1.

OBJETIVOS
Objetivo general
Realizar un PCR convencional a travs de una bases de datos
Objetivos especficos
Realizar el diseo de primer y el aplicon para la evaluacin de productos
inespecficos a travs de programas online.
Conocer las estructuras secundarias de los productos inespecficos.
Comparar la secuencia con la base de datos.

2. METODOLOGIA

Bsqueda de secuencia (cdigo) Secuencia resumida fasta

Copiar la secuencia FASTA

En primer 3plus

Copiar la secuencia forward y revers

En formato SYBR

Evaluacin de primer Evaluacin del aplicon

Copiar la secuencia del aplicon

Verificacin de estructuras secundarias

BLAST foward
 Comparacin de secuencia
Con la base de datos

3. RESULTADOS

Halobacterium salinarum strain ETD8 halocin S8 precursor (halS8) gene,

partial cds
LOCUS KR611166 799 bp DNA linear BCT 13-MAY-2016
REFERENCE 1 (bases 1 to 799)
protein_id="ALF62561.1"

SECUENCIA

GCTTCAGCTGTCGGATTTTCTGGTTTGGCAAGCGGGGAAAGTCTTAGCGATGATGAGAAACAAGATGTTA
TTGACACAATTTACAAATCACAAAGAGTTGAACAGATAAAGAAAAAGTTCGGAGGAGTGAATATTGAGCC
GAAAAAGGTTCAATCTGTAACGACCAATCAGAGCGGAGATCTTGTTACGGCGAAGCTGTCGGTTAGTGAT
GGGGATTTGGTATATTCGAGTGTCAAAGATACAACTGTAATAGTTCAGTTCGATAGATCGGCTTCTGAAA
TTGGTGAAAGTTGGCCCAAGAATACTGAGGCATTCATCAAATCGACGTCCTCTGGGGTCGATCTTCTACG
TACAGGAACTGATGAAGAAATAAAGGACGTTACTGAGGGAGTCAACACATCTGAAATTGAATCTGCGGAT
GCTGTTAACATATTTATTGATCCTGAATCACAGACATACTATATGGAGAAATATGACTTTAATAATAAGA
TACTTGAGATGTTTGAATTAGCGACAGGTGGGACAAGTAGTGGTAAAATCTCCCCCACACGTGAAGACCA
GAATCACGAATATAATGTTAGGGAACATAAAGTATTTAACTCAGAAAAACAGAATATACAACTTCAGAGT
GACTGTAATATAAACAGTAACACCGCTGCTGATGTTATTCTATGCTTCAACCAGGTTGGTTCTTGTGCAC
TCTGCTCCCCGACTTTAGTCGGAGGTCCAGTCCCTACAGTTGCATGTCTCTTAGTCGTCTGTTTCGGCAC
TCCAAATGCTGTGTCCGCGATACTTGAAG

Primer foward

GCTTCAGCTGTCGGATTTTC

Primer reverd

CGCTCTGATTGGTCGTTACA

Aplicon

GCTTCAGCTGTCGGATTTTCTGGTTTGGCAAGCGGGGAAAGTCTTAGCGA
TGATGAGAAACAAGATGTTATTGACACAATTTACAAATCACAAAGAGTTGAA
CAGATAAAGAAAAAGTTCGGAGGAGTGAATATTGAGCCGAAAAAGGTTCAA
TCTGTAACGACCAA
Evaluacin de los primers por la interaccin entre forward y reverd

Estructuras formadas

Secondary Structures for Sense Primer

Secondary Structures for Anti-sense Primer

Dimer:-

Not Found

Hairpin:-

Not Found

Cross Dimer

Cross Dimer between Sense Primer and Anti-sense Primer:-

Evaluacin del aplicon por la formacin de estructura secundaria

Estructura 4

Comparar la secuencia con toda la base de datos

BLAST

El primer reconoce al organismo Halobacterium salinarum strain pero tiene

reaccin cruzada con el organismo Haloarchaeon
4. DISCUSION

La utilizacin de la bioinformatica nos sirve para el anlisis de productos

biolgicos como el DNA a travs de la secuenciacin en una base de datos.

El NCBI nos permite la bsqueda de secuencia a travs de un cdigo o palabra

clave los cual nos da informacin de un organismo su genoma completo, su
tamao de genoma, el nmero de acceso, GenBank, la taxonoma, de bacteria
el paper, el autor la secuencia del aminocido.

La base de datos nos proporciona la secuencia de DNA de una sola cadena

(revers, foward, continua), de DNA copy

El primer 3plus nos permite disear primer (forward, revers) de cualquier

tamao para un PCR convencional

El programa Beacon designer free nos permite evaluar las reacciones de los
primers dmeros (productos inespecficos) la interaccin entre forward y revers
cuando hay desbalance de la reaccin.

El IDT no permite evaluar al aplicon mediante la formacin de estructura

secundaria para verificar el producto inespecfico

El BLAST nos permite comparar la secuencia con toda la base de datos lo cual
nos permite reconocer al organismo y con cual tiene esta una reaccin
cruzada.

5. Conclusiones

Se puede realizar un PCR convencional de un organismo mediante su cdigo

o palabra clave a travs de una base de datos.

Conocer los productos inespecficos (estructuras secundarias) que se da entre

la interaccin del foward y revers mediante programas online.

Conocer qu organismo reconoce nuestro primer y con quien esta tiene una
reaccin cruzada.

6. Bibliografa

www.ncbi.nlm.nih.gov/
Www.bioinformatics.nl/primer3plus
Www.premierbiosoft.com
www.idtdna.com
www.blast.ncbi.nlm.nih.gov