ALTERACIONES EPIGENÉTICAS EN LA ENFERMEDAD DE ALZHEIMER

La enfermedad de Alzheimer (EA) es la principal causa de demencia en las sociedades

occidentales. Progresa de forma asintomática durante décadas antes de ser
diagnosticado tardíamente cuando las estrategias terapéuticas se han vuelto inviables.
Aunque se han asociado varias alteraciones genéticas con la EA, la gran mayoría de los
casos de EA no muestran una fuerte base genética y, por lo tanto, se consideran una
consecuencia de factores no genéticos. Los mecanismos epigenéticos permiten la
integración de insumos no genéticos de larga duración en antecedentes genéticos
específicos, y recientemente, se ha descrito un número creciente de alteraciones
epigenéticas en la EA. Por ejemplo, una acumulación de mecanismos epigenéticos
desregulados en el envejecimiento, el factor de riesgo predominante de EA, podría
facilitar el inicio de la enfermedad. Del mismo modo, las mutaciones en varias enzimas
de la maquinaria epigenética se han asociado con procesos neurodegenerativos que se
alteran en la EA, como problemas de aprendizaje y la formación de la memoria. También
se han notificado alteraciones epigenéticas en todo el genoma y en el locus, y varios
genes epigenéticamente desregulados validados por grupos independientes. A partir de
estos estudios, surge una imagen de la EA como asociada a la hipermetilación del ADN
y la desacetilación de histonas, lo que sugiere un estado general reprimido de la
cromatina y una plasticidad epigenética reducida en la EA. Aquí revisamos estos
hallazgos recientes y discutimos varias consideraciones técnicas y metodológicas que
son imprescindibles para su correcta interpretación. También prestamos especial
atención a posibles implementaciones y marcos teóricos que esperamos ayuden a dirigir
mejor estudios futuros destinados a desentrañar la participación epigenética en EA.
INTRODUCCION
El término "epigenética" fue introducido por el biólogo de desarrollo Conrad Hal
Waddington (1905-1975) a principios de la década de 1940. Definió la epigenética como
la rama de la biología que estudia las interacciones causales entre los genes y sus
productos, que dan lugar al fenotipo (Waddington, 1942, 2012). Esta idea general fue
posteriormente reducida y definida como la ciencia que estudia los rasgos hereditarios
resultantes de los cambios en un cromosoma sin alterar la secuencia de ADN (Berger
et al., 2009). Aunque hoy en día es ampliamente aceptada, esta definición es,
estrictamente hablando, una concepción de los investigadores del desarrollo y el cáncer,
que perciben la epigenética como una forma de transmitir características fenotípicas a
las células hijas. Sin embargo, tal concepción representa un problema importante para
otras disciplinas como las neurociencias, ya que las neuronas no se dividen y, en
consecuencia, nada que suceda en las neuronas se consideraría epigenética. Como
"recién llegados epigenéticos", los neurocientíficos han comenzado recientemente a
agregar sus puntos de vista hacia esta percepción, pero debido a la importancia
emergente de la epigenética en el sistema nervioso, esto ya ha estimulado una profunda
revisión de la percepción de la epigenética. Actualmente, la epigenética se considera
más bien como el estudio de los cambios estructurales de la cromatina que modifican el
fenotipo sin alterar el genotipo (Jaenisch y Bird, 2003), independientemente de si las
células se dividen o no.
Sin embargo, ¿de dónde proviene este reciente interés de los neurocientíficos en
epigenética o, en otras palabras, en neuroepigenética? Probablemente uno de los
motivos principales se deba a que los mecanismos epigenéticos brindan una plataforma
para integrar diferentes entradas y generar salidas adaptables de larga duración. Esta
capacidad de epigenética toca el fundamento mismo de la neurociencia, proporcionando
un sustrato potencial para la asignación de memoria y para articular la hipótesis de la
interacción gen × entorno asociada con muchas enfermedades multifactoriales como el
Parkinson y la enfermedad de Alzheimer (EA), esclerosis amiotrófica lateral y múltiple ,
e incluso epilepsia (Urdinguio et al., 2009). De hecho, se sabe que los mecanismos
epigenéticos participan en los procesos de aprendizaje y formación de la memoria
(Levenson y Sweatt, 2005; Gräff y Tsai, 2013a; Zovkic et al., 2013; GuzmanKarlsson et
al., 2014; Jarome et al. al., 2014; Woldemichael et al., 2014), y que - en el otro extremo
del espectro - estilo de vida (Fraga et al., 2005), envejecimiento (Heyn et al., 2012),
nutrición (Cooney et al. ., 2002) y las toxinas ambientales (Anway et al., 2005) asociadas
con AD pueden modificar la composición epigenética y contribuir a la fisiopatología de
la EA (Cacabelos y Torrellas, 2014; Coppede, 2014; Bennett et al., 2015).
MECANISMOS EPIGENÉTICOS
A nivel molecular, generalmente se acepta que la epigenética abarca dos mecanismos
principales: la metilación directa del ADN y la modificación de las proteínas que
empacan el ADN, las histonas. Los remodeladores de cromatina y los ARN no
codificantes también pueden participar en la regulación de la cromatina pero, debido a
que no se consideran mecanismos puramente epigenéticos, no se incluyen en esta
revisión (para una discusión adicional sobre estos temas ver Magistri et al., 2012; Langst
y Manelyte, 2015). Aquí, primero proporcionamos una descripción del funcionamiento
de estas dos modificaciones epigenéticas en general, antes de pasar a su implicación
en la neurociencia, y en particular, en AD.
METILACIÓN DEL ADN
La metilación del ADN ha sido hasta ahora la modificación epigenética más estudiada.
