TAXONOMIA

Adriana Bentancor

Uno de los aspectos mas atractivos del mundo microbiano es su gran diversidad.
En la medida que se conoce esta diversidad surge la necesidad de ordenar y clasificar en
funcin de caractersticas o propiedades semejantes.

Taxonoma tiene su origen en un vocablo griego que significa ordenacin. Se trata de

la ciencia de la clasificacin que se aplica en biologa para la ordenacin sistemtica y
jerarquizada de los grupos de seres vivos.
Es importante establecer adems que la sistemtica es la ciencia que se encarga de
llevar a cabo el estudio de las relaciones de parentesco, tambin llamadas afinidades, que se
producen entre las distintas especies.
Los taxones permiten clasificar, agrupando y separando, a los seres vivos a partir de una
jerarqua de inclusin (cada grupo abarca a otros menores mientras est subordinado a uno
mayor). Las categoras fundamentales, desde la ms abarcativa hasta la menor, son el dominio,
el reino, el filo o divisin, la clase, el orden, la familia, el gnero y la especie.
Estas categoras pueden observarse en el siguiente diagrama:
Uno de los objetivos de la taxonoma es poner un poco de orden en el caos aparente de la
diversidad biolgica.
La taxonoma es una ciencia artificial, influida en gran medida por el avance de las tcnicas, cada
vez mas potentes utilizadas para su estudio. En inicio se utilizaron solo caractersticas
fenotpicas, en principio la anatoma de las clulas, sus caractersticas tintoriales, y con el avance
del conocimiento, se analizaron los metabolitos finales de cada microorganismo. La diversidad
de caractersticas que podan evaluarse dio lugar a la utilizacin de la taxonoma numrica hacia
1950. La incorporacin de tcnicas moleculares, una dcada mas tarde, permiti considerar la
filogenia de los microorganismos en trminos de similitudes de ARN ribosomal, ADN, presencia
de protenas y metabolitos intermedios, estudiados a travs de la genmica, protemica y
metabolmica. Ello estableci nuevos criterios de agrupacin, los cuales siguen siendo revisados
segn los nuevos descubrimientos que se van realizando.
Las agrupaciones filogenticas se pueden graficar como un rbol, en el cual las distancias entre
cada rama se asocia al porcentaje de similitud o diferencia entre cada grupo.

Hace tres siglos se clasificaba al mundo biolgico en dos reinos: el vegetal y el animal,
bsicamente utilizando criterios fenotpicos considerando lo que se puede ver a simple vista. A
medida que se profundiz el estudio de la morfologa y la fisiologa de los organismos, se
intensific el estudio de un nuevo reino, el procarionte o procariotae, que agrupa a las
bacterias. El otro gran reino que emerge, el de los eucariotas, incluye a las plantas y animales
superiores adems de los protozoos. Los hongos macroscpicos y microscpicos, unicelulares
o multicelulares, pertenecen al reino fungi.
En los ltimos aos se suman nuevos recursos, nuevas tcnicas de estudio de los
microorganismos, basados en microscopa electrnica, tcnicas de biologa molecular, las que
permiten comparar ultraestructuras y diferencias protemicas y genticas entre microorganismos
fenotpicamente similares.
Debido a la gran precisin, al gran poder de diferenciacin de los microorganismos que brindan
las nuevas tcnicas, se han realizado grandes modificaciones de la clasificacin tradicional de
los microorganismos. Estos cambios en la taxonoma, reubicaciones, reclasificaciones, se
seguirn observando en la medida que avancen las posibilidades tcnicas de establecer
relaciones de homologa entre dos seres vivos diferentes.
Podemos citar como ejemplo al Helicobacter pilory, microorganismo curvo microaerfilo que era
considerado miembro del gnero Campylobacter,. Se ha demostrado que su informacin
gentica es diferente y su agrupacin con las campylobacterias no es adecuada. Semejante es
el caso de Rhodococcus equi, que antiguamente era incluido en el gnero Corynebacterium, del
cual hoy se diferencia.

En principio podemos diferenciar dos tipos bsicos de clulas, las eucariotas (algas unicelulares,
protozoarios y hongos) y procariotas (bacterias y algas azuladas), cuyas diferencias bsicas se
observan en la siguiente tabla:

Tabla. Diferencias entre clulas procariotas y eucariotas

CARACTERSTICA CELULA PROCARIOTA CELULA EUCARIOTA
CELULAR
Membrana nuclear No Si
Nmero de cromosomas y Uno Mas de uno
estructura DNA circular DNA linear, superenrrollado
Superenrrollado en protenas en histonas
basicas del citoplasma
Divisin celular Fision binaria Mitosis/meiosis
Mitocondrias No Si
Aparato de Golgi No Si
Coeficiente de sedimentacin 70s 80s
de los ribosomas
Movimiento ameboide No Si o no
Vacuolas de almacenamiento No Si

Respecto a los procariotas existen dos distintos grupos: las eubacterias y las
arqueobacterias.
Las eubacterias, o bacterias verdaderas, comprenden las bacterias mas comunes, la
mayora de aquellas que estudiaremos en el curso de microbiologa veterinaria.
Las arqueobacterias es un grupo de procariotas que difiere de las eubacterias respecto a
la composicin de su pared, debido a que no sintetizan peptidoglicanos para constituir su pared
celular. A su vez las arqueobacterias habitan en ambientes extremos, (temperaturas superiores
a los 70 C, alta salinidad, bajo pH, etc.) y realizan reacciones metablicas inusuales, tales como
la produccin de metano en condiciones de anaerobiosis, o reacciones metablicas sencillas,
utilizando vas quimiolitotrofas mediadas por una o dos enzimas. Estos datos han hecho suponer
que las arqueobacterias tienen un origen evolutivo ms antiguo que las eubacterias. Su habilidad
de crecer en ambientes reductores, con alta concentracin de sal y escasa agua libre, carencia
de nutrientes y de carbono orgnico, con la consecuente utilizacin de CO2 como fuente de
carbono, inducen a postular su existencia como el origen de la vida en la tierra.

