Apuntes Curso ALMA – Interferometría

La interferometía

La interferometría es el procedimiento por el cual se hacen interferir dos ondas o señales electromagnéticas y se
registran las medidas del patrón de interferencia que estas generan. Esta técnica nace a partir de los experimentos de la doble
rendija de Thomas Young a principios del siglo XIX. En la década del 50, Hanbury Brown y Twiss desarrollaron la técnica que se
utiliza hasta la actualidad, probando en longitudes de onda del espectro visible que era posible obtener imágenes de gran
resolución utilizando dos receptores y posteriormente estudiando el desfase de las ondas captadas por cada uno de ellos.

Funcionamiento de un interferómetro básico

El interferómetro de Michelson & Morley: Un haz de luz incidente es desdoblado mediante un espejo semitransparente
(ES). Uno de los rayos generados por esta división se refleja en el espejo (EF) y el otro en un espejo de naturaleza móvil (EM),
ambos rayos vuelven a unirse en una pantalla receptora

la idea consiste en: sea dm la distancia entre ES y EM, los patrones de interferencia obtenidos en la pantalla permiten calcular la
longitud de onda en cuestión:

λ = 2dm/n

donde n es el numero de ocasiones en las que se repite el patrón de interferencia.

Formulación matemática

En general una perturbación electromagnética en un punto r y tiempo t puede ser descrita por un campo vectorial E(r,t)
satisfaciendo las leyes de Maxwell. Se asumirá un modelo ergódico (las mediciones promediadas a lo largo del tiempo de este
campo están siempre bien definidas y son similares entre ellas).

Definición 1.1: (Señal) Se denomina Señal de una onda a la respuesta de un instrumento a un campo de radiación. Esta señal,
denotada desde ahora como v(r,t) es proporcional a E(r,t).

Definición 1.2: (Intensidad) Se denomina Intensidad de la radiación I(r) como:

I (r) = < v(r, t) v*(r, t) >

donde v* denota al complejo conjugado y < · > denotan promedio temporal.

Definición 1.3: (Función de Mutua Coherencia) Se denomina función de mutua coherencia Γ a la expresión dada por:

Γ (r 1,r 2 ,τ) = < v (r 1, t) v*(r 2, t+τ)>

que en términos estadísticos no es mas que la función de correlación entre dos señales medidas en los puntos r 1 y r 2 con una
diferencia de tiempo τ. Si se tiene que r 1 = r 2 = r , entonces la expresión Γ (r , r,τ) se denomina función de auto-correlación. Por
otro lado, en caso de utilizar τ = 0, la expresión Γ (r 1,r 2,0) es conocida como función de coherencia espacial.

Definición 1.4: (Grado de Coherencia) a partir de la definición anterior es factible definir el grado de coherencia de una señal
mediante:

γ (r 1,r 2,τ) = Γ (r 1,r 2 ,τ) / [ I (r 1) I (r 2)]1/2

Sumando a esto, se dirá que la radiación en cuestión es coherente si |γ| = 1, e incoherente si |γ| = 0, y parcialmente coherente si
0 < |γ| < 1.
En términos físicos, la coherencia de un frente de radiación corresponde a la correlación que tengan dos mediciones de la onda
electromagnética en cuestión, separadas por un intervalo de tiempo τ. La coherencia mide la capacidad de predecir que forma y
características tendrá la onda en r 2 a partir de su medición en r 1.
Primera herramienta de trabajo es el teorema de Van Cittert-Zernike, el que considera las siguientes hipótesis:

• Se asume que todos los cuerpos estudiados se encuentran a una distancia tal que pueden ser considerados para todo
fin como objetos “adheridos” a la esfera celeste, no se podrán obtener resultados en cuanto a procesos internos de la
estrella o cuerpo celeste en cuestión; solo de su brillo superficial (por el momento).

• Asumimos una emisión espacialmente incoherente en su origen. Vale decir, la única coherencia con la que se puede
contar es con la dada por la propagación de la onda una vez fuera de su fuente de origen

bajo esta hipótesis se tiene el siguiente resultado que funda las bases de la interferometría.

