BIOINFORMÁTICA IMA 210 2011.

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DOCENTE: DR. ANDRÉS ÁVILA
AYUDANTES: OSCAR NAVARRETE Y GIOVANNI LARAMA

PRÁCTICOS: SIMULACIÓN MOLECULAR Y ASPECTOS RELACIONADOS

PARTE 1: VISUALIZACIÓN Y MODELACIÓN MOLECULAR Y HERRAMIENTAS RELACIONADAS
(VMD y PYMOL).

En el análisis de secuencias, los métodos encontrados de búsquedas basados en algoritmos de

alineamiento y matrices de puntaje, entre estos el más característico, BLAST, pierden la eficiencia
que presentaban anteriormente debido a que en la actualidad se ha observado un aumento
exponencial de la cantidad de información (mucha de esta información está relacionada con
secuencias) almacenada en estas bases de datos, por lo que se ha vuelto demasiado grande para
que estos métodos de búsqueda diseñados para satisfacer búsquedas con mucho menor
información por lo que la heurística (cantidad de resultados poco adecuados) se ha visto
incrementada.
Se ha establecido una relación secuencia/estructura/función en las proteínas, y esta puede
analizarse con eficiencia separándola en una relación de secuencia/estructura y estructura/función
lo que los métodos de alineamiento mediante algoritmos como el de Smith-Waterman y matrices
de puntaje como lo es BLOSUM utilizados en BLAST no son capaces de reconocer con el fin de
encontrar patrones o características clave que puedan indicar un mayor nivel de similitud o
factores críticos que puedan indicar la similitud de entre nuestras secuencias “Query” y “objetivo”
en base a estas relaciones por lo que, actualmente la necesidad de diseñar nuevos métodos de
búsqueda de proteínas por similitudes importantes, se ha hecho necesaria.

Actualmente este problema no ha sido solucionado del todo, pero si se han diseñado métodos
que complementan la búsqueda y comparación de secuencias por alineamientos, comparando
estructuras de modelos en 3 dimensiones observando similitud estructural o simulando el
comportamiento de estas proteínas mediante herramientas de dinámica molecular. Estas
soluciones pueden entregar visiones más claras de que los resultados obtenidos mediante los
alineamientos con BLAST u otras herramientas son los adecuados y los útiles para continuar con el
desarrollo del trabajo de investigación.

Para poder realizar simulaciones moleculares, es esencial distinguir las características de estas.
Debido a que usamos herramientas computacionales, somos capaces de modificar las condiciones
bajo las cuales realizamos estas con el fin de adaptarlas a nuestras necesidades y de esta forma
obtener resultados más concretos y certeros. Ya que las simulaciones moleculares no son
realizadas en sistemas vivos reales, sino que se recrea el ambiente en el cual se alojan las
moléculas, no es posible establecer fidedignamente un patrón universal para estas, sino que se
debe diseñar una serie de condiciones óptimas, mediante la información recopilada.

Con el fin de dar a conocer las características básicas relacionadas con las simulaciones
moleculares, a continuación se explicarán estas, indicando la función de las más comunes de
encontrar y de cómo modificarlas para obtener mejores resultados.
Bases de datos de estructuras de proteínas

PDB.

Para poder realizar simulaciones o analizar proteínas en tres dimensiones es necesario obtener (o
diseñar) los archivos adecuados correspondientes a estas.

La información almacenada sobre moléculas como proteínas en bases de datos se encuentra en

una serie de formatos muy diversos, para el caso puntual, nos enfocaremos en los archivos en
formato .pdb (protein data bank), estos archivos se encuentran almacenados en la base de datos
de pdb (http://www.pdb.org/pdb/home/home.do). RCSB PDB es uno de los integrantes de la
Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) alojada en el dominio http://www.wwpdb.org/, una serie
de bases de datos, de todo el mundo que almacenan información experimentalmente
determinada.

La característica de los archivos .pdb es que poseen información de la distribución espacial de los
átomos de moléculas de naturaleza proteica, ácidos nucleicos y otros (en los ejes X Y Z).

1. Comenzando con PDB

molécula caracterizada posee un código que la identifica (por ejemplo: 1NYJ), se caracteriza por
poseer 4 cifras, las letras deben ser mayúsculas aunque pueden buscarse con minúsculas (citando
el ejemplo anterior: 1NYJ. Este código facilita la búsqueda de la molécula en cuestión.

 Es posible buscar moléculas ingresando términos referentes a esta (por ejemplo:

calcitonin) aunque es probable que sean entregas una gran cantidad de resultados, por lo
que se puede refinar la búsqueda usando los conmutadores AND, OR y NOT.
 Las secuencias de la PDB se pueden buscar a través de NCBI, cuando es ingresada un
nombre en el ENTREZ, una sección dentro de los resultados llamada “structure” indica las
moléculas que existen en PDB que coincidieron con el criterio de búsqueda.
 No muchas moléculas están caracterizadas en la PDB (comparada con la enorme cantidad
de secuenciasen formato FASTA u otros almacenadas en las bases de datos como NCBI),
por lo que en ocasiones ser muy restrictivo con la búsqueda puede resultar en no recibir
resultado alguno.

