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1. Vergleichen Sie die Stärke von molekularen Wechselwirkungen in kJ/mol.

In welcher
Größenordnung ist der Abstand dieser Wechselwirkungen? Im Vergleich dazu, wie viel Energie
wird bei der vollständigen Verbrennung von Glukose frei? (2)
Größenordnung: Nanometer
Kovalente Bindungen: 356 kJ/mol-1
von der Waals: 1-10 kJ/mol
Wasserstoffbrücken 15-50 kJ/mol
hydrophobe WW: 5-15 kJ/mol
elektrostatische WW: 10-30 kJ/mol
Nicht-kovalente Bindungen:
Bei der vollständigen Verbrennung von (1 Mol) Glucose wird 2831,5 kJ/mol an Energie frei.
Elektrostatische WW, Wasserstoffbrücken, Van-der-Waals WW, hydrophobe WW

2. Um welches Molekül handelt es sich? Was ist dessen Funktion? Benennen Sie die funktionellen
Gruppen. (2)

Acetyl Coenzym A
Acetyl-CoA kann im Mitochondrium durch Citratzyklus und Atmungskette komplett zu CO2 und H2O
abgebaut werden oder aber erneut zur Synthese energiereicher Verbindungen wie Triglyceride,
Ketonkörper oder Cholesterin herangezogen werden.
Ensteht durch: oxidative Decarboxylierung von Pyruvat, Abbau von Fettsäuren im Rahmen der β-
Oxidation. Überträgt Acetylgruppen

3. Zeichnen Sie die Strukturformel der Aminosäure Histidin. Welche Eigenschaften hat diese Aminosäure?
Welche Funktionen hat diese Aminosäure in einem Protein?
Histidin ist ein Spezialfall: es kann neutral oder positiv geladen sein; es nimmt
leicht ein Proton auf („protoniert“) und verliert dieses auch leicht bei
neutralem pH (pKa = 6) Der isoelektrische Punkt von Histidin befindet sich im
Neutralbereich. Daher ist es die einzige proteinogene Aminosäure, die unter
physiologischen Bedingungen sowohl Protonendonator als auch
Thioester Protonenakzeptor sein kann. Als Beispiel dafür findet sich seine Rolle in der
„katalytischen Triade“ (Asp-His-Ser) von Serinproteasen bei Säure-Basen Katalyse.
Wichtig als Ligand von Metallinonenkomplexen. Hämoglobin

4. Welche Aminosäuren sind hydrohob? Wo findet man diese Aminosäuren in Proteinen?


Welche Funktionen haben Sie?
Glycine, Alanine, Valine, Leucine, Isoleucine, Methionine, Phenylalanin, Tryptophan, Proline
Befinden sich im Inneren von Proteinen
Hydrophober Effekt bei Proteinfaltung, stabilisieren den wasserunlöslichen Kern der Proteine, haben
den Hang, sich zusammenzufinden, Positionierung von hydrophoben Substraten in der
Bindungstasche.
5. Welche Aminosäuren sind geladen? Welche Rolle spielen sie in der Enzymkatalyse? Nennen Sie
zwei Beispiele.
Sauer: Asparatate, Glutamate (Protonendonator)
Basisch: Lysine, Arginine, Histidin (Protonenakzeptor)
Aminosäuren befinden sich im aktiven Zentrum, dort wird durch WW mit dem Substrat, eben dieses
Substrat, in einen reaktionsfähigen Zustand überführt, also die Aktivierungsenergie herabgesetzt.
Durch Wechselwirkung über Ionenbindungen zwischen den reaktiven Aminosäureresten im aktiven
Zentrum und dem jeweiligen Substrat, wird Enzym-Substrat-Bindung ermöglicht.
zB Abbau von energieliefernden Substraten, Umsatz des zellulären Materials
Säure-Basen Katalyse
Serinprotease
Chymotrypsin

6. Warum sind Aminosäuren Zwitterionen?


Diese Eigenschaft führt in der Regel zu guter Löslichkeit in Wasser.
Als Zwitterion kann die protonierte Aminogruppe als Säure (Protonendonator) und die
Carboxylatgruppe kann als Base (Protonenakzeptor) reagieren. In sauren Lösungen liegen
Aminosäuren als Kationen und in basischen Lösungen als Anionen vor.
Die Ladung eines Aminosäuremoleküls hängt also vom pH-Wert der Lösung ab. Bei einem
Zwitterion ist die Gesamtladung des Moleküls gleich null, in der Nähe des physiologischen pHWertes
dominiert die Zwitterionenform
In der Nähe des isoelektrischen Punkts, dominiert die Zwitterionenform.
Als Feststoffe und in neutralen wässrigen Lösungen liegen Aminosäuren als Zwitterionen vor, das
heißt die Aminogruppe ist protoniert und die Carboxygruppe ist deprotoniert.

7. Wie ist der pKs (engl. pKa) Wert definiert? Kann dieser Wert in einem Molekül variieren?
Warum?
pKs = -log(Ks) ( Ks = [H+][A-]/[HA])
je kleiner der pKs Wert, desto stärker die Säure
pKs Wert verschiebt sich wenn der Nachbar polarisiert.
Der pKs-Wert ist der negative dekadische Logarithmus der Dissoziationskonstante einer schwachen
Säure. pKs = -log (Ks)
Kann variieren: Basen können protoniert werden, abhängig von der Umgebung.
Das ist wichtig, weil es bedeutet, dass RNA Säure-Base Katalyse durchführen kann.
Abhängig von der Mikroumgebung, Temperatur und Ionenstärke

8. Wie wird Glukose für die Glykogensynthese aktiviert? Welches Produkt generiert der Abbau von
Gklykogen? (2)
Glukose wird in Glukose-6-Phosphat umgewandelt, geschieht mittels Hexokinase
Glukose-1-Phosphat (zu 90% und Glukose), abgebaut durch das Enzym Glycogenphosphorylase, kann
danach durch Glukosephosphat-Mutase in Glukose-6-Phosphat umgewandelt werden.
9. Welche Reaktion katalysieren Hexokinasen? Wie reagieren Sie auf einen unterschiedlichen
Glucosespiegel im Blut? (2)
Katalysieren Phosphorylierungen von Glucose
Erstes Enzym Der Glykolyse. Glucose+ATP – Hexokinase – Glucose-6-Phosphat.
Wenn der Blutspiegel über 5mmoll-1 steigt, dann steigt auch die Aktivität der Hexokinase 4.
Hexokinase 1 ist bereits in der Nähe von Vmax und kann deshalb nicht mehr auf einen Anstieg des
Blutglucosespiegels reagieren. Hexokinasen I, II und III haben ähnliche Eigenschaften.

10. Welche Reaktionen der Gluconeogenese sind NICHT die Umkehrreaktionen der Glykolyse. Bitte
die Reaktion und die dazu gehörigen Enzyme nennen. (3)
Pyruvat Oxalacetat (Pyruvat Carboxylase)
Oxalacetat PEP (PEP-Carboxylase)
Fructose-1, 6 – Phosphat Fructose-6-Phospaht (Fructose - 1, 6 – bisphosphatase)
Glucose-6-Phosphat Glucose (Glucose – 6 – Phosphatase)
11. Was ist ein Hemiacetal und ein Acetal?

Die OH-Gruppe reagiert mit der Carbonylgruppe zu Hemiacetal und dann zu Acetal
Halbacetale (oder Hemiacetale) sind chemische Verbindungen, die sich durch eine Alkoxygruppe
oder Aryloxygruppe –OR und eine Hydroxygruppe -OH auszeichnen, die an dasselbe Kohlenstoff-
Atom gebunden sind. Halbacetale entstehen als Zwischenstufe bei der Acetalbildung, indem ein
Alkohol säure- oder basenkatalysiert an eine Carbonylgruppe addiert wird. Unter Einwirkung von
starken Säuren wird durch Umsetzung mit einem weiteren Molekül des Alkohols schließlich ein
Acetal gebildet.
Acetale sind chemische Verbindungen, die sich durch zwei Alkoxygruppen oder Aryloxygruppen –OR,
die an dasselbe Kohlenstoff-Atom gebunden sind, auszeichnen.

12. Was ist Glykogen? Wozu dient es? Wie ist es aufgebaut? Wie ist dessen Synthese?
Glykogen ist die leicht mobilisierbare Speicherform der Glukose.
Kohlenhydrat-Speicherform in Tieren und Cyanobakterien
Speicherorte: Leber 10%; Skelettmuskel 2%; im Cytosol in Form von Granula
Es besteht aus alpha – 1, 4 – gebundener Glucose, die von der Glycogen-Synthase als Primer benötigt
werden. Glykogen ist ein verzweigtes Polymer aus bis zu 50000 Glucose-Molekülen, die über alpha-1,4-
glykosidische Bindungen miteinander verknüpft sind. 1,6-glykosidisch verbunden sind. Die
Verzweigungen dienen dazu das Molekül an vielen Stellen gleichzeitig ab- oder aufzubauen.
Für die Synthese wird ein Core-Protein benötigt, da es für die Synthese von Polysacchariden keine
Matrizen gibt.
Glucose – 1 Phosphat + UTP UDP – Glucose
UDP – Glucose + Glykogen (n residues)  UTP + Glykogen (n+1 residues)

13. Beschreiben Sie das dargestellte aktive Zentrum. Um welche Enzymklasse handelt es sich? (2)

Klasse 3 Hydrolasen: Gruppenübertragung auf H2O


Diese drei Aminosäuren (Asp, His, Ser) im aktiven Zentrum bilden zusammen die so genannte
katalytische Triade. His57 und Ser195 sind benachbart, dadurch kann das im Normalfall nicht
protonierte His57 das Proton der OH-Gruppe von Ser195 übernehmen, falls dieses Sauerstoff-Atom
einen nucleophilen Angriff aufdas Substrat durchführt. His57 und Ser195 sind daher direkt an der
Hydrolyse der Peptidbindung des Substrates beteiligt, die Aufgabe des Asp102 besteht darin, die
positiv geladene Gruppe des His57 im Übergangszustand zu stabilisieren. Außerdem bringt Asp102
His57 in die richtige tautomere Lage, um im Falle einer Substratbindung ein Proton von Ser195
aufzunehmen. Diese Protonenübertragung wird durch die katalytische Triade wesentlich erleichtert.

