Laporan Praktikum Hari/Tanggal : Kamis/1 dan 8 Desember 2016

Bioinformatika Waktu : 08.00 - 11.00 WIB

PJP : Dr Laksmi Ambarsari, MS
Asisten : M Maftuchin Sholeh
Rini Kurniasih
Annisa Dhiya AK
Nahdah Sholihah

PENAMBATAN MOLEKULER
(Analisis Potensi Rutin sebagai Inhibitor -Amilase Pankreas)

MUHAMMAD ALWIN AZHARI

G84130075

DEPARTEMEN BIOKIMIA
FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
BOGOR
2016
 2

PENDAHULUAN

Penambatan molekuler (molecular docking) merupakan teknik dalam

bioinformatika yang digunakan untuk memprediksi interaksi molekul-molekul
tertentu, misalnya protein, karbohidrat, lipid, asam nukleat, dan senyawa-senyawa
metabolit sekunder. Interaksi antar-molekul tersebut dianalisis dengan berbagai
perangkat lunak yang dapat memberikan informasi yang dibutuhkan, seperti
ikatan hidrogen, afinitas penambatan, sisi aktif pengikatan, dan sebagainya
(Selvaraj et al. 2016). Saat ini, penambatan molekuler yang paling populer adalah
memprediksi interaksi antara enzim dengan molekul lain, baik substrat maupun
inhibitor enzim tersebut. Penambatan molekuler juga dapat digunakan sebagai
studi pendahuluan sebelum melakukan penelitian lebih lanjut di laboratorium. Hal
tersebut akan menjadikan penelitian lebih efektif dan efisien dari segi waktu,
bahan, dan biaya penelitian (Wilson dan Walker 2000).
Amilase adalah enzim yang berfungsi memecah amilum menjadi bentuk
yang lebih sederhana, yaitu glukosa. Enzim ini sangat berperan dalam sistem
pencernaan. Amilase dihasilkan oleh pankreas dan kelenjar saliva (Nelson dan
Cox 2008). Enzim amilase memiliki beberapa struktur, yaitu , , dan amilase.
Enzim -amilase adalah calsium metalloenzymes, yaitu enzim yang hanya dapat
bekerja jika ada ion kalsium. Enzim -amilase bekerja pada seluruh lokasi rantai
amilum dan amilopektin secara acak. Enzim -amilase disintesis oleh jamur,
bakteri, dan tanaman untuk mengkatalisis reaksi hidrolisis ikatan -1,4- glikosidik.
Enzim -amilase merupakan amilase yang berfungsi untuk memutus ikatan -1,6-
glikosidik. Enzim -amilase berbeda dengan yang lain karena dapat bekerja paling
optimum pada pH 3 atau lingkungan asam (Wahyuntari 2011).
Rutin merupakan senyawa metabolit sekunder yang juga biasa disebut
kuersetin-3-O-rutinosida. Rutin memiliki struktur yang mirip dengan kuersetin,
yaitu berupa glikosida flavonoid dan hanya berbeda pada gugus fungsi hidroksil.
Rutin dan kuersetin banyak digunakan dalam pengobatan dan proteksi pembuluh
darah, serta sebagai antioksidan. Selain itu, beberapa penelitian terdahulu juga
menyatakan bahwa rutin memiliki efek hipoglikemik, anti-diabetes, stimultan
osteoblas, anti-depresan, anti-asmatik, dan anti-nosiseptif (Selvaraj et al. 2016).
Penambatan molekul rutin terhadap -amilase pankreas dilakukan untuk
mengetahui aktivitas dan potensi rutin sebagai antidiabetes. Enzim -amilase

Gambar 1 Struktur molekul rutin (Dar dan Tabassum 2012)

 3

pankreas mengubah karbohidrat atau polisakarida menjadi molekul yang lebih

sederhana, misalnya glukosa. Aktivitas enzim tersebut akan menyebabkan kadar
glukosa meningkat. Jika aktivitas -amilase pankreas dapat dihambat oleh suatu
inhibitor, proses penghasilan glukosa akan terhambat dan kadar glukosa juga
menurun (Dar dan Tabassum 2012). Tujuan praktikum ini adalah menganalisis
potensi molekul rutin sebagai inhibitor -amilase pankreas secara in silico atau
penambatan molekuler (molecular docking).

