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ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE
PROTEÍNAS
CONTENIDOS
2.1. Aminoácidos:
Estructura.
Propiedades iónicas.
Aminoácidos no estándar.
ESTRUCTURA:
• 20 -aminoácidos = 20 aminoácidos estándar
• Aminoácidos no estándar
Prolina ( -iminoácido)
Estructura general de un aminoácido
2.1. AMINOÁCIDOS.
ESTRUCTURA (cont.):
DEBES SABER:
- ¿Cómo se clasifican?
ESTRUCTURA (cont.):
ESTRUCTURA (cont.):
Forma zwitteriónica
2.1. AMINOÁCIDOS.
PROPIEDADES IÓNICAS (cont.):
pI = ½ (pK1 + pKR)
2.1. AMINOÁCIDOS.
PROPIEDADES IÓNICAS (cont.):
• Aminoácidos con grupos
ionizables:
Aminoácidos básicos:
pI = ½ (pKR + pK2)
2.1. AMINOÁCIDOS.
PROPIEDADES IÓNICAS (cont.):
2.1. AMINOÁCIDOS.
AMINOÁCIDOS NO ESTÁNDAR:
• Aminoácidos modificados que se encuentran en las proteínas:
2.1. AMINOÁCIDOS.
AMINOÁCIDOS NO ESTÁNDAR (cont.):
• Aminoácidos con funciones biológicas importantes, no presentes en las
proteínas:
Dopamina: Histamina:
Neurotransmisor Mediador de reacciones Tiroxina:
alérgicas Hormona tiroidea
Citrulina: L-ornitina:
Intermediario del ciclo de la urea Intermediario del ciclo de la urea
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
ENLACE PEPTÍDICO:
• Enlace amida entre el grupo -carboxilo de un aminoácido y el grupo
-amino de otro aminoácido.
• Reacción de condensación con eliminación de una molécula de agua.
• Unidad primaria estructural de las cadenas polipeptídicas.
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
ENLACE PEPTÍDICO (cont.):
• Características del enlace peptídico:
- Muy estable en la mayoría de condiciones intracelulares.
- Enlace covalente.
- Estructura rígida.
- Hay resonancia O (-) y N (+) pequeño dipolo eléctrico.
- Cierto carácter de doble enlace ( 40%).
- Estructura plana Átomos coplanares.
- Posición trans
Serilgliciltirosilalanil-leucina
Ser-Gly-Tyr-Ala-Leu
SGYAL
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
CARACTERÍSTICAS DE LOS PÉPTIDOS:
• Los péptidos tienen polaridad (direccionalidad).
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
CARACTERÍSTICAS DE LOS PÉPTIDOS (cont.):
• Ionización de péptidos:
H H (Cys-Ala) H
+ +
H3N-CH-C-N-CH-COOH H3N-CH-C-N-CH-COO- H2N-CH-C-N-CH-COO-
‖ ‖ ‖
HS-H2C O CH3 HS-H2C O CH3 HS-H2C O CH3
Comportamiento polianfolítico de un
tetrapéptido (Glu-Gly-Ala-Lys)
DEBES SABER:
- ¿Cómo se calcula el punto isoeléctrico de un péptido determinado?
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS:
10-100 horas a
105-110 ºC
Hidrantina
O
‖
HC – O - OH ó
Ácido perfórmico 2-mercaptoetanol
( ICH2COO- )
(FDNB)
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS (cont.):
• Identificación del extremo N-terminal (cont.):
2. Con el reactivo de Edman:
2.2. PÉPTIDOS. DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA
DE PROTEÍNAS.
DETERMINACIÓN DE LA ESTRUCTURA PRIMARIA DE LAS PROTEÍNAS (cont.):
• Identificación del extremo N-terminal (cont.):
2. Con el reactivo de Edman (cont.):
Fenil isotiocianato
Péptido
Péptido-PTC (feniltiocarbamilo)
1. Con carboxipeptidasas:
En función de su composición:
Simples
Conjugadas: (Parte no proteica: grupo prostético)
Apoproteína: proteína sin su grupo prostético.
Holoproteína: proteína combinada con su grupo prostético.
