21.01.

2012

Schröder:
- a minor motiv erkennen und die Funktion beschreiben
Bei einem A-Minor-Motiv legt sich ein Strang des selben RNA-Moleküls in einen Bereich, in dem
eine Doppelhelix ausgebildet wurde, und zwar in die kleine Furche. Dabei interagiert Adenin (auch
C,G oder U möglich, meistens aber A) mit den Watson-Crick Basenpaaren über die Ausbildung von
Wasserstoffbrücken. Das A-Minor-Motiv wird in 3 Typen eingeteilt, 0, I, II und III, wobei I und II
spezifisch für Adenin sind. Ein Beispiel für ein A-Minor-Motiv ist die Interaktion von Adeninen der
23S-Untereinheit des Ribosoms mit der tRNA.

- katalytische Triade war als Bild gegeben und man musste alle schritte beschreiben
Eine katalytische Triade besteht aus den 3 Aminosäuren Aspartat, Histidin und Serin im
katalytischen Zentrum. Diese Triade kommt z.B. in Proteasen (s.g. Serinprotease) vor und bewirkt
die Spaltung von Peptiden.
Schritt 1: Das Aspartat greift einen Wasserstoff, der an einem Ring-Stickstoff des Histidins
gebunden ist, an, dies Bewirkt eine neue Ladungsverteilung im Histidinring, der nun das H oder
OH-Gruppe des Serins angreift und die Nucleophilie des Sauerstoffs erhöht.
Schritt 2: Der Sauerstoff des Serins greift nun necleophil das C der Carboxygruppe an, es entsteht
ein instabiles, tetraedrisches Zwischenprodukt, welches kovalent an das Serin gebunden ist.
Schritt 3: Der Stickstoff greift nun das H des Histidins an, welches das Histidin ursprünglich vom
Serin abgezogen hat. So kann einsteht ein neues N-terminales Ende mit NH2 und dieser teil des
Peptids verlässt das katalytische Zentrum. Gleichzeitig, durch den Verlust der Bindung an den
Stickstoff bildet der C des neuen C-terminalen Endes eine Doppelbindung zum Sauerstoff aus
Schritt 4: Wasser kommt ins katalytische zentrum, das nun wieder deprotonierte Histidin greift ein
H des Wassers an, die Nukleophilie des O's wird erhöht und nun kann das Wasser den Kohlenstoff
des C-Terminus angreifen und bildet eine Bindung aus, wodurch die Bindung zum Serin gelöst
wird. OH des Wassers bilden mit dem doppelt gebundenen O die neue Säure-Funktion und das
übrig gebliebene H steht nun wieder zwischen dem Histidin und dem Serin.
- Transesterifizierung erklären und ein RNA/Protein Beispiel nennen
Die Transesterifizierung beschreibt den Vorgang der Umesterung. Dabei wird ein Alkohol und ein
Ester zu einem neuen Alkohol und einem neuen Ester.

Wichtig ist dies bei der Polymerisationsreaktion der DNA-/RNA-Polymerase, bei der immer
weitere Nukleotide an eine wachsende Kette angefügt werden. An das 3' Ende wird immer wieder
ein neues Trinukleotid angehängt, jedoch wird für das Backbone immer ein Pyrophosphat
abgespalten, weil im Backbone jeweils nur ein Phosphat vorhanden ist. Würde das Pyrophosphat
hydrolysiert werden, müsste Energie aufgewendet werden, um das neue Nukleotid mit seiner 5'-
Phosphatgruppe an das alte 3'OH-Ende anzufügen. Durch Transesterifizierung bleibt die Energie
jedoch erhalten. 2 Mg2+ Ionen, die über 3 Aspartate stabilisiert sind bewirken die
Transesterifizierung, bei der die 3'OH-Gruppe das alpha-Phosphat angreift.

Hartig:
- Erklären warum das gezeichnete Biotin ein Hemmer für die Acetyl-CoA Carboxylase ist
?
– Ramachandran-Diagramm zeichnen und die Ergebnisse erklären
–
Anhand der Annahme, dass die 6 Atome C-alpha1, C, O, N, H und C-alpha2 in einer perfekten
Ebene liegen und auch die darauffolgenden 6, ausgehend von C-alpha2 wieder in einer perfekten
Ebene liegen, hat Ramachandran mittels rein theoretischer Berechnungen ein Diagramm erstellt und
aufgetragen, welche Winkelkombinationen zwischen psi (y-Achse) und phi (x-Achse) möglich sind.
Dunkle Flächen: Für alle Aminosäuren erlaubt (Egal welche auf einander folgen)
Helle Flächen: Gilt nur für kleine Aminosäuren (wie z.B. Alanin)
Man kann natürlich auch aus dem Diagramm schließen, dass bei regelmäßigen Strukturen (beta-
Faltblatt, alpha-Helix) die auf einander folgenden Winkel immer gleich sind! => Bereiche entstehen
Experimentelle Werte weichen ab, was daran liegt, dass es keine absolute Planarität bei der
Peptidbindung gibt.

Phi ist der Winkel zwischen N und C-alpha, psi ist der Winkel zwischen C-alpha und C!

- Enzymkinetik: v/[s] Diagramm und Lineweaver–Burk Diagramm von Hemmungen zeichnen

und erklären

- Membranproteine beschreiben und erklären wie man diese unterscheiden kann

Membranproteine besitzen Bereiche, mit denen sie Wechselwirkungen mit der Membran eingehen
und so festgehalten werden oder Transmembrandomänen, mit denen sie fixiert werden. Es gibt
Membranproteine die als Kanäle fungieren, können für erleichterte Diffusion zuständig sein, es gibt
jedoch auch Membranproteine die unter Energieaufwand eine Translokation bewirken können, als
Energie kann z.B. der Verbrauch von ATP oder Symport/Antiport verwendet werden. Beim Symport
wird ein Molekül/Proton mit dem zu transportierenden Molekül in die selbe Richtung geschleust,
bei einem Antiport in die entgegengesetzte Richtung (als Beispiel: Adeninnukleotid-Translokase –
sie schleust ein ATP in den Intermembranraum und gleichzeitig ein ADP in die Matrix).
Andere Membranproteine sind Rezeptoren, die nach der Aufnahme eines Signals auf der Außenseite
eine Signaltransduktion ins Zellinnere bewirken (z.B. als Kinase wie die Tyrosin-Kinase).
Unterscheiden kann man Membran unter anderen dadurch,

- Ein Peptid (als Hormon), man sollte die Peptidbindungen einzeichnen und erklären wovon
sich das Hormon ableitet

Die Fragen hab ich noch gefunden.

- Welche Reaktion katalysieren Hexokinasen? Wie verhalten sie sich bei unterschiedlichem
Blutglucosespiegel?
Hexokinasen katalysieren die Phosphorylierung von Glucose zu glucose-6-phosphat.
Die Hexokinase I, II und III haben selbst bei niedrigen Blutglucosespiegeln eine sehr hohe Affinität
von weniger als einem mM! Jedoch wird die Funktionalität mit steigender Produktkonzentration
(Glucose-6-phosphat) immer stärker gehemmt.
Die Hexokinase IV (auch Glucokinase, weil sie NUR Glucose als Substrat akzeptiert) hat eine um
den Faktor 100 geringere Affinität, jedoch wird sie auch bei steigender Produktkonzentration nicht
gehemmt.

