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LAS PROTEINAS
1. GENERALIDADES
La palabra proteína se deriva de la palabra griega proteios que significa “de primera
importancia”.
Las proteínas son los componentes principales de todas las células del cuerpo. Son mucho
más complejas que los carbohidratos y que las grasas. Las plantas sintetizan las proteínas a
partir de los materiales presentes en el aire y en el suelo. Los animales no pueden sintetizar
las proteínas a partir de esos materiales, y deben obtenerlos a partir de las proteínas de las
plantas o de otros animales. Los animales excretan materiales de desecho que contienen
muchos compuestos nitrogenados los cuales durante los procesos de descomposición
realizados por las bacterias del suelo se convierten en compuestos solubles de nitrógeno. Las
plantas usan estos compuestos para la fabricación de más proteínas completando un ciclo en
la naturaleza. Una versión simplificada del ciclo de nitrógeno se observa en la figura 1.
Proteínas de Proteínas de
las plantas los animales
Bacterias
fijadoras de
nitrógeno
Nitrógeno
del aire
Ba denitrifi
Compuesto cte cantes Producto de
de nitrógeno rias desecho
soluble De animal
nit
rifi
can
tes
2. ENLACES PEPTIDICOS
Atendiendo el punto de vista químico, las proteínas se definen como sustancias cuaternarias
complejas, de alto peso molecular, formadas principalmente por -aminoácidos, ligados por
uniones peptìdicas (amìdicas). Estas uniones se establecen por la condensación de dos o más
aminoácidos, a través de sus grupos –COOH y –NH2 (-COO- y NH3+) con pérdida de una molécula
de agua.
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
OH
CH CH2
O O O
CH2 CH2
H H
H N N
-
N N O
H H CH2
NH3+ CH
O O C-terminal
CH3 CH3 CH2
N-terminal C=O
NH2
El extremo del péptido con el grupo amino (-NH3+) libre, se llama extremo N-terminal y
generalmente se dibuja a la izquierda. El extremo del péptido con el grupo carboxilo libre (-
COO-) se denomina C-terminal y se dibuja a la derecha.
Los péptidos se nombran empezando por el aminoácido del extremo N-terminal y todos los
aminoácidos excepto el último se nombran terminados en el sufijo il; el último residuo de
aminoácido presente se le coloca el nombre completo del mismo.
Las proteínas por estar formadas de aminoácidos tienen también un punto isoelectrico el cual
es diferente para cada proteína. En el punto isoelectrico las proteínas tienen mínimo de
solubilidad, mínima viscosidad y mínima presión osmótica. A un pH por encima del punto
isoelectrico las proteínas tienen mas cargas negativas que positivas. A un pH por debajo del
punto isoelectrico las proteínas tienen mas cargas positivas que negativas.
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
De acuerdo con lo anterior, si cada 100g de proteína contienen 16g de nitrógeno, entonces la
proporción de proteína representad por gramo de nitrógeno será de 6.25. Por esta razón para
calcular en general la cantidad de proteína en una muestra, se determina la cantidad de
nitrógeno en gramos y se multiplica por 6.25. Sin embargo este calculo no se aplica siempre
porque hay proteínas como las globulinas del suero, que tienen el 17.2% de nitrógeno y en
consecuencia el factor será 5.85.
Cuando proteína que se hidroliza se va rompiendo en unidades más pequeñas hasta formar
aminoácidos:
H2O Proteosas H2O Peptonas H2O Polipeptidos H2O Dipeptidos H2O Aminoacidos
Proteina
Ser Leu
Cys Tyr
N-terminal
Gly Ile Val Glu Ile Gln
Gln
Cys Ser Leu
Cys Thr Glu
N-terminal Phe
Asn
Val Tyr
Asn Gln His Leu
Cys Cys
Gly Asn
Ser C-terminal GluArg Gly Phe
His Gly
Cys Phe
Leu Val
Leu Tyr
Val Tyr Thr
Glu Leu Pro
Ala
Thr Lys
C-terminal
Para la determinación de la secuencia de los aminoácidos en una proteína, los métodos más
empleados son: el método de Edman, en el cuál se fundamenta el secuenciador de
aminoácidos y el análisis de la secuenciación del DNA, que permite secuenciar una proteina.