2. Buscando archivos en PDB

Realizar una búsqueda en la base de datos es muy simple, la pantalla de bienvenida indica con
claridad en la parte superior una barra de búsqueda, indicando que es lo que uno desea buscar
(para el caso señalado se pueden buscar proteínas por su código PDB o por palabras clave) Para
realizar la búsqueda, sólo es necesario escribir el nombre de la proteína o molécula que buscamos.

En caso que ingresemos un

nombre específico, la
información de cada una de las
proteínas encontradas
aparecerá en una lista hacia
abajo como se indica en el
cuadro de la izquierda: el respectivo código, una imagen de la molécula, el nombre e información
adicional como los investigadores que determinaron su estructura entre otros. Al cliquear una de
las proteínas que se encuentra en la lista, se observa información, más detallada

de esta:

 información en una serie de

pestañas que pueden entregar
datos adicionales requeridos
 el nombre completo
 una serie de imágenes de
distintas perspectivas
 el código de la publicación y una
descripción (abstract de la
publicación alojada en PubMed)

~ si es ingresado el código PDB correctamente, automáticamente es enviado a la página general de

la proteína, pero si es ingresado de forma equívoca, enviará error y si este es ingresado de forma
incompleta, se enviará una serie de resultados con códigos similares o que posean las cifras
faltantes ~

3. descargando un archivo .pdb

Cuando se ha encontrado la proteína adecuada para el trabajo, es

necesario descargar la información de la distribución espacial de esta
(archivo .pdb), para esto se realiza lo siguiente: en el esquina superior
derecha, al lado del código PDB que aparece con letras grandes, aparece una serie de opciones,
una de esta dice “Download Files”, en esta sección se aparece una gran variedad de archivos
descargables, el que nos interesa a nosotros es el que posee el nombre “PDB File(Text)”, este
archivo es el que posee las coordenadas de nuestra molécula.

Software en visualización y modelación molecular.

Para poder realizar simulaciones, una herramienta básica, un visor de moléculas es este caso serán
dos para ejemplificar. PyMOL y VMD.

PyMOL.

PyMOL es una herramienta de visualización de moléculas

programado en phyton (de ahí su nombre), de distribución
gratuita, es necesario un registro en la página web de esta
(http://www.pymol.org/). Una de las principales características
que posee PyMOL es la gran calidad de imagen que poseen las
moléculas al cargarlas en este programa (ejemplo corresponde la
imagen de la derecha, representa una cápside vírica, descargable
desde la página web de PyMOL,
http://www.pymol.org/gallery/big/virus3600.jpg)

Dentro de las características de PyMOL se encuentra la posibilidad

de modificar la representación gráfica y la capacidad de modificar
el nivel de detalle, con el fin de optimizar el programa en máquinas
menos capaces.

Además de estas, es posible fabricar PDBs simples de péptidos con diversas conformaciones (alpha
helix, beta sheet, etc.)

~ El propósito de esta guía en el programa PyMOL está enfocado a la visualización de archivos de

coordenadas .pdb, para probar otras funciones de este programa, se re recomienda buscar
información adicional presente tanto en la página web de PyMOL como en foros ~

1. Comenzando con PyMOL

Este programa debe estar instalado en nuestro computador (para el caso de Windows), también
es compatible con sistemas Mac OS X y GNU/Linux. Para dirigirse a él, sólo debe seguirse la
siguiente ruta: Inicio > programas > DeLano Scientific > PyMOL (para el caso de Windows XP), para
el caso de Windows vista y Windows 7 es: Inicio > Todos los programas > PyMOL. Se desplegarán 2
ventanas, el visor y la ventana Externa GUI.
 - La ventana GUI externa (Graphical User Interface,
Interfaz Gráfica para el Usuario.) contiene la barra
de menú, botones de acceso directo para comandos
comunes, y la línea de comandos.

- El Visor es una ventana donde todas las gráficas

3D son presentadas, y la interacción entre el
usuario y los modelos en 3D toma lugar. Posee GUI
“interna” la que interactúa directamente con las
estructuras cargadas en el software. Esta se ubica
principalmente a la sección derecha de la ventana
del visor y permite realizar acciones sobre objetos
específicos y sobre selecciones de átomos
específico.

