Curso: Bioseguridad y Biotecnologa Moderna

Introduccin a la biologa molecular

Raul Blas
Facultad de agronomia
Dpto. Fitotecnia
rblas@lamolina.edu.pe
La tecnologa
es un proceso y un conjunto de conocimientos tanto como
una coleccin de artefactos (Carlson, 2010)
Biologa es tecnologa.
La biologa es la tecnologa ms antigua. A lo largo de la
historia de la vida en la Tierra, los organismos han hecho uso
de unos a otros en formas sofisticadas (Carlson, 2010).
Interaccin entre organismos constituye una economa natural
global que mueve los recursos naturales a escalas desde
molecular a macroscpica

Los seres humanos siempre han dependido explcitamente de

esta economa biolgica para proveerse de alimentos, oxigeno, y
otros servicios.
Hasta hace poco, nuestra economa industrial se bas
principalmente en tecnologas no biolgicas; la revolucin
industrial fue construida principalmente sobre el fuego,
minerales y qumica.
Ahora, nuestra economa parece estar cambiando rpidamente,
y basados en la incorporacin de nuevos organismos cuyos
genomas han sido modificados a travs de la aplicacin del
esfuerzo y el ingenio humano.
 formas de uso agricultura
de la biologa
como tecnologa mejoramiento gentico

e.g. La biorremediacin utilizado para limpiar los contaminantes

(generados por otras tecnologas humana) a travs de la seleccin de las
plantas y los animales que se alimentan de materiales que se consideran
en general como residuos o desperdicios.
1828: Friedrich Wohler , produjo cristales
de Urea

Nacio la quimica organica sintetica

1843-45: Hermann Kolbe, sintetiz acido actico a partir

de sus elementos inorgnicos
http://syntheticbiology.org/ (MIT)

Biologa Sinttica (BS) es

el diseo y construccin de nuevas partes biolgicas,
dispositivos y sistemas.
el rediseo de sistemas biolgicos naturales, ya existentes,
para aplicaciones tiles.

BS se basa en trabajos recientes en la biologa de sistemas

que consiste en la modelacin de sistemas biolgicos, pero
va ms all de la construccin y la estandarizacin de partes
biolgicas, que se unen para formar sistemas ms
complejos.
BS se basa en el desarrollo de las matemticas,
computacin, bioqumica, etc.
La gentica Molecular
La molecularizacin de la gentica en los aos 1950 cambi el
estudio de las herencias en general.
Molecularizacin se refiere:
a la caracterizacin de los procesos biolgicos a la escala de las
proteinas, y cidos nucleicos (ARN, y ADN);
en la identificacin de las modalidades de bloqueo de los
procesos biolgicos elementales por las alteraciones de las
macromolculas.

El desarrollo de cristalografa de rayos X, y resonancia

magntica molecular, en las dcadas antes de 1950
abri la venta al mundo molecular.
Experimento de Frederick Griffith, 1928
El principio de la
transformacion era
DNA
 Que es el DNA?

Componentes fundamentales de los acidos

nucleicos:
Componente acido: Fosfatos
Componente neutro: Azucares
Componente basico: Bases nitrogenadas
Adenina, Guanina, Citosina y Timina
Estructura del ADN

Nucleotidos unidos por enlaces fosfodiester

Cromosomas
ncleo

Clula

DNA doble
hebra
Pares de
bases

Antiparalelismo
de las dos hebras
 Tamano de genomas y numero
de genes en vegetales
Espce Taille physique de Nombre Nombre
Gnome (Mb) chromosomes (n) gnes
Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. 150 5 25.500
Prunus persica (L.) Batsch 300 8 40.000
Oryza sativa L. 450 12 25.000
Eucalyptus grandis W. Hill ex- Maiden 600 11
Brassica rapa L. 650 10
Quercus robur L. 900 12
Lycopersicon sculentum Mill. 980 12
Solanum tuberosum L. 1.540 12
Zea mays L. 2.500 10 50.000
Lactuca sativa L. 2.730 9
Pisum sativum L. 5.000 7
Hordeum vulgare L. 5.200 7
Triticum aestivum L. 16.000 21 50.000-75.000
Tulipa fosteriana L. 30.000 12
Moyenne ~5.000 - 40.100

