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Conceptos de Bioquímica

Bioquímica, Agua, Aminoácidos y Proteínas.


Profesor: Mgs .Lic. Francisco Morillo
Bioanalista Esp Biotecnologia
Microbiología-salud publica

BIOQUIMICA

Introducción a la Bioquímica

La definición más acertada es la que expresa que es una rama de la ciencia (fusiona
química y biología) encargada del estudio de las sustancias que se encuentran presentes en
los organismos vivos y de las reacciones químicas fundamentales para los procesos vitales.
Las proteínas, los lípidos, los carbohidratos y los ácidos son algunos de los componentes
que se analizan desde la bioquímica, disciplina para la cual todo ser viviente posee
carbono. Por lo general, se suele indicar que la bioquímica hace foco en el estudio de
las bases de la vida, ya que su objeto de estudio son las moléculas que forman parte tanto
de células como de tejidos propios de los seres vivos.

Los historiadores sitúan el origen de la bioquímica en 1893, cuando el químico, físico y


matemático francés Anselme Payen descubrió la primera enzima (la diastasa), sustancia
de tipo proteico que se caracteriza por catalizar las reacciones de carácter químico. De
todos modos, las nociones sobre bioquímica se utilizan desde la prehistoria, en situaciones
como la elaboración de pan con levadura, por ejemplo.
Con el correr del tiempo, los descubrimientos de la química contribuyeron el desarrollo
de la medicina, la genética y la biología, entre otras áreas. La actividad de los bioquímicos
se desarrolla en distintas etapas, como la investigación, el trabajo en laboratorio y la
bioquímica industrial.
AGUA

La Importancia Biológica del Agua

Es probable que la vida se haya originado en el agua, hace más de tres mil millones de
años, y que todas las células vivientes sigan dependiendo del agua para existir. En l mayor
parte de las células el agua es la molécula más importante y forma de 60 a 90% de su
masa, aunque hay pocas excepciones, como las semillas y las esporas, de las cuales se
expulsa el agua. Las semillas y las esporas pueden permanecer latentes por largos
periodos hasta “revivir” por la reintroducción de agua.
La vida comenzará examinando las propiedades del agua. Sus propiedades físicas le
permiten funcionar como solvente de sustancias iónicas y polares, mientras que sus
propiedades químicas condicionan que forme enlaces débiles con otros compuestos,
incluso otras moléculas de agua. Las propiedades químicas del agua se relacionan
también con las funciones de las macromoléculas, de las células y de los organismos
completos.
El agua es el principal responsable del sistema termorregulador del organismo,
manteniendo la temperatura corporal constante, independientemente del entorno y de la
actividad metabólica. Esta es una de sus funciones más importantes. Tiene una alta
conductividad térmica que permite la distribución rápida y regular del calor corporal,
evitando gradientes de temperatura entre las diferentes zonas del organismo y
favoreciendo la transferencia de calor a la piel para ser evaporada. Su alto calor
específico [1 kcal/kg ºC = 4180 J/kg·K], consecuencia de la gran capacidad para
almacenar energía en los puentes de hidrógeno, la convierte en un excepcional
amortiguador y regulador de los cambios térmicos. Aunque acepte o ceda una gran
cantidad de calor, su temperatura se modifica muy poco, gracias a su gran capacidad
para almacenar calor. El aparato metabólico del hombre para la digestión y procesado de
nutrientes y para la contracción muscular es altamente endergónico, liberando grandes
cantidades de calor que deben ser disipadas para mantener la homeotermia. Por ejemplo,
el efecto termogénico de la digestión de los alimentos es de 10-15% del contenido calórico
de una dieta mixta Su función termorreguladora está también relacionada con otra de sus
características físicas que le confiere su efecto refrigerante: su alto calor de vaporización
[a 25ºC es de 540 kcal/L], consecuencia de la atracción entre moléculas de agua
adyacentes («fortaleza de los puentes de hidrógeno») que dan al agua líquida una gran
cohesión interna. El agua, para evaporarse, absorbe más calor que ninguna otra
sustancia.
El agua tiene un alto valor de tensión superficial, quedando las moléculas de la superficie
fuertemente atraídas, aunque algunas sustancias pueden romper esta atracción. Este es el
caso del jabón que forma espuma o de las sales biliares que facilitan la digestión de las
grasas. Las gotitas de grasa emulsionadas se organizan después en micelas que aumentan
la absorción (crean un mayor gradiente de difusión) y facilitan la entrada de otros
nutrientes. En el intestino se observan las gotitas de grasa en forma de emulsión, pero
también como micelas, de tamaño mucho mayor que las gotitas emulsionadas y siempre
en mayor cantidad, que acercan los lípidos que transportan al enterocito para ser
absorbidos. De esta manera, las sales biliares mejoran la digestibilidad y también la
absorción de la grasa y de otros nutrientes
Tiene también unas excepcionales y únicas propiedades solventes. Debido a su pequeño
tamaño, a la naturaleza polar de sus enlaces H – O, a su estructura angular y a su
capacidad para formar puentes de hidrógeno, el agua es una molécula altamente reactiva
que puede disolver una gran variedad de sustancias (hidrófilas) iónicas y moleculares,
pero también evita la disolución de otras apolares (hidrófobas), efecto igualmente muy
importante para la vida. El cuerpo es esencialmente una solución acuosa en la que gran
cantidad de solutos (proteínas, vitaminas, glucosa, urea, sodio, cloro, potasio, O2 , CO2 ,
etc.) están distribuidos en los diferentes compartimentos. Gracias a su capacidad
disolvente, a su elevada constante dieléctrica y a su bajo grado de ionización (KW=10–14),
72 el agua es el medio en el que se producen todas las reacciones del metabolismo,
participando en muchas de ellas como sustrato o como producto. Un ejemplo son las
reacciones de hidrólisis que se producen en la digestión o en la oxidación de los
macronutrientes. En las disoluciones iónicas, el elevado calor de hidratación (energía que
se desprende cuando los iones se rodean de moléculas de agua), proporciona gran
estabilidad a la disolución. Además, por su alta constante dieléctrica (K=80 a 20ºC) las
disoluciones iónicas conducen la corriente eléctrica; de ahí su importancia, por ejemplo,
en la transmisión nerviosa.
La interacción hidrofóbica es la responsable de diversos procesos biológicos importantes.
En medios acuosos, la interacción con moléculas anfipáticas (o anfifílicas), aquellas con
grupos polares y apolares, como los detergentes o las sales biliares) determina la
formación de estructuras ordenadas.

