F I C H A R A E

NOMBRE DEL ARTICULO Aplicaciones de proteómica en ecología y evolución

AUTOR Cieslak, A., Ribera, I.
AÑO 2009
REVISTA Ecosistemas
Cieslak, A., Ribera, I. (2009). Aplicaciones de proteómica en ecología y evolución.
REFERENCIA
Ecosistemas 18(1):34-43
CONCEPTOS TEÓRICOS METODOLOGÍA RESULTADOS CONCLUSIONES
 El principio básico de la
electroforesis
 Los métodos utilizados
bidimensional es la
son una herramienta muy
separación de dos  En este trabajo se analizo
útil pasa estudiar procesos
gradientes la utilidad de la
DG especiacion y para
perpendiculares dg una electroforesis  El uso de geles
identificar las
muestra de proteina bidimensional que es una bidimensionales aplicado
características de las
aislada del organismo de las técnicas a cuestiones ecológicas y
proteínas y los genes
 La tecnica de proteomicas más evolutivas se ha
involucrados
elecroforesis utilizadas y accequibles desarrollado de forma
 El uso de geles
bidimensional se utiliza en la ecología y la significaría en los últimos
bidimensionales permite
habitualmente para evolución años
identificar directamente
comparar los patrones de  Se tomo en en cuenta solo  La ultima generación de
las proteínas que se
expresion de proteinas en los aspectos generales de métodos de
expresan de modo
dos o mas muestras este método y se centro espectrometría ha
diferencial lo que reduce
 La tecnica DIGE permite en las aplicaciones mas permitido secuenciar el
enormemente la cantidad
analizar hasta tres importantes. proteoma de forma
cuando se quiere
muestras  Se dio una visión general masiva e indiscriminada
caracterizar las
simultaneamente de los estudios realizados se selección previa.
diferencias adaptativas y
mediante la utilizacion de sobre esta técnica hasta el
funcionales entre
3 pigmentos distintos para día de hoy
individuos sometidos a
marcar las proteínas que
diferentes condiciones
se visualizan a distintas
longitudes de honda
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NOMBRE DEL ARTICULO An evolutionary proteomics approach identifies substrates of the cAMP-dependent protein kinase
AUTOR Yelena V. Budovskaya *, Joseph S. Stephan *, Stephen J. Deminoff, y Paul K. Herman
AÑO 2005
REVISTA
Yelena, V. Joseph, S. Stephen, J. Paul, K.(2005). Evolutionary proteomics approach identifies substrates of the cAMP-
REFERENCIA
dependent protein kinase. 1-6
CONCEPTOS TEÓRICOS METODOLOGÍA RESULTADOS CONCLUSIONES
 La proteina kinasa es una
reguladora clave del
crecimiento de la celula
 La proteína kinasa  Se identifico desde un  El éxito que hubo en la
cataliza la transformación  Se compararo secuencias enfoque sistemático, las identificación de los
del fosfato terminal de de proteínasen en al acciónes funcionalmente posibles sustratos de la
ATP al grupo hidroxilo saccharomyces cerevisiae relevantes de las proteínas PKA ilustra el potencial
 Saccharomyces cerevisiae y se identificaron los estudiadas en una célula que tienen estos métodos
es una levadura ubicua sitios PKA eucariota  En este estudio se
muy utilizada en la  Los niveles de autofagia  Se identificaron sustratos encontró que la
industria y también se midieron con un que pueden proporcionar fosforilacion de PKA
presente en la microbiota ensayo basado en la conocimientos (proteína de analisis)
humana. Sin embargo, en fosfatosa alcalina fundamentales en la que regula la localización de
las últimas décadas ha  La autofagia fue inducida la proteína PKA controla esta proteína de acuerdo
habido un aumento por células trans ferring el crecimiento de estas con la disponibilidad de
significativo de levaduras nutrientes.
infecciones fúngicas
invasivas causadas por
este hongo,
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NOMBRE DEL ARTICULO Contemporary Network Proteomics and Its Requirements
AUTOR Wilson Wen Bin Goh , Limsoon Wong and Judy Chia Ghee Sng
AÑO 2013
REVISTA Biology
REFERENCIA Wen, W. Wong, L. Chia, J. (2013). Contemporary network proteómica and its requirements. Biology. 1-17
CONCEPTOS TEÓRICOS METODOLOGÍA RESULTADOS CONCLUSIONES
 La proteómica es la  DDA es más comúnmente
investigación de todas las utilizado, pero tiene  Así como las redes se
proteínas en un sistema  Se analizaron diferentes problemas de cobertura y pueden utilizar para
dado (identificación y técnicas para el estudio de consistencia. TDA es de mejorar el análisis de
cuantificación). las proteínas y las uso limitado más allá de proteómica, lo contrario
 Actualmente, la secuencias en el genoma los estudios centrados. también es verdad;
plataforma más frecuente  Se hizo una comparación  DDA y en cierta medida, algunos de los requisitos
para la proteómica es el de comparación de las TDA (técnica para de la proteómica,
espectrómetro de masas diferentes características estudio de proteínas, sufre requieren avances de la
(MS) de cada estrategia para el de problemas de biología y la tecnología
 En una configuración estudio de la proteómica inconsistencia. En  Las redes pueden ser
típica DDA, las proteínas  Se centró en mejorar los escenarios extremos, usados para predecir la
se digieren primero (por métodos de estudio de hasta el 60% 70% de los información que falta
lo general utilizando proteínas mediante la datos es incompleta sobre la base de los datos
tripsina) en péptidos antes mejor identificación de  En términos generales, existentes.
de la separación y la los datos básicos: hay dos factores que dan  Además de mejorar la
ionización mediante la construcción lugar a valores que faltan: calidad de los datos, los
 El analizador diferencial medios más sofisticados, perdidos completamente enfoques basados en
digital (DDA; digital lo que reduce el problema al azar (MCAR) y la. DDA pueden
differential analyzer) es del agujero de datos, ADMV que se produce si contextualizarse hacia el
un algoritmo de línea de eludiendo los péptidos están por ámbito biológico y
conversión de rastreo que debajo del límite de presentar datos
se basa en el cálculo ya detección del incompletos
sea de Δy, o de Δx instrumento.
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NOMBRE DEL ARTICULO
AUTOR
AÑO
REVISTA
REFERENCIA
CONCEPTOS TEÓRICOS METODOLOGÍA RESULTADOS CONCLUSIONES
 El hongo micro colonial
negro y levaduras negras
 Los avances tecnológicos y
son habitantes de ambientes
 La rotura de las células de la construcción de grandes
extremos
hongos se realiza usando bases de datos de  La falta de datos
 hongos negros micro-
diferentes enfoques por proteómica permitieron la proteómicos y genómicos
colonial (MCF) y levaduras
metodologías mecánicos o exploración de los procesos para los FMC indica los
negras son los habitantes
enzimáticos biológicos y la composición principales retos analíticos y
más exitosos de roca
 El sedimento de proteína se de proteínas en Vari metodológicos y, por tanto,
desnuda en las superficies y
debe entonces volver a especies de hongos sólo hay unos pocos
en el interior de la roca en
solubilizarse por agitación  La proteómica de hongos informes sobre la
regiones desérticas
con urea / tiourea durante negros micro colonial se información proteica de los
 La estrategia más popular
varias horas encuentran todavía en el MFC
para el enriquecimiento de
 Para aumentar la proteína se comienzo debido a  Se encontraron resultados
la proteína sigue siendo
adicionó SDS al 2%, puede limitaciones causadas por la importantes sin embargo se
precipitación utilizando
ser utilizado durante la naturaleza de las especies necesita un mejor equipo
disolventes orgánicos como
homogeneización antes  Los enfoques que permita la exploración
TCA o fenol.
precipitación convencionales para extraer funcional de la expresión de
 El análisis proteómico es
 Se utilizó el método de la proteína fallaron para las proteínas de éstos
excepcional por su
electroforesis bidimensional enriquecer la proteína desconocido organismos
capacidad de generación de
para el proceso de incluso si las cantidades de biológicos.
datos. Incluso un simple
separación biomasa se aumentó de 2 a
2D-gel proporciona
3 veces
informa- ción para al menos
algunos cientos de proteínas

