BIOQUMICA BSICA

1 CUATRIMESTRE 2 GRADO EN FARMACIA

TEMA 3: Protenas: caractersticas generales y estructura

tridimensional

1. La estructura de las protenas: De la estructura primaria a la cuaternaria.

2. Tipos de estructura secundaria: -Hlice y Lmina .
3. Superestructuras de las protenas fibrosas: y queratinas.
4. El Colgeno.
5. Estructura terciaria de las protenas globulares.
6. Enlaces que mantienen estas estructuras.
7. Desnaturalizacin y plegamiento de las protenas: Experimento de Christian Anfinsen.
8. Estructura cuaternaria.

1.La estructura de las protenas: de la estructura primaria a la cuaternaria

Para las macromolculas grandes como las protenas, la tarea de describir y comprender la estructura se
aborda en varios niveles de complejidad, ordenados en una especie de jerarqua conceptual. Se definen
normalmente cuatro niveles de estructura de las protenas.

La estructura primaria es una descripcin de todos los enlaces covalentes ( principalmente enlaces
peptdicos y puentes disulfuro) que unen los aminocidos de una cadena polipeptdica. El elemento ms
importante de la estructura primaria es la secuencia de los residuos aminocidos. La estructura secundaria
se refiere a disposiciones particularmente estables de los aminocidos que dan lugar a patrones
estructurales repetitivos. La estructura terciaria describe todos los aspectos del plegamiento tridimensional
de un polipptido. Cuando una protena posee dos o ms subunidades polipeptdicas, su disposicin en el
espacio se denomina estructura cuaternaria. Nuestra exploracin de las protenas incluir finalmente las
complejas mquinas proteicas compuestas por docenas o miles de subunidades. Las diferencias en la
estructura primaria pueden ser especialmente informativas. Cada protena tiene un nmero y secuencia
distintivos de residuos aminocidos. La estructura primaria de una protina determina la forma en que se
pliega en una estructura tridimensional nica y esta, a su vez, determina la funcin de la protena.
Consideremos en primer lugar las indicaciones empricas sobre la estrecha relacin entre secuencia de
aminocidos y funcin proteica, para continuar descubriendo cmo se determina la secuencia de
aminocidos, finalmente, describiremos los usos que se puede dar a esta informacin.
La funcin de una protena depende de su secuencia de aminocidos. La bacteria Escherichia coli produce
ms de 3000 protenas diferentes; un ser humano tiene unos 25000 genes que codifican un nmero muy
superior de protenas diferentes. En ambos casos cada tipo de protena tiene un estructura tridimensional
nica que le confiere una funcin nica. Cada tipo de protena tambin tiene una secuencia de
aminocidos nica. La intuicin sugiere que la secuencia de aminocidos debe desempear un papel
fundamental en la determinacin de la estructura tridimensional de la protena y en ltimo trmino su
funcin. Una observacin general sobre las protenas y sobre sus variaciones en la secuencia de
aminocidos proporciona una serie de pistas empricas que ayudan a sustanciar la importante relacin
entre secuencia de aminocidos y funcin biolgica. Primero, protenas con funciones diferentes siempre
tienen secuencias de aminocidos diferentes. En segundo lugar, se han correlacionado miles de
enfermedades genticas humanas con la produccin de protenas defectuosas. El defecto puede ir desde
un nico cambio en la secuencia de aminocidos a la eliminacin de una parte mayor de la cadena
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polipeptdica. Sabemos, por tanto, que si se altera la estructura primaria, la funcin de la protena tambin
puede cambiar. Finalmente, al comparar protenas con funciones similares de diferentes especies
encontramos que estas protenas tienen a menudo secuencias de aminocidos similares. Un caso extremo
es la ubiquitina, una protena de 76 residuos aminocidos implicada en la regulacin de la degradacin de
otras protenas. La secuencia de aminocidos de la ubiquitina es idntica en especies tan dispares como
la mosca del vinagre y el ser humano.
La secuencia de aminocidos de una protena, no es invariable para una protena concreta, puesto que es
posible cierta flexibilidad. Se calcula que entre el 20 y 30 % de las protenas humanas son polimrficas,
habiendo secuencias de aminocidos que varan dentro de la poblacin humana. Muchas de estas
variaciones de secuencia no tienen ningn efecto, o muy poco, sobre la funcin de la protena. Adems ,
protenas que llevan a cabo una funcin similar en especies distantes pueden diferir de manera importante
en el tamao global y en la secuencia de aminocidos. A pesar de que la secuencia de aminocidos puede
variar considerablemente en algunas regiones de la estructura primaria sin afectar a la funcin biolgica,
las protenas contienen a menudo regiones cruciales que son esenciales para su funcin y cuya secuencia
se encuentra, por tanto, conservada. La fraccin de secuencia que es crtica vara de protena en protena,
lo que complica la tarea de relacionar secuencia con estructura tridimiensional y estructura con funcin.
2. Tipos de estructura secundaria: -Hlice y Lmina .
El trmino estructura secundaria se refiere a cualquier segmento especfico de una cadena polipeptdica y
describe la distribucin espacial local de los tomos de su cadena principal, sin tener en cuenta la
conformacin de sus cadenas laterales ni su relacin con otros segmentos. Existe un nmero limitado de
estructuras secundarias que son muy estables y que se encuentran ampliamente distribuidas en las
protenas. Las ms destacables son la conformacin en -hlice y la conformacin ; otro tipo comn
recibe el nombre de giro . All donde no se observa una estructura regular, la estructura secundaria se
suele describir como indefinida o como ovillo estadstico. Sin embargo, esta ltima denominacin no
describe correctamente la estructura de estos segmentos. En la mayora de protenas el camino que sigue
una cadena polipeptdica no es al azar, sino que es prcticamente constante y altamente especfico para la
estructura y funcin de cada protena en particular. A continuacin se describirn las estructuras regulares
ms frecuentes.
-hlice
La disposicin ms sencilla que podra adoptar una cadena polipeptdica, teniendo en cuenta la rigidez de
sus enlaces peptdicos (y tambin la libertad de rotacin de los dems enlaces sencillos) es una estructura
en hlice, a la que Pauling y Corey denominaron -hlice.
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En esta estructura el esqueleto polipeptdico se encuentra estrechamente enrollado alrededor de un eje

