinar el tamao mnimo de la biblioteca metagenmica y
construir bibliotecas metagenmica de muestra ambiental, aunque
conceptualmente simple, son tcnicamente muy exigente (Lakshmi, 2010).

Otro de los problemas presentes, es el costo de secuenciacin a gran escala para

metagenomas de entornos, a pesar de varios avances en tcnicas como la
pirosecuenciacin. Para enfrentar este desafo, la comunidad microbiana puede
dividirse en subconjuntos ms sencillos que facilitan la identificacin y una mayor
cobertura genmica de las poblaciones. La divisin y enfoque, aunque difcil de
lograr en enfoque de cultivo, puede ser ms fcilmente abordada mediante estudios
de metagenmica. Los datos resultantes proporcionan una valiosa gua para dividir
las comunidades microbianas en poblaciones enriquecidas. El otro reto importante
es en la identificacin de las especies fuente de fragmentos de metagenmica. Los
mtodos actuales para clasificar los fragmentos no se realizan bien en secuencias
de menos de 8 Kbp. Y en tercer lugar, similar a los datos de la secuencia de ADN,
los datos de metagenmica, pueden proporcionar informacin sobre potencial
metablico para slo los genes con homologa reconocible para protenas
caracterizadas, la falta de los genomas de referencia est ampliando la brecha entre
protenas caracterizadas e hipotticas a un ritmo alarmante en datos. De
metagenomas (Techtmann & Hazen, 2016).

REFERENCIAS
[1]Bell, T. H., Greer, C. W., & Yergeau, E. (2012). METAGENOMICS POTENTIAL
FOR BIOREMEDIATION. Encyclopedia of Metagenomics, 1-11.
[2] George, I., Bouhajja, E., & Agathos, S. (2011). METAGENOMICS FOR
BIOREMEDIATION. Elsevier, 47-57
[3] Lakshmi, V. V. (2010). GENOMICS APPROACH TO BIOREMEDIATION.
Bioremediation Technology, 206-244
[4] Sabree, Z. L., Rondon, M. R., & Handelsman, J. (2009). METAGENOMICS.
Elsevier, 622-632.
[5] Techtmann, S. M., & Hazen, T. C. (2016). METAGENOMIC APPLICATIONS
IN ENVIRONMENTAL MONITORING AND BIOREMEDIATION. J Ind
Microbiol Biotechnol, 1345-1354.