Microbiologa Ambiental

LGA, 5to semestre 2016

 Presentacin
l Docentes: Cecilia Alonso, Valentina Amaral y Florencia
Bertoglio
l Horarios: Martes y Jueves de 15 a 17. Maldonado y
Rocha
l Modalidad: Clases tericas y prcticas, talleres,
seminarios, EVA

l Bibliografa: Brock Biologa de los microorganismos

Environmental Microbiology. From genomes to
biogeochemistry.
 Presentacin

Evaluacin continua basada en:

-Asistencia a las clases (se requiere un mnimo del 75% a
terico, talleres y prctico )
-Control de lecturas previas a clases (14 controles), se
requiere realizar un mnimo del 75% de los controles
-Preparacin y participacin en talleres y seminarios*
-Informe final de actividades prcticas
-Crditos: 9
 Presentacin
I . Biologa de los microorganismos. Caractersticas
generales, Estructura celular, Gentica, Metabolismo.

II. Ecologa microbiana. Taxonoma, Filogenia, Diversidad,

Regulacin poblacional.

III. Microorganismos en el ambiente. Microbiologa de suelos,

Microbiologa acutica, Ciclos biogeoqumicos. Interacciones con
otros organismos.

IV. Aplicaciones de relevancia ambiental. Microorganismos

indicadores de contaminacin, Bioremediacin, Biotecnologas,
Control biolgico de plagas.
 Presentacin
semana fecha clase contenido /po

1 29/03/2016 1 Microbiologa: concepto, aspectos histricos y relacin con otras disciplinas. Importancia de los microorganismos. Clasificacin de los organismos vivos. Caractersticas generales. Comparacin entre clula procariota y eucariota. Terica

1 31/03/2016 2 Microorganismos procariotas y eucariotas. Bacterias, protistas, hongos y virus. Importancia para los ecosistemas Terica

2 05/04/2016 3 Estructura y replicacin del ADN. Mutaciones. Agentes mutgenos. Recombinacin gentica: concepto, conjugacin, transformacin y transduccin. Plsmidos bacterianos: concepto y significado biolgico. Terica

2 07/04/2016 4 Composicin qumica de las bacterias. Fuentes de carbono y energa. Categoras nutricionales.Catabolismo y anabolismo. Reacciones de xido-reduccin, torre de electrones, transporte de electrones, fuerza proton motriz y sintesis de ATP. Diversidad catablica Terica

3 12/04/2016 5 Fermentacin. Respiracin aerbica y anaerbica Terica

3 14/04/2016 6 Fotosntesis oxignica y anoxignica. Terica

4 19/04/2016 7 Biosntesis, Asimilacin de nutrientes inorgnicos. Terica

4 21/04/2016 8 Relaciones metabolismo-ambiente, clasificacin funcional de los microorganismos. Terica

Terico-prc8ca + trabajo
5 26/04/2016 9 1er Taller y presentacin de seminarios domiciliario de preparacin

5 28/04/2016 10 Diversidad bacteriana.Taxonoma. Filogenia. Ejemplos de grupos de relevancia ambiental. Terica

6 03/05/2016 11 Cont. Diversidad bacteriana.Taxonoma. Filogenia. Ejemplos de grupos de relevancia ambiental Terica

6 05/05/2016 12 Microbiologa acutica. Composicin y actividad del bacterioplancton. Diferencias entre grupos y ambientesMicrobiologa acutica. Composicin y actividad del bacterioplancton. Diferencias entre grupos y ambientes Terica

7 10/05/2016 13 Microbiologa acutica.Tramas trficas microbianas Microbiologa acutica.Tramas trficas microbianas Terica

7 12/05/2016 14 Microbiologa de suelos. Componentes del suelo. Procesos claves. Biota microbiana. Ej.de grupos relevantes Terica

8 17/05/2016 15 Microbiologa suelos. Interacciones clave donde participan mo. Fijacin de Nitrgeno, Micorrizas. Terica

Terico-prc8ca + trabajo
8 19/05/2016 16 Relaciones con otros organismos. Ejemplos de diversos ambientes. domiciliario de preparacin