NOMBRE DEL ARTICULO
AUTOR
AÑO
REVISTA
REFERENCIA
CONCEPTOS TEÓRICOS
 La Lys-N es una
metalloendopeptidadasa que
activa las proteínas en el
lado amino de los residuos
de lisina
 La proporción de iones en
los péptidos depende de la
basicidad de cada extremo
(extremo N-terminal y C-
terminal)
 Las célulasHEK293 son
provenientes de del riñón
embrionario humano
 Las secuencias o genes
ortólogos son aquellas
secuencias homólogas que
se han separado por un
evento de especiación. Es
decir, cuando una especie
diverge en dos especies
separadas.
 La topología estudia las
propiedades estructurales
invariantes por deformidad,
sobre todo estiramientos o
doblamientos.
F I C H A R A E
Database independent proteomics analysis of the ostrich and human proteome
Maarten Altelaar A, Navarro D, Boekhorst J, Van Breukelen B, Snel B, Mohammed S, Heck A
2011
Maarten, A. Navarro, D. Boekhorst, J. Breukelen, B. Snel, B. Mohammed, S. Heck, A. (2008). Database indenpendent
proteomics analysis of TVE ostrich and human proteome. 1-6
METODOLOGÍA RESULTADOS CONCLUSIONES
 péptidos aleatorios se
generaron al mezclar
 Se observó la actuación de
 Los péptidos observados en residuos en una base por
Novo investigando las
la carne del avestruz péptido, dejando el residuo
proteínas del avestruz y del
contenían una sola lisina en de lisina N-terminal en su
ser humano
el extremo N-terminal lugar
 Se comparó la Lys-N del
 La proporción de iones en
avestruz con la secuencia
del genoma del pollo
los péptidos depende de la  Las partes de las
basicidad de cada extremo alineaciones de grupos
 Se relacionó la secuencia
(extremo N-terminal y C- ortólogos que fueron
del genoma del avestruz con
terminal) afectados por un péptido de
dos especies de aves, el
 se utilizó un algoritmo Novo se seleccionaron
pollo y el pinzón cebra, y
heurístico para identificar basándose en el inicio y
dos especies que están más
los péptidos y se logró parada coordenadas de los
distantes, lagarto y humano
construir secuencias con la pares de segmentos de alta
y su árbol filogenético
búsqueda de iones de tipo c. puntuación
 Se observó el enfoque de
Novo que en una mutación
que aparece por primera vez
 cada una de las especies de
interés (humanos, lagarto,
de las células HEK293 pollo, y avestruz) debe tener
exactamente una proteína en
el grupo de ortólogos