METODE

Tempat dan Waktu

Praktikum ini dilaksanakan di RK FKH B1, Fakultas Kedokteran Hewan,

Institut Pertanian Bogor, pada hari Kamis, 1 dan 8 Desember 2016 pukul 08.00
11.00 WIB.

Alat dan Bahan

Alat-alat yang digunakan dalam percobaan ini meliputi seperangkat

personal computer, smartphone, flashdrive, dan koneksi internet. Adapun bahan
yang digunakan adalah perangkat lunak, seperti MarvinView 6.0.0, Discovery
Studio, AutoDock Tool dan AutoDock Vina, Command Prompt, LigPlot, struktur
reseptor (dari PDB (rcsb.org)) yaitu -amilase pankreas (5EOF) dan ligan rutin
(5280805).

Prosedur

Pengambilan data reseptor.pdb

Data yang diperlukan adalah struktur enzim -amilase pankreas diambil
melalui Protein Data Bank dengan kode 5EOF yang digunakan sebagai reseptor.
Data reseptor diunduh struktur 3D-nya dan dibuka menggunakan Discovery
Studio Visualizer untuk menghilangkan ligan yang masih menempel di protein
5E0F, menghilangkan H/water dan Hetatm, kemudian reseptor disimpan dengan
format *.pdb.

Pengambilan data ligan.pdb

Preparasi struktur ligan berupa rutin dengan cara mengunduh struktur tiga
dimensi dari PDB berformat *.sdf. Ligan berformat .sdf dibuka menggunakan
MarvinView dan disimpan dalam format *.pdb. Penambahan atom hidrogen polar
menggunakan aplikasi Discovery Studio Visualizer dan disimpan sebagai
Ligan.pdb.

Persiapan reseptor.pdbqt dan ligan.pdbqt

Reseptor.pdb dibuka menggunakan aplikasi AutoDock Tools 1.5.6.
Penambahan atom hidrogen yang polar ditambahkan pada Reseptor.pdb.
Perhitungan muatan Gasteiger dilakukan. Reseptor dipilih sebagai Macromolecul
 4

dan disimpan dalam format Reseptor.pdbqt. Ligan disimpan dalam bentuk

Ligan.pdbqt. Selanjutnya, Ligan.pdb dibuka menggunakan AutoDock Tools 1.5.6.
Banyak torsi ligan ditentukan lalu disimpan dalam bentuk Ligan.pdbqt.

Persiapan paramater penambatan

Pemilihan Set Map Types dilakukan dengan memilih Ligan.pdbqt dan
Reseptor.pdbqt. Koordinat penambatan ligan alami berdasar pada blind docking.
Koordinat penambatan ligan uji dilakukan pada posisi -8.352, 21.422, dan -18.918
center (x, y, z) pada ukuran penambatan sebesar 70, 80, dan 70 (x, y, z), dan
Angstrom sebesar 1, pilih file lalu close saving current dan close AutoDock.

Simulasi penambatan ligan terhadap enzim reseptor

Perangkat ini diperintah menggunakan aplikasi Command Prompt (CMD).
Reseptor, ligan dan aplikasi AutoDock Vina disimpan di dalam suatu folder vina.
Perintah docking ditulis dalam bentuk coding di CMD dan diperoleh data docking
berupa file log.txt. Pengulangan penambatan dilakukan menggunakan perintah
num_modes sebanyak 20 kali. Luaran hasil dari perangkat lunak diperoleh dalam
bentuk log.txt. Energi afinitas (kcal/mol) terbaik diperoleh pada mode pertama
(yang dipilih untuk disatukan dengan resptor) yang memiliki delta G paling kecil.
Hasil docking ligan disatukan dengan reseptor menggunakan perangkat lunak
Discovery Studio dan disimpan dalam *.pdb.