Consiste principalmente en la adición de un grupo metilo a las citosinas que preceden a
las guaninas (los denominados dinucleótidos CpG). Estos dinucleótidos están
subrepresentados en el genoma y tienden a acumularse en las regiones densas de CpG
(las denominadas islas CpG o CGI), aunque alrededor del 95% de las CpG están
dispersas por todo el genoma sin mostrar ningún tipo de agregación. Como una visión
general, CpG en no CGI y CGI tienden a ser completamente metilado y no metilado,
respectivamente, con una cantidad insignificante de CpG parcialmente metilado (Vinson
y Chatterjee, 2012).
Históricamente, la metilación del ADN ha sido considerada como una marca epigenética
de represión, ya que los experimentos seminales han demostrado que la inserción
genómica de ADN exógeno da como resultado la transcripción activa solo con ADN no
metilado (Pollack et al., 1980; Wigler et al., 1981; Stein et al., 1982), y dado que la
hipermetilación de CGI se ha asociado de forma recurrente con el silenciamiento de
genes específicos de tejido y la inactivación de X (Straussman et al., 2009). De hecho,
la existencia de CGI junto con el patrón bimodal de metilación del ADN ha evocado la
idea de que los genes pueden activarse y desactivarse controlando la metilación del
ADN de sus CGI. Esta idea ha sido predominante en los últimos años. Sin embargo,
ahora es evidente que la realidad es mucho más compleja ya que alrededor del 70% de
los genes anotados contienen regiones CGI en sus promotores (Deaton y Bird, 2011) y
la mayoría de ellos no están metilados. Además, los genes que contienen CGI y
promotor no CGI muestran particularidades específicas, expresándose
constitutivamente el primero y mostrando bajas tasas de evolución y uso relajado de
sitios de inicio de transcripción (TSS), mientras que el último se caracteriza por un patrón
de expresión más restringido, mayor tasa de evolución y uso de SST fuertemente
definido (Tang y Epstein, 2007). Por lo tanto, la metilación del ADN no puede ser el
principal impulsor de la expresión génica en estas regiones.
Es importante destacar que el ADN no se distribuye aleatoriamente en el núcleo sino
que está asociado a las histonas que forman los nucleosomas (Schones et al., 2008).
La distribución y la compactación de estos nucleosomas determina la estructura de la
cromatina y, por lo tanto, el acceso de la maquinaria transcripcional al ADN (Schones et
al., 2008). Por consiguiente, los CGIs favorecen el acceso de la ADN polimerasa y la
expresión génica al constituir una estructura rígida que complica el envolvimiento del
ADN y el posicionamiento del nucleosoma (Ramirez Carrozzi et al., 2009). Por lo tanto,
los CGI no son meras plataformas para controlar la expresión génica mediante la
metilación del ADN, sino que dicho efecto depende de la secuencia cercana y, por lo
tanto, del contexto tridimensional de la cromatina. En general, la metilación del ADN en
los promotores del gen se asocia con niveles de expresión más bajos (Kelly et al., 2012),
mientras que en los cuerpos de los genes, favorece la expresión génica (Guenther et
al., 2007).
Las enzimas que llevan a cabo la metilación del ADN activo, las llamadas ADN
metiltransferasas (DNMT), están todas asociadas con los nucleosomas (Jeong et al.,
2009), lo que refuerza la idea de que la metilación del ADN y el posicionamiento
nucleosómico están íntimamente relacionados. Se identificaron tres DNMT diferentes:
DNMT1 necesario para el mantenimiento de los patrones de metilación del ADN durante
la división celular, y DNMT3A y DNMT3B, ambos involucrados en el establecimiento de
patrones de novo de la metilación del ADN durante el desarrollo y la determinación del
destino celular. Curiosamente, los DNMT también muestran altos niveles de expresión
en neuronas post mitóticas (Guo et al., 2014a), lo que sugiere que su importancia en el
cerebro adulto está más allá del punto de vista del desarrollo clásico. Un déficit de estas
enzimas puede causar la desmetilación pasiva del ADN (Rhee et al., 2002), pero el ADN
también puede ser activamente desmetilado por la acción de varias reacciones
enzimáticas. Estos incluyen las 10-11 proteínas de translocación (TET), que median la
oxidación de 5-metilcitosinas (5mC) a 5-hidroximetilcitosina (5hmC), y más tarde a 5-
formilcitosina (5fC) y 5 carboxycytosine (5caC); y la timina-ADN glicosilasa (TDG), que
causa la escisión final y la conversión a citosinas (Kohli y Zhang, 2013).
Marcas de metilación del ADN recientemente identificadas
Las técnicas recientemente desarrolladas de secuenciación profunda han documentado
una alta prevalencia inesperada de 5hmC y 5fC en el cerebro (Lister et al., 2013; Varley
et al., 2013; Guo et al., 2014a, b, Kozlenkov et al., 2014). ) A pesar de eso, todavía se
está discutiendo si 5hmC y 5fC constituyen nuevas marcas epigenéticas per se o si son
solo estados intermedios de la desmetilación del ADN (Hahn et al., 2014). En el cerebro,
alrededor de ~80% de las citosinas en los sitios CpG están metiladas (5mC), mientras
que ~8% son hidroxilmetilizadas (5hmC), ~0.8% son formilmetiladas (5fC), y aún menos
son carboxil metiladas (5caC). Estos datos reflejan una alta prevalencia de los estados
intermedios, en especial para 5hmC, que se ha utilizado como argumento para enfatizar
el papel específico de 5hmC en la señalización epigenética (Globisch et al., 2010; Song
et al., 2011; Lister et al. al., 2013; Wen et al., 2014), que junto con 5fC / 5caC está
enriquecido en potenciadores y cuerpos genéticos de genes altamente transcritos (Song
et al., 2011, 2013; Shen et al., 2013; Wen et al. ., 2014; Raiber et al., 2015).
