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09.11.

12
Skern:

- Bakteriophagen und Viren von Säugetieren - Unterschiede bei der Einschleusung vom Genom?
Phage : Trifft ein Phage auf eine geeignete Wirtszelle und kommt mit ihr in Kontakt, adsorbiert er mit
Schwanzfasern und spikes spezifische Zellwandbestandteile der Wirtszelle. Dann läuft eine Kontraktion der
Schwanzscheide mit gleichzeitigem Eindringen des Schwanzrohres durch die Zellwand ab. Dieser Vorgang
bereitet die Injektion der Phagen-DNA vor und wird durch gleichzeitige Abgabe von lytischen Phagenenzymen,
welche die Zellwand durchgängig machen, unterstützt. Bei Injektion des Phagengenoms bleibt die leere
Proteinhülle aus Kapsid und Injektionsapparat auf der Oberfläche der Wirtszelle zurück.
infizieren bakterien oder archaeen
- in erster linie ds DNA
- injizieren DNA, virushülle verbleibt ausserhalb der zelle
- haben im gegensatz zu viren lysierendes Enzym welches pepdidoglycan spalten kann (t7 lysozym)
- können als vehikel zum klonen verwendet werden (m13) versch. expressionssysteme
- lebenszyclus wie bei poliovirus (rolling cycle replication) concatemere
Virus : Ein Virion heftet an eine Wirtszelle an und bringt sein Erbmaterial, die Nukleinsäure, ins Zellinnere
(Injektion). Wenn das Virion vollständig von der Zelle aufgenommen wird, muss es vor der Replikation erst von
seinen Hüllen befreit werden. Das Erbmaterial des Virus, seine Nukleinsäure, wird anschließend in der
Wirtszelle vervielfältigt und die Hüllproteine sowie gegebenenfalls weitere Bestandteile der Virionen werden
anhand der Gene des Virusgenoms ebenfalls von der Wirtszelle synthetisiert (Proteinsynthese/Genexpression).
So können in der Zelle neue Viren gebildet werden.
bei viren is es so, dass die virushülle mit der zellwand fusioniert und phagen benutzen hingegen ihren phagenschwanz um ihr

genom zu injizieren.
- Zwei Viren aus der Gattung der Flaviviren nennen; wie werden sie übertragen?
Flaviviren (z.B. Hepatitis C-Virus, FSME-Virus)
1.Eintritt des Virus
2.Virus zerfallt
3. mRNA wird freigesetzt
4. Replikation, Prozessierung und Bildung neuer
Viren findet an der Membran des ER statt
5.Partikel erhalten uber den Golgi-Apparat und
dem TGN (Trans-Golgi-Network) eine Membran
6. Freisetzung

- Retroviren und RNA Viren: Unterschiede der Replikation? 57


RNA habe einen dsRNA Intermediat. Positivstrang RNA haben keine Poly im Partikel, negativstrang
schon.(Retroviren haben einen DNA Intermediate).
- Menschen tragen zum Erfolg der Viren bei? 3 Beispiele nennen mozda 42
- Influenza: Subtyp/Serotyp erklären, medizinische Relevanz von Reassortments?
In Virus Klassifizierung ist Influenza Virus ein RNA Virus. Es gibt Influenzavirus A, Influenzavirus B
und Influenzavirus C.
Influenza A-Viren werden in Subtypen auf Antikörper-Antworten auf HA und NA klassifiziert. Diese
verscheidenen Arten von HA und NA sind die Grundlagen für die H-und N-Unterschiede in
beispielsweise H5N1. Es gibt 16H und 9N-Subtypen bekannt.
Neue Influenzaviren evolvieren konstant durch Mutation oder Reassortments. Mutationen können kleine
Änderungen in Hemagglutinin und Neuraminidase-Antigenen auf der Öberfläche des Virus herforrufen.
Dies ist als Antigenic drifft bekannt. Langsam es entsteht eine zunehmende Vielfalt von Stämmen bis es
sich eine entwickelt, die Menschen infizieren kann, die bereits gegen bestehenden Stämme immun sind.
Diese neue Variante ersetzt dann die älteren Stämme. Jedoch, die von Drifft erzeugten Stämme sind noch
einigermaßen ähnlich wie die älteren Stämme, einige Leute sind noch immer immun gegen sie.