La clasificacin, nomenclatura, e identificacin son tres reas separadas,

interrelacionadas en la taxonoma.

A partir de 1980 se conform un comit que establece los parmetros para clasificar y
denominar los aislamientos que se describen y juzgar la incorporacin de nuevas especies.
Estos criterios son los que permiten al laboratorista realizar las identificaciones de los
microorganismos aislados, en nuestro contexto de una muestra clnica.
El Comit Internacional de Sistemtica en Procariotas [International Committee on
Systematics of Prokaryotes] es el que emite juicios de validez internacional, edita publicaciones
peridicas con actualizaciones (incorporaciones de nuevas especies y reorganizaciones de los
grupos taxonmicos ya conocidos). Estas actualizaciones, vlidas al da de hoy podran quedas
desfasadas en los prximos aos, con la aparicin de nuevas tcnicnologas.
En base a los criterios recolectados por el International Committee on Systematics of
Prokaryotes se ha establecido un manual que ha recopilado las caractersticas de los
microorganismos procariotas, constituyendo una coleccin de datos que sirven de base para la
identificacin de los aislamientos, el Bergeys manual. El mismo ha respondido a las
modificaciones basadas en la taxonoma que han demostrado diferencias en el grado de filogenia
de las especies basadas en la incorporacin de criterios moleculares aplicados a la taxonoma.
En la medida que los criterios de clasificacin son revisados por la comunidad cientfica por la
incorporacin de nuevas tcnicas (estudios genticos con sondas de cidos nucleico, porcentaje
de homologa en el ARN, %GC, secuenciacin) el Comit define los criterios, para diferenciar
unas especies de otras, Si bien no est aceptado por la totalidad de la comunidad de
microbilogos, se puede definir una especie procariota a partir de las secuencias de RNA
ribosomal, dado que existe una altsima probabilidad de que dos procariotas cuyo RNA tengan
un 97% de homologa pertenezcan a la misma especie.
 La clasificacin es el ordenamiento de los seres vivos en grupos o taxones con
base en semejanzas o relaciones evolutivas.

La clasificacin es el primer eslabn taxonmico ya que permite asignar a un

microorganismo una denominacin adecuada, facilita su reconocimiento y establece una
correcta identificacin. La clasificacin de microorganismos procariotas, como las bacterias,
requiere un conocimiento de tcnicas experimentales as como la observacin, ya que es
necesario determinar las propiedades bioqumicas, fisiolgicas, genticas y morfolgicas.
Las bacterias se clasifican en los mismos grupos taxonmico que los animales y las
plantas; cada individuo pertenece a una especie, cada especie a un gnero, cada gnero a
una familia, cada familia a un orden, cada orden a una clase, cada clase a un phylum, cada
phylum o tipo a un reino. Para fines prcticos slo se usa de manera corriente la ubicacin en
familia, gnero y especie. Las clases son enormes, estn integradas por gran cantidad de
microorganismos, por lo cual la designacin de clase raramente se utiliza en bacteriologa para
identificar los aislamientos clnicos en las tareas de diagnstico en microbiologa veterinaria. Algo
similar ocurre con los virus.

De la misma manera suele suceder con los rdenes, salvo excepciones en la que los
rdenes contengan un reducido nmero de integrantes, o bien que sean lo suficientemente
diferentes de los restantes como sucede con los rdenes Chlamydiales y Rickettsiales, los cuales
involucran microorganismos que son parsitos intracelulares obligados.

Algunas familias renen a un grupo de microrganismos (mo.) estrechamente relacionados

entre s, como sucede con la familia Enterobacteriaceae, microorganismos que suelen habitar el
tracto intestinal como su nombre lo indica.

El gnero bacteriano es normalmente un grupo bien definido, que se puede identificar

claramente de otros gneros.
El concepto de especie, unidad fundamental de la filogenia eucariota, tiene un
significado distintivo cuando se aplica a las bacterias.

Una especie eucariota es un grupo biolgico que tienen la capacidad de cruzamiento para
producir hijos frtiles.

En cambio, una especie bacteriana se define como un grupo distintivo de

microorganismo, que tienen ciertas caractersticas comunes, estables, que lo distinguen
de otra especie en las sucesivas generaciones.

La especie es un rango bsico de clasificacin. Se utiliza en todos los gneros como

la forma de identificacin ms fina. Pero en algunos casos particulares, la especie incluye un
grupo de individuos que puede ser incluso diferenciados por algunas caractersticas particulares,
como sucede por ejemplo con los gneros Salmonella y Leptospiras, en los cuales el rango o
taxn bsico es el serovar (variante serolgica) o serovariedad, Esto es debido a la dificultad
para establecer diferencias fenotpicas de las habilidades metablicas en los integrantes de cada
grupos de estos microorganismos, por lo cual se recurre al estudio de diferencias antignicas de
su superficie, detectndolas por anticuerpos especficos (serotipificacin).
 Podemos definir especie bacteriana diciendo que una especie es una coleccin o
conjunto de cepas, pertenecientes a un mismo gnero, que difieren lo suficiente de otro
grupo de cepas como para asegurar su reconocimiento como grupo taxonmico. Como ya
lo sealamos, originalmente las diferencias y homologa entre especies se basan en estudios
fenotpicos, morfologa, reacciones bioqumicas, presencia o no de las estructuras
especializadas como flagelos, cpsula, etc.

Para poder aclarar los conceptos y relacionarlos con la clasificacin propuesta podemos
evaluar este ejemplo:

RANGO TAXONMICO EJEMPLO

Reino Procariote
Divisin Gracillicute
Clase Escotobacteria
Orden Eubacteriales
Familia Enterobacteriaceae
Gnero Escherichia
Especie E. coli

Para este ejemplo, cuando hablamos de coli, nos referimos a un procariote que integra
el gnero Escherichia, que integra la familia Enterobacteriaceae junto a otros gneros que se
omitieron.
Observes el subfijo empleado en la categora orden (-ales) y familia (-aceae), que tambien
aplica para otros microorganismos.