AMINOACIDOS

Estructura General de los Aminoácidos


•Todos los organismos emplean los mismos 20 aminoácidos como bloques constructivos para
armar las moléculas de proteína. En los 20 a. a comunes, los grupos amino y carboxilo
están unidos al mismo átomo de carbono: carbono α, y a este carbono se unen otros dos
sustituyentes: un átomo de hidrogeno y una cadena lateral (R) que es única para cada
aminoácido.
•Dentro de una célula, bajo condiciones fisiológicas normales, el grupo amino esta protonado
(---NH3+) porque el pKa de este grupo es cercano a 9. El grupo carboxilo esta ionizado (---
COO-) porque el pKa de ese grupo es menor que 3.

• Los átomos de carbono de una cadena lateral se identifican en sucesión como β, γ, δ, ε, que
indican los carbonos 3, 4, 5 y 6 respectivamente.
De los 20 aminoácidos que se usan en la biosíntesis de proteína, en 19 aminoácidos el
átomo de carbono alfa es quiral o asimétrico, porque tiene cuatro grupos diferentes
unidos a el.

•La excepción es la Glicina, cuyo grupo R es un átomo de H (es aquiral porque esta únida a
dos átomos de H idénticos)
Dos de los 19 aminoácidos quirales, la treonina y la Isoleucina, tienen dos centros quirales de
átomo de carbono cada uno.

Los 19 aminoácidos quirales con los que se ensamblan las proteínas presentan la
configuración L, aunque en la naturaleza se encuentran unos pocos D-aminoácidos. Por
convención se supone que los a. a tienen configuración L, a menos que se estipule lo
contrario.

