El 14 de julio el ejército de El Salvador lanzó la invasión a Honduras y

ataques aéreos sobre suelo hondureño, un pelotón del ejército de El

Salvador capturó la guarnición fronteriza de Ocotepeque en Honduras, y
otro contingente se desplazó a través del paso fronterizo de El Amatillo.
Simultáneamente, su aviación bombardeó los aeropuertos de La Mesa y
de Toncontin sin éxito.45 En respuesta, la aviación hondureña lanzó
bombardeos.
La Organización de Estados Americanos negoció un alto al fuego la noche
del 18 de julio que entró en vigor el 20 de julio. El gobierno salvadoreño
exigió que cesara la persecución de sus compatriotas, pero la OEA le
exigió antes desalojar suelo hondureño. Las tropas salvadoreñas se
retiraron a principios de agosto.
Fue la última confrontación de la historia donde combatieron aeronaves de
pistón y hélice. Ambos bandos tenían en servicio material de origen
norteamericano que sirvió al final de la Segunda Guerra Mundial. Se
enfrentaron dos de las mejores aeronaves de este tipo jamás construidas:
por un lado, los F4U Corsair de la Fuerza Aérea Hondureña, por el otro,
los P-51 Mustang de la Fuerza Aérea Salvadoreña,[cita requerida]. Ambos
bandos utilizaron sus aviones C-47 Skytrain como bombarderos
improvisados, cuando la Fuerza Aérea Salvadoreña bombardeó
el Aeropuerto Internacional Toncontin en Honduras, en cambio cuando
Honduras bombardeó el Aeropuerto de Ilopango en El Salvador.
El Mayor Fernando Soto Henríquez al mando de su nave una Chance
Vought F4U Corsair con registro FAH-609 de la Fuerza Aérea de
Honduras, anotó tres derribos en combate: un Cavalier P-51D Mustang y
dos Goodyear FG-1D Corsair S de la Fuerza Aérea Salvadoreña el 17 de
julio de 1969, logrados así, el de un P-51 por la mañana y dos FG-1 por la
tarde, con esto se convierte en el único piloto latinoamericano en obtener
tres victorias en un conflicto bélico en suelo continental americano. Esto le
logró varios reconocimientos a nivel mundial e invitado de honor al «Eagles
Gathering».
Al final de la guerra, los ejércitos de ambos países encontraron un pretexto
para rearmarse y el Mercado Común Centroamericano quedó en ruinas.
Bajo las reglas de dicho mercado, la economía salvadoreña (la más
industrializada en Centroamérica en aquella época) estaba ganando
mucho terreno en relación a la economía hondureña.
Las dos naciones firmaron el Tratado General de Paz en Lima (Perú) el 30
de octubre de 1980, por el cual la disputa fronteriza se resolvería en
la Corte Internacional de Justicia: ello dio paso a la solución negociada del
litigio fronterizo por el control de unos 450 kilómetros cuadrados, conocido
como Los Bolsones, los cuales pasaron a formar parte del territorio
hondureño, en detrimento del territorio salvadoreño.
En meses previos a la denominada guerra surgió un escuadrón
clandestino hondureño llamado la Mancha Brava, para aterrorizar a más
de 300 000 salvadoreños que se habían afincado en los años 60 en
Honduras para trabajar en plantaciones bananeras y establecer negocios
en ese país. Estas formaciones paramilitares asesinaron y detuvieron a
una gran cantidad de salvadoreños en la zona fronteriza, lo que agudizó
aún más la situación entre los dos países. Los
grandes hacendados controlaban la mayor parte de la tierra cultivable
en El Salvador desde los años 1920, ya que los sucesivos gobiernos
salvadoreños habían rechazado todo proyecto de distribución de tierras a
campesinos pobres. Esto llevó a la emigración constante de campesinos
salvadoreños a regiones de Honduras cercanas a la frontera con El
Salvador, pues si bien la extensión territorial de El Salvador era igual
(entonces como ahora) apenas al 20% del territorio hondureño, la
población salvadoreña era bastante más numerosa que la de Honduras en
el año 1969: 3 600 000 salvadoreños ante 2 600 000 hondureños.
La sobrepoblación de El Salvador halló una válvula de escape en
la emigración de campesinos salvadoreños a Honduras, país con menos
población y con demanda de mano de obra no calificada, al punto que
hacia 1969 había casi 300 000 jornaleros salvadoreños viviendo en
Honduras, formando casi el 20% de los peones rurales de dicho país. Esto
permitía a las élites de El Salvador reducir la alta densidad demográfica de
su país sin sacrificar sus intereses financieros, evitando todo posible
"reparto de tierras".
En 1969 la situación cambió en Honduras. Los grandes terratenientes
hondureños también experimentaban la presión social de tener grandes
masas de jornaleros sin tierras que podían ser fuente de revueltas contra
el gobierno.
La solución del gobierno hondureño consistió en expropiar tierras a los campesinos salvadoreños
que habían vivido ahí durante varias generaciones y los que se habían hecho propietarios a base de
esfuerzo propio, además de expulsar a los jornaleros salvadoreños residentes en Honduras. Esto
generó una persecución de salvadoreños en Honduras principalmente por el denominado grupo
clandestino La Mancha Brava, que asesinó a una gran cantidad de salvadoreños y atemorizó a
otros, lo cual produjo un "regreso" masivo a El Salvador.