9 24/05/2016 17 2do Taller y presentacin de seminarios Terica

9 26/05/2016 18 Ciclos biogeoqumicos, concepto, importancia ambiental, rol de los microorganismos. Ciclo del agua y ciclo del oxgeno Terica

10 31/05/2016 19 Ciclo del carbono. Relevancia del C. Reservorios.Ciclo redox. Principales flujos en el ciclo natural del carbono y sus alteraciones antropognicas. El ciclo del C y la regulacin climtica. Rol de los microorganismos. Ej. Bomba microbiana de Carbono. Terica

10 02/06/2016 20 Ciclo del Nitrgeno. Relevancia del N.Reservorios. Ciclo redox.Procesos naturales y antropognicos. Rol de los mo. La cascada de Nitrgeno Terica

11 07/06/2016 21 Ciclo del Azufre y del Fsforo. Relevancia del S. Reservorios.Ciclo redox del S. Procesos claves y rol de los mo.Relevancia del P. Reservorios. Procesos de transformacin del P y rol de los mo. P en sistemas terrestres y acuticos. Eutrofizacin. Impactos antropognicos Terica

Microorganismos como indicadores de calidad ambiental. Calidad de agua, tipos de contaminantes, indicadores. Ejemplos de indicadores microbianos: coliformes, cianobacterias. Floraciones txicas. Indicadores ecolgicos. Ej indicadores de calidad de suelo contaminado por
11 09/06/2016 22 hidrocarburos. Terica

12 14/06/2016 23 Bioremediacin. Ejemplos de uso de microorganismos como agentes de remocin de contaminantes. Bioremediacin, tratamiento de efuentes Terica

12 16/06/2016 24 Aplicaciones de relevancia ambiental: Bio-tecnologas. Terica

Terico-prc8ca + trabajo
13 21/06/2016 25 Aplicaciones de relevancia ambiental: Bio-tecnologas. Control biolgico. Lneas de investigacin en el CURE domiciliario de preparacin

13 23/06/2016 26 3er Taller y presentacin de seminarios Terico-prc8ca

14 28/06/2016 27 Practico: salida de campo, siembra coliformes Terico-prc8ca

14 30/06/2016 28 Practico: recuento coliformes, largar gel dgge Terico-prc8ca

15 05/07/2016 29 analisis de gel DGGE Terico-prc8ca

15 07/07/2016 30 Discusin de resultados Terico-prc8ca

16 15/07/2016 Entrega del informe del trabajo prctico Producto de trabajo domiciliario
 Clase 1

l Microbiologa: concepto. Microbiologa Ambiental,

aspectos histricos. Relacin con otras disciplinas.
l Importancia de los microorganismos en el ambiente
l Clasificacin de los organismos vivos.
l Caractersticas generales. Estructura celular.
Comparacin entre clula procariota y eucariota.
 Microbiologa

Estudio de los microorganismos que viven como

clulas aisladas o asociadas (no tejidos)
Diferencia fundamental con macroorganismos: cada
clula lleva a cabo todas las funciones vitales de
forma independiente de otras clulas
Microbiologa
Virus: tambin son objeto de estudio, a pesar de que
no son clulas. Son entidades biolgicas que
necesitan obligatoriamente de otro organismo para
llevar a cabo sus funciones vitales.
 Para que estudiar los mo?

Microbiologa como ciencia bsica:

l

-Conocimiento de las bases fsicas y qumicas de

la vida
-Conocimiento de procesos ecolgicos y
evolutivos
 Para que estudiar los mo?
Microbiologa como ciencia aplicada:

-resolucin de problemas relativos a salud,

agricultura, industria, medio ambiente
 Pioneros en estudio
microorganismos en el ambiente

Martinus Willem Beijerinck Sergui Nikolievich Winogradski

(1851-1931) (1856-1953)
Importancia de los microorganismos en
el ambiente
 Un poco de historia

Si todo el tiempo transcurrido desde el

comienzo del Universo equivale a un da.

la Tierra se form a las 4:30 a.m.

...las bacterias habran aparecido

alrededor de las 5:00 a.m.

...los dinosaurios no habran aparecido

sino hasta las 10 de la noche.

