Herramientas Libres Para Análisis Biológicos
Andrés Mauricio Pinzón Velasco*
16 de abril de 2004
apinzon@telesat.com.co
Resumen
El creciente volúmen de datos biológicos
derivados de diversos proyectos de investigación
alrededor del mundo, han hecho que la aplicación
de herramientas computacionales para su análisis
sea en la actualidad una de las estrategias más im-
portantes en la investigación biológica moderna.
Generalmente estos proyectos de investigación
biológica se abren paso en el seno de comunidades
académicas y es casi un denominador común que
el desarrollo de herramientas para su análisis se
ejecute bajo entornos UNIX y sean, generalmente,
de código abierto, lo cual ofrece una oportunidad
competitiva a los centros de investigación de los
países tecnológicamente menos desarrollados.
Introducción
Debido al vertiginoso desarrollo en nuestro
conocimiento acerca del ”código de la vida”, así
como en la aplicación de diversas técnicas y he-
rramientas moleculares para su análisis, ha sido
posible la realización de grandes proyectos de es-
cala mundial que algunos años atrás hubieran sido
impensables para la comunidad científica, como el
”Proyecto Genoma Humano”, el más ambicioso e
importante proyecto científico en la historia de la
humanidad o cualquiera de los múltiples proyec-
tos ”genoma” que existen en la actualidad1 . Sin
*
Miembro del Centro de Bioinformática del Instituto de aplicaciones
Biotecnología (CBIB), Universidad Nacional de Colombia,
sede Bogotá (http://bioinf.ibun.unal.edu.co/~apinzon).
1 2
Por ejemplo, proyecto Genoma Plasmodium vivax
(http://plasmodb.org) proyecto Genoma Plasmodium falci-
1
embargo, dicho desarrollo no obedece únicamente
a nuestro conocimiento exclusivo en el área de las
ciencias de la vida, sino que por el contrario es
el resultado de la interacción y esfuerzo común
de diversas áreas del conocimiento, que van des-
de la biologia básica hasta la aplicación de las más
avanzadas técnicas algorítmicas.
El escenario que dió orígen a esta interacción
aún contínua y lo podemos sintetizar de la siguien-
te manera: ”las herramientas moleculares con
las que se cuenta para los proyectos biológicos
son altamente efectivas, de tal manera que la
generación de datos sobrepasa por mucho, la
capacidad de análisis del investigador”, de esta
manera, no resulta sorprendente que la utilización
de herramientas computacionales para el análisis,
manipulación y algunas veces generación de
dicho volúmen de datos no se hubiera hecho
esperar, lo que con el paso de los años daría paso a
una disciplina que actualmente conocemos como
bioinformática.
La investigación científica y en particular la
biológica es bastante heterogénea, lo cual ha
dado paso al desarrollo de múltiples herramientas
con propósitos particulares y muchas veces, para
cubrir necesidades específicas de un laboratorio
o proyecto de investigación, además dichos
proyectos se gestan por lo general en el seno de
comunidades académicas y científicas concientes
de su compromiso con la sociedad, lo cual ha
redundado en la utilización tanto de sistemas
*NIX de código abierto, como de lenguajes y
herramientas libres para el desarrollo de dichas
2
.
parum (http://www.tigr.org)
Como es de esperar, muchos de los grandes proyectos
científicos alrededor del mundo son de origen privado, de tal
 10. Filogenia.

El presente artículo busca citar algunos de los 11. Ensamble de secuencias.

diversos proyectos de software libre existentes en
el ámbito bioinformático y llamar la atención ha- Tal vez las necesidades específicas de uno u otro
cia la oportunidad competitiva que estos proyectos proyecto de investigación lleve a que la tarea más
podrían ofrecer a los países menos desarrollados utilizada no sea ninguna de las citadas anterior-
tecnológicamente. mente, pero sin lugar a duda estas son las más
comúnes a cualquier centro de investigación en
biología molecular en el mundo.
