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ESTIMACIÓN DE DISTANCIA DE

DETECCIÓN DE CANTOS DE RANA


EN GRABACIONES AUTOMÁTICAS DE
ECOACÚSTICA

DETECTION RANGE ESTIMATION OF FROG CALLS


IN ECOACOUSTICS LONG RECORDINGS

Andrés Estrella-T1
Damián Nicolalde-R.2
Charles Escobar-T3

Recibido: 27 de septiembre de 2017


Aceptado: 31 de enero de 2018

1
Pontificia Universidad Católica del Ecuador, Facultad de Ingeniería, Quito, Ecuador
(andrewsrocks@yahoo.com).
2
Pontificia Universidad Católica del Ecuador, Facultad de Ingeniería, Quito, Ecuador
(danicolalde@puce.edu.ec).
3
Pontificia Universidad Católica del Ecuador, Facultad de Ingeniería, Quito, Ecuador
(cescobar637@puce.edu.ec).
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REVISTA PUCE. ISSN: 2528-8156. NÚM.106.
3 DE MAYO DE 2018 - 3 DE NOV. DE 2018, ESTRELLA, NICOLALDE, ESCOBAR, PP. 157-178

ESTIMACIÓN DE DISTANCIA DE
DETECCIÓN DE CANTOS DE RANA
EN GRABACIONES AUTOMÁTICAS DE
ECOACÚSTICA

DETECTION RANGE ESTIMATION OF FROG CALLS


IN ECOACOUSTICS LONG RECORDINGS

Andrés Estrella-T, Damián Nicolalde-R., Charles Escobar-T

Palabras clave: Grabación automática ecoacústica, detección de cantos,


bioacústica, aprendizaje supervisado, SNR

Keywords: Automated sound recorder, ecoacoustics, signal processing, soundscape


ecology, Biology

Resumen

La recolección y procesamiento mano ya no es una opción viable y se ha


de material bioacústico se ha converti- recurrido al uso de auxiliares de software
do un verdadero reto debido a la exis- para análisis automático y semiautomá-
tencia de equipos de grabación cada tico. Una de las étapas más importantes
vez más automáticos y con capacidades es la detección del elemento acústico
de almacenamiento grandes, lo que ha que se desea estudiar y para esto se usan
provocado que los científicos tengan ac- algoritmos de procesamiento digital de
ceso a grandes volúmenes de informa- señales. Pensando en que las grabacio-
ción acústica. Analizar las grabaciones a nes deben ser precisas para posteriores

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AUTOMÁTICAS DE ECOACÚSTICA

análisis, este estudio pretende establecer Mindo). Para realizar las mediciones se
una guía que permita estimar el rango estableció una red circular centrada en
práctico de detección de cantos usando el micrófono del SM4 con distancia entre
un algoritmo diseñado para el estudio mediciones de 1 metro, en los dos luga-
de cantos en coros de ranas. Para encon- res estudiados el ruido de fondo se con-
trar el alcance de los equipos de graba- sideró constante. Se comparó la capaci-
ción (SongMeter 4 (SM4) Wildlife Acous- dad de detección del canto sin procesar
tics Inc.) es necesario que la relación y usando un filtro digital FIR diseñado to-
señal-a-ruido del canto sea al menos de mando en cuenta la distribución espec-
3 dB. En este estudio se comparó el com- tral del canto buscado. Se encontró que
portamiento del sistema de grabación la etapa de filtrado es un paso esencial
en dos escenarios, uno considerado en para lograr la detección del canto inclu-
condiciones ideales, donde existió siem- so a cortas distancias. En los resultados
pre línea de vista entre la fuente sonora cabe destacar: el alcance de detección
y el equipo de grabación (Parque Metro- del sistema combinado (SM4-algoritmo)
politano, Quito) y un segundo donde el en condiciones ideales llegó a 120 me-
terreno era irregular y dominaba la ve- tros y en condiciones donde predomina-
getación y árboles (Sachatamia Lodge, ba la vegetación y árboles 55 metros.