Estructura de los 20 aminoácidos comunes

•Algunas cadenas laterales son no polares, por ende hidrofóbicas, mientras que otras son
polares o ionizadas a pH neutro y son hidrofilicas. Las propiedades de las cadenas
laterales tienen gran influencia sobre la forma tridimensional de una proteína. La mayor
parte de las cadenas laterales hidrofóbicas de una proteína hidrosoluble se pliega hacia el
interior y le da forma compacta y globular a la proteína.
•Las cadenas laterales pertenecen a la siguiente clase química:
1. Alifática 2.Aromaticas 3.Sulfurada 4.Alcohol 5.Base
6. Amida 7.Acido
Grupos R Alifáticos
•La Glicina es el a. a más pequeño porque su grupo R es un átomo de H y desempeña un
papel único en la estructura de muchas proteínas porque su cadena lateral es bastante
pequeña para alojarse en nichos en los que otros a. a les sería imposible.
•Hay otros a. a: alanina, valina, leucina, isoleucina tienen cadenas saturadas alifáticas.
•La valina, leucina e isoleucina se conocen como a. a de cadena ramificada porque sus
cadenas laterales tienen ramificaciones. Los 3 a. a son muy hidrofóbicos.

Grupos Aromáticos
La Fenilalanina, Tirosina y el Triptófano presentan cadenas laterales con grupos
aromáticos.
•Fenilalanina: R =anillo bencílico (hidrofóbico)
•Tirosina: R = anillo fenol
•Triptófano: R = grupo indol biciclico
Los tres a. a absorben luz UV porque contiene electrones π deslocalizados.
El Triptófano como la tirosina absorbe luz a una longitud de onda de 280 nm, mientras
que la fenilalanina absorbe luz a 260 nm de longitud de onda.
Grupo Sulfurado
•La Metionina y la Cisteína son los dos a. a azufrados. La metionina su grupo R es tio-eter
metilo no polar y la convierte en el a. a mas hidrofóbico y casi siempre se encuentra en el
inicio de una cadena polipeptídica.
•La Cisteína tiene en su grupo R un sulfhidrilo y puede formar puentes de hidrogeno débiles
con e oxígeno y el nitrógeno. Este átomo de azufre es polarizable por ende muy reactivo y
algo hidrofóbico.
Grupo Alcoholes
•La Serina y la Treonina tienen cadenas laterales polares sin carga que contienen grupos β-
hidroxilo. El grupo alcohol da carácter hidrofilico a las cadenas laterales alifáticas. Los
grupos hidroxilos de la Ser y Thr dan las propiedades débiles de ionización de los
alcoholes 1° y 2°.
•La Serina no se ioniza en soluciones acuosas, pero este alcohol puede reaccionar dentro de
sitios activos de varias enzimas como si estuviera ionizado.
•La L-Treonina es el único de los cuatros estereoisomeros que se encuentra con frecuencia en
las proteínas.
Grupo R básicos

•La Histidina, Lisina y Arginina presentan cadenas laterales hidrofilicas que son bases
nitrogenadas y tienen carga positiva a pH 7.
•Histidina: R= anillo Imidazol; la forma protonada se llama ion imidazolio.
•Lisina: es un diaminoácido y tiene grupo amino α y ε al mismo tiempo y este ε-amino existe
como ion alquilamonio a pH neutro y da carga positiva a las proteínas.
•Arginina: a. a más básico de todos porque su cadena lateral de ion guanidino esta protonada
bajo todas las condiciones que se encuentra de manera habitual dentro de una célula.

Grupos R ácidos y sus aminas derivadas


•El Aspartato y el Glutamato son a.a dicarboxilicos y tienen cadenas laterales hidrofilicas con
carga negativa a pH7. El Asp posee un grupo carboxilo β y el Glu un grupo γ. Ellos
también confieren cargas negativas a las proteínas porque sus cadenas laterales se
encuentran ionizadas a pH 7.
•La Asparagina y la Glutamina son las amidas del ácido aspártico y el ácido glutámico
respectivamente, estos a. a son muy polares y se encuentran con frecuencia en las
superficies de las proteínas para interactuar con moléculas de agua, los grupos amidas
polares pueden formar puentes de H con cadenas laterales de otros a. a polares
Hidrofobicidad de las cadenas laterales de los aminoácidos

