Filling

 Biodiversity  Knowledge  Gaps:  

GBIF  suppor8ng  research  for  
conserva8on  management  
 
Arturo  H.  Ariño,  presen8ng  
 
Co-­‐authors:  Andrea  Pino  del  Carpio ,  Rafael  Miranda,   1
Ana  Villarroya2,  Jordi  Puig  
 
University  of  Navarra  
Department  of  Environmental  Biology  
 
1  Currently  Spanish  Society  for  Icththyology;  2  Currently  The  Nature  Conservancy  

Research  supported  in  part  by  the  Friends  of  the  University  of  Navarra  Associa8on  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Biodiversity  Knowledge  Gaps  
-­‐-­‐  absolute  
•  Biodiversity  exists.  
•  Knowledge  about  biodiversity  is   -­‐-­‐  achievable  
gained.    

Biodiversity  knowledge  
Ariño,  A.H.,  et  al.,  in  prep.:  Biodiversity  Knowledge  Gaps.  

–  Absolute  gaps  remain  between  absolute   -­‐-­‐  desirable  

knowledge  and  achievable  knowledge.  
–  Rela8ve  gaps  remain  between  achievable  
-­‐-­‐  gained  
knowlegde  and  desirable  knowledge.  
–  Prac8cal  gaps  remain  between  desirable  
knowledge  and  gained  knowledge    
-­‐-­‐  zero  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 The  Biodiversity  Knowledge  Gap  
Conjectures  

1.  The  more  knowledge  about  biodiversity  is  

gained,  the  less  likely  prac8cal  gaps  will  be  
Ariño,  A.H.,  et  al.,  in  prep.:  Biodiversity  Knowledge  Gaps.  

reduced  by  a  new  source  of  data.  

2.  Sources  of  biodiversity  data  will  increasingly  
overlap  as  knowledge  is  gained.  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
Ariño,  A.H.,  et  al.,  in  review:  GBIF  Best  Prac8ce  Guide  for  ‘Data  Gap  Analysis  for  Biodiversity  Stakeholders’.  
GBIF,  Copenhagen.   GAP  FILLING  

DAK  –  Digitally  Accessible  Knowledge:  Primary  data  that  are  both  digital  and  accessible  in  standard  formats  
LK  –  Locked  knowledge:  Data  that  are  known  to  exist,  but  cannot  be  accessed  because  of  some  barrier  (e.g.  
paywall,  obsolete  digital  systems,  inability  to  digi8ze)  
BK  –  Buried  knowledge:  Data  that  exist  but  whose  existence  is  not  known  or  cannot  be  ascertained  by  users.  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 From  Conjectures  to  Hypotheses:  
Tes8ng  Approaches  
•  Top-­‐down  
–  Set  the  maximum  achievable  extent  
–  Measure  rela8ve  and  prac8cal  gaps  found  in  
separate  sources  
•  E.g.  Hjarding  et  al.,  2014  
•  Bo]om-­‐up  
–  Compile  separate  sources  independently  
–  Measure  the  extent  of  overlap  
•  E.g.  Pino  del  Carpio  et  al.,  2011,  2013,  2014  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Hjarding  A.,  Tolley  K.A.,  Burguess  N.D.,  2014:    Red  List  assessments  of  East  African  chameleons:  a  case  study  
of  why  we  need  experts.  Oryx,  doi:10.1017/S0030605313001427.  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 A  Word  on  “GBIF  Data”  

•  It’s  data  mobilized  by  GBIF  

•  Data  are  supplied  by  data  owners  and  
producers  
•  General  percep8on  of  data  quality  issues  
•  Can  these  data  be  used?  Always?  For  any  
purpose?  
•  Can  we  afford  ignoring  exis8ng  data?  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Ariño,  A.H.,  Chavan,  V.,  Faith,  D.P.,  2013.  Assessment  of  user  needs  of  primary  biodiversity  data:  Analysis,  
Concerns,  and  Challenges.  Biodiversity  Informa8cs,  8:  59-­‐93.    

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Ariño,  A.H.,  Chavan,  V.,  Faith,  D.P.,  2013.  Assessment  of  user  needs  of  primary  biodiversity  data:  Analysis,  
Concerns,  and  Challenges.  Biodiversity  Informa8cs,  8:  59-­‐93.    

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
Data  availability  -­‐>  data  use  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Data  use  rate  –  stabilized?  

