El genoma como ingeniería

El genoma y la ingeniería
A diferencia de las otras ciencias naturales, que se concentran en el estudio de las leyes
universales de la naturaleza, la biología estudia la constitución y funcionamiento de una
cierta clase de seres existentes en una zona muy reducida de la naturaleza (el planeta
Tierra) durante un período muy determinado de tiempo (el que abarca la evolución de la
vida, desde sus orígenes hasta el presente). Así pues, aunque en todo momento hace uso
de las leyes naturales, especialmente las comprendidas en la especialidad que llamamos
bioquímica (una rama de la química), la biología es muy diferente de las disciplinas
científicas ordinarias. En realidad, en el fondo y como hemos visto(a), no es ni siquiera
una ciencia: es una especie de ingeniería, la que se conoce con el curioso nombre de
ingeniería inversa. Aclaremos: la ingeniería directa es un arte de construir que va desde
un conjunto de planos de construcción, mediante un proceso tecnológico que hace uso
de diversas leyes de la naturaleza, hasta un producto terminado. Ese producto puede ser
un edificio, un barco u otra clase de vehículo, o un mecanismo de distintos grados de
complejidad, por ejemplo una computadora (en el caso del ingeniero electrónico). Pero
es posible también para un ingeniero trabajar "al revés": comenzar por la observación de
un artefacto cualquiera (que él no haya construido y cuyos planos no estén disponibles)
y tratar de llegar a una posible definición de esos planos constructivos. ¡Eso es
exactamente lo que hace el biólogo! Comienza por observar un ser vivo, máquina
sumamente complicada construida por la naturaleza por medio del algoritmo de la
selección natural, y a partir de ahí trata de reconstruir los "planos", es decir, la
organización interna y la especificación de funciones, de ese ser vivo. Y nótese que esto
supone que la naturaleza biótica es ni más ni menos que una industria colosal que ha
producido por investigación y desarrollo todos los seres vivos que han vivido sobre la
Tierra.

La equiparación de biología e ingeniería puede parecer extraña a muchas personas

familiarizadas con alguna de estas dos disciplinas. Así fue, por ejemplo, la reacción de
un médico eminente, hija mía, que muchas veces acostumbraba distinguir entre
"enfoque biológico" y "enfoque ingenieril" al contrastar modos de pensar diferentes. La
solución a la aparente paradoja tiene mucho que ver con la escala de los objetos
observados (o construidos). Es obvio que los fenómenos biológicos a la escala en que
los vive o interviene un médico gozan de una continuidad, una suavidad, una delicadeza
y una reactividad de que carecen los edificios, los vehículos o las máquinas
herramientas. Lo extraordinario es que esta diferencia se pierde cuando los fenómenos
biológicos se observan a la escala microscópica; entonces se perciben mecanismos y
estructuras perfectamente comparables con los de las obras diseñadas y construidas por
ingenieros de diversas especialidades: encontramos bombas, fajas transportadoras, vigas
y cimientos, centrales energéticas, cadenas de producción, y hasta motores. El del
flagelo, por ejemplo, es uno de los logros ingenieriles más extraordinarios en biología:
tiene propiamente un cigüeñal, que pasa por la membrana celular y se conecta a una
hélice exterior (ALLMAN 00). Y cuando nos ponemos a comparar las distintas especies
entre sí desde el punto de vista genético, nos encontramos con notables sorpresas:
diferentes organismos se han diseñado mediante una estrategia de reuso de materiales
fundamentales o, si se quiere, a base de constituyentes estandarizados(1). La evolución
de los genes mamíferos, por ejemplo, incluye por lo menos dos duplicaciones completas
de un genoma ancestral. Si el Proyecto Genoma comprueba esta naturaleza octoploide
subyacente en los genomas –por ejemplo– humano y ratonil, entonces el número de
genes fundamentales vertebrados puede resultar similar al de los de una mosca o un
gusano: entre doce y catorce mil solamente. (MIKLOS 96)

