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PREDIO DE
ESTRUTURAS DE
PROTENAS E SUAS
APLICAES
MARCOS TADEU GERALDO

POR QUE DETERMINAR A ESTRUTURA

DE UMA PROTENA?

Obteno de informaes funcionais

Ponto de partida para um programa racional de experimentos

Determinao de alvos moleculares para desenvolvimento de

drogas e vacinas

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Definio

Folding adquirido

Alto grau de complexidade

Diversas funcionalidades

Protenas fibrosas Enzimas Receptores

Inibidores
Protenas regulatrias Protenas de membrana
Anticorpos

Motores moleculares

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Estrutura primria
a sequncia de aminocidos de uma protena

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Propriedades dos aminocidos

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cadeia lateral

cadeia principal

Estrutura secundria
Principais conformaes: -hlices e folhas-

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Alfa-hlices: estruturas cilndricas estabilizadas por ligaes de

hidrognio no backbone

Folha-
Paralelas ou Antiparalelas

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ngulos Phi e Psi no grfico de Ramachandran

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PSIPRED
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/

JPRED
http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/

NPSA (consensus secondary structure prediction)

http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_seccons.html

ENTRE OUTROS... (buscar no http://www.expasy.org/)

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Estrutura terciria
Conformao de mltiplos
elementos da estrutura
secundria

FOLDING

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FOLDING

FOLDING
Competio entre interaes intramoleculares e com molculas de gua

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Modificaes ps-traducionais e ligao de

cofatores tambm podem aumentar a
estabilidade da estrutura

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Estrutura quaternria
Unio de subunidades
proteicas

BANCO DE
DADOS DE
ESTRUTURAS

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http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do

x y z coordenadas

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MODELAGEM
MOLECULAR

Por que modelar uma estrutura?

A determinao da estrutura por mtodos experimentais

ainda um processo que consome muito tempo e tem
alto custo.

O nmero de sequncias conhecidas muito maior do que

o nmero de estruturas resolvidas.

A informao estrutural essencial para a compreenso

da funo.

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Mtodos para determinao de

estrutura proteica
Cristalografia de raio-X

NMR (Nuclear magnetic resonance) Abordagens experimentais

Microscopia crioeletrnica

Modelagem por homologia

Threading Abordagens computacionais

(modelos tericos)
Ab initio

Objetivo:

Ajudar no avano dos mtodos de identificao da

estrutura tridimensional de protenas com base em
suas sequncias de aminocidos

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Homologia Threading

Ab initio

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MODELAGEM
MOLECULAR
POR
HOMOLOGIA

Modelagem por homologia

As estruturas se conservam mais durante a evoluo do que a

estrutura primria das protenas.

Na ausncia de dados experimentais, a construo de modelos

baseados na estrutura tridimensional de protenas homlogas um
dos mtodos mais confiveis para a obteno da informao
estrutural.

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Etapas para a modelagem

Busca por modelos experimentais similares (com base em

alinhamento de sequncias e de estrutura secundria) em bancos
de dados de estruturas

Uso da estrutura com maior similaridade como template

para a modelagem

Refinamento do modelo

Validao do modelo

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BUSCA POR TEMPLATES

HHpred

Busca por vrios bancos de dados: PDB, SCOP, Pfam, SMART,

COGs and CDD

O scoring leva em considerao tanto o alinhamento como a

predio de estrutura secundria

http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred#

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Escolhido o template, segue-se para a etapa de gerao

do modelo

H vrios programas que realizam modelagem por

homologia

Exemplo:

http://salilab.org/modeller/

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Modelos iniciais gerados (com base no template escolhido) so

submetidos a uma minimizao de energia, seguida de uma
dinmica molecular curta

A escolha do melhor modelo pode ser feita com base na energia

livre

melhor menor
modelo energia livre

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avaliada principalmente a qualidade estereoqumica do modelo

http://molprobity.biochem.duke.edu/

http://mordred.bioc.cam.ac.uk/~rapper/rampage.php

https://prosa.services.came.sbg.ac.at/prosa.php

Ao final, possvel fazer um alinhamento estrutural do modelo

gerado com o template utilizado

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THREADING

Forma intermediria entre o mtodo de homologia e o ab initio

Opera atravs de um reconhecimento de fold (fold recognition)

Utilizado para sequncias de protenas que no possuem uma protena

homloga no banco de dados de estrutura

Lembre-se
Sequncias diferentes podem gerar estruturas
semelhantes!