- Glucoproteínas
- Lipoproteínas
- Metaloproteínas
- Fosfoproteínas
- Hemoproteínas
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
CLASIFICACIÓN DE LAS PROTEÍNAS (cont.):
Representación de Ramachandran
para los residuos de L-Ala.
n = 3,6 residuos
nº átomos/bucle = 13
d = 0,15 nm = 1,5 Å
giro hélice (v) = 0,54 nm = 5,4 Å (v = n·d)
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ELEMENTOS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA. HÉLICE (cont.):
COO-
H
Hélice levógira Hélice dextrógira C
+
H2 N CH2
H2 C CH2
prolina
enlaces de hidrógeno O
‖
H C–N-C
O C
‖
H
C -C N CH2
H2C CH2
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ELEMENTOS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA. LÁMINA PLEGADA :
7Å
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ELEMENTOS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA. LÁMINA PLEGADA (cont.):
6.5 Å
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ELEMENTOS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA. GIROS :
Isómeros de prolina
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ELEMENTOS DE ESTRUCTURA SECUNDARIA (cont.):
Triple hélice
de colágeno
Hojas
antiparalelas
Hojas
paralelas Hojas torsionadas
a la derecha
Hélice
levógira
Hélice
dextrógira
Valores de y de todos los residuos
correspondientes a la enzima piruvato
quinasa, a excepción de la Gly.
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
MOTIVOS O ESTRUCTURAS SUPERSECUNDARIAS:
- Son combinaciones de varios elementos con estructura secundaria
definida con una disposición geométrica característica.
Lazo - -
Conexiones típicas en
los motivos todo
2. Los residuos cargados, Lys, Arg, His, Asp y Glu, aparecen, casi
siempre, en la superficie de la proteína.
3. Los residuos polares sin carga, como Ser, Thr, Tyr, Trp, Asn o
Gln, pueden estar en la superficie (generalmente) o el interior de la
proteína.
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ESTRUCTURA TERCIARIA (cont.):
Interacciones que estabilizan la estructura terciaria:
• Fuerzas electrostáticas.
• Enlaces de hidrógeno.
• Fuerzas hidrofóbicas.
• Puentes disulfuro.
F. electrostáticas
P. hidrógeno
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ESTRUCTURA TERCIARIA (cont.):
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ESTRUCTURA TERCIARIA. DESNATURALIZACIÓN Y RENATURALIZACIÓN:
Causas posibles:
Aumento de la temperatura (excepto proteínas termofílicas).
pHs extremos.
Disolventes orgánicos miscibles en agua(alcohol, acetona).
Ciertos detergentes.
Determinadas sales agentes caotrópicos.
• Agentes caotrópicos:
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ESTRUCTURA TERCIARIA. DESNATURALIZACIÓN Y RENATURALIZACIÓN (cont.):
Algunas proteínas
presentan un
plegamiento asistido.
Actuación de
CHAPERONAS
MOLECULARES o
CHAPERONINAS.
Chaperonina de E. coli. Complejo
GroEL/GroES
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
ESTRUCTURA CUATERNARIA:
Superenrollamiento Superenrollamiento
de dos cadenas de dos cadenas
Protofilamento Hélice
Protofibrilla
Sección transversal de un cabello
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
PROTEÍNAS FIBROSAS. FIBROÍNA DE LA SEDA:
[Gly-Ala-Gly-Ala-Gly-Ser-Gly-Ala-Ala-Gly-(Ser-Gly-Ala-Gly-Ala-Gly)8]
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
PROTEÍNAS FIBROSAS. COLÁGENO:
Proteína más abundante en los
vertebrados.
Soporta la tensión de tejidos
conectivos y conjuntivos (hueso,
dientes, cartílago, córnea del ojo,
tendones…).
Estructura helicoidal simple levógira.
3,3 residuos/vuelta.
Gly constituye un 35%, Ala un 11%, y
el resto de Pro, 4-Hidroxiprolina (Hyp),
3-Hidroxiprolina y 5-Hidroxilisina (Hyl).
Secuencia repetitiva de Gly-X-Y
(X Pro; Y Hyp).
Estructura de las fibrillas de colágeno
2.3. ESTRUCTURA Y FUNCIÓN DE PROTEÍNAS.
PROTEÍNAS FIBROSAS. COLÁGENO (cont.): Hyp e Hyl dan estabilidad al
colágeno.
Contiene carbohidratos: Glucosa,
galactosa y sus disacáridos.
En el hueso:
- F. orgánica Colágeno.
- F. inorgánica Hidroxiapatito
[Ca5(PO4)3OH)]