La nomenclatura es la parte de la taxonoma que trata de asignar un nombre

cientfico a los grupos taxonmicos de acuerdo con criterios y normas
preestablecidas y admitidas internacionalmente.

Las bacterias se denominan con el sistema binomial de nomenclatura elaborado por Linneo
en 1753, donde se utiliza el gnero y la especie para denominarlos.
La nomenclatura consiste en dar nombre a un microorganismo considerando reglas
internacionales. Las bacterias se denominan con el sistema binomial de nomenclatura elaborado
por Linneo en 1753, donde se utiliza el gnero y la especie para denominarlos, siendo el nombre
del gnero homologable a nuestro apellido, es decir un nombre compartido por todos los que
formamos parte de un grupo familiar. El nombre de la especie es aquel que permite individualizar
a un microorganismo que integra un gnero y es homologable a nuestro nombre personal, por el
cual se nos identifica individualmente, al margen de tener un apellido familiar compartido por
todos nuestros parientes. Siempre que se escriban con letra convencional, deben subrayarse
estas dos palabras, salvo que se escriban en bastardilla o itlica. Cada bacteria se reconoce
entonces por dos palabras, la primera referente al gnero, es un sustantivo propio y se escribe
comenzando con mayscula y la segunda se refiere a la especie, y se escribe por convencin
con minscula. Ejemplo: Escherichia coli es el nombre con que se identifica un microorganismo,
la especie coli que pertenece al gnero Escherichia, esta subordinado a ella y no puede ser
escrito en forma aislada, ya que podra representar a otro individuo de otro gnero.
La nomenclatura aceptada es Escherichia coli en textos de letra de imprenta o Escherichia
coli en caso de letra cursiva. Sin embargo, al repetir el nombre de la bacteria se admite la forma
abreviada, que consiste en la primera letra del genero (mayscula y cursiva) seguida de un punto.
Separada de un espacio y el nombre de la especie (minscula y cursiva).
Adems, si quisieramos nombrar un gnero, el que agrupa mas de una especie la
nomenclatura taxonmica se puede resumir con el nombre del gnero completo (maysculas y
cursiva) y la abreviatura de especies, spp. y en el caso que el gnero solo tenga una especie
conocida, la abreviatura de especie ser en singular: sp. . Estas abreviaturas genricas no se
escriben en cursiva, no son subrayadas y llevan punto, ya que son abreviaturas que no
constituyen un nombre propio.

Por ejemplo:

correcto incorrecto
Escherichia coli Escherichia coli
Escherichia coli Escherichia coli
E. coli (si ha sido citado E. coli
previamente en forma completa) Es. coli
E. coli (si ha sido citado E. coli (primera cita)
previamente en forma completa)
E. coli (primera cita)
E. Coli
Escherichia spp. Escherichia spp
Escherichia spp. Escherichia spp.
Escherichia spp
Escherichia spp

El nombre cientfico est compuesto por palabra latinas que pueden o no ser descriptivas
por microorganismo. Para el caso anterior, la especie E. coli hace referencia a su hbitat natural:
el colon del tracto digestivo de los animales y el hombre.
Otro ejemplo: Staphylococcus aureus alude, por un lado, a caractersticas de agrupacin
(los Staphylococcus aureus se agrupan en racimos o Staphy) y a una propiedad que poseen la
mayora de los individuos de la especie, que es la sntesis de un pigmento que le otorga el color
amarillo dorado a la colonia, aludiendo con la palabra aureus al amarillo del sol. Los nombres
descriptivos pierden con frecuencia su importancia cuando se advierten otras caractersticas ms
especficas, repetibles y objetivas que sirven para clasificar, disminuyendo la probabilidad de
errores y confusiones.
Generalmente el nombre de los gneros hacen alusin a la morfologa de la especie. Por
ejemplo Streptococcus: clulas esfricas agrupadas en cadenas, Bacillus: clulas de forma
alargada, Spirochaeta: clulas de forma espiral. Tambin los gneros pueden hacer alusin al
cientfico que descubri al organismo:

Pasteurella: descubierta por Pasteur

Salmonella: descubierta por Salmon
Coxiella: descubierta por Cox
Rickettsia: descubierta por Ricketts
Brucella: descubierta por Bruce

La identificacin se refiere al uso prctico de un esquema de clasificacin,

para poder distinguir los microorganismos que son aislados, por ejemplo, a partir
de muestras de casos clnicos de enfermedades infecciosas, identificando as al
gente etiolgico de cada enfermedad. Ello permitir la seleccin de algn tipo de
tratamiento como por ejemplo el uso del frmaco adecuado. Esta es la tarea que
se lleva acabo en un laboratorio de diagnstico microbiolgico.

El trabajo ms intenso para organizar bacterias es el presentado en el Bergeys Manual

of Systematic Bacteriology, y el mas utilizado para la identificacin es el Bergeys Manual of
Determinative Bacteriology que presentan actualizaciones peridicas. En l se encuadran a los
microorganismos en grupos descriptivos, por ejemplo: cocos Gram positivos, cocos Gram
negativos, etc. Dentro de estos grupos se encuentran diferentes familias, gneros y especies e
incluye las diversas caractersticas que permiten diferenciarlos.

Los criterios adecuados para propsitos de identificacin incluyen muchas de las

propiedades de los microorganismos estudiadas anteriormente. Puede obtenerse informacin de
manera microscpica mediante la observacin de morfologa, agrupacin, afinidad tintorial,
presencia o ausencia de estructuras especializadas tales como esporas, cpsula o flagelos.
La caracterizacin detallada de cualquier microorganismo, en general, depende de las
caractersticas fisiolgicas y bioqumicas especficas. Las pruebas bioqumicas son
diseadas para identificar en una forma clara y concisa la presencia o ausencia de una
caracterstica, como por ejemplo ciertas enzimas que pongan de manifiesto las habilidades
metablicas del aislamiento.
La base de estas pruebas puede ser la presencia o ausencia de una enzima, un grupo de
enzimas o una va metablica completa en un microorganismo. Estas diferencias en habilidades
bioqumicas las aprovechamos para identificar bacterias muy afines entre s.

