Captulo 7

- Os diferentes tipos celulares de um organismo multicelular contm o mesmo DNA. Logo,

blocos de DNA no so perdidos ou rearranjados a diferenciao celular. O que ocorre ento?
Diferentes genes de diferentes regies do DNA so inativados/ativados

- Sinais externos induzem a clula a alterar a expresso de seus genes

- Como a clula controla as protenas que produz ento? Vrias maneiras. (selecionando quais
RNAs sero traduzidos, desestabilizando certos RNAs seletivamente no citoplasma, inativando
os degradando molculas de protenas especficas aps sua produo, etc).

- Mecanismo mais importante dos citados a cima: Controle transcricional (controla como e
quando aquele gene transcrito). Ele garante que a clula no gere intermedirios suprfluos.

- O controle transcricional feito atravs de protenas de regulao gnica, que reconhecem

uma sequncia especfica de DNA porque as superfcies da protena e do DNA so
extensivamente complementares naquela regio da dupla hlice. (Importante: apesar das
interaes serem relativamente fracas, so muito numerosas)

- Geralmente acontece um encadeamento do sulco maior do DNA com alfas hlices ou

folhas Beta.

- Motivo hlice volta hlice: Duas alfas hlices ligadas por uma volta(pequena
cadeia estendida de aminocidos). As duas hlices mantm um ngulo fixo devido a
suas interaes e a hlice terminal se encaixa no sulco maior da dupla hlice de DNA.
As cadeias laterais (que variam de protena para protena) fazem o reconhecimento de
sequencias especficas de DNA, s quais a protena se liga. Motivo composto somente
por aminocidos

- Motivos que utilizam zinco como elemento estrutural: geralmente chamados de

dedos de zinco. Existem vrios tipos, alguns usam folhas B e a maioria usa a alfa
hlice para reconhecer o sulco maior do DNA

- Alguns motivos podem utilizar folhas B pregueadas para reconhecer o sulco maior de
DNA . Esta folha B pregueada formada por duas fitas com cadeias laterais de
aminocidos que se projetam em direo ao DNA. Assim como no caso da alfa hlice, a
sequencia de DNA reconhecida depende da sequencia de aminocidos que fazem
parte da folha B.

- Algumas destas protenas de regulao utilizam alas peptdicas proeminentes para

ler as sequencias de nucleotdeos dos sulcos maior e menor.

- Motivo zper de leucina: Monmeros se juntam para formar uma regio helicoidal. As
hlices so mantidas juntas por ligaes em cadeias laterais de aminocidos
hidrofbicos (geralmente leucinas). Depois as hlices se separam um pouco alm do
ponto de dimerizao, formando um Y que consegue interagir e ler o sulco maior de
DNA.
 - Heterodimerizao : um exemplo de controle combinatrio (combinao de
diferentes protenas em vez das individuais para controle de um processo celular). A
heterodimerizao expande o repertrio de sequncias de DNA que as protenas de
regulao gnica podem reconhecer (mas esta combinao no ilimitada: s se
formam se as superfcies hidrofbicas de duas alfas hlices de zperes de leucina se
entrelaam bem)

- Motivo hlice ala hlice : So duas hlices alfa ligadas por uma ala. A
flexibilidade desta ltima permite que as alas dobrem-se uma sobre a outra,
permitindo que esta se ligue tanto ao DNA quanto a uma outra protena do mesmo
tipo, criando dmeros com contatos especficos com o DNA

- Tcnicas para prever as sequncias de DNA reconhecidas por todas as protenas de regulao
gnica: Ainda no possvel fazer isso, mas alguns mtodos so utilizados para estudar as
caractersticas gerais das protenas de regulao genica, como ensaio da mobilidade em gel,
usando gel de eletroforese e cromatografia de afinidade ao DNA.

-DNA Footprinting : mtodo para identificar sequncias de DNA que controlam a expresso
gnica

- Controle negativo : quando as formas ativas da protena servem para desativar o gene. Tais
protenas so chamadas de protenas de represso genica

- Controle positivo : quando as formas ativas da protena ligante servem para ativar o gene.
Tais protenas so chamadas de protenas de ativao genica

-Alas no DNA: uma nica molcula tetrmera pode se ligar a dois operadores diferentes em
regies prximas, formando uma ala no DNA, que induz nveis maiores de represso na
clula.