imaginario dibujado longitudinalmente por el centro de la hlice, y los grupos R de los residuos
aminocidos sobresalen hacia fuera del esqueleto helicoidal. La unidad repetitiva es el giro de hlice que
ocupa alrededor de 5,4 a lo largo del eje longitudinal, ligeramente superior a la periodicidad observada
por Astbury en sus anlisis por rayos X de la queratina del cabello. Los residuos aminocidos de una
hlice prototpica adoptan la confomacin que corresponde a unos ngulos =-57 y = -47, y cada giro
de hlice incluye 3,6 residuos aminocidos. Los segmentos -helicoidales de las protenas suelen
desviarse ligeramente de estos valores para los ngulos diedros, que incluso varan ligeramente dentro de
un mismo segmento contiguo, generando pequeas curvaturas o dobleces en el eje de la hlice. El giro de
la hlice es dextrgiro en todas las protenas.

Se demostr que la estructura predominante en -queratinas es la hlice . De modo ms general, en las

protenas globulares se observa que aproximadamente una cuarta parte de los residuos aminocidos se
encuentra formando hlices , aunque la proporcin exacta vara mucho de una protena a otra. Cul es
la razn de que se forme la hlice con ms facilidad que otras conformaciones posibles?. La respuesta
es, en parte, que la hlice hace un uso ptimo de los puentes de hidrgeno internos. La estructura se
encuentra estabilizada por un enlace de hidrgeno entre el tomo de hidrgeno unido al tomo de
nitrgeno electronegativo de un enlace peptdico y el tomo de oxgeno carbonlico electronegativo del
cuatro aminocido que se encuentra del lado amino-terminal con respecto al mismo. Cada uno de los
enlaces peptdicos de la hlice (excepto los que estn prximos a cada extremo de la hlice) participa en
esta trama de enlaces de hidrgeno. Cada vuelta sucesiva de la hlice se mantiene unida a las vueltas
adyacentes mediante tres o cuatro enlaces de hidrgeno que proporcionan a la estructura global una
estabilidad considerable. Posteriormente se ha demostrado que una hlice se puede formar en
polipptidos tanto como L- como D-aminocidos. No todos los polipptidos pueden formar una hlice
estable. Cada residuo aminocido de un polipptido tiene una tendencia intrnseca a formar hlice
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, lo que refleja las propiedades del grupo R y el modo en que estas afectan la capacidad de los tomos de
cadena principal colindantes para adaptarse a los valores caractersticos de los ngulos y . La alanina
es la que muestra la mayor tendencia a formar hlices en la mayora de modelos experimentales. La
posicin de un residuo aminocido con respecto a sus vecinos es tambin importante. Las interacciones
entre cadenas laterales de aminocidos pueden estabilizar o desestabilizar la estructura helicoidal. Por
ejemplo, si una cadena polipeptdica posee muchos residuos Glu consecutivos, este segmento de la
cadena no podr forma una hlice a pH 7,0. Los grupos carboxlicos cargados negativamente de los
residuos Glu adyacentes se repelen con una intensidad que impiden la formacin de la hlice . Por la
misma razn, si muchos residuos Lys y/o Arg , con grupos polares cargados positivamente a pH 7,0 estn
situados consecutivamente, se repelern e impedirn la formacin de la hlice . El tamao y la forma de
los residuos Asn, Ser, Thr y Cys pueden desestabilizar la hlice si se hallan muy cercanos en la cadena.
El giro de la hlice implica la existencia de interacciones crticas entre la cadena lateral de un aminocido
y la cadena latera que se encuentra tres ( o a veces cuatro) aminocidos, separada de ella en cualquiera
de las dos direcciones. Esto es evidente observando la hlice como una rueda helicoidal. Los
aminocidos cargados positivamente se encuentran a menudo a tres residuos de distancia de aminocidos
cargados negativamente, lo que permite la formacin de pares inicos. A menudo se observa tambin un
espaciamiento similar en el caso de dos aminocidos aromticos, lo que da lugar a una interaccin
hidrofbica. Existen 5 tipos de restricciones diferentes que afectan a la estabilidad de una hlice : (1) la
tendencia intrnseca de cada residuo aminocidos a formar una hlice , (2) las interacciones entre los
grupos R, en particular los que se encuentran a tres (o cuatro) residuos de distancia; (3) el volumen de los
grupos R adyacentes; (4) la presencia de residuos de Pro y Gly, y (5) las interacciones entre residuos
aminocidos en los extremos del segmento helicoidal y el dipolo elctrico inherente a la hlice . Por
consiguiente, la tendencia de un segmento determinado de una cadena polipeptdica a plegarse en hlice
depende de la identidad y de la secuencia de residuos aminocidos en el segmento.