Source : INRA (2003) ; Borm et al. (2003) ; Delseny, et al. (2004) ;

Gibson & Muse (2004), pb = paire de bases, 1Mb = 106 pb
 Tipos de secuencias del genoma nuclear

Tipo de Nmero de copias Que son?

secuencias por genoma

Secuencias 1 copia o unos Famila multigenica

nicas pocos Genes que codifican proteinas

Secuencias 1000 a 100000 Genes que codifican para ARNr,

medianamen copias ARNt, eventualmente de genes
te repetidas de protinas

Secuencias 100000 a 1000000 No son genes,

altamente Rol poco conocido
repetidas
 Genomas en los organismos

genoma es el conjunto de todas las secuencias de DNA de un individuo o de una

especie.
 Que es un gen?

Un gen es el conjunto de secuencias de

DNA que incluye: Secuencias
estructurales (intrones, exones) y
Secuencias reguladoras, necesarias
para codificar un producto genico, sea
este un RNA maduro de cualquier tipo o
una proteina funcional.
 RNA

Gen
Proteina
Transmisin de la informacin gentica
 Regin reguladora Regin estructural

Secuencias reguladoras Exon1 Intron1 Exon2 Intron2 Exon3 Intron3 Exon4

Transcripcin
Donde?
Cuando?
Que cantidad? Exon1 Intron1 Exon2 Intron2 Exon3 Intron3 Exon4

Pre-mRNA

Maduracin de mRNA

Exon1 Exon2 Exon3 Exon4 AAAAA

Traduccin

Protena
Corte y empalme de exones
30% de
genes
 Cdigo gentico
El codigo genetico es el conjunto de pautas que rigen la transferencia de la
informacion contenida en el mRNA (transcrito del DNA) para la sintesis de las
proteinas
Es la correlacion entre dos lenguajes informativos:
la secuencia de nucleotidos en el mRNA (el lenguaje con 4 letras de los
acidos nucleicos)
La secuencia de aminoacidos en el polipeptido (lenguaje con 20 letras de las
proteinas)
Concretamente, el codigo genetico establece la correspondencia entre los 64
posibles tripletes de bases del mRNA y los 20 aa de las proteinas.
Modelos de representacion
Se han elaborado diversos modelos (tablas, esquemas, etc) para
representar de forma clara y sencilla la correlacion existente entre codones
del mRNA y aa del polipeptido traducido
En todos los modelos, la secuencia del triplete se refiere al codon del
mRNA
Formato en tabla
Video mRNA-aa
Interaccion de los factores de transcripcion con la polimerasa

La flexibilidad del DNA permite la aproximacion fisica de los tres tipos de secuencias
promotoras a pesar de su lejania en la secuencia lineal de DNA. De esta forma los
factores de transcripcion unidos a las regiones basal, proximales, y distales pueden
contactar entre si y con la RNA polimerasa II, por lo que participan en forma conjunta
en el control del inicio de la transcripcion.
Genes constitutivos; aquellos que se expresan de una forma constante, a la misma
velocidad en todo momento de la vida celular (~ genes domesticos o
caseros(housekeeping genes)
Genes inducibles; estan reguladas en tiempo y espacio (~genes regulables o de expresion
diferencial), los TFs que regulan estos genes no estan presentes en la celula de forma
continua, sino que se sintetizan o se activan en momentos especificos o en tejidos
particulares.
 Herramientas bsicas de biologa Molecular

Enzimas de restriccin
Ligacin
PCR
Electroforesis
Hibridacin
Southern Blot
Enzimes de restriccion

Secuencias Palindromicas

Sequence is symmetrical
about the center point

Point of cleavage

5 3
G A A T T C

C T T A A G
3 5

Point of cleavage
Restriction enzymes

Corte de DNA con EcoRI

Mecanismos de Ligacin

ATP
Mecanismo de ligacion
Electroforesis
Sonda (probe)
es un fragmento de DNA de longitud variable (~ 100-1000 bases
longitud)
Es usado para detectar muestras de DNA o RNA (la presencia de
secuencia de nucleotidos que son complementarios a la secuencia
de la sonda)
La sonda de hibridizacion es marcado radiactivamente
(communmente con 32P) o con marcdores inmunologicos como
digoxigenin.
La sonda marcada es denaturada (por calentamiento) en simples
hebras de DNA y hibridizada al DNA objetivo (target DNA)
(Southern blotting) or RNA (northern blotting)
Se immobiliza sobre la membrana.
Secuencias de DNA complementrias a la sonda son detectadas
por la visualizacion de la sonda a traves de la autoradiografia.
Hibridacin