...y nosotros solamente hasta segundos

antes de la media noche.

Los microorganismos han moldeado profundamente el

ambiente en la Tierra
La mayora de la diversidad de la vida es microbiana
(sobre todo procariota)

Ud. est aqu

(Woese 1987)
La mayora de la diversidad de la vida es microbiana
(sobre todo procariota)

(Woese 1987)
Los procariotas son ubicuos y colonizan
todo ambiente donde la vida sea posible

aire
1000 procariotas

suelos
100.000 millones
de procariotas

Aguas ocenicas
En un centmetro cbico!! 1 milln de bacterias

Sedimentos
1000 millones
de procariotas
 Suelo
Estimaciones por hbitat
(Whitman, Coleman, Wiebe, PNAS 1998) Nmero de clulas

(x1027)
Agua Selvas tropicales lluviosas 1
Nmero de Selvas tropicales 0.5
clulas (x1026) estacionales
Marina Bosques templados 0.3
perennes
Plataforma ocenica 1
Bosques templados 0.4
Ocano abierto 1010 caducos
Sedimento 170 Bosques boreales 0.6
Agua dulce Bosques 28.1
Lagos 1.3 Sabana 52.7
Ros 0.012 Pradera templada 31.6
Salinas 1 desierto 63.2
Total 1180 Tierra cultivada 49.1
Tundra y alpinos 20.8
Pantanos 7.3
Sedimentos Nmero de clulas
Total 255
profundos
(x1028)
Total 380
Los procariotas son los organismos ms abundantes de la
bisfera
En la tierra habitan

6x1030 procariotas

7x109 humanos

6.000.000.000.000.000.000.000.000.000.000

7.000.000.000
Los procariotas constituyen una proporcin muy importante
de la biomasa

=
La biomasa de los equivalente a la biomasa
procariotas se estima en vegetal total
5x1015 gramos de C
Adems contienen 10 veces ms N y P que toda la biomasa vegetal!
 Biomasa y rea de organismos planctnicos marinos

Las bacterias
constituyen la
mayor parte de la
biomasa y el
rea del plancton
La importancia de ser pequeo
Ambientes extremos slo habitados
por procariotas
 Medios extremadamente salinos

Color dado por una arquea

Lac Rose Senegal

Lago Retba es hipersalino: concentracin

mxima de sal: 463 g/l
(el agua de mar tiene 32g/l)
 Medios con temperaturas extremas

Desierto Mojave

Antrtida

-40 - >130C

Whakarewarewa aguas termales

Medios cidos ej Ro Tinto

pH: 1.7-2.5

Color y pH dados por un proceso microbiano que

libera cido sulfrico y hierro

Proyecto M.A.R.T.E
 Bacterias extraterrestres?

Hace 13,000 aos un meteorito (ALH 84001) proveniente de

Marte aterriz en la Antrtida

Su anlisis revel que posea:

Hidratos de carbono iguales a los
resultantes de la descomposicin de
microorganismos terrestres
Fases minerales consistentes con
productos del metabolismo bacteriano
Formas que podran ser microfsiles de
bacterias primitivas
 CLASES Y EJEMPLOS DE EXTREMFILOS
Trmino
Extremo descrip/vo Gnero/especie Dominio Hbitat Mnimo p/mo Mximo
Temperatura
Caliente,
Elevada Hipertermlo Pyrolobus fumarii Archaea fuentes 90C 106C 113C
hidrotermales
submarinas

Baja Psicrlo Polaromonas vacuolala Bacteria Hielo marino 0C 4C 12C

Ph
Fuentes
Bajo Acidlo Picrophilus oshimae Archaea termales -0,06 0,7 4
cidas

Alto Alcallo Natronobacterium gregori Archaea Lagos 8,5 10 12

carbonatados
Sedimentos
Presin Barlo MT41 (Mariana Trench-41) Bacteria ocanicos 500 atm 700 atm > 1000 atm
profundos
32%
Sal (NaCL) Hallo Halobacterium salinarum Archaea Salinas 15% 25%
(saturacin)