Para realizar las reacciones bioqumicas, debemos trabajar con microorganismos:

- en estado de pureza,
- provenientes de medios de cultivos nutritivos apropiados
- en la fase exponencial de la curva de crecimiento.

Las pruebas bioqumicas se realizan tanto para las bacterias aerobias, anaerobias, cocos
o bacilos; Gram positivas o Gram negativas. Las pruebas bioqumicas suelen agruparse de
acuerdo a la naturaleza qumica de los sustratos sobre los que se valora:
-hidratos de carbono ( rojo de metilo, Voges-Proskauer, etc.).
-protenas (indol, produccin de cido sulfhdrico, etc.).
-lpidos (lipasas, fosofolipasas)
Una seleccin de pruebas de uso frecuente puede observarse en la tabla clasificadas por
sustrato atacable.

En algunos casos, utilizamos pruebas fisiolgicas (catalasa, oxidasa, coagulasa) que se

realizan a partir de colonias en un medio simple con las cuales realizamos una suspensin
bacteriana, y en otros casos nos valemos de la siembra en medios diferenciales y su incubacin
permite investigar una va metablica, que se lee como resultado.

Tabla. Pruebas de uso frecuente

Prueba Principio Procedimientos
Medio de Reactivo/indicador Incubacin lectura
cultivo
Catalasa. Deteccin de la enzima Agar infusin. H2O2 colocar unas - Formacin de burbujas por
catalasa que rompe gotas sobre el desprendimiento de O2: +
uniones perxido. portaobjetos con una
muestra del cultivo
Oxidasa. Deteccin de la enzima Agar infusin. Disco con oxalato de 1 a 5 min. Cambio de color a morado
citocromo oxidasa en la dimetil p metilanili- intenso.
cadena respiratoria. na. Colocar en una
suspensin densa del
cultivo.
OF Determinacin del Glucosa. Medio semi slido. 24 hs Viraje en todo el medio:
Oxido metabolismo oxidativo o fermentador.
fermentacin. fermentativo.
 Indicador de pH. Uso Viraje en la superficie del
de 2 tubos, uno de medio: oxidativo.
ellos con
Vaselina.
Fermentacin de Fermentacin de un Medio basal al zucar a evaluar/ 48 hs Viraje del color del medio
los Hidratos de carbohidrato especfico, que se le indicador de pH y por la acidez, captura de
Carbono. produciendo cido o c. incorpora el campanita de gas en la campanita.
y gas. hidrato de Durham.
carbono a
evaluar.
Rojo de metilo Utilizacin de la glucosa Caldo RMVP RM (Indicador de pH). 48 hs 1 gota de cultivo + 1 gota de
(RM). por la via fermentativa (solo contiene indicador:
cido mixta. Determina glucosa). Rojo:+
un pH < 4,5 final. Amarillo:-
Voges Proskauer Utilizacin de la glucosa Caldo RMVP -naftol + KOH al 48 hs Rojo ladrillo:+
(VP). por la via fermentativa (solo contiene 40%. 5 min
del butilenglicol. pH glucosa). calentar levemente. agitar o calentar levemente
final neutro. Se pone de para oxidar y forzar la
manifiesto el producto aparicin del metabolito
intermedio: acetona, intermedio.Sin cambio de
que tiene reaccin color : -
reversible con
butilenglicol.

Citrato. Medio sinttico definido. Citrato de Indicador de pH. 48 hs Celeste: +

Utilizacin como nica Koser o de Verde: -
fuente de C. Simmons.
Malonato. Medio sinttico definido. Caldo Indicador de pH. 48 hs Celeste: +
Utilizacin como nica Malonato. Verde: -
fuente de C.
ONPG Presencia de la enzima Caldo o agar Discos embebidos en 24 hs Color amarillo:+
-galactosidasa. -galactosidasa. infusin. ONPG (o-nitrofenil-- Sin cambio de color : -
Deteccin de D-galactopiranosido
fermentadores lentos de + suspensin
la lactosa. bacteriana.
Indol. Deteccin de la enzima Agua de Reactivo de Erlich o 48 hs Cambio de color en el
triptofanasa: Produccin peptona (alto de Kovacs. reactivo
de indol a partir de contenido de Rojo:+
triptofano. triptofano) Incoloro:-
Produccin de Liberacin de SH2 Agua de Papel de filtro con 48 hs Negro: +
SH2. (voltil) a partir de peptona subacetato de Pb. Incoloro:-
aminoc. azufrados. TSI (agar 3 Sales solubles de
Produccin de azcares hierro (sulfato o
subacetato de Pb o hierro) citrato) incoloras.
sulfuro de hierro que SIM (agar
precipitan. sulfhdrico indol
movilidad)
Ureasa. Presencia de la enzima Medio basal y Indicador de pH. 48 hs Viraje del color del medio
ureasa que desdobla la urea. por la alcalinidad:+.
 urea en amonaco (pH
alcalino)
Reduccin de Reduccin enzimtica Caldo nitratado Peter Griess (PG). 48 hs Rojo:+
nitratos. de NO3 a NO2. Incoloro:-
Comprobacin de la En caso negativo
ausencia de NO3 por comprobar la ausencia de
reduccin qumica. NO3 mediante reduccin
0
Nota: la reaccin puede por granallas de Zn
ser tan intensa que volver a hacer reaccionar
reduce a N2 volatil, y no con PG, interpretar segn
es detectada con el el resultado
reactivo PG. Es preciso
comprobar el uso del
NO3.
Coagulasa. Coagulacin del plasma Plasma 30 min Formacin de coagulo:+
por los mo. citratado de hasta 4 hs.
conejo
Lipasa. Hidrlisis de lpidos con Agar yema 24 hs Halo turbio alrrededor de la
precipitacin colonia:+
Lecitinasa. Hidrlisis de la lecitina Agar yema SO4Cu2 24 hs Al cubrir la superficie del
con precipitacin cultivo con la solucion de
sulfato de cobre se observa
iridiscencia: +
Fosfolipasa. Hidrlisis de fosfolpidos Agar sangre 24 hs Halo de hemlisis completa
y ruptura de membrana alrededor de la colonia: +
celular con hemlisis

Nota: rosa: accin de mo. en H de C; celeste: accin en protenas; amarillo: accin en lpidos.

