MICROARRAYS: UNA PODEROSA HERRAMIENTA BIOTECNOLÓGICA

1
Apaza Ortiz K., 1 Ccori Zapata M., 1 Delgado Chávez D., 1 Díaz Miranda E., 1 Hallasi Mamani G.,
1
Minga Guzmán D. y 1 Paredes Mozombite S.

1
Escuela profesional de Biología. Facultad de Ciencias Biológicas. Universidad Nacional de San Agustín.

RESUMEN

PALABRAS CLAVE

ABSTRACT

KEY WORDS:

INTRODUCCIÓN convencional, la RTPCR y la PCR en tiempo

La investigación sobre microarrays como
biosistemas de varios analitos ha generado un
mayor interés en la última década. La
característica principal de la tecnología de
microarrays es la capacidad de detectar
simultáneamente múltiples analitos en una
muestra por un evento de unión por afinidad en
una interfaz de superficie. (Seidel y Niessner,
2008)
Dependiendo de la naturaleza de las mismas, las
matrices se clasifican en microarrays de ADN, de
ARN, de proteínas, de glúcidos, de células y de
tejidos.
Los microarrays son en la actualidad una
poderosa herramienta de análisis de expresión de
genes debido al mayor número de secuencias que
se pueden analizar por prueba y tienen grandes
ventajas sobre otras técnicas como la PCR
real, en las cuales sólo se pueden analizar un
número muy limitado de genes de manera
simultánea, debido a que en la mayoría de los
casos que se requiere montar un ensayo por cada
gen a analizar (Medina y Espinosa, 2009).
Esta tecnología se está aplicando en análisis de la
expresión génica, detección de mutaciones y
polimorfismos, secuenciación, seguimiento de
terapia, medicina preventiva, screening y
toxicología de fármacos, y diagnóstico molecular
(Lopez et al., 2002).
En este trabajo se realiza una revisión
bibliográfica acerca de los conceptos, principales
características y aplicaciones, con el objetivo de
obtener un mejor entendimiento sobre esta
herramienta el campo de la biología.
¿Qué es un Microarray?
Podríamos decir que las micromatrices o
microarreglos permiten el depósito de miles de
puntos conteniendo genes o parte de genes sobre
un portaobjetos para su estudio en paralelo. De
esta manera es posible tener una visión
instantánea de actividad de genomas completos o
de un grupo selecto de genes (Piferrer, 2003;
Barrero, 2005). Medina y Espinosa (2009)
definen a los microarrays como una impresión
ordenada de material biológico en una superficie
sólida cuya aplicación radica en la evaluación
simultánea de cientos de moléculas en una
muestra obtenida a partir de los más diversos
sistemas biológicos. Estos dispositivos son
construidos usando microtécnicas de alta
precisión capaces de sintetizar en superficies
muy pequeñas miles de copias de moléculas.
(Rivas et al., 2007)
Fundamento
La base de la tecnología de microarrays o chips
de ADN es la automatización y robotización de
las técnicas clásicas de biología molecular
Southern y Northern blotting, siendo el
fundamento de la técnica la hibridación de ácidos
nucleicos (Aguado, 2007) por
complementariedad de las bases que los
componen (Barrero, 2005; Rivas et al., 2007)
Principio:
Todos los microarrays se basan en un principio
general, los elementos de reconocimiento
molecular se definen en una matriz heterogénea
y cada uno está dedicado a un analito
conteniendo información cuantitativa. El proceso
analítico se lleva a cabo automáticamente con
bombas y válvulas controladas por ordenador
(Seidel y Niessner, 2008)
La detección de la hibridación entre las sondas de
ADN inmovilizadas en el soporte y los
fragmentos de material genético de la muestra,
requiere un marcaje previo para su posterior
detección (López et al., 2002). El marcaje de la
muestra puede hacerse directamente o
indirectamente; las moléculas fluorescentes
(fluoróforos) absorben fotones de luz de una
fuente externa, generalmente un láser
monocromático, que provoca la excitación de los
electrones de la molécula y la posterior emisión
de luz en una longitud de onda mayor a la de la
luz incidente. Los principales fluoróforos
empleados son fluoresceína, rodamina,
ficobiliproteínas, acridinas y cianinas (Cy5 rojo
y Cy3 verde) (López et al., 2006). La técnica de
detección de ácidos nucleicos más sensible hasta
el momento es aquella que utiliza sondas de
ADN marcadas con biotina y detectadas a través
de conjugados enzimáticos de Avidina (López et
al., 2002).
En los estudios de microarrays se combinan las
técnicas de hibridización de ácidos nucleicos y
detección por fluorescencia. De esta manera, sólo
en los puntos del portaobjeto donde haya
ocurrido hibridización habrá fluorescencia y la
intensidad de la fluorescencia detectada será
proporcional al nivel de expresión del gen en
estudio. Una condición indispensable es que cada
uno de los genes que esté representado sea
fácilmente distinguible de otros. En otras
palabras la porción del gen inmovilizada en el