Moll:
- Sporulation: Welche Schritte führen dazu?
Sporulation beschreibt den Prozess der Sporenbildung bei Mikroorganismen wie Bakterien und Pilzen.
Bei B.subtillis sind vor allem Nährstoffmangel und Zelldichte Sporulation-auslösende Faktoren. Bei
B.subtillis verläuft die Sporulation in 7 Phasen. Im Verlauf der Sporulation kommt es zunehmend zur
Bildung von Dipicolinsäure als sporenspezifische Substanz. Sporulation-Prozess ist bis heute noch nicht
immer exakt verstanden. Viele verschieden Bedingungen können zur Sporulation führen, dazu zählen
Versorgungsmangel oder auch die Mediumzusammensetzung, z.B. fördert Mangan im Medium die
Sporenbildung.

- Prepriming Komplex Bildung?


DnaA rekrutiert und positioniert die DnaB Helicase via DnaC (AAA+ ATPase
and DnaA paralog)
• DnaC (“Helicase loader”) bringt die DNA-Helikase DnaB (als Hexamer) an
den “open complex”
• Das DnaB Hexamer bildet eine Klammer um die DNA (prepriming complex)
und wickelt die DNA in entegegengesetze Richtung (5‘-3’) vom Ursprung
weg ab.
- Peptidoglycan Aufbau (Skizze) + die wesentlichen Unterschiede zwischen gram+ und gram- 13
- Was ist Quorum-sensing? Wie funktioniert es? 33
- Proteinsekretion, welche Systeme gibt es? Wie unterscheiden sie sich?
Es gibt 1. Sec-abhängige Proteinsekretion und 2.Tat-System
1.Sec-abhängige Proteinsekretion
-transloziert nicht gefaltete Proteine über die Cytoplasmamembran, ist für Zelllebensfähigkeit esentiell.
-‘’Motorprotein’’ SecA (ATPase).
-Verläuft in 3 Schritte : Targeting, Translokation und Freisetzung.

2. Tat-System
-Transloziert gefaltete Proteine über Zellmembran
-Energie für Translokation : PMF
Wichtige Mitglieder dieser Prozess : TatC-Membranproten, TatB-Vermittler zw. TatC und TatA, TatA-
Hauptbestandteil der Tat Poren.

Fragen vom 18.1.2013 weiß ich nur mehr ungefähr:

skern:
unterschied zwischen dna und rna viren? nennen sie jew. ein beispiel!

RNA-Viren sind aufgrund der höheren Fehlerrate der RNA-Polymerasenwesentlich variabler als DNA-
Viren, da ihre RNA-Polymerase meist keine proof-reading-Exonuklease-Funktion aufweist. Durch die im
Vergleich zu DNA-Viren geringere genetische Konservierung bzw. durch die hohe genetische
Variabilität müssen Impfstoffe häufiger an aktuell kursierende Virenstämme angepasst werden.

Das Genom von DNA-Viren ist im Vergleich zu RNA-Viren meist weniger variabel und gegenüber
Umwelteinflüssen oft sehr stabil. Dies liegt an der höheren chemischen Stabilität der DNA gegenüber der
RNA und einer geringerenMutationsrate, da die Enzyme, die zur Vermehrung der DNA dienen (DNA-
Polymerasen), eine Korrekturlesefunktion besitzen.

Der größte unterschied der beiden Viren ist zum einen, dass RNA-Viren ihre RNA in die Wirtszelle
einschleusen und diese da dann verdoppelt wird (von der reversen transkriptase) und DNA-viren ihre
DNA direkt einschleusen. zum anderen ist die variabilität der RNA viren höher als die der DNA.

Beispiel für beide Viren : Ordnung Caudovirales (dsDNA) und Familie Birnaviridae (dsRNA).

wie können viren von tieren auf den menschen übertragen werden? beispiele! Ne znam

Prinzipiell gibts da viele Möglichketien, über Bisse (speichel), Vektoren also zb Insektenbisse, über Umgang mit
Blut infizierter Tiere.... Ein konkretes beispiel wäre die Grippe H5N1 - Gefährdet durch A/H5N1 sind vor allem
Personen mit intensivem Kontakt zu infizierten Tieren, zum Beispiel beim Schlachten (Umgang mit Blut und
Kot). Viren können auch durch Schmierinfektion, Austausch von Körperflüssigkeiten übertragen werden.

warum muss der impfstoff für das influenza virus jedes jahr erneuert werden? 49
welche impfstoffe kennen sie? welche gefahren gibt es dabei? 53
eine frage fällt mir leider nicht mehr ein...

moll:
was ist dna a? da hab ich das alles geschrieben;) 6
woraus besteht die peptidoglycanschicht? skizze! 13 + slika i tekst ispod slike
eine frage zum MCP! wie das flagellum bewegt wird! 31
was ist gruppentranslokation? wann wird diese verwendet? 26
so und eine frage hab ich noch nie gehört hat aber auch nur 2 punkte gegeben: irgendeine säure war
gefragt...