Existen sistemas comerciales que brindan un conjunto de 12 a 30 reacciones

miniaturizadas las cuales permiten luego de su incubacin categorizar el aislamiento y establecer
su identificacin bioqumica segn un algoritmo de lectura. Estos kits han sido desarrollados
para facilitar la identificacin de los microorganismos mas frecuentes en clnica humana, por lo
cual en algunas ocasiones no son de utilidad en medicina veterinaria.

Muchas de estas pruebas constan de una serie de recipientes pequeos que contienen
varios medios tiles y reactivos listos para usar, con las pruebas necesarias para confirmar un
microorganismo sospechoso. A su vez proveen de una ampolla de medio lquido en el cual se
realiza la suspensin del microorganismo aislado alcanzando una turbidez determinada, y este
inculo se distribuye completando la galera de pruebas. Se comercializan para cocos Gram
positivos, para enterobacterias, Bacillus, etc., La mayora de estos equipos estn diseados para
ser inoculados por un simple paso desde un cultivo puro en fase exponencial aislado en un medio
simple, los resultados de la prueba se leen al observar un cambio de color o alguna reaccin
interpretada con facilidad.
 Un laboratorio de diagnstico bacteriolgico en la tarea de identificar un microorganismo
aislado mediante las pruebas de identificacin con las que cuenta, suele determinar el nivel de
especie. Cabe aclarar que si bien todas las especies pertenecientes a un mismo gnero
comparten la gran cantidad de caractersticas, hay dentro de los individuos que agrupa la especie
diferencias en su comportamiento biolgico, virulencia (intensidad de expresin de un factor de
virulencia), en la composicin de la superficie (diferentes antgenos), etc. por lo cual surge la
categora de cepa.

Cepa: una cepa est integrada por descendientes directos derivados de una nica colonia
inicial de bacterias, aisladas en un cultivo a partir de una muestra proveniente de una misma
fuente, como por ejemplo una muestra patolgica.
La identidad de cepa caracteriza al aislamiento que se relaciona a la enfermedad
detectada en un rea en particular.
La misma podra ser idntica a otro aislamiento de otra rea, pero debe analizarse su
igualdad o no, y puede coexistir con otras cepas de la misma especie del mismo origen, o sea
clones de microorganismos que pese a pertenecer al mismo gnero y especie tienen factores
estables diferenciales.
Podemos citar a la cepa MB 409 de S. aureus, aislada de un caso de mastitis bovina. Esta
cepa se comporta bioqumicamente como un tpico Staphylococcus aureus, (metabolismo
oxidofermentativo, coagulasa positivo, resistente a la osmolaridad, etc.), igual que la cepa P1,
pero que fue aislado de un caso de infeccin de piel de un perro (ambos cocos son grampositivos,
con metabolismo oxidofermentativo, catalasa positivo y coagulasa positivo). Sin embargo, sus
diferentes orgenes pueden indicarnos diferencias en la adaptacin a distintos ambientes y
distintos huspedes, razn por lo cual se podran diferenciar de alguna manera. Adems, la cepa
aislada de mastitis bovina seguramente tuvo contacto con algunas drogas, utilizadas en
teraputica contra algunas enfermedades de los bovinos, y quizs haya desarrollado resistencia
hacia alguna de ellas; por su parte, la cepa del perro, podra haber hecho lo mismo con las drogas
utilizadas en los perros, ya que los tratamientos para perros son diferentes a los de los bovinos,
ambas cepas podran poseer atributos de resistencia diferente. Pero qu ocurre si la cepa
aislada es de otro rodeo bovino?. Tenemos alguna seguridad de que se trata de la misma
cepa?. Debemos evaluar las caractersticas de cada una de ellas. Las cepas se diferencian
unas de otras mediante diversos criterios, aunque pertenecen al mismo taxn base.

Las cepas se pueden diferenciar segn

-diferencias de comportamiento bioqumico
-diferencias en sus antgenos
-diferencias de patogenicidad, etc.

Biovar, Biovariantes o Biotipos: la denominacin de Biovar permite diferenciar aquellas

cepas pertenecientes a la misma especie bacteriana (comparten las reacciones identificatorias
de la especie), pero presentan propiedades bioqumicas o fisiolgicas especiales, las que se
pueden poner de manifiesto a travs de reacciones metablicas ms o menos estandarizadas
para cada caso. Por ejemplo: Escherichia coli O157:H7 sorbitol positivo y E. coli O157:H7 sorbitol
negativo.

Serovariantes o serovares: los serovariantes, serovares, serovariedades o serogrupo y/o

serotipo son microorganismos pertenecientes a una misma especie, pero que a pesar de la
similitud que poseen entre s, poseen en las estructuras superficiales bacterianas propiedades
antignica diferenciales. Para determinar el serogrupo se utilizan los antgenos somticos de
pared (O), y para determinar el serotipo los antgenos flagelares (H). Estos antgenos en formas
independientes determinan serogrupos, y la combinacin de ambos como frmula antignica O:H
determina el serotipo. Adems, en caso de presentar cpsula se puede asociar los antgenos
capsulares que son denominados K o Vi segn se trate por ejemplo de Escherichia spp. o
Salmonella spp. respectivamente.
Dichas clasificaciones serolgicas fueron de gran impacto para la microbiologa y se han
desarrollado esquemas de clasificacin aplicados a Enterobacteriaceae como el de Kauffman
para Escherichia spp. y el de Kauffman y White para Salmonella spp. respectivamente.