Teorema 1.5 (Van Cittert – Zernike) se tiene la relación:

Γ (r 1,r 2,0) = ∫ I (s) e-2лis · (r 1- r 2)/c

dΩ

donde s es un vector unitario apuntando hacia la fuente, I (s) es la intensidad, c es la velocidad de la luz y dΩ es un elemento de
ángulo sólido.

Un interferómetro es un conjunto de radio telescopios, técnica desarrollada por Rile, en el que un conjunto de radio telescopios
situados a grandes distancias pueden actuar como un único gran telescopio de 16 kilómetros de diámetro.

La resolución de un interferómetro no depende del diámetro de los reflectores individuales, sino de la separación
máxima entre las antenas, o líneas de base, por lo que al alejarlas se incrementa la resolución.

Las señales de las antenas se combinan y se procesan en una súper computadora —el Correlacionador de ALMA— para
simular el trabajo de un telescopio individual. A mayor longitud de onda, peor resolución y a mayor diámetro, mejor resolución.
En consecuencia, un telescopio que capta ondas de radio de gran longitud obtiene una resolución de imagen inferior a la de un
telescopio del mismo tamaño que opera en longitudes ópticas o infrarrojas

El correlador de ALMA es un gran sistema digital que combina la salida de hasta 66 elementos del arreglo usando un
ancho de banda instantaneo de 8 Ghz en cada de las dos polarizaciones por antena, y produce un solo telescopio astronómico
desde las 66 antenas móviles distribuidas en un diámetro de aproximadamente 150 m hasta una configuración expandida de
separación máxima de antena 18.5 km.
Dentro de la supercomputadora, a velocidades que alcanzan 17 mil billones de operaciones matemáticas cada segundo,
la señal de cada antena se empareja con la señal de la otra antena. Esto se denomina "correlación" y es el secreto de cómo todas
las matrices de radiotelescopios alcanzan su grandeza.

El llamado correlador reúne los datos en cubos, segmentos de señal divididos por frecuencia, que pueden tener cientos de capas
de espesor. Los astrónomos procesan esos datos en un nuevo paquete de software diseñado por radio astrónomos y
desarrolladores de software para ALMA llamado CASA.
Clase 18/10

Antes de comenzar con los datos, se debe cerciorar que los datos concuerden con la versión de casa (y la pipeline). Para los
ejemplos del curso se usarán datos de la versión 5.1.1

Instalación de casa

Descargar archivo .tar y descomprimir en directorio raiz, editar .bashrc con las distintas versiones de casa para usar
(https://almascience.nrao.edu/processing/science-pipeline)

export PATH="/home/ram/software/casa-release-5.3.0-143.el7/bin:$PATH"
export PATH="/home/ram/software/casa-release-5.1.1-5.el7/bin:$PATH"

alias casa511='/home/ram/software/casa-release-5.1.1-5.el7/bin/./casa'
alias casa530='/home/ram/software/casa-release-5.3.0-143.el7/bin/./casa'
CASA funciona mediante tasks, muy similar a IRAF. Un task “master” hace correr todas las task’s, este archivo esta en python.
“scriptforpi” contiene el input de cada task y ademas sabe como llamar a cada archivo, pipescript muestra que pasos ha realizado
la pipeline (paso a paso, errores).

Corriendo casa con pipeline

>casa511 --pipeline

>execfile("SCRIPTFORPI.py")

***************** Clase 18/10 ********************

https://casa.nrao.edu/docs/UserMan/

revisar version de casa que concuerde con los datos

casa es como lo mismo que python

editar bashrc para alias y version de casa a usar

casa funciona con task, similar a iraf
warn o severe: significa que hay un error en el script, revisar

varios asdm para una observacion (asdm: alma science data model)

scriptforpi input de cada task y ademas sabe como llamar a cada archivo, (executa pipescript
pipescript muestra que pasos ha realizado la pipeline (paso a paso, errores)

>>casa --pipeline (no esta instalada)

no todas las versiones de casa tienen la pipeline incorporada, hay que buscar cual corresponde a los datos. para instalar pipeline:
https://almascience.nrao.edu/processing/science-pipeline

>>execfile("archivoscript.py")

archivo de calibracion desfasados en 1 segundo, para hacer astrometria no serviria, deben actualizarse los datos

para corregirlos, la diferencia de horaria hay q actializarla, puede ocurrir que una imagen se corra
>>!update-data

(por cable) ya que rsync esta bloqueado para la universidad

todo lo que es imaging se hará a mano.