Abstract

Recording sounds of different to get high reliability of data when recor-


taxa in the wilderness is an important ding in environments different than the
challenge that researchers have to deal ones for which the recording equipment
with in order to study the dynamics of was tested and specified. This study aims
sounds in nature. The recent widespread to estimate the detection range of frog
of automated recorders have increased calls based on its Signal-to-Noise-Ratio
the volume of data exponentially yiel- (SNR) at a certain distance, and was per-
ding manual analysis rather impractical. formed in two types of mountainous te-
As a result, algorithms for automatic rrain located in the Andes mountains in
sound analysis have been developed, but Ecuador using an automated recording
site-specific recording protocols have device SongMeter 4 (SM4) manufactured
not been directly considered. Therefore, by Wildlife Acoustics Inc., which uses two
it is required to establish good practices omnidirectional microphones. For the

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measurements, frog calls of Hyloscirtus from the source if the audio is not filtered
alytolylax and Dendropsophus carnifex appropriately using a pre-processing FIR
were used. A circular network centered filter. When the FIR filter was applied the
in the microphone was used to perform detection range increased considerably
150 measurements with 1 meter spacing reaching up to 120m when no vegeta-
between points. A frog call detection al- tion is present and around 55m in rain-
gorithm developed as front-end modu- forest environment. In conclusion, the
le for automatic analysis was applied to recording network has to be designed
the recordings with background noise considering the type of signal proces-
considered constant. The Signal-to-Noi- sing pipeline available to run the analysis
se-Ratio of the calls was calculated per later on and the detection range values
unit of distance to estimate the detec- determined experimentally used as a
tion range. Results shown that frog calls reference when designing the sampling
are detectable only a few meters away protocol.

Introducción

La recopilación [1] de material Aun cuando los fabricantes esta-


acústico en ambientes naturales de di- blecen las hojas técnicas de los dispo-
ferentes especies constituye uno de los sitivos de captura de material acústico,
elementos críticos que los investigadores existen parámetros particulares de cam-
deben considerar como insumo obliga- po que no pueden ser considerados en
torio para el estudio en campo o poste- las pruebas de fábrica, ya que supondría
rior del material recopilado. Por ello es considerar todos los escenarios posibles
necesario determinar procesos que pue- para determinar el alcance de grabación
dan ser aplicados y probados para esta- de los dispositivos.
blecer buenas prácticas que ayuden a Por esta razón, es necesario de
alcanzar altos márgenes de confiabilidad. acuerdo con las condiciones particulares
En el mercado existen varias de cada caso, realizar previo a la captu-
opciones tecnológicas para capturar ra de campo, pruebas del alcance de los
fuentes de audio que se ajustan general- dispositivos de grabación de material
mente al rango de 20Hz a 20KHz, o de acústico. Para ello se debe considerar la
acuerdo con la frecuencia de la naturale- naturaleza del material a capturar, es de-
za de la fuente. cir la amplitud y rango de frecuencias y

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las condiciones del entorno que se rela- de campo y que consiste en la instala-
cionan con su ruido base y la existencia ción de varios micrófonos para grabar
o no de otras fuentes de audio, de na- de manera continua el audio del entor-
turaleza similar a la que se desea captu- no natural de la especie a ser estudiada,
rar y que pueden interferir con la señal en disposiciones geométricas que per-
estudiada. mitan determinar la presencia o no de
Estas pruebas pueden realizarse una especie y a través de modelos ma-
en el dominio del tiempo o en el do- temáticos la ubicación física del origen
minio de la frecuencia, y se centrarán de estas fuentes de audio. Estas graba-
alrededor de la naturaleza de la señal a ciones generan grandes volúmenes de
estudiarse. El parámetro limitante de co- datos cuyo análisis manual es imprácti-
bertura es la relación señal a ruido SNR co [2] [6]. Se requiere entonces el uso de
(Signal Noise Rate), al considerar las ca- algoritmos de análisis automático que
racterísticas de atenuación de las señales ha sido un área de investigación activa
al alejarse de la fuente hasta el punto en con interesantes resultados en los últi-
que no pueda diferenciarse del nivel de mos años [3, 4, 7, 8, 9, 10, 11, 12]. Sin em-
ruido del entorno. bargo, varios desafíos existen al analizar
El comportamiento de la rela- las grabaciones de forma automática,
ción señal a ruido se realizará primero desde el método de grabación, hasta la
en el rango de 20 Hz a 20 KHz y luego técnica de procesamiento digital y cla-
se filtra alrededor de la señal de estudio sificación automática usada, es impor-
para mejorar el alcance y la respuesta tante considerar todo el proceso de for-
del sistema. ma integral para conseguir resultados
El enfoque principal de este aná- óptimos [5, 6]. El objetivo del presente
lisis se orienta al dominio del tiempo, de- estudio es el determinar la distancia a
bido a que el material acústico recogido la que se produce una SNR adecuada
será utilizado en un sistema de aprendi- para la detección de cantos de rana en
zaje supervisado que analiza la amplitud grabaciones largas de ecoacústica. Se
caracterizada de la señal, sin embargo, ha comparado dos ambientes, el prime-
para otro tipo de procesamiento, pudiera ro en condiciones consideradas ideales
realizarse en el dominio de la frecuencia. con línea de vista entre el micrófono y
El uso de grabadoras autónomas la fuente acústica y el segundo en un
ecoacústicas, es cada vez más exten- bosque lluvioso en una zona con terre-
dido alrededor del mundo a través de no irregular y dominada por vegetación
estudios que realizan los investigadores y árboles.