Un mundo heterogéneo
La investigación biológica es bastante heterogé- Evaluación de herramientas
nea, su campo de acción es variado y el tipo de
análisis posibles puede llegar a ser casi infinito, La consecución de herramientas libres para lle-
sin embargo, para cada una de estas tareas imagi-var a cabo estas tareas no es en realidad un tra-
nables, con toda seguridad existe una herramientabajo difícil, basta con ingresar un par de palabras
clave en cualquier motor de búsqueda y tendremos
libre que permita su realización, y si dado el caso
no llegara a encontrase la herramienta específicaa disposición cientos de herramientas que nos per-
mitiran llevar a cabo nuestro trabajo, sin embargo,
que cubra cada una de las necesidades particulares
tampoco es difícil encontrar que muchas de estas
de dicho proyecto, siempre existe la opción de ob-
herramientas sean obsoletas o no esten implemen-
tener el código fuente de alguna aplicación similar
tadas de la mejor manera.
y adapatarla a nuestras necesidades, en última ins-
tancia esto es lo que hace del software libre algo Esto no quiere decir que no exista software
tan importante. libre de gran calidad para bioinformática, sino
que se debe prestar cierta atención en la elec-
Los análisis potenciales en el campo de la biolo-
gía son tan diversos como la vida misma, sin em- ción de las herramientas que nos permitan obte-
ner los mejores resultados de nuestros análisis, ya
bargo, es posible realizar una abstracción sobre es-
que cualquier persona con cierta habilidad en pro-
tos e identificar ciertas tareas comunes de investi-
gramación de computadores puede desarrollar una
gación [1], las cuales llevan a la realización de la
mayoría de desarrollos de software: herramienta que tome una cantidad de datos de en-
trada y arroje ciertos resultados como salida, ¿pero
1. Búsqueda de similaridad. quien nos asegura que estos datos son correctos?,
tal vez la buena fe del desarrollador, algo en lo que
2. Motivos funcionales. lamentablemente no puede basar sus resultados un
centro de investigación.
3. recuperación de secuencias.
Así, la mejor manera de conocer la efectividad
4. Alineamiento de una herramienta en nuestras investigaciones es,
sin duda, su utilización sobre datos ya confirma-
5. Predicción de estructura terciaria y secun- dos experimentalmente, de esta manera no estare-
daria. mos basando nuestras ideas acerca de uno u otro
programa de software en los resultados de alguien
6. Microarreglos.
más (como es posible al utilizar software que es
7. Análisis de DNA ”conocido” dentro de la comunidad científica),
sino que estaremos aplicando nuestro propio juicio
8. PCR. en la evaluación de este 3 .
3
9. Análisis de ORFs. La herramientas de software citadas en el presente es-
crito no son necesariamente las mejores que existen para
manera que todos sus desarrollos (incluído el software) ter- análisis biológicos, y se encuentran citadas simplemente
minan siendo de su propiedad. El presente artículo no espera porque son las más conocidas por el autor del mismo y han
detallar la existencia de este tipo de herramientas. resultado interesantes en el proceso de investigación que se

2
 Una alternativa es la búsqueda de publicaciones
en revistas relacionadas, como la sección de ”apli-
caciones” en la revista bioinformatics 4 , aunque no
siempre encontremos allí herramientas completa-
mente libres.
Herramientas Libres Para Análisis Bio-
lógicos
Búsqueda de similaridad
Esta es tal vez una de las tareas más fre-
cuentes, la cual consiste en la comparación de
una o más secuencias biológicas (DNA o proteí-
na) en búsqueda de regiones similares. La herra-
mienta más conocida para este tipo de análisis
es NCBI-BLAST (NCBI-Basic Local Alignment
search Tool)5 , existe una versión en línea y otra
versión para trabajo local.
Blast es en realidad un algoritmo heurístico que
ha sido implemetado exitosamente por otras ins-
tituciones (como la Universidad de Washington,
cuya variante de este algoritmo se denomina WU-
BLAST).