- Welches ist der geschwindigkeitsbestimmende Schritt bei der Michaelis-Menten Kinetik? Erklären
Sie die Begriffe K(kat), K(m) und V(max)!

kKat = Vmax/[Etotal] kcat beschreibt die Menge an Substrat, die pro Zeiteinheit
umgesetzt werden kann und gibt so die Geschwindigkeit an.

Km ist die Michaelis-Menten-Konstante und ist eine Kenngröße für eine

enzymatische Reaktion. Sie gibt die Substratkonzentration an, bei der die Umsatzgeschwindigkeit
halbmaximal ist, also v = vmax/2.
vmax beschreibt die maximale Geschwindigkeit, mit der eine Reaktion ablaufen kann. Wenn alle
Enzyme an ein Substrat gebunden sind, dann steigt die Geschwindigkeit, mit der Produkte entstehen
nicht mehr durch Zugabe von Substrat => vmax ist erreicht.

- Zu welcher Enzym-Klasse gehört dieses Enzym. Beschreiben Sie das aktive Zentrum.
(angegeben war das aktive Zentrum von Chymotrypsin)
Chymotrypsin ist eine Protease, genauer gesagt eine Serinprotease mit der katalytischen Triade Asp,
His und Ser. Eine Beschreibung der Reaktionen des reaktiven Zentrums:
Schritt 1: Das Aspartat greift einen Wasserstoff, der an einem Ring-Stickstoff des Histidins
gebunden ist, an, dies Bewirkt eine neue Ladungsverteilung im Histidinring, der nun das H oder
OH-Gruppe des Serins angreift und die Nucleophilie des Sauerstoffs erhöht.
Schritt 2: Der Sauerstoff des Serins greift nun necleophil das C der Carboxygruppe an, es entsteht
ein instabiles, tetraedrisches Zwischenprodukt, welches kovalent an das Serin gebunden ist.
Schritt 3: Der Stickstoff greift nun das H des Histidins an, welches das Histidin ursprünglich vom
Serin abgezogen hat. So kann einsteht ein neues N-terminales Ende mit NH2 und dieser teil des
Peptids verlässt das katalytische Zentrum. Gleichzeitig, durch den Verlust der Bindung an den
Stickstoff bildet der C des neuen C-terminalen Endes eine Doppelbindung zum Sauerstoff aus
Schritt 4: Wasser kommt ins katalytische zentrum, das nun wieder deprotonierte Histidin greift ein
H des Wassers an, die Nukleophilie des O's wird erhöht und nun kann das Wasser den Kohlenstoff
des C-Terminus angreifen und bildet eine Bindung aus, wodurch die Bindung zum Serin gelöst
wird. OH des Wassers bilden mit dem doppelt gebundenen O die neue Säure-Funktion und das
übrig gebliebene H steht nun wieder zwischen dem Histidin und dem Serin.

- Was sind Aminoglykosid-Antibiotika, wie sind sie aufgebaut und wie inhibieren sie die
Translation?
Aminoglycosid-Antibiotika bestehen aus mehreren Aminozuckern (Zucker mit N-glycosidischer
Bindung) und Cyclohexan.
Durch die Bindung an die 16S-RNA der kleinen ribosomalen Untereinheit kommt es zu schweren
Störungen der Proteinsynthese und es werden während der Translation Fehler gemacht, falsche
Aminosäuren eingebaut oder dergleichen. Dadurch entstehen Fehler im Protein, was unfertige oer
funktionslose Proteine zur Folge hat. Wenn das zum Beispiel Membranproteine sein sollen und
diese trotz Fehlern eingebaut werden, kann es leicht zur Lyse des Bakteriums kommen.

- Zu welcher Enzym-Klasse gehört dieses Enzym. Benennen Sie es und beschreiben Sie was
passiert. (angegeben war der Mechanismus von Rubisco (Slide 15 E19)
Die RuBisCo gehört zu der vierten Klasse der Enzyme, den Lyasen. Diese bewirken einen nicht-
hydrolytische Spaltung eines Moleküls nach dem Schema A-B => A + B
Das Enzym RuBisCo ist das Schlüsselenzym des Calvin-Zyklus, es fügt CO2 an einen C5-Körper
(Ribulose-1,5-bisphosphat) an und so entstehen 2 C3-Körper. Einer wird als Glycerinaldehyd-3-
phosphat abgezweigt und für den Aufbau von Kohlenhydraten verwendet und der andere wird zur
Regenerierung des Ribulose-1,5-bisphosphates verwendet.
Die RuBisCo bildet zunächst unter Abspaltung eines Protons eine Doppelbindung zwischen dem C2
und dem C3 des Ribulose-1,5-bisphosphats. An das C2 wird in weiterer Folge ein CO2 angelagert
und es entsteht eine Carbonsäuregruppe am C2 (nun ist das Molekül ein C6-Körper). An das
Molekül wird nun Wasser angelagert und es wird zwischen dem ursprünglichen C2 und C3
gespalten und mit Protonen wird das entstandene negativ geladene C-Radikal gesättigt.

- Wie wird Glucose aktiviert. Welches Produkt generiert der Abbau von Glykogen?
Die Hexokinase aktiviert Glucose, indem ein Phosphat an das C6 angelagert wird. Wird Glykogen
abgebaut, entsteht zunächst Glucose-1-phosphat, was aber von einer Mutase in Glucose-6-phosphat
überführt wird.

- Wie durchqueren kleine Moleküle die Lipidmembran? man sollte auch was zur
Thermodynamik und Kinetik schreiben
Kleine Moleküle wie z.B. Sauerstoff O2 können durch die Membran diffundieren – dies geschieht
entlang eines Gradienten. Eine Diffusion entgegen dem Gradienten ist nicht möglich – jedoch der
aktive Transport, der dann aber Energie erfordert.
Eine weiter Möglichkeit ist die erleichterte Diffusion, bei der spezielle Membranproteine Poren für
ganz bestimmte Substanzen bilden, die nur diese durchlassen. So können zum Beispiel Ionen durch
die Membran, um etwa einen elektronischen Ladungsausgleich vorzunehmen.

- Wie unterscheiden sich B-DNA und A-RNA? (oder A-DNA und B-RNA) Was ist die
Konsequez dieser Unterschiede?
Die Unterschiede sind in der Form der Helix: Die B-Form-Helix hat im Vergleich zur A-Form eine
stärkere Steigung/Basenpaar (3.4A zu 2.3A), einen kleineren Durchmesser (23.7A zu 25.5A) und
nur 10 statt 11 Basenpaaren pro Windung. Ein weiterer sehr wichtiger Unterschied ist die Neigung,
die die Basenpaare zum Backbone einnehmen, dieser beträgt bei der B-Helix nur 1° aber bei der A-
Helix 19°! Die Furchen sind auch ein ganz entscheidender Unterschied:
B-Helix: kleine Furche – eng und tief; große Furche – weit und tief
A-Helix: kleine Furche – breit und flach; große Furche – eng und tief
Was auch noch unterschiedlich ist, ist der Zucker-Pucker, denn der 5er-Ring der Ribose ist nicht
komplett planar, es schaut bei die 2'-OH-Gruppe (2'-endo) bei der B-Helix aus der Ebene nach oben
und die 3'-OH-Gruppe (3'-endo) bei der A-Helix. Das hat die charakteristische Helixform zur Folge.