Además, recientemente se ha informado de un cierto grado de metilación del ADN fuera
de los dinucleótidos CpG. La denominada metilación del ADN no CpG se produce
principalmente en el contexto de los dinucleótidos CpA (Lister et al., 2009; Yan et al.,
2011; Ziller et al., 2011) y es particularmente prevalente en el cerebro donde representa
~25 % de todas las modificaciones de citosina (Lister et al., 2013; Guo et al., 2014a). De
forma similar a 5mC y 5hmC, la metilación no CpG también tiende a producirse en
cuerpos génicos de genes altamente transcritos (Lister et al., 2013; Guo et al., 2014a).
Modificaciones de histonas
Como se mencionó anteriormente, los nucleosomas son componentes importantes de
la estructura de la cromatina y su posicionamiento está influenciado por la metilación del
ADN y el contexto de la secuencia. No obstante, los nucleosomas están regulados
principalmente por modificaciones postraduccionales que tienden a ocurrir en la cola N-
terminal de las proteínas de las histonas (Bowman y Poirier, 2015). Los más estudiados
son la acetilación y la metilación de histonas, que se producen como consecuencia de
la actividad antagonista de histonas acetiltransferasas (HAT) y deacetilatos (HDAC), y
de histonas metiltransferasas (HMT) y demetilasas (HDMT), respectivamente, así como
fosforilación de histonas, que está mediada por la acción opuesta de las proteínas
quinasas y fosfatasas. Además, las modificaciones postraduccionales descubiertas más
recientemente incluyen ADPribosylation, ubiquitylation, sumoylation, crotonylation,
propionylation, deiminiation y O-GlcNAcylation, que son también la consecuencia de un
conjunto similar de complejos de enzima.
Estas modificaciones pueden tener lugar en diferentes aminoácidos. Por ejemplo, las
lisinas pueden estar acetiladas; mono-, di- o trimetilado; y mono o poliubiquitilado; las
argininas pueden ser desaminadas; mono-, simétricamente o asimétricamente
dimetilado, y mono- o poli ADP-ribosilado; las serinas y treoninas se pueden fosforilar y
O-GlcNAcilar; los glutamatos pueden ser mono- o poli-ADP-ribosilados; las prolinas
pueden isomerizarse; y las tirosinas pueden fosforilarse (Hanes, 2014; Xu et al., 2014;
Bowman y Poirier, 2015).
Acetilación de histonas
Dependiendo de su identidad, las modificaciones de histona postraduccionales pueden
tener diferentes efectos sobre la expresión génica. En general, la acetilación de histonas
se asocia con una mayor actividad génica (Kouzarides, 2007), en parte porque
disminuye la carga básica de las histonas y por lo tanto reduce la interacción
electrostática con las cadenas de ADN cargadas negativamente. Como resultado, la
compactación de los nucleosomas se relaja facilitando el acceso de la maquinaria
transcripcional al ADN (Li y Reinberg, 2011). En línea, la acetilación de histonas está
enriquecida en promotor y cuerpos génicos de genes activos (Wang et al., 2008b).
Algunas de las modificaciones de acetilación de lisina más estudiadas incluyen la
acetilación de lisina 9 en la histona 3 (H3K9ac) y H3K27ac en promotores de genes y
H3K4ac y H4K12ac en cuerpos de genes, entre otros (Wang et al., 2008b).
Tres familias de HAT - GNAT, MYST y CBP / p300 - son responsables de la acetilación
de estos aminoácidos, y la especificidad de estas modificaciones depende de su
asociación con otras proteínas reguladoras (Bannister y Kouzarides, 2011). En línea,
aunque muchos sitios de acetilación se han descrito individualmente, tienden a aparecer
en combinaciones (Baker, 2011). Las HDAC de clase I, II y IV dependientes de cinc, así
como las HDAC de clase III NAD dependientes, las sirtuinas, antagonizan la actividad
de las HAT. De forma similar a los HAT, las proteínas HDAC muestran un bajo nivel de
especificidad que se regula principalmente por la interacción con otras proteínas y
complejos no catalíticos (Yang y Seto, 2007).
Metilación de histonas
A diferencia de la acetilación, el efecto de la metilación de la histona depende tanto del
tipo de modificación como del residuo en el que se produce. Como ejemplo, la mono-
metilación de la lisina 27 de la histona 3 (H3K27me1) está enriquecida en promotores
de genes activos, mientras que la tri-metilación del mismo aminoácido (H3K27me3) se
encuentra principalmente en genes reprimidos (Wang et al., 2008b). También en
contraste con la acetilación de histonas, las enzimas que regulan la metilación de
histonas muestran un alto grado de especificidad. Dos clases de HMT de lisina están en
juego: HMTs de dominio SET y HMT que no contienen SET, que instalan la metilación
de histonas en lisinas particulares en diferentes grados. Por ejemplo, tres miembros
diferentes de SET HMT realizan la metilación de H4K20 en su forma mono, di o
trimetilada (Liu et al., 2010; Qi et al., 2010). La actividad de los HMT se antagoniza por
dos clases de HDMT: LSD1 y HDMT jumonjirelados, que también muestran un alto
grado de especificidad. Por ejemplo, LSD1 desmetila la monometilación y la dimetilación
de H3K4 y H3K9, pero no su trimetilación (Bannister y Kouzarides, 2011).