Búsqueda de motivos funcionales
ELPH es comunmente utilizado en la búsqueda
de motivos en un conjunto de secuencias de proteí-
na o de DNA. Esta búsqueda la realiza asumiendo
que cada una de las secuencias que ha recibido co-
mo entrada (desde algunas docenas, hasta cientos
de ellas) contiene una copia del motivo.
Recuperación de secuencias
Esta es una de las tareas más comunes en bioin-
formática, y consiste en la consecución de se-
cuencias de ADN o proteína que cumplan con los
requerimientos establecidos por el investigador.
Para este fin, existen grandes cantidades de bases
de datos públicas6 , que se encargan del almace-
namiento de dicha información. Estas bases de
llevo acabo para este escrito, es muy posible por lo tanto que
existan decenas de otras herramientas iguales o superiores a
las citadas en este artículo.
4
http://bioinformatics.oupjournals.org/
5 7
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/
6 8
Existen dos bases de datos importantes que no son de
dominio público: Celera discovery system y las bases de
datos de Incute Genomics.
3
datos son generalmente alimentadas mediante en-
víos realizados por la misma comunidad científica.
Existen más de 1000 bases de datos de este
tipo en la red [4], todas ellas cubriendo una es-
pecialidad concreta, es decir que existen bases de
datos que almacenan secuencias primarias de pro-
teínas, algunas otras se encargan de estructuras se-
cundarias, ESTs, antígenos, secuencias crudas de
DNA, farmacogenómica u organismos específicos
(como plasmoDB [6], la base de datos oficial del
proyecto de secuenciación del genoma de Plas-
modium falciparum).
La descripción de cada una de ellas se encuentra
fuera de los alcances del presente escrito, estas se
encuentran bien detalladas en la edición especial
anual que hace la revista Nucleic Acids Research,
acerca de bases de datos biológicas. Sin embargo
se pueden citar algunas de las más conocidas:
Genbank [5]: cuenta con secuencias de DNA
de más de 105000 organismos diferentes.
Se estima que en esta base de datos exis-
ten alrededor de 13.5 billones de bases nu-
cleotídicas representadas en 12.8 millones de
secuencias diferentes.
DNA Data Bank of Japan (DDBJ)7 : es una
base de datos similar a GenBank, y existe un
sistema de sincronización en las actualizacio-
nes de estas dos bases de datos, lo cual ase-
gura que su contenido sea siempre idéntico.
Protein Information Resource (PIR) 8 : esta es
una base de datos de secuencias protéicas no
redundante.
PROSITE9 : esta base de datos almacena in-
formación acerca de patrones y perfiles de
proteínas biológicamente significativos.
ENSEMBLE 10 : sistema que mantienen ano-
taciones automatizadas de genomas de meta-
zoarios (humano, ratón, zebrafish, Mosquito,
Drosophila, C. elegans).
http://www.ddbj.nig.ac.jp
http://pir.georgetown.edu
9
http://www.expasy.org/prosite
10
http.//www.ensembl.org
Alineamiento esta implementado en forma de CGI Perl, se ac-
cede mediante cualquier navegador web y toma
Smith and waterman es el más conocido de los
como entrada una par de primers dados por el
algortimos en el ambiente informático para el ali-
usuario, de esta manera realiza una búsqueda
neamiento de secuencias y existen innumerables
BLAST e identifica secuencias complementarias
aplicaciones de el, una de ellas es la implemen-
a estas e imprime productos potenciales del PCR.
tada por el paquete de análisis EMBOSS11 en el
programa ”water”.