RADIOMETROS: miden la columna de aire que se encuentra sobre la antena (para calibración)

mientras mas separado este el arreglo, mas dificil es corregir las fases dado la atmosfera. mayor resolución, mayores problemas.

archivo final .ms (meassurement set)

archivo calibrados con pares de antenas donde se midio amplitud y fase, listos para realizar t de fourier y obtener la imagen.

TOPO: sistema de referencia topografico (tierra), cuidado por que tambien puede ser heliocentrico, dependiendo de la fecha pueden las
observaciones estar desplazadas al rojo o al azul, en general se usa el baricentro (centro de masa tierra sol). si son objetos muy lejanos
(galacticos) usar el centro galactico.

tasks
>>os.system("display test.png")
>>listobs: permite ver que contiene el plano UV, y las propiedasdes del archivo que sale en calibrated al finalizar la pipeline

**************** 22/10 *****************

>>inp hifa_antpos
>>execfile ("member.uid___A001_X1288_X243.scriptForPI.py")

revisar documento de pipelines de 74 paginas, ver como cambiar y modificar la pipeline

para modificar el flujo *flux.cvs
editar el archivo *flagtemplate.txt aqui puedo modificar cosas para borrar, este es el unico que modificaremos en el curso
flag
editar antennapos.csv para cambiar la orientacion de las antenas.
correr la pipeline de la misma manera, y correr borrando una antena (cualquiera) (borrar dv20)

pagina alma de los datos, revisar archivo PWV

para interaccionar con la pipeline se deben modificar estos archivos

**************** 25/10 ******************

para quitar la antena, se debe renombrar o crear un nuevo directorio, copiando los directorios working, rawdata y products
el archivo antennapos.csv si no tiene modificaciones, es por que esta usando la posicion de las antenas por defecto

para linkear el directorio rawdata y no tener que copiarlo cada vez que tenga que renombrar el directorio

> ln -s /rutaOrigen /rutaEnlace

plotms() herramienta para visualizar los datos de alma

listobs(" ") permite ver las propiedades en el rango de visibilidad

ejemplo profe:

file: archivo.ms

Selection

field = 2
en blanco para dejar por defecto y todas las antenas, si elijo una antena (1), no hay q promediar los canales

Averaring
maximo 1000000

data: amp
data column: corrected (correjidos en unidades de jansky)

amplitud: el promedio de los voltajes medidos por un par de antenas

(ruido: scatter de fotones en la atmosfera, no llega muy bien a la antena. si el ruido en el flux calibrated es hacia arriba, es una linea de
emision, para estar seguro, revisar el spectral window de los datos, si el scatter es en ambas direcciones es ruido, en el SPW se ve un
peak)
en flux calibrated, al seleccionar un punto y hacer zoom, podemos obtener la información del punto, el problema esta en la antenna 43
(esta se combina con las otras antenas en pares y produce el error) y , que genera los puntos con malos del flux calibrated. el problema
con estos puntos es que altera la calibracion en flujo (estos puntos tambien se ven en phase-calibration)
el primer canal (canal 0) de las SPW de la antena 43 esta malo

para arreglarlo editar archivo flagtemplate y borrar la antena

mode=’manual’ antenna=’DA43’ channel='0' reason=’test’

inp flagdata (muestra las task como iraf)

sintaxis: help flagdata (salir con q)

********************* 29/10 *****************************

Una vez calibrados los datos, da igual la version de casa a usar, mejor la ultima version, posiblemente tenga mejores versiones de
visualizacion de los datos
J1059

orden: Calibrador de flujo (mas brillante) > Calibrador de Fase (brillo intermedio) > TARGET > Calibrador de Fase (brillo intermedio)

calibrador de flujo (objeto lejano): transformar de volts a jansky, se necesita una fuente muy brillante, para normalizar el receptor a un
cieto flujo, que tenga un espectro plano, emitiendo en syncrotron (no termal) y sin lineas de emision.
calibrador de bandas: calibra canal espectral, canal por canal (como telurica)

el proyecto que estamos revisando: al primer scan, calibrar en pointing (direccionar el telescopio) cerca del target
calibrador de fase: monitorea la atmosfera como va con el target
J0909+0212 Calibrador de fase.

en plotms() explorar los datos.