El código de Histone
La suma de diferentes modificaciones de histonas, su intrincado sistema de regulación
y el número casi infinito de combinaciones posibles dibuja un paisaje complejo de
modificaciones de histonas que, considerando que la cromatina está compuesta por
cientos de millones de nucleosomas, pueden codificar epigenéticamente una inmensa
cantidad de información . Esta idea ha inspirado la hipótesis del "código de la histona",
que sugiere que mediante el uso de diferentes combinaciones de modificaciones de
histonas las células pueden regular salidas de cromatina funcionales específicas y
distintas (Strahl y Allis, 2000; Jenuwein y Allis, 2001). Esta visión intrigante ha atraído
mucha atención en los últimos años que, sin duda, ha ayudado a impulsar el desarrollo
del campo.
A pesar de eso, recientes experimentos de secuenciación de la inmunoprecipitación de
la cromatina (ChIP) han sugerido que la complejidad detrás del código de dicha histona
parece ser menor que la estimada previamente. De hecho, se ha informado de un alto
grado de redundancia entre diferentes marcas de histonas (Wang et al., 2008b) y los
algoritmos han reconocido combinaciones recurrentes de modificaciones de histonas
que pueden agruparse en estados discretos de cromatina, que explican la mayor parte
de la varianza de transcripción Baker, 2011). Obviamente, esto podría ser una
simplificación de la realidad, y la cantidad de estados de cromatina identificados
depende en gran medida del nivel de resolución técnica aplicada, pero, lo que es más
importante, subraya que de todas las combinaciones posibles solo algunas realmente
ocurren juntas, lo que sugiere que el El código de la histona es más simple de lo
anticipado, lo que facilitaría considerablemente la tarea de los epigenéticos.
NEUROEPIGENÉTICA
El sistema nervioso es un sistema altamente especializado en el que millones de células
se organizan en diferentes estructuras con perfiles epigenéticos y de expresión
característicos asociados con funciones particulares (Xin et al., 2010; Ko et al., 2013;
Sánchez-Mut et al. ., 2013). Es en el sistema nervioso donde se expresan tres de cuatro
genes (Johnson et al., 2009), donde la mayoría de las variantes de empalme se
transcriben (Stamm et al., 2000; Xu et al., 2002; Yeo et al., 2004). ) y la mayoría de
miRNAs se sintetizan (Cao et al., 2006). Además, es en el sistema nervioso, donde los
patrones de expresión de las células muestran el mayor grado de heterogeneidad, con
más del 70% de los genes expresados en menos del 20% de las células de todo el
cerebro (Lein et al., 2007) Debido a esta complejidad, la maquinaria de transcripción se
enfrenta a un desafío formidable en el sistema nervioso y, como consecuencia, también
es muy sensible a las perturbaciones epigenéticas.
En consecuencia, la importancia de la epigenética en el funcionamiento del sistema
nervioso se ve subrayada por el hecho de que las mutaciones en los genes epigenéticos
causan trastornos mentales graves (Berdasco y Esteller, 2013). Por ejemplo, las
mutaciones en genes que establecen marcas epigenéticas, como DNMT1, NSD1, NSD2
o CBP, causan neuropatía autónoma sensorial hereditaria con demencia (HSAN1),
síndromes Sotos, Wolf-Hirschhorn y Rubinstein-Taybi, respectivamente. De manera
similar, las mutaciones en genes que eliminan marcas epigenéticas, como KDM5C, las
reconocen, como MeCP2, o están a cargo de su integración, como las proteínas SWI /
SNF, están asociadas con retraso mental ligado al cromosoma X, síndrome de Rett y
Coffin- Síndromes de Siris respectivamente (Urdinguio et al., 2009; Gasser y Li, 2011;
Sánchez-Mut et al., 2012; Berdasco y Esteller, 2013).
Pero uno de los hallazgos más importantes que respalda la importancia de la
epigenética en el funcionamiento del cerebro ha sido el descubrimiento de que la
actividad neuronal per se modifica la metilación del ADN y los patrones de modificación
de histonas, y además, que el aprendizaje y la memoria dependen de estos cambios
epigenéticos (Levenson et al. al., 2004; Miller y Sweatt, 2007; Guan et al., 2009; Ma et
al., 2009; Gupta et al., 2010; Miller et al., 2010; Guo et al., 2011; Gräff et al. , 2012;
Zovkic et al., 2013). Por ejemplo, la actividad neuronal induce la expresión de
DNMT3A2, TET1 y TET3 (Guo et al., 2011; Oliveira et al., 2012; Rudenko et al., 2013;
Li et al., 2014b) y el transporte de HDAC4 a el núcleo (Sando et al., 2012), mientras que
el agotamiento de DNMTs 1 y 3a, de los HATs KAT2A y KAT2B, de la isoforma
específica neuronal HDMT LSD1, y de los HMTs GLP y G9A, así como del aumento de
la expresión de MeCP2 , de HDACs 2, 3, 4 y 5 afectan el aprendizaje y la formación de
memoria (Guan et al., 2009; Feng et al., 2010; Kramer et al., 2011; McQuown et al.,
2011; Na et al., 2012; Sando et al., 2012; Agis-Balboa et al., 2013; Kerimoglu et al.,
2013; Morris et al., 2013; Stilling et al., 2014; Wang et al., 2015).
Además, varios inhibidores HDAC, como ácido valproico, butirato sódico y otros,
potencian el aprendizaje y la formación de memoria en diferentes paradigmas y modelos
animales (Gräff y Tsai, 2013a), así como en diferentes enfermedades neurológicas
como Alzheimer, Parkinson y Huntington. Enfermedades (Zhang et al., 2013). Por lo
tanto, es evidente que la actividad neuronal, así como el aprendizaje y la memoria se
relacionan y en cierto grado dependen de numerosos jugadores epigenéticos, y que las
perturbaciones epigenéticas no solo afectan el funcionamiento normal del cerebro sino
que también están asociadas a muchas enfermedades neurológicas, incluida la AD.