Así pues, la estrategia de la vida parece haber sido similar a la del ingeniero que replica
el plano de una casa pequeña, a veces agregándole su reflexión en un espejo imaginario,
para convertirlo en el plano de una casa grande; y puede todavía duplicar el resultado
otra vez, para transformarlo quizás en un pequeño palacio. Después de esas
duplicaciones, el ingeniero deberá hacer algunas adaptaciones en cada una de las copias
para adaptar los cuartos copiados a funciones nuevas. De la misma manera los genes
originados por duplicación han ido adoptando poco a poco patrones expresivos y
funciones biológicas diferentes a las originales y cada vez más especializados(2). Nótese
una diferencia importante entre una casa construida después de una duplicación de
planos y la especie que muta por duplicación de genes: la "casa doble" es simplemente
más grande, pero el organismo mutado sigue funcionando y sobrevive gracias al grupo
de genes original mientras las copias se dan el lujo de ensayar variaciones que cumplen
otras funciones y, a la larga, producen especies completamente nuevas. Esta es una
magnífica diferencia de fondo entre la ingeniería civil y la ingeniería de la vida: implica
un rediseño dinámico de nuevas formas que no interrumpe el uso útil de las estructuras
originales. Pero no hace a la última menos ingenieril, la hace más bien calificar como
una ingeniería más sofisticada, capaz de transformar sus "planos" y "edificios" sobre la
marcha, sin interrumpir el funcionamiento de los productos en evolución. Tal proceso
de diseño "en tiempo real" está de hecho muy extendido en el genoma de todas las
especies, incluido el genoma humano y el de todos los mamíferos. La evolución parece
avanzar según el modelo secuencial duplicación, redundancia y –finalmente–
divergencia. (PICHETT 95)

Hemos venido hablando de planos, en el sentido de guías gráficas para la construcción

de un edificio. Es una alegoría útil para aludir a los genes que, efectivamente, contienen
instrucciones (aunque no gráficas) para la edificación del cuerpo del organismo y el
control de su funcionamiento. Sin embargo, son más que eso. Los genes son también
reguladores de la actividad del organismo en todas sus partes, no solo durante su
formación sino por todo el tiempo que dure su vida. Todavía aquí estamos refiriéndonos
a aspectos ingenieriles de la vida pues la ingeniería del control, también llamada
cibernética, es una rama muy distinguida y moderna de la ingeniería. Al comentar el
papel de los genes en la construcción de los seres vivos debemos tener cuidado de
recordar que ni siquiera en la ingeniería los planos son el único ingrediente que debe
tomarse en cuenta: igualmente importante es el proceso mismo de construcción, el
orden en que se van levantando las diferentes partes y sus influencias recíprocas. En el
desarrollo biológico este factor es determinante. Si no fuera así sería inexplicable que
seres tan diferentes como la mosca drosófila y el ser humano tengan un número de
genes dentro del mismo orden de magnitud, o que el hombre y el chimpancé posean casi
el mismo número de ellos.

El genoma del ser humano, pareciera, contiene mucho menos instrucciones de las que
harían falta para construir nuestro bello y hábil cuerpo y todas sus excelentes
capacidades, incluida la facultad de razonar y de crear poesía o música. Un caso
contrario se da, por ejemplo, en relación al minúsculo fago lambda, un virus que
parasita y destruye a la bacteria E. coli. El número de sus genes es demasiado grande
comparado con el de las proteínas que resultan incorporadas a su cuerpo. La razón de
esta paradoja es que muchas de las proteínas que esos genes producen cumplen
funciones solamente transitorias, relativas al proceso de construcción, disolviéndose
enseguida en el plasma celular sin que lleguen a formar parte material del cuerpo ni ser
necesarios para la regulación de su funcionamiento. En el caso de nuestra especie, muy
pocos genes son suficientes para formar un cuerpo relativamente enorme y de inmensa
complejidad. Un intento de explicación de esta paradoja debe considerar que un
organismo grande y complejo ofrece numerosas oportunidades de que la estructura del
cuerpo, conforme va siendo construida, juegue un papel en esa misma construcción. Es
como si sus distintas partes constituyentes sirvieran la función adicional de andamios o
formaletas, coadyuvantes a la construcción. En contraste, un cuerpo pequeño y sin
complicaciones ofrece pocas oportunidades para la doble utilización, y elementos
adicionales transitorios deben ser encargados en forma especial.