portaobjeto debe llevar consigo,
independientemente de su tamaño, su cédula de
identidad (Barrero, 2005).
Tipos
Microarrays de ácidos nucleicos
Los microarrays basados en ácidos nucleicos son
un método multiplexado para la detección de
bacterias o virus en los alimentos, agua, o
muestras clínicas. Los analitos son ADN
genómico, ARNm, ARNr, u otros ácidos
nucleicos. Los microarrays de ADN pueden ser
concretamente de ADN fragmentado al azar o
genómicos, de ADNc y de oligonucleótidos
(Alcolea, 2010).
Microarrays de cDNA
Las sondas para arrays de cDNA son
generalmente productos de la reacción en cadena
de la polimerasa (PCR) generada a partir de
bibliotecas de ADN o colecciones de clones,
utilizando cebadores específicos del vector o
específicos del gen (Schulze y Downward,
2001). Es necesario realizar una transcripción
inversa para tener un cDNA de mayor estabilidad
(López et al. 2006).
Microarrays de oligonucleótidos
Las sondas son porciones de DNA sintético de
cadena simple que pueden ser cortas (15-25
nucleótidos) o largas (50-120 nucleótidos). Estos
fragmentos pueden ser presintetizados y
depositados en portaobjetos por robots o
sintetizados in situ (DNAchips) (Barrero, 2005)
Microarrays de proteínas
Las sondas son anticuerpos fijados a portaobjetos
de vidrio y los blancos son muestras de suero o
tejido (Barrero, 2005). Los microarrays de
proteínas permiten la detección, caracterización
y cuantificación de las proteínas así como el
estudio de su función y sus interacciones tanto
entre diferentes proteínas como otras moléculas
ADN o lípidos. Es por ello que los microarrays
de proteínas son una herramienta fundamental de
la Proteómica y poseen un enorme potencial en
cuanto a su aplicación en diagnóstico molecular
o desarrollo de fármacos (López et al. 2006).
Microarrays de tejidos (TMA)
Esta técnica trata de resolver uno de los
problemas principales y limitantes en análisis
moleculares de tejidos: el tamaño limitado de la
muestra. Se utiliza una aguja hueca para tomar
muestras milimétricas de las regiones de interés
de tejidos embebidos en parafina, en especial
biopsias. Luego se depositan de manera ordenada
en un nuevo bloque de parafina y se cortan con
un micrótomo entre 100-500 veces y se
reordenan sobre portaobjetos de vidrio donde se
realizarán pruebas múltiples a nivel DNA, RNA
y proteínas (inmunohistoquímica, hibridización
in situ) (Barrero, 2005).
Análisis e interpretación de datos
La lectura se hace con detectores que permitan
detectar los espectros de emisión de los dos
colorantes en canales diferentes y generar
imágenes separadas para cada uno de ellos. Una
complejidad adicional se plantea en el análisis de
las imágenes, ya que para medir expresión
diferencial deben componerse en un solo archivo
de imágenes la superposición resultante del
archivo generado con el colorante verde y el
archivo generado con el colorante rojo. De esta
manera los puntos que resulten verdes estarán
expresados diferencialmente en una condición y
los rojos en otra, mientras que los amarillos
estarán expresados en ambas. (Seidel y Niessner,
2008). El análisis de los datos de un microarray
se consigue con un software para procesamiento
de imágenes. (Seidel y Niessner, 2008)
Los datos de un experimento de microarrays
típicamente constituyen una larga lista de
mediciones de las intensidades de terreno y
relaciones de intensidad, generados ya sea por
comparación del par de dos muestras o mediante
la comparación de varias muestras a un control
común. De acuerdo al tipo de marcaje que se
haga de las muestras problema, se obtendrá un
tipo específico de lectura (Medina y Espinoza,
2009)
Tratamiento de valores perdidos
Cuando se analizan datos de múltiples
microarrays puede ser importante dar un
tratamiento adecuado a los valores perdidos.
Trabajar con los puntos con información
completa en todos los microarrays puede suponer
una pérdida importante de genes valorables. A
menudo se emplean técnicas de imputación
basadas en medias condicionales del gen
respecto al conjunto de los microarrays o
respecto a los valores de los puntos vecinos
(Moreno y Solé 2004).
Aplicaciones biotecnológicas de los
microarrays
Beaz et al. (2012) en su trabajo realizado
explican el uso de microarrays para la detección
de genes que participan activamente en el sistema
inmune de peces frente a infecciones
experimentales con Aeromonas, a modo de
contribuir con el mejoramiento genético y
nuevos métodos preventivos que mejoren la
supervivencia y salud de los peces.
Gonzales et al. (2015) emplean los microarrays
para buscar la expresión génica de la levadura
Rhodotorula mucilaginosa al ser expuesta a
metales pesados….
CONCLUSIÓN
BIBLIOGRAFÍA
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