Deinococcus
radiodurans
 Simbiosis: Vivir sin sistema digestivo

Gusano
marino
Vive en el
sedimento
No tiene
sistema
Olavius algarvensis digestivo
 Simbiosis: Vivir sin sistema digestivo

Bacterias del Azufre (gammas) y

reductoras de sulfato (deltas).
Deltas producen compuestos que
usan las gammas
Fijan carbono
Gamma-proteobacteria Detoxifican los productos de
Delta-proteobacteria desecho

El gusano las mantiene protegidas en la interfase

agua sedimento
El carbono fijado, los aminocidos y vitaminas
sintetizados por las bacterias alimentan al gusano
 Simbiosis: Brillar con luz ajena

rgano luminiscente
Fluorescencia
Euprymna scolopes
Reflector (tinta)
Calamar hawaiano
Lente
Filtro
Simbiosis: Brillar con luz ajena

Cuando los calamares nacen no

tienen simbiontes
La presencia de simbiontes
influencia el desarrollo del calamar
Cada maana el calamar expulsa el
90% de las bacterias atrapadas en
una matriz mucosa
Vibrio fischeri
Brillar con luz ajena o propia?

Night Hauling Andrew Wyeth

 Y nosotros?
Bacterias de la piel nos protegen frente a la invasin
por patgenos
Flora intestinal
1 billn de bacterias (1 a 1,5 kg de nuestro peso), ms
de 400 especies.

*digestin y absorcin de los alimentos

*sntesis de vitaminas
*estimulacin del sistema inmune
*control de patgenos
 Y nosotros?

Nacemos 100% humanos, pero vivimos y morimos 90% procariotas

E. Madsen (Environmental Microbiology)
 Diversidad metablica
Modos de nutricin de los seres vivos

Energa Energa
Qumica Lumnica

Carbono
orgnico Quimio-hetertrofos Foto-hetertrofos

Carbono
inorgnico Quimio-auttrofos Foto-auttrofos
 Diversidad metablica
Modos de nutricin de los seres vivos

Energa Qumica Energa Lumnica

Carbono
orgnico
Animales/Hongos/
Quimio-hetertrofos Foto-hetertrofos
Protozoa
Carbono
inorgnico Quimio-auttrofos Foto-auttrofos
 Diversidad metablica
Modos de nutricin de los seres vivos

Energa Qumica Energa Lumnica

Carbono
orgnico
Animales/Hongos/
Quimio-hetertrofos Foto-hetertrofos
Protozoa
Carbono
inorgnico Quimio-auttrofos Plantas/algas
Fotoauttrofos
 Diversidad metablica
Modos de nutricin de los seres vivos

Energa Qumica Energa Lumnica

Carbono
orgnico
Animales/Hongos/
Quimio-hetertrofos Foto-hetertrofos
Protozoa
Carbono
inorgnico Quimio-auttrofos Plantas/algas
Fotoauttrofos
 Diversidad metablica
Modos de nutricin de los seres vivos

Energa Qumica Energa Lumnica

Carbono
orgnico

Carbono
BACTERIAS
inorgnico
Agentes primarios de cambio biogeoqumico
Caractersticas Consecuencias
-pequeo tamao Ciclado de los elementos
-distribucin ubicua Detoxificacin de
contaminantes orgnicos e
-gran superficie
inorgnicos
-altas tasas metablicas
Mantenimiento de la
-alta tasa de respuesta composicin qumica del
fisiolgica suelo, sedimento, agua y
-altas tasas de crecimiento atmsfera, requerida por
otras formas de vida
-elevada diversidad
nutricional y fisiolgica
 Algunos procesos en los que se encuentran
involucrados
Elemento Proceso Descripcin Ambiente
Carbono Fotosntesis Uso de luz como fuente de Agua dulce,
energa para fijar CO2 mar
Descomposicin de Depolimerizacin, Suelo
celulosa respiracin
Metanognesis Produccin de metano Agua,
sedimentos
efluentes
Nitrgeno Fijacin El gas N2 pasa a amonio Agua, suelo
Desnitrificacin El NO3 pasa a gas N2 Suelo,
efluentes
Azufre Oxidacin de sulfuro Pasaje de sulfhdrico y Sedimentos
azufre a sulfato marinos
Reduccin de Pasaje de sulfato a Sedimentos
sulfato sulfhdrico y azufre marinos
Mercurio Metilacin Formacin de mercurio Sedimentos
orgnico, altamente txico
Aplicaciones en actividades humanas
 Microorganismos en las noticias

