The first source  I found about microbes in nature was an article on the microbiomes of trees. 
Much like people, trees each have a unique microbiome that covers their surface and around their 
roots. These microbes are naturally present in the soil but different concentrations of them form 
to create suitable environment for trees. In my research I looked at cottonwood trees, and their 
migration to higher altitudes. As the planet warms, the cottonwood, which requires a very 
specific climate and a lot of water, is slowly migrating to higher elevations. At first, scientists 
were not sure why or how the trees were migrating with no signs of coordinated movement or 
environmental signs pointing to migration. Researchers found that the soil where the trees were 
migrating to was primed for baby tree growth. The tree microbiome is composed of different 
bacteria, and fungi.  
 
On growing soil microbes  
 
1. Actinomycetes  

a.  
i. Actinobacteria are one of the oldest and most distinctive phyla of the 
bacterial taxonomic tree. They evolved in a speciation event from 
firmlocites and are known for their complicated hyphae structures that 
they work together to form. Actinobacteria break down compounds in the 
soil that other microbes cannot ­ but they can only do so in high PH 
environments, low PH environments call for fungus to decompose 
complicated compounds. Actinobacteria also produce antibacterial 
compounds under the right conditions and most of our medicine is made in 
part by actinobacteria.  
b. You can find these on growing roots in trees, and plants. Active colonies of 
actinobacteria look like little nubs at first, eventually turning stringlike. Though 
they are hard to find, swabbing a tree root will likely culture actinobacteria.  
 

c. Actinobacteria are easy to grow on yeast agar. You can get them either by doing a 
soil suspension, or by swabbing a clean tree root. However, it is best to culture 
them alone because they do have the tendency to produce antibiotic compounds 
that work against both fungi and bacteria.  
d. These microbes are used by humans to create medicine. My placing this microbe 
with a pathogenic one, and optimizing conditions for actinobacteria, it produces 
compounds to eliminate competition. It does this by cooperating between cells.  
e. They behave like a multi celled organism, they string together to perform different 
functions in prime conditions to form hyphae, which are normally found on fungi.  
f. They will look like white ­ fading to purple as they form hyphae on the agar plate.  
2. Nitrifying bacteria 

a.  
i. Nitrifying bacteria (in particular the bacteria  Nitrobacter)  are a part of the 
phylum proteobacteria. They are chemoautotrophic, meaning that they get 
their energy by converting compounds into ATP, photosynthesizing 
bacteria need energy from the sun in order to turn carbon dioxide and 
water into ATP and oxygen, chemoautotrophs like nitrifying bacteria get 
their energy and the chemicals necessary for chemical decomposition from 
chemicals.  
b. Nitrifying bacteria are red, and rodlike. They do not cooperate between 
individuals and are not seen in organized structures.  
c. Unfortunately, nitrifying bacteria require precise conditions to be grown in a lab. 
For starters, they need an ammonia based agar in order to survive and reproduce. 
Additionally, nitrifying bacteria would thrive on an ammonia based agar, but any 
other microorganism would die instantly without a nutrient base to sustain 
themselves. Agart would not work with this bacterium.  
 

d. These microbes convert unusable nitrogen like ammonia, into nitrogen fertilizer 
like nitrate. Humans use this bacteria to make fertilizer. This bacteria is a key to 
healthy growing soil and it is incredibly hard to cultivate crops without this 
bacteria present in the ground.  
e. Much of Iowa’s soil has been artificially seeded with nitrobacter bacteria. Years 
and years of soil nutrient depletion by over farming left the bread basket’s soil 
almost not arable.  
f. They would look red, and they would grow in little dots on an agar plate.