Análisis y búsqueda de ORFs
Visualización de estructuras terciarias y secun- Manatee17 es una herramienta de anotación y
darias evaluación de genomas procarióticos y euca-
Sin lugar a dudas una de las herramientas más rióticos basada en la web.
conocida al respecto es Rasmol12 , cuya utilización
GlimmerM18 , es un ”gene finder” deriva-
se encuentra bastante extendida.
do de Glimmer, pero desarrollado específi-
Garlic13 , es un editor y visualizador molecular
camente para organismos eucarióticos, es-
completamente libre, soportado por el ministerio
ta aplicación ha sido ”entrenada” para Ara-
de hacienda y energia de Croacia.
bidopsis thaliana, Oryza sativa (arroz) y
Plasmodium falciparum. Teóricamente tam-
Microarreglos bién debería funcionar para organismos cer-
TM414 este es uno de los paquetes de software uti- canos a estos.
lizado por el ”The Institute for Genome Research
(TIGR)15 ” en algunas de sus investigaciones, para Filogenia
el análisis de microarreglos. Este paquete cons-
ta de 4 aplicaciones principales: Microarray Da- Quicktree19 , permite la reconstrucción de
ta Manager (MADAM), TIGR_Spotfinder, Micro- filogénias, mediante la implementación del
array Data Analysis System(MIDAS) y Multiex- método Neighbor-Joining.
periment Viewer(MeV). R 16 es en realidad un pa-
PHYLIP20 , es un paquete de programas para
quete de análisis estadístico de amplia utilización
inferencia filogenética.
en el ámbito bioinformático y en particular en el
análisis de microarreglos. Mavric21 , módulo escrito en python para la
Análisis de DNA manipulación y visualización de árboles filo-
genéticos.
Artemis [3], es una herramienta de visualiza-
ción y anotación de DNA en sus seis marcos de
lectura. Esta implementada en Java y corre bajo Ensamble de secuencias
cualquier plataforma. Artemis es ampliamente uti- Assembler [7]: es una herramienta para el en-
lizada para la anotación de genomas bacteriales y samble de grandes conjuntos de secuencias sobre-
pequeños genomas eucarióticos. lapadas (como ESTs, BACs o pequeños genomas).

PCR
Sistemas Operativos
Virtual PCR [2], es un algoritmo que usa bases
de datos públicas para predecir productos de PCR, Buscando centralizar el uso de estas herramien-
tas y ofrecer sistemas completos para su uso en
11
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/
12 17
http://www.umass.edu/microbio/rasmol/ http://manatee.sourceforge.net/
13 18
http://ccp14.semo.edu/ccp/web-mirrors/garlic/garlic/ http://www.tigr.org/software/glimmerm/
14 19
http://www.tigr.org/software/tm4/ http://www.sanger.ac.uk/Software/analysis/quicktree/
15 20
http://www.tigr.org http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html
16 21
http://www.r-project.org/ http://bioinformatics.org/mavric/

4
ambientes bioinformáticos, recientemente han he-
cho aparición algunos sistemas operativos para es-
ta finalidad. Este es el caso de BioBrew 22 , una
distribución LINUX libre basada en RED HAT y
optimizada para su uso en clusters.
BIOLINUX 23 es también un sistema operativo
completo basado en RED HAT 9.0 y GNOME 2.2,
y diseñado específicamente para su uso en ambien-
tes bioinformáticos, sin embargo su instalación se
realiza exclusivamente por red y no existe una ver-
sion ”.iso” disponible.
LINUX HÉLICE 24 es un proyecto colombiano
que consiste en una distribución LINUX25 , dise-
ñada específicamente para su uso en ambientes
bioinformáticos, está pensada especialmente en la
infraestructura de redes y hardware típicas de los
laboratorios en los países menos desarrollados. La
idea detrás de Linux Hélice es centralizar el análi-
sis de datos biológicos localmente, evitando al
máximo todo tipo de análisis por red.
Además de ofrecer servicios de soporte y ma-
nuales del software presente en la distribución,
linux Hélice centra sus esfuerzos en la imple-
mentación de interfaces gráficas para la mayoría
de programas que funcionan en consola26 .
