TEMA 2. ESTRUCTURA Y FUNCIN DE PROTENAS.

NIVELES ESTRUCTURALES EN PROTENAS Y

CONFORMACIN TRIDIMENSIONAL

1. CLASIFICACIN DE LAS PROTENAS

En base a su funcin, podemos distinguir:

Protenas catalticas: enzimas: sacarasa, tripsina

Protenas de transporte: hemoglobina, mioglobina, citocromos
Protenas de almacenamiento o reserva: ovoalbmina, casena
Protenas contrctiles: actina, miosina
Protenas estructurales: colgeno, queratina
Protenas de defensa: anticuerpos, trombina
Protenas reguladoras: hormonas, protenas de unin a DNA, receptores de
membrana

En base a su estructura-forma:

Fibrilares: cadenas lineales alineadas juntas.

Globulares: cadenas enrolladas en formas compactas.

En base a su composicin, distinguimos entre simples, puramente proteicas, y conjugadas,

teniendo en cuenta el grupo prosttico que se encuentra unido a ellos, grupo qumico no
proteico:

Lipoprotenas: unidas a lpidos.

Glucoprotenas: unidas a glcidos.
Fosfoprotenas: con grupos fosfato, como la casena.
Hemoprotenas: con un grupo hemo, en la hemoglobina.
Flavoprotenas: con nucletidos flavina, como el succinato.
Metaloprotenas: con Fe, Zn, Ca, Mb

2. ESTRUCTURA DE PROTENAS

ESTRUCTURA PRIMARIA: protena como secuencia de residuos de aminocidos,

presentando adems enlaces disulfuro, en el caso de que los haya. Es importante
conocerla, ya que el cambio en un aminocido en la secuencia puede dejar inactiva a
una protena.
Protenas homlogas: son aquellas cuya secuencia de aminocidos es muy parecida, lo
cual indica un parentesco evolutivo en las especies que las posean.

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 ESTRUCTURA SECUNDARIA: referida a las conformaciones tridimensionales de las
regiones localizadas de una protena, teniendo en cuenta las restricciones de rotacin
y geometra plana del enlace peptdico. As, observamos la disposicin espacial de
distintos aminocidos adyacentes entre s. Las formas que la protena toma son:
- Alpha-hlice: una porcin de la protena gira en espiral a la derecha para formarla,
teniendo cada giro 4 residuos de aminocidos aproximadamente, experimentando
cada grupo carbonilo un enlace de hidrgeno con un amino 4 residuos ms all en
la cadena. Las cadenas laterales se mantienen hacia el exterior de la hlice.
- Beta-lmina plegada: se forma por alineacin de 2 o ms cadenas proteicas unas
al lado de otras, producindose enlace de hidrgeno entre el grupo carbonilo y
amino de lminas vecinas. Las cadenas laterales se posicionan bajo y sobre la
lmina, alternadamente.
Suelen formarlas residuos con grupos laterales pequeos, cuya ausencia de
impedimento estrico permite la formacin de enlaces de hidrgeno.
ESTRUCTURA TERCIARIA: es referida a la forma tridimensional que toma la protena,
buscando sta proporcionar la mxima estabilidad. Ya que puede tomar diferentes
conformaciones, observaremos que ser diferente con el medio. En medio acuoso, la
protena exhibe hacia el exterior en la superficie los grupos polares, que interactan
con el agua, maximizando la estabilidad.
Las fuerzas intramoleculares que soportan la estructura terciaria de una protena son
bastante dbiles, con lo que la aplicacin de una fuente de calor puede hacer que esta
estructura se pierda en un proceso llamado desnaturalizacin, volviendo la protena a
su estructura primaria, que permanece intacta. Este proceso que tambin puede
suceder por cambios de solvente o pH es irreversible normalmente, y conlleva la
prdida de funcin de la protena, altamente relacionada con la forma 3D de sta.
ESTRUCTURA CUATERNARIA: llamamos as a la unin de dos o ms protenas
plegadas, a las que llamamos subunidades, que forman un complejo proteico.

Cmo surgen estas estructuras y qu fuerzas las mantienen con forma?

3. ORIGEN DE LAS ESTRUCTURAS PROTEICAS

Ya se ha visto que las protenas se encuentran compuestas por la unin de numerosos

aminocidos mediante enlace peptdico. Adems de las uniones de estos, encontramos sus
cadenas laterales con movilidad, con lo que cada protena puede presentar incontables
conformaciones.