R2  =  0.992  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Test  Run:  GBIF  filling  
biological  diversity  knowledge  gap  
in  Biosphere  Reserves  

•  A  bo]om-­‐up  approach  to  measure  the  price  

of  ignorance  
•  Can  conserva8on  be  informed  by  alternate  
knowledge  sources?  
•  Do  data  alone  suffice?  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
Reserves.  PhD  Thesis  by  Andrea  Pino  del  Carpio.  Doctoral  co-­‐advisors:  Rafael  Miranda,  Arturo  H.  Ariño  
Pino-­‐del-­‐Carpio  A.,  2013.  The  use  of  knowledge  about  biodiversity  on  the  management  of  Biosphere  
The  Biosphere  Reserves  
•  “Sites  established  by  countries  and  
recognized  under  UNESCO's  Man  and  the  
Biosphere  (MAB)  Programme  to  promote  
sustainable  development  based  on  local  
community  efforts  and  sound  science.”  -­‐-­‐
Man  and  Biosphere  Programme  
•  631  biosphere  reserves  in  119  countries  all  
over  the  world.  
•  tools  to  help  countries  implement  the  
results  of  the  World  Summit  on  Sustainable  
Development  and,  in  par8cular,  
the  Conven8on  on  Biological  Diversity  and  
its  Ecosystem  Approach.  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
Reserves.  PhD  Thesis  by  Andrea  Pino  del  Carpio.  Doctoral  co-­‐advisors:  Rafael  Miranda,  Arturo  H.  Ariño  
Pino-­‐del-­‐Carpio  A.,  2013.  The  use  of  knowledge  about  biodiversity  on  the  management  of  Biosphere  
The  Biosphere  Reserves  
Area  zones   TYPICAL  ACTIVITIES  
Core:    
TransiIon   •  Biodiversity  conserva8on  
•  Monitoring  
•  Non-­‐destruc8ve  research  
Buffer   Buffer:  
•  Coopera8ng  ac8vi8es  
Core   •  Ecotourism  
•  Research  
Transi8on:  
•  Sustainable  development  
•  Sustainable  agriculture,  
se]lements  
•  Community  services  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 General  Methods  
1.  Select  Biosphere  Reserves  Networks  
2.  Extract  informa8on  from  sources:  
1.  Management  Plans  and  nomina8on  proposals  (MP)  
2.  Scien8fic  literature  including  books,  redlists  (LIT)  
3.  Mu8ple  datasets  made  available  through  GBIF  
3.  Compile  lists  
4.  Review  taxonomy    
5.  Harmonize  taxonomies  using  expert  input  
6.  Tabulate  lists  
7.  Compute  intersec8ons  between  lists  
8.  Calculate  gaps  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 BIOSPHERE  RESERVE  

GBIF  
Coordinate  grid  
georeferenced  
in  MP’s  convex  
datapoints  
hull  

Uncertainty  band  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 MEXICO  :  BIOSPHERE  RESERVES    

Biosphere  Reserves  
Na8onal  Parks  
Protected  areas  
Na8onal  Monuments  
Other  categories  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 SPAIN  :  BIOSPHERE  RESERVES    
ATLANT
IC  
FRAN
CE  

Species  richness  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 MEXICO  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  VERTEBRATES  
250  
200   Fish:  347  (14.5%)  
150  
100  
50   121  
Species  richness   (34.9%)  

Management  
Plans:  1971   225   Management  
(9.4%)  
(82.3%)   49   Plans:  1971   177  (7.4%)  
Amphibians:  
(27.7%)  
231  
(9.6%)  
species  

260  
(10.9%)  
GBIF:   151   Rep8les:  456  (19.9%)  
1255   (33.1%)  
1770   (52.4%)  
species  
208  
(8.7%)  
140   Birds:  1005  (42.0%)  
(5.8%)  
GBIF:  1770  
729  
(73.9%)   76   Literature:   (72.5%)  
(3.2%)   1731  
(72.3%)  
Literature:  
1731  
species  
All    Species:  2395   205   Mammals:  409  (17.1%)  
(50.1%)  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 200  
SPAIN  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  VERTEBRATES  
100  
13  
50  
(20%)  
25  
38  
(59%)   Fish:  64  (11.5%)  
Species  richness  
GBIF:  506  
(91.0%)   37  
(6.7%)  
32  
(5.8%)   25   Amphibians:  35  (6.3%)  
(71%)  

7  
MP:  502   (20%)  
(90.3%)   11  
(18%)  

422   41   Rep8les:  61  (11.0%)  

