ACTIVIDAD 2.

Actividad 2. De similitud y homologa todos los genes tienen un poco

Material de apoyo y/o recursos didcticos

Fecha de entrega

En esta actividad colaborativa platicaremos sobre la importancia que aplicaciones del anlisis de
las secuencias de nucletidos.

Para participar en este foro debers contestar las siguientes preguntas:

Cul es el objetivo de analizar las secuencias de nucletidos?

A qu se refieren los trminos de similitud, identidad y homologa?

Comenta al menos la participacin de dos de tus compaeros

S cuidadoso con la ortografa

A continuacin, les proporciono una secuencia en formato fasta del gen de hemaglutinina del virus de
influenza porcina H1, del cual se obtuvo la secuencia completa, si bien este no es exactamente el que se us
como cepa vacunal en el brote de influenza humana de hace unos aos, si es muy parecido a esa
secuencia.

>GU433033.1 Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1)) segment 4

hemagglutinin (HA) gene, complete cds
GGAAAACAAAAGCAACAAAAATGAAGGCAATACTAGTAGTTCTGCTATATACATTTGCAACCGCAAATGC
AGACACATTATGTATAGGTTATCATGCGAACAATTCAACAGACACTGTAGACACAGTACTAGAAAAGAAT
GTAACAGTAACACACTCTGTTAACCTTCTAGAAGACAAGCATAACGGGAAACTATGCAAACTAAGAGGGG
TAGCCCCATTGCATTTGGGTAAATGTAACATTGCTGGCTGGATCCTGGGAAATCCAGAGTGTGAATCACT
CTCCACAGCAAGCTCATGGTCCTACATTGTGGAAACATCTAGTTCAGACAATGGAACGTGTTACCCAGGA
GATTTCATCGATTATGAGGAGCTAAGAGAGCAATTGAGCTCAGTGTCATCATTTGAAAGGTTTGAGATAT
TCCCCAAGACAAGTTCATGGCCCAATCATGACTCGAACAAAGGTGTAACGGCAGCATGTCCTCATGCTGG
AGCAAAAAGCTTCTACAAAAATTTAATATGGCTAGTTAAAAAAGGAAATTCATACCCAAAGCTCAGCAAA
TCCTACATTAATGATAAAGGGAAAGAAGTCCTCGTGCTATGGGGCATTCACCATCCATCTACTAGTGCTG
ACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGACATCAAGATACAGCAAGAAGTT
CAAGCCGGAAATAGCAATAAGACCCAAAGTGAGGGATCAAGAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTA
GTAGAGCCGGGAGACAAAATAACATTCGAAGCAACTGGAAATCTAGTGGTACCGAGATATGCATTCGCAA
TGGAAAGAAATGCTGGATCTGGTATTATCATTTCAGATACACCAGTCCACGATTGCAATACAACTTGTCA
GACACCCAAGGGTGCTATAAACACCAGCCTCCCATTTCAGAATATACATCCGATCACAATTGGAAAATGT
CCAAAATATGTAAAAAGCACAAAATTGAGACTGGCCACAGGATTGAGGAATGTCCCGTCTATTCAATCTA
GAGGCCTATTTGGGGCCATTGCCGGTTTCATTGAAGGGGGGTGGACAGGGATGGTAGATGGATGGTACGG
TTATCACCATCAAAATGAGCAGGGGTCAGGATATGCAGCCGACCTGAAGAGCACACAGAATGCCATTGAC
GAGATTACTAACAAAGTAAATTCTGTTATTGAAAAGATGAATACACAGTTCACAGCAGTAGGTAAAGAGT
TCAACCACCTGGAAAAAAGAATAGAGAATTTAAATAAAAAAGTTGATGATGGTTTCCTGGACATTTGGAC
TTACAATGCCGAACTGTTGGTTCTATTGGAAAATGAAAGAACTTTGGACTACCACGATTCAAATGTGAAG
AACTTATATGAAAAGGTAAGAAGCCAGTTAAAAAACAATGCCAAGGAAATTGGAAACGGCTGCTTTGAAT
TTTACCACAAATGCGATAACACGTGCATGGAAAGTGTCAAAAATGGGACTTATGACTACCCAAAATACTC
AGAGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAAATAGATGGGGTAAAGCTGGAATCAACAAGGATTTACCAGATT
 TTGGCGATCTATTCAACTGTCGCCAGTTCATTGGTACTGGTAGTCTCCCTGGGGGCAATCAGTTTCTGGA
TGTGCTCTAATGGGTCTCTACAGTGTAGAATATGTATTTAACATTAGGATTTCAGAAGCATGAGAAAAAC
AC

Aqu les proporciono esta secuencia y los nmeros de acceso a la base de datos del NCBI para que puedan
completar alguna informacin que les fuera relevante.