•Las diversas cadenas laterales en los aminoácidos van desde muy hidrofóbicas hasta muy
hidrofilicas pasando por débilmente polares. Los a.a con valores de hidropatía muy
positivos se consideran hidrofóbicos, mientras que aquellos con los mayores valores
negativos se consideran hidrofilico.
•La hidropatía es un determinante importante en el plegamiento de proteínas porque las
cadenas laterales hidrofóbicas tienden a estar agrupadas en el interior de una proteína y
los demás residuos (hidrofilico) en la superficie.
Otros aminoácidos y sus derivados

En los organismos vivos hay mas de 200 a.a diferentes. Además de los normales, que
están incorporados en las proteínas, todas las especies contienen una diversidad de a. a L
que son precursores de los aminoácidos comunes, o bien son intermediarios en otras rutas
bioquímicas.
Algunos a. a comunes sufren de modificaciones químicas para producir aminas con
importancia biológica. Se sintetizan con reacciones catalizadas por enzimas que incluyen
descarboxilacion y desaminacion.

•En el cerebro de los mamíferos, el gultamatose convierte en γ-aminobutirato (GABA).


•Los mamíferos pueden sintetizar histamina que controla la constriccion de ciertos vasos
sanguíneos y también la secreción de acido clorhídrico en el estomago.
•En la medula adrenal, la tirosina se metaboliza en epinefrina y su precurosor la
norepinefrina.
•La Tirosina es precursor de las hormonas tiroideas tiroxina y triyodotironina.
•Un descubrimiento sorprendente fue el 21° a.a, la selenocisteina (que contiene selenio en
lugar de azufre de la cisteína), esta incorporada en unas pocas proteínas de algunas
especies. La selenocisteina se forma a partir de la Serina durante la síntesis de la proteína.
•El 22° a.a es la pirrolisina, que se encuentra en algunas especies de arqueobacterias. La
pirrolisina es una forma modificada de la lisina que se sintetiza antes de agregarse a una
cadena creciente de polipéptidos por la maquinaria de traducción.
PROTEINAS

Nomenclatura de Péptidos
Los nombre de los residuos se forman sustituyendo la terminación –ina ó –ato por –ilo (ó
–il, en nombres compuestos). Por ejemplo, un residuo de glicina en un polipéptido se
llama glicilo y un residuo de glutamato se llama glutámico. En los casos de asparagina,
glutamina y cisteína, -ilo sustituye la –a final para formar asparaginilo, glutaminilo y
cisteinilo. La terminación –ilo indica que el residuo es una unidad de acilo
(estructura que carece de hidroxilo del grupo carboxílico). Este dipeptido se llama
alanilserina porque la alanina se convierte en una unidad de acilo, pero el aminoácido
Serina conserva su grupo hidroxilo.

Clasificación y Características de las proteínas


Las proteínas tienen diversas formas. Pueden ser macromoléculas esféricas, hidrosolubles
y compactas cuyas cadenas poli -peptídicas están dobladas de manera apretada

Proteínas Globulares
Tienen un interior hidrofóbico y una superficie hidrofilica, en forma característica.
Poseen penetraciones o fisuras que reconocen en forma específica a otros compuestos y se
unen a ellos en forma transitoria. Al enlazarse selectivamente con otras moléculas, dichas
proteínas sirven de agente dinámico de acción biológica. Varias proteínas globulares son
enzimas y también incluyen factores de proteínas transportadoras y reguladoras
Proteínas Fibrosas
Son una clase particular de proteínas estructurales que proporcionan soporte mecánico a
las células u organismos. Las Proteínas fibrosas se ensamblan en grandes cables o
hebras. Muchas proteínas son componentes integrales de membranas o proteínas
asociadas a membrana. Por ejemplo: la α – queratina, el componente principal de
cabello y uñas.
El colágeno, el componente principal de tendones, piel, huesos y dientes.