- Uma tcnica de regulao gnica dos procariotos: troca de subunidades sigma

-EUCARIOTOS

- Em eucariotos, o controle envolve muito mais protenas, regies muito maiores de

DNA e maior complexidade. (vantagem importante: comum vrios sinais
convergirem pro mesmo promotor, com a maquinaria de transcrio unindo todos
estes sinais para produo de nveis adequados de mRNA)

- Segue breve tabela para comparar superficialmente regulao em bactrias e em

eucariotos:

BACTRIAS EUCARIOTOS
nico fator geral de transcrio Subunidade sigma Cinco fatores gerais de transcrio fornece mltiplos
passos nos quais a clula pode acelerar ou diminuir a
taxa de inicio de transcrio

Possuem operons(conjunto de genes relacionados e No possuem operons precisam regular cada gene
transcritos juntos individualmente
Normalmente controlado somente
protenas de regulao gnica
por algumas Genes controlados por muitas protenas de regulao
(atuao atravs e distancias muito grandes)
Possui mediador: complexo de 24 subunidades que
fornece rea de contato estendida para as protenas de
regulao gnica
Empacotamento das cromatinas fornece muitas
oportunidades para regulao transcricional

- Regio de controle gnica: refere-se a toda extenso do DNA envolvida na regulao

da transcrio de um gene

- Protenas de ativao gnica: Possuem dois domnios distintos. Um reconhece a

sequencia de DNA reguladora especfica e a outra o domnio de ativao, que acelera
a taxa de incio da transcrio. A principal funo dessas protenas, independente de
seus caminhos bioqumicos atrair, posicionar e modificar fatores gerais de
transcrio, mediadores e RNA polimerases. Eles atuam diretamente nesses
promotores ou alteram a regio da cromatina ao redor do promotor.

- Essas protenas alteram localmente a estrutura das protenas por

remodelamento, substituio, remoo de nucleossomos ou modificaes
covalentes nas histonas, com ajuda de enzimas, complexos de
remodelamento, etc. Isso permite maior acessibilidade ao DNA envolvido, ao
promotor e a outras protenas de regulao gnica. Importante: tambm
favorece protenas que leem o cdigo de histona.

- As protenas de ativao exibem sinergia transcricional: a taxa de transcrio

de vrias protenas ativadoras atuando juntas muito maior do que a
produzida por qualquer ativador sozinho.

- Protenas de represso gnica: Nem sempre o empacotamento em heterocromatina

til para inativao de genes. A maior parte desses repressores age gene a gene.
Atuam com vrios mecanismos, muitas vezes vrios para um mesmo sitio alvo,
garantindo a eficincia.

- Importante lembrar que a ligao eficiente ao DNA em uma clula eucaritica

normalmente necessita de varias protenas agindo conjuntamente, (consequncia =
uma protena pode no ser nem ativadora nem repressora, e sim uma unidade
reguladora que formar uma montagem final com sua determinada funo)

- O que impede que uma protena de regulao influencie inapropriadamente os genes

adjacentes? Para evitar essa informao cruzada h um elemento de DNA chamado de
isolador, que bloqueia a comunicao entre estimulador e promotor, formando assim
domnios discretos.
- TIPOS CELULARES ESPECIALIZADOS

- Fenmeno de memria celular: muitas clulas animais mantm sua especializao

mesmo depois de ciclos de divises celulares, o que mostra mecanismos de regulao
gnica estveis e herdveis

-Padro alternado de atividade gnica pode ocorrer em procariotos, j que estes

sofrem alteraes gnicas que so herdadas, enquanto outras so reversveis

- Exemplo de forma de alterao gnica de procariotos: variao de fase (inverso

ocasional de um pedao especfico de DNA). Acredita-se que esta variao de fase
tenha evoludo para proteger a populao bacteriana de respostas imunes

- Bacterifagos ciclos lticos e lisognicos determinados pela regulao gnica de

duas protenas: protena repressora de lambda e protena Cro. Funcionam reprimindo
a sntese uma da outra. A alterao de estado ltico pra lisognico ou vice versa
depende da interao com o meio.

- Ciclo de retroalimentao positivo importante para a memria celular por fornecer

uma estratgia geral simples

- A retroalimentao negativa geralmente usada para manter a expresso do gene

prximo ao nvel padro. Como mudanas levam a ajustes (maior ou menos expresso
momentnea), a retroalimentao negativa pode funcionar como detector de
alteraes sbitas.

- Osciladores internos que controlam os ritmos das atividades celulares so chamados

de relgios circadianos. Um organismo consegue com ele prever as alteraes dirias e
antecipar algumas aes, embora adapte-se a pequenas alteraes. Esse relgio
continua funcionando mesmo se as informaes externas fossem retiradas.

-O relgio circadiano de um organismo complexo como o nosso controlado

principalmente pelas clulas SCN do crebro, que mandam informaes pro
resto do corpo. Porm, se estas forem retiradas e cultivadas em meio,
continua se a observar as oscilaes na expresso gnica em um perodo de
24hrs.