- Welches Enzym katalysiert folgende Reaktion, geben sie zwei Beispiele wo diese Reaktion
stattfindet. (gegeben war die Reaktionsgleichung der Transaminase (slide 5 von E21/22)
Eine Transaminase bewirkt die Übertragung von einer Aminogruppe, meistens wird sie von einer
alpha-Aminosäure auf eine alpha-Ketosäure übertragen, die ursprüngliche Aminosäure wird dann
zur Ketosäure und die ursprüngliche Ketosäure zur neuen Aminosäure.
Ein Beispiel für eine Transaminasereaktion ist das „Malat-Aspartat-Shuttle“, welches einen
indirekten Transfer von NADH zwischen Cytosol und Matrix der Mitochondrien bewirkt. Dabei
transaminiert eine Transaminase das Aspartat und es entsteht Oxalacetat, die Aminogruppe wird auf
alpha-Ketoglutarat übertragen und es entsteht Glutamat (dies geschieht im Cytosol, die genaue
Gegenreaktion läuft in der Matrix ab).
Weiters ist die Transaminierungsreaktion essentiel für den selbstständigen Aufbau von
Aminosäuren, viele Aminosäuren können selbst zumindest teilweise aufgebaut werden. Die
Transaminierung von Glutamat zu alpha-Ketosäure liefert in sehr vielen Fällen die Aminogruppe.

24.3.12

Also die Prüfung war echt schwer. Man konnte aber in den ersten 5 Minuten abgeben. Es waren ca
15 Leute angemeldet und 2 haben die Prüfung dann geschrieben...

Fragen (nicht wortwörtlich)

:
- Erklären Sie die Chemiosmotische Hypothese nach Mitchell. (ist nirgendswo auf den Folien
als solche erwähnt, auch wenn sie mit oxidativer Phosphorylierung und ATP-Synthese zu tun
hat)
Bei der chemiosmotischen Theorie geht es darum, dass Energie durch einen Gradienten gewonnen
werden kann, den die Zelle selbst erzeugt. Erzeugt wird dieser Gradient auf unterschiedliche Wege,
die Photosynthese ist eine Möglichkeit, die oxidative Phosphorylierung eine andere, jedoch haben
Mikroorganismen noch weitere entwickelt, einen Gradienten aufzubauen, indem Protonen vom
Inneren der Zelle nach Außen geschleust werden. Bei diesem Vorgang findet ein Elektronentransfer
statt, die Energie kommt von der „Veratmung“ bestimmter Substrate (z.B. eben Glucose, jedoch
können auch Schwefel- oder Stickstoffverbindungen veratmet werden).
Wenn der Protonengradient aufgebaut ist, kann er benutzt werden, um energieaufwändige Prozesse
zu ermöglichen, wie etwa die ATP-Synthese. Dabei werden Protonen schrittweise wieder ins
Zellinnere geschleust, was du einer Phosphorylierung von ATP führt. Ebenfalls kann der Gradient
dazu verwendet werden, um den Transfer von bestimmten Molekülen durch die Membran zu
bewirken, und zwar als Symporter oder als Antiporter.

- Wofür ist der SRP? Wie arbeitet er?

SRP steht für Signal Recognition Particle. Das Signal, das er erkennt, ist eine Leader-Sequenz, eine
ganz bestimmte Abfolge von Aminosäuren, die bei der Translation als erstes entstehen und schon
aus dem Ribosom „herausschauen“ während die Proteinsynthese noch voran schreitet. Mithilfe
dieser Sequenz kann das SRP das Ribosom zur Zellmembran und einer bestimmten Pore bringen, an
dieser Pore sitzt zusätzlich der SRP-Rezeptor, der mit dem beladenen SRP, dem Ribosom und der
Pore reagiert, im Endeffekt dockt das Ribosom in Folge der Interaktionen an der Pore (beim SRP
und dem SRP-Rezeptor wird jeweils GTP zu GDP+P hydrolisiert) an und schleust das entstehende
Peptid durch die Pore nach außen. Die Energie für die Translokation kommt vom Ribosom direkt.
An der Außenseite wird die Leadersequenz von einer Leader-peptidase entfernt (manchmal hat die
Leader-Sequenz selbst eine Peptidase-Funktion und schneidet sich selbst ab).

- Warum müssen Proteine kontrolliert abgebaut werden? Wie werden Proteine zum Abbau markiert?
Wie werden sie abgebaut?
Proteine müssen deshalb kontrolliert abgebaut werden, damit sie sich nicht anhäufen wo sie nicht
gebraucht werden bzw. dort fehlen wo sie schon benötigt werden. Ein beispiel für Proteine, die sich
nicht anhäufen sollen sind Zellzyklus-abhängige Proteine wie die Cycline bzw. die Cyclin-
abhängigen Kinasen. Diese leiten ganz bestimmte Zellphasen ein und müssen am Ende dieser
Zellphase wieder abgebaut werden, damit zum Beispiel die Replikation nicht zwei mal stattfindet.
Es ist ebenfalls wichtig, falsch oder funktionslos gefaltete Proteine abzubauen, damit keine falschen
Reaktionen in der Zelle stattfinden.
Jedoch wäre es fatal, benötigte und funktionstüchtige Proteine abzubauen. Deshalb gibt es mehrere
Kontrollstufen, bevor ein Protein abgebaut wird. Wichtig für die Erkennung für den Peptidase-
Apparat ist die Ubiquitinierung der betroffenen Proteine.
Ubiquitin benötigt ATP zur Bindung an ein Protein, da keine normale Peptidbindung eingegangen
wird sondern ein Lysin an der Seitenketten-(=epsilon-)Aminogruppe mit der C-terminalen
Aminosäure des Ubiquitins (ein Glycin) eine Isopeptidbindung eingeht. Die Reaktion dazu ist wie
folgt:

An das erste Ubiquitin werden noch weitere angehängt, auch Uniquitin enthält Lysine, ganz wichtig
ist dazu das Lysin48. Auch hier werden wieder Isopeptidbindungen gebildet, ein Tetraubiquitin ist
das primäre Signal, das Protein abzubauen.
- Zeichnen Sie die Struktur von PRPP! Wofür wird es verwendet? (von wegen es wird auf
Verständnis gefragt und man muss nichts zeichnen)

PhosphoribosylPyrophosphat wird zur de-novo-Synthese von Nukleotiden benötigt, genauer gesagt

werden NMP hergestellt. Dazu wird das 1'-ständige Pyrophosphat abgespalten und das treibt die
Reaktion mit einer Base zu AMP, CMP, GMP, TMP oder UMP. PRPP spielt jedoch auch eine Rolle
in der His und Trp Biosynthese.

- Es war ein Bild von Bindungstaschen von 3 Enzymen (inkl Beschriftung Trypsin,
Chymotrypsin, Elastase) gegeben (Einheit 5, Slide 24). Ich
glaube man sollte Charakteristika möglicher passender Substrate bestimmten und die
Enzyme klassifizieren.

Dies sind die 3 Substratbindetaschen der aktiven Seiten von 3 verschiedenen Serin-Proteasen. Die
Seitenketten der Aminosäuren, die gerade im aktiven Zentrum sind, ragen in diese Bindungstaschen
und aufgrund der darin enthaltenen Aminosäuren ist die Protease für bestimmte Aminosäuren besser
und für manche schlechter geeignet.
Mit dem negativ geladenen Aspartat ist Trypsin besonders für positiv geladene Seitenketten gut, so
wie die von z.B. Lysin oder Histidin.
Die Substratbindetasche von Cymotrypsin ist hydrophober und mit nur 2 Glycinen bietet sie viel
Platz, hier passen auch mittlere bis große Aminosäuren hinein, die jedoch eher hydrophob sein
müssen, wie etwa Tyrosin, Phenylalanin oder Tryptophan.
Die Elastase hat eine eher hydrophobe Tasche und große Seitenketten hineinragen. Deshalb werden
hier kleine Aminosäuren als Substrat bevorzugt wie Glycin, Alanin oder Valin.