La ingeniería genética
No podemos dejar de mencionar en este apartado a la “ingeniería genética”, una
disciplina especial dentro de la biología y de la ingeniería. Tiene por tarea la alteración
del genoma, de cualquiera de las especies vivientes, para eliminar características
indeseables o producir las deseables. Hasta el momento, la investigación en este campo
se ha concentrado en el incremento de la producción de alimento animal o vegetal, el
diagnóstico de enfermedades, la mejora de los tratamientos médicos, y la producción de
vacunas y otras drogas útiles. También contribuye ya a la eliminación de los desechos
industriales. Entre los métodos que usa se encuentra el cruce selectivo entre plantas y
animales, así como la hibridación (reproducción entre distintas variedades o especies),
los cuales se vienen practicando desde tiempo inmemorial. La adición contemporánea es
la recombinación del ADN, una técnica que ha revolucionado la ingeniería genética en
los últimos veinte y tantos años. Esta novedosa técnica consiste en alterar directamente
el material genético, mediante la intercalación de genes ajenos en los cromosomas. Tal
proceso cambia la constitución hereditaria del organismo si es realizada en las células
germinales, afectando a todos sus descendientes. El más notable logro de esta técnica
hasta ahora ha sido la producción de la hormona insulina, mediante la astucia de
incorporar el gen humano que la produce como parte del material genético de la bacteria
Escherichia coli, transformándola de hecho en una fábrica de esta sustancia
indispensable en el control de la diabetes. Las perspectivas de esta nueva tecnología
para transformar de muchas maneras y radicalmente la medicina y la economía del siglo
XXI son asombrosas.

Parte esencial en el arsenal metodológico de la ingeniería genética es el vehículo que

introduce los genes nuevos en la célula objeto de la modificación. Tales vehículos
reciben el nombre de "vectores" y son una imitación de la técnica que tienen los virus
para inyectarse en las células que atacan e incorporarse en su genoma para usarlo en su
propia reproducción; este es el caso, por ejemplo, del fago lambda, al que nos referimos
por extenso en otra parte(b). El mismo fago lambda –sus genes destructivos debidamente
sustituidos por los genes que se quiera incorporar en la especie blanco– se ha usado
también en calidad de vector, resultando de mayor eficiencia que las primeras moléculas
usadas como tales, los plásmidos(3). El fago lambda representa un progreso porque es
capaz de empacar material genético por un total de hasta 40 kilobases. El contenido que
se quiere reproducir se acompaña de genes que crean resistencia a ciertos antibióticos,
asegurando así su fácil recuperación del cultivo respectivo. Otro mérito del fago lambda
como vector es su excelente "línea de producción", el famoso círculo rodante(c). Al
vector lambda lo suceden en el desarrollo de la tecnología los YACs, cromosomas de
levaduras, de gran tamaño. Su sistema de recombinación, sin embargo, es muy activo y
su operación produce innumerables quimeras(4). Esta inestabilidad hizo que se volviera
finalmente a un vector más pequeño pero más estable llamado BAC, usado con gran
provecho en la secuenciación del genoma humano y capaz de empacar de 100 a 200
kilobases de información.

Notas

Nota 1: Similarmente, es una práctica estándar entre los ingenieros de software el reuso de módulos de
programas en la confección de programas nuevos.

Nota 2: Cuando hace tres decenios empecé a interesarme por las computadoras, decidí que, para
comprender a cabalidad lo que tenía entre manos, debía diseñar yo mismo una computadora, por supuesto
muy simple. Recuerdo que en esa ocasión adopté un curso de acción que hoy, retrospectivamente, puedo
reconocer como eminentemente genético (aunque no por ello menos ingenieril): comencé por describir un
conjunto homogéneo de unidades de memoria el cual enseguida dupliqué, para proceder a alterar de una
manera mínima una de las dos copias, con lo que originé con poco esfuerzo la unidad central de proceso
de la computadora. Esa parte fundamental de la máquina no era sino una "memoria infiel", que
"adulteraba" la información que pasaba por ella. El "metabolismo" de la máquina consistía de un ciclo de
dos pasos, de modo que la información pasaba de la "memoria fiel" a la infiel en el primero y regresaba a
su origen (modificada) durante el segundo.

Nota 3: Moléculas de ADN extra cromosómicas, muy pequeñas y capaces de replicarse

independientemente, que forman parte del genoma de algunas especies.

Nota 4: Dícese de los organismos que resultan del acople de características mal avenidas de diferentes
especies (por ejemplo, en la mitología, el centauro).

Referencias

Nota a: La unificación de la biología con la ingeniería en La acumulación del diseño de la primera

colección, bloque a.

Nota b: Los organismos modelo en La larga marcha: madurez de la segunda colección, bloque a.

Nota c: La asombrosa forma de reproducción del fago lambda en Apéndices de la segunda colección.