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En este estudio, se realizaron dos ga del ambiente acústico de los Andes


experimentos en grabaciones con el ecuatorianos. Aquí se presentan los re-
objetivo de identificar este umbral míni- sultados del estudio en dos ambientes
mo de SNR que permite al algoritmo de acústicos distintos, la zona de Mindo -
análisis y detección automático detectar Sachatamia Lodge y el Parque Metropo-
los cantos de rana en una grabación lar- litano de la ciudad de Quito en Ecuador.

Materiales

Lugares del estudio Protocolo de medición acústica


El estudio se realizó en dos tipos El sonido se obtuvo usando una
de bosques montañosos ubicados en grabadora automática SongMeter 4
la cordillera de los Andes en Ecuador. (SM4) Wildlife Acoustics Inc. El SM4 es
El primero está localizado en el Parque una grabadora automática programable
Metropolitano de la ciudad de Quito que está compuesta de dos micrófonos
(PMQ) a 2850 msnm. Cerca de la línea omnidireccionales, un conversor análo-
ecuatorial, la temperatura media osci- go-digital y un microcontrolador dentro
la entre 12 ºC y 18 ºC y la precipitación de una caja protectora resistente a las
media anual está entre 1000-2000 mm. condiciones del ambiente. Se ubicó una
(SIGAGRO,2004) La estación lluviosa va grabadora a 1 m sobre el suelo en posi-
desde octubre hasta mayo y la seca des- ción horizontal en un trípode y se activó
de junio a septiembre. El estudio se rea- la grabación con ganancia de 0dB en los
lizó los primeros días de marzo en plena dos micrófonos. El muestreo se estable-
estación lluviosa. La segunda medición ció en 44.1Khz a 16-bit de resolución en
se realizó en la reserva ecológica priva- cada canal. La fuente sonora usada fue
da Sachatamia Lodge (STL) en el bosque un parlante bluetooth portátil (DOOS
nublado-lluvioso de Mindo ubicada a SoundBox Output Power: 6W x 2) co-
1700 msnm. El clima oscila entre 16 ºC nectado a un teléfono inteligente (Smar-
y 26 ºC y la precipitación media anual es tPhone Samsung J7). Las grabaciones se
de 2525 mm. El mes más seco es agosto realizaron en dos escenarios, el primero
y marzo registra la mayor precipitación. considerado óptimo y el segundo en
Las mediciones se realizaron durante el condiciones reales dominadas por la ve-
mes de diciembre. getación y la irregularidad de la superfi-

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cie. El primer escenario fue en el Parque cirtus alytolylax compuesto de 8 sílabas