14. Beschreiben Sie den dargestellten Reaktionsmechanismus (2)

A: Bildung einer kovalenten Bindung zwischen Enzym und Substrat durch nukleophile Substitution.
B: Hydrolyse des kovalent gebundenen Zwischenprodukts durch H2O.
Die nukleophile Substitution ist ein Reaktionstypus in der organischen Chemie. Hierbei reagiert ein
Nukleophil in Form einer Lewis-Base (Elektronenpaardonator) mit einer organischen Verbindung vom
Typ R–X (R bezeichnet einen Alkyl- oder Arylrest, X ein elektronenziehendes Heteroatom). Das
Heteroatom wird dabei durch das Nukleophil ersetzt. Einführen einer Acylgruppe.
15. Beschreiben Sie die dargestellte Reaktion. Um welchen Mechanismus handelt es sich? (2)

Katalytische Triasde (Chymotrypsin)


Mechanismus der Serinproteasen

16. Wozu dienen Metallionen bei der Katalyse? (2)

A: Das Metallion begünstigt den Elektronenangriff


B: Das Metallion wandelt die Abgangsgruppe in eine schwächere Base um
C: Das Metallion erhöht die Nucleophilie des Wassers

17. Erläutern Sie die einzelnen Schritte der dargerstellten Reaktion (4)

Peptidhydrolyse durch Chymotrypsin:


Der Mechanismus der Peptidhydrolyse veranschaulicht das Prinzip der kovalenten und der Säure-
Base-Katalyse. Die Reaktion erfolgt in 8 Schritten:
1.) Substratbindung
2.) nucleophiler Angriff des Serins auf die Carbonylgruppe der Peptidbindung
3.) Auseinanderfallen des tetraedrischen Zwischenprodukts
4.) Freisetzung der Aminkomponente
5.) Wasseranlagerung
6.) nucleophiler Angriff des Wassers auf das Acyl-Enzym-Zwischenprodukt
7.) Zerfallen des tetraedrischen Zwischenprodukts
8.) Freisetzung der Carbonsäurekomponente.
18. Die Abbildung zeigt einige Enzyme mit ihren Substratbindungstaschen. Um welche Enzymklasse
handelt es sich? Welche Substrate binden die jeweiligen Enzyme? (2)
Klasse 3: Hydrolasen
Trypsin: Serin
Chymotrypsin: Phenylalanin (aromatische AS)
Elastase: Serin (kleine hydrophobe AS)
In die Taschen müssen die Seitenketten
der AS hineinpassen.

19. Um welche Reaktion handelt es sich? Beschreiben Sie den Mechanismus. (3)
Wirkmechanismus der DNA-Polymerase
DNA-Polymerase auf Metallionen angewiesen, meist Mg2+
um aktiv zu werden. 2Metallionen: Eines bindet an dNTP
und an 3´Hydroxylgruppe des Primers. Das andere tritt nur mit
dNTP in Wechselwirkung. Phosphatgruppe des dNTP bildet eine
Brücke zwischen den Metallionen. Hydroxylgruppe des Primers
greift die Phosphatgruppe an, eine neue O-P-Bindung entsteht. 
Metallionen bilden einen Komplex mit der Carboxylgruppe von
2 Asp-Resten (Handflächendomäne) = halten Ionen in Richtiger Lage und
Orientierung. An Primer gebundenes Metallion aktiviert 3´Hydroxylgruppe
und erleichtert den Angriff aufs alpha Phosphatgruppe des
dNTP – Substrat im aktiven Zentrum.

20. Wie ist die Dissoziationskonstante definiert? Unter welchen Bedingungen kann man aus der
Konzentration eines Liganden die KD bestimmen? Beschreiben Sie eine Methode zur Bestimmung
der KD.
KD = koff/kon = [A]*[B]/[AB]
Wenn [A] = KD, dann sind 50% gebunden.

21. Was ist der Hill Koeffizient? Welche Information kann man daraus ableiten?
Stellt ein Mittel dar, um die Kooperativität der
Substratbindung eines Enzyms zu messen.

22. Beschreiben Sie den dargestellten Katalyse Mechanismus


Der Katalysator macht den Reaktanden stabiler.

Der Katalysator macht den Übergangszustand stabiler

Der Katalysator verändert den


Reaktionsmechanismus
23. Wie kann ein Katalysator eine chemische Reaktion beschleunigen?
Ein Katalysator ist eine Substanz, die die Reaktion beschleunigt, ohne selbst verbraucht zu werden.
ein Katalysator beschleunigt die Reaktion indem er die Aktivierungsenergie verringert:
Ein Katalysator kann die Reaktion beschleunigen, durch:
• Verbesserung der Angriffsmöglichkeiten des Nucleophils und des Elektrophils
• Verbesserung der Reaktionsfreudigkeit des Nucleophils
• Umwandlung der Abgangsgruppe in eine schwächere Base, damit sie leichter abgespalten werdenkann

24. Was ist die Tm eines DNA Oligonukleotids? Wie kann diese bestimmt werden?
Schmelztemperatur:
unter der Tm versteht man die Temperatur bei der zu gleichen Konzentrationen sowohl vom duplex
als auch von random coil single strands vorliegen.
Durch UV-absorbance kann festgestellt werden ob DNA coiled oder random vorliegt.
Mit der 1. Ableitung kann die Schmelztemperatur genau bestimmt und dargestellt werden.

25. Vergleichen Sie an Hand der dargestellten Abbildung den Aufbau und Funktion von Myoglobin und
Hämoglobin.

Beide binden an Eisenatome im Häm (prosthetische Gruppe)


Myoglobin:
eine einzige Polypeptidkette
aus alpha Helices und durch turn verbunden mit einer Bindungsstelle für Sauerstoff
monomeres Protein, hat nur 1 Untereinheit
Komplex aus Proteinanteil und prosthetischer Gruppe
schützt Häm vor Oxidation, bindet Sauerstoff reversibel, in Herz- und Skelettmuskelzellen von Säugetieren
Hämoglobin:
Allosterisch reguliertes tetrameres Protein
Heterotetramer, hat 4 Untereinheiten (alpha2beta2 2 alpha und 2 beta Ketten
Myoglobin bindet Sauerstoff mit einer höheren Effizienz als Hämoglobin. Dieser Unterschied ist der
Grund für die Tatsache, dass Säugetiere sowohl Hämoglobin als auch Myoglobin besitzen.
Häm-Gruppe: Protoporphyrin: aus 4 Pyrolringen über Methioninbrücken zu einem zu einem
Tetrophyrolring verbunden.
4 Methylgruppen, 2 Vinylgruppen und Propionatgruppen
Fe im Zentrum und an 4 N-Atome gebunden, Fe kann in 2 verschieden Oxidationsstufen vorliegen.
Nur als Eisen(II) – (Fe2+) kann es O2 binden
Ein Histidinrest sorgt dafür, dass der gebundene Sauerstoff stabilisiert wird mittels H2-Brücke.
Hämoglobin in Erythrocyten  Kurve leicht s-förmig
deutet darauf hin, dass im Hämoglobin deutlich abgegrenzte aber in WW stehende O2-
Bindungsstellen vorhanden sind.
Halbsättigung bei 26 Torr, bei Myoglobin Halbsättigung bei etwa 2 Torr.
26. Beschreiben Sie die beiden Diagramme.

Hill Koeffizient für positive und negative cooperativity


A) The binding isotherm for a dimeric protein is shown.
-3
The protein exhibits positive cooperativity, with the values of KD for the T and R states being 1.0 M and 10 M,
respectively. At the point of half saturation, when log (f/1-f) is zero, the slope of the binding curve is greater
than 1.0.
The slope at this point is defined as the Hill coefficient, n H, and its value is 1.94.
B) The binding isotherm for a dimeric protein with negative cooperativity. The T and R states have KD values of
-1 2
10 M and 10 M, respectively. In this case, the binding isotherm has a slope less than unity for intermediate
concentrations of ligand. The value of nH is 0.061. The ligand concentration is expressed in micromolar units.

27. Was versteht man unter Bindungsenergie? Wozu dient sie?


Energie die aufgewendet werden muss um eine kovalente Bindung vollständig zu spalten. Es bilden
sich dabei 2 Radikale.
Die Energie, die aus der Enzym-Substrat Wechselwirkung gewonnen wird, nennt man
Bindungsenergie ΔGB.
Bindungsenergie ist die Hauptquelle an freier Enthalpie, auf die Enzyme zurückgreifen, um die
Aktivierungsenergie einer Reaktion zu senken.
ΔG = -RT ln K
wobei R die Gaskonstante und T die absolute Temperatur sind
ΔG = ΔH –TΔS

28. Was versteht man unter dem Begriff „Übergangszustand?“ Was versteht man unter „induced fit?“
Überganszustand ist bei chemischer Reaktion der Zustand maximaler Energie Energiebarriere die
überwunden werden muss, damit die Reaktion stattfinden kann.
Die Induced-Fit-Theorie )„induzierte Passform“) erklärt die Ausbildung eines Protein-Liganden-Komplexes.
Bindet ein Ligand an ein Protein kann dies zu einer Konformationsänderung führen, um die
Bindungsstelle zu optimieren katalytische Fähigkeit zu steigern

29. Welche Aminosäuren können Metallionen koordinieren? Welche reaktive Gruppe können von
diesen Metallen aktiviert werden?
Aspartat und Histidin
H2O wird zu OH-, freie e- Paare

30. Welche Metabolite können in die Glukoneogenese geschleust werden?


Lactat, Pyruvat, Glycerin aus dem Fettsäure-Katabolismus, alpha-Ketosäuren aus dem Aminosäure-
Stoffwechsel.
In welche Metabolite wird Pyruvat unter aeroben bzw anaeroben Bedingungen weiter zerlegt?
In den Mitochondrien wird Pyruvat zu Oxalacetat umgesetzt; diese Reaktion wird durch die
biotinabhängige Pyruvat-Carboxylase katalysiert. b Im Cytosol wird Oxalacetat durch Einwirken der
PEP-Carboxykinase zu Phosphoenolpyruvat umgesetzt.
31. Welche Schritte der Glykolyse verbrauchen ATP, welche erzeugen ATP? Woher stammt das
Phosphat bei dieser ATP Erzeugung?
ATP-Verbrauch:
Glucose Glucose–6–Phosphat (Hexokinase)
Fructose–6–Phosphat Fructose–1, 6–bisphosphat (Phosphofructokinase)
ATP-Gewinn:
2x 1, 3 – Bisphosphoglycerat 2x 3 Phosphoglycerat (Phosphoglyceratkinase)
2x Phosphoenolpyruvat 2 Pyruvat (Enolform) (Pyruvatkinase)
Substratkettenphosphorylierung

32. Was sind Isoenzyme? Nenne ein Beispiel.


Als Isoenzym (auch Isozym) bezeichnet man eine von mehreren Formen eines Enzyms, die alle die
gleiche Reaktion katalysieren, wobei die einzelnen Formen sich in der Struktur
(Aminosäurensequenz) unterscheiden.
BSP.: Glucokinase, Lactatdehydrogenasen, Kreatinkinasen

33. Was ist besonders an der Struktur der Triosephosphat Isomerase? Wie heisst diese Struktur?
Welche Bedeutung hat sie in der Evolution?
TIM-barrel:
innerer Kern besteht aus 8 parallelen β-Stränge, diese sind von 8 alpha-Helices umgeben
katalytisches Zentrum: His und 2 Glu
Die Triosephosphatisomerase (TIM, TPI) ist das Enzym, das Dihydroxyacetonphosphat (DHAP) zu
Glycerinaldehyd-3-Phosphat (GAP) umwandelt. Dies ist ein Teilschritt der Glycolyse. Die Katalyse
erfolgt über ein Endiol-Zwischenprodukt. Glu-165 überträgt mithilfe von His-95 ein Proton zwischen
C-Atomen.
TPI ist damit unverzichtbar für alle Lebewesen, die Glukose oder Fructose nur mittels Glycolyse
verwerten können.