DNA LINUX27 , es en palabras de su autor: ”una
distribución Linux con software bioinformático
pre-instalado”, este live CD está basado en Slack-
ware.
BIOKNOPPIX 28 : basada en Knoppix, es una
distribución creada para su uso en biología molec-
ular.
Herramientas de lenguaje específicas
para bioinformática
Se podría decir que para cada lenguaje de pro-
gramación libre existe una libreria o un proyecto
de creación para su uso en bioinformática, estos
22
http://bioinformatics.org/biobrew/
23
http://envgen.nox.ac.uk/biolinux.html
24
http://bioinf.ibun.unal.edu.co/~apinzon/helice
25
Esta distribución esta basada en SciLix, una distribución
pensada en la educación superior:
javeriana.edu.co/ciencias/u_sistemas/proyectos/scilix.htm
26
Linux Hélice se encuentra en sus inicios y hasta ahora
existe un prototipo de la distribución, pero su desarrollo está
completamente activo.
27
http://www.dnalinux.com
28
http://bioknoppix.hpcf.upr.edu/
5
son:
BioPerl: Este es tal vez uno de los proyectos
más antiguos relacionado con bioinformática, se
inició oficialmente en 1995 y es sin lugar a dudas
el lenguaje de programación más utilizado en el
ámbito bioinformático (http://www.bioperl.org/).
BioJava: El proyecto BioJava está dedica-
do a proveer herramientas para el procesamien-
to de datos biológicos, lo cual incluye obje-
tos para la manipulación de secuencias, inter-
operación CORBA, acceso a ACeDB, progra-
mación dinámica y rutinas estadisticas simples
(http://www.biojava.org/).
BioPython: este proyecto provee herramien-
tas Python para biología molecular computa-
cional, provee fuentes en línea para modulos,
scripts y vínculos para desarrolladores de software
(http://www.biopython.org/).
BioCorba: este proyecto provee un método
orientado a objetos, neutral e independiente de
la plataforma para describir y resolver problemas
bioinformáticos. El objetivo de BioCorba es servir
de ”palanca” (en términos de sus desarrolladores)
en el código de otros Bio proyectos de una manera
sencilla (http://www.biocorba.org/).
BioLisp: es una fuente publica que apoya a
científicos que usan Lisp para el desarrollo de
aplicaciones inteligentes en ciencias biológicas
(http://www.biolisp.org/).
BioRuby: BioRuby busca implementar un am-
biente integrado para bioinformática mediante el
uso de Ruby (http://www.bioruby.org/).
BioPHP: BioPHP, busca desarrollar herramien-
tas para el análisis de datos bioinformáticos, me-
diante su programación en el lenguaje de script
PHP. (http://bioinformatics.org/biophp/).
AliBio: libreria en C++ para uso en biología.
(http://bioinformatics.org/ALiBio/).
BioLib: para todos aquellos que piensan
en FORTRAN como un lenguaje ”moribun-
do”, esta libreria escrita completamente en
este legendario lenguaje demuestra lo contrario.
(http://bioinformatics.org/biolib/)
BTL [8]: libreria en C++, especialmente dise-
ñada para modelamiento de estructuras.
XML [9]: existen varias aplicaciones de este es-
tandar para su uso en bioinformática y ciencias de
la vida en general, entre los cuales cabe destacar:
 The chemical Markup Language29 .
The bioinformatics Sequence Markup Lan-
guage30 .
The BIOpolymer Markup Language31 .
Suites
Existen completas suites que ofrecen diversos
programas para el análisis de datos biológicos, una
de las más importantes y totalmente libre es EM-
BOSS ("The European Molecular Biology Open
Software Suite ")32 , la Suite Europea de Biología
Molecular de Código Abierto que consta de más
de 100 aplicaciones, las cuales cubren áreas como.
Alineamiento de secuencias
Búsqueda rápida en bases de datos con pa-
trones de secuencias.
Identificación de motivos de proteína, in-
cluyendo análisis de dominios.
