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SERVIO PBLICO FEDERAL

UNIVERSIDADE FEDERAL DO OESTE DO PAR
INSTITUTO DE BIODIVERSIDADE E FLORESTAS
CURSO DE BIOTECNOLOGIA
PROFESSOR: KAU SANTANA
DISCIPLINA: BIOINFORMTICA

Criando o Mapa do Potencial Eletrosttico de Ligantes

O potencial eletrosttico mapeado sob a superfcie de molculas uma ferramenta

extremamente til para analisar regies da estrutura do ligante que so susceptveis a
interaes eletrostticas com o seu receptor, podendo auxiliar desta forma, em
estratgias de desenho e otimizao de molculas prottipo.

Incio do Tutorial

Minimizando a Estrutura

Abra o arquivo PDB do ligante pelo UCSF Chimera.

importante que voc realize uma minimizao na sua estrutura antes de proceder
aos passos seguintes.

Primeiro faa a protonao da molcula:

Na linha de comando digite: addh. Ou na barra de menu faa: Tools>Structure editing

AddH

Aps a protonao, prossiga a minimizao. Na barra de menu, faa:

Tools> Structure editing> Minimize structure

Na janela que abrir, configure o nmero de passos do algoritmo steepest descent e

gradiente conjugado que sero utilizados para 10. Em Fixed atoms escolha a opo
none.

Calculando as Cargas Atmicas

Calcule as cargas atmicas:

Tools> Structure editing>Add charge

Figura 1. Janela para clculo de cargas

Na opo Other residues escolha AM1-BCC e em Add labels showing charges to

atom in escolha a opo nonstardard residues. Clique em Ok. Aparecer a
seguinte janela (Figura 2), mas no se preocupe no ocorreu nenhum erro:

Figura 2. Janela dos clculos de cargas

Na janela seguinte clique em Ok. Aps os clculos das cargas a molcula ser exibida
deste modo (Figura 2).
Figura 3. Cargas de cada tomo exibidas na molcula do ligante

Crie a superfcie molecular:

Action>Surface>Show. Escolha a opo "solid". Depois em Action> Surface>

Transparency escolha a opo 70%.

Criando o Arquivo APBS e Exibindo o Mapa do Potencial

Depois crie o arquivo APBS (o mesmo que criamos no servidor PDB2PQR, mas para
protenas).

Explicao sobre o APBS: O APBS (do ingls, Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) o

nome dado ao arquivo (e tambm ao programa) que fornece informaes sobre a
distribuio de cargas eletrostticas na superfcie de molculas num meio de
solvatao biomolecular. Esta distribuio calculada pela equao de Poisson-
Boltzmann.
V em Tools>Suface/BidingAnalysis>APBS

Na caixa que abrir selecione um diretrio onde o arquivo APBS ser salvo em "DX
output file:"

Clique em Ok

Depois v em Tools>Suface/BidingAnalysis>Eletrostatic Surface Coloring

Na caixa que abrir (Figura):

Figura 4. Opes para o MPE

Na opo "Color Surface" escolha seu arquivo PDB

Na opo "by" escolha eletrostatic potential

Na opo "potential file" escolha o arquivo APBS em formato DX.

Clique Ok.

Na caixa que abrir selecione o intervalo -1 e +1, ou qualquer outro que facilite a
visualizao.

Para fazer com que as cargas no sejam mais representadas na estrutura, faa: Action>
Label> Off.
Figura 5. Superfcie molecular do ligante com o Mapa do Potencial Eletrosttico

Salvando a Imagem

Salve a imagem em formato PNG. Na barra de menu faa: File>Save Image

Em "Image Options" escolha "POV-ray", para obter imagens em alta resoluo. No

boto "Pov-Ray options" voc poder editar as opes de criao das imagens.