La conformacin organiza las cadenas polipeptdicas en forma de hoja

Esta es una conformacin ms extendida de las cadenas polipeptdicas y su estructura se ha confirmado
mediante anlisis de rayos X. En la conformacin el esqueleto de cadena polipeptdica se encuentra
extendido en zig-zag en lugar de plegarse como una hlice. Las cadenas polipeptdicas en zig-zag pueden
disponerse de manera adyacente formando una estructura que semeja una serie de pliegues. En esta
disposicin denominada hoja , se forman enlaces de hidrgeno entre segmentos adyacentes de cadena
polipeptdica. Los segmentos individuales que forman una hoja son normalmente cercanos dentro de la
cadena polipeptdica, pero tambin pueden estar muy distantes uno de otro en la secuencia lineal del
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polipptido; incluso pueden estar en cadenas polipeptdicas diferentes.

Los grupos R de aminocidos adyacentes sobresalen de la estructura en
zig-zag en direcciones opuestas, dando lugar a un patrn alternante tal
como se observa en las vistas laterales de la figura 4-6. Las cadenas
polipeptdicas adyacentes de una hoja pueden ser paralelas o
antiparalelas (con la misma orientacin amino-carboxilo o la opuesta,
respectivamente). Las estructuras tienen cierta similitud, aunque el
perodo de repeticin es ms corto en la conformacin paralela (6,5 en
comparacin con los 7 de la antiparalela) y los patrones de formacin
de puentes de hidrgeno son diferentes. Las estructuras ideales
corresponden a =-119, =113 (paralela) y =-139, =135
(antiparalela); estos valores varan ligeramente en protenas reales,
generando cierta variabilidad estructural, como ya se ha visto para las
hlices . Algunas estructuras proteicas limitan los tipos de aminocidos
que pueden encontrarse en las estructuras . Cuando dos o ms hojas
se encuentran densamente empaquetadas en una protena, los grupos R
de los residuos aminocidos de las superficies de contacto deben ser
relativamente pequeos. Las -queratinas tales como la fibrona de la
seda y la fibrona de las telas de araa tienen un contenido muy elevado
de residuos Gly y Ala, los dos aminocidos que poseen los grupos R ms
pequeos. De hecho, en la fibrona de la seda, Gly y Ala se alternan a lo
largo de grandes porciones de la secuencia.

Los giros
En las protenas globulares, con una estructura de plegamiento compacta, aproximadamente un tercio de
los residuos de aminocidos estn en giros o bucles donde la cadena polipeptdica cambia de direccin.