47   (67%)  
(8.5%)   (75.9%)  

Birds:  294  (52.9%)  

233  
LIT  only:  2  (0.4%)   LIT:  435   (79%)  
LIT+MP:  1  (0.2%)   (78.2%)  

86  
(84%)  
21  
All    Species:  556   (7%)  
Mammals:  102  (18.4%)  
6  
(6%)  
ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
Richness  (number  of  fish  species)   MEXICO  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  FISH  

More  than  one  source   Exclusively  GBIF  

Very  high  
Exclusively  management  plans   Exclusively  literature  
(107)  

Los  Tuxtlas                  

High  

Montes  Azules   Sian  Kaan   La  Encrucijada   Pantanos  de  Centla   Los  Petenes  

Medium  
(41-­‐57)  
Ria  Lagarto   Alto  Golfo  de  California   Ria  Celestun   Zicuiran-­‐Infiernillo   El  Ocote  

Low  

El  Vizcaino   Barranca  de  Metz8tlán   Calakmul   Manatlan   Sierra  Gorda  

Very  low  
(6-­‐18)  

Pinacate   Sierra  Huautla   El  Triunfo   Chamela-­‐Cuixmala   La  Sepultura  

More  narrow   InformaIon  gaps  (%)   Wider  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 MEXICO  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  FISH  

MP:  
7.8    ±    4.7   LIT:  
LIT:  44   (19%)  
46   8.9    ±  3.8  
MP:  43   (13%)  
(13%)   (22%)  
(12%)  
7.1    ±    4.3  
(17%)  

121  
(35%)   4.9    ±    2.5  
(12%)  
34   4    ±    4.4  
(10%)   16   (10%)  
(5%)   2.7    ±    1.1  
(7%)  

GBIF:  42   GBIF:  5.8  ±  2.5  

(12%)   (14%)  

ALL  RESERVES  COMBINED   AVERAGE  PER  RESERVE  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Pino-­‐del-­‐Carpio  A.,  Villarroya  A.,  Ariño  A.H.,  Puig  J.,  Miranda  R.,  2011.  Communica8on  gaps  of  knowledge  of  
freshwater  fish  biodiversity:  implica8ons  for  the  management  and  conserva8on  of  Mexican  Biosphere  
Reserves.  Journal  of  Fish  Biology,  79(6):  1563-­‐1591.    

Taxa  added  to  MP  by  GBIF  

Taxa  added  to  MP  by  literature  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
MEXICO  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  FISH  
 SNC   IUCN   SPAIN  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  VERTEBRATES  

Spanish  Na8onal  Catalogue  

IUCN  Red  Books  

Mammals  

Birds  

v   known  taxa   Cri8cally  endangered  

Rep8les   All  
Endangered  

v   -­‐  listed  
SNC   Vulnerable  
Amphibia   50  
40  
30  
v   -­‐  listed  
IUCN   20  
10  

Fish   v   Number  of  species  

v  
Endemic  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Ariño,  A.H.,  Chavan,  V.,  Faith,  D.P.,  2013.  Assessment  of  user  needs  of  primary  biodiversity  data:  Analysis,  
Concerns,  and  Challenges.  Biodiversity  Informa8cs,  8:  59-­‐93.    