- Es waren 2 ungesättigte Fettsäuren gegeben. Welche zusätzlichen Enzyme brauchen Sie für
die Beta-Oxidation dieser Fettsäuren abgesehen von den klassischen?
Für die beta-Oxidation von ungesättigten Fettsäuren gibt es 2 Enzyme, die etwaige Probleme
beseitigen. Zum einen gibt es die Δ2,Δ3-Enoyl-CoA Isomerase, welche dafür zuständig ist, dass
eine cis-3,4-Doppelbindung, wie sie nach ein paar Cycles der beta-Oxidation auftritt (weil der
Großteil der Fettsäuren cis-Doppelbindungen haben) auf trans-2,3 verschoben wird, damit die beta-
Oxidation weiter gehen kann.
Ein weiteres Problem kann auftreten wenn sich die Doppelbindung auf der Position 4,5 befindet.
Der erste Schritt der beta-Oxidation ist ja das Einfügen einer Doppelbindung zwischen C2 und C3,
wobei FAD zu FAD2 reduziert wird. Als nächster Schritt würde Wasser angelagert werden und das
C3 oxidiert, jedoch geht das bei konjugierten Doppelbindungen nicht, und die wären nun vorhanden
(C2=C3-C4=C5), deshalb wird die 2,4-Dienoyl-CoA-reductase benötigt, die unter NADPH+H+
Verbrauch die beiden Doppelbindung in eine trans-Doppelbindung zwischen C3 und C4 umwandelt.
Diese kann wiederum von der Δ2,Δ3-Enoyl-CoA Isomerase verschoben werden.
- Man sollte den Reaktionsmechanismus von Isopentenylpyrophosphat (IPP) zu irgendeinem
Produkt angeben (weiß nicht mehr welches). War jedenfalls etwas aus der Isoprenbiosynthese.

1. glucose ist ein wichtiger metabolit. geben sie 4 biochemische pathways der glucose an.
wichtige zwischenstufen und endprodukt. (4P)

- Glycolyse: Glucose >> 2x Pyrovat

Fructose-1,6-bisphosphat => Aldolase => 2x Glycerinaldehyd-3-phosphat
Phosphenolpyrovat => Pyrovatkinase => Pyrovat
- Gluconeogenese: 2x Pyrovat >> Glucose
Pyrovat + Hydrogencarbonat => Pyrovatcarboxylase => Oxalacetat
Oxalacetat + GTP => PEP-Carboxylase => Phosphenolpyrovat
2x Glycerinaldehyd-3-phosphat => Aldolase => Fructose-1,6-bisphosphat
Fructose-1,6-bisphosphat +H2O => F-1,6-BPase => F-1-P + Pi
Glucose-6-phosphat + H2O => G-6-Pase => Glucose + Pi
-Glycogensynthese:
Glucose-6-phosphat => Phosphoglucomutase => Glucose-1-phosphat
Glucose-1-phosphat + UTP => G-1-P-UDP Transferase => UDP-Glucose
-Pentosephosphatweg: Glucose-6-phosphat >> Ribulose-6-phosphat + CO2
2 Schritte: 1.) irreversibler, oxidativer 2.) reversibler, reduzierender Schrittweise
1.) Glucose-6-phosphat => G-6-P Dehydrogenase => 6-Phosphoglucono-δ-Lacton
1.) 6-Phosphogluconat => 6-PhosphogluconarDH=> Ribulose-6-phosphat + CO2
2.) beim reduktiven Teil gibt es eine Vielzahl an Reaktionen. C3, C4, C5, C6 und C7 Körper
kommen vor und schlussendlich kann DHAP abgezogen und Ribulose-6-phosphat
regeneriert werden.

2. was ist der salvage-pathway (2P)

Der salvage-pathway dient zum Aufbau von Mononukleotiden. Er ist um einiges energieeffizienter
als die de-novo Synthese, denn hier werden „alte“ Nukleinbasen recycled, dieser Pathway ist für die
Purine. Die Base (Guanin, Adenin oder Inosin) reagiert mit PRPP (Phosphoribosylphyrophosphat)
mittels der entsprechenden Phosphoribosyltransferase zu dem entsprechenden
Nukleotidmonophosphat.

3. was sind trans-tRNA acetylasen? was machen sie , wie wird angehängt? (2P)
?

4. Beschreiben sie die Isopeptidbindung (2P)

Eine Isopeptidbindung ist wie eine Peptidbindung eine Bindung zwischen einer Carbonsäure- und
einer Aminogruppe, jedoch nicht der Aminogruppe des alpha-C-Atoms. Als Beispiel kann man das
Uniquitin nennen, dieses Bildet eine Isopeptidbindung zur Aminogruppe der Seitenkette des Lysins
aus. Der Unterschied ist, dass die Isopeptidbindung Energie erfordert, weshalb ATP hydrolysiert
werden muss.

5. b-Barrel, was ist es, warum ist es so stabil. (1P)

beta-Barrels sind Proteinstrukturen, die meistens in der Membran anzutreffen sind und Poren oder
Translokasen bilden. Diese Strukturen bestehen aus antiparallelen beta-Faltblättern und sind in
einem Ring angeordnet, die beta-Faltblätter bilden unter einander Wasserstoffbrücken aus, das letzte
mit dem ersten. Das ist auch der Grund dafür, dass diese Struktur so stabil ist.
Oft gibt es auch eine Spezielle Anordnung der Aminosäuren dahingehend, dass hydrophobe und
hydrophile nach außen bzw. innen schauen, so dass es in der Struktur verschieden polare bereiche
gibt.

6. da waren 2 strukturen (hab nicht gewusst welche) wie kann man sie ineinander überführen
(2 reaktionsschritte). geben sie namen+ struktur sowie reaktionsglg an. (3P)
?

7. Fettsäureabbau von palmitin. mit allen enzymen zwischenschritten etc. detailreich. (4P)
Palmitinsäure: C16:0 (also 16 C-Atome und keine Doppelbindung)
Es werden bei der beta-Oxidation von Palmitinsäure 8 Acetyl-CoA entstehen.
1.) Zunächst muss die Fettsäure mit CoA aktiviert werden. Diese Reaktion wird von der Acyl-CoA-
Synthetase katalysiert, es wird ein ATP in AMP und PPi hydrolysiert.

Der erste Cycle beginnt damit, dass die Acyl-CoA-Dehydrogenase eine Doppelbindung zwischen
dem C2 und dem C3 einfügt (FAD als Coenzym wird dabei zu FADH2 reduziert und die Elektronen
in den Q-Zyklus über Elektronentransportketten eingeschleust). Die Doppelbindung wird dann
wieder mit H2O gesättigt, an das C3 wird eine OH-Gruppe angehängt, diese Reaktion wird von der
2-Enyol-Hydrogenase katalysiert. Das C3 wird im dritten Schritt oxidiert und es entsteht eine
Doppelbindung zum Sauerstoff, das beteiligte Enzym ist hier die L-3-Hydroxyacyl-CoA-
Dehydrogenase, das Coenzym ist NAD+, welches zu NAD, welches zu NADH + H+ reduziert
wird. Im entscheidenten Schritt, bei dem Acetyl-CoA entsteht werden nun das C1 und das C2 an ein
CoA gehängt und abgespalten, das ursprüngliche CoA wird an das C3 angehängt, das die
Doppelbindung zum O hat. Keto-Acyl-CoA-Thiolase heißt das Enzym, das für diese Reaktion
verantwortlich ist.