Estos son elementos de conexin que unen tramos sucesivos de hlices o conformaciones . Los giros
que conectan los extremos adyacentes de dos segmentos de hojas antiparalelas son especialmente
frecuentes. Esta estructura forma un giro cerrado de 180 en el que estn involucrados cuatro residuos de
aminocidos, con el oxgeno del carbonilo del primer residuo aminoacdico formando un enlace de
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hidrgeno con el hidrgeno del grupo amino del cuarto. Los grupos peptdicos de los dos residuos
centrales no participan en ningn enlace de hidrgeno interresidual. A menudo se encuentran residuos de
Gly y Pro en los giros . En el caso de la glicina, ello es debido a que es un residuo pequeo y flexible,
mientras que para Pro es la facilidad con que los enlaces peptdicos en los que participa el nitrgeno imino
de la prolina adoptan la configuracin cis, particularmente adecuada para la formacin de un giro cerrado.
Los giros se encuentran a menudo cerca de la superficie de las protenas, donde los grupos peptdicos
de los dos residuos aminocidos centrales en el giro pueden formar enlaces de hidrgeno con el agua.
La hlice y la conformacin son las estructuras secundarias repetitivas ms importantes en gran
nmero de protenas, aunque existen otras estructuras repetitivas en algunas protenas especializadas (un
ejemplo es el colgeno). Todas las estructuras secundarias pueden describirse por completo mediante los
ngulos diedros y asociados con cada residuo. Como puede observarse en la representacin de
Ramachandran, la hlice y la conformacin se encuentran dentro de la gama, relativamente
restringida, de estructuras permitidas estricamente. El nico aminocido que se encuentra a menudo en
una conformacin que halla fuera de las regiones mencionadas es la glicina. Gracias al pequeo tamao
de su cadena lateral, un residuo de glicina puede adoptar muchas conformaciones que estn
estricamente prohibidas para otros aminocidos.

3. Superestructuras de las protenas fibrosas: y queratinas.

La disposicin tridimensional global de todos los tomos de una protenas se conoce como estructura
terciaria. Mientras que el trmino estructura secundaria se refiere al ordenamiento espacial de residuos
aminocidos adyacentes en la estructura primaria de un polipptido, la estructura terciaria incluye aspectos
de largo alcance en la secuencia de aminocidos. Aminocidos que estn alejados en la secuencia
polipeptdica y que se encuentran en tipos de estructura secundaria diferentes pueden interaccionar dentro
de la estructura totalmente plegada de la protena. La localizacin de giros ( incluidos los giros ) en la
cadena polipeptdica y la direccin y el ngulo de estos giros estn determinados por el nmero y la
localizacin de aminocidos especficos promotores de su formacin, tales como Pro, Thr, Ser y Gly. Los
segmentos que interaccionan dentro de la cadena polipeptdica se mantienen en su posicin terciaria
caracterstica gracias a diferentes tipos de interacciones enlazantes dbiles ( y a veces mediante enlaces
covalentes tales como puentes disulfuro) entre los segmentos. Algunas protenas estn constituidas por
dos o ms cadenas polipeptdicas o subunidades, que pueden ser idnticas o diferentes. La disposicin de
estas subunidades proteicas en complejos tridimensionales es la estructura cuaternaria.
Al considerar estos niveles superiores de estructura, es de utilidad clasificar las protenas en dos gurpos
principales: protenas fibrosas, que presentan cadenas polipeptdicas dispuestas en largas hebras u hojas,
y protenas globulares, con las cadenas polipeptdicas plegadas en formas globulares o esfricas. Los dos
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grupos son estructuralmente diferentes: las protenas fibrosas constan mayoritariamente de un nico tipo
de estructura secundaria y su estructura terciaria es relativamente simple. Las protenas globulares
contienen a menudo varios tipos de estructura secundaria. Estos dos grupos tambin difieren en su
funcin: las estructuras que dan soporte, forma y proteccin externa a los vertebrados estn formadas por
protenas fibrosas mientras que la mayora de enzimas y protenas reguladoras son globulares.
La -queratina, el colgeno y la fibrona de la seda son ejemplos claros de la relacin entre estructura
proteica y funcin biolgica.

Estas protenas comparten propiedades que confieren fuerza, flexibilidad, o las dos cosas, a las
estructuras en las que se encuentran. En cada caso, la unidad estructural fundamental es la repeticin de
un elemento simple de estructura secundaria. Todas las protenas fibrosas son insolubles en agua, una
propiedad debida a la elevada concentracin de residuos aminocidos hidrofbicos presentes tanto en el
interior de estas protenas como en su superficie.

