Perspectivas y vistas generales
ensayos críticos
Mecanismos de origen bacteriano
morfogénesis: enfoques de la biología celular evolutivos
proporcionan nuevos conocimientos
Jiang Chao Y, Paul D. Caccamo e Yves V. Brun
'Formsmost sin fin hermosa' HowDarwins '' han evolucionado sigue siendo una
de las cuestiones más interesantes de la biología. es más probable La variedad
significativa de formas bacterianas debido a las ventajas fi específicas que
confieren con respecto a los diversos entornos que ocupan. Aunque nuestra
comprensión de los mecanismos que generan formas relativamente simples ha
mejorado enormemente en los últimos años, los mecanismos moleculares que
subyacen a la generación de formas complejas y la evolución de la diversidad
forma son en gran parte desconocidos. El emergente campo de la biología
celular bacteriana evolutiva proporciona una nueva estrategia para responder a
esta pregunta en un marco filogenético comparativo. Esta relativamente
novedoso enfoque proporciona hipótesis y conocimientos sobre los mecanismos
biológicos celulares, tales como la morfogénesis, y su evolución que habría sido
difícil de obtener mediante el estudio sólo organismos modelo. Se discuten las
medidas necesarias, desafíos, y el impacto de la integración '' pensamiento
evolutivo '' en la biología celular bacteriana en la era genómica.
.
palabras clave:
forma bacteriana; co-opción; biología celular evolutiva; biología del
desarrollo evolutivo; transiciones morfológicas; no organismos modelo;
pensamiento evolutivo
DOI 10.1002 / bies.201400098
Departamento de Biología, Universidad de Indiana, Bloomington, IN, EE.UU.
y Dirección actual: Departamento de Genética de la Universidad de Stanford, Stanford, CA
* Autor correspondiente:
Yves V. Brun
E-mail: ybrun@indiana.edu
Abreviaturas: PG, peptidoglicano; Evo-Devo, evolución del desarrollo.
Bioensayos 37: 413-425, 2015 Wiley publicaciones periódicas, Inc.
Introducción
Se di fi culto no admirar la increíble diversidad de formas en el mundo vivo:
somos testigos todos los días cuando nos encontramos con las plantas y
los animales de diferentes formas y tamaños. ¿Cómo la diversidad de
formas organísmicos evolucionó sigue siendo una de las cuestiones más
fundamentales y fascinantes de la biología. Desde los albores de la
microbiología, la forma, en particular la varilla clásico, formas esfera, y en
espiral, ha servido como una importante descriptor de especies
bacterianas. Un simple, pero a menudo se pasa por alto, es que no es signi
fi diversidad morfológica no puede en el mundo microbiano, oculto a simple
vista. Bajo el microscopio, las bacterias se pueden encontrar en múltiples
formas y tamaños, a partir de esferas simples, varillas, y espirales a las
cadenas convencionales, bobinas, estrellas,
Es intuitivo que las diferentes formas observadas en el mundo macroscópico,
por ejemplo ns fi, alas o un cuello largo, confieren ventajas específicas. ¿Por qué
una bacteria en particular tiene una forma dada es una cuestión fi culto dif para
responder, uno confundida por el hecho de que una única forma rara vez domina un
ambiente dado y las formas simples, tales como esferas, ovoides, y las barras se
puede encontrar en una variedad de entornos. En última instancia, la forma será
influido por una combinación de factores, incluyendo, pero no limitado a, la
disponibilidad de nutrientes, el apego y estrategias de dispersión, los requisitos de la
motilidad, y la depredación, y por lo tanto más de una forma puede proporcionar
ventajas en un entorno determinado [1]. Aunque las ventajas de la mayoría de las
formas bacterianas son aún por determinar [1], la alta fidelidad fi de la morfología de
las especies de bacterias y la conservación de las formas que abarcan taxones
distante (y por lo tanto largos períodos de tiempo) sugieren que las formas confieren
ventajas específicas. Por ejemplo, Helicobacter pylori
es la hipótesis de utilizar su
forma de sacacorchos para atravesar la capa de moco espeso que cubre y protege
el revestimiento epitelial de la mucosa del estómago, y forma los mutantes que han
perdido esta característica giro exposición atenuada colonización estómago
helicoidal [24]. Otros ejemplos provienen de bacterias acuáticas que viven en
oligotrófica
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ensayos críticos C. Jiang et al.
Figura 1. La diversidad de formas bacterianas. Para cada forma, se proporciona una breve
descripción y el nombre de una especie representativa, seguido de la fuente de imagen en
paréntesis. UNA: Barra, Escherichia coli
(NIAID). SEGUNDO: Esfera, Staphylococcus aureus ( Janice Haney Carr, CDC). DO: Ovococcoid,
Steotococos neumonia [ 105]. RE: Espiral,
Campylobacter jejuni [106]. MI: Creciente, Vibrio cholerae ( Louisa
Howard, el Dartmouth College). F: filamentos ramificados, Streptomyces coelicolor ( Paul
Hoskisson, Universidad de Strathclyde). SOL: Estrella, Stella vacuolata [ 107]. H: acechado, Planctomyces
maris [ 108]. YO: Acechado y la media luna, Crescentus Caulobacter ( Ellen Quardokus,
Universidad de Indiana). J: Bi fi d / en forma de Y, breve bi fi dobacterium ( Daria Zhurina y Paul
Walther, Universidad de Ulm). K: Bobina, linguale Spirosoma
[109]. L: Multi-pecíolo, Ancalomicrobium adetum [ 110]. METRO: acechado,
excentricus Asticcacaulis ( Chao Jiang, Stanford University). NORTE:
acechado, biprosthecum Asticcacaulis ( Chao Jiang, Stanford University). O: Cadena y
heterocistos, variabilis Anabaena ( Jinshun Zhong, Universidad de Missouri-St. Louis) [111].
Todas las imágenes se reproducen con permiso.
ambientes. Oligotrofía es a menudo conectado con pequeñas bacterias
cocoides, simplemente porque esta forma aumenta la relación superficie /
volumen