Importancia y Establecimiento de la Secuencia


•La secuencia lineal de a. a en una cadena polipeptídica se llama estructura primaria de una
proteína. El enlace que se forma entre los a.a es un enlace amida y se llama enlace
peptídico, resultando de una condensación simple del grupo carboxilo α de un a.a con el
grupo amino α del otro.
•La secuencia de a. a de una cadena polipeptídica determina el tipo de interacciones
electrónicas que se producirán (tanto entre la misma proteína como con su entorno) y el
grado de libertad de adoptar diferentes conformaciones estables a una temperatura
fisiológica.
• Aunque hasta ahora no se ha logrado, debería ser posible predecir la estructura
tridimensional de una proteína conociendo su secuencia.
•Conocer la estructura primaria, no solo es importante para entender su función (ya que ésta
depende de la secuencia de a. a y de la forma que adopte), sino también en el estudio
de enfermedades genéticas. Es posible que el origen de una enfermedad genética radique
en una secuencia anormal. Esta anomalía, podría resultar en que la función de la proteína
no se ejecute de manera adecuada o que no se ejecute en lo absoluto. Ej: Anemia
falsiforme.

Niveles Estructurales de las Proteínas


Las moléculas individuales de proteína se pueden describir mediante hasta cuatro niveles
de estructura:
La estructura primaria describe la secuencia lineal de residuos de a. a en la proteína.
Las secuencias de a. a siempre se describen desde el amino terminal (N- terminal) hasta el
carboxilo terminal C- (C- Terminal).
La estructura tridimensional de una proteína se describe con tres niveles adicionales:
estructura secundaria, estructura terciaria y la estructura cuaternaria. Las fuerzas que
mantienen o estabilizan, estos tres niveles son no covalentes, de manera primordial.

Estructura Secundaria
Regularidades en las conformaciones locales mantenidas por p. de hidrogeno entre los H
de amida y los Oxígenos de carbonilo en el péptido.

alfa- hélice

•estructura helicoidal dextrógira, con unos 3,6 aminoácidos por vuelta. Cada aminoácido
supone un giro de unos 100° en la hélice
•Una hélice α puede ser una rosca izq. o der pero las que se encuentran en las proteínas casi
siempre son derecha.
•La α hélice está presente en la Hb, según Perutz y con ello confirma que esta conformación
existe en proteínas globulares complejas
Hebras o Laminas Beta

Las Hebras β se encuentran casi totalmente extendidas en la cadena polipeptídica.


Cada residuo en una hebra β ocupa 0.32 nm de longitud total, a diferencia de una α
Hélice, donde corresponde a 0,15 nm de longitud. Cuando se ordenan varias hebras β lado
a lado se forman laminas β.
Las proteínas casi nunca contienen hebras β aisladas porque la estructura en si no es
mucho más estable que otras conformaciones.
Las láminas β se hallan estabilizadas por p. de H; y las láminas paralelas son menos
estables que las anti- paralelas, porque los p. de H están distorsionados en el
ordenamiento paralelo.

Giros Beta
Secuencias de la cadena polipeptídica con estructura alfa o beta, a menudo están conectadas
entre sí por medio de los llamados giros beta. Son secuencias cortas, con una
conformación característica que impone un brusco giro de 180 grados a la cadena
principal de un polipéptido.
Aminoácidos como Asn, Gly y Pro (que se acomodan mal en estructuras de tipo α o β)
aparecen con frecuencia en este tipo de estructura. La conformación de los giros β está
estabilizada generalmente por medio de un puente de hidrógeno entre los residuos 1 y 4
del giro β.

Estructura Terciaria
•La estructura 3° se debe al plegamiento de un polipéptido (que puede tener ya algunas
regiones de α hélice y de estructura β) para formar una estructura 3D empacada en
forma apretada.
•Una propiedad importante es que los residuos de a. a alejados en la estructura 1° se acercan
entre si y permiten interacciones entre cadenas laterales.
•La estructura 3° se halla estabilizada por interacciones no covalentes. (Efecto hidrofóbico)
•Los puentes de disulfuro aunque son covalentes, son elementos de la estructura 3°. ( se
forman después que la proteínas se dobla, por esto no son parte de la estructura 1°)

Estructura Cuaternaria

•La estructura cuaternaria deriva de la conjunción de varias cadenas aminoácidas que


gracias a su unión realizan el proceso de la disyunción, dando así un resultado favorable
ante las proteínas ya incrementadas. Presenta varios polipéptidos distintos y su estructura
funcional requiere de la interacción entre dos o más cadenas de aminoácidos similares o
diferentes.
•Cuando las subunidades son diferentes, con frecuencia cada tipo desempeña una función
diferente.
•Se suelen mantener unidas por fuerzas débiles no covalentes, las fuerzas hidrofóbicas son las
principales.