-Queratina: Las -queratinas son protenas que han evolucionado para poder soportar esfuerzos
mecnicos. Presentes slo en los vertebrados, estas protenas constituyen la prctica totalidad del peso
seco se cabellos, lana, uas, garras, caones de las plumas, cuernos, pezuas y gran parte de la capa
externa de la piel. Las -queratinas pertenecen a una familia ms amplia de protenas denominadas
protenas de los filamentos intermedios. Otras protenas de esta familia estn localizadas en el
citoesqueleto de las clulas animales. Todas las protenas IF tienen una
funcin estructural y comparten las caractersticas estructurales
ejemplificadas por las -queratinas. La hlice de la -queratina es la misma
hlice dextrgira que se observa tambin en muchas otras protenas. A
principios de la dcada de 1950 Francis Crick y Linus Pauling sugirieron
independientemente que las hlices de la queratina estaban dispuestas
formando una superhlice (coiled coil). Dos hebras de -queratina
orientadas en paralelo (con os extremos aminos en el mismo lado) se
enrollan una sobre otra formando un enrollamiento superhelicoidal. La
resistencia de la estructura est amplificada por el enrrollamiento en
superhlice, de modo muy similar a como las cuerdas se enrollan para
formar una soga ms resistente.
La torsin del eje de una hlice al formar la estructura superenrollada
explica la discrepancia entre los 5,4 entre vueltas predicha para una hlice
por Pauling y Corey y los 5,15 a 5,2 observados mediante difraccin de
rayos X en la estructura repetitiva del cabello. El enrollamiento
superhelicoidal es levgiro, en sentido opuesto al de la hlice . La
superficie donde las dos hlices entran en contacto est formada por
residuos de aminocidos hidrofbicos y sus grupos R se engarzan entre
ellos formando un patrn de entrecruzamiento regular. Esto permite un
empaquetamiento compacto de las cadenas polipeptdicas en la superhlice
levgira. No es sorprendente que la - queratina sea rica en los residuos
hidrofbicos Ala, Val, Leu, Ile, Met y Phe. Un polipptido individual de -
queratina superenrollada presenta una estructura terciaria relativamente
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simple, dominada por la estructura secundaria de la hlice con su eje helicoidal adaptado a una
superficie levgira. El enrollamiento de los dos polipptidos en hlice es un ejemplo de estructura
cuaternaria. Los superenrollamientos de este tipo se presentan con frecuencia en los elementos
estructurales de la protenas filamentosas y en la protena muscular miosina. La estructura cuaternaria de
la -queratina puede ser muy compleja. Muchas estructuras superenrolladas pueden ensamblarse en
grandes complejos supramoleculares del mismo modo en que la -queratina forma los filamentos
intermedios del pelo. La resistencia de las protenas fibrosas se refuerza tambin gracias a
entrecruzamientos covalentes entre las cadenas polipeptdicas que forman las cuerdas de hlices
mltiples y entre cadenas adyecentes de una superestructura molecular. En las -queratinas los
entrecruzamientos que estabilizan la estructura cuaternaria son enlaces disulfuro.

Fibrona de la seda: La fibrona, la protena de la seda, es producida por los insectos y las araas. Sus
cadenas polipeptdicas estn predominantemente en conformacin . La fibrona es rica en residuos de
Ala y Gly, lo que permite un empaquetamiento compacto de las hojas y una disposicin entrelazado de
los grupos R. El uso exhaustivo de la capacidad de formacin de enlaces de hidrgeno entre todas las
uniones peptdicas de los polipptidos de cada hoja y la optimizacin de las interacciones de Van der
Waals entre las hojas, estabilizan la estructura global. La seda no se estira, ya que la conformacin ya
est altamente extendida. Sin embargo, la estructura es flexible debido a que las hojas se mantienen
unidas mediante numerosas interacciones dbiles en lugar de por enlaces covalentes como los puentes
disulfuro de las -queratinas

