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Taller de VISUALIZACION y MODELADO MOLECULAR

PI: Visualizacin y Modelado Molecular de Macropolmeros Orgnicos de Inters Industrial


Ctedra Qumica Orgnica Ic
Junio de 2010

1. COMPUESTOS
Se trabajar con un conjunto de compuestos qumicos estudiados en la asignatura
Qumica Orgnica Ic: Hidrocarburos, Alcoholes, Aldehdos, Cetonas y cidos Orgnicos

HIDROCARBUROS
LINEALES RAMIFICADOS CICLICOS
Metano Isobutano Ciclopropano
Etano Isopentano Ciclobutano
Propano 2 Metil Pentano Ciclopentano
cis-Butano 3 metil Pentano trans-Ciclohexano
trans-Butano cis-Ciclohexano
Pentano Cicloheptano
Hexano cis 1,4 Dimetil Ciclohexano
ALCANOS Heptano, Octano, Nonano, trans 1,4 Dimetil Ciclohexano
Decano, Undecano,
Dodecano, Tridecano,
Tetradecano,
Pentadecano, Hexadecano,
Heptadecano, Octadecano,
Nonadecano, Eicosano,
Tetracontano

Eteno cis-Buteno Ciclobuteno


Propeno trans-Buteno Ciclopenteno
Buteno Ciclopentadieno
ALQUENOS Butadieno Ciclohexeno
Hexatrieno Benceno
Ciclohepteno

Etino
ALQUINOS Propino
Butino

ALCOHOLES
Metanol, Etanol, Glicol, Propanol, Glicerol, Butanol, Fenol

ALDEHDOS
Formaldehdo, Etanal, Propanal, Butanal

CETONAS
Propanona, Butanona

CIDOS
c. Metanoico (Frmico), c. Etanoico (Actico), Ac. Etanodioico (Oxlico)

NOTA: Los compuestos en cursiva estn includos en la biblioteca del Gabedit.

Victorio Marzocchi, Claudia Adam, Miguel DAmato


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Rodolfo Leonarduzzi, Nicols Vanzetti
Taller de VISUALIZACION y MODELADO MOLECULAR
PI: Visualizacin y Modelado Molecular de Macropolmeros Orgnicos de Inters Industrial
Ctedra Qumica Orgnica Ic
Junio de 2010

2. EJERCICIOS

VISUALIZACION DE MOLCULAS USANDO BIBLIOTECAS Y CONSTRUCCIN DE


MOLCULAS USANDO GABEDIT

1. Ver molculas disponibles en la biblioteca del Gabedit (Hidrocarburos, Alcoholes,


Aldehdos, Cetonas y cidos Orgnicos)
2. Visualizar el Etano y explorar los comandos Operations, Labels, Render
3. Capturar pantalla y guardar la imagen de la molcula
4. Exportar la imagen como archivo pdf
5. Buscar en internet el Pentano (formato pdb) y visualizar
(http://elchem.kaist.ac.kr/jhkwak/okanaganpdb97/molecule/alkane.htm)
6. Editar archivo xyz
7. Medir parmetros conformacionales y energa
Hidrocarburos

8. Visualizar alcanos de la biblioteca del Gabedit


9. Construir el Pentano:
a) cadena 5 C; agregar H; ngulos C-C-C=112; distancia enlace C-H: 1.087 ;
ngulos diedros = 0; optimizacin
b) agregar C al Butano; agregar H; optimizar
10. Visualizar hidrocarburos obtenidos de internet
(http://elchem.kaist.ac.kr/jhkwak/okanaganpdb97/molecule/molecule.html)
11. Visualizar el trans Ciclo Hexano de la biblioteca del Gabedit
12. Obtener el cis Ciclo Hexano y el trans Ciclo Hexano
13. Analizar el diagrama Energa vs ngulo diedro para el Etano
14. Analizar el diagrama Energa vs ngulo diedro para el Butano
Alcoholes

15. Visualizar alcoholes de la biblioteca del Gabedit


16. Construir alcoholes: Etanol, Propanol, Butanol y Fenol
17. Visualizar alcoholes obtenidos de internet
Aldehdos

18. Visualizar aldehdos disponibles de la biblioteca del Gabedit


19. Construir aldehdos: Etanal, Propanal, Butanal.
20. Visualizar aldehdos obtenidos de internet
Cetonas

21. Construir aldehdos: Propanona, Butanona


22. Visualizar cetonas obtenidas de internet
cidos orgnicos

23. Visualizar el c. Metanoico de la biblioteca del Gabedit


24. Construir cidos orgnicos: c. Actico, c. Oxlico
25. Visualizar cidos orgnicos obtenidos de internet

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trans 2,4 Dimetil Hexano cis 2,4 Dimetil Hexano

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