Esta escalada de tensión fue aprovechada por los gobiernos de ambos

países para orientar la atención de sus poblaciones hacia afuera, en vez
de los conflictos políticos internos de cada país. Los medios de
comunicación de ambos países jugaron un papel importante, alentando el
odio entre hondureños y salvadoreños. Los conservadores en el poder
en El Salvador temían que la expulsión de salvadoreños de Honduras
causase tensiones sociales: más campesinos implicarían más presiones
socio-económicas en El Salvador (cosa que finalmente ocurrió).
Finalmente, debido a la pasividad mostrada por el gobierno hondureño
ante el genocidio que cometía La Mancha Brava sobre los salvadoreños en
Honduras, las autoridades de El Salvador decidieron intervenir
militarmente en Honduras.

Estos son los resultados de los partidos de fútbol entre las selecciones de
ambos países:

 El 8 de junio de 1969 Tegucigalpa: Honduras - El Salvador 1-0 (0-0 en

el descanso).
 El 15 de junio de 1969 San Salvador: El Salvador - Honduras 3-0 (3-0).
 El encuentro de desempate tuvo lugar el 27 de junio de 1969 - El
Salvador - Honduras 3-2 (1-2 en el descanso, 2-2 en jornada completa),
jugado en la Ciudad de México.
 Cabe destacar que en esas eliminatorias El Salvador consiguió su
primer pase a una competición mundialista en México 1970.
Mayor Jorge Colindres Reyes (derecha) participando en una ceremonia al
finalizar la guerra.

 La muerte de entre 4.000 y 6.000 civiles, y más de 15.000 heridos,

dependiendo de la fuente.3
 Entre 60.000 y 130.000 de los 300.000 salvadoreños indocumentados
que vivían en Honduras fueron forzados a regresar a su país.3
 El fin del esfuerzo de integración regional conocido como Mercado
Común Centroamericano (MCCA), diseñado por EE. UU. como una
contraparte económica regional para contrarrestar los efectos de
la revolución socialista en Cuba.
 El refuerzo del papel político de los militares en ambos países. En El
Salvador, en las elecciones legislativas que siguieron, la mayoría de los
candidatos del Partido de Conciliación Nacional (PCN) de El Salvador,
en esa fecha en el gobierno, salidos del Ejército, hicieron una enorme
apología de su papel en el conflicto y, por consiguiente, resultaron
victoriosos en las elecciones de diputados y alcaldes.
 El agravamiento de la situación social en El Salvador, producto de las
deportaciones desde Honduras, ya que el gobierno tuvo que facilitar a
estas personas la reinserción económica, lo que no logró satisfacer
adecuadamente (actualmente sigue siendo la zona más pobre de El
Salvador). Aumentó la presión social que derivó en la guerra civil que
viviría el país centroamericano.