4. El Colgeno.
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Al igual que las -queratinas el colgeno ha evolucionado para proporcionar fuerza. Se encuentra en el
tejido conjuntivo de , por ejemplo, tendones, cartlagos, matriz orgnica de los huesos y crnea del ojo. La
hlice del colgeno es una estructura secundaria nica, bastante distinta de la hlice . Es levgira y tiene
tres residuos aminocidos por vuelta. El colgeno tambin es una
estructura superenrollada , pero con estructuras terciaria y cuaternaria
especficas: tres cadenas polipeptdicas separadas, denominadas
cadenas (no deben confundirse con hlices ), estn
superenrolladas una alrededor de la otra. En el colgeno el
enrollamiento superhelicoidal es dextrgiro, en sentido opuesto a la
hlice levgira de las cadenas . Existen muchos tipos de colgeno
en vertebrados. Normalmente contienen aproximadamente un 35% de
Gly, un 11% de Ala y un 21% de Pro y de 4-Hyp (4-hidroxiprolina, un
aminocido no estndar). El producto alimenticio gelatina deriva del
colgeno; a pesar de que su naturaleza es proteica, tiene poco valor
alimenticio porque el colgeno carece de cantidades significativas de
muchos aminocidos esenciales de la dieta humana. El contenido de
aminocidos no habituales en el colgeno est relacionado con
restricciones estructurales caractersticas de la hlice del colgeno.
La secuencia de aminocidos del colgeno corresponde
generalmente a la repeticin de un tripptido del tipo Gly-X-Y donde X
es a menudo Pro e Y es a menudo 4-Hyp. Slo los residuos de Gly pueden acomodarse en las estrechas
uniones entre las cadenas individuales. Los residuos de Pro y de 4-Hyp permiten el marcado giro de la
hlice del colgeno. La secuencia de aminocidos y la estructura cuaternaria superhelicoidal del colgeno
permiten un estrecho empaquetamiento de sus tres polipptidos. La 4-hidroxiprolina juega un papel
especial en la estructura del colgeno y en la historia de la humanidad.
El estrecho empaquetamiento de las cadenas en la triple hlice del colgeno proporciona ms fuerza de
tensin que un cable de acero de idntica seccin. Las fibrillas de
colgeno son entramados supramoleculares constituidos por una triple
hlice de molculas de colgeno (denominadas a veces molculas de
tropocolgeno) asociadas en una variedad de formas que
proporcionan diferentes grados de fuerza de tensin. Las cadenas de
las molculas de colgeno y las molculas de colgeno de las fibrillas
estn entrecruzadas por enlaces covalentes poco habituales en los
que intervienen residuos de Lys, HyLys (5-hidroxilisina) o His
presentes en algunas de las posiciones X o Y. Estas uniones dan lugar
a resiudos aminocidos no estndar tales como la
deshidrohidroxilisinonorleucina. La rigidez y la fragilidad cada vez
mayores del tejido conjuntivo en las personas de mayor edad son el
resultado de la acumulacin de entrecruzamientos covalentes en las
fribrillas de colgeno a medida que envejecemos.
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5. Estructura terciaria de las protenas globulares.

En las protenas globulares los diferentes segmentos de una cadena polipeptdica( o de mltiples cadenas
polipeptdicas) se pliegan unos sobre otros, generando unas formas mucho ms compactas que las que
hemos visto en las protenas fibrosas. El plegamiento proporciona tambin la diversidad estructural
necesaria para que las protenas puedan llevar a trmino una amplia variedad de funciones biolgicas.
Entre las protenas globulares se incluyen enzimas, protenas de transporte, protenas motoras, protenas
reguladoras, inmunoglobulinas y protenas con muchas otras funciones.

Las protenas globulares tienen estructuras terciarias diversas.