Der Zyklus muss 7 Mal durchlaufen werden, es entstehen auf diese Weise 7 FADH2, 7 NADH + H+
und es werden im Zyklus 7 CoA verbraucht. Am ende sind 8 Acetyl-CoA entstanden.

8. Line-weaver-burke glg! diagramme zeichnen für verschiedene hemmungen und vergleich

zu michaelis menten glg! (2P)

Lineweaver-Burk-Gleichung (und Diagramm) links und Michaelis Menten rechts.

Die Lineweaver-Burk-gleichung ist die 2 mal reziproke Darstellung der Michaelis-Menten-
Gleichung, der Graph wird dadurch linearisiert und 1/v von 1/[S] werden getrennt dargestellt.

Kompetitike Hemmung

Unkompetitive Hemmung

Nicht-kompetitive Hemmung
12.5.12

Schröder:
- Glucose ist ein zentraler Metabolit. Welche Stoffwechselwege sind daran angeknüpft? Geben
Sie die Hauptreaktionen und Endprodukte an! (4P)

- Was ist eine Isopeptidbindung? (2P)

- Welche Reaktion führt die tRNA-Synthetase aus? Wie wird sie beladen? Spielt sie eine Rolle
für die Genauigkeit der Translation? (2P)
Die Reaktion die die Aminoacyl-tRNA-Synthetasen (AARS) ausführen ist folgende:
1.) Zunächst muss die Aminosäure aktiviert werden, dies geschieht über die Reaktion mit ATP:
Aminosäure + ATP => Aminosäure-AMP + PPi
2.) Die aktivierte Aminosäure wird nun an die tRNA angefügt, sie wird an das 3' Ende der RNA
gehängt, wobei das AMP abgespalten wird.
Diese Reaktionen laufen nur ab, wenn die AARS die Aminosäure und die tRNA als kompatibel
erkennt!!
Die Spezifität und Kontrolle dieser Aminoacylierung der tRNAs ist genauso wichtig für die
Genauigkeit der Proteinbiosynthese wie die Anticodon-Codon-Wechselwirkung zwischen tRNA
und mRNA am Ribosom. Wird die tRNA mit der falschen Aminosäure beladen, so wird bei der
Proteinbiosynthese die falsche Aminosäure eingebaut, auch wenn die tRNA-mRNA-
Wechselwirkung korrekt ist.

- Was ist der "Salvage Pathway" bei der Purin- und Pyrimidinnukleotidsynthese? (2P)

Hartig:
- Warum ist das Beta-Barrel so stabil? (1P)

- 2 Strukturformeln waren gegeben, Wie kann aus der ersten Struktur die zweite hergestellt
werden? (2 Reaktionen) Schreiben Sie Reaktionsgleichung, sowie Enzyme und Cofaktoren an.
Benennen Sie die Strukturen. (2P) (Das erste war 3-Phosphoglycerat, das zweite war
Phosphatidylserin)
3-Phosphoglycerat => Serin

(hier alles aus wiki.books!!)

- Beschreiben Sie den Fettsäureabbau von gesättigten Fettsäuren (z.B. Palmitat) im Detail.
gefragt waren Art der Reaktion, Enzyme, Cofaktoren und Bindungstyp (4P)

- Was ist das Lineweaver-Burk-Diagramm? aufzeichnen, Vergleich mit Michaelis-Menten-

Diagramm, Veränderungen des Diagramms durch Hemmstoffe (3P)

13.07.2012

Schröder:

1) Bild des aktiven Zentrums einer Polymerase war gegeben, man musste erklären was hier
passiert, und was für eine Reaktion das ist.
Im aktiven Zentrum dieser Polymerase werden 2 Magnesiumatome von 3 Aspartaten koordiniert.
Diese 2 Magnesiumionen sind der Schlüssel zu der Polymerisationsreaktion – ein neues
Trinukleotid kommt ins aktive Zentrum – wenn es das richtige zur Matritze ist, dann beginnt die
Reaktion (kann nur bei richtigen Basen geschehen, da falsche wegen der anderen Topologie nicht
ins aktive Zentrum rutschen würden).
Ein Magnesium greift das alpha-Phosphat an, welches dann für den nukleophilen Angriff des
3'OH's des vorigen Nukleotids (das 5'seitige, welches schon in der Kette hängt) empfänglich wird.
Das zweite Magnesiumion stabilisiert das beta- und das gamma-Phosphat, welche dann abgespalten
werden, nachdem die Bindung zwischen 3'OH und dem Phosphat ausgebildet wurde.
Die Reaktion ist eine Umesterung, es wird aus einem Ester ein anderer Ester gebildet.

2) Strukturformel von Acetyl-CoA war gegeben, man musste erkennen dass es sich um Acetyl-
CoA handelt, und die funktionellen Gruppen die gehighlighted waren benennen.
3) Welche Schritte der Gluconeogenese sind NICHT umgekehrte Schritte der Glycolyse?
Dazugehörige Enzyme nennen.

Die Reaktion von Pyrovat zu Phosphenolpyrovat ist bei der Gluconeognese unterschiedlich – bei
der Glycolyse bewirkt die Pyrovatkinase die Dephosphorylierung von PEP und gleichzeitig die
Phosphorylierung von ATP – bei der Gluconeogenese jedoch wird zunächst unter ATP-Verbrauch
ein Hydrogencarbonat (via Biotin) mittels der Pyrovatcarboxylase an das Pyrovat angefügt
(Oxalacetat entsteht als Zwischenprodukt). Im zweiten Schritt entweicht CO2, GTP wird verbraucht
und Phosphenolpyrovat entsteht, das zuständige Enzym ist die PEP-Carboxylase.
Ein weiterer Unterschied ist die Reaktion von der Glycolyse wird ein ATP dazu aufgewendet,
Fructose-1-phosphat zu phosphorylieren (Enzym: Phosphofructokinase), bei der Gluconeogenese
wird ein Phosphat hydrolysiert (kein ATP-Gewinn), diese Reaktion wird von der Fructose-1,6-
bisphosphatase katalysiert.
Und auch der letzte Schritt der Gluconeogenese (erster Schritt der Glycolyse, Glucose via
Hexokinase zu Glucose-6-phosphat, ein ATP verbraucht) ist unterschiedlich. Es wird auch hier kein
ATP gewonnen, sondern das Phosphat wieder nur hydrolysiert, die Glucose-6-phosphatase ist hier
das aktive Enzym.

4) Bild einer Aminoacyl-tRNA war gegeben, das Bild erklären, wie und durch welche Enzyme
verläuft die Reaktion? Welche AS sind am 3´Ende der tRNA, und warum sind diese
konserviert?
Die Reaktion „Aminosäure + tRNA => Aminoacetyl-tRNA“ wird von der Aminoacetyl-tRNA-
Synthetase katalysiert und läuft über ein Aminosäure-AMP Zwischenprodukt (=aktivierte
Aminosäure, die an die tRNA gehängt werden kann).
Am Ende des 3'-Endes der tRNA sind 3 Nukleotide stets konserviert, und zwar (3' nach 5') ACC –
diese (Vor allem aber das Adenin) sind wichtig für die Ineraktionen mit dem Ribosom.