http://www.lr21.com.uy/tecnologia/1282169-cientificos-en-ee-uu-desarrollan-bacteria-sintetica-
con-473-genes-el-genoma-mas-pequeno-capaz-de-sobrevivir-y-reproducirse
Si son tan importantes por qu
sabemos tan poco?
Nuestra comprensin del rol de los microorganismos

Von Leeuwenhoek siglo XVII:

1era observacin de
microorganismos en agua de un
lago

3 siglos despus empieza a existir la

ecologa microbiana como
disciplina

A principios del siglo 20 se

reconoce su importancia pero
faltaban mtodos adecuados.
 Avances tecnolgicos
Microscopa de
epifluorescencia
Desarrollo de nuevos
mtodos de tincin
Anlisis de imgenes
 Avances tecnolgicos
Mtodos moleculares
 Avances tecnolgicos
Uso de istopos de los
elementos (estables y
radioactivos)
Qumica ambiental
Microsensores
 Herramientas para el estudio de la identidad

Secuenciacin del
primer genoma
bacteriano

Tinciones
filogenticas
Microscopa de
epifluorescencia Librerias
metagenmicas
Citometra de flujo
PCR + clonado
del 16S Pirosecuenciacin

1975 1985 Virus marinos 1995 2005

Propuesta de
Cyanobacterias
trama trfica Diferencias en la
marinas
microbiana Prochlorococcus Arqueas composicin de
Chimeneas termales marinas comunidades de
rare
distintos
biosphere
ambientes
SAR11

Picoeucariotas
 Herramientas para el estudio de las funciones

Combinacin
Tinciones autoradiografa +
filogenticas y tinciones
vitales filogenticas
Microscopa de Anlisis de
epifluorescencia Librerias istopos a escala
metagenmicas nanomtrica
Tasas de produccin y
respiracin a nivel
comunitario

1975 1985 1995 2005

Rodopsinas
Propuesta de Bomba de
trama trfica 50% de la produccin Metabolismo hetetrofo de carbono
microbiana primaria consumida por arqueas marinas
las bacterias Clculo de tasas a
Identificacin de rol de
95% respiracin de los organismos en ciclo del S nivel de organismos y
ceanos es bacteriana poblaciones
Incorporacin de
bicarbonato por bacterias
hetertrofas

Poblaciones especficas son

responsables de procesos
biogeoqumicos centrales (Ej.
AOM, ANAMMOX)

CH4 + SO42- HCO3- + HS- + H2O

Complejidad ambiental
entradas

salidas
Complejidad ambiental
entradas

Procesos???

salidas
Complejidad ambiental: Procesos biogeoqumicos
Tipo Procesos
Fsicos Irradiacin, precipitacin atmsferica, infiltracin de
agua, evaporacin de agua, transporte, erosin,
escorrenta, dilucin, dispersin, volatilizacin,
Qumicos Disolucin de minerales y comp.orgnicos,
precipitacin, fotlisis, reacciones cido-base,
reacciones de xido-reduccin
Biolgicos Crecimiento, muerte, excrecin, predacin, migracin,
competencia, parasitismo, simbiosis, respiracin,
fotosntesis, descomposicin de materia orgnica
compleja, fijacin de N, nitrificacin, desnitrificacin,
amonificacin, reduccin de sulfato, oxidacin de
azufre, oxido-reduccin de hierro, oxidacin anaerobia
de metano, oxidacin anaerobia de amonio,
acetognesis, metanognesis
Complejidad ambiental: Procesos biogeoqumicos
Tipo Procesos
Fsicos Irradiacin, precipitacin atmsferica, infiltracin de
agua, evaporacin de agua, transporte, erosin,
escorrenta, dilucin, dispersin, volatilizacin,
Qumicos Disolucin de minerales y comp.orgnicos,
precipitacin, fotlisis, reacciones cido-base,
reacciones de xido-reduccin
Biolgicos Crecimiento, muerte, excrecin, predacin, migracin,
competencia, parasitismo, simbiosis, respiracin,
fotosntesis, descomposicin de materia orgnica
compleja, fijacin de N, nitrificacin, desnitrificacin,
amonificacin, reduccin de sulfato, oxidacin de
azufre, oxido-reduccin de hierro, oxidacin anaerobia
de metano, oxidacin anaerobia de amonio,
acetognesis, metanognesis
Complejidad ambiental
 Complejidad ambiental