%%%Ahora cambiamos a imaging%%%

inp tclean: permite configurar la cantidad de nicleos a usar para convolucionar

vis = "dato.ms"
datacolumn "corrected" (Calibrados)

field "0" (primer campo, debe ser igual con phasecenter 0 sin comillas)
imagename "testing"

(REALIZAR ANTENNA POSITION, primary beam (lambda/D) es como el FWHM, buscar en alma "primary beam alma" y synthesized
beam)
Theta PB prop lambda/D prop 1/nu D

Theta PB (")= 21"*300GHz /(X GHz)

si la observacion fuera en 100GHz, x seria casi 1 min de arco de observacion, corresponde al diametro del field of view.

21/x = ~300Ghz/300GHz * 12 m / 12

x= 21''

21'' del PB lo sacamos del la pagina web

Synthetized beam

tetha synth prop lambda/b (b=baseline)

76'' del SB lo sacamos de la pagina web.

theta syn= 76'' / (0.3km*300Gh) = 0.844 (ancho de la psf)

quiero tener un sampling con la suficiente resolucion para modelar la psf, por convencion 5 pixel por psf
cell ( ~1/5 FWHM Theta SB)
Imsize (~2x FWHM Theta PB)
0.84444/5 = 0.168 ~ 0.15

La imagen debe ser de 40''x40''

40''/ 0.15 = 256 (numero de pixeles) (campo de 40"*40") (imsize)

stokes 'I' (nivel 1 de la polarizacion de stokes)

specmode 'mfs' (es el cubo colapsado) (colapsamos las 4 spectral windows de ciencia para observar el continuo)
weighting 'natural' peso de las antenas, por si quiero considerar mas las del centro o las mas lejanas.

go

con estos pasos estamos reduciendo el flux calibrator para mostrar que es muy brillante.

dirty beam, es la psf de una imagen contenida en el synthetized imaging (la deconvolucion del plano uv)
para revisar los parametros de inp tclean google "casa alma stokes" por ejemplo.

viewer ("testing.image/") (no se ve)

viewer ("testing.psf/") (si se ve)

el FWHM del synthetized beam es el ancho de la psf de la fuente brillante

************************* 5/nov ****************************

4 espectral windows para ciencias, si hay dudas, verificar index.html

25 - 27 -29 - 31

dudas con formato

>help tclean

Estos son los inputs para ver los datos colapsados.

visibility: dar directorio de los archivos calibrados

cal_data = "uid___A002_Xcd8029_X9517.ms"
vis = cal_dir+cal_data
field = "2"
spw = "25,27,29,31"
imagename = 'testing_G09.v2.76_cal'
imsize = [350]
cell = ['0.15arcsec']
phasecenter = 2
pblimit = 0.01

OBS:

imsize = [350] %por si hay que cubrir una imagen mas grande
si cambie algo y no me acuerdo que cambien
pblimit = 0.01 %primary beam limit

>default tclean
>specmode = 'cube'
>width = '50km/s'
imagename = 'testing_G09.v2.76_cube'

se abren nuevas opciones al colocar cube!!

aprender las variables de tclean!!!!!!!!!!!!! todas

en viewer display, apretar el circulo para generar una region y apretar montaña para ver el especctro
puedo ajustar una gaussiana al seleccionar una region con el circulo y en el archivo log revisar los resultados como el FWHM

Limpiar la señal con respecto a la PSF:

restaurar parametros del último input ocupados

>tget tclean

lee el archivo tclean.last (recupera los ultimos seteos)

niter = 500 %numero maximo de iteraciones

threshold = '21e-4Jy' %el limite de lo que quiere limpiar (3 sigma, (***)si hay señal aun en el residuo, quizas sea necesario aumentar a 4
sigmas)
interactive = True
imagename = "testing_G09.v2.76_cube_cleaned"

a partir de una imagen sucia (I dirty), busca donde hay un patron similar a la psf (PSF dirty beam). realiza o busca un modelo (I model)
ajustando deltas de dirac convolucionado con PSF dirty beam es igual a la imagen sucia.

I dirty = "PSF" dirty beam * I "model" . La solucion es aplicar la T de fourier (Gaussian profile "synthetized beam") para obtener I "cleaned.