Moll Teil letzte Frage:


Dipicolinsäure. Was ist das und was macht das?

Dipicolinsäure ist eine Substanz, die während der Sporulation (Sporenbildung)


von Mikroorganismen gebildet wird. Sie kommt nur im Kern (Sporenprotoplasten) von Endosporen vor,
ist jedoch nicht in vegetativen Zellen enthalten.

Dipicolinsäure ist verantwortlich für die Thermoresistenz einiger Bakterien und liegt oft
als Chelat mit Calciumionen (Ca+2) vor.

Prüfung vom 12.04.2013

Skern:
1. Vergleich Virus - Bakterium. Wie kann viralen Infektionen vorgebeugt werden? 37

- Synthese der Mureinstränge mit Skizze


s8

1) Proteintransportweg in Bakterien

ima ih dosta: pitanje 21, 23 i ima TAT pathway: Twin Arginine Translocation pathway für gefaltete
Proteine (Sec für unfegaltete). Die leadersequenz des transportierendes Peptids enthält 2 Arginine in der
hydrophoben Domäne. Das System hat 3 Proteine: TatA, TatB und TatC. TatA hat nur eine
Transmembrandomäne, kann aber multimerisiern und formt so die Pore für den Transport. TatBC
interagiert mit der Leadersequenz. Energie von der PMF (influx von Protonen).

2. DNA RNA Viren Replikation

RNA habe einen dsRNA Intermediat. Positivstrang RNA haben keine Poly im Partikel, negativstrang
schon.(Retroviren haben einen DNA Intermediate).

DNA replizieren im Kern, außer das Pockenvirus. Das simian virus 40 (SV40) hat ein zirkuläres Genom,
benutzt die zelluläre Polymerase. Sein T Antigen bindet das ori und unwindet die DNA. Bidirektionale
Replikation, Topoisomerase trennt die fertigen Stränge. Das Adenovirus hat ein lineares Genom und
benutzt seine eigene Poly.

3) Gatc, origin of replication, regulation?

Der oriC und der DnaA Promoter enthalten GATC Sequencen welche durch die Dam-Methylase am
Adenin methyliert werden. Die Metylierung der neusynthetisierten Bereiche erfolgt langsam -
Hemimethylierung. SeqA (als Dimer) bindet die Hemimethylierten GATC, multimerisiert und assozieiert
mit der Zellmembran. Dadurch werden die Neuinitiation am oriC und die Prokomteraktivierung am dnaA
Gen verhindert.

1. Wie bringen Bakteriophagen ihr Genom in eine Zelle ein? Wie die Viren? Unterschiede?

Das Bakteriophag adsorbiert an der Bakterienoberfläche(LPS, Flagellum, andere Oberflächenproteine –


sehr spezifisch) und injiziiert sein Genom(meist DNA).
Viren binden an die Zelloberfläche auch sehr spezifisch. Es können Signale übertragen werden die zur
Freisetzung des Genoms führen. Es kann auch zur Fusion mit der Wirtzellenmembran kommen.
Wechselwirkungen mit intrazellulären Signalen erlauben dann die Freisetzung des Genoms an der
richtigen Stelle.

2. Fördern Menschen die Verbreitung von Viren durch ihr Verhalten? Stimmen Sie dem Statement zu?
Nennen Sie drei Beispiele.

Ovo je stvarno smejšno: naravno da da! Ako si promiskuitetna osoba koja voli nezaštićeni seks svakako
signifikantno povećavaš vjerovatnoću da zakačiš hiv ili herpes .. Ako voliš da ližeš drške u busu, ne trebaš
se čuditi ako za vreme gripne sezone dobiješ influencu. Bockaš se sa istim iglama kao i braća narkomani -
-- aaaa i eto ga hepatitis C.

5. Erklären Sie Serotyp und Subtyp anhand von Influenza. Wie kann sich der Influenzavirus verändern?
Nennen Sie zwei Beispiele.

Influenza A subtypes are determined by the antigenic properties of twho viral envelope proteins:
haemoagglutinin (HA) and neuraminidase (NA). 15 known HA and 9 NA sutypes. Influenza subtypes are
designated depending on the NA/HA combination.

Serotype - variations within a species of viruses based on their cell surface antigens. (ja mislim da je to
isto)

Bsp H5N1, H1N1


2. Warum bildet sich das Septum bei der Ausbildung einer Präspore nicht in der Mitte? Faktoren nennen
die damit zu tun haben..