34. Welchen Reaktionsmechanismus verfolgt die TIM? In welchem Stoffwechselweg kommt dieses Enzym
vor?

Katalytischer Mechanismus der Triose-Phosphat-Isomerase


Glu-165 überträgt mithilfe von His 95 ein Proton zwischen C-Atomen
In der Glycolyse
Die Triosephosphatisomerase (TIM, TPI) ist das Enzym, das Dihydroxyacetonphosphat (DHAP) zu
Glycerinaldehyd-3-Phosphat (GAP) umwandelt. Dies ist ein Teilschritt der Glycolyse. Die Katalyse
erfolgt über ein Endiol-Zwischenprodukt. Glu-165 überträgt mithilfe von His-95 ein Proton zwischen
C-Atomen.
TPI ist damit unverzichtbar für alle Lebewesen, die Glukose oder Fructose nur mittels Glycolyse
verwerten können.
35. Was wissen Sie über den Reaktionsmechanismus der Glyceraldehydphosphat Dehydrogenase?
Oxidiert Glyceraldehyd – 3 Phosphat
zunächst zu einem Thiosester-Zwischenprodukt
und phosphoryliert es anschließend zu
1, 3–Bisphosphoglycerat dabei wird
aus NAD+ NADH aktives Zentrum
besteht aus His und Cys

36. In welchen Schritten bei der Glukoneogenese wird Energie investiert? Woher kommt diese?
ATP-Verbrauch
Pyruvat  Oxalacetat (Pyruvat Carboxylase)
GTP-Verbrauch:
Oxalacetat PEP (PEP – Carboxykinase)
Nennen Sie drei Reaktionen, die Glukose--‐6Phosphat eingehen kann.
Pentosephosphatzyklus:
Glucose-6-phosphat 6-Phosphogluconolacton (Glucose-6-phosphat-Dehydrogenase)
Glycogensynthese
Glucose-6-phosphatGlucose-1-phosphat (Glucose-6-phosphat-Mutase)
Gluconeogenese:
Fructose-6-phosphat Glucose-6-phosphat (Phosphohexose-Isomerase-Reaktion)

37. Wie wird NAD+ für die Glykolyse regeneriert?


Glucose – 6 – Phosphat Dehydrogenase generiert NADPH
Entweder unter oxischen oder anoxischen Bedingugen:
Pyruvat kann zu Ethanol, Lactat und Acetyl-CoA
Bildung von NAD+
Unter anaeroben Bedingungen zu Ethanol und Lactat
Aerob über Acetyl-CoA in den Citratcyklus und durch oxidative Phosphorlylierung entsteht NAD+

38. Welche Schritte bei Synthese, Abbau und Regulation können die Menge und Aktivität eines Enzyms
in der Zelle beeinflussen?
Faktoren von denen die Enzymaktivität abhängig ist:
Extrazelluläre Signale, die die Synthese von Enzymen induzieren
Regulatorische Proteine, die vom Enzym gebunden werden
Phosphorylierungen und Dephosphorylierungen des Enzyms durch Kinasen/Phosphatasen
Allosterische Effektoren (Liganden), die vom Enzym gebunden werden
Substrate, die vom Enzym gebunden werden
Abbau des Enzyms durch Proteasomen und Ubiquitin
Transport des Enzyms in Zellorganellen (z.B. ER)

39. Erläutern Sie die zentrale Stellung des Pyruvat Dehydrogenase Komplex bei der Enegiegewinnung.
Der PDC wird durch eine Gruppe von 3 assoziierten Enzymen gebildet und 5 Coenzymen. PDC
befindet sich in der mitochondrialen Matrix. Die Umwandlung von Pyruvat zu AcetylCoA ist eine
oxidative Decarboxylierung.
Die Elektronen des reduzierten NADH werden in die Atmungskette eingeschleust und liefern ~ 3 ATP
CO2 wird freigesetzt und macht die Reaktion irreversibel.

40. Welche zentrale Aufgaben haben Mitochondrien?


Mitochondrien haben dynamische längliche Strukturen, sind mobil,
flexibel, verschmelzen und teilen sich häufig.
Äußere Membran:
enthält Kanäle, die den Austausch von Molekülen und Ionen zwischen
dem Mitochondrium und dem Cytosol ermöglichen
Innere Membran:
stark eingefaltet zur OF Vergrößerung Cristae
enthält viele Proteine:
Proteine, die die Redox-Reaktionen der oxidativen Phosphorylierung durchführen
ATP-Synthase
Transportproteine
Protein-Import-Maschinerie
Proteine zur Fusion und Spaltung von Mitochondrien

41. In welchem Zellkompartiment finden i) die Glykolyse


ii) die Decarboxylierung von Pyruvat iii) derCitratzyklus statt?
Die Glykolyse findet im Zytoplasma einer Zelle statt. In multizellulären Organismen – wie
beispielsweise dem Menschen – wird die Glykolyse in allen (differenzierten) Zelltypen durchgeführt.
Pflanzen betreiben die Glykolyse auch zusätzlich in den Plastiden.
Die Decarboxylierung von Pyruvat ist ein Teilprozess der Zellatmung, findet in der Matrix der
Mitochondrien statt.
Der Citratzyklus läuft bei Eukaryoten in der Matrix der Mitochondrien, bei Prokaryoten im
Zytoplasma ab.

42. Wieviel Energie kann aus Glucose i) in der Glykolyse bis zu Pyruvat ii) bis zur vollständigen
Oxidation zu CO2 und H2O gewonnen werden?
Glykolyse: Nettoergebnis pro Glukose 2 ATP und 2 NADH
Vollständige Oxidation 2872 kJ pro Mol Glucose
Aerober Metabolismus: Glucose + 6O2 + ~30 ADP + ~30 P 6CO2 + 36H2O + ~ 30 ATP

43. Aus welchen Komponenten besteht der Pyruvat--‐Dehydrogegase Komplex?


Kennen Sie weitere Enzymkomplexe, die ähnlich aufgebaut sind?
Komplex wird aus 3 Enzymen gebildet:
E1 Pyruvat-Dehydrogenase, enthält gebundenes TPP
E2 Dihydrolipoyl-Transacetylase, enthält 3 Lipnsäuren
E3 Dihydrolipoyl-Dehydrogenase, enthält gebundenes FAD
benötigt weiteres 5 Coenzyme (Thiaminpyrophosphat, Liponsäure, FAD, CoA, NAD+)
Multienzymkomplexe sind riesig, zählt zu der Familie der homologen Komplexe der auch die alpha-
Ketoglutarat-Dehydrogenase (Citratzyklus) angehört.
Die aufwendigen Strukturen erlauben die Wanderung der Gruppen von einem aktiven Zentrum zu
einem anderen.
Die aktiven Zentren sind mit Armen an den Kern der Struktur gebunden.
Familie der 2-Oxoacid-Dehydrogenase-Multienzymkomplexe
44. Wie wird die Pyruvat-Dehydrogenase reguliert?
NADH inhibiert NAD+ allosterische Hemmung des PDC durch [NADH]:[NAD+]
Acetyl-CoA inhibiert CoA  allosterische Hemmung des PDC durch [Acetyl-CoA]:[CoA]
allosterische Hemmung des PDC durch [ATP]:[ADP]
in Eukaryoten: E1 kann durch Phosphorylierung inhibiert werden
die Kinase kann durch die acetylierte Form von E2 aktiviert werden
ist der Energiebedarf niedrig wird PDC ausgeschaltet
In Muskelzellen:
während der Muskelkontraktion steigt das cytosolische Ca2+
Ca2+ stimuliert die Phosphatase, die die Pyruvat-Dehydrogenase phosphoryliert und damit
aktiviert
mitochondrialer Metabolismus wird so stimuliert

45. Vorteile von Multienzymkomplexen?


Enzymreaktionen sind diffusionskontrolliert
Enzymkomplexe verkürzen die Diffusionsstrecken
Channeling der Intermediate
Mehrere Reaktionen eines Multienzymkomplexes werden koordiniert reguliert

46. Die Liponsäure ist eine prosthetische Gruppe der Dihydrolipoyl-Transacetylase (E2)
des Pyruvat-Decarboxylase Complexes. In wlecher Form kommt es vor
und welche Gruppen kann es transportieren?
Kommt als Liponamid vor
Derivat der Liponsäure das mit der Seitenkennte eines Lysinrests
über eine Amidbindung verknüpftist.
Die im 1. Schritt an TPP gebundene Hydroxyethylgruppe wird zu einer Acetylgruppe oxidiert und auf
Liponamid übertragen.
Disulfidgruppe des Liponamids dient als Oxidationsmittel.
Von E1 katalysiert  liefert Acetylliponamid
Acetylgruppe des Acetylliponamids auf CoA übertragen
es entsteht Acetyl-Co-A und Dihydridroliponamid
Dihydroliponamid muss wieder zu Liponamid oxidiert werden.

47. Welche Vitamine werden für die Pyruvat--‐Dehydrogenase gebraucht?


Vitamin B1 (Thiamin)
TPP, proteingebundenes Liponamid, Coenzym A

48. Welche Vorteile bringt der Glyoxylat‐Zyklus den Organismen? Welche Organismen haben einen
Glyoxylat-Zyklus? Welche Schritte sind zwischen Glyoxylatzyklus und Zitratzylus identisch?
Umwandlung von C2-Verbindungen in C4-Verbindungen, wodurch Wachstum auf Basis von
Fettsäuren und C2-Verbindungen möglich ist deshalb könne Pflanzen und Mikroorganismen mit
Acetat wachsen.
dies ist möglich weil der Zyklus die zwei Decarboxylierungen des Zitratcyklus umgeht.
Reaktionen sind außer denen, die durch die Isocitrat-Lyase und die Malat-Synthase katalysiert sind,
gleich.