LOCUS GU433033 1752 bp cRNA linear VRL 11-JAN-2010

DEFINITION Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1)) segment 4
hemagglutinin (HA) gene, complete cds.
ACCESSION GU433033
VERSION GU433033.1
DBLINK BioProject: PRJNA37813
KEYWORDS .
SOURCE Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1))
ORGANISM Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1))
Viruses; ssRNA viruses; ssRNA negative-strand viruses;
Orthomyxoviridae; Influenzavirus A.
REFERENCE 1 (bases 1 to 1752)

El ejercicio con esta secuencia consiste:

1.
1. En disear el mejor par de primers (cebadores) que abarque el mayor nmero de bases de
nuestro gen de inters y que cuente con las mejores caractersticas (usa primer 3 para esta
labor http://bioinfo.ut.ee/primer3/).
2. Una vez obtenido el par de primers es importante analizar sus caractersticas para ello
analiza ambos primers en la siguiente pgina
web: http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.htmldesde esta pgina realiza un blast
y cercirate que el par de primers que elegiste para amplificar el gen sea especfico,
documenta este paso.
3. Menciona cuales son las caractersticas que debe de tener un par de primers.

Escala de evaluacin
Presenta una portada con el nombre de la Universidad, grupo y materia, su nom
Criterios e instrumentos de el nombre de la actividad, nombre del facilitador y fecha de entrega
evaluacin Disea el primer
Analiza caractersticas del primer
Menciona caractersticas que deben poseer los primer

Mater
apoyo
Evidencia de Aprendizaje. Unidad 2.
recur
didc
Esta actividad tiene por objetivo revisar las caractersticas de las vacunas de ADN plasmdico (ADNp), ventajas Vacu
de las vacunas de ADNp, vacunas aprobadas por las FDA y pruebas clnicas, cepas empleadas para la ADN
produccin de vacunas de ADNp, y purificacin de ADNp. Plasm
Para desarrollar tu evidencia de aprendizaje debers realizar lo siguiente: Una
1. Lee el artculo Vacunas de ADN Plasmdico: Una Herramienta Teraputica Emergente Herram
2. Realiza un trptico sobre la produccin de vacunas de ADNp, el trptico deber contener la siguiente Terap
informacin: Emerg
 a. Caractersticas de las vacunas de ADNp
b. Ventajas de las vacunas de ADNp
c. Vacunas aprobadas por la FDA y pruebas clinicas
d. Cepas empleadas para la produccin de vacunas de ADNp
e. Metodos de purificacin de ADNp

1. Guarda tu triptico con la nomenclatura BBIIN_U2_EA_XXYZ y envalo al aula mediante la herramienta

correspondiente

Criterios e instrumentos
de evaluacin
Escala de evaluacin
Presenta una portada con el nombre de la Universidad, grupo y materia, su nom
el nombre de la actividad, nombre del facilitador y fecha de entrega
Menciona las caractersticas de las vacunas de ADNp
Identifica las ventajas de las vacunas de ADNp
Identifica cepas empleadas para la produccin de ADNp
Identifica mtodos de purificacin de ADNp
Realiza trptico

Mater
apoyo
Autorreflexin. Unidad 2
recur
didc

En esta actividad reflexionaras sobre los conocimientos adquiridos acerca del anlisis computacional de
secuencias de DNA

Reflexiona sobre los siguientes cuestionamientos:

1. Qu fue lo ms relevante para ti de esta Unidad 2?
2. Cmo consideras tu desempeo en esta Unidad 2?

Guarda tus respuestas en un archivo de texto con la nomenclatura BBIIN_U2_ATR_XXYZ y envalo al aula
mediante la herramienta correspondiente.
S cuidadoso con la ortografa

ACTIVIDAD3.

A continuacin, les proporciono una secuencia en formato fasta del gen de hemaglutinina del virus
de influenza porcina H1, del cual se obtuvo la secuencia completa, si bien este no es exactamente
el que se us como cepa vacunal en el brote de influenza humana de hace unos aos, si es muy
parecido a esa secuencia.

>GU433033.1 Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1)) segment 4 hemagglutinin (HA)