~ Los objetos que PyMol muestra en 3D son cargados desde el archivo de coordenadas (.pdb).
PyMol puede mostrar más de un objeto a la vez, y provee de un panel de control para ajustar los
modos de visualización, los colores, etiquetas, y casi cualquier otra cosa en relación a los objetos ~

Después de cada nombre de objeto se puede ver un conjunto de botones

que lo controlan. He aquí los botones y algunos de sus opciones:

 A - Actions/Acciones: Renombrar, duplicar, remover, aplicar representaciones

preestablecidas, realizar cómputos.
 S - Show/Mostrar: Cambiar la forma en que se ven los objetos, por ejemplo:
Bastones/Sticks, Cartoon, etc.
 H - Hide/Ocultar: Las cosas que son presentadas usando S se acumulan, y no son
reemplazadas automáticamente. H es el opuesto a S y oculta las representaciones no
deseadas.
 L - Label/Etiquetar: Etiqueta átomos, residuos, etc.
 C - Color: Cambia el color de átomos y grupos.

2. Modelar en PyMol:

Para modelar es necesario seguir una serie de pasos que son indicados a continuación

1.- Descargar un archivo de coordenadas PDB de tu proteína favorita.

2.- Abrir el archivo PDB usando File, Open… desde la barra menú. La estructura de la proteína
aparecerá, probablemente como un conjunto de líneas y puntos.
3.- El lado derecho del Visor muestra el PDB cargado como un objeto, así como sus botones de
comandos. Cada uno de estos contiene un submenú con más opciones.

4.- Haz clic y mueve la proteína para cambiar la vista. Una lista de las propiedades de
los botones del Mouse y el teclado se encuentra bajo el panel para controlar el
menú.

 Rota: Rotar
 Move: Mueve el objeto en los ejes.
 MoveZ: Zoom.
 Sele: Seleccionar.
 Slab: Percepcion de profundidad.
 Cent: Elegir como centro
 PkAt: Seleccionar un átomo

5.- Si deseas conocer a que secuencia corresponde cada parte de

la proteína modelada, debes dirigirte a la opción S (se muestra
con la flecha en la imagen), la cual se encuentra en la parte
seleccionando un rango dentro de la secuencia que se mostrara
en la parte superior del visor.

6.- Para guardar los resultados deben dirigirse a: File > Save
Image… o escribe en la línea de comandos png imagen.png. De
esta forma guardarás una imagen en formato PNG. Antes de guardar la imagen se debe tener en
cuenta lo siguiente:

 El tamaño del visor determina el tamaño de la imagen, por ende deben fijar el Zoom.
 Inicialmente PyMol fue diseñado para correr en máquinas antiguas las imágenes no se
guardan con la máxima calidad. Para cambiar esto selecciona: Display > Quality >
Maximum Quality.

Algunos problemas comunes:

- Algunas veces mientras rotas o mueves el modelo, este se puede perder. Para solucionar esto,
usa el botón derecho del mouse y presiónalo en el fondo del visor, luego de esto selecciona
“reset” desde el “Main Pop-Up”.

- En algunas oportunidades aparecen colores u otras figuras, que no has

puesto, dentro de la imagen, selecciona H y luego everything para ocultar
todos los detalles y empezar de nuevo.
VMD.

VMD es una herramienta de visualización de moléculas desarrollado por la universidad de Illinois,

es de distribución gratuita a través de su página web (es necesario un registro de una cuenta en la
página) (http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/) para propósitos investigativos, educacionales y
no comerciales.

La función de VMD es visualizar archivos que contengan información de moléculas específicas,

tanto archivos de coordenadas (.pdb), de estructura (.psf) como archivos de trayectoria (.dcd).
Además de estos archivos mencionados, VMD es compatible con una gran cantidad de formatos
de distintas plataformas.

Otra de las características beneficiosas de VMD es la gran cantidad de herramientas que posee
tales como un generador automático de archivos de estructura .psf, un solvatador, un ionizador,
además de herramientas gráficas, una herramienta de alineamiento de secuencias, entre otras.

La interfaz gráfica que posee este software es muy dinámica y adaptable a las distintas
necesidades, otorgando distintos métodos de visualización, colores, resoluciones, etc.

~ Ejemplo de distintas visualizaciones de una misma molécula mediante VMD, usando los métodos
de dibujo “Lines”, “VDW”, “NewRibonns” y “NewCartoon” (código PDB 2WQJ) ~

1. Comenzando con VMD

Para comenzar a trabajar con VMD, es necesario que este se encuentre instalado en nuestro
sistema, VMD está disponible para plataformas Windows, GNU/Linux como MacOS X. Luego para
iniciar VMD nos dirigimos (caso de Windows) por la siguiente ruta: inicio > programas > University
of Illinois > VMD.
Se desplegarán las siguientes ventanas:

Una ventana de visualización gráfica, una ventana principal en la cual se administran las opciones
de VMD y una consola en la cual se ueden ingresar comandos.