- A expresso de um conjunto de genes pode ser coordenada por uma nica protena.
Apesar do efeito combinatrio, a ao de uma nica protena pode ser decisivo na
ativao ou represso daquele gene. A habilidade de ativar ou desativar muitos genes
de forma coordenada tambm funciona no processo de diferenciao celular

- Prova do alto grau de conservao da maquinaria de transcrio: mesmo protenas de

regulao genicas no relacionadas podem atuar juntas quando introduzidas a mesma
clula

- Um dos efeitos do controle combinatrio: o efeito da adio de uma nova protena

de regulao gnica depender do histrico da clula, ou seja, quais protenas j esto
presentes.
- O DNA tambm pode ser covalentemente modificado, como o caso da metilao das
citosinas (a 5-metil C relaciona-se com C assim como T relaciona-se com U). O padro
de metilao torna-se herdvel. (graas a metiltransferase de manuteno) A
metilao do DNA possui vrios usos, entre eles trabalhar em conjunto com os outros
mecanismos de controle da expresso gnica.

- Em mamferos ocorre a impresso genmica (enquanto a copia do gene herdada do

pai ativa, a da me silenciosa, ou vice versa). No se sabe ao certo o motivo disto
ocorrer, talvez por um meio termo evolutivo, mas uma evidncia de que outras
caractersticas do DNA podem ser herdadas, e no s sua sequencia de nucleotdeos.

- Ilhas GC: Em Cs no metilados, uma desaminao gera uma U, e como esta no

pertence ao DNA, o mecanismo de reparo logo percebe e concerta este erro. Por outro
lado, Cs metilados que sofreram desaminao viram uma T, o que difcil de ser
distinguido como erro o DNA. Logo, evolutivamente, vrias regies CG foram perdidas.
As que sobraram esto distribudas em regies desiguais dos genomas, chamadas ilhas
GC, que permaneceram no metiladas. Estas ilhas geralmente circundam os
promotores dos genes housekeeping.

- A habilidade de uma clula filha reter uma memria padro de expresso genica que
estava na clula parental chamada de herana epigentica. As maneiras j citadas
so: retroalimentao positiva e metilao do DNA. Os eucariotos tambm usam a
estrutura da cromatina, que pode ser efetivamente passada por geraes celulares
atravs principalmente das modificaes covalentes das histonas. Estes so os trs
principais mecanismos, mas existem outros.

- Grandes alteraes na cromatina podem ser herdadas (exemplo, inativao de um

gene inteiro): Machos e fmeas diferem quanto aos cromossomos sexuais (XX ou XY).
Como o cromossomo X muito maior e possui muito mais genes, deve ser feita uma
compensao dessa dose dupla em fmeas. Em mamferos, ela feita pela inativao
completa de um dos genes X, formando os corpsculos de Barr. Se o gene X materno
ou paterno ser inativado em determinada clula uma escolha aleatria, mas uma
vez um destes desativados a clula, toda aquela linhagem celular ter o mesmo gene
inativado.

- O cromossomo X inteiro sem sua transcrio inativada a partir de um stio no

meio do cromossomo, chamado centro de inativao do X, na qual est
codificada um RNA incomum, o RNA XIST, que se distribui por todo
cromossomo para silenciar o gene. As modificaes da heterocromatina
tambm torna o cromossomo altamente resistente a traduo.

- Importante ressaltar que existem variaes no comportamento da clula e nem tudo

ocorre rigorosamente como descrito, devido a modificaes do ambiente. EM alguns
tipos de clulas, o acaso no controle da transcrio gnica parece ser a principal fonte
de variabilidade randmica.
- CONTROLES PS TRANSCRICIONAIS : Controles que acontecem aps a RNA polimerase ter se
ligado ao promotor do gene e iniciado a sntese do RNA.

- Atenuao da transcrio: A cadeia nascente de RNA assume uma estrutura que a faz
interagir com a RNA polimerase, parando a transcrio prematuramente.

- Se o produto era realmente necessrio para a clula, protenas reguladoras se

ligam a cadeia nascente e interferem na atenuao, permitindo que a
transcrio seja feita ate o final.

- Ribocontroles: So sequencias curtas de RNA que alteram a sua conformao

ligando-se a pequenas molculas. A alterao conformacional usada no controle.
Geralmente estes Ribocontroles so localizados na ponta 5 dos mRNAs e dobram-se,
impedindo o progresso da RNA polimerase

- Surpreendente pela alta especificidade e afinidade pela qual as pequenas

molculas so reconhecidas, alm de econmicos pois dispensam o uso das
protenas reguladoras por completo.