49. Was versteht man unter Substratkettenphosphorylierung? Nennen Sie drei Beispiele.
Die aus der Oxidation des Substrats gewonnene Energie wird in die Bildung von ADP + Pi ATP
gesteckt.
Ein phosphoryliertes Zwischenprodukt überträgt seine Phosphatgruppe auf ADP.
Glykolyse
Citratcyklus
Gärungen
50. Welche Bedeutung hat die Succinyl‐CoA Synthetase?
Woher kommt das Phosphat für die Bildung von GTP?
Alpha2beta2-Heterodimer; funktionelle Einheit alphabeta-Paar
Energie im Thioester wird in ein phosphatgruppenübertragungs Potential umgewandelt
1. Ersatz von CoA durch Orthophosphat Succinylphosphat entsteht
2. Histidinrest der alpha-Einheit entfernt Phosphorylgruppe Succinat und Phosphohistidin.
3. Phosphohistidinrest schwenkt zu Nucleosiddiphosphat GTP gebildet.
Phosphat befindet sich im Cytosol.

51. Welche Funktionen hat ATP in der Zelle? (2)


ATP ist sehr wichtig um Energie bereit zu stellen. Beinahe alle bzw. alle
Stoffwechselwege benötigen in ihrem Verlauf irgendwo ATP.
- In RNA, DNA und Enzymen (z.B,.: telomerase) essentiell
- Für den Energie Metabolismus (ATP)
- Für Coenzyme (NADH, NADPH,…)
- Als Regulatoren und Signalüberträger ( cAMP, ..)

52, Zeichnen Sie die Struktur der vier Ribonukleotide und kennzeichnen Sie folgende Positionen:
die N7 Position der Purine, die C5 Position der Pyrimidine, die Position der
N-glykosidischen Bindung zur Ribose (4P)
Ribonucleotide- glyc. Bindung ist bei
Purinen am N9, bei Pyrimidinen am N1!

53, Zeichnen Sie die Struktur der vier Ribonukleotide und kennzeichnen Sie folgende Positionen:
die Watson-Crik Seiten, die Hoogsteen Seite, die Zuscherseite

54. Um welche Reaktion handelt es sich hier? Bei welchem Stoffwechselweg spielt diese eine Rolle?

PRPP Synthetase ist das Enzym- (inhibiert durch AMP, ADP, und GDP)
-PRPP: ein wichtiger Metabolit der de novo und Salvage Pathways
-weitere Rolle von PRPP= His and Trp Biosynthese
- Stoffwechselweg: PRPP wird in der Purin & Pyrimidin Biosynthese benötigt
55. Was ist PRPP (5-phospho-ribosyl 1-pyrophosphat)? Zeichen Sie die Struktur?
Was ist dessenFunktion?

Funktion:  Ist ein wichtiger Metabolit in der Purin und Pyrimidinbiosynthese


 weitere Rolle: Metabolit in Histidin und Tryptophan Biosynthese
(Bei der Purinbiosynthese: Syntheseweg läuft direkt an PRPP ab, daran werden
stückchenweise die einzelnen Bestandteile der Purine aufgebaut. Bei der Pyrimidinbiosynthese:
Pyrimidin wird hergestellt, die fertige Base wird dann an PRPP angehängt.)

56. Beschreiben Sie den Mechanismus des dargestellten Enzyms. Um welches Enzym handelt es sich
Beim welchem Syntheseweg kommt dieses vor? (3)
Enzym: Carbamoyl-Phosphat Synthase
Es gibt 2 Arten: CPS I: in den Mitochondrien (Harnstoffzyklus)
CPS II: im Cytoplasma (Pyrimidinsynthese!!)
Die CPS ist ein sehr großes Enzym mit 3 katalytischen Zentren:
-) Glutamin Hydrolyse- hier ist die Bindestelle für Glutamin ( Lieferant der
Ammoniumgruppe)
-) Bicarbonat Phosphorylierung- Bicarbonat wird durch ATP phosphoryliert
-) Carbaminsäure Phosphorylierung- Carbaminsäure wird durch ATP
phosphoryliert
Sie katalysier die Reaktion von Bicarbonat zu Carbamoylphosphat über die
Zwischenstufen:
Carboxyphosphat und Carbaminsäure

67. Was ist Inosine?


Inosin ist ein seltenes Nucleosid der RNA. Es besteht aus einer Ribose (Zucker)
und dem Hypoxanthin, einer Base, die ein Purin als Grundgerüst hat.
Es handelt sich dabei um ein Purinnukleosid, welches als Zwischenprodukt des
Purinstoffwechsels entsteht.

68. Welche Reaktion katalysiert die Ribonukleotid Reduktase? (2)


Dieses Enzym kann alle 4 Ribonukleotide zu 2´Desoxyribonukleotiden reduzieren.
Das E.coli Enzym ist am besten untersucht: es besteht aus 4 UE- 2 UE kommen jeweils 2x vor- R1 und
R2. Die R2´ Untereinheit hat ein Tyrosin das direkt an der Katalyse beteiligt ist und einen Ferritin-
Komplex. An den R2 UE sind Cysteine gebunden.
Mechanismus: Ein Elektron wird von einem Cysteinrest in R1 zu einem Tyrosylradikal in R2
übertragen und erzeugt so ein hochreaktives Cysteinthiylradikal.
2) Dieses Radikal zieht ein Wasserstoffatom vom C-3' der Riboseeinheit ab.
3) Das Radikal am C-3' verursacht die Entfernung der Hydroxylgruppe vom C-2'- Kohlenstoffatom.
Verbunden mit einem Proton von einem zweiten Cysteinrest wird die Hydroxylgruppe als Wasser entfernt.
4) Ein Hydridion wird, unter gleichzeitiger Ausbildung einer Disulfidbrücke, von einem dritten Cysteinrest
übertragen.
5) Das Radikal an C-3' fängt das ursprünglich abgespaltene Wasserstoffatom wieder ein.
6) Zur Reduktion des Thiylradikals wird ein Elektron von R2 und ein Proton übertragen. Das
Desoxyribonucleotid ist frei und kann R1 verlassen. Vor Beginn eines weiteren Zyklus muss das im
aktiven Zentrum entstandene Disulfid reduziert werden.

69. Welches Enzym wandelt UMP in TMP um? Woher stammt die Methylgruppe für diese Reaktion?(2)
Die Thymidylat-Synthase. Methylentetrahydrofolsäure liefert die
Methylgruppe. Wird dadurch zu Dihydrofolat Tetrahydrofolat. Dieses
Tetrahydrofolat muss regeneriert werden (Serin ist die Quelle für die
CH2 Gruppe)

70. Was wissen Sie über die Dihydrofolat Reduktase? In welchen Therapien werden Inhibitoren dieser
Enzyme eingesetzt? Warum inhibieren dieses das Zellwachstum?
Die Dihydrofolatreduktase wird zur Regenerierung von Tetrahydrofolat aus Dihydrofolat benötigt.
Dieser Schritt ist wichtig bei der Umwandlung von UMP zu TMP (für die DNA), das Enzym ist die
Thymidylat Snthase- siehe Frage9) Die Dihydrofolatreduktase benötigt NADPH +H+ NADP+.
Es ist der erste von zwei Schritten zur Regenerierung von Methylentetrahydrofolat.
Die Dyhodrofolat Reduktase ist ein wichtiges Target für Chemotherapeutika. Sie inhibieren die
Umwandlung von UMP zu TMP, deshalb gibt es kein Thymidin für die DNA-Synthese Kein
Zellwachstum.

71. Wie wirken Sulfonamide? (2)


=Antibiotika. Inhibieren die Folatbiosynthese und blockieren die Purinbiosynthese.
(wiki:) Sie inhibieren jenes Enzym des Stoffwechselweges der Folsäure-Synthese kompetitiv, welches
die Dihydropteroinsäure-Bildung katalysiert. Eukaryotische (und damit auch menschliche) Zellen
werden hiervon nicht beeinträchtigt, da diese Folsäure nicht selbst erzeugen.

72. Was versteht man unter „Zuckerpucker?“ In welcher Form liegt der Zucker in der A-Form Helix und in
der B-Form Helix vor? Welche Helix Form nimmt DNA ein, und welche die RNA?
Das C5´ der Ribose schaut aus der Ebene der C-Atome heruas. Wenn das C3´ in Richtung
C5´ geschoben wurde  3´endo = RNA-A Form Helix.
Wenn das C2´ in Richtung des C5´ geschoben wurde  2´endo = DNA-B-Form Helix
Der Unterschied zwischen 3´ und 2´endo macht einen riesigen Unterschied in der Helix.
Die RNA kann keine 2´endo Struktur eingehen. Die DNA kann aber eine 3´endo Struktur eingehen wenn
sie durch die RNA in einem DNA-RNA Hybrid dazu gezwungen wird.

73. Erklären Sie folgendes Bild In welchen Strukturen kommen diese vor?
C2´Endo: beduetet, daß C2´ in Richtung C5´ verschoben ist.
Diese Form geht die DNA ein  B-Form Helix.
C3´ Endo: bedeutet, daß C3´ in Richtung C5´ verschoben ist.
Diese Form geht die RNA ein A-Form Helix
74. Erklären Sie die Art der Wechselwirkung auf dem folgenden Bild:

Wechselwirkungen zwischen lac-Repressor und DNA. Die DNA bindende Domäne des lac-Repressors,
eines genregulatorischen Proteins, heftet sich an ein DNA-Fragment, das die Sequenz enthält,
an die das Protein vorrangig bindet (und die man als Operator-DNA bezeichnet). Dabei dringt eine
α-Helix in die große Furche der Operator-DNA ein. Zu beachten ist dabei, dass sich zwischen einem
Argininrest des Repressors und einem GC-Basenpaar ein spezifischer Kontakt ausbildet
Beschreibung des Bildes: Es gibt eine Watson Crick Basenpaarung zwischen G und C (Atom 6,1 und
2 von G basenpaaren mit Atom 2, 3 und 4 von G). Arginin ist durch H-Brücken mit Atom 7 (N7) und
dem O Atom an C6 mit Guanin verbunden.