Metropolitano de Quito, el parlante se monotonales mostrado en la figura 1 y
ubicó a 40cm del suelo apuntando ha- el otro de Dendropsophus carnifex com-
cía el eje longitudinal de los micrófonos. puesto de tres sílabas. Los cantos se ex-
La reproducción del canto de rana se trajeron de una grabación larga realizada
hizo cada metro empezando a 0m hasta en Mindo con la grabadora automática
120m con línea de vista entre el micró- SM4. El sonido fue preprocesado usando
fono y el parlante. En el segundo esce- un filtro tipo FIR con frecuencias de corte
nario, la grabación se realizó en Mindo, f c1 = 1600Hz y f c2 = 4000Hz para eli-
la medición se realizó desde 0m a 30m minar el ruido de fondo. El clip de audio
en desnivel en una zona dominada por resultante tiene una duración de 1seg.
vegetación con línea de vista entre el mi- y el canto de 0.511seg. La frecuencia
crófono y el parlante. El parlante se ubicó dominante del canto es de 2800Hz. El
al mismo nivel del suelo apuntando ha- espectrograma y oscilograma del canto
cía el eje longitudinal de los micrófonos. se muestran en la Figura 1. El espectro-
grama se calculó usando una ventana
Material bioacústico de Blackman-Harris con 1024 muestras y
Para las mediciones se usaron dos 50 % de sobreposición.
cantos de ranas distintas, uno de Hylos-

Figura 1. Espectrograma y oscilograma del canto de Hyloscirtus alytolylax usados en las estimaciones

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Métodos

Esquema de mediciones distancia. En los dos lugares estudiados


Para realizar las mediciones se es- el ruido de fondo se considera constan-
tableció una red circular al rededor del te. Las mediciones siguen una línea recta
micrófono SM4 tal como se muestra en en cada set de mediciones y se realiza-
la Figura 2. La distancia entre mediciones ron dos por cada sitio. Debido a la irre-
es de 1m. En cada punto, la grabación gularidad del terreno, no se realizan me-
registra 5 segundos de canto y se obtie- diciones cubriendo todo el radio de la
ne la intensidad de la fuente sonora ale- circunferencia en la localidad de Mindo.
jándose de forma continua 1 metro de

Figura 2. Esquema de mediciones en un plano de 10 metros. El círculo indica la posición del parlante y la
estrella la grabadora automática SM4

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ESTIMACIÓN DE DISTANCIA DE DETECCIÓN DE CANTOS DE RANA EN GRABACIONES
AUTOMÁTICAS DE ECOACÚSTICA

Detección de cantos portante también estudiar el alcance de


Al usar algoritmos de análisis los micrófonos cuando se analiza el ma-
automático en grabaciones largas es terial bioacústico considerando el ancho
importante saber hasta que distancia la de banda fijado por las características del
unidad acústica será detectada y clasifi- equipo grabador y sus micrófonos, por lo
cada. De esta forma se puede diseñar y general entre 20Hz y 20Khz y también
aplicar un régimen de grabación apro- realizar el estudio aplicando filtros pasa-
piado que permita optimizar el análisis banda alrededor del canto de la especie
automático. Para este análisis se usan estudiada, en este caso específico el FIR
técnicas de procesamiento digital de se- descrito en la sección 2.3.
ñales y aprendizaje de máquina (Machi- La relación SNR se calcula de
ne Learning). Se considera que el canto acuerdo con:
es detectado cuando el algoritmo es ca-
paz de identificar un canto de la especie
estudiada, sin embargo, para que esto Donde var( ) es la varianza del
ocurra, el canto debe ser identificado y segmento de audio.
discriminado sobre el nivel de ruido del Para calcular esta relación se to-
ecosistema estudiado. Para determinar man 0.33 segundos de ruido de fondo
el alcance de los micrófonos es necesa- antes y después del canto de rana. La du-
rio encontrar la relación señal-a-ruido ración de 0.66 seg. es aproximadamente
SNR del sistema y contrastarlo con la ca- igual al valor medio de la duración de un
pacidad del algoritmo de establecer los segmento con canto a la salida del algo-
puntos de inicio y final del canto. Es im- ritmo de detección.

Resultados

Se aplicó un algoritmo de con un procesador de 2.7Ghz y 8GB de


detección que permite realizar la memoria RAM. En la Figura 3 se obser-
segmentación automática a las graba- va el análisis en el dominio del tiempo
ciones realizadas en campo, tomando de 6 cantos consecutivos de Hyloscirtus
aproximadamente 30 segundos analizar alytolylax grabados a 1, 15 y 30 metros
cada archivo de 30 minutos. El análisis de distancia en el Parque Metropolitano
se hizo en una computadora portátil de Quito.