Sonda DNA CGCAGATCTAATATAT

Sonda Marcada
CGCAGATCTAATATAT

Hibridacion

CGCAGATCTAATATAT
CCTTCCGGAATTAGCGTCTAGATTATATACCAGAATAGGCTA

DNA Blanco
Gel despues de Detectado con sondas
electroforesis hibridadas
Southern Blot
Es el procedimiento por el cual se transfiere el DNA que
ha sido digerido y corrido en un gel de agarosa (0,8%),
hacia una matriz slida tal como es una membrana de
nylon.
El total de DNA que se digeri se corre en un gel de
agarosa (0,8%).
El ADN se encuentra en forma de fragmentos de doble
cadena que son muy cortos (100 pb) y otros muy
grandes (15000 pb), por lo que el gel es sometido a
determinadas soluciones para que los fragmentos puedan
ser transferidos hacia la matriz slida en forma de
cadenas simples. (NaOH)
NaOH 0.4M
 10.000 ans de
4. Era omica
processus de
domestication et
Genomica
dagriculture
Proteomica
Metabolomica

Capacidad de analisis de genoma completo

Sintesis de genes?
 RNAi, snRNA, miRNA Regulacin/expresin
gnica

tRNA Transferencia

DNA rRNA Ribosomas

Fenotipo

mRNA Protena metabolitos

Genoma Transcriptoma Proteoma Metaboloma

Informacion
Biologica
Genome

mRNAs 1

Proteome 1

Genome
Genome

mRNAs 3

mRNAs 2

Proteome 3
Proteome 2
Perspectivas-conclusiones
Animales y plantas se convierten en objetivo
(blanco) como biorreactores naturales para
producir nuevos productos, los que nunca fueron
creados por mutagenesis, cruzamientos o
seleccion

Esta nueva tecnologia facilita(r) el desarrollo

radical de nuevas terapias medicas,y sistemas de
diagnostico.
 Contribucion de la biotecnologia molecular:

Proporciona la posibilidad de diagnostico mas fino de las enfermedades y

prevencion o cura de un amplio rango de enfermedades infecciosas y geneticas.
Incremento del rendimiento de los cultivos (resistencia a stres biotico y abiotico)
Desarrollo de micro-organismos que producen quimicos, antibioticos, polimeros,
aminoacidos, enzimas y varios aditivos de los alimentos.
Desarrolla ganado y otros animales con determinada atributos geneticamente
superiores.
Facilita la remocion de los contaminantes y material basura del ambiente
(bioremediacion)
Reacciones (-) de la sociedad sobre biotecnologia
Dos aspectos de la biotecnologia pueden haber contribuido a la
incertidumbre :
La velocidad con que fueron adoptadas en algunos sectores economicos y
llegada asombrosa en el mercado

Tiempo transcurrido
Inicio de la para comercializacion
Tecnologia Invencion produccion (anos)
Lapicero 1888 1938 50
Television 1907 1936 29
Transgenicos 1983 1994 11

El periodo corto de tiempo probablemente no es suficiente para aprender

y acostumbrarse a productos transgenicos
 10.000 aos de
Evolucion en la procesos de
Produccion de
alimentos domesticacion y de
agricultura

Tomate silvestre
Tomate cultivada
Capacidad de analisis de genomas
2 Hibridacion y seleccion

4. Genmica

Ingenieria
Sintesis de genes Genetica

3 OGM
 Conclusiones

Para la ingeniera de sistemas biolgicos, necesitaremos

aprender considerablemente mas sobre la forma como las
piezas biolgicas trabajan juntas.
Desafos surgirn que no son obvias de la observacin de
todos los sistemas funcionales, pre-existentes.
Con el tiempo, vamos a comprender y abordar los desafos, el
uso de la biologa va a cambiar drsticamente en el proceso.