75. Erklären Sie die Art der Wechselwirkung auf dem folgenden Bild:

Struktur der Homöodomäne. Die Struktur eines


Heterodimers aus zwei verschiedenen DNA-bindenden
Domänen, jeweils auf der Basis einer Homöodomäne. Jede Homöodomäne besitzt
ein Helix-Kehre-Helix-Motiv, wobei eine Helix in die große Furche der DNA
hineingeschoben ist. Die Helix einer Homeodomäne interagiert mit der DNA über die
große Furche. Alpha Helices von Proteinen können sich sehr gut in die große Furche der
DNA hineinlegen und Sequenzspezifisch binden. (Die DNA Sequenz kann auch gelesen
werden wenn sich die DNA in einem Doppelstrang befindet- B-Form DNA )

76. Erklären Sie die Art der Wechselwirkund auf dem folgenden Bild:
Es handelt sich hierbei um einen Leucin-Zipper. Das
Heterodimer besteht aus zwei Proteinen mit einer
basischen Leucin-Zipper- Domäne. Die basische Region liegt in der großen
Furche der DNA. Der Leucin-Zipper-Anteil stabilisiert das Proteindimer.
Dieses Motif zeigt eine Wechselwirkung mit der DNA über die große Furche.
Alpha Helices von Proteinen können sich wunderbar in die große Furche der
DNA reinlegen und hier sequenzspezifisch binden.
77, Erklären Sie die Art der Wechselwirkund auf dem folgenden Bild:
Zinkfingerdomänen. Dargestellt ist eine DNAbindende
Domäne aus drei Cys2His2-Zinkfingerdomänen
(gelb, blau und rot) in einem Komplex mit der DNA.
Jede Zinkfingerdomäne wird durch ein gebundenes
Zinkion (grün) über Wechselwirkungen mit zwei Cysteinund
zwei Histidinresten stabilisiert. Auffällig ist dabei, wie
sich das Protein in der großen Furche um die DNA windet.
Eine aplha Helix eines Protein bindet die DNA über die große
Furche.
Alpha Helices von Proteinen können sich wunderbar in die große
Furche der DNA reinlegen und hier sequenzspezifisch binden.
Die Sequenz der DNA kann auch in ihrer Doppelhelixform gelesen werden. Darum können Proteine
sie sequenzspezifisch binden.

78. Erklären Sie die Art der Wechselwirkund auf dem folgenden Bild:
Ein Nucleosomen-Core-Partikel. Die Struktur besteht aus
einem Core aus acht Histonproteinen, um den die DNA
gewunden ist. A) In dieser Ansicht erkennt man, wie die
DNA sich um das Histon-Core wickelt. B) Die gleiche Struktur
um 90 Grad gedreht. Man erkennt, dass die DNA auf ihrem
Weg um den Core-Bereich eine linksgängige Superhelix
bildet. DNA ist 2x um Histone gewickelt. Die Histone
enthalten sehr viele Lysine- die bei physiologischem pH-Wert positiv geladen sind das bewirkt eine starke
Wechselwirkung mit der negativ geladenen DNA. Histon Komplexe sind als über Ionen Wechselwirkungen
schön stabilisiert.

79. Welche Reaktion katalysiert die Histonacetyltransferase? Welche Folge hat dies Reaktion auf die
Zugänglichkeit der DNA?
Dieses Enzym acetyliert Histone. Die Histone werden dadurch neutral geladen. (Histone haben viele
Lysine, die sind bei physiologischem pH-Wert positiv geladen, was eine sehr gute und starke
Wechselwirkung mit der DNA zur Folge hat- ist über Ionen Wechselwirkungen stabilisiert) Sind die
Histone nun nicht mehr positiv geladen sondern neutral ist die Wechselwirkung mit der DNA
schlechterdie DNA wird aufgelockert  kann Transkribiert werden!
(die Acetylierung kommt von Acetyl-CoA)

80. Was ist eine Bromodomäne?


Bromodomänen sind Domänen in Proteinen die acetylierte Histone erkennen können und daran
binden = Aktivatoren der Transkription! Je nachdem wie Histone modifiziert sind binden
verschiedenen Proteine dran.

81. Woran sind Watson-Crick-Basenpaare zu erkennen und von anderen Basenpaare zu unterscheiden?
Die Watson-Crick-Basenpaarungen basieren auf der experimentellen Beobachtung von
E. Chargaff. Die Chargaff-Regel besagt, dass es innerhalb der DNA immer genauso viele
Adenosine wie Thymidine, bzw. genauso viele Cytidine wie Guanosine gibt.
Ungewöhnliche Paarungen treten vor allem in tRNAs und in Tripelhelices auf. Sie folgen zwar
dem Watson-Crick-Schema, bilden aber andere Wasserstoffbrückenbindungen aus: Beispiele:
Reverse-Watson-Crick-Paarungen, Hoogsteen-Paarungen und Reverse-Hoogsteen-Paarungen

82. Erklären Sie den Mechanismus der Reaktion einer Topoisomerase!


1.) Die Topoisomerase bindet an die DNA.
2.) Ein Tyrosin der active site greift die Phosphodiesterbindung eines DNA-Stranges an, spaltet sie und
erzeugt eine kovalente 5'-Phosphotyrosyl-protein-DNA-Bindung.
3.) Das Enzym wechselt in die offene Konformation. Der nichtgeschnittene DNA-Strang schiebt sich
durch den Bruch im ersten Strang.
4.) Das Enzym liegt in der geschlossenen Konformation vor. Das freigelegte 3'-OH greift die 5'-
Phosphotyrosylprotein-DNA-Bindung an und schliest den geschnittenen DNA-Strang wieder.
5.) Die DNA wird freigesetzt, oder es beginnt ein neuer Zyklus.
83. Warum braucht eine Topoisomerase kein ATP um die Phosphodiester-Bindung
am DNA-Rückgrad zu schließen?
Die Reaktion, die die Topoisomerase durchfuhrt, ist eine Transesterifizierung.
Im Gegensatz zur Hydrolyse ist die Transesterifizierung mit der Ausbildung einer neuen
Phosphodiesterbindung und somit mit dem Erhalt der Bindungsenergie verbunden.
Eine nachfolgende Ligationsreaktion kann daher unabhangig von ATP erfolgen.

84. Wie unterscheiden sich eine B-Form DNA Helix von einer A-Form RNA Helix?
Welche Folgen haben diese Unterschiede für die Funktion?
B-DNA
Die Major Groove ist breit und tief. Die Minor Groove ist eng und tief.
Kommt in der Natur vor, die Beeinflussung durch H2O bewirkt, dass die DNA die B-Strukturform annimmt.
A-DNA
Die Major Groove ist eng und tief. Die Minor Groove ist breit und flach.
Die OH-Gruppe am C2-Atom bewirkt, dass die RNA die A-Strukturform annimmt.
In einer DNA B-Form Helix konnen Proteine sequenzspezifisch binden (z.B. eine Alpha-Helix passt da gut rein),
die Sequenz kann gelesen werden, ohne, dass die Helix aufgewunden werden muss. Viele Domanen von
DNA-bindenden Proteinen passen nur in die Major Grooves der B-Form, aber nicht in die enge Major Grooves
der A-Form.
Bsp: Helix-Turn-Helix Motiv

85. Erläutern Sie die gezeigte Struktur! Um welches Motif handelt es sich? In welchem Prozeß spielt diese
eine Rolle? Wofür ist die angezeigte Interaktion spezifisch? Warum ist sie spezifisch?
-> A-minor Motif
Testet beim Dekodieren, ob die Codon-Anticodon Wechselwirkung korrekt ist.
Schließt die Insertion der minor groove Seiten von Adeninen in die minor groove von
benachtbarten Helices ein. Hat 4 Untertypen, abhängig von der Position des Adenins
zu dem interagierenden Watson-Crick-Basenpaar.

86. Welcher Reaktionsmechanismus ermöglicht die Bildung von Phophodiesterbindungen


ohne die Hydrolyse von ATP? Nennen Sie je ein Beispiel für eine proteinkatalysierte und
eine RNA-katalysierte Phosphodiesterbildung und erläutern Sie den Mechanismus.
Die Transesterifizierung. Ein Ester wird in einen anderen uberfuhrt. Der Alkoholrest eines
Esters wird durch einen anderen Alkoholrest ersetzt.
Im Gegensatz zur Hydrolyse ist die Transesterifizierung mit der Ausbildung einer neuen
Phosphodiesterbindung und somit mit dem Erhalt der Bindungsenergie verbunden. Eine
nachfolgende Ligationsreaktion kann daher unabhangig von ATP erfolgen.
Beispiel für proteinkatalysierte Phosphodiesterbildung:
-> Elongation einer DNA-Kette durch die DNA Polymerase I.
Mg2+ Ionen sind mit der Phosphatgruppe des hinzukommenden Nucleosidtriphosphats und
3 Asp-Resten des Enzyms koordiniert. Ein Mg 2+ -Ion erleichtert den Angriff der 3'-OH-Gruppe des
Primers auf das a-Phosphat des Nucleosidtriphosphats; das andere Mg 2+
-Ion erleichtert die Verdrangung des Pyrophosphats.
Beispiel fur RNA-katalysierte Phosphodiesterbildung:
-> Selbstspleisende RNA-Introns.
Die 3'-OH Gruppe eines RNA Nukleotids wirkt als Nucleophil und greift das Phosphat an der
5'-Spleisstelle an. Das 3'-OH des 5'-Exons wird zur nucleophilen Gruppe und schliest die Reaktion ab.

87. Welche Aktivitäten hat die DNA-Polymerase I? Wozu dienen diese?


1.) 5'  3' DNA-abhangige DNA-Polymeraseaktivitat
Dient der Synthetisierung eines neuen DNA-Stranges uber ein DNA-Template.
2.) 3'  5' Exonucleaseaktivitat
Dient dem Proofreading in der DNA-Replikation.
3.) 5'  3' Exonucleaseactivitat
Dient der Nick Translation bei der DNA-Reparatur. (Ein Strangbruch wird verschoben)
Auserdem Entfernung der RNA-Primer bei der DNA-Replikation.
4.) 5'  3' RNA-abhangige DNA-Polymeraseaktivitat
Synthetisierung eines neuen DNA-Stranges uber ein RNA-Template.
88. Wie wird der RNA-primer während der Replikation in E. coli entfernt?
Entfernung durch die 5 -> 3 Exonuclease-Aktivitat der DNA Polymerase I.
Die DNA wird von demselben Enzym ersetzt. Der verbleibende Einzelstrangbruch
wird durch die DNA-Ligase geschlossen. Bei E.coli wird dabei NAD+ zu NMN umgesetzt.

89. Wozu braucht die DNA Polymerase I die 5´-3´ Nuklease Aktivität?
Bedeutung fur die DNA-Reparatur und die Entfernung der RNA-Primer bei der
DNA-Replikation. Am Beginn der DNA-Synthese steht ein „Nick“, d.h. ein Einzelstrangbruch
mit einem freien 3'-OH und einem 5'-Phosphat. Die Polymerase I verlangert den zur Matrize
komplementaren Strang und verschiebt den Nick dabei an der DNA entlang – daher die
Bezeichnung „Nick-Translation“. Wenn die Polymerase sich von der DNA lost, bleibt der
Nick zuruck und wird von einem anderen Enzym geschlossen.