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Figura 3. Detección del canto de rana a 1m. (arriba), 15m. (medio) y 30m. (abajo). a. Oscilograma de los
cantos b. STE en ventanas de 20ms. c. ST Ef con umbral de detección

SNR por unidad de distancia tar. Las Figuras 6 y 7 muestran distancia


Para el cálculo del SNR se usó la versus SNR filtrado y sin filtrar para PMQ
fórmula descrita en la sección 3.2 en el y Sachatamia Lodge respectivamente. Se
cuarto canto de cada secuencia. Los re- puede observar claramente que el filtra-
sultados del cálculo se muestran en la ta- do es un paso esencial para conseguir
bla 1, en la que se relaciona la distancia y una SNR suficiente para que el algorit-
la SNR sin aplicar el filtro FIR y aplicado el mo de segmentación automática pueda
filtro FIR. La aplicación del filtro descrito identificar los puntos de inicio y final de
en la sección 2.3 aumenta la SNR consi- cada canto. El uso del filtro FIR consigue
derablemente por lo que es importante aumentar la SNR en hasta 30dBs en am-
seleccionar adecuadamente el filtro de bos casos. Para el caso de PMQ donde
acuerdo con las frecuencias dominantes existió línea de vista entre el micrófono
de la unidad acústica que se desea detec- y el parlante el rango de detección llega

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hasta 120 metros y 150 en proyección Mindo, se observa una proyección de


lineal. Para los cantos grabados en hasta 55 metros aproximadamente.

Discusión

Recientemente se han extendi- esté ligado a la forma en que se realiza


do los esfuerzos por estudiar y analizar el análisis automático de las grabacio-
la estructura acústica de las zonas na- nes. Sin embargo, la mayoría de la infor-
turales lo que ha dado lugar a la crea- mación descrita en la literatura se en-
ción de nuevas áreas científicas como foca en áreas templadas y los estudios
la Ecoacústica [13],[14] y la Ecología realizados en Ecuador son mínimos. Los
de paisaje sonoro [5]. Para realizar una experimentos realizados con la graba-
grabación que permita obtener la ma- dora SM4 en dos zonas de los Andes
yor cantidad de información posible es ecuatorianos revelaron importantes da-
necesario que el proceso de grabación tos que se discuten a continuación.

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Figura 4. Detección del canto de rana a 45m. (arriba), 60m. (medio) 120m. (abajo). a. Oscilograma de los
cantos b. STE en ventanas de 20ms. c. STEf con umbral de detección

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Figura 5. Detección del canto de rana a 1 m., 5 m., 10 m. a. Oscilograma y espectrograma de los cantos
b. STE en ventanas de 20ms. c. STEf con umbral de detección

Figura 6. Señal a Ruido en PMQ por unidad de distancia a la fuente sonora.

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Figura 7. Señal a Ruido en STL por unidad de distancia a la fuente sonora.

SNR en relación con la distancia la SNR en el sitio de estudio para tener


Se encontró que la distancia a la una idea del alcance que tendrá una
que se puede detectar un canto de rana grabadora. Para lograr este objetivo se
aplicando el algoritmo de detección pro- recomienda llevar a cabo una rutina de
puesto en la sección 3.2 no es un valor calibración en cada grabadora antes de
de referencia estable ya que el ruido de realizar la grabación con la unidad acús-
fondo es dependiente del lugar, la hora, tica que se desea analizar.
el clima y la estación del año, afectando En las grabaciones del PMQ se
la detectabilidad del canto incluso a cor- puede detectar el canto hasta los 120
tas distancias. En su lugar, la SNR con la metros del micrófono en línea de vista
que se registra el canto si es un paráme- ya que la SNR lo permite, esto contrasta
tro estable ya que se calcula tomando en con el alcance registrado en la zona de
cuenta los niveles de ruido de fondo de Mindo donde el nivel de ruido de fondo
ese momento. Para instalar una red de permite al sistema detectar solo hasta
grabación se sugiere tomar en cuenta los 55 metros un canto. Por esta razón