Como consecuencia de la elucidacin de las estructuras terciarias de cientos de protenas globulares, es
evidente que la mioglobina representa solamente una de las muchas posibilidades de plegamiento de una
cadena polipeptdica. Para el principiante, la complejidad de las estructuras terciarias de protenas
globulares, algunas mucho ms grandes que la mioglobina, se aprecia y se describe mejor en base a los
patrones estructurales comunes que aparecen una y otra vez en protenas diferentes y a menudo no
relacionadas. La estructura tridimensional de una protena globular tpica se puede considerar como un
conjunto de segmentos polipeptdicos en conformaciones de hlice y hoja unidas por segmentos de
conexin. La estructura se puede describir mediante la forma en que se apilan estos segmentos as como
por la disposicin de los segmentos que los conectan. Para comprender una estructura tridimensional
completa necesitamos analizar sus patrones de plegamiento. Empezaremos por definir dos trminos
importantes que describen los patrones o elementos estructurales de una cadena polipeptdica para
continuar con las reglas de plegamiento. El primero de estos trminos es motivo, tambin llamado
estructura supersecundaria o simplemente plegamiento. Un motivo es simplemente un patrn de
plegamiento reconocible que incluye dos o ms elementos de estructura secundaria y las conexiones entre
ellos. A pesar de que en la literatura existe cierta confusin acerca de la aplicacin de estos tres trminos
generalmente se usan de manera indistinta. Un motivo puede ser muy simple, como en el caso de dos
elementos de estructura secundaria plegados uno sobre el otro, y representar slo una pequea parte de
la protena. Un ejemplo es el lazo --.
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Tambin puede tratarse de una estructura muy elaborada que incluya un buen nmero de segmentos de la
protena que se plieguan conjuntamente, como en el barril . En algunos casos, un nico motivo grande
puede incluir toda la protena. El trmino abarca cualquier patrn de plegamiento favorable y resulta til
para describir dichos patrones. El segmento definido como motivo puede ser estable de forma
independiente o no. Ya hemos visto un motivo bien estudiado, la superhlice (coiled coil) de la -queratina,
que tambin se encuentra en otras protenas. Obsrvese que un motivo no es un elemento estructural
jerrquico ubicado entre las estructuras secundaria y terciaria. Es un patrn de plegamiento que describe
una pequea parte de una protena o una cadena polipeptdica entera. Por esta razn, el trmino sinnimo
estructura supersecundaria genera confusin a veces al sugerir el concepto de jerarqua. El segundo
trmino utilizado para descubrir patrones estructurales es dominio. Un domino es, segn la definicin de
Jane Richardson en 1981, una parte de una cadena polipeptdica que es estable de manera independiente
y que puede moverse como una entidad nica con respecto al resto de la protena. Los polipptidos con
ms de unos pocos centenares de aminocidos suelen plegarse formando dos o ms dominios , a veces
con funciones diferentes. En muchos casos un dominio de una protena grande mantendr su estructura
tridimensional correcta incluso cuando se separa ( por rotura proteoltica, por ejemplo) del resto de la
cadena polipeptdica. En una protena con multiples dominios, cada uno de ellos puede aparecer como un
lbulo globular distinto; sin embargo, es ms habitual que los numerosos contactos entre dominios hagan
difcil discernir los dominios individuales. A menudo los diferentes dominios tienen funciones distintas, tales
como la unin a pequeas molculas o la interaccin con otras protenas. Normalmente las protenas
pequeas tienen un solo dominio ( el dominio es la protena).
6. Enlaces que mantienen estas estructuras.
El plegamiento de los polipptidos est sujeto a una serie de restricciones fsicas y qumicas. Del estudio
de los patrones ms comunes de plegamiento se ha podido deducir algunas reglas:
1- Las interacciones hidrofbicas aportan una gran contribucin a la estabilidad de las estructuras de las
protenas. La interiorizacin de los grupos R de los aminocidos hidrofbicos que permite la exclusin de
las molculas de agua requiere un mnimo de dos capas de estructura secundaria. Motivos sencillos, tales
como el lazo -- crean estas dos capas.
2- Cuando coinciden simultneamente en las protenas, las hlices y las hojas se suelen localizar en
diferentes capas estructurales. Esto es debido a que el esqueleto de un segmento polipeptdico en
conformacin no puede formar fcilmente enlaces de hidrgeno con una hlice con la que est
alineado.
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3- Los segmentos adyacentes en la secuencia de aminocidos estn normalmente apilados uno junto al
otro en la estructura plegada. Aunque segmentos distantes en el polipptido pueden estar juntos en la
estructura terciaria, esta no es la norma habitual.
4- Las conexiones entre elementos de estructura secundaria no pueden cruzarse o formar nudos.
5- La conformacin es ms estable cuando los segmentos
individuales estn ligeramente torsionados en sentido
dextrgiro. Esto influye tanto en la disposicin relativa de las
hojas como en el camino que siguen las conexiones entre
ellas. Por ejemplo, dos hebras paralelas deben conectarse
mediante una hebra que cruce por encima. En principio, este
cruzamiento por encima puede tener una conformacin levgira
o dextrgira pero en las protenas casi siempre es dextrgira.
Las conexiones dextrgiras tienden a ser ms cortas que las
conexiones levgiras y tienden a emplear ngulos de giro
menores, que son ms fciles de formar. La torsin de las hojas
tambin conduce a una torsin caracterstica de la estructura
formada cuando estn juntos muchos segmentos, como en el
caso del barril y la hoja torsionada, que constituyen el ncleo
de muchas estructuras mayores.
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TEMA 3: Protenas: caractersticas generales y estructura