Patovariedades o patovares: son microorganismos de la misma especie, pero que

poseen diversa patogenicidad, producen diferentes daos: mientras algunos microorganismos
se comportan inocuamente, otros son capaces de producir enfermedad, varan en su capacidad
patognica. Pueden producir algunos diarreas acuosas y otros diarreas hemorrgicas o
mucosas, estn generalmente asociados a la presencia de diversos factores de virulencia los
cuales pueden al da de hoy ser identificados mediante pruebas moleculares. Por ello si
consideramos el cuadro clnico podemos definirlo como patotipos o patovares, y pueden ser
denominados considerando sus factores de virulencia como virotipos.
Si el factor de virulencia, en el que difieren los aislamientos de una especie es la
produccin de una toxina, la cual puede ser reconocida mediante antitoxinas (anticuerpos
especficos), se denominan como Toxinotipos. Por ejemplo para Clostridium perfringens se
reconocen 5 toxinotipos dependiendo de la expresin de 4 toxinas solas o combinadas.

Fagotipo: los microorganismos que pertenecen a una misma especie, bioqumicamente

son muy similares, pero poseen diferencias en la sensibilidad a algunos bacterifagos (debido a
la diferencia en sus receptores de cubierta que permiten o no el acople del virus bacterifago).
El fagotipo se emplea para la identificacin de diversas cepas de Escherichia coli, Salmonella
spp., etc. La utilizacin de fagos tambin puede ser utilizada para reconocer diversas especies,
pero si bien se reconoce su uso a ese nivel se debe recordar que en el caso del fagotipo
1
reconoce diversidades dentro de la misma especie.

Antibiotipo: Microorganismos de una misma especie son diferenciados en funcin de su

perfil de susceptibilidad frente a antimicrobianos. Un ejemplo de su evaluacin puede
observarse en la lectura del trabajo cientfico de Labarca J. (Rev Chil Infect (2002); 19 (Supl. 2):
S 157-160) en el siguiente link: http://www.scielo.cl/pdf/rci/v19s2/art17.pdf

Retomando los conceptos anteriores, reforzamos el concepto de identificacin: para

identificar o definir a un microorganismo aislado se utilizan una serie de criterios que
generalmente se basan en las caractersticas fenotpicas, comenzando por aquellas ms
generales (morfologa, afinidad tintorial, tipo de respiracin, atmsfera de cultivo, presencia de
estructuras especializadas, etc.) para llegar por ltimo a las particulares y especficas en cada
caso segn sea necesario (serovar en caso de Salmonella spp. por ejemplo). Se utilizan en
forma progresiva y ordenada las caractersticas fenotpicas desde las ms sencillas a las ms
complejas en forma dicotmica.

1
No confundir con Fagotipificacin:
la fagotipificacin no slo es un sistema para clasificar microorganismos, si no ms que
nada para identificarlos. Partiendo de la base de que los fagos son especficos, se puede
enfrentar un cultivo puro a la accin de fagos conocidos, y si se produce lisis estaremos frente a
un determinada especie bacteriana. Estudiaremos su importancia para diferenciar algunos
patgenos de inters veterinario, tal como Brucella abortus, que es reconocido y lisado por el
efecto del fago ltico TbLisi, y el caso de Bacillus anthracis que es tambin reconocido y lisado
por el efecto del fago gamma, fagos cuya propiedad es de inters en la identificacin y
diferenciacin del patgeno respecto a otras especies del mismo gnero.

 Cada resultado positivo o negativo nos indica cual es la siguiente prueba que hay que
emplear para la correcta identificacin, de forma tal que es posible ir acercndonos a la
identificacin del aislamiento. stos tipos de identificacin se utilizan mucho en bacteriologa
clnica y en otras aplicaciones en las que los aislados deben ser identificados rutinariamente.
Para ello es necesario considerar en cada cuadro clnico cuales son los agentes etiolgicos que
pueden estar involucrados en el caso y presentes en la muestra. Si bien este conocimiento no
es abarcado en forma total por un alumno, ya que no ha cursado enfermedades infecciosas y
materias de la clnica, es el conocimiento que acredita un profesional.
La sospecha determina, en microbiologa clnica, la orientacin que se da a la marcha
bacteriolgica para detectar la presencia de los agentes etiolgicos presentes en la muestra,
basado en los aislamientos mas frecuentes en cada caso.

Los criterios utilizados generalmente son:

caractersticas celulares.
Morfolgicos:
se trata de un un
coco,
bacilo,
cocobacilo,
espiroqueta o
bastn irregular.

Agrupacin:
Se agrupan como
racimos,
cadenas,
letras chinas,
empalizada,
sin agrupacin particular.

Afinidad tintoral: comportamiento frente a tinciones diferenciales:

Gram,
Ziehl Neelsen

Estructuras especiales: poseen o no:

cpsula,
espora,
 flagelos,
slime, etc.

Hbitat o ecologa:
Ambiente cul es el ambiente natural.
Relaciones simbiticas: Es o no un habitante normal del sitio del cual ha sido aislado.

Caractersticas de cultivo y bioqumicas

Tiempo necesario para desarrollar en medio de cultivo:
Desarrollar rpido (24 horas) o lentamente (das, o semanas, o meses).
Tipo de requerimientos exigencias para el crecimiento:
Son exigentes o no para crecer en medios de cultivo simples?
Crecen en medios comunes o en medios especiales?
Cules son los requerimientos nutritivos?.

Caractersticas de la colonia.
Tamao (grandes o pequeas),
Forma (redondas, irregulares, etc)
Bordes (lisos, festoneados, irregulares)
aspecto (brillantes u opacas, secas o cremosas)
color,
Las colonias son pigmentadas?
de qu color?
Los pigmentos difunden o no en el medio?

Tipo de metabolismo: es respiratorio o fermentativo?.

en caso de metabolismo respiratorio cul es el aceptor final de electrones?
en caso de metabolismo fermentativo cul es la va de fermentacin, el sustrato utilizado,
los subproductos generados?.
Tipo de tolerancia en el crecimiento
Resisten altas o bajas temperaturas extremas?.
Resisten las altas concentraciones de cloruro de sodio, alta osmolaridad del medio?.
Resisten pH extremos?.
Resisten el crecimiento bajo la accin de determinados antimicrobianos?.

Atmsfera de cultivo.