Hablaremos de estabilidad proteica cuando nos refiramos a la tendencia de una protena a

mantener su estado nativo, es decir, la forma plegada en la que es activa funcionalmente.
Ser necesario para alcanzar este estado, que la protena presente una G mnima.

Encontramos enlaces muy fuertes en cadenas peptdicas como los puentes disulfuro. Sin
embargo, las uniones que reducen la energa de la protena dando lugar a la conformacin ms

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estable son las interacciones dbiles. Mantendrn la estructura los puentes de hidrgeno y las
interacciones inicas que se den en cadenas laterales de aminocidos cargados en caso de que
los haya (son ms fuertes a menor constante dielctrica del medio, la cual es muy baja en el
interior de las protenas, ptimas con grupos cargados separados por 3 residuos). As, es
importante para encontrar el estado de mnima energa el empaquetamiento en el interior de
la protena de las cadenas hidrofbicas, que no produzcan repulsin con el agua que
encontramos en medio fisiolgico.

Hablbamos de 2 tipos de enlaces que tomaran valores entre -180 y +180 a lo largo
del enlace peptdico: los ngulos PHI y PSI. En teora, pueden tomar cualquier valor en ese
rango, pero los impedimentos estricos causados por grupos laterales a lo largo del esqueleto
polipeptdico impiden que la estructura se mantenga para determinados valores de ellos.

As, dnde vemos qu valores de PHI y PSI dan lugar a conformaciones estables? Los
diagramas de Ramachandran muestran una representacin de parejas de valores de estos dos
ngulos que las permiten. Es decir, observaremos que ngulos dan lugar a conformaciones
favorables y cules a desfavorables.

ESTRUCTURAS SECUNDARIAS DE PROTENAS SEGN LOS NGULOS DE

RAMACHANDRAN

En las zonas que dan estructuras favorables en el diagrama de Ramachandran,

encontramos algunas combinaciones de valores de los ngulos PHI y PSI, que si se repiten
continuamente a lo largo de la cadena polipeptdica para residuos adyacentes dan lugar a
estructuras secundarias reconocibles. En resumen, para que estas sean estables:

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 Los valores de PSI y PHI han de ser favorables segn Ramachandran y han de repetirse
entre residuos adyacentes.
Ha de ser posible la estabilizacin de la estructura por interacciones no covalentes, as
como por un extenso patrn de puentes de hidrgeno.

La repeticin de valores de ngulos de Ramachandran originarn:

Hlices alpha (-57; -47): se determin la hlice alpha por Linus Pauling en 1948, como
un ascenso helicoidal de aminocidos en el que cada giro era de 5,4 angstrom,
encontrndose 3,6 residuos aminoacdicos en cada uno.
Se demostr que aun cumplindose los datos anteriores con normalidad, podran
aparecer curvaturas o dobleces en el eje de la hlice.
En cuanto al sentido de crecimiento de la hlice del extremo amino terminal al carboxi
terminal, distinguimos entre:
- Dextrgiras: suelen estar formadas por aminocidos de la serie L. Es la hlice tpica
que se da en los seres vivos.
- Levgiras: suelen estar formadas por aminocidos de la serie D.

Como excepcin en aminocidos que forman alpha hlices, encontramos la prolina y la

glicina. En el caso de la primera, el tomo de nitrgeno forma parte de un anillo rgido
y no hay rotacin posible en el enlace PHI. Adems, el nitrgeno no posee hidrgeno
que aporte enlace con otros residuos. En el caso de la glicina, su alta flexibilidad da
lugar a polmeros de estructura arrollada muy diferente a la alpha-hlice.

Los parmetros para una de estas hlices sern:

En esta ecuacin, n ser el nmero de residuos aminocidos por vuelta en la hlice, y h, la

altura que se eleva entre cada dos residuos a lo largo del eje vertical.

En cuanto a la forma de nombrarlas, por ejemplo, llamamos a la alpha-hlice una hlice 3,613,
al tener 3,6 residuos por vuelta, dndose un puente de hidrgeno entre el oxgeno del primer
residuo, y el hidrgeno de un residuo posterior de tal manera, que contando tomos a travs
del esqueleto, ste sea el tomo nmero 13. Tambin, podemos denominarla n > n+4,
dndose cada enlace 4 residuos despus.