tridimensional

7. Desnaturalizacin y plegamiento de las protenas: Experimento de Christian Anfinsen.

Todas las protenas empiezan su existencia en un ribosoma como una secuencia lineal de residuos de
aminocidos. Para alcanzar su conformacin nativa, este polipptido debe plegarse durante y despus de
la sntesis. Hemos visto que la conformacin de una protena nativa es slo marginalmente estable.
Cambios modestos en el entorno de la protena pueden acarrear cambios estructurales capaces de afectar
a la funcin. Las estructuras proteicas han evolucionado para funcionar en entornos celulares concretos.
Condiciones diferentes a las de la clula pueden provocar cambios, grandes y pequeos, en la estructura
de la protena. La prdida de estructura tridimensional suficiente para originar la prdida de la funcin se
denomina desnaturalizacin. El estado desnaturalizado no se equipara necesariamente con el
desplegamiento completo de la protena y la prdida total de la conformacin. En la mayora de
condiciones, las protenas desnaturalizadas existen como un conjunto de estados parcialmente plegados
de los que se sabe muy poco. La mayora de las protenas se pueden desnaturalizar mediante calor, el
cual afecta de una manera compleja a las interacciones dbiles de una protena (los enlaces de hidrgeno
principalmente). Si se aumenta lentamente la temperatura, la conformacin de la protena suele
permanecer intacta hasta que tiene lugar una prdida brusca de la estructura (y de la funcin) dentro de un
estrecho margen de temperaturas.
La brusquedad del cambio sugiere que el desplegamiento es un proceso cooperativo: la prdida de
estructura en una parte de la protena desestabiliza otras partes. El
efecto del calor sobre las protenas no es un efecto fcilmente
predecible. Las protenas muy estables al calor de las bacterias
termfilas y arqueas han evolucionado para poder funcionar a la
temperatura de las fuentes termales ( 100C). No obstante, la
estructura de estas protenas difiere a menudo muy poco de la de sus
protenas homlogas de bacterias tales como Escherichia coli. An no
se sabe de qu modo estas pequeas diferencias promueven
estabilidad estructural a temperaturas elevadas. La desnaturalizacin
de protenas tambin puede llevarse a cabo por la accin de extremos
de pH, de ciertos disolventes orgnicos miscibles en agua como por
ejemplo el alcohol o la acetona, de ciertos solutos tales como la urea o
el cloruro de guanidino, o mediante detergentes. El tratamiento con
cada uno de estos agentes desnaturalizantes puede considerarse
relativamente suave, en el sentido de que no se rompen enlaces
covalentes de la cadena polipeptdica. Los disolventes orgnicos, la
urea y los detergentes actan principalmente rompiendo las
interacciones hidrofbicas que forman el ncleo estable de las
protenas globulares; los extremos de pH alteran la carga neta de la
protena, dando lugar a la aparicin de repulsiones electrostticas y a
la destruccin de algunos enlaces de hidrgeno. Las estructuras
desnaturalizadas obtenidas en estos diversos tratamientos no son
necesariamente equivalentes. La estructura terciaria de una protena
globular est determinada por su secuencia de aminocidos. La prueba
ms importante vino de experimentos que demostraron que la
desnaturalizacin de algunas protenas es reversible. Algunas
protenas globulares desnaturalizadas por el calor, extremos de pH o
reactivos desnaturalizantes, son capaces de recuperar su estructura nativa y su actividad biolgica si son
devueltas a condiciones en las que la conformacin nativa es estable. Este proceso se llama
renaturalizacin.
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TEMA 3: Protenas: caractersticas generales y estructura

tridimensional

Un ejemplo clsico es la desnaturalizacin y renaturalizacin de la ribonucleasa A, demostrada por

Christian Anfinsen en la dcada de 1950. La ribonucleasa A purificada se desnaturaliza completamente
mediante exposicin a una disolucin concentrada de urea en presencia de un agente reductor. El agente
reductor rompe los cuatros puente disulfuro dando lugar a ocho residuos Cys y la urea elimina las
interacciones hidrofbicas estabilizantes, con lo que el polipptido pierde completamente su conformacin
plegada. A la desnaturalizacin de la ribonucleasa le acompaa una prdida completa de la actividad
cataltica. Cuando se eliminan la urea y el agente reductor, la ribonucleasa desplegada y desnaturalizada
se vuelve a plegar espontneamente adoptando su estructura terciaria correcta y recuperando
completamente su actividad cataltica.
El replegamiento de la ribonucleasa es tan preciso que los cuatro
puentes disulfuro intracatenarios se forman en las mismas posiciones
originales observadas en la ribonucleasa nativa. Clculos matemticos
demuestran que las ocho Cys podran haberse recombinado al azar
para formar cuatro puentes disulfuro de 105 maneras diferentes.
El experimento de Anfinsen demostr por primera vez que la secuencia
de aminocidos de una cadena polipeptdica contiene toda la
informacin necesaria para el plegamiento de la cadena en su
estructura tridimensional nativa. Trabajos posteriores han demostrado
que esta afimacin slo es vlida para una minora de protenas,
muchas de ellas pequeas e inherentemente estables. A pesar de que
todas las protenas poseen realmente el potencial para plegarse y
generar su estructura nativa, muchas requieren, como veremos ms
adelante, algn tipo de asistencia.
Muchas protenas reciben la asistencia de chaperonas Hsp70 y de
chaperoninas en su plegamiento. Enzimas especficos catalizan la
formacin de enlaces disulfuro y la isomerizacin cis-trans de enlaces
peptdicos de Pro. El plegamiento defectuoso de protenas es la base
molecular de una amplia gama de enfermedades humanas como la
diabetes de tipo 2, el Alzeihmer, la enfermedad de Huntingon, t de
Parkinson (amiloidosis).
8. Estructura cuaternaria
La estructura cuaternaria se forma como consecuencia de interacciones entre las subunidades de
protenas miltisubunidades (mutimricas) o de grandes complejos proteicos. Algunas protenas
multimricas poseen una unidad repetitiva consistente en una nica subunidad o en un grupo de
subunidades que se denomina protmero. Los protmeros suelen estar relacionados mediante simetra
rotativa o helicoidal.