Dominio
es la zona de la proteína donde se halla mayor densidad, es decir, donde hay más
plegamientos. Una cadena polipeptídica puede tener uno o más dominios. Si una proteína
está formada por más de una cadena polipeptídica, los dominios de cada cadena de
polipéptidos son sus dominios. Inclusive una proteína formada por más de una cadena
polipeptídica puede tener un solo dominio, compartido por las cadenas de polipéptidos.

Método de Aislamiento y Purificación


Para estudiar determinada proteína se debe separar todos los demás componentes
celulares, incluyendo a otras proteínas parecidas.
Los pasos de purificación son distintos para cada proteína. Se determina probando con
varias técnicas distintas hasta que se desarrolla un procedimiento que produce en forma
repetida proteína altamente purificada y que conserva su actividad biológica.
Los pasos de purificación suelen aprovechar pequeñas diferencias en la solubilidad,
cargas netas, tamaños y especifidad de unión de las proteínas.
El Aislamiento de una proteína intracelular requiere suspender las células en una
solución amortiguadora y homogeneizarlas o romperlas en fragmentos de célula.
Supóngase que la proteína que se pretende purificar es una entre varias que hay en la
solución amortiguadora en estudio.

Cromatografía en Columna
•Una columna cilíndrica se llena con un material insoluble, como fibras celulosas sustituidas o
esferillas de material sintético. Las mezclas de las proteínas se agrega a la columna y se
lava haciendo pasar por la matriz de material insoluble un solvente. A medida que el
solvente fluye por la columna, el fluido se recolecta en muchas fracciones. La velocidad
en la que las proteínas atraviesan la matriz depende de las interacciones entre matriz y
proteínas.

Cromatografía por Filtración en Gel

•Separa a las proteínas con base en su tamaño molecular. El gel es una matriz de esferillas
porosas. Las proteínas que son menores que el tamaño promedio del poro penetran en
gran parte del volumen interno de las perlas y de ese modo se retardan por la matriz.
•Hay menos poros accesibles a las moléculas mayores de proteínas, en consecuencia las
proteínas más grandes rodean a las perlas y se eluyen primero.
Cromatografía por Afinidad

•Es el tipo de cromatografía más selectiva. Se basa en las interacciones específicas de unión
entre la proteína deseada y alguna otra molécula enlazada en forma covalente a la matriz
de la columna.
•La molécula unida a la matriz puede ser una sustancia o ligando que se une a una proteína
in-vivo.
•La proteína deseada se une parcialmente al ligando en la solución y luego se lava la columna
con un solvente con alta concentración de sal, que rompa la interacción entre la proteína y
la matriz de la columna.
GLOSARIO TECNICO (TECNICAL’S WORD BIOCHEMESTRY)

Anfifílicas
Las moléculas anfifílicas, también llamadas anfipáticas, son aquellas moléculas que
poseen un extremo hidrofilico, es decir, que es soluble en agua y otro que es hidrófobo, lo
cual significa que rechaza el agua. Así, por ejemplo, cualquier tipo de aceite es hidrófobo
porque no puede incorporarse al agua.

Enlace covalente
Un enlace covalente entre dos átomos se produce cuando estos átomos se unen, para alcanzar el
octeto estable, compartiendo electrones del último nivel

¿Cómo se forma un enlace covalente?


Los enlaces covalentes se producen entre átomos de un mismo elemento no
metal y entre distintos elementos no metales. ... En el enlace covalente, los dos
átomos no metálicos comparten uno o más electrones, es decir, se unen a través
de sus electrones en el último orbital, el cual depende del número atómico en
cuestión.