No mtodo de threading, cada aminocido da sequncia a ser modelada

posicionado (alinhado) estrutura de um possvel template

avaliado o quo bem cada aminocido se encaixa no template

Isto feito at que o melhor template seja escolhido

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H duas premissas bsicas no mtodo de threading

1 Nmero de folds diferentes na natureza relativamente pequeno

2 Maioria das novas estruturas submetidas ao banco de dados

possuem estruturas similares quelas j presentes no banco

CATH

Semi-automatic hierarchical classification of protein domains

the overall secondary-structure content of the

1 Class
domain
high structural similarity but no evidence
2 Architecture
of homology. Equivalent to a fold in SCOP
a large-scale grouping of topologies which share
3 Topology
particular structural features
indicative of a demonstrable evolutionary
Homologous
4 relationship. Equivalent to the superfamily level of
superfamily
SCOP.
Fonte: wikipedia

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Structural Classification of Proteins (SCOP)

Manual classification of protein structural domains based on
similarities of their structures and amino acid sequences

Class: Types of folds, e.g., beta sheets.

Fold: The different shapes of domains within a class.
Superfamily: The domains in a fold are grouped into superfamilies, which
have at least a distant common ancestor.
Family: The domains in a superfamily are grouped into families, which have a
more recent common ancestor.
Protein domain: The domains in families are grouped into protein domains,
which are essentially the same protein.
Species: The domains in "protein domains" are grouped according to species.
Domain: part of a protein. For simple proteins, it can be the entire protein.

Fonte: wikipedia

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http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/

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AB INITIO

Ab initio / de novo

Construo de modelos estruturais baseado nas

propriedades fsicas dos aminocidos (sem template!)

Mtodo ainda em desenvolvimento (impreciso)

Somente possvel modelar pequenos trechos de

sequncias

o mtodo mais custoso computacionalmente

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Identificao/descrio de domnios funcionais

Com base em estruturas j conhecidas

Alinhamento estrutural facilita a identificao

Combinar os dados de presso de seleo com a estrutura proteica

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Anlise de Interaes
Ligaes de hidrognio
Pontes salinas
Interaes hidrofbicas

http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/software/LIGPLOT/

http://www.ebi.ac.uk/msd-srv/prot_int/pistart.html

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

Visualizao de estruturas

http://www.pymol.org/

http://rasmol.org/

http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/

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MAS A ESTRUTURA ESTTICA...

possvel calcular a dinmica da estrutura

Modelos tentam se aproximar da dinmica funcional da protena

no meio aquoso

MTODOS PARA ESTUDO DINMICO DE

PROTENAS

Simulaes de dinmica molecular clssica

Anlise de modos normais

QM/MM (quantum mechanics/molecular mechanics)

Modelos coarse-grained

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SIMULAO DE
DINMICA
MOLECULAR

SIMULAO DE DINMICA MOLECULAR

Simula as leis da mecnica de Newton

Calcula os movimentos dos tomos (da ordem de nano-segundos

at micro-segundos)
mas o clculo pode levar dias (at meses)

Muito custoso computacionalmente

Maior parte do movimento trmico (baixa amplitude e alta

frequncia)

Montagem do sistema: caixa cbica de molculas de gua

(solvente explcito)

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http://www.gromacs.org/

Pacote verstil para realizar dinmica

molecular

Elaborado principalmente para estudos de

movimento de molculas como protenas,
lipdeos e cidos nuclicos

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ETAPAS PARA REALIZAR UMA

SIMULAO

PROTENA EM SOLVENTE EXPLCITO

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EFEITO PERIDICO DE CONTORNO (PBE)

Vdeo de uma simulao

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http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html

OUTROS PROGRAMAS PARA SIMULAO

http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/

http://ambermd.org/

http://www.charmm.org/

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ANLISE DE
MODOS NORMAIS

ANLISE DE MODOS NORMAIS

Movimentos oscilatrios das molculas

(tendncias de movimentos)

Nmero de modos = 3 x nmero de tomos

Possibilita a anlise de movimentos mais globais

(alta amplitude e baixa frequncia)

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ANLISE DE MODOS NORMAIS

Desvantagem
aproximao do potencial total por uma funo harmnica em torno
de uma (no necessariamente a) estrutura mnima de energia

Rapidez nos clculos

Vantagem
Movimentos globais

Um bom programa para o clculo de modos normais

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Vdeo de modos normais

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