Analisis hasil interaksi ligan dengan reseptor menggunakan LigPlot 1.5.4

file *.pdb hasil docking yang telah disatukan pada Discovery Studio
(penyatuan terakhir) dibuka di LigPlot dan klik run maka diperoleh gambar
struktur 2D. Pengamatan menggunakan LigPlot diperoleh gambar dua dimensi
dengan penambatan reseptor dan ligan. LigPlot 1.5.4 menghasilkan data berupa
panjang energi ikatan hidrogen dan jenis interaksi residu asam amino reseptor
dengan ligan uji pada jarak < 5 dan residu asam amino hidrofobik.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Penambatan molekuler yang dilakukan pada percobaan ini menggunakan

molekul rutin sebagai ligan, dan -amilase pankreas sebagai reseptor. Penambatan
molekuler secara in silico menggunakan beberapa perangkat lunak, yaitu
MarvinView 6.0.0, Discovery Studio, AutoDock Tool dan AutoDock Vina,
Command Prompt, dan LigPlot. Setiap perangkat lunak memiliki peran masing-
masing terutama dalam tahap preparasi ligan dan reseptor yang akan saling
ditambatkan. Hasil penambatan molekuler rutin dengan -amilase pankreas
ditampilkan dalam beberapa parameter interaksi kedua molekul tersebut (Tabel 1).
Selain itu, hasil penambatan molekuler rutin dengan -amilase pankreas dapat
divisualisasi dengan perangkat lunak LigPlot (Gambar 2) sehingga tampak residu-
residu sam amino yang berperan dalam interaksi antara kedua molekul tersebut
beserta dengan jarak ikatannnya.
 5

Tabel 1 Hasil penambatan molekul rutin pada -amilase pankreas (5EOF)

Posisi
Residu asam
G Jarak ikatan gugus Residu asam
Ligan amino ikatan
(kkal/mol) hidrogen () dengan amino hidrofobik
hidrogen
ligan
2.82 Asp720 O4
2.70 Met719 O5
3.04 Ser719 O5
2.90 Lys80 O5
Glu77, Phe69,
2.87 Leu717 O5
Rutin -7.9 Ser73, Glu70,
2.96 Leu717 O6
Ile710, Lys66
3.24 Thr76 O6
2.94 Arg713 O8
3.25 His709 O10
3.11 Glu706 O11

Tabel 1 menunjukkan bahwa terdapat beberapa parameter yang dapat

dijadikan acuan dalam memprediksi interaksi antara molekul rutin dengan -
amilase pankreas. Penambatan (docking) yang dilakukan pada percobaan ini
adalah blind docking, yaitu penambatan molekuler secara acak atau tidak berfokus
pada satu titik interaksi saja. Selain itu, blind docking juga dapat digunakan untuk
memprediksi sisi pengikatan yang mungkin terjadi antara ligan dan reseptornya.
Parameter yang dapat dianalisis dari hasil penambatan molekuler antara lain G
atau afinitas penambatan, jarak ikatan hidrogen, residu asam amino ikatan
hidrogen, posisi gugus dengan ligan, dan residu asam amino hidrofobik.
Nilai G atau afinitas penambatan menunjukkan kemampuan kedua
molekul untuk saling tertambat. Nilai G yang baik adalah yang bernilai negatif
dan akan semakin baik jika nilainya semakin kecil (semakin negatif). Afinitas
penambatan atau G dari interaksi antara rutin dengan -amilase pankreas pada
percobaan ini adalah -7.9 kkal/mol. Nilai tersebut tergolong cukup baik dan
menunjukkan bahwa rutin dapat menambat pada -amilase pankreas. Pada
interaksi antara rutin dengan -amilase pankreas ini, diperoleh beberapa residu
asam amino yang berperan dalam pembentukan ikatan hidrogen dan interaksi
hidrofobik. Residu asam amino yang berperan dalam pembentukan ikatan
hidrogen antara lain, Asp720, Met719, Ser719, Lys80, Leu717, Leu717, Thr76,
Arg713, His709, dan Glu706. Adapun residu asam amino yang berperan dalam
interaksi hidrofobik antara lain, Glu77, Phe69, Ser73, Glu70, Ile710, dan Lys66.
Komposisi residu-residu asam amino yang berperan dalam pembentukan
ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobik juga menentukan kestabilan penambatan
ligan dengan reseptor. Penambatan molekuler yang memiliki residu ikatan
hidrogen yang lebih banyak daripada residu hidrofobik dianggap lebih baik
(Selvaraj et al. 2016). Hasil penambatan antara molekul rutin dengan -amilase
pankreas pada percobaan ini memiliki residu asam amino pembentuk ikatan
hidrogen sebanyak 10 residu, sedangkan residu hidrofobik berjumlah 6 residu. Hal
tersebut menunjukkan bahwa hasil penambatan molekuler cukup baik dan
interaksi antara rutin dan -amilase pankreas juga terjadi dengan baik.
Residu hidrofobik merupakan tempat menempelnya ligan pada reseptor,
sedangkan residu ikatan hidrogen menunjukkan kekuatan ikatan yang terjadi
antara ligan dengan reseptor.
 6