ALTERACIONES EPIGENÉTICAS EN AD
La enfermedad de Alzheimer es la principal causa de demencia en las sociedades
occidentales, donde afecta al 17% de las personas mayores de 65 años y al 50% más
de 85 años (Alzheimer's Association, 2010). AD es un trastorno neurodegenerativo
caracterizado por una disminución progresiva de las capacidades mentales, la pérdida
neuronal y la acumulación de dos tipos de agregados proteicos, placas amiloides y
ovillos neurofibrilares (NFT, Cummings, 2004). Las placas amiloideas están constituidas
principalmente por agregados del péptido amiloide-β (Aβ), que a su vez es una
consecuencia de la escisión de la proteína precursora amiloide (APP) por β- y γ-
secretasas, mientras que NFT son agregados de proteína TAU hiperfosforilada. Estas
dos características se asocian inequívocamente con AD, pero no se comprenden bien
si son causa o consecuencia, y los mecanismos que conducen a su formación y
propagación.
Se sabe que los factores genéticos y no genéticos contribuyen al desarrollo de la EA.
Las mutaciones raras en tres genes (APP, PSEN1 y PSEN2) se asocian con el 1% de
la EA (Chouraki y Seshadri, 2014) y otras variantes genéticas frecuentes como el APOE-
E4 pueden representar hasta el 20% del total de casos de la enfermedad (Mayeux y
Stern, 2012). En total, se estima que la heredabilidad para la EA explica entre la mitad
y dos tercios del total de casos de EA (Ertekin-Taner, 2007), y la otra tercera parte es
atribuible a factores de riesgo no genéticos en los que supuestamente están
involucrados los mecanismos de epigenética. es decir, diabetes mellitus, hipertensión,
obesidad, inactividad física, depresión, tabaquismo y bajo nivel educativo (Figura 1A
(Kivipelto an Mangialasche, 2014).
Con mucho, el factor de riesgo predominante para AD es el envejecimiento en sí mismo,
ya que la AD solo aparece al final de la edad adulta, y el riesgo de desarrollar la
enfermedad se duplica cada 5 años después de los 65 (Kawas et al., 2000). Es
importante destacar que los mecanismos epigenéticos también se han sugerido como
una fuerza importante del envejecimiento (Chouliaras et al., 2012, 2013b, Heyn et al.,
2012) y alteraciones epigenéticas similares también se han descrito en AD (Figura 1B)
(Cacabelos y Torrellas , 2014; Coppede, 2014; Bennett et al., 2015). Pero antes de
delinear la evidencia de una implicación epigenética en AD, es importante mencionar
que esta cuestión se ha abordado desde perspectivas (técnicas) diferentes, y que los
resultados obtenidos dependen en gran medida de los enfoques experimentales, las
muestras analizadas y las técnicas usado. Algunos de estos estudios se basan en líneas
celulares, otros en modelos animales y otros en tejido post-mortem humano, a veces
con un número de muestra limitado a su disposición. Igualmente diversas son las
técnicas utilizadas para determinar los niveles de metilación del ADN, que van desde el
uso de enzimas de restricción sensibles a la metilación del ADN, hasta anticuerpos que
reconocen específicamente las modificaciones de la metilación del ADN y una lectura
directa de la metilación del ADN por secuenciación de bisulfito. 1B).
Metilación del ADN
Cambios globales en la metilación del ADN
En general, el uso de líneas celulares, independientemente de la técnica utilizada,
sugiere que la AD se asocia con niveles más bajos de metilación del ADN. Por ejemplo,
la línea celular de glioblastoma H4 que alberga la mutación sueca de APP (mutación
doble K670M / N671L que se segrega en una familia sueca), que provoca un aumento
en la producción de Aβ (Citron et al., 1992; Mullan et al., 1992; Haass et al., 1995),
muestra una tendencia general a la hipometilación medida por micromatrices de ADN
después de la conversión de bisulfito (Sung et al., 2011). De manera similar, el
tratamiento de la línea celular de tipo neuronal SH SY5Y con medios condicionados
obtenidos de células que albergan la mutación de Indiana (mutación V717F identificada
por un grupo de Indiana) se asoció con niveles más altos de Aβ (Murrell et al., 1991;
Suzuki et al. , 1994) indujeron una hipometilación general del ADN medida por
anticuerpos sensibles a la metilación del ADN (Hodgson et al., 2013). En línea, las
células endoteliales microvasculares cerebrales sometidas a altos niveles de Aβ
sintético muestran niveles más bajos de metilación del ADN medida por cromatografía
líquida de alta resolución (HPLC) (Chen et al., 2009). Sin embargo, a la inversa de las
observaciones discutidas anteriormente, las células de neuroblastoma IMR-32
sometidas a altos niveles de Aβ sintético no muestran alteraciones significativas en la
metilación del ADN medida por micromatrices de ADN (Taher et al., 2014).
En modelos de ratón con AD, los niveles globales de metilación del ADN han sido menos
estudiados y, hasta donde sabemos, solo un trabajo ha abordado esta cuestión. Cong
et al. (2014) Utilizaron muestras corticales de ratones APPswe / PS1dE9 - que albergan
la mutación APP sueca en combinación con la eliminación del exón 9 del PSEN1 que
resulta en un aumento de la formación de Aβ (Borchelt et al., 1997) - e
inmunoprecipitación del ADN usando ADN anticuerpos específicos de metilación
(inmunoprecipitación de ADN metilado: MeDIP) seguido de la hibridación del ADN
resultante con micromatrices de promotor. Siguiendo este enfoque, alrededor del 10%
de los genes analizados (2346 de los genes promotores 20404 contenidos en el
conjunto) mostraron niveles más altos de metilación del ADN en los ratones APPswe /
PS1dE9 que en los controles, y no se informaron genes hipometilados (Cong et al.