Der FtsZ Ring wird durch den MinCD Gradiendten und nucleoid Occlusion in der Mitte positioniert -
Septum wird gebildet.. Bei der Sporulation kommt es durch SpoIIE zur Repositionierung des Z-Ringes.
Die Sporulation wird durch Spo0A(Masterregulator) induziert und mit sigma-H auch SpoIIE synthetisiert.
SpoIIIE ist ein DNA Transporter der sich am Septum anlagert und das Chromosom in die Präspore
transloziert. Danach werden unterschidliche Sigmafaktoren in der Mutterzelle(sigma-E) und Präspore(F)
aktiv.
Moll:
1. Tat-Pathway mit allen beteiligten Enzymen skizzieren. 36B
2. Replikation am Lagging-Strand mit allen beteiligten Enzymen erklären. Warum ist die Lagging-Strand-Synthese
diskontinuierlich?

Die Lagging-Strang-Synthese läuft in die 5‘-3‘ Richtung. Hier müssen ständig neue RNA Primer und kurze DNA
Fragmente (OkazakiFragmente) erzeugt werden, welche anschließend miteinander verknüpft werden (Ligiert ). Die
DNA-Polymerasen können nur in 5’-3’ Richtung synthetisieren und der lagging-Strand läuft in 3‘-
5’Richtung,deswegen muss immer eine neue RNA Primer eingesetzt werden,damit die Polymerase ihre Funktion
betreiben kann.

Enzymen: Bei der DNA-Synthese benötigt die DNA-Pol III immer am Anfang einen RNA-Primer(ein 3´-OH Ende).
Dieser RNA-Primer wird durch Primase(DnaG-DNA-abhängige RNA-Pol,wird durch die Bindung an das DnaB-
Hexamer zu ssDna gebracht;synthetisiert kurze RNA-Primer komplementär zum DNA-Strang) erzeugt;RNA-Primer
wird durch die Pol I enfernt,dann werde diese Lücken durch die Ligase abgedichtet).

3. Beschreibe den Aufbau (Domänen) des Chemorezeptors. Wie wirkt sich ein Lockstoff/Schreckstoff auf den
Rezeptor und auf das Flagellum aus? Mit Skizze.
5Domänen:1.Sensing doman(im Periplasma-transmembrane sensig),2.Membrane helices(in der
Citoplasmatischemembran),3.HAMP domain(in der Cytoplasma-Signal conversion),4.Adaptation,5.Flexible
bundle,5.protein interaktion(die letzte 3 sind für die Kinase Kontrolierung zuständig).
Ne mogu da nadjem odg za drugi deo pitanja,a skica je u folijama 6,strana 41
4. Wie kann man den Bakterientiter bestimmen? 36A
5. Wie werden Proteine der äußeren Membran an ihren Bestimmungsort gebracht?
zuerst targeting im cytoplasma co, oder posttranslationell mit secB, dann translokation über SecYEG mit SecA als motorprotein ins
periplasma und mittels chaperone's an die outermembrane wo sie mit dem Bam-Komplex eingebaut werden

Prüfung 5.7.2013

Skern:
1. Wie bringen Bakteriophagen ihr Genom in eine Zelle ein? Wie die Viren? Unterschiede?
2. Fördern Menschen die Verbreitung von Viren durch ihr Verhalten? Stimmen Sie dem Statement zu? Nennen Sie
drei Beispiele.
3. Nennen Sie jeweils einen Virus aus der Gruppe der DNA-Viren, der i) eine latente Infektion verursachen kann, ii)
das Immunsystem täuscht, iii) Krebs verursachen kann. Erklären Sie kurz warum.

i) Herpes simplex-Virus Typ 1 (HSV-1) infiziert:


o Epithelzellen
o Neuronen
Ergebnis der Infizierung ist aber unterschiedlich
o Epithelzellen: Herstellung neuer Viren, produktive Infektion
o Neuronen: Virus „versteckt sich“ vor dem Immunsystem, latente Infektion
HSV-1 kann jahrelang in den Neuronen latent bleiben

ii) Hepatitis B tauscht das Immunsystem,verwendet einen „Decoy-Mechanismus“ (1000x


mehr Oberflachenproteinpartikel, Antikorper reagieren viel mehr auf die Oberflachenproteine)
iii) Humanes Papillomavirus verursacht Genitalwarzen,je nach HPV Genotyp kann ein Zervixkarzinom
entstehen.E6-Protein: inhibiert Apoptose (p53).E7-Protein verursacht Exprimierung von Genen der S-
Phase (Rb).
4. Was unterscheidet Retroviren von anderen positiven RNA-Viren? 57
5. Erklären Sie Serotyp und Subtyp anhand von Influenza. Wie kann sich der Influenzavirus verändern? Nennen Sie
zwei Beispiele.

