Estructura del ADN y de los ARNs

El cido desoxirribonucleico (ADN) est constituido por cadenas de desoxirribonucletidos y el

cido ribonucleico (ARN) por cadenas de ribonucletidos (ambas monofosfato). Kas uniones
entre nucletidos se realizan mediante enlaces fosfodister

Entre el ADN y el ARN, existen tres diferencias claras:

el azcar integrante del ARN es la ribosa

el ARN contiene uracilo en lugar de timina

el ARN est formado por una nica cadena

Adems, existen tres tipos diferentes de ARN, cada uno de los cuales desempea una funcin
diferente, el mensajero (ARNm), el transferente (ARNr) y el ribosmico (ARNr)

Podemos distinguir varios niveles estructurales en los cidos nucleicos. La estructura primaria o
secuencia indica el orden en que se encuentran los nucletidos. La ordenacin regular y estable
que adopten los nucletidos puede denominarse estructura secundaria, la ms conocida es la
estructura de la doble hlice del ADN, descubierta por Watson and Crick en 1953.

Estructura primaria de los cidos nucleicos. Secuenciacin

Una vez definido si el cido nucleico es un ADN o un ARN, la secuencia de nucletidos o
estructura primaria solo vara segn las bases. Por eso un cido nucleico puede representarse
por la secuencia de bases, cada base representa al nucletido que la porta.
En 1977 se desarrollaron dos mtodos para la secuenciacin de DNA, que nos permiten
secuenciar fragmentos de entre 200 y 400 pb:

Mtodo de Maxan y Gilbert..............................Hidrlisis qumica parcial

Mtodo de Sanger, Niklen y Coulson................Sntesis parcial

Para el desarrollo de ambos casos es necesario proceder segn una serie de pasos comunes.

Secuenciacin de cidos nucleicos etapas comunes a ambos mtodos

-Desnaturalizacin para separar las hebras del DNA

-Marcaje del extremo del DNA de forma que pueda visualizarse. Normalmente se marca el
extremo 5 usando 32P, un radioistopo que emite partculas beta.

- Reducir el DNA a cuatro sets de fragmentos marcados.

-Despus se hace una electroforesis de acrilamida de alta concentracin que permite separar
fragmentos de cidos nucleicos que se diferencian tan slo en un nucletido. El gel de
secuenciacin es un gel de poliacrilamida muy largo y muy fino que se corre a unos 70C para
evitar hibridaciones.

En el Mtodo de Maxan y Gilbert esto se consigue dividiendo la muestra de DNA monocatenario

y marcado en cuatro partes. Cada una de estas porciones de muestra se trata con
procedimientos qumicos que permiten la rotura de la cadena por un tipo de base, eliminando
dicha base. Esto genera una serie de fragmentos que pueden separarse por electroforesis, solo
se visualizarn aquellos que contienen el extremo 5`marcado.

El mtodo de Sanger consiste en hacer la sntesis de la cadena complementaria en presencia de

la DNA polimerasa e introduciendo un nucletido malo de forma que la polinucleasa termina y
no contina la sntesis de la cadena complementaria. Como nucletido defectuoso suele usarse
el dideoxinucletido. El dideoxinucletido no posee el grupo 3`hidroxilo por lo que no puede
enlazarse con el siguiente nucletido y la sntesis se detiene. La polimerasa necesita un primer,
que se marca con radioactividad o fluorescencia; en la sntesis se utilizan pequeas cantidades
del nucletido defectuoso con lo que la sntesis se ir parando en diferentes puntos.

El resultado, si utilizamos la citosina defectuosa dideoxycitosina, ser la obtencin de

fragmentos de diferente longitud y marcados, terminados en citosina. Despus de separar los
fragmentos en un gel de acrilamida capaz de diferenciar fragmentos cuyo peso molecular se
diferencie en una sola base, podemos obtener la secuencia complementaria a la cadena que se
desea secuenciar. Al igual que en el mtodo de Maxam-Gilbert tendremos cuatro porciones en
cada una de las cuales utilizaremos un nucletido malo, y cada porcin de fragmentos de
oligonucletidos se correr en una calle diferente.
Secuenciacin automtica:
La secuenciacin de DNA est realmente automatizada usando una variante del mtodo de
Sanger, en la que los dideoxinucletidos estn marcados con una cola fluorescente de distinto
color. Los cuatro ddNTP se aaden en el mismo tubo y los fragmentos resultantes se separan
por tamao en una electroforesis capilar (un refinamiento de la electroforesis en gel que es ms
rpida). Todos los fragmentos de un determinado tamao migran por el capilar como un solo
pico y el color asociado a cada fragmento se detecta usando un lser. La informacin se pasa
directamente a un ordenador que determina la secuencia. Esta tecnologa permite secuenciar
miles de nucletidos en pocas horas.

Estructura secundaria del ADN

J. Watson y F. Crick propusieron un modelo estructural para el ADN. La principal caracterstica
de este modelo es que una molcula de ADN consta de dos cadenas helicoidales de
polinucletidos, que a su vez se hallan enrolladas alrededor de un mismo eje, formando una
doble hlice destrgira de cadenas antiparalelas. Las unidades de desoxirribosa y los grupos
fosfato, que forman el esqueleto de las cadenas polinucleotdicas, constituyen la parte externa
de su estructura, mientras que las bases (parte hidrfoba) se sitan de forma perpendicular al
esqueleto carbonado y se encuentran situadas en su interior.