Análisis de patrones de secuencias de nu-
cleótidos, por ejemplo identificación de islas
CpG.
Análisis de uso codónico para pequeños
genomas.
Herramientas de presentación para publica-
ciones.
EMBOSS es la suite principal utilizada por el
Centro de Bioinformática del Instituto de Biotec-
nología (CBIB)33 de la Universidad Nacional de
Colombia.
Software libre: cerrando la brecha
A pesar de que la investigación científica de
punta es por lo general una falencia en los países
menos desarrollados, debido principalmente al ba-
jo poder adquisitivo de estos, existe un fenómeno
29
http://www.xml-cml.org
30
http://www.visualgenomics.com/products/index.html
31
http://www.proteometrics.com/BIOML/
32
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/Software/EMBOSS/
33
http://bioinf.ibun.unal.edu.co
6
interesante cuando se habla de este tipo de inves-
tigación en la naciente área de la ”biología in sili-
co”34 .
Este tipo de investigación biológica no se en-
cuentra bajo las restricciones propias de la in-
vestigación en biología húmeda, como termoci-
cladores, costosos reactivos y en general toda la
infraestructura necesaria para el desarrollo de in-
vestigaciones moleculares, sino que por el con-
trario esta basada en herramientas de software, que
requieren únicamente de cierta infraestructura de
hardware generalmente accesible, de tal manera
que cualquier persona o institución con mínimo
poder adquisitivo está en la posibilidad de con-
tar con una estación de trabajo en bioinformática
aceptable. Por otra parte, si en el peor de los ca-
sos no se pudiera contar con el hardware necesario
para llevar este tipo de análisis localmente, siem-
pre existe una solución libre ”en línea”.
Obviamente este tipo de análisis in silico, no
reemplazan de ninguna manera a las técnicas y
tipo de investigaciones propias de la biologia
molecular en los laboratios y no se puede pre-
tender que con el uso de estas herramientas se
subsanen problemas económicos y de inversión
en programas científicos que provienen de cier-
tas esferas del estado, sin embargo, es muy im-
portante anotar que el tipo de análisis suscepti-
bles de ser llevados a cabo mediante técnicas in-
formáticas (que en la actualidad son la gran mayo-
ría) no deberían presentar ninguna diferencia entre
una u otra nación. Las herramientas existen, es-
tan disponibles para su uso y gracias a una siem-
pre creciente comunidad en torno al Software Li-
bre tenemos acceso a los códigos fuente y pueden
ser adaptadas a nuestras necesidades particulares,
además la mayoría de información biológica rele-
vante se encuentra en bases de datos de dominio
público.
sin embargo, es importante anotar que no siem-
pre la bioinformática es económica, aunque gran
parte de esta sí lo sea. Proyectos masivos, como
la secuenciación y anotación de genomas comple-
tos generalmente requiere de una infraestructura
de hardware importantes, así como de mano de
34
Este término es utilizado para marcar una diferencia en-
tre la investigación biológica tradicional (biología húmeda
o de laboratorio) y el tipo de investigación biológica que se
realiza mediante técnicas computacionales.
obra calificada.
Bioinformática y Software Libre en colombia
¿Existe investigación en bioinformática en
Colombia?, en nuestro país no existe investigación
formal en bioinformática35 , obviamente muchas
instituciones sí hacen uso de este tipo de herra-
mientas pero tal vez no con la intensidad y se-
riedad que se dá en otros países. Algunos labo-
ratorios de investigación en nuestro país hacen
uso de estas en sus investigaciones, generalmen-
te aquellos que cuentan con la mayoría de recur-
sos económicos, algunos cuentan con personal al-
tamente capacitado y otros no, pero se podría decir
que la inmensa mayoría ve la bioinformática como
una disciplina lejana y de alguna manera ajena,
limitando sus análisis a algunas tareas rutinarias
de alineamiento y búsquedas en GenBank.
