1.

Nama diganti pake kode

2. Buka Clustal X
3. Click file -> load sequence
4. Open file notepad
5. Click alignment -> edit
6. GDE, PHYLIP, CLUSTAL di checklist -> OK
7. CLICK ALLIGNMENT
8. Klik Do complete Allignment -> OK
9. Kalo ada bintangnya, dari 11 spesies basanya sama semua.
10. Click file -> Save sequence As -> dilihat format clustal, GDE, Pylip, -> OK
11. Buka MEGA
12. Click Allign -> Edit or build allignment
13. Checklist Create new alignment-> OK
14. Klik DNA
15. Klik Data -> Open -> Ritreve sequence from file
16. Buka yang formatnya .aln -> Open
17. Nomornya di klik kanan, dihapus.
18. Click Data -> Export Allignment -> Click MEGA format -> Ganti nama
19. Title : 16Srna -> No
20. Di close
21. Click File
22. Open file / session
23. Cari File .Meg -> Open
24. Click Phylogeny -> Consruct neighbor joining -> Yes
25. Test of phylogeny : Boostrap method
26. Boostrap = 1000
27. Mode/ method : Composite likely hood
28. Subtituion : Transition + transfection
29. Pattern among lenage : same / homogenus
30. Missing data treatment : complete Deletion -> Compute
31. Display only topology
32. Toggle the display of branch length (angkanya itu hasil boostrap)
33. Ada angka yag 0.0 (Angka jarak genetic/similaritas. Semakin kecil jarak genetiknya
(angkanya) semakin berkerabat dekat.)
34. Buka PHYDIT
35. Klik file -> new -> OK aja.
36. Klik data -> klik import -> GDE (nt replace) -> klik file yg .GDE -> Open ->OK
37. Klik analysis -> Sim table generating similarity table-> OK -> OK lagi
38. Matriks Yg bagian bawah itu menunjukan similaritas yg akan menunjukkan apakah
dua bakteri itu 1 spesies atau bukan. Dikatakan satu spesies apabila simmilaritas itu
mencapai 97.
39. Maktriks yg atas itu angka depannya (dibatesin pake / ) menunjukkan jumlah basa
yg beda. Yang belakang setelah /, total nukleotidanya.
40. Buka pohon phylogeny. Out GROUP nya dihapus. Fungsi outgrup untuk mengetahui
node terakhir.

 Buat laporan : Kode phiilogeny

 Namanya diganti pake kode yang dr NCBI
 Matriksnya dimasukin, dipisah.