2014). Por lo tanto, a la inversa de lo que ocurre en los modelos de línea celular de la
enfermedad, al menos un modelo de ratón AD muestra niveles más altos de metilación
del ADN.
El estudio de muestras humanas post-mortem no ha ayudado a resolver esta aparente
discrepancia. Usando anticuerpos que reconocen ADN metilado, se ha observado una
pérdida de metilación del ADN en la corteza entorrinal (Mastroeni et al., 2010) y en el
hipocampo de muestras post mortem de AD (Chouliaras et al., 2013a). Por el contrario,
otros estudios que utilizan la misma técnica no informaron diferencias en la corteza
entorrinal (Lashley et al., 2015) o incluso ganancias de metilación del ADN en la corteza
frontal (Coppieters et al., 2014), la corteza temporal (Coppieters et al ., 2014) y el
hipocampo de muestras de AD (BradleyWhitman y Lovell, 2013). De manera muy
similar, los ensayos de ELISA 5mC de la corteza entorrinal de pacientes con EA (Lashley
et al., 2015), así como microarrays de metilación del ADN en la corteza frontal (Bakulski
et al., 2012) no han mostrado diferencias significativas de metilación del ADN.
Un escenario igualmente confuso también está surgiendo del estudio de la
hidroximetilación del ADN en la EA. Se informaron niveles más altos de hidroximetilación
del ADN en ratones 3xTgAD que albergan las mutaciones APP APP Swedish, PSEN1
M146L y P301L TAU y que dan como resultado la formación de Aβ y la fosforilación de
TAU (Oddo et al., 2003) utilizando anticuerpos específicos 5hmC (Cadena-del Castillo
et al., 2014), pero se han observado niveles más bajos usando la misma técnica en la
corteza frontal, entorrinal y temporal humana (Condliffe et al., 2014; Coppieters et al.,
2014), así como en el hipocampo de la publicación -mortem AD muestras (Chouliaras
et al., 2013a), sin diferencias significativas observadas en la corteza entorrinal utilizando
5hmC ensayos ELISA específicos (Lashley et al., 2015).
Es importante mencionar que, en todos estos estudios, la magnitud de la metilación del
ADN y la hidroximetilación cambian, y el número de muestras analizadas, es
relativamente pequeño y, como consecuencia, los resultados pueden verse fácilmente
influenciados por las diferencias en las regiones analizadas (Ladd -Acosta et al., 2007;
Xin et al., 2010; Hernandez et al., 2011; Lee et al., 2011; Davies et al., 2012; Sánchez-
Mut et al., 2013), variabilidad interindividual (Turan) et al., 2010; Heyn et al., 2013) y
fluctuaciones experimentales. Como resultado, si la metilación del ADN y las diferencias
de hidroximetilación están presentes en la EA, es probable que sean pequeñas o estén
asociadas solo a regiones discretas del genoma. El estudio de gemelos discordantes
con la enfermedad ha sido crucial para desentrañar el componente epigenético de las
enfermedades comunes (Bell y Spector, 2011), pero desafortunadamente, hasta el
momento solo se ha estudiado una pareja de gemelos monocigóticos discordantes para
la EA. Allí, la EA se asoció con una pérdida de metilación del ADN y un aumento de la
hidroximetilación del ADN (Mastroeni et al., 2009; Chouliaras et al., 2013a).

Cambios de metilación de ADN específicos del gen

Los intentos de determinar si regiones genéticas específicas o genes particulares están
alterados en la enfermedad de Alzheimer se han centrado inicialmente en genes
previamente asociados con la enfermedad (APP, PSEN1 y genes TAU), y de forma
similar a las tendencias globales, no han surgido evidencias concluyentes de estos
estudios.
A pesar de algunos informes que sugieren una hipometilación en el promotor de APP
en la corteza temporal de AD (West et al., 1995) y el envejecimiento (Tohgi et al., 1999),
los estudios que usan números de muestra más altos no han podido encontrar
diferencias en la corteza frontal, la corteza parietal y el hipocampo de pacientes con EA
(Yoshikai y cols., 1990; Wang et al., 2008a; Barrachina y Ferrer, 2009). Del mismo modo,
los estudios dirigidos a determinar si PSEN1 también podría desregularse
epigenéticamente en la EA no han sido concluyentes. Los grupos metilo se asimilan
directamente de la dieta, que a menudo es deficiente en envejecimiento y EA (Ford y
Almeida, 2012; Hinterberger y Fischer, 2013). De hecho, en el caso del agotamiento de
la dieta, el promotor PSEN1 puede hipometilarse en TgCRND8 - que alberga las
mutaciones APP de Suecia y V717F (Chishti et al., 2001) - y los modelos APPswe /
PS1dE9 AD (Fuso et al., 2011; Li et al., 2015). Hallazgos similares se han obtenido en
la línea celular de neuroblastoma SK-N-BE utilizando medios deficientes en vitamina B6
y B12 (Fuso et al., 2005). Sin embargo, aunque es posible mecánicamente, la
hipometilación de PSEN1 no se ha observado en la corteza frontal y el hipocampo de
las muestras de AD (Wang et al., 2008a; Barrachina y Ferrer, 2009). Y, por último, no
se han observado diferencias significativas en la metilación del ADN en la corteza frontal
o el hipocampo de las muestras de AD post mortem en el promotor de TAU (Barrachina
y Ferrer, 2009). Por lo tanto, parece que al menos estos tres genes clásicos asociados
a AD no están eregénicamente epigenéticamente en la AD en el nivel de metilación del
ADN, lo que podría indicar que los cambios de metilación del ADN no juegan un papel
en AD o que las formas genéticas y no genéticas de AD podría ser el resultado de
alteraciones en un subconjunto diferente de genes. Como consecuencia, también se
están empezando a realizar exámenes amplios e imparciales del genoma.