- O splicing alternativo nas clulas pode ser regulado, tanto negativa quanto
positivamente, para impedir que a maquinaria de splicing tenha acesso a um stio
particular de splicing no DNA ou para direcionar, com molculas reguladoras, a
maquinaria de splicing para um determinado stio. Assim, o splicing pode ser
considerado um equilbrio delicado entre stios competidores equilbrio que pode ser
alterado pelas protenas de regulao gnica.

- O splicing alternativo trouxe a necessidade de alterar a definio de gene. Ou

encaramos que duas protenas diferentes na mesma regio codificadora so
produzidas por genes que se sobrepem ou mudamos a definio de gene, que
passa a ser qualquer sequencia de DNA que transcrita como uma nica
unidade e que codifica isoformas proteicas.

- Como sabemos, o final do RNA no feito pelo RNA polimerase, e sim pela clivagem
do RNA enquanto a fita nova est se alongando. A mudana do transcrito primrio do
RNA, ou seja, mudana no sitio de clivagem causa uma mudana na protena. Essa
mudana causada por um aumento das subunidades CstF(protena que se liga a
sequencias ricas em G/U dos stios de clivagem e de adio de poli-A) e que promove a
clivagem do RNA.

- Edio do RNA: Alterao das sequencias de nucleotdeos assim que estes so

transcritos, que altera a informao que estes carregam. Um exemplo a adio de Us
em tripanossomos: em cada posio editada, o RNA quebrado, nucleotdeos U so
adicionados 3 e o RNA ligado. Em mamferos, ocorre a desaminao de A,
produzindo inosina (I, que pareia com C), e a desaminao de C, produzindo U. A razo
da existncia dessa edio em mamferos ainda especulada: ou para corrigir erros no
genoma, ou para produzir vrias protenas a partir do mesmo gene, ou como
mecanismo de defesa contra retrovrus que depois foi adaptado.
- Controles traducionais: ocorrem impedindo que o mRNA seja traduzido pelo
ribossomo. Em procariotos, ocorre o bloqueio da sequencia de Shine-Dalgarno ( uma
pequena sequencia no comeo do RNAm essencial para se ligar a subunidade 16s do
ribossomo e posicionar corretamente o cdon iniciador). Em eucariotos, ocorre a
inibio pelo quepe 5 no final da unidade de mRNA.

- Em algumas situaes, como falta de nutrientes, aumento da temperatura, etc, as

clulas diminuem a sntese proteica. Essa diminuio causada principalmente pela
fosforilao do fator de incio de traduo eIF2 por protenas especificas que
reconhecem essas mudanas de ambiente.

- O incio da traduo sempre se d pelo primeiro cdon iniciador AUG encontrado na

sequencia. Porm, os demais nucleotdeos imediatamente antes do cdon iniciador
tambm so influentes, e se o sitio de reconhecimento for fraco, as subunidades do
ribossomo vo ignorar o primeiro AUG encontrado e vo comear a traduo no
segundo ou terceiro cdon iniciador da sequencia. Isso pode ser usado como tcnica
para fazer a traduo de isoformas proteicas. Isso se chama explorao frouxa

- Nem sempre quando a atividade de um fator geral de transcrio reduzida que toda
a traduo igualmente reduzida. Na verdade, pode haver efeitos seletivos, at
mesmo aumentando a traduo de mRNAs especficos

- A traduo tambm pode ocorrer em posies distantes do quepe 5 atravs de IRES

= stio interno de entrada no ribossomo.

- Mudana na estabilidade do RNA: Os RNAs possuem tempos de vida. EM bactrias, o

tempo de meia vida em geral 3 min. Em eucariotos, a mdia cerca de meia hora.
Existem dois mecanismos para a destruio do RNAm em eucariotos: Ambos iniciam
com o encurtamento da cauda poli-A por exonucleases, mas depois elas divergem: um
mtodo retira o quepe 5 e o RNA rapidamente degradado a partir dali; em outro, a
sequencia continua sendo degrada a partir da extremidade 3 pela cauda poli A. Em
alguns casos, porm, pode haver o alongamento da cauda poli-A no citosol,
funcionando como forma adicional de regulao traducional

- Alguns RNAs so no codificantes desempenham amplas funes na regulao

gnica. Um exemplo o microRNA, que se pareiam com RNAs especficos e regulam
sua estabilidade e traduo.

- Algumas vezes, durante o ciclo celular, RNAs de fita dupla podem ser produzidos
transitoriamente. A presena deste RNA de fita dupla desencadeia o RNA de
interferncia, (mecanismo de defesa que degrada molculas de RNA estranhas). Esse
mecanismo cliva o RNA em pequenos fragmentos, denominados pequenos RNAs de
interferncia.