Disciplinas que contribuyen a la comprensin de fenmenos

abordados por la microbiologa ambiental:

Microbiologa de diferentes ambientes, Fisiologa, Ecologa,

Bioqumica, Geoqumica, Gentica, Qumica, Limnologa,
Oceanografa, Edafologa, Geologa, Microscopa, Ingeniera civil y
ambiental
Abordaje multidisciplinario
Ejemplos de impacto de los
microorganismos para la vida en la tierra
Ejemplos de impacto de los microorganismos para la
vida en la tierra: Fotosntesis

Fotosntesis
Ejemplos de impacto de los microorganismos para la
vida en la tierra: Fotosntesis

Foto-sntesis

biomasa
luz

CO2 + 4e- CH2O

Ejemplos de impacto de los microorganismos para la
vida en la tierra: Fotosntesis

Fotosntesis oxignica:

6CO2 + 6H2O C6H12O6 + 6O2

 Cyanobacteria (algas verde-azuladas):
fsiles bacterianos

Las bacterias constituyen las

primeras formas de vida en la
Tierra, generaron las
condiciones para permitir
formas de vida posteriores.

Cyanobacteria fsil en mbar: unos

3.500 millones de aos atrs

Cyanobacterias
actuales
 Ejemplos de impacto de los microorganismos para la
vida en la tierra: Fotosntesis

Fotosntesis oxignica

CO2 reducido, pasa a formar O2 molecular en la atmsfera

biomasa

Fuente de Fuente de Metabolismo Capa de ozono Oxidante en

energa para carbono para aerbico para procesos
procariotas y procariotas y procariotas y geoqumicos
eucariotas eucariotas eucariotas
Proteccin de UV
Gran
rendimiento
energtico Expansin nichos
ecolgicos
Diversidad y
complejidad
Ejemplos de impacto de los microorganismos para
la vida en la tierra: Teora endosimbitica
 Clulas procariotas y eucariotas

Clula procariota Clula eucariota

 Teora endosimbitica (Margulis 1967)

Bacteria Mitocondria Cloroplasto

 Teora endosimbitica (Margulis 1967)

-Tamao y morfologa
-Las mitocondria y los cloroplastos contienen ADN bicatenario circular cerrado
-Doble membrana, lo que concuerda con la idea de la fagocitosis.
-Las mitocondrias y los cloroplastos se dividen por fisin binaria
-En mitocondrias y cloroplastos los centros de obtencin de energa se sitan
en las membranas, al igual que ocurre en las bacterias.
-La sntesis proteica en mitocondrias y cloroplastos es autnoma.
-En mitocondrias y cloroplastos encontramos ribosomas 70s, caractersticos de
procariotas, mientras que en el resto de la clula eucariota los ribosomas son
80s.
-El anlisis del RNAr 16s de la subunidad pequea del ribosoma de
mitocondrias y plastos revela escasas diferencias evolutivas con algunos
procariotas.
las clulas eucariotas se desarrollaron a partir de una asociacin bacteriana
Teora endosimbitica (Margulis 1967)
 resumen
l Los microorganismos tienen importancia clave
para los ecosistemas y las actividades humanas
l La microbiologa ambiental es una rama de la
microbiologa, que interacciona con diferentes
disciplinas para la comprensin de fenmenos
complejos
l Existen microorganismos procariotas y eucariotas
(adems de los virus)
l Presentan importantes diferencias a nivel
estructural
 Siguiente clase
Los diferentes microorganismos y su importancia
para los ecosistemas