Teil Hartig:

1) Wie sind Lichtsammelkomplexe aufgebaut, wie verläuft Photosynthese, welche Reaktionen

passieren genau?
Lichtsammelkomplexe sind ringförmig um das Reaktionszentrum, in dem die Lichtreaktion abläuft,
angeordnet. Sie bestehen aus Proteingerüsten, in die Chlorophylle (a & b), Carotinoide,
Xanthophylle und Lutein eingelagert sind. Die Aufgabe besteht, Licht einzufangen, was eine
Anregung des entsprechenden Moleküls zur Folge hat und diese eben zum Zentrum zu
transportieren. Dies funktioniert mit enorm hoher Produktivität und in wenigen Picosekunden.
Bei der Photosynthese (hier: Lichtreaktion) gibt es in höheren Pflanzen und vielen Algen 2
Photosysteme.
Die Anregung des PS2 bewirkt einerseits die Spaltung von Wasser (2 H2O => O2 + 4 H+) und den
Transport von Elektronen von einem hohen Energieniveau über eine Elektronentransportkette,
wobei die 4 Protonen auf den Cytochrom bf-komplex übertragen werden, auf das PS1 (noch nicht
angeregt.
PS1 wird auch wieder angeregt und ein Elektron wird wieder auf ein erhöhtes Energieniveau
gehoben, auch hier läuft es über eine Elektronentransportkette und reduziert schlussendlich
NADP+.
2) Wo wird Biotin benötigt? (oder so irgendwie)
Biotin wird in Carboxylasen benötigt. Es ist ein Coenzym in diesen Enzymen bzw. eine
prosthetische Gruppe und für die Übertragung von CO2 auf ein Molekül zuständig. (Bsp: Pyrovat-
Carboxylase, Acetyl-CoA-Carboxylase).

3) Wie werden Fettsäure-CoA, Malat und ATP durch Membranen transportiert?

Für den Transport durch die mitondriale Membran in die Matrix wird die Fettsäure vom CoA
abgespalten und auf Carnitin übertragen, was als Carrier durch die Membran fungiert und auf der
anderen Seite der Membran, der Matrixseite, wird es wieder von Carnitin abgespalten und an ein
anderes CoA gebunden. Dies geschieht unter keinem Energieverlust (Reaktionsgleichgewicht ~1).
Der Transport geht durch eine Pore in der Membran, 2 Enzyme kontrollieren diesen Transport,
matrixseitig die Carnitin-Acyltransferase 2 und auf der Seite des Intermembranraums die CAT-1.
Malat kann auf mehrere Möglichkeiten durch die Membran transportiert werden, die zuständigen
Transportenzyme, führen einen Antiport durch. Beim Dicarboxylat-Carrier wird Malat (oder auch
Succinat bzw. Malonat) von der Innenseite hinaus transportiert, dafür wird ein anorganisches Anion
von Außen hinein gepumpt (z.B. Phosphat). Des Weiteren gibt es den alpha-Ketoglutarat-Malat-
Carrier, der Malat von Innen nach Außen und alpha-Ketoglutarat von Außen nach Innen schleust.
Als Letztes zu erwähnen gibt es den Tricarboxylat-Carrier, der Malat von Außen nach Innen und
dafür Citrat und ein Proton von Innen nach Außen pumpt.
Ein Transportprotein, das ATP durch eine Membran bewegen kann ist die ATP-ADP-Translokase,
die ATP vom Inneren der Mitochondrien hinaus und dafür ADP hinein transportiert (ebenfalls ein
Antiport)

4) Welche Wechselwirkungen stabilisieren die 3D Struktur von Proteinen, welche stören sie?
Wechselwirkungen, die die 3D-Struktiur stabilisieren sind folgende: Helix- und Faltblatt-Struktur,
hydrophobe Wechselwirkungen, Disulfidbrücken, Metallionen-Koordination, elektrostatische
Wechselwirkungen und natürlich die Bildung von Wasserstoffbrücken zwischen den Seitenketten.
1. Welche Aminosäuren kommen bevorzugt in Beta-Faltblättern vor? Denken sie, dass ein
Beta-Faltblatt amphipathisch sein kann? Begründen Sie Ihre Meinung. (1)
Besonders oft kommen Valin, Isoleucin, Phenylalanin, Tyrosin, Tryptophan und Threonin in beta-
Faltblättern vor. Ein beta-Faltblatt KANN amphipathisch sein. Amphipathisch bedeutet etwa
„beides liebend“, es beschreibt also ein Molekül, das sowohl hydrophil als auch hydrophob ist. Bei
beta-Faltblättern kann das der Fall sein, weil die Seitenketten in der Anordnung abwechselnd nach
Innen und nach Außen schauen. Wenn also jede zweite Aminosäure hydrophil ist und die
dazwischen hydrophob, dann ist das beta-Faltblatt amphipathisch.

2. Zeichnen Sie ATP und nennen Sie alle möglichen Grupenübertragungen (deutlich
markieren) plus jeweils ein Beispiel dazu. (3)
 Pyrophosporyl-
gruppe

übertragen
Phosphorylgruppe übertragen

Adenylylgruppe übertragen

3. Vergleichen Sie die Carboxylierung von Pyruvat und die von Acetyl CoA. Wo liegen die
Unterschiede im Reaktionsmechanismus? Welche Enzyme katalysieren diese Reaktionen und
welche Coenzyme werden gebraucht? (3)
Einerseits die Pyrovat-Carboxylase und andererseits die Acetyl-CoA-Carboxylase sind die
zuständigen Enzyme, die jedoch beide die prosthetische Gruppe Biotin brauchen. Das Biotin kann
das phosphorylierte CO2 kovalent binden und so auf das entsprechende Substrat übertragen.
Ein entscheidender Unterschied im Reaktionsmechanismus ist der, dass bei der ACC ein
Carbeniumion entsteht, welches das an Biotin gebundene CO2 elektrophil angreift, wohingegen bei
der Pyrovat-Carboxylase durch Deprotonierung des C3s eine Doppelbindung eingeführt wird,
welche zugunsten der Bindung an das CO2 wieder aufgeht!
4. (Bild von einer Reaktion am aktiven Zentrum eines Enzyms war gegeben- Carboxylase-Reaktion
von Rubisco!) Beschreiben Sie den gezeigten Reaktionsmechanismus genau. Wie heißt das
Enzym?... (Ich glaube, es war noch etwas gefragt.) (3)

Rubisco – Ribulose-1,5-bisphosphat-Carboxylase-Oxygenase

Schröder-Fragen:
1. Zeichnen Sie die Aminosäure Histidin. Was hat sie für Eigenschaften? Welche
Auswirkungen hat Sie auf Substratbindung und die Katalyse bei einer Reaktion? (Frage
eventuell unvollständig) (3)
 Die Seitenkette hat einen pKs von 6, was bedeutet dass sie bei physiologischem pH sowohl im
protonierten als auch im deprotonierten Zustand vorliegt. Sie kann also im Körper als Protonen-
Donor als auch als -Akzeptor fungieren. In katalytischen Zentren ist das auch sehr oft die Aufgabe
des Histidins (z.B. bei den Serin-Proteasen – hier wird das H vom Histidin von einem
deprotonierten Aspartat abgezogen, so kann das Histidin das H oder Alkoholgruppe des Serins
angreifen und so die Nukleophilie des Sauerstoffs erhöhen).