Las dos cadenas, que forman la doble hlice, estn unidas entre s por puentes de hidrgeno,
entre bases especficas de cada cadena. As, la guanina de una cadena est siempre unida a la
citosina de la otra (a travs de tres puentes de hidrgeno), y la adenina a la de timina (por dos
puentes de hidrgeno). Esto explicara el que molculas de ADN con mayor % G+C son ms
difciles de separar en hebras. Debido a la gran longitud de la molcula de ADN, existen
numerosos enlaces por puente de hidrgeno entre las dos cadenas, y aunque este enlace es
dbil, hacen que en conjunto el ADN sea una molcula muy estable. La disposicin de parte
hidrfoba hacia el interior y los fosfatos y ribosas hidrfilos hacia el exterior tambin contribuye
a estabilizar la estructura. Las dos cadenas son antiparalelas. Una en el sentido 5` 3`y la otra
en el sentido 3` 5`.

Las medidas de la doble hlice son muy concretas y pueden estudiarse por difraccin de rayos
X. La distancia entre las cadenas es constante e igual a 1.9 nm. Hay 10.5 nucletidos por vuelta
y el paso de rosca son 3.4 nm. La estructura de Watson and Crick del DNA se conoce tambin
con el nombre de B-DNA y es la estructura ms estable, pero tambin se han caracterizado otras
variantes.

Estructura tridimensional del ARN

Por su parte, las molculas de ARN son monocatenarias y qumicamente se caracterizan por una
menor estabilidad que el ADN debido al hidroxilo reactivo del C-2 , capaz de esterificar un
hidroxilo de la molcula prxima de fosfato y producir la ruptura de la cadena. La menor
estabilidad se justifica en base a la funcin del ARN, que es una copia de la informacin
contenida en las molculas de ADN, de menor tamao y mayor movilidad y tiene vida limitada
dependiendo del requerimiento de su presencia.
 El ARN es la segunda forma ms abundante de cido nucleco en las clulas y a diferencia del
ADN, tiene muchas funciones diferentes. Las estructuras ms definidas corresponden a los ARN
transferentes y los ARN ribosmicos.

Los ARNt pueden representarse esquemticamente en forma de hoja de trbol (Figura 10).
Comenzando por el extremo 5, los ARNt comparten las siguientes caractersticas:

Un grupo fosfato 5 terminal.

Un brazo de 7 pares de bases que incluye el nucletido 5 terminal y que contiene

emparejamientos de bases que no son del tipo Watson-Crick, como G-U. Esta estructura se
conoce como brazo aceptor o brazo del aminocido.

Una horquilla de 3 4 bases apareadas que acaba en un lazo de cadena sencilla que contiene
frecuentemente la base modificada dihidrouridina (D). La estructura completa recibe el nombre
de brazo D.

Una horquilla de 5 bases apareadas con un lazo que contiene el anticodn, el triplete de bases
que es complementario al codn del ARNm. Esta estructura recibe el nombre de brazo
anticodn.

Una horquilla de 5 bases apareadas en un lazo monocatenario que contiene por lo general una
secuencia T-pseuouridina-C. La estructura se denomina brazo T.

Todos los ARNt acaban en la secuencia CCA con un grupo 3-OH libre.

Los ARNr : son las molculas de nucleicos que constituyen la estructura de los ribosomas. Todos
los ribosomas contienen dos subunidades . Por razones histricas, los ribosomas intactos y las
subunidades se designan por unos nmeros que describen la velocidad a la que sedimentan
cuando se centrifugan. El ribosoma intacto de E. coli (y de todos los procariotas) se llama
ribosoma 70S, siendo S una medida de la velocidad de sedimentacin, y las dos subunidades que
lo componen, que son distintas en tamao y composicin, se denominan 30S y 50S.

Los ribozimas El ARN ribosmico, al contrario de lo que se ha creido, no tiene una funcion
meramente estructural. Hay varios ejemplos de ARNr capaces de actar como biocatalizadores.
De ah que el concepto clsico de enzima haya sido ampliado ms all de las protenas. Estos
ARN con capacidad cataltica reciben el nombre de ribozimas, para distinguirlos de las enzimas
protecas. Su capacidad cataltica radica, al igual que en las protenas, en su en la complejidad y
diveridad de su estructura tridimensional, lo que les permite adaptarse al substrato, as como
en la reactividad de sus grupos funcionales. Se han podido realizar estudios cinticos con algunas
ribozimas verificando que cumplen la cintica de Michaelis-Menten tpica de las enzimas
protecas. Se piensa que las ribozimas fueron los primeros biocatalizadores que aparecieron en
la evolucin, siendo desplazados posteriormente por las enzimas ms verstiles. Los ARN seran
as las molculas primordiales de la vida, antes de que evolucionasen los ADN como portadores
de la informacin gentica y las protenas como catalizadores.