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
MEXICO  :  BIOSPHERE  RESERVES  :  VERTEBRATES  
 IS  GBIF  USEFUL  FOR  CONSERVATION?  
•  Yes  it  is.  It  provides  a  prac8cal  source  of  informa8on  and  can  help  
filling  gaps.  
•  GBIF  conveys  data  from  data  publishers.  Informa8on  not  shared  does  
not  inform  anything.    
•  Knowledge  depends  on  informa8on  exis8ng  and  exposed,  whatever  
the  means.  GBIF  is  one  prac8cal  means  to  expose  exis8ng  
informa8on.  
•  Conserva8on  depends  on  knowledge.    Less  knowledge  -­‐>  success  by  
accident.  More  knowledge  -­‐>  failure  by  accident.  
•  Reliability  and  fitness-­‐for-­‐use  of  GBIF-­‐enabled  data  remains  the  main  
perceived  issue  for  conserva8on  purposes.  But  lack  of  knowledge  can  
only  be  alleviated  by  sharing  data.  
•  Cross-­‐checking  sources  enables  correc8on  and  cura8on.  Reliance  on  
single  sources  is  dangerous.  
•  The  only  “thing”  that  can  subs8tute  an  expert  is  another  expert.  But  
experts  have  to  rely  on  informa8on  sources  too.  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
 Works  covered  or  cited  
•  PINO-­‐DEL-­‐CARPIO  A.,  2013.  The  use  of  knowledge  about  biodiversity  on  the  management  of  Biosphere  Reserves.  PhD  Thesis  by  
Andrea  Pino  del  Carpio.  Doctoral  co-­‐advisors:  Rafael  Miranda,  Arturo  H.  Ariño  
•  PINO-­‐DEL-­‐CARPIO  A.,  ARIÑO  A.H.,  MIRANDA  R.,  2014.  Data  exchange  gaps  in  knowledge  of  biodiversity:  implica8ons  for  the  
management  of  Biosphere  Reserves.  Biodiversity  &  Conserva8on,  DOI:  10.1007/s10531-­‐014-­‐0718-­‐2.  
•  PINO-­‐DEL-­‐CARPIO  A.,  VILLARROYA  A.,  ARIÑO  A.H.,  PUIG  J.,  MIRANDA  R.,  2014.  The  biodiversity  data  knowledge  gap:  Assessing  
informa8on  loss  in  the  management  of  Biosphere  Reserves.  Biological  Conserva8on,  173:  74-­‐79.  doi:  10.1016/j.biocon.
2013.11.020    
•  FAITH,  D.P.,  COLLEN,  B.,  ARIÑO,  A.H.,  KOLEFF,  P.,  GUINOTTE,  J.,  KERR,  J.,  CHAVAN,  V.,  2013.  Bridging  the  biodiversity  data  gaps:  
Recommenda8ons  to  meet  users’  data  needs.  Biodiversity  Informa8cs,  8:  41-­‐58.    
•  ARIÑO,  A.H.,  CHAVAN,  V.,  FAITH,  D.P.,  2013.  Assessment  of  user  needs  of  primary  biodiversity  data:  Analysis,  Concerns,  and  
Challenges.  Biodiversity  Informa8cs,  8:  59-­‐93.    
•  GAIJI,  S.,  CHAVAN,  V.,  ARIÑO,  A.H.,  OTEGUI,  J.,  HOBERN  D.,  SOOD  R.,  ROBLES,  E.,  2013.  Content  assessment  of  the  primary  biodiversity  
data  published  through  GBIF  network:  Status,  Challenges  and  Poten8als.  Biodiversity  Informa8cs,  8:  94-­‐172  
•  ARIÑO,  A.H.,  OTEGUI,  J.,  VILLARROYA,  A.,  PÉREZ  DE  ZABALZA,  A.I.,  2012.  Primary  biodiversity  data  records  in  the  Pyrenees.    
Environmental  Engineering  and  Management  Journal,  11(6):  1059-­‐1075.    
•  OTEGUI,  J.,  VILLARROYA,  A.,  ARIÑO,  A.H.,  2012.  Protected  areas  in  the  Spanish  Pyrenees:  A  meaningful  way  to  preserve  
biodiversity?  Environmental  Engineering  and  Management  Journal,  11(6):  1133-­‐1140.    
•  PINO-­‐DEL-­‐CARPIO  A.,  VILLARROYA  A.,  ARIÑO  A.H.,  PUIG  J.,  MIRANDA  R.,  2011.  Communica8on  gaps  of  knowledge  of  freshwater  fish  
biodiversity:  implica8ons  for  the  management  and  conserva8on  of  Mexican  Biosphere  Reserves.  Journal  of  Fish  Biology,  79(6):  
1563-­‐1591.    
•  ARIÑO,  A.H.,  CHI-­‐JEN  KO,  B.,  2014.  Free-­‐Text  Answers  to  the  CNA-­‐TG  Survey.  Annex  to  ARIÑO  ET  AL.,  2013,  Biodiversity  Informa8cs,  
8(2):  59-­‐93,  dataset  available:      
h]ps://www.researchgate.net/publica8on/264346556_Free-­‐text_answers_to_GBIFS_CNA-­‐TG_Survey?ev=prf_pub  
•  Hjarding  A.,  Tolley  K.A.,  Burguess  N.D.,  2014:    Red  List  assessments  of  East  African  chameleons:  a  case  study  of  why  we  need  
experts.  Oryx,  doi:10.1017/S0030605313001427.  
 

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014
Thank  
You  

ARTURO H. ARIÑO ET AL.: FILLING BIODIVERSITY KNOWLEDGE GAPS. GBIF GB21, DELHI, 17-IX-2014