Caracterstica bioqumicas:

Qu capacidades poseen para utilizar los diferentes compuestos de carbono, nitrgeno,

azufre?.
Cules son los hidratos de carbono que pueden fermentar, y cules los subproductos de tal
fermentacin?.
Qu tipo de enzimas generales poseen (catalasa, oxidasa, etctera)?.

Patogenicidad

Factores de agresin:
Poseen exoenzimas caractersticas?
Hialuronidasas
 Colagenasas
Leucotoxinas,
Etc.
Poseen cpsulas o adhesinas?
Fimbrias,
Protenas especiales, etctera.

Poseen endotoxinas?

Son capaces de mutar sus antgenos con facilidad?.

Son capaces de vulnerar el sistema inmune celular/humoral?.

Producen algn cuado clnico particular?

Son zoonticos?
 MICOLOGIA

Los criterios hasta el momento mencionados son aplicables a la micologa.

Hemos visto en la Unidad 2 como se relacionan con el tipo de reproduccin,

asexual o sexual, para su identificacin o calsificacin respectivamente.

Taxonmicamente los hongos dentro del Reino Fungi, se ordenan en una serie de categoras
subdivididas de una manera jerrquica que buscan facilitar el estudio de los mismos. Cada rango
jerrquico se denomina de tal forma que es reconocible por un subfijo que lo caracteriza.

El nivel de la categora puede identificarse por el subfijo que porta el taxn

Ej

rango subfijo

Divisin - mycota

Clase - mycetes

Orden - ales

Familia - aceae

Gnero Nombre genrico

Especie Binomio (Nombre genrico + epiteto especfico)

En micologa existen varios sistemas de clasificacin vigentes, utilizados por distintos autores.
Entre los diferentes sistemas existen controversias fundamentalmente sobre los lmites de
taxones superiores. Es decir, aunque todos los autores aceptan el nombre de una determinada
especie, no todos ellos la colocan en la misma familia. En cualquier caso, el desacuerdo es an
mayor en lo que se refiere a la clase y divisin.

Esta clasificacin es bastante compleja y es por lo que resulta ms prctico considerar el tipo de
reproduccin, los caracteres macroscpicos, microscpicos y las similitudes del DNA.

En la actualidad el reino Fungi, se divide en dos subreinos, Dykaria, el cual agrupa las
divisiones Ascomycota y Basidiomycota, y el llamado Hongos Basales que agrupa al resto de
los hongos. Cindonos nicamente a los patgenos, dentro del segundo subreino se ubican
aquellas especies que antes pertenecan a la divisin Zygomycota (zigomicetes) y que se ha
demostrado constituye un grupo polifiltico, por lo que dicha categora ha sido eliminada en las
nuevas clasificaciones.

Clasificacin actual de los Hongos

Fuente: Laura Rosio Castan. Generalidades e Importancia de la Micologa Mdica.

En caso de querer profundizar estos conocimientos puede leer el artculo de Guarro J. en

Enferm Infecc Microbiol Clin. 2012;30(1):33-9. Al que puede acceder a travs del siguiente link:
http://www.elsevier.es/es-revista-enfermedades-infecciosas-microbiologia-clinica-28-articulo-
taxonomia-biologia-los-hongos-causantes-infeccion-humanos-90093120
Nosotros concordamos con la clasificacin de Hoog y Guarro, que se detalla en el libro
Class of clinical Fungy.
Los hongos que son objetos de inters veterinario se incluyen en las divisiones Oomycota,
Zygomycota, Basidiomycota y Deuteromycota.

Tambin se ha empleado la clasificacin clnica, tal como se detalla:

De manera general, podemos decir que los hongos pueden causar procesos patolgicos
de carcter infeccioso en los animales por tres tipos de mecanismos: Infecciones, Alergias e
Intoxicaciones.
 -Infecciones:

Tabla. Clasificacin Clinica de las Micosis

Tipos Enfermedad Hongo (gnero)

Superficial Tias Malassezia
Zonas queratinizadas que Dermatomicosis Trichophyton
son atacadas por hongos Microsporum
queratolticos
Subcutneo Esporotricosis Sporothrix
Dermis
Sistmico o profundo Histoplasmosis Histoplasma
Uno o ms rganos /tejidos Paracoccidioidomicosis Paracoccidioides
profundos Coccidioidomicosis Coccidioides
Oportunistas Candidiosis Candida
Diversos rganos. Criptococosis Cryptococcus
Topogrficamente pueden Zigomicosis Rhizopus
ser superficiales,
subcutneas o sistmicas,
pero son causadas por
hongos inocuos en un
individuo susceptible,
cualquier hongo puede ser
oportunista.

-Alergias por reacciones de hipersensibilidad del hospedero por contacto con ciertos antgenos
fngicos.

-Intoxicaciones:
micetismo es la intoxicacin por la ingestin de compuestos txicos que forman parte del
hongo. Generalmente corresponde al consumo de Basidiomycetes, setas venenosas.
micotoxicosis es por ingestin de alimentos contaminados con toxinas elaborada por
hongos txicos. Se conocen muchas micotoxinas producidas por un gran nmero de especies
fngicas, en sumayora por Aspergillus, Penicillum y Fusarium. Las toxinas son entre otras
micotoxinas, ocratoxinas, patulina, etc.

La identificacin se realiza a partir de los cultivos puros, por mtodos clsicos en base a
caractersticas macroscpicas de las colonias, microscpicas y caractersticas fisiolgicas en
algunos hongos filamentosos. En general para este grupo es suficiente las caractersticas macro
y microscpicas para poder identificar una cepa a nivel de especie.
En el caso de las levaduras las caractersticas macro y microscpicas no son suficientes para
identificar una cepa determinada, y es necesario realizar tambin el estudio de su caractersticas
fisiolgicas, como la capacidad de utilizar distintos compuestos de carbono, la capacidad de
crecer en medios libres de vitaminas, o la capacidad de hidrolizar la urea.