Estamos revisando en Viewer Display panel

>Data Manager --Viever

MASK: muestra las mascaras que se usaron para eliminar las señales/ruido
(Residuo, todo lo que no alcanzo a ser limpiado, vemos que aun hay señal residual (***)

******************* jueves 8/nov ******************

no se puede limpiar todo bajo un sigma, si se conoce informacion previa de la forma del objeto usarla.
factor 2 en RMS es 4 veces en tiempo de integración.

link splatalogue, verificamos que la linea a 312 ghz es una linea de 12CO, tambien encontramos q el redshift de la fuente es Z=0.107
la segunda linea 13CO, en la transicion J=3-2 se encuentra a 298.6 GHz, isotopo de carbono 12, dan información de la formacion
estelar en la fuente. Debe haber una densidad suficiente praa que se forme la molecula 12CO y da información del gas molecular. la
linea mas visible sufre menos de opacidad, tiene mayor profundidad optica.
13CO: en general estas dos lineas son producidas en casi las mismas zonas, de alta densidad y temperatura, que indican formación
estelar.

21cm traza gas atomico H

CO traza gas molecular H2

podemos guardar la mascara usada para limpiar los datos

inp tclean
interactive = "false"
mask = "nombre.mask"
weighting = darle mas peso a las antenas que estan mas separada,
uniform= mismo peso
briggs= algo intermedio entre natural (mas peso a las cercanas) (REVISAR TAAMBIEN)

UNIFORM: patrones de interferencia se observan en la imagen, a costa de introducir mas ruido, puedo ganar mas resolucion, se nota una
diferencia de tamaño en el synthetized beam de la imagen limpia con la imagen uniform.
la imagen que esta hecha con natural weighting, optimiza la imagen final.

se puede jugar con los weighting para intentar resolver la fuente, en este caso esta resuelta en velocidad, se puede apreciar una
estructura.
NOTA: Para limpiar con tclean hay que hacer una mascara y quitar las emisiones que aparecen al costado de la fuente en viewer

PV-Diagram:

la fuente se mueve de arriba a abajo. dibujar dos lineas paralelas que contengan a la fuente |o| con el boton que tiene una raya azul.
(position velocity diagram)
marcar en region pV.
indica la frecuencia en terminos de velocidad. al mover el cursor sobre el diagrama, se observa que cambia la velocidad, por lo que hay
dinámica, hasta 4'' se mantiene una velocidad terminal constante, por lo que da una curva de velocidad plana.
por la forma de rotar, de extremo a extremo en el grafico (900 a 700 km/s) nos dice que su velocidad de rotacion es de ~200km/s,
similar a nuestra via lactea, puede contener un agujero negro supermasivo en su centro.

ultimo.
imagen limpia, tomamos una region y graficamos el espectro. quitamos smooting (triangulo amarillo).
el colapso de los espectral windows estara contamteinado por la linea, esto para poder obtener el continuo de la fuente
al ojo tomamos una region al borde de la emision desde 311.7 a 312.8
imagename = image_cont
cambiar a msf para colapsar las spw
en los espectral windows, lo modificaremos...
SW 25 313, (casi al lado de la linea)
SW 27
SW 29
SW 31

como la SW 25 esta contaminada, la quitamos y dejamos

spw = "27,29,31"

el colapso de las imagenes muestran 3 fuentes de continuo, una en el centro, una en el brazo espiral y una pequeña que tambien es del
brazo espiral.

cal_dir = /hasta calibrated/

cal_data = "uid___A002_Xcd8029_X9517.ms"
vis = cal_dir+cal_data

************************ 12/nov ****************************

Seleccionar regiones por cada canal para limpiar, apretar la flecha verde para aplicar cambios
la imagen mostrara los residuos no limpiados

si pasando el cursor sobre regiones, vemos que esta bajo el threshold, esa region no sera limpiada

se puede nuevamente seleccionar regiones del residuo, limpiara lo que esta sobre el threshold
apretar flecha verde nuevamente para realizar cambios.
si decido parar el proceso depende del residuo.