Lminas beta (-139; +135, antiparalela / -119; +113, paralela): tambin descubierta
por Pauling y Corey. En esta estructura, encontramos el esqueleto polipeptdico en
zigzag, unindose entre varias cadenas lateralmente, por puentes de hidrgeno
intermedios (no encontramos puentes de hidrgeno en las cadenas individuales que
forman la lmina). Las cadenas laterales, son dispuestas hacia arriba y debajo de la
lmina de forma alterna.
En el caso de las formadas por cadenas antiparalelas, la disposicin del esqueleto da
lugar a enlaces de hidrgeno lineales, ms estabilizantes que los distorsionados
enlaces de hidrgeno de cadenas paralelas.

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 ELEMENTOS DE ESTRUCTURA SUPERSECUNDARIA O MOTIVOS ESTRUCTURALES:

Alpha hlice giro alpha hlice: entre los ms comunes, el motivo de unin a DNA y
el motivo de unin a calcio. Son formados por 4 residuos, conectando tambin
cadenas polipeptdicas en la formacin de lminas beta, o stas con alpha-hlices. En
ellos que el oxgeno del grupo carbonilo del primer residuo forma enlace de hidrgeno
con el amino del cuarto.
Solemos encontrar en ellos residuos de glicina, muy pequeo y flexible, y prolina, que
favorece la curvatura de la cadena.
Horquilla beta: encontraremos con muchsima frecuencia hebras beta unidas por un
lazo. Una horquilla beta es la unin de dos lminas por un lazo de forma antiparalela.
Estos lazos suelen tener entre 2 y 5 restos aminoacdicos, sin tener una funcin
especfica asociada.
Greca: supone la unin de 4 lminas beta antiparalelas mediante 3 giros. No se
encuentran asociadas a ninguna funcin especfica.
Beta Alfa Beta: una hlice alpha posibilita la unin de dos lminas beta de forma
paralela mediante dos giros. La longitud de estos vara desde los uno o dos restos a
cientos de ellos. El primer giro de unin beta-alfa, suele tener carcter funcional o de
sitio activo.
Dominios: distinguimos los funcionales, evolutivos y estructurales. Estos son la unidad
fundamental de la estructura terciaria de una protena, pudiendo plegarse de forma
independiente mantenindose estable, es decir funcionar como una protena
independiente de su estructura cuaternaria. Se forman por combinacin de motivos
estructurales.
Las protenas se forman con frecuencia por diferentes dominios.
- SH3: unin de secuencias ricas en prolina.
- SH2: unin con tirosina fosforilada.
- PH: unin de lpidos a fosfoinositol.
- Catalticos: PLC, Kinasa, GDP, GTP.

Conociendo los distintos motivos estructurales, podemos clasificar las protenas en 4 tipos
segn los elementos de estructura secundaria que poseen, atendiendo a la clasificacin de
Levitt y Chothia:

1) PROTENAS ALPHA: son protenas formadas principalmente por hlices alpha, siendo
globulares, de membrana, estructurales
En el corazn de la estructura, se dan atracciones para la unin de sta, que mantiene
hacia el exterior las cadenas hidroflicas, que dan a la molcula una gran solubilidad.
Son protenas muy verstiles, de estructura muy cambiante. Distinguimos:
- Coiled coils: empaquetamiento de 2 hlices.
- Four helix bundles: empaquetamiento de 4 hlices.

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2) PROTENAS ALPHA-BETA: encontramos varios tipos de estructuras, en los que las
alpha hlices rodean a las beta lminas. Los lazos que las unen forman sitios de unin,
implicados en procesos catalticos y de reconocimiento proteico:
- TIM Barrel: triosa fosfato isomerasa. Los barriles alfa beta estn compuestos por
8 lminas beta. Tienen actividad enzimtica.
- Rossman fold: dominio de unin a nucletidos.
- Horseshoe fold: con secuencias repetitivas con patrones especficos de leucinas.
3) PROTENAS BETA: grupo multifuncional de protenas formadas por agrupacin de
desde 4 a ms de diez lminas beta antiparalelas. Se unen en forma de un barril que
mantiene hacia el interior los grupos hidrofbicos. Toman varias formas:
- Up and down barrels.
- Greek key.
- Jelly roll barrels.
4) PROTENAS ALPHA + BETA: son protenas en las que distinguimos muy claramente
dominios alpha y dominios beta puros.