Cambios en la metilación del ADN en todo el genoma
Desafortunadamente, las comparaciones de casos de control genómicas no han sido
más concluyentes, ya que casi todos los estudios informaron un subconjunto diferente
de genes alterados que podrían reflejar que los enfoques actuales todavía son
inmaduros (Tabla 1). Sin embargo, la combinación de estrategias de todo el genoma
con estudios longitudinales de pacientes con AD y modelos de ratón produce datos más
consistentes. Se ha informado que dos genes diferentes están hipermetilados por dos
grupos independientes, a saber, Sorbin y el dominio SH3 que contiene 3 (SORBS3)
(Siegmund et al., 2007; Sanchez-Mut et al., 2014) y Ankyrin 1 (ANK1) (De Jager et al.,
2014; Lunnon et al., 2014). Estos resultados se obtuvieron en un estudio de metilación
del ADN dependiente de la edad y de metilación del ADN en todo el genoma en dos
modelos de AD diferentes de ratón (APPswe / dE9 y 3xTg-AD) y posteriormente
validados en la corteza frontal de muestras de AD post mortem humanas. así como a
partir de dos pruebas de metilación de ADN de genoma completo en varias regiones
cerebrales humanas en muestras diferencialmente afectadas por EA, respectivamente.
Igualmente relevante parece ser la hipermetilación del gen Insulin-Like Growth Factor
Binding Protein 7 (IGFBP7), que se sustenta en cambios constantes en la metilación del
ADN en el modelo de ratón APPPS1-21 AD, que alberga la mutación APP sueca en
combinación con el L166P Mutación PSEN1 (Radde et al., 2006) - y en muestras de
corteza frontal humana (Agbemenyah et al., 2014). Por último, la hipermetilación de la
fosfatasa de especificidad dual 22 (DUSP22), de forma similar a ANK1, se correlaciona
con la gravedad de la enfermedad y se demostró modificar la fosforilación de TAU y la
viabilidad celular in vitro (Sanchez-Mut et al., 2014).
No obstante, debe tenerse en cuenta que estas correlaciones no reflejan
necesariamente una relación causal con la enfermedad, y que incluso pueden ser
consecuencia de alteraciones secundarias. Esto es particularmente importante para los
observados en modelos de ratón, ya que estos modelos ya tienen una predisposición
genética para desarrollar patología AD. Además, otra limitación de estos estudios es
que no distinguían entre diferentes poblaciones celulares, cuyas proporciones ya están
alteradas en la EA (la EA es una enfermedad neurodegenerativa asociada con una
gliosis prominente y una pérdida específica de neuronas (Serrano-Pozo et al. ., 2011),
y que presentan distintos perfiles epigenéticos (Iwamoto et al., 2011; Labonte et al.,
2013; Lister et al., 2013). Por lo tanto, aunque prometedores, estos resultados deben
considerarse con precaución ya que requerirán otras validaciones usando estudios
específicos de tipo celular.
Modificaciones de histonas
Cambios globales en la acetilación de histonas
Contrariamente a la metilación del ADN, las modificaciones de las histonas se han
estudiado menos en la EA y las evidencias que relacionan las alteraciones de la
modificación de las histonas con AD son principalmente indirectas. Los pocos estudios
que han encontrado varios inhibidores de HDAC ejercen un efecto protector en AD,
mejoran la densidad de la espina dendrítica y facilitan el aprendizaje y la formación de
memoria en diferentes modelos de ratón de la enfermedad (Fischer et al., 2007; Francis
et al., 2009). ; Ricobaraza et al., 2009, 2012; Zhang y Schluesener, 2013; Rumbaugh et
al., 2015), aunque los mecanismos precisos por los que funcionan los inhibidores de
HDAC aún no se han determinado. Además, HDAC2 se encontró elevado con la edad
en ratones y humanos (Chouliaras et al., 2013b, Singh y Thakur, 2014), en APP / PS1
(Gonzalez-Zuniga et al., 2014), p25 / Cdk5 - abrigando el Cdk5 activador p25 transgén
que induce la fosforilación de TAU y la neurodegeneración (Cruz et al., 2006) y modelos
de ratón 5xFAD AD que albergan las mutaciones APP de Suecia, I716V Florida y V717I
en combinación con las mutaciones M146L y L286L PSEN1 con inducir la formación de
Aβ y la neurodegeneración (Oakley et al., 2006), así como en el hipocampo y la corteza
entorrinal de las muestras de AD humanas post mortem (Gräff et al., 2012). En línea, se
ha demostrado que HDAC2 puede unir diferencialmente y regular la expresión de varios
genes relacionados con el aprendizaje y la neuroplasticidad, pero que su depleción
mediada por virus o su inhibición farmacológica específica es suficiente para restaurar
los déficits sinápticos y cognitivos observados en p25 / Ratones Cdk5 (Gräff et al., 2012;
Wagner et al., 2015). Por lo tanto, existe evidencia convincente de que HDAC2 aumenta
en el envejecimiento y la EA, y probablemente esté implicado en el declive cognitivo
asociado, aunque debe mencionarse que otro estudio ha informado de una disminución
de la HDAC2 en pacientes con AD (Mastroeni et al. 2011).