hay una emision que aun puede ser quitada, para eso disminuimos el threshold a 2 sigma (0.0015) y aumentamos el numero de
iteraciones a 1500
las cosas que son indistiguibles se pueden quitar con "erase"
bajamos nuevamente a 0.0013 el threshold para limpiar por ultima vez, esta vez lo que queda parece mas ruido.
cerrar con flecha azul para terminar el proceso

si hay mucha resolucion espectral, la reduccion se tornara mas tediosa

INP IMMOMENT mapas de momento, son asumidos como el continuo en cero.

moment = '0'
chans = '28~38'
axis = 'spectral' colapsara el espectro entre el canal 28 y 38
outfile = image.mon0

go

viewer ('image.mon0')

obtenemos una imagen de la linea colapsada (intensidad/km/s) que podemos usar para realizar la ciencia.
mapa de velocidad de la linea de CO

moment= '1'
explidepix='-1'
y despues para ver que pasa....
excludepix = [-1e9,45e-4] le estoy diciendo que no haga nada en las regiones muy debiles (5 sigma)
outfile = 'image.mon1'

qfitsview
exportfits ('image.mon1','image.mon1.fits')
esto esta realizado en base a la rms donde no habia nada, tratara de calcular un valor promedio de algo que tiene q ser real

excludepix = [-1e9,45e-4] le estoy diciendo que no haga nada en las regiones muy debiles (5 sigma)
outfile = 'image.mon1.5sig'

al aumentar el sigma, parte de la emision difusa desaparece al estar bajo el threshold

INMMOMENT 2
excludepix = [-1e9,28e-4] (3sigma)
outfile = 'image.mon2.3sig'
go

cada canal tiene un ancho de 50km/s, al pasar el cursor por regiones externas, se observa una velocidad de dispersion de ~25 km/s, esto
significa que es ruido. para tener suficientes elementos para de velocidad de dispersion es necesario tener mejor resolución espectral.

se puede ajustar un disco de rotacion, para saber si tiene un perfil mas exponencial o de vacoulers o distribucion de materia oscura.
en terminos de publicacion, revisar qa, con toda la información de la observación.
se puede dividir el mapa para saber en que region la galaxia esta mas dominada por dispersion que por rotacion, y nos da informacion del
estado cinematico del gas molecular (image.mon1)

******************** 22 de nov ************************

Interferometria, planoUV, convolucion??

qa=quality accent (aqui podemos ver la version de la pipeline)

datos raw=formato asdm (alma science data model)

script for PI : Executa y listo
pipescrip = añade algunos flagging, y modificar antenas, etc.
piperestorescript: casi identico al sfpi, pero lo hace como pipescript, a la manera antigua.

directorio calibrated: son los datos en el espacio de fase (.ms)

Nitter = 0 (tclean para ver los datos como primera visión ; Dirty images)

casos, no lineas, no continuo, si continuo y no lineas, alreves y si lineas y si continuo.

caso 1) RMS = ruido sobre la señal, si no hay nada, podemos estimar la RMS, ya que hay mas ruido que señal, o simplemente nada, uno
puede dat un upperlimit para poder ver algo.

no aplicar PB correction, para que quede una imagen plana, en la parte central del PB hay mayor sensibilidad, hay mas capacidad de
detectar que la parte externa, el ruido debiese aumentar a medida que me alejo del PB. No hacer PB correction, para obtener un ruido
plano, asi obtener la RMS y sacar un upperlimit (5 sigma)
el RMS se obtiene en una imagen sin pbcorrection.
nunca usar un threshold menor a 3.5 sigma.

Lineas= Width (ancho) ~ 1/3 de la linea esperada (es como un filtro)

caso 2) siempre se miden los RMS, determinamos el RMS del continuo, y lo definimos como un threshold para hacer un tclean interactivo
a tres sigma y limpiar la imagen. (colocar niter, le incrementamos)

((Pblimit= limite el cual le dice que use el PB, en este caso, usa el 99% del pb para generar una señal pblimit=0.01, en algunos casos
usan
80% (pblimit = 0.2)))

laimagen limpia se llama cleaned image.

hacer 3 y 4.
Lunes 3 de diciembre examen.

****************** 26/ nov********************

weighting
tamaño (uniforme)
natural (imagen extendida)

Caso 2= con residuos que se parezcan al ruido para obtener la imagen del continuo.
Deteccion de continuo sobre 5 sigma y deteccion de la linea 6.5 sigma (de manera a ciega)