Adems de los mtodos clsicos de identificacin que son los ms utilizados existe una serie de
mtodos complementarios a los que se puede recurrir. Esto se basa en el estudio de las enzimas
que producen, la composicin de los cidos grasos, su componentes antignicos y el anlisis de
su ADN mediante tcnicas de biologa molecular.
 VIROLOGA

En el campo de la virologa Inicialmente no hubo sistema para clasificar virus, por ello los virus
fueron nombrados de forma casual. La mayor parte de los virus vertebrados se han nombrado
segn:
las enfermedades asociadas (Virus de la polio, rabia)
el tipo de enfermedad causado (Virus de la leucemia felina)
los sitios en el cuerpo afectado o de cul fue aislado el virus primero (Rinovirus,
Adenovirus)
las localidades de donde primero fueron aislados (Virus de Sendai, Coxsackievirus)
los cientficos que los descubrieron (Virus de Epstein-Barr)
debido a la influencia cultural comn del de la gripe o del dengue'
La clasificacin real de virus comenz en los aos 60 en que los nuevos virus eran descubiertos
y estudiados por microscopia electrnica. Cuando la estructura fue clarificada surgi la necesidad
de un nuevo sistema de clasificacin.
Lwoff, Horne, y Tournier sugirieron un esquema completo para clasificar todos los virus en 1962.
Utilizaron el sistema jerrquico clsico de Linneo de flum, clase, orden, familia, gnero y especie.
Aunque el esquema completo no se poda implementar pronto los virus animales fueron
clasificados en orden, familia, gnero, y especie.

Caractersticas usadas para clasificar virus

En la actualidad, los virus animales se clasifican segn los criterios establecidos por el informe
del Comit internacional de Taxonoma de los Virus (ICTV). Los criterios utilizados son los
siguientes:.
1 Tipo y estructura del c. nuclico (ADN o ARN) incluyendo la cantidad de tiras (simple o
doble), su estructura (lineal o circular), polaridad (positivo o negativo), segmentos
(nmero y tamao), porcentaje de bases G+C
2 Estructura del virin
3 Procedimiento empleado para la replicacin del genoma
El ICTV estableci un catlogo completo de virus organizados en las jerarquas ya estudiadas y
denominados bajo la estructura de subfijos:
rango subfijo

Orden - ales

Familia - viridae

Subfamilia - virinae

Gnero - virus

Especie Virus (descriptivo)

En la clasificacin de 2011 ICTV determin seis rdenes - Caudovirales, Herpoesvirales,
Mononegavirales, Nidovirales, Picornavirales y Tymovirales.
El ICTV desarrolla, refina y mantiene la taxonoma universal de los virus. Aunque la nomenclatura
del ICTV es usada para clasificar los virus animales, en el caso de las plantas, los virologistas no
clasifican sus virus en familias y gneros, usan grupos derivados de virus prototipos o modelos.

La clasificacin de Baltimore se basa en agrupar los virus en familias dependiendo de su

genoma y los mecanismos que utiliza el virus para la sntesis viral del mRNA. David
Baltimore (premio Nobel 1975) propuso una clasificacin basada en el genoma presente en los
viriones en la publicacin Expression of animal virus genome.

ICTV y clasificaciones de Baltimore usadas juntas

Actualmente se utilizan juntos ICTV y la clasificacin de Baltimore. Se observa la estrategia que
emplea cada grupo para la replicacin de su genoma.

Tabla. Grupo de virus segn Baltimore



Tabla. Clasificacin de los virus que afectan a los vertebrados

Orden Familia Subfamilia Estrategia
Virus ADNbc I
Poxviridae Chordopoxvirinae
Asfarviridae
Iridoviridae
Herpesvirales Herpesviridae Alphaherpesvirinae
Betaherpesvirinae
Gammaherpesvirinae
Adenoviridae
Polyomaviridae
Papillomaviridae
Virus ADNmc II
Circoviridae
Parvoviridae Parvovirinae
Virus ADN y ARN con
TR
Hepadnaviridae VII
Retroviridae VI
Virus ARNbc III
Reoviridae
Birnaviridae
Virus ARNmc(-) V
Mononegavirales Bornaviridae
Filoviridae
Paramyxoviridae Paramyxovirinae
Pneumovirinae
Rhabdoviridae
Orthomyxoviridae
Bunyaviridae
Arenaviridae
Virus ARNmc(+) IV
Picaornavirales Picornaviridae
Caliciviridae
Astroviridae
Nodaviridae
Nidovirales Coronaviridae
Arteriviridae
Flaviviridae
Togaviridae
Nota: bc: bicatenario; mc: monocatenario; TR: transcriptasa reversa
Bacterifagos
Los bacterifagos constituyen un grupo de virus que infectan a una amplia variedad de bacterias.
Es el grupo viral ms numeroso y heterogneo. Fueron descubiertos en 1915 por un bacterilogo
que detect un cambio degenerativo en colonias de un estafilococo. El cambio era transmitido
fcilmente a colonias normales y sugiri que el proceso podra deberse a un virus.
Por otro lado en el 1917 se observ en cultivos bacterianos la presencia de crculos de tonalidad
clara dentro de los cultivos y a esas zonas se las denomin calvas debido a que estaban
desprovistas de crecimiento bacteriano. Al agente etiolgico que se coma las bacterias se lo
denomin bacterifago.
Ests dos descripciones corresponden a las descripciones de los dos tipos de bacterifago segn
su ciclo de multiplicacin, atemperados o lisognicos y lticos respectivamente.

Taxonoma y clasificacin.

En la actualidad los virus bacterianos se clasifican segn los criterios establecidos en el informe
del ITCV y los criterios son los mismos que para virus animales (el aspecto morfolgico de la
partcula y la naturaleza de su c. nucleico).
Se establecen cuatro grupos principales de bacterifagos:

- cbicos con cola

- cbicos Sin cola.
- filamentosos.
- pleomrficos.

La importancia de los fagos en la microbiologa aplicada son:

-la identificacin y clasificacin de bacterias (fagotipia).
-uso como sistemas modelo para comprender las caractersticas generales de la
multiplicacin vrica.
-como instrumentos de ingeniera gentica.