Este hecho responde en parte a que a pesar de
la extensa utilización de los computadores como
parte del trabajo cotidiano en cualquier área in-
vestigativa, estos son vistos por la mayoría como
”sofisticadas máquinas de escribir”, en las cuales
se pueden realizar algunos cálculos estadísticos y
a las cuales se les puede instalar algunas veces una
copia ”ilegal” de un software de análisis biológi-
co, lo cual no siempre viene bien cuando se hace
parte de una institución educativa.
Básicamente la poca utilización de herramientas
bioinformáticas en la mayoría de centros educa-
tivos y de investigación se origina precisamente
del poco conocimiento acerca de la enorme can-
tidad de software libre existente en este campo, y
a la errónea idea de que los sistemas operativos li-
bres son herramientas exclusivas de las disciplinas
relacionadas con la Tecnología de la Información
o para su uso exclusivo como servidores.
De esta manera, es vital que la comunidad cien-
tífica en nuestro país empiece a comprender que
en lo relacionado a la biología hecha por computa-
dor, no debería existir ninguna brecha en compara-
ción a los países con acceso a la mayoría de re-
cursos, y que de cierta manera la utilización ex-
clusiva de plataformas propietarias nos excluye de
la oportunidad de desarrollo en esta área, pues si
35
De hecho en nuestro país no existe un programa o es-
pecialización al respecto. En el mejor de los casos existen
cátedras aisladas dentro de un programa de biología molec- ma de software cree trabas en el desarrollo del
ular.
7
bien existen herramientas libres para análisis bio-
lógicos compatibles con sistemas propietarios, es-
tas son pocas y la mayoría de software existente
para estas plataformas tiene costos bastante eleva-
dos, los cuales sumados a otros costos de licencias
dejan sin oportunidades a la mayoría de centros de
investigación en nuestro país.
De manera contraria, el uso de sistemas libres
ofrece grandes oportunidades de desarrollo en es-
ta área a cualquier centro de investigación con
escasos recursos. El pago de licencias es nulo,
la cantidad de software disponible abundante y
aunque no necesariamente el software está siem-
pre disponible de manera gratuita sus costos siem-
pre están dentro del marco de lo racional y conta-
mos con el valor agregado de que, dado el caso,
el código puede ser mejorado, adaptado a nuestras
necesidades e instalado en cuantas estaciones de
trabajo queramos.
Conclusiones
Aunque no se hace una revisión extensiva de to-
das y cada una de las herramientas de software li-
bres existentes para su aplicación en análisis bio-
lógicos, el presente documento presenta algunas
de las más relevantes (o por lo menos más cono-
cidas y utilizadas), pues con toda seguridad exis-
ten muchísimas otras herramientas disponibles de
igual o mayor calidad a las que aquí se presentan,
cuya recopilación es un trabajo que bien merece la
atención. Sin embargo, el simple hecho de hacer
de dominio público el conocimiento de su existen-
cia y la facilidad de su adquisición es de por sí un
hecho relevante, una tarea importante que debe ser
cumplida en todas las áreas del conocimiento.
Por otra, es importante saber que existe toda una
comunidad de desarrolladores trabajando para que
el acceso a la información no sea privilegio de al-
gunos, sino un derecho para todos, y que el Soft-
ware Libre abarca todos los campos imaginables,
desde su aplicación en tareas elementales como la
creación de un documento de texto, hasta el análi-
sis de genomas completos.
Por último, es imperativo que la comunidad
científica y académica cree conciencia acerca de
la posibilidad de que el uso de una única platafor-
conocimiento y sus libertades, obviamente la li-
REFERENCIAS REFERENCIAS

bertad lo abarca todo, se es libre de elegir lo que [9] F. Achard, G. Vaysseix, E. Barillot. 2001.
se quiere, pero solamente podemos elegir cuando XML, bioinformatics and data integration.
existe más de una posibilidad y en este sentido bioinformatics, 17.2, 115-125.
se espera que el presente documento abra dichas
posibilidades.

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