Gambar 2 Visualisasi penambatan rutin dengan -amilase pankreas

Setiap residu ikatan hidrogen memiliki sisi ikatan yang berbeda-beda.

Hasil penambatan molekul rutin dengan -amilase pankreas menunjukkan bahwa
residu Asp720 tertambat di atom O4 pada rutin. Residu Met719, Ser719, Lys80,
dan Leu717 tertambat di atom 05 pada rutin. Residu Leu717 dan Thr76 tertambat
pada O6. Residu Arg713, His709, dan Glu706 masing-masing tertambat pada
atom O8, O10, dan O11. Ikatan hidrogen menunjukkan kekuatan ikatan yang
terjadi antara ligan dengan reseptor. Semakin pendek jarak ikatan hidrogen yang
terbentuk, semakin kuat pula ikatan tersebut (McMurry 2008). Jarak ikatan
hidrogen yang terbentuk pada residu ikatan hidrogen berkisar antara 2.70-3.25 .
Nilai tersebut dianggap masih cukup baik dan mengindikasikan bahwa rutin
tertambat cukup kuat pada -amilase pankreas. Dengan demikian, berdasarkan
parameter hasil penambatan molekuler rutin dengan -amilase pankreas, dapat
diketahui bahwa rutin berpotensi sebagai inhibitor -amilase pankreas karena
memiliki beberapa sisi penambatan pada enzim tersebut dan memiliki efek
hipoglikemik dan antidiabetes.
 7

SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Analisis potensi rutin sebagai inhibitor -amilase pankreas dapat

dilakukan dengan teknik penambatan molekuler (molecular docking).
Berdasarkan parameter hasil penambatan molekuler, dapat disimpulkan bahwa
rutin berpotensi sebagai inhibitor -amilase pankreas dengan afinitas penambatan
(G) sebesat -7.9, memiliki 10 residu asam amino ikatan hidrogen berpanjang
ikatan 2.70-3.25 , dan juga memiliki 6 residu asam amino hidrofobik.

Saran

Analisis penambatan molekuler yang dilakukan hanya sebatas blind

docking sehingga diperlukan analisis lebih lanjut mengenai sisi pengikatan paling
efektif yang mengoptimalkan efek rutin sebagai inhibitor -amilase pankreas.

DAFTAR PUSTAKA

Dar MA, Tabassum N. 2012. Rutin-potent natural thrombolytic agent.

International Current Pharmaceutical Journal. 1(12): 431-435.
McMurry J. 2008. Organic Chemistry 8th Edition. New York (US): W.H. Freeman
and Company.
Nelson DL, Cox MM. 2008. Lehninger Principles of Biochemistry 5th edition.
New York (US): W.H. Freeman and Company.
Selvaraj G, Kaliamurthi S, Thruganasambandam R. 2016. Molecular docking
studies of rutin on matrix metalloproteinase. iMedPub Journals. 1(4):1-5.
Wahyuntari B. 2011. Penghambat -amilase : jenis, sumber, dan potensi
pemanfaatannya dalam kesehatan. Jurnal Teknologi dan Industri Pangan.
22(2): 197-201.
Wilson K, Walker J. 2000. Principles and Techniques of Practical Biochemistry
5th Edition. Cambridge (AU): Cambridge University Press.