H
N C S N - CH - C - NH resto de cadena peptídica
R O
H
H
N C N - CH - C - NH resto de cadena peptídica
S R O
H
H
N C N - CH - C - NH resto de cadena peptídica
H S R O
Feniltiourea
2. hidrólisis ácida moderada origina la ciclización y expulsión de la cadena más corta del polipéptido
S
S H
C
C N H
NH NH
NH H2O
CH - C - NH resto de cadena peptídica CH - C - NH resto de cadena peptídica
R O R O
H
S
C H2O
NH N
+ NH2 resto de cadena peptídica
CH - C
R O
El análisis de la secuencia de ADN permite secuenciar una proteina teniendo en cuenta que
cada grupo de tres bases de la secuencia del ADN especifica un aminoácido. El código
genético (que es el mismo para todos los seres vivos) establece para cada grupo de tres
nucleótidos (codón) el aminoácido que codifica. La tabla 2 muestra las primeras bases del
codón, representadas por el color verde, el color naranja representa la segunda base y el
color gris representa la tercera base.
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
U C A G
Phe Ser Tyr Cys U
Phe Ser Tyr Cys C
U
Leu Ser STOP STOP A
Leu Ser STOP Trp G
Leu Pro His Arg U
Leu Pro His Arg C
C
Leu Pro Gln Arg A
Leu Pro Gln Arg G
Ile Thr Asn Ser U
Ile Thr Asn Ser C
A
Ile Thr Lys Arg A
Met Thr Lys Arg G
Val Ala Asp Gly U
Val Ala Asp Gly C
G
Val Ala Glu Gly A
Val Ala Glu Gly G
U C A G
C H C
H
Zn Zn
H H
C C
4.2.2. Hélice
La cadena peptídico a lo largo del esqueleto carbonado, C, C1 (del grupo carboxílico) y el
nitrógeno (del enlace amídico) está en general libre de rotación sin embargo las rotaciones
están representadas por los ángulo de torsión llamados phi (), psi (), aunque existe un
tercer ángulo de torsión denominado omega (). Ver fig.6.
El ángulo phi () mide el giro en torno al enlace que une al carbono alfa con el nitrógeno del
plano anterior.
El ángulo psi (): mide el giro en torno al carbono alfa unido al carbono del plano posterior
(C1)
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
Nitrógeno
(psi)
C (phi)
C1
Nitrógeno C1
C Nitrógeno
La conformación global de un polipéptido está definida por los ángulos phi y psi. No todos los
valores están permitidos porque se generarían fuertes choques estéricos. El diagrama de
Ramachandran1 se utiliza para establecer los valores permitidos para phi y psi, en los cuales
se sitúan la mayoría de los aminoácidos en las proteinas. Para el caso de la hélice-, los
valores permitidos están alrededor de -60 y -50. Esta conformación facilita la formación de
puentes de hidrógeno entre el grupo carbonilo (C=O) del residuo i y el nitrógeno del residuo
i+4, como se observa en la figura 8. las hélices dan una vuelta cada 3.6 aminoácidos y las
cadenas laterales salen hacia fuera del cilindro. Las hélices tienen una longitud promedio
de 12 aminoácidos y son de configuración R. Las estructuras de hélice- no contienen el
aminoácido prolina por el impedimento estérico del anillo y porque el nitrógeno de éste aa
no puede formar puentes de hidrógeno. Los aminoácidos Lys y Glu desestabilizan la hélice-,
debido a que los puentes de hidrogeno pierden importancia frente a las fuertes interacciones
electrostáticas de atracción y repulsión. Por lo anterior la estructura hélice- predomina a
valores de pH en que los grupos ionizables no estén cargados.
1
Ramachandran utilizó un modelo computarizado para pequeños polipéptidos, variando sistemáticamente
phi y psi con el fin de encontrar la conformación más estable.