90. Wozu braucht die DNA Polymerase I die 3´-5´Nuklease-Aktiviät?


Dient dem Proofreading bzw. der Fehlerkorrektur bei der DNA-Replikation.
Eine falsch gepaarte Base verhindert die Verschiebung der DNA-Polymerase I an die nächste Reaktionsstelle.
Das Enzym gleitet ruckwarts, korrigiert den Fehler mit seiner 3' → 5'-Exonucleaseaktivitat und
nimmt dann die Polymerasetatigkeit in der 5' → 3'-Richtung wieder auf.

91. Was ist das Telomer-Problem? Woher ommt es und wie wird es gelöst?
Die DNA-Synthese kann nicht auf ubliche Weise erfolgen. Am 5'-Ende des Folgestranges
hinterbleibt ein ungepaartes Stuck DNA, sobald der RNA-Primer entfernt wird. Die
DNA-Polymerase kann diese Lücke nicht auffullen, da das 3'-OH Ende fehlt. Bei der nachsten
Runde der Replikation wird das Chromosom genau um dieses Stuck kurzer. Es geht also stets
ein Stuck DNA an den Telomeren verloren. Es wird angenommen, dass das "Telomer-Problem"
einen Grund fur die begrenzte Teilungsfahigkeit von Zellen darstellt.
Losung:
Es existiert in der Zelle ein spezieller RNA-Primer, der an eine Telomerase gebunden ist.
Diese synthetisiert an ihrer mitgebrachten Matrize (die am ausersten Ende des parentalen
Stranges bindet) eine komplementare DNA-Sequenz, die nun diesen Strang am 3'-Ende verlängert.

92. Wie werden die Enden der linearen Chromosomen verlängert?


Telomere sind die Endstucke der Chromosomen. Werden durch die Telomerase hergestellt.
Telomerase: Protein-RNA-Komplex
Mechanismus der Telomerase: Der Ribonucleoprotein-Komplex dient als reverse Transkriptase
mit eingebauter RNA-Matrize. Die RNA der Telomerase ist komplementar zu der Telomer-DNA
und dient hier als Matrize fur die Verlangerung des 3'-Endes des Telomerstrangs. Das 5'-Ende
wird darauf durch die normale Folgestrangsynthese aufgefüllt.

93. Welche Enzymart ist die Telomerase? Woher stammt die Information für die Sequenz der Telomere?
Enzymart: Transferase, Bei Wirbeltieren: TTAGGG

94. Warum müssen Proteine kontrolliert abgebaut werden? Womit werden Proteine
für den Abbau markiert? Wie funktioniert dieser Abbau?
Damit sie keinen ungewollten Einfluss auf den Zellzyklus ausuben.
z.B: CYCLIN B ist fur die Regulation des Zellzyklus wichtig. Es wird in der Anaphase abgebaut
um eine vorzeitige Initiation eines weiteren Zellzyklus zu verhindern.
Proteine werden mit Ubiquitin fur den Abbau markiert. Ubiquitin bindet kovalent an die ε-Aminogruppen
mehrerer Lysinreste an dem zum Abbau bestimmten Protein. (E18 S31)
Vier Ubiquitinmolekule sind uber Isopeptidbindungen miteinander verknupft. An ein Zielprotein angeheftet
ist diese Einheit das primare Signal fur dessen Abbau. (E18 S33)
Proteinabbau:
Proteinverdauung ist in erster Linie auf die Einwirkung von Pankreasenzymen zuruckzufuhren. Mit dem
Darmepithel assoziierte Aminopeptidasen verdauen die Proteine noch weiter. Durch spezielle Transporter
werden
AS, Di- und Tripeptide in die Dunndarmzellen absorbiert. Die anschliesend ins Blut abgegebenen freien AS
konnen
dann von anderen Geweben aufgenommen werden. (E18 S30)
20S-Proteasom:
• besteht aus 28 homologen UE (a,b); b-Untereinheiten weisen an ihren Aminotermini aktive
Proteasezentren auf
• ist ein Proteinkomplex und verarbeitet im Cytoplasma und im Zellkern Proteine zu
Fragmenten
• gehort zu der Gruppe der Hydrolasen (Peptidasen)
Proteasom und andere Proteasen erzeugen freie AS. Mit Ubiquitin gekennzeichnete Proteine
werden zu Peptidfragmenten verarbeitet – Ubiquitin wird entfernt und wiederverwertet.
Peptidfragmente werden weiter zu freien AS abgebaut. (E18 S36)

95. Skizzieren Sie eine tRNA und nennen Sie deren wichtigen funktionellen Positionen

96. Nennen Sie 3 Modifizierungen von Basen an tRNA's


ml Methylinosin
UH2 Dihydrouridin
T Ribothymidin
ψ Pseudouridin
mG Methylguanosin
m2G Dimethylguanosin
I Inosin (ist Teil des Anticodons)

97. Welche Sequenz haben tRNA's am 3'-Ende? Warum sind diese konserviert und was ist
deren Funktion?
• 5'-CCA -3'
• hier wird mittels der Aminoacyl-tRNA-Synthetase die t-RNA mit der entsprechenden AS
beladen (am 3'-OH der Ribose das Adenins)
• Funktion: Interaktion mit der 23S rRNA – hilft die tRNA's in richtiger Position und
Orientierung zu halten
• warum konserviert: tRNAs tragen aktiv zur Proteinsynthese bei. Interessanterweise erfullen
tRNAs aber nicht nur diese passive Funktion als Adaptoren in der Translation, sondern sind
an vielen weiteren Funktionen in der Zelle beteiligt, deren Anzahl durch neue
Forschungsergebnisse immer groser wird [1]. So ubernimmt die tRNA in der P-Stelle des
Ribosoms beim Peptidyltransfer tatsachlich eine zentrale Rolle und aktiviert mit seiner
terminalen 2’-OH-Gruppe am CCA-Ende die Aminogruppe der Aminoacyl-tRNA in der AStelle.
Wird diese OH-Gruppe der tRNA jedoch gegen eine nicht reaktive Gruppe ausgetauscht, so
findet die Verknüpfungsreaktion zwischen der Peptidkette und der einzubauenden Aminosäure
im Ribosom praktisch nicht mehr statt. Dies zeigt, dass die tRNA nicht als passiver Aminosaure
-Lieferant anzusehen ist, sondern einen direkten Beitrag zur Katalyse der Proteinsynthese beiträgt.

98. In welchem Kompartiment werden Ribosomen assembliert?


 Nucleolus ist der Hauptort der Ribosomenherstellung
• lange rRNA-Vorlaufermolekule werden gebildet und oft schon wahrend der
Synthese in die einzelnen rRNA-Arten aufgetrennt
• Neusynthetisierte ribosomale Proteine finden ihren Weg aus dem Cytoplasma in
den Nucleolus und lagern sich an die rRNA.
• dazu kommt die andernorts im Zellkern gebildete 5S-rRNA
• insgesammt entseht so die Grundstruktur der Ribosomen, die dann ins Cytoplasma
gelangen und dort duch Anlagerung weiterer Proteine ihren letzten Schliff erhalten

99. Was sind tRNA Synthetasen? Wie funktionieren sie? Was ist deren wichtigste Bedeutung?
• Enzyme, wichtig fur die Translation
• Funktion: tRNA's abhangig von ihrer Anticodonsequenz mit den spezifischen AS zu beladen
1. Aminosäure + ATP = Aminoacyl-AMP + Ppi
2. Aminoacyl-AMP + tRNA = Aminoacyl-tRNA + AMP
• 27-19 Aminoacylierung der tRNA durch die Aminoacyl-tRNASynthetase.
In ersten Schritt wird Aminoacyladenylat gebildet, das am aktiven Zentrum gebunden
bleibt. Im zweiten Schritt wird die Aminoacylgruppe auf die tRNA ubertragen. Dieser Schritt
lauft bei den beiden Klassen der Aminoacyl-tRNASynthetasen nach einem etwas anderen
Mechanismus ab. Bei den Enzymen der Klasse I wird (Schritt 1 ) die
Aminoacylgruppe zunachst auf die 2'-Hydroxylgruppe des 3'-terminalen Adenylats und
dann (Schritt 2 ) durch eine Umesterungsreaktion auf die 3’-Hydroxylgruppe ubertragen.
Die Enzyme der Klasse II ubertragen die Aminoacylgruppe unmittelbar auf die 3'-
Hydroxylgruppe des endstandigen Adenylats (Schritt 3).

100. Was ist das Signalerkennungspartikel (SRP)? Woraus besteht es und welche Funktion hat es?
• Ribonukleoprotein
• beteiligt am cotranslationalen Transport von Proteinen in das ER von
Eukaryoten und die
Plasmamembran von Prokaryoten
• besteht aus 6 Proteinen und einem RNA-Molekul mit 300 Nukleotiden

• Proteinsynthese beginnt am freien Ribosom


• Nachdem die Signalsequenz aus dem Ribosom herausgetreten ist, wir sie vom
SRP gebunden (die Proteinsynthese halt an)
• Der SRP-Ribosom-Komplex lagert sich an den SRP-Rezeptor in der ER-Membran
• Der SRP und der SRP-Rezeptor hydrolysieren gleichzeitig
das jeweils gebundene GTP, die Proteinsynthese wird fortgesetzt. Der SRP ist
wieder frei und kann neue Signalsequenzen binden

101. Nennen Sie die Komponenten des E. coli Ribosoms und welche Funktionen diese bei der Translation
haben
• grose UE (50S): Peptidbindung
• 23S rRNA
• bildet das Peptidyltransferasezentrum und katalysiert die Bildung der Peptidbindung
• interagiert mit den Konservierten AS des 3'-Endes der t-RNA
• hilft somit die tRNA's in richtiger Position und Orientierung zu halten
• kleine UE (30S): Dekodierung
• 16S rRNA
• kontrolliert die Basenpaarung zwischen Codon (mRNA) und Anticodon (tRNA)
• Adenin 1493
a. generell konservierte Base der 16s rRNA
b. bildet H-Brucken mit Basen des Codons und des Anticodons aber
NUR wenn die Basenpaarung korrekt ist (a minor motif)
102. Wie wird sichergestellt, dass die Codon-Anticodon Wechselwirkung korrekt ist?
Die 16S-rRNA kontrolliert die Basenpaarung zwischen Codon und Anticodon. Adenin 1493,
eines von drei generell konservierten Basen in der 16S-rRNA, bildet Wasserstoffbrücken
sowohl mit den Basen im Codon als auch im Anticodon, aber nur dann, wenn Codon und
Anticodon korrekt gepaart sind. Die Adenine(es gibt 2 universell konzentrierte Adenine= A1492 & A1493)
der 16S rRNA messen den Abstand der Ribosen zwischen den Codon-Anticodon WW. Sie
schieben sich in die kleine Furch hinein und messen den Abstand, der nur bei korrekter
Watson-Crick Paarung stimmt(=11 A). Adenin 1493 bildet dann Wasserstoffbrücken sowohl
mit den Basen im Codon als auch im Anticodon. Der Abstand von N1 Position und 2´OH Gruppe
von der Ribose ist das, was misst, wie groß der Abstand ist.