2. (Bild aus den Folien von einer Metallionen-Katalyse- diese drei kleinen Reaktionstypen
nebeneinander, also die drei Arten, wie eine Metallion katalysieren kann.) Beschreiben… (2)
Metallionen können eine Katalyse auf 3 Arten ermöglichen – also Koordinationszentren, als Redox-
Partner und als Lewis-Säure.
Also Koordinationszentren bringen die Metallionen das Substrat/die Substrate in die richtige
Konformation/Position, damit die Reaktion ablaufen kann.
Eisen kann zum Beispiel von Fe3+ zu Fe2+ oxidiert werden, Kupfer von Cu2+ zu Cu+, was Metalle
als Redox-Partner möglich macht. Ebenfalls ist es dem Metall-Ion möglich, Ladungen
abzuschirmen und zu stabilisieren, was H+-Ionen zwar auch können, jedoch nicht im alkalischen
Medium.
Als Lewis-Säure kann ein Metall-Ion (oft Zink) Wasser über eine Ion-Dipol-Wechselwirkung
angreifen, was dazu führt, dass das Wassermolekül sich wie ein OH- Ion verhält und wie ein
Nukleophil reagiert.

3. Welche Coenzyme werden für den Pyruvatdehydrogenase-Komplex gebraucht? Was sind

die Vorteile eines Multienzymkomplexes? (2)
Also Coenzyme werden CoA und NAD+ benötigt. Es entsteht pro Pyrovatmolekül, das umgesetzt
wird ein Molekül Acetyl-CoA, dabei wird ein NAD+ zu NADH+H+ reduziert und ein CO2 frei.
Große Vorteile an Multienzymkomplexen sind vor allem dass einerseits die „Wege“ von
katalytischem Zentrum zu katalytischem Zentrum kurz sind (viele Enzyme sind ja ausschließlich
diffusions-reguliert) und so die Zeit gespart werden kann, bis das Substrat von einem Enzym zum
nächsten diffundiert ist, andererseits wird auch verhindert, dass Zwischenprodukte am Weg zum
nächsten Enzym ungewollte Nebenreaktionen durchführen. Schlussendlich ist ein großer Vorteil,
dass man den komplex als ganzes regulieren kann, was natürlich viel leichter für die Zelle ist.

4. (Bild von drei Nukleosiden war gegeben: das oberste war ein A. Deswegen denke ich, dass
es sich um den Dekodierungsprozess an der 16S rRNA gehandelt hat.) Was ist auf dem Bild
gezeigt? Wofür ist dieses Motiv spezifisch und warum? (…) (3) - Ich glaube, das war das A-
minor motif.

Schröder:
• [Abbildung vom A-Minor Motif] - Was ist zu sehen? Warum ist es spezifisch? Wo hat
es Bedeutung?
Adenosinnukleotide können mit der kleinen Furche der RNA Wechselwirkungen eingehen.
Aufgrund der möglichen Wasserstoffbrücken ist es spezifisch, zwar können auch die anderen
Nukleotide in der kleinen Furche Wechselwirkungen eingehen, aber es ist aus diesem Grund
meistens Adenosin. Bedeutung hat es hauptsächlich in der Bildung von Tertiärstrukturen in der
RNA.

• [Abbildung der Carbamoylphosphat-Synthetase] - Beschreiben Sie, was Sie hier sehen

(Substrat-Channeling Pfad war gelb markiert, ebenso die verschiedenen Sites)
Hydrogencarbonat wird mit ATP aktiviert. So entsteht ein Carboxyphosphat, an das Ammoniak
angelagert wird (nukleophiler Angriff des freien Elektronenpaars des Ammoniaks auf das C). Über
ein instabiles tetraedrisches Zwischenprodukt entsteht Carbamat, an welches ein weiteres Phosphat
via ATP angelagert wird (nukleophiler Angriff eines freien Elektronenpaars des Sauerstoffs auf das
gamma-Phosphat). Phosphat bindet an Carbamat und ADP wird abgespalten, es entsteht
Carbamoylphosphat.

• Welche intermolekularen Wechselwirkungen gibt es? In welcher Größenordnung sind

die Bindungsenergien? In welcher Größenordnung sind die Distanzen?
Intermokulare Wechselwirkungen beschrieben Kräfte zwischen Atomen und Molekülen, die NICHT
zu einer Bindung beitragen (also keine kovalenten, metallischen, ionischen und koordinativen
Bindungen). Dazu gehören Wasserstoffbrücken, ionische Wechselwirkungen, Van der Waals-Kräfte
und man kann auch hydrophobe Effekte dazu zählen.
Wasserstoffbrücken haben eine Energie von 5 – 20 kJ/mol, die Entfernung von Donor zu Akzeptor
beträgt 0.26 bis 0.30 nm.
Ionische Wechselwirkungen haben, je nach Art (bzw. Polarität des Mediums) verschiedene Stärken.
Bei einer Entfernung von 3A (=0.3 nm) hat eine ionische WW im Vakuum 500 kJ/mol (theoretisch,
praktisch aber unwichtig), im Wasser 6 kJ/mol, an der Innenseite eines Proteins im Wasser bis zu
250 kJ/mol und an der Oberfläche eines Proteins im Wasser um die 20 kJ/mol.
Van der Waals-Kräfte haben maximal eine Energie von 1-5 kJ/mol, am stärksten ist diese bei einer
Entfernung von rund 2,7A Entfernung.

• Wie kann NAD+ für die Glykolyse regeneriert werden?

Anaerob wird ein Molekül NADH + H+ über die Bildung von Laktat bzw. Ethanol aus Pyrovat
wieder zu NAD+ oxidiert.
Aerob kann im Citratzyklus noch mehr NADH + H+ entstehen und das plus dem NADH + H+ aus
der Glycolyse fließt in die oxidative Phosphorylierung ein, wo es oxidiert wird und wieder NAD+
entsteht. Die Glycolyse und der Citratcyklus erzeugen jeweils 2 Moleküle ATP (pro Molekül
Glukose), bei der oxidativen Phosphorylierung werden über Elektronentransportketten (die auch das
NADH + H+ regenerieren) 34 Moleküle ATP erzeugt (theoretischer Wert).

Hartig:
• Beim Harnstoffzyklus kommt der Stickstoff zu gleichen Teilen aus freiem NH3 und
Aspartat. Wie kann die Zelle dieses Gleichgewicht aufrechterhalten?

Ist viel NH3 vorhanden, wird das überschüssige NH3 (über Glutamat als Zwischenprodukt) in
Aspartat (und Oxalacetat) überführt.
Das genaue Gegenteil passiert, wenn viel Aspartat vorhanden ist, es wird in der Gegenreaktion mit
alpha-Ketoglutarat (das Enzym ist die Aspartat-Aminotransferase) in Oxalacetat und Glutamat
überführt, vom Glutamat kann dann wieder die Aminogruppe abgespalten werden und als NH3 in
den Harnsäure-Zyklus eingehen.

NH3 + alpha-Ketoglutarat <===> Glutamat

Glutamat + Oxalacetat <===> Aspartat + alpha-Ketoglutarat

• [Abbildung von 3-Phosphoglycerat und Phosphoserin] Wie heißen die Verbindungen?