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
4.2.3. Hoja
En ésta disposición los aminoácidos forman una cadena en zigzag denominada disposición de
lámina plegada o lámina . Esta estructura se genera cuando dos o más aminoácidos
consecutivos de una proteina adoptan ángulos phi de -140 y psi de +130. En éste caso
aparece solo una hebra . Cuando éstas dos hebras se sitúan una al lado de la otra y forman
puentes de hidrógeno entre ellas, se configura la lámina . Todos los grupos C=O y NH,
forman puentes de hidrógeno con las hebras adyacentes. Cada lámina tiene un promedio de
cinco hebras y cada hebra tiene un promedio de cinco residuos de aminoácidos. Las láminas
pueden ser paralelas, antiparalelas y mixtas. Esta estructura se encuentra en la fibroina de la
seda.
Las láminas paralelas se presentan cuando los enlaces nitrógeno-carbono, tienen el mismo
sentido, ver fig. 9
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
Cuando las hebras tienen diferente sentido, la hoja resultante se denomina antiparalela.
Ver fig.10.
4.2.4. Giros
Los giros son abundantes en las proteinas globulares y generalmente ocurren en la superficie
de la molécula en la región donde el polipéptido forma un enlace por puente de hidrógeno
entre el grupo carbonilo, C=O y el hidrógeno del nitrógeno i+3. En éstos giros abunda la Gly,
Asn y Pro.
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
Es una proteina fibrosa en la que se repiten periódicamente grupos de tres aminoácidos: Gly-
Pro(o hidroxiprolina)-cualquier otro aa. La presencia de la prolina condiciona el
enrollamiento de la proteina en forma de hélice levógira. La presencia de la glicina, aa
caracterizado por no tener cadena lateral, permite el acercamiento de otras hélices de tal
forma que tres hélices levógiras se asocian para formar un helicoide dextrógiro. Las
moléculas de colágeno se asocian por interacciones hidrófobas para formar largas filas que
están entrecruzadas. El entrecruzamiento se debe a los residuos de lisina que se oxidan y
experimentan una condensación aldólica. La estructura triple helicoidal es la responsable de
sus fuerzas de tensión.
-terminal
-terminal
x, y: corresponden a los residuos de prolina e hidroxiprolina
El colágeno está presente en todos los animales multicelulares y es la proteina más abundante
de los vertebrados. Es extracelular, las fibras son insolubles y resistentes a la tensión, está
presente en huesos, cartílagos, tendones, ligamentos, piel y vasos sanguíneos. En los
mamíferos hay 17 cadenas polipeptídicas diferentes que forman distintos tipos de moléculas
de colágeno.
Las diferentes estructuras supersecundarias pueden estar formadas solo por hélices, solo por
hojas o por una combinación de ambos. En la tabla 3, se relacionan algunos de los modelos
de mayor interés.
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
Desde el punto de vista funcional, esta estructura es la más importante pues, al alcanzarla es
cuando la mayoría de las proteinas adquieren su actividad biológica o función. Un ejemplo es
la fosfatasa alcalina, proteina con muchos niveles de estructura. Está formada por dos
cadenas de polipéptidos que al plegarse contiene regiones considerables de estructuras
secundarias y y regiones menos plegadas de espiral aleatoria.
la estructura cuaternaria son las mismas que estabilizan la estructura terciaria. Un ejemplo
es la proteina piruvato deshidrogenada, que se localiza en las mitocondrias, contiene 72
cadenas polipeptídicas. La hemoglobina que se muestra en la figura 13 es otra proteina con
estructura cuaternaria.
mucopolisacárido : El compuesto H NH
OH
glicosídico es superior al 90%. Está OH OH OH OH O H
O - C -CH
H
formado por dos galactosas y una xilosa OH
H
H
O
OH H
O H
OH H
H
OH OH H C=O
Proteina- N-acetilada que se une a la proteína. H OH H H
Proteina
Biomolécula
Proteína-azúcar Peptido glicano: Formado por una trama
de estructuras de polisacáridos paralelas
(residuos alternos de N-acetilglucosamina
y N-acetilmurámico) unidos
covalentemente a un tetrapéptido,
caracterizado por poseer D-aminoácidos.
Los tetrapéptidos se unen a través de un
pentapéptido formado por cinco glicinas
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo
nucleicos
Cadenas de aminoácidos
2
Se entiende por conformación la orientación tridimensional que adquieren los grupos característicos de una molécula en el espacio, en virtud de
la libertad de giro de éstos sobre los ejes de sus enlaces
Elaborado por: Berta Inés Delgado Fajardo