Moll:
1. Aufbau der Sec Translokase beschreiben mit allen beteiligten Proteinen, wie wird ein Protein transloziert?
Die Translocase befindet sich genau in der Membran,sie schleust das Precusor Protein durch die Membran.Das
„Motorprotein“ ist SacA(ATPase),da sind noch SecDF,SecYeg.
(to je sve sto sam nasla :/)
2. Warum bildet sich das Septum bei der Ausbildung einer Präspore nicht in der Mitte? Faktoren nennen
die damit zu tun haben..
3. Was ist Quorum Sensing? Ein Beispiel beschreiben. 33
4. Osmoregulation von E.coli 29
5. Zwei-Komponenten-System erklären 29
07.07.12

Teil Skern:
- Unterschied Viren - Bakterien, wie kann man sich vor viralen Infektionen schützen? 37
- HIV und T-Helfer-Zell-Entwicklung mit Diagramm erklären, warum kann das Immunsystem HIV so schwer
bekämpfen 40
- 2 Negativ-Strang-RNA-Viren und ihre Replikation 43
---- Replikationsunterschiede zw. Bakterio und Viren
- New evolving viruses 38

Teil Moll:
- Was ist die Generationszeit, wie kann man sie bestimmen? 19
---- Peptidoglycanschicht, unterschied zwischen gram+ und gram- :
Gram+
• Nach Gram-Färbung blau gefärbt
• Mureingerüst umgibt als Zellwand-Hauptkomponente die Zelle
– zu 30-70 % an Zellwand-Trockenmasse beteiligt
– ca. 20-24 nm dick (40 Schichten)
– zwischen PG und der Plasmamembran befindet sich der enge
periplasmatische Raum
• Anstelle m-Diaminopimelinsäure häufig LL-Diaminopimelinsäure
oder Lysin
• Beteiligte Aminosäuren variieren von Spezies zu Spezies
artenspezifischer Aufbau gutes taxonomisches Merkmal
• Charakteristisch für die grampositive Zellwand:
– Vorhandensein der Teichonsäure, die in großen Mengen in der
dicken Mureinschicht verankert ist
• Teichonsäure als lineares Polymer aus Glycerol- und Ribitolphosphat-Einheiten
• Ragen kettenartig nach außen (8-50 Moleküle)
• Ist das Glycerolphosphat mit einem Glycolipid der Plasmamembran verestert Lipoteichonsäure (Polyglycerolphosphat-Ketten)
Gram-
• Nach Gram-Färbung violett gefärbt
• Mureingerüst ist in das periplasmatische Gel eingebettet
– nur zu 10 % an Zellwand-Trockenmasse beteiligt
– ca. 2 nm mit einer Schicht sehr dünnschichtig
• Durchweg m-Diaminopimelinsäure, kein Lysin und Teichonsäure
• Aufbau des Mureinsacks bei allen gramnegativen Bakterien gleich keine artenspezifische Unterschiede
• Charakteristisch für die gramnegative Zellwand:
– Vorhandensein der äußeren Membran, welche das
periplasmatische Gel peripher begrenzt
– Lipopolysaccharide (LPS), die die asymmetrisch aufgebaute Wandschicht im äußeren Bereich enthält
• Mit Mureinschicht sind Lipoproteine verbunden, vermutlich über m-Dap
• Säuren weisen mit lipophilen Ende nach außen in lipophilen
Doppelschicht verankert
• Diese enthält Phospholipide und die hydrophoben Enden der LPS
- 2-Komponenten-System bei der Osmoregulation in E. coli 29
---- Proteintransportweg in Bakterien mrki
---- Wie wird bei der DNA die Trennung der Stränge bewerkstelligt mrki 8

29.9.12
skern:
1)übertragung viren von tieren auf menschen mind 3 bsp 38
---2) rna u dna virus replikationsstrategie vergleichen
3) was ist ein impfstoff, bsp, probleme? 53
4) bakteriophagen 61
5) polymerase, welche viren? was machen viren, die keine haben 61

moll

---1) gatc, origin of replication, regulation? mrki


2) chemostat, unterschied zu diskontinuierlicher kultur 2
3) chemotaxis, wie in bewegung umgesetzt 31/32
4) aktiver transport, abc transporter 26(aktiver)
---5) min cd system ??