gene, complete cds
GGAAAACAAAAGCAACAAAAATGAAGGCAATACTAGTAGTTCTGCTATATACATTTGCAACCGCAAATGC

AGACACATTATGTATAGGTTATCATGCGAACAATTCAACAGACACTGTAGACACAGTACTAGAAAAGAAT

GTAACAGTAACACACTCTGTTAACCTTCTAGAAGACAAGCATAACGGGAAACTATGCAAACTAAGAGGGG

TAGCCCCATTGCATTTGGGTAAATGTAACATTGCTGGCTGGATCCTGGGAAATCCAGAGTGTGAATCACT

CTCCACAGCAAGCTCATGGTCCTACATTGTGGAAACATCTAGTTCAGACAATGGAACGTGTTACCCAGGA

GATTTCATCGATTATGAGGAGCTAAGAGAGCAATTGAGCTCAGTGTCATCATTTGAAAGGTTTGAGATAT

TCCCCAAGACAAGTTCATGGCCCAATCATGACTCGAACAAAGGTGTAACGGCAGCATGTCCTCATGCTGG

AGCAAAAAGCTTCTACAAAAATTTAATATGGCTAGTTAAAAAAGGAAATTCATACCCAAAGCTCAGCAAA

TCCTACATTAATGATAAAGGGAAAGAAGTCCTCGTGCTATGGGGCATTCACCATCCATCTACTAGTGCTG

ACCAACAAAGTCTCTATCAGAATGCAGATGCATATGTTTTTGTGGGGACATCAAGATACAGCAAGAAGTT

CAAGCCGGAAATAGCAATAAGACCCAAAGTGAGGGATCAAGAAGGGAGAATGAACTATTACTGGACACTA

GTAGAGCCGGGAGACAAAATAACATTCGAAGCAACTGGAAATCTAGTGGTACCGAGATATGCATTCGCAA

TGGAAAGAAATGCTGGATCTGGTATTATCATTTCAGATACACCAGTCCACGATTGCAATACAACTTGTCA

GACACCCAAGGGTGCTATAAACACCAGCCTCCCATTTCAGAATATACATCCGATCACAATTGGAAAATGT
CCAAAATATGTAAAAAGCACAAAATTGAGACTGGCCACAGGATTGAGGAATGTCCCGTCTATTCAATCTA

GAGGCCTATTTGGGGCCATTGCCGGTTTCATTGAAGGGGGGTGGACAGGGATGGTAGATGGATGGTACGG

TTATCACCATCAAAATGAGCAGGGGTCAGGATATGCAGCCGACCTGAAGAGCACACAGAATGCCATTGAC

GAGATTACTAACAAAGTAAATTCTGTTATTGAAAAGATGAATACACAGTTCACAGCAGTAGGTAAAGAGT

TCAACCACCTGGAAAAAAGAATAGAGAATTTAAATAAAAAAGTTGATGATGGTTTCCTGGACATTTGGAC

TTACAATGCCGAACTGTTGGTTCTATTGGAAAATGAAAGAACTTTGGACTACCACGATTCAAATGTGAAG

AACTTATATGAAAAGGTAAGAAGCCAGTTAAAAAACAATGCCAAGGAAATTGGAAACGGCTGCTTTGAAT

TTTACCACAAATGCGATAACACGTGCATGGAAAGTGTCAAAAATGGGACTTATGACTACCCAAAATACTC

AGAGGAAGCAAAATTAAACAGAGAAGAAATAGATGGGGTAAAGCTGGAATCAACAAGGATTTACCAGATT

TTGGCGATCTATTCAACTGTCGCCAGTTCATTGGTACTGGTAGTCTCCCTGGGGGCAATCAGTTTCTGGA

TGTGCTCTAATGGGTCTCTACAGTGTAGAATATGTATTTAACATTAGGATTTCAGAAGCATGAGAAAAAC

AC
Aqu les proporciono esta secuencia y los nmeros de acceso a la base de datos del NCBI para que
puedan completar alguna informacin que les fuera relevante.

LOCUS GU433033 1752 bp cRNA linear VRL 11-JAN-2010

DEFINITION Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1)) segment 4

hemagglutinin (HA) gene, complete cds.

ACCESSION GU433033

VERSION GU433033.1

DBLINK BioProject: PRJNA37813

KEYWORDS .

SOURCE Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1))

ORGANISM Influenza A virus (A/Novosibirsk/02/2009(H1N1))

Viruses; ssRNA viruses; ssRNA negative-strand viruses;

Orthomyxoviridae; Influenzavirus A.

REFERENCE 1 (bases 1 to 1752)

El ejercicio con esta secuencia consiste:

En disear el mejor par de primers (cebadores) que abarque el mayor nmero de bases de nuestro
gen de inters y que cuente con las mejores caractersticas (usa primer 3 para esta labor
http://bioinfo.ut.ee/primer3/).

Una vez obtenido el par de primers es importante analizar sus caractersticas para ello analiza
ambos primers en la siguiente pgina web: http://biotools.nubic.northwestern.edu/OligoCalc.html
desde esta pgina realiza un blast y cercirate que el par de primers que elegiste para amplificar el
gen sea especfico, documenta este paso.
Menciona cuales son las caractersticas que debe de tener un par de primers.

EVIDENCIA DE APRENDIZAJE:

Esta actividad tiene por objetivo revisar las caractersticas de las vacunas de ADN plasmdico
(ADNp), ventajas de las vacunas de ADNp, vacunas aprobadas por las FDA y pruebas clnicas, cepas
empleadas para la produccin de vacunas de ADNp, y purificacin de ADNp.

Para desarrollar tu evidencia de aprendizaje debers realizar lo siguiente:

Lee el artculo Vacunas de ADN Plasmdico: Una Herramienta Teraputica Emergente

Realiza un trptico sobre la produccin de vacunas de ADNp, el trptico deber contener la

siguiente informacin:

Caractersticas de las vacunas de ADNp

Ventajas de las vacunas de ADNp

Vacunas aprobadas por la FDA y pruebas clinicas

Cepas empleadas para la produccin de vacunas de ADNp

Metodos de purificacin de ADNp

Guarda tu triptico con la nomenclatura BBIIN_U2_EA_XXYZ y envalo al aula mediante la

herramienta correspondiente