Sorprendentemente, a pesar de estas evidencias, todavía no está claro si la acetilación
de histona basal está alterada en AD. Los niveles más bajos (Zhang et al., 2012), iguales
(Rao et al., 2012; Lu et al., 2014) y más altos (Narayan et al., 2015) de acetilación de
histonas se informaron para la EA post-mortem muestras, mientras que no se han
observado diferencias en dos modelos de ratón con AD diferentes, concretamente
Tg2576 y 3xTg-AD (Francis et al., 2009; Cadena-del-Castillo et al., 2014), aunque un
aumento de la acetilación H3 y H4 en cultivos primarios del ratón 3xTgAD ha sido
descrito por otros (Walker et al., 2013). Una posible explicación podría ser que en lugar
de una alteración de los niveles basales de acetilación de histonas, AD podría estar más
relacionada con la incapacidad de modificar los patrones epigenéticos en ciertas
condiciones, como el aprendizaje y la formación de memoria, en la que los inhibidores
de HDAC aumentan la acetilación de histonas "priorizaría" los niveles de acetilación de
histonas y, en consecuencia, de la actividad de los genes (Gräff y Tsai, 2013a, b; Gräff
et al., 2014). En apoyo de esta visión, los niveles basales de H4K12ac en el
envejecimiento permanecen constantes, pero cuando los ratones están sujetos a
paradigmas de aprendizaje y memoria, solo los animales jóvenes pueden aumentar
estos niveles y no los ratones viejos (Peleg et al., 2010). De manera similar, en ratones
AD Tg2576 que albergan la mutación APP sueca en combinación con la mutación
M146V PSEN1 que da como resultado niveles más altos de formación de Aβ (Chishti et
al., 2001), los niveles globales de acetilación de H4 no se alteran, pero cuando los
ratones son sujetos a paradigmas de aprendizaje y memoria, solo los animales de tipo
salvaje pueden aumentar los niveles de acetilación de histonas y no los ratones Tg2576
(Francis et al., 2009). Alternativamente, aunque sin excluir la hipótesis anterior, también
podría ser posible que las alteraciones de la acetilación de histonas ocurran solo en
ciertos loci, que podrían ser más sensibles a los inhibidores de HDAC, sin reflejar
tendencias generales en la cromatina a granel. Para comprender mejor estos
escenarios, se están comenzando a realizar pruebas genómicas de modificaciones de
las histonas.
Tendencias globales en otras marcas de histonas
Se ha prestado menos atención a las modificaciones postraduccionales de otras marcas
de histonas, a pesar de que algunos resultados sugieren que la fosforilación de histonas
podría verse alterada en la EA. A saber, la histona enlazadora H1 se hiperfosforila y se
acumula en el citoplasma de astrocitos y neuronas de ratones APPswe / PS1dE9 (Duce
et al., 2006). Curiosamente, H1 es un sustrato de p25 / Cdk5 que se acumula en
pacientes con EA (Patrick et al., 1999; Chang et al., 2012) y se asocia con
neurodegeneración y daño celular como la entrada falsa de la división del ciclo celular
(Cruz et al. ., 2006) y la fosforilación de H2A.X (Kim et al., 2008), ambas características
fisiopatológicas de la EA (Ogawa et al., 2003; Myung et al., 2008). Además de la
fosforilación de H1, la evidencia de la fosforilación de H3 se ha mezclado hasta el
momento (Rao et al., 2012; Anderson et al., 2015), lo que sugiere que se necesitan más
estudios para dilucidar su papel en la EA.
Los primeros intentos para estudiar alteraciones potenciales en la metilación de H3K9
en AD no han sido concluyentes, ya que solo tres estudios han abordado esta cuestión
con resultados contradictorios: disminución de la compactación de heterocromatina
asociada con niveles más bajos de H3K9me2 en un modelo TAU Drosophila AD y
muestras humanas (Frost et al. , 2014), no hay diferencias significativas en la
heterocromatina del modelo de ratón p25 / cdk5 Ad medido por H3K9me3 (Gjoneska et
al., 2015) y una mayor compactación en cultivos primarios de ratón 3xTg-AD medida por
H3K9me2 (Walker et al., 2013)

Alteraciones de histonas específicas de genes

La posibilidad de que en AD genes específicos podrían ser modificados
postraduccionalmente en sus histonas acaba de comenzar a ser abordada, y en la
medida de nuestro conocimiento, solo dos estudios en el modelo de ratón p25 / Cdk5
AD abordaron este punto. En 2012, varios genes relacionados con neuroplasticidad se
informaron como hipoacetilados y reprimidos en ratones p25 / Cdk5 (Tabla 2; Gräff et
al., 2012) y, recientemente, el catálogo de genes desregulados y modificaciones
postraduccionales se ha ampliado enormemente (Gjoneska et al. , 2015). Allí, en
general, se observaron ganancias y pérdidas complementarias de marcas específicas
en loci discretos, lo que explica las alteraciones globales menores reportadas en
estudios previos (Gjoneska et al., 2015). Un hallazgo interesante de este estudio fue un
enriquecimiento constante de marcas activas (H3K27ac y H3K4me3) en potenciadores
y promotores de las funciones inmunes y de estímulo-respuesta junto con una
disminución específica en la sinapsis y se pueden observar funciones asociadas al
aprendizaje (Gjoneska et al. 2015).
De manera similar a las alteraciones de metilación del ADN informadas en AD, estos
resultados probablemente reflejan los cambios en la composición celular y los cambios
específicos del tipo celular asociados con la patología AD, lo que requiere validaciones
específicas de células para una mejor evaluación de su importancia en AD.