Para abrir archivos es necesario ir a la ventana principal, y

seguir la siguiente ruta: File > New Molecule… Al hacer
esto, se desplegará una nueva ventana, llamada “Molecule
File Browser”. Mediante esta ventana somos capaces de
abrir los distintos archivos que usaremos.

La ruta a seguir para abrir los archivos es “Browse…”, en esta

buscamos la dirección en la cual guardamos el archivo pdb, el psf o
cualquier archivo que quisiéramos abrir en VMD.

Cuando se realiza esto, VMD debe reconocer el tipo de archivo al

cual corresponde, por lo general, esto es de forma automática, como
se indica en la imagen, pero en ocasiones no lo es, por lo que es
necesario especificarlo.

Para terminar hacemos clic en “Load” y lograremos observar la molécula

en el visor gráfico (los archivos .psf no es posible visualizarlos solos,
deben ser cargados en conjunto con un archivo de coordenadas (.pdb) o
uno de trayectorias (.dcd).

VMD nos permite cargar múltiples archivos, realizando el mismo

procedimiento para cargar el primero.

La representación que nos entrega es por defecto, esta puede

modificarse. A continuación se indicarán algunos métodos por los cuales
es posible modificar la imagen observada.
 2. Visualizando con VMD

La idea de modificar la representación gráfica por la cual logramos

observar las moléculas, es obtener una idea más clara de lo que
vemos, mediante distintos métodos de representación es posible
observar con claridad las características de la molécula. Por ejemplo,
al observar una proteína muy compleja, podemos simplificarla y
observar o identificar sólo los sectores que nosotros deseamos,
además modificando los colores, podemos distinguir distintas regiones dentro de la proteína como
las variaciones de carga, la distribución de los residuos, la conformación secundaria, etc.

Para realizar los cambios en la representación gráfica, nos dirigimos a la ventana principal, y
seleccionamos la opción “Graphics” y luego “Representations”, aparecerá un cuadro como el que
aparece más abajo llamado “Graphical Representations”.

Este cuadro indica en la parte superior la molécula seleccionada (Selected

Molecule).

Un poco más abajo, se puede observar un cuadro que indica las representaciones
actuales, su estilo, el color y que es lo que se representa de esa forma (residuos,
hélices, láminas, etc.)

Luego, existe un espacio donde uno puede configurar las representaciones

indicando a que van dirigidas por ejemplo, carbonos alpha, residuos ácidos, hélices
alpha o pueden indicarse exclusiones, tales como: que pueda verse sólo la proteína,
pero no el agua, o toda la proteína menos los residuos ácidos, etc. Para realizar
exclusiones, se escribe AND NOT (por ejemplo helix AND NOT sheet)

Al final se indica como se observa la sección seleccionada, tanto el método de

coloración, el de dibujo (la forma como se ven las moléculas) y el material. Dependiendo del
método de dibujo pueden aparecer otras opciones, como la resolución o el grosor de las líneas.

~ Además de estas características mencionadas, también es posible modificar otro tipo de

características, como por ejemplo el color con el cual se representan los átomos, el fondo, agregar
etiquetas o los materiales. Para más información, consultar el manual de VMD ~
 3. Ejemplo de modificación de la representación gráfica

Para el siguiente ejemplo, se creará una representación gráfica independiente de las hélices alfa y
de las coils. Para hacer esto, es necesario cargar la proteína en el vmd, como se indicó
previamente.

Luego nos dirigimos de la forma ya enseñada a la opción “Representations”.

- En la parte superior seleccionamos la molécula a la cual deseamos

modificar la representación gráfica (en este caso es la proteína con
código PDB 3FBZ).

- Generamos una nueva representación haciendo click en “Create

Rep”, esto es útil para poder para modificar la representación gráfica
de forma independiente de sectores distintos de la molécula (hélices
alfa de hojas beta por ejemplo).

- Luego modificamos la primera representación, seleccionándola y

escribiendo lo que deseamos que se observe de otra forma, para el
caso puntual, queremos observar los Coils con otra forma, por lo que
los átomos seleccionados (Selected Atoms), escribimos Coil.

- En el método de coloración seleccionamos otro, como en este

ejemplo “Secondary Structure” y el método de dibujo también, en
este caso se selccionó “Bonds”.

- Ahora que ya está modificada la primera representación, realizamos

lo mismo para la segunda, seleccionaremos las hélices alfa escribiendo
en “selected atoms” la palabra “Helix”, la coloración “Conformation” y
el método de dibujo “New Ribbons”

~ Si no se sabe el nombre con el cual VMD usa para seleccionar alguna región de la molécula o
grupo de átomos en especial, en la misma ventana uno puede dirigirse a la pestaña “Selections” y
buscar el nombre que calce con lo que deseamos encontrar (notar que para algunas selecciones
existen varios nombres) ~

Luego, es posible observar en la pantalla de visualización gráfica, nuestra molécula con su nueva
representación.