Wie kann man sie über 2 Reaktionsschritte ineinander überführen? Welche Cofaktoren
werden benötigt? Wie heißen die Enzyme?
Phosphoglycerat zu Phosphohydroxypyrovat:
Enzym: Phosphoglycerat-Dehydrogenase
Coenzym: NAD+ (zu NADH + H+ reduziert)

Phosphohydroxypyrovat zu Phosphoserin:
Enzym: Phosphoserin-Transaminase (Cofaktor: Pyridoxalphosphat)
Coenzym: Glutamat (zu alpha-Ketoglutarat transaminiert)

• Was ist Ubiquitylierung? Wie funktioniert der Mechanismus? Welche Auswirkungen

haben die verschiedenen Varianten?
Ubiquitin wird an Lysine des Zielproteins angehängt (post-translationale Modifikation), und zwar
an die endständige Aminogruppe der Seitenkette mit seinem C-terminalen Glycin
(=Isopeptidbindung). Dies erfordert Energie, die von ATP bereitgestellt wird.
Die Ubiquitylierung beginnt mit der Reaktion von Ubiquitin mit dem E1-Enzym, Ubiquitin wird
mit der C-terminalen Seite an E1 (an einen Cysteinrest via einer Thioesterbindung) gebunden.
Ubi-COOH + E1-SH + ATP => Ubi-CO-S-E1 + H2O + AMP + PPi
Hierbei wird ATP zu AMP und PPi hydrolysiert. Das E1 überträgt Ubiquitin an E2, auch hier wird
eine Thioesterbindung mit dem C-Terminus gebildet.
Ubi-CO-S-E1 + E2-SH => Ubi-CO-S-E2 + E1-SH
Das E2-Enzym interagiert mit dem E3-Enzym, welches ebenfalls mit dem Zielprotein interagiert
und die Bindung des C-Terminus von Ubiquitin und einer Lysin-Seitenkette ausbildet.
Werden nun mehrere Ubiquitine an ein Zielprotein angehängt bestimmt die Anzahl der Ubiquitine
und auch, wie diese unter einander verknüpft sind, was mit dem Zielprotein geschieht.Es wurde
festgestellt, dass die Ubiquitine ebenfalls mit Isopeptidbindungen untereinander verknüpft sind,
wenn sie über das Lysin48 verknüpft sind und mehr als 4 in der Kette hängen, führt das zum Abbau
des Enzyms im Proteasom.
Andere Arten der Verknüpfungen (z.B. am Lysin63) führen hingegen zu einer Veränderung des
Proteins, das dann als Transkriptionsfaktor aktiv werden kann, auch werden manchmal Histone
ubiquitiniert.

Schroeder:
- Welcher Reaktionsmechanismus verfolgt TIM? In welchem Stoffwechselweg kommt dieses
Enzym vor? (3)
TIM steht für Triosephosphat-isomerase und katalysiert die Isomerisierung von DHAP zu GAP. Sie
ist deshalb unerlässlich für die Glycolyse, denn bei der Aldolase-Reaktion entsteht aus dem
Furctose-1,6-bisphosphat DHAP und GAP, die TIM stellt ein Gleichgewicht zwischen den beiden
her (das zwar weit auf der Seite des DHAP liegt, jedoch wird durch Produktentnahme die Reaktion
von DHAP zu GAP vorangetrieben). Der Reaktionsmechanismus ist der einer Säure-Basen-
Katalyse.
Bei der Reaktion entsteht ein Endiol-Zwischenprodukt. Im aktiven Zentrum befindet sich ein
Glutamat und ein Histidin, das Glutamat zieht ein H vom C1 ab, das doppelt gebundene O vom C2
bezieht ein H vom Histidin, beides zugunsten der Doppelbindung zwischen C1 und C2.
Das deprotonierte Histidin greift nun das H vom O am C1 an und es entsteht ein O-Radikal, das
eine Doppelbindung zum C1 ausbildet. Dadurch wird die Doppelbindung destabilisiert und das C2
zieht das H, welches das Glutamat am Anfang gebunden hat wieder zu sich.
- Zeichnen sie die Struktur der 4 Desoxynukleotide und kennzeichnen Sie folgende
Strukturen: N7 der Purine, C5 der Pyrimidine, N-glykosidische Bindung zur Desoxyribose,
Watson-Crick-Basen und Basen an denen die große Furche der DNA binden kann (3)

C5

N1(glyc. BDG)

Thymin Cytosin Uracil

N1 C5 N7

N9 (glyc. BDG)
- Was wissen Sie über Disulfidbrücken? (2)
Disulfidbrücken bilden sich zwischen 2 cysteinen. Die helfen, da sie kovalente Bindungen sind und
somit um einiges stärker als Van der Waals-Wechselwirkungen, Proteine in der Tertiärstruktur zu
stabilisieren, Loops zu bilden und können auch den Faltungsvorgang beeinflussen.
Die Bildung von Disulfidbrücken entsteht nicht spontan, es handelt sich um eine Redox-Reaktion.
Diese muss enzymkatalysiert ablaufen, auch, um Fehlbildungen von Disulfidbrücken (wenn mehr
als 2 Cysteine in einem Protein vorkommen) zu vermeiden.
Ebenfalls können Disulfidbrücken Teil eines katalytischen Zentrums sein und dort Protonen
aufnehmen und wieder abgeben (unter Aufbruch und erneuter Ausbildung der Disulfidbrücke).
- Welche Reaktion katasysiert die Histonacetyltransferase? Welche Folge hat diese Reaktion
auf die Zugänglichkeit der DNA? (2)
Histonacetyltransferrasen acetylieren Histone an konservierten Lysinen (Acetyl kommt von einem
Acetyl-CoA). So einstehen epsilon-N-Acetyllysine, die positive Ladung der Lysin-Seitenkette wird
so vom Acetylrest verdeckt und die negativ geladene DNA wird lockerer um die Histone gewickelt.
Diese Tatsache erhöht die Tansktiption in diesem Bereich.

Hartig:
- Welche mathematischen Formulierungen gelten für eine chemische Reaktion (S -> P), wenn
(1 Punkt)
a) diese Reaktion irreversibel ist
b) diese Ration reversibel ist ganz am Anfang (t=0)
c) diese Ration reversibe ist im Gleichgewicht

- Beschreiben Sie verschiedene Membranproteine (Lage, Wechselwirkungen); Diskussion der

notwendigen Strukturen; Wie kann man experimentell zwischen den verschiedenen Gruppen
unterscheiden? (3)
Membranproteine haben, je nach Funktion, andere Strukturen und befinden sich in anderen Teilen
der Zelle/des Organismus.
Strukturell gibt es bei Membranproteinen den Unterschied in der Transmembrandomäne (diese kann
alpha-Helix oder beta-Faltblatt sein) bzw. ob es überhaupt Transmembrandomänen gibt oder das
Protein nur leicht in der Membran verankert ist. Diese periphären Membranproteine haben entweder
eine amphipathische alpha-Helix, sind kovalent an ein Lipid gebunden, haben hydrophobe
Schleifen oder üben ionische Wechselwirkungen mit der Membran aus. Diese können mit polaren
Lösungsmitteln (erhöhter pH oder erhöhte Salzkonzentration) aus der Membran gelost werden
(niedrigmolare Kohlensäure-Lösung).
Die Membranproteine mit Transmembrandomänen sind um einiges fester verankert. Man
unterscheidet eine und mehrere Transmembranhelices und beta-Barrel-Proteine (aus beta-
Faltblättern). Diese können nur aus der Membran gelöst werden, wenn die Membran zerstört wird.
Die periphären Membranproteine sind oft wichtig für Zell-Zell-Interaktionen, die integralen
Membranproteine fungieren als Kanäle, Rezeptoren, Enzyme oder sind wichtig für die Zell-Zell-
Adhäsion.

- Beschreiben Sie zwei einfache bakterielle Photosysteme und vergleichen sie diese
miteinander (beteiligte Proteine, Elektronenfluss, Reaktionsgleichung) (3)

- Beschreiben Sie den in-vitro Faltungsvorgang eines Proteins und diskutieren sie die
wichtigsten Überlegungen dazu (3)