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ESTIMACIÓN DE DISTANCIA DE DETECCIÓN DE CANTOS DE RANA EN GRABACIONES
AUTOMÁTICAS DE ECOACÚSTICA

es recomendado desarrollar una rutina distancia al micrófono. Al no aplicar el


de calibración de cada micrófono en la filtrado, se observa que la señal se degra-
zona una vez instalado y usar esos valo- da rápidamente después de los 3 metros
res de SNR como referencia para los aná- reduciendo la SNR a valores negativos lo
lisis posteriores y el diseño de la red de que hace su detección muy poco proba-
grabación. ble. Por el contrario, si se aplica un filtro
diseñado apropiadamente, la SNR au-
La importancia del filtrado para menta y se mantiene por sobre los 2.8dB
mejorar la SNR incluso pasado los 120m de distancia al
Como se observa en la tabla 1, la micrófono. Con la distancia la reducción
aplicación de un filtro FIR diseñado para de SNR es aproximadamente lineal pa-
extraer las frecuencias dominantes de sando de 20dB a 10dB en 30metros. Es
la unidad acústica deseada, es un factor importante entonces conocer el conte-
determinante al momento de detectar nido en frecuencia de los cantos de las
un canto. El filtro FIR aumenta sustancial- especies que se desea registrar para po-
mente la SNR en comparación con la se- der aplicar filtros adecuados a la unidad
ñal original permitiendo al algoritmo de acústica buscada y mejorar la capacidad
detección seleccionar el canto correcta- de detección del sistema automático
mente incluso al estar atenuado por la previo a la clasificación.

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Distancia (m) SNR (dB) SNRfilt (dB)


1 8.59 20.64
2 1.90 18.06
3 -1.05 23.91
4 -4.17 19.23
5 -5.60 19.81
10 -10.90 16.16
15 -14.52 15.52
20 -15.52 14.89
25 -15.93 15.01
30 -17.33 13.41
35 -20.41 12.03
40 -23.09 11
50 -23.79 8.14
60 -27.51 7.87
70 -28.01 7.80
80 -29.16 6.32
90 -31.48 5.13
100 -31.79 3.57
110 -32.02 3.87
120 -32.91 2.84

Tabla 1: SNR del audio sin filtrar y filtrado por cada 5m de distancia al micrófono medido en PMQ

Conclusiones

Las grabaciones acústicas es una la tecnología, los equipos son cada vez
técnica de censado remoto que permite más versátiles y eficientes, lo que per-
extraer información complementaria a mite generar más información sobre los
los estudios tradicionales usados en Eco- procesos ecológicos que se desarrollan
logía y Biología. Con el rápido avance de en una zona.

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ESTIMACIÓN DE DISTANCIA DE DETECCIÓN DE CANTOS DE RANA EN GRABACIONES
AUTOMÁTICAS DE ECOACÚSTICA

En este estudio se pudo caracteri- Este estudio es el primero en su


zar el desempeño de la detección de un tipo que se realiza en Ecuador y muestra
canto de rana en dos zonas de los Andes información importante para investiga-
ecuatorianos con resultados distintos, dores interesados en diseñar redes de
por loque se recomienda realizar medi- grabación Ecoacústica que permitan ex-
ciones en diferentes elevaciones, climas, traer la mayor cantidad de información
temperaturas y condiciones meteoro- en los Andes ecuatorianos.
lógicas para tener datos completos del La metodología usada es aplicada
desempeño del sistema automático de en el dominio del tiempo, usando como
detección en cada situación que se pre- parámetro limitante del alcance de los
senta en campo. Además, es importante micrófonos y la capacidad de detec-
considerar el módulo de procesamiento ción del canto del algoritmo la relación
de señales que se usará para el análisis señal-a-ruido, sin embargo, para futuros
automático ya que un filtrado adecuado estudios se puede realizar este estudio
puede aumentar considerablemente en el dominio de la frecuencia usando
el desempeño del análisis y detección como limitante la caracterización de los
automática de cantos de rana. Por esta patrones de los componentes de fre-
razón, se recomienda considerar al estu- cuencia de los cantos, lo que podría ex-
dio como un proceso completo de aná- tender la cobertura de los micrófonos a
lisis desde el diseño de la red, la instala- distancias con relaciones señal a ruido
ción y el posterior análisis del material negativas.
acústico.

Agradecimientos

El estudio ha sido auspiciado tudio Anuros de los Andes de Ecuador”.


por la Pontificia Universidad Católica A Sachatamia Lodge por su cooperación
del Ecuador dentro del proyecto de in- y auspicio durante la etapa de grabacio-
vestigación “Diseño de un sistema de nes en el campo. A Andrés Merino por su
estimación de indicadores de biodiversi- importante guía para el desarrollo de la
dad en base a un algoritmo de análisis metodología de grabación.
automático de audio digital. Caso de es-

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