103. Welche sind die wichtigsten Modifikationen der ribosomalen RNAs? (2)
alle Modifikationen benötigen kleine nucleoläre RNAs (snoRNAs).
Die wichtigsten Modifikationen sind Methylierungsreaktionen und Pseudouridylierungen.

104. Was wissen Sie über den Mechanismus der Bildung der Peptidbindung?
– Der erste Elongationsschritt bei Bakterien: Bindung der zweiten AminoacyltRNA.
– Der zweite Elongationsschritt bei Bakterien: Bildung der ersten Peptidbindung.
Bei der Peptidyltransferase, die diese Reaktion katalysiert, handelt es sich um das 23SrRNA- Ribozym
Die N-Formylmethionylgruppe wird auf die Aminogruppe der zweiten Aminoacyl-tRNA in der A-Stelle
übertragen, sodass eine Dipeptidyl-tRNA entsteht. In diesem Stadium verschieben sich beide am Ribosom
gebundenen tRNAs an der 50S Untereinheit und nehmen einen hybriden Bindungszustand ein. Die entladene
tRNA verschiebt sich, sodass sich ihr 3'- und ihr 5'-Ende an der E‑ Stelle befinden. Entsprechend wandern
das 3'- und das 5'- Ende der Peptidyl-tRNA zur P-Stelle. Die Anticodons verbleiben an der A‑ und P‑ Stelle
– Der dritte Elongationsschritt bei Bakterien: Translokation.

105. Wie kommt es zur Zirkularisierung der eukaryontischen mRNA?


Durch gleichzeitige Wechselwirkung mit dem cap-Bindeprotein eIF4E und dem poly(A)-
Bindeprotein (PABP) kann eIF4G eine Zirkularisierung der mRNA herbeiführen.
GENAUER: Abbau in 5´-3´-Richtung: Nachdem der Poly(A)-Schwanz und somit die Bindestellen für
Pab1p entfernt wurden, kann das Entfernen der m7Gppp-cap-Struktur, das sogenannte decapping
der mRNA erfolgen. Die m7Gppp-Cap-Struktur am 5´-Ende der mRNA wird von der eIFE-Untereinheit
des Translationsinitiationsfaktors eIF4F gebunden. Die Untereinheit eIF4G bindet sowohl an eIF4E als
auch an Pab1p. Die dadurch verursachte Zirkularisierung der mRNA stimuliert den Aufbau des
Translationsinitiationskomplexes am 5´-cap und bewirkt dadurch eine gesteigerte Translation.

106. Wie werden tRNAs prozessiert? Prozessierung der prä-rRNA-Transkripte in Bakterien:


1. Vor der Spaltung wird der Vorläufer der RNA (30S) an ganz bestimmten Basen methyliert (rote Striche), und
einige Uridinreste werden in Pseudouridinreste (blaue Striche) oder Dihydrouridinreste (schwarze Striche)
umgewandelt. Die Methylierungsreaktionen unterteilen sich in mehrere Typen, von denen einige an Basen
stattfinden und andere an 2'-Hydroxylgruppen.

2. Durch Spaltung werden die Vorläufer der rRNAs und tRNA(s) freigesetzt. Die Spaltung erfolgt am
Punkt 1 durch die Enzyme RNase III, am Punkt 2 durch RNase P und am Punkt 3 durch RNase E.
Wie später im Haupttext noch genauer erläutert wird, ist RNase P ein Ribozym.

3. Die Endprodukte, 16S-, 23S- und 5SRNA, entstehen durch die Aktivität verschiedener spezifischer Nucleasen.
Die 7 Exemplare des prärRNA- Gens im Chromosom von E. coli unterscheiden sich in Zahl, Lage und Typ der
tRNAs, die in ihrem Primärtranskript enthalten sind. In manchen Kopien des Gens liegen zusätzliche Abschnitte
für tRNA zwischen den Segmenten für die 16S- und 23SrRNA sowie ganz am 3'-Ende des Primärtranskripts
Prozessierung der prä-rRNA-Transkripte in Wirbeltieren.
Während der Transkription wird das 45SPrimär- transkript in den nucleolären, präribosomalen 90SKomplex
eingebaut, in dem die Prozessierung der rRNA und der Zusammenbau der Ribosomen eng miteinander
gekoppelt sind.
1. Der 45S-Vorläufer wird an mehr als 100 seiner 14 000 Nucleotide entweder an den Basen oder an den 2'-OH-
Gruppen methyliert, einige Uridine werden in Pseudouridine umgewandelt und ein paar weitere
Modifikationen finden statt.
2. Eine Reihe von enzymatischen Spaltungen des 45SVorläufers liefern die 18S-, die 5,8S und die 28SrRNAs, und
die ribosomalen Untereinheiten nehmen schrittweise Gestalt an wie auch der Zusammenbau der Ribosomen
voran schreitet. Die Spaltungsreaktionen und alle Modifikationen benötigen kleine nucleoläre RNAs (snoRNAs),
die in Proteinkomplexen zu finden sind (snoRNPs), welche im Nucleolus lokalisiert sind und an Spleißosomen
erinnern. Die 5S-rRNA entsteht separat

107. Beschreiben Sie den Prozess der Dekodierung


Die 3. Position von Codons kann variieren und trotzdem für die gleiche AS kodieren. Es gibt 64
Codons, aber nicht so viele AS.
An der 3. Stelle vom Codon/1. Stelle vom Anticodon hat man oft Inosin(=modifiziertes Nukleotid).
Inosin kam schon bei der Deaminierung vor. Inosin kann sowohl mit Cytidin, Uridin und Adenosin
basenpaaren. Es gibt viele modifizierte Basen in der tRNA (Dihydrouridin, Methylinosin..).
tRNA geht so lange „ein und aus“ beim Ribosom, bis eine tRNA kommt, die mit 1 oder 2 Basen vom
Codon paart. Wie wird nun getestet, dass die richtige Codon-Anticodon-Wechselwirkung da ist? Die
Adenine (es gibt 2 universell konzentrierte Adenine= A1492 & A1493) der 16S rRNA messen den Abstand
der Ribosen zwischen den Codon-Anticodon WW. Sie schieben sich in die kleine Furch hinein und
messen den Abstand, der nur bei korrekter Watson-Crick Paarung stimmt(=11 A). Adenin 1493 bildet dann
Wasserstoffbrücken sowohl mit den Basen im Codon als auch im Anticodon. Der Abstand von N1 Position
und 2´OH-Gruppe von der Ribose ist das, was misst, wie groß der Abstand ist. Die
Geometrie des Watson-Crick-Basenpaares spielt eine wichtige Rolle  wichtig bei der DNA
Replikation, bei der RNA Transkription(=Proteine messen den Abstand) und bei der Translation(RNA
die misst). Das wird bei der Positon 1 und 2 gemacht, bei der Position 3 gibt es nur eine WW mit dem
Codon, jedoch nicht mit dem Anticodon(da Wobble).
Die richtige Basenpaarung und die Geometrie ist für viele Prozesse wichtig!
Die Aminoacylierung der tRNA ist die Beladung der tRNA mit der passenden AS, die auch gleichzeitig
aktiviert wird. Das funktioniert so, dass eine Aminoacylgruppe mit dem Adenylat verbindet, das sich am
-
3´-Ende der tRNA befindet. Es ist eine Esterbindung zwischen dem COO der Aminoacylgruppe und dem
OH am C3 von dem Zucker, der mit dem Adenin verknüpft ist.
AS +ATP = Aminoacyl-AMP + PPi
Aminoacyl-AMP +tRNA = Aminoacyl-tRNA +AMP
Die Aminoacylierung wird durch die Aminoacyl-tRNA-Synthetase bewerkstelligt. Diese werden auch
aktivierende Enzyme genannt und katalysieren die Aktivierungsreaktion. Für jede AS existiert jeweils
eine eigne Aminoacyl-tRNA-Synthetase und jede Klasse ist für jeweils 10 AS zuständig. Die Synthetase
ist auch in der Lage zwischen den spezifischen Eigenschaften der AS zu unterscheiden und somit die
richtige auszuwählen.
Im 1. Schritt wird das Aminoacyladenylat(Aminoacyl + AMP) gebildet, das am aktiven Zentrum
gebunden bleibt.
Im 2. Schritt wird die Aminoacylgruppe auf die tRNA übertragen. Hier gibt es 2 unterschiedliche
Mechanismen.

108. Was ist Pseudouridin?


Pseudouridin (abgekürzt Ψ) ist ein natürlich vorkommendes Nukleosid. Pseudouridin (Ψ) wurde
als erstes modifiziertes Nukleosid entdeckt und zählt zu den häufigsten modifizierten Nukleosiden.
Es kommt insbesondere in tRNA in der TΨC-Scheife vor.
Zur Bildung des Pseudouridins wird die Base Uracil entfernt und über C-5 wieder an den Zucker
angeheftet. Manche derart modifizierten Basen stehen in allen tRNAs an charakteristischen Stellen.
Pseudouridin wird erst nach der Transkription (posttranskriptional) aus Uridin gebildet. Diese
Isomerisierung katalysieren Ψ-Synthasen, was in der Literatur als Pseudouridylation bezeichnet wird.
tRNAs haben charakteristische Strukturmerkmale  Anticodonarm enthält D-Arm und T Ψ C-Arm
mit dem in der RNA sonst nicht vorkommenden Ribothymidin und Pseudouridin. D-Arm und T Ψ C-Arm
tragen wichtige WW zur Faltung des gesamten tRNA-Moleküls bei, spezifische Funktionen konnte man
diesen Regionen aber nicht zuordnen.
109. Wozu dienen snoRNAs?
– sno-RNA (small nucleolar ribonucleoproteins) gehört zur nicht kodierenden RNA.
– Spaltungsreaktionen und alle Modifikationen benötigen kleine nucleoläre RNAs (snoRNAs), die in
Proteinkomplexen zu finden sind (snoRNPs), welche im Nucleolus lokalisiert sind und an
Spleißosomen erinnern.
– sno RNAs sind an der Prozessierung und Modifikation anderer Ribonukleinsäuren - insbesondere
ribosomaler RNA (rRNA) - beteiligt. Sie arbeiten als guide RNAs, indem sie die katalytischen
Proteine an die richtigen Stellen der RNA bringen. Die Modifikationen, die durch diese snoRNPs
in die ribosomalen RNAs eingeführt werden, sind essentiell für die Funktion des Ribosoms
(Translation) und die in den snRNAs essentiell für das Splicing.

110. Erläutern Sie die CAP Struktur von eukaryontischen mRNA s.


Caps am 5´ Ende: dargestellt sind Strukturen von Caps am 5´-Ende eukaryotischer mRNAs.
Alle Caps enthalten 7-Methylguanylat (rot), das über eine Triphosphatbindung an den
Zucker am 5´-Ende geknüpft ist. Cap 0 besitzt keine methylierte Ribose, Cap 1 eine und in
Cap 2 sind zwei Ribosen methyliert. Das Produkt der Polymerase II, das prä-mRNA Transkirpt, erhält
eine 5´-Cap-Struktur und einen 3´-Poly(A)-Schwanz.

111. Nennen Sie 2 Proteine, die an der Translation beteiligt sind und durch die Hydrolyse von GTP reguliert
werden?
Initiationsfaktor I (IF-1): Hydrolyse von GTP zu GDP und Pi wird für die Bildung des
Initiationskomplexes bei Bakterien benötigt.
Elongationsfaktor G (EF-G): Ist eine Translocase, das Ribosom wandert mit der Energie, die aus der Hydrolyse
des an EF-G gebundenen GTP stammt, um ein Codon weiter. -> Ebenfalls Translation bei Bakterien.

112. Was versteht man unter einer nicht‐ri�oso�ale� Aminosäure. Nennen Sie drei Beispiele.
nicht ribosomale AS sind AS die nicht am Ribosom, sondern im Cytoplasma der Zellen und
unabhängig von mRNA oder tRNAs synthetisiert wreden.
Die betreffenden Aminosäuren werden durch ATP unter Bildung von Aminoacyl-AMP aktiviert und
dann als Thioester an eine SH-Gruppe des Enzyms (die nicht-ribosomale Peptidsynthetase oder
NRPS) gebunden, das diese Aminosäuren verknüpft und im letzten Syntheseschritt auch zyklisiert.
Zahlreiche Bakterien, Streptomyceten oder Actinomyceten synthetisieren cyclische Peptide, die sich
vor allem durch das Vorkommen ungewöhnlicher Aminosäuren im Peptid auszeichnen und in vielen
Fällen toxisch auf andere Organismen wirken.
Nicht ribosomale Aminosäuren: D-Aminosäuren, D-Alanin in der Zellwand von Bakterien, Carnitin
und Ornithin;

113. Wie werden Peptide synthetisiert, wenn sie nicht-ribosomale Aminosäuren enthalten? (3)
Die A-Domäne aktiviert die Aminosäure wie Acyl-Adenylat. Die aktivierte Aminosäure wird auf den Co-Faktor
von PCP übertragen. Die C-Domäne bildet die Peptidbindung zwischen den Aminosäuren von zwei
verschiedenen PCPs her.
Adenylierungs-Domäne (A-Domäne) :
– wählt die Aminosäuren aus und kontrolliert so die Primarsequenz
– aktiviert Aminosäuren oder Carbonsäuren wie z.B. Acyl-Adenylat
– dabei wird ATP verbraucht
Peptidyl-Carrier-Protein (PCP) :
– stellt die Transporteinheit für die aktivierte Aminosäure dar
– es bindet die aktivierte Aminosäure über eine kovalente Thioester-Bindung am 4'PP-Cofaktor
– der Cofaktor wird posttranslational auf einen konservierten Serin-Rest des Carrier-Proteins transferiert und
agiert als flexibler Arm, damit die gebundenen Aminoacyl- und Peptidylsubtrate zwischen verschiedenen
katalytischen Zentren wandern können
Kondensation-Domäne (C-Domäne) :
– bildet die Peptidbindung zwischen den Aminoacyl-Substraten, die an verschiedenen PCPs
gebunden sind, aus – das Enzym katalysiert die nukleophile Attacke der Amino- (oder Iminooder
Hydroxyl-) Gruppe der aktivierten Aminosäure, die downstream gebunden ist, auf die
Acylgruppe der Aminosäure, die upstream gebunden ist
Mechanismus:
– Zwei benachbarte PCPs werden mit je einer aktivierten Aminosäure beladen
– die elektrophile Aminosäure betritt die Acceptor-Site der C-Domäne
– die nukleophile Aminosäure betritt die Donor-Site der C-Domäne
– die Peptidbindung wird ausgebildet
– das resultierende Dipeptid kann in der Acceptor-Site der nächsten C-Domäne als elektrophil agieren

114. Wie werden Peptide synthetisiert, wenn sie nicht-ribosomale Aminosäuren enthalten?
Peptide mit nichtribosomalen Proteinen werden durch nichtribosomale peptidsynthese (NRPS)
an einem speziellen Proteinkomplex, der Peptidsynthetase synthetisiert. Es ist eine rein
enzymatische Synthese, Ribosomen werden nicht benötigt.
Die A(denylation)-Domäne des Enzyms aktiviert Aminosäuren als Aminoacyladenylat.
Sie ist allerdings strukturell nicht mit der tRNA-Synthetase verwandt. Die aktivierte Aminosäure
wird dann auf ein Peptidyl Carrier Protein (PCP) übertragen, die Bindung dabei ist eine
Thioesterbindung. Die C-Domäne bildet die Peptidbindungen zwischen den Aminosäuren,
die auf zwei verschiedene Peptiyl Carrier Proteine geladen wurden.
Beispiel: Synthese von Cyclosporin.
Durch den NRPS können auch nichtribosomale Aminosäuren (z.B. D-Aminosäuren) eingebaut werden.

115. Was wissen Sie über die nicht-ribosomale Peptidsynthese?


Die nichtribosomale Peptidsynthese (NRPS) funktioniert auf rein enzymatischem
Weg mittels Peptidsynthetasen. Die A(denylation)-Domäne des Enzyms aktiviert
Aminosäuren als Aminoacyladenylat. Sie ist allerdings strukturell nicht mit der tRNA-Synthetase
verwandt. Die aktivierte Aminosäure wird dann auf ein Peptidyl Carrier Protein (PCP) übertragen,
die Bindung dabei ist eine Thioesterbindung. Die C(ondensation) Domäne bildet die Peptidbindungen
zwischen den Aminosäuren, die auf zwei verschiedene Peptiyl Carrier Proteine geladen wurden.
Beispiel: Synthese von Cyclosporin
Durch den NRPS können auch nichtribosomale Aminosäuren (z.B. D-Aminosäuren) eingebaut werden.
Sie ist bei Bakterien und Pilzen weit verbreitet.
Es ergeben sich wichtige Anwendung in der Biotechnologie, beispielsweise die
pharmazeutische Herstellung von Antibiotika.

116. Welche Funktion hat Ubiquitin?


Mit Ubiquitin werden Proteine für den Abbau markiert. Ubiquitin wird adenyliert und auf
einen Lysinrest am Protein übertragen. (-> Isopeptidbindung). Das Protein kann dann (im Proteasom) abgebaut
werden.
Die Proteinmarkierung durch Ubiquitin spielt z.B. eine wichtige Rolle:
- beim Abbau fehlerhaft gefalteter Proteine.
- beim Abbau von Proteinen, die nicht mehr benötigt werden.
- bei der Signaltransduktion.
- bei der Regulation der Transkription.

117. Um welche Verbindung handelt es sich? Welche Reaktionen führen zu dieser Verbindung?
Wie heißen diese Enzyme? Welche Sequenz haben tRNAs in ihrem 3´ Ende? Warum sind diese konserviert?
Verbindung: Aminoacyl-tRNA
Reaktionen (durch tRNA-Synthetasen katalysiert):
1.) Aminosäure + ATP ---> Aminoacyl-AMP (=Aminoacyladenylat) + PPi
2.) Aminoacyl-AMP + tRNA ---> Aminoacyl-tRNA + AMP
Sequenz am Ende der tRNA:
3'- ACC
Warum konserviert:
Sind konserviert, weil Erkennungssequenz. Nur in Übereinstimmung
dieses Sequenzmotifs wird bei allen
tRNA-Molekülen am 3' Ende dieses Tripletts der passende
Aminoacylrest angeknüpft.

118. Was ist ein Tetraloop und welchen Einfluß hat diese Struktur auf eine RNA Helix?
Tetraloops sind 4 Basenpaare umfassende zweidimensionale hairpin loop Motive in der RNA Sekundärstruktur.
119. Was ist eine Isotopenbindung? Nennen Sie ein Beispiel!
Bei der Isopeptidbindung stammt entweder die Carbonsäure- oder die Aminofunktion aus der Seitenkette einer
Aminosäure.
Beispiel: Ubiquitinierung: In diesem Fall wird die Isopeptidbindung aus der
C-terminalen Säurefunktion des Ubiquitins und der Aminogruppe der Seitenkette von Lysin gebildet. Die
Energie für die Bildung dieser Isopeptidbindung stammt aus der Hydrolyse von ATP.

120. Was ist ein Ribosezipper?


Ein Ribosezipper der RNA ist eine tertiäre Interaktion, die durch aufeinanderfolgende
Wasserstoffbrücken zwischen den 2' OH Gruppen von zwei antiparallelen Ribose-Backbones
gebildet wird. Die Bindungen können auch zwischen den 2' OH Gruppen und Nukleotid-Basen bestehen.

121. Beschreiben Sie folgenden Reaktionsmechanismus. Wo kommt diese Reaktion vor?


Mg2+ Ionen sind mit dem Phosphatrest, der 2' OH Gruppe des
Introns und der 3' OH Gruppe des Exons koordiniert. Ein Mg2+ Ion
erleichtert den Angriff der 3' OH Gruppe des Exon Uracils an den
Phosphatrest des Introns.
Es handelt sich dabei um Self Splicing Introns der Gruppe I,
die Reaktion wird durch RNA Katalyse vermittelt, es ist eine
Transesterifizierung.
Wo: Beim Splicen von Gruppe I Introns, lokalisiert im Zellkern

122. Erläutern Sie folgenden Reaktionsmechanismus!

Säure-Base-Katalyse durch die Ribonuklease A:


Das unprotonierte His12 des Enzyms wirkt als Basenkatalysator, um ein Proton vom angreifenden
2' Sauerstoffatom (->Nukleophil) zu entfernen. His119 ist protoniert, wirkt als Säurekatalysator
und protoniert den 5' Sauerstoff. (->Abgangsgruppe)
Der Übergangszustand wird durch eine Wasserstoffbrückenbindungsinteraktion zwischen
der positiv geladenen Epsilon-Aminogruppe des Lys41 und dem nichtbrückenbildenden
Sauerstoff des Phosphoryls elektrostatisch stabilisiert.

123. In welcher Form wird das Pyruvat in den TCA Zyklus geschleusst?
Das Pyruvat der Glykolyse wird mit Hilfe des Pyruvat-Dehydrogenase Komplexes oxidativ carboxyliert
 Acetyl-CoA wird dann in Citratzyklus eingeleitet.