Basndonos en el Principio de la dominacin de Carlos Aranbar que nos
habla acerca de la colonizacin, el mtodo estructural se encarga de analizar cmo y a quienes afect este hecho social:
El estado inca alcanz la integracin econmica y, en menor medida, la
unidad poltica. No la unidad nacional. Sobrepuesto a los curacazgos regionales por un elaborado aparato clasista de gobierno, el estado andino que hallaron los invasores era un agregado de etnias, que al perder sus autonomas tradicionales tascaron a disgusto el freno inca. Los espaoles enviaron a Atahualpa a prisin y desvalijaron el templo de Pachacamac. Se rompi la unidad bsica del comportamiento demogrfico, la familia andina, al alejar de tierra y ayllu a masas flotantes que se adscribieron al servicio personal en las nuevas ciudades. Los pobladores de la recin fundada San Miguel se quejaban, en 1534, de los desmanes que entre las tribus ya sojuzgadas de la costa nortea cometan los cuatro mil aborgenes centroamericanos que Alvarado trajo con sus huestes. A los seores indianos se les impidi convertirse en una nobleza militar, se les fue recortando privilegios, se les mediatiz la representacin municipal y, bajo presin de un aparato burocrtico, se les transform, por ltimo, en instrumentos de los intereses metropolitanos. Tras los siglos de reconquista y unificacin, el pas de la contrarreforma sold una aristocracia terrateniente y una iglesia militante. El sistema poltico y econmico del Tahuantinsuyo se vio afectado ya que sufri graves transformaciones, siendo la causa en ambos casos la muerte del Atahualpa. A mediano plazo, el derrumbe del sistema poltico y econmico andino permiti que los espaoles realizaran una serie de cambios estructurales con relativa facilidad: descentralizaron el territorio estableciendo la capital en Lima, reemplazando al Cuzco como punto de convergencia y divergencia de las riquezas La administracin del territorio y el espacio econmico se derrumbaron, dejando a los seores de Cuzco sin posibilidad alguna de efectiva resistencia apelando a los sistemas normales de alianzas y convocatorias, como sucedi con el cerco del Cuzco de Manco Inca y posteriormente con el develamiento de la resistencia de Vilcabamba. Se estableci durante la colonia que el cargo de curaca sera hereditario y que no pagaran tributo, pero tenan como labor principal encargarse de la recoleccin y entrega del mismo. Otro factor nuevo que recibieron fue el ser evangelizados tempranamente y tener la posibilidad se ser ordenados sacerdotes, por lo cual se fundaron colegios de caciques en el siglo XVII. Religin: Los espaoles introdujeron la religin catlica, en lugar de aceptarla e incorporar los cultos de los pueblos andinos, como lo hacan los incas, la impusieron violentamente. Tambin se vio afectada la zarandeada sociedad andina ya que se la arrastr en los pleitos de encomenderos y esta pag el costo social. Con la conquista y la colonizacin, el modo andino de vivir y de entender el mundo, fue marginado por aquel que introducan los espaoles. A los hombres andinos esto les produjo una profunda depresin, que se expres en suicidios, filicidios. La poblacin indgena no posea un sistema inmunolgico capaz de enfrentar las nuevas enfermedades tradas por los espaoles. Se desarrollaron as epidemias que diezmaron a la poblacin nativa de modo recurrente sin darle tiempo a recuperarse del todo. As muchos pobladores andinos murieron gracias al contagio letal de estas enfermedades
Se rompi el equilibrio entre poblacin y produccin, al exigir un mayor
rendimiento a la fuerza laboral y mermar su acceso a los bienes de consumo. El impacto ecolgico que produjo la introduccin de nuevos cultivos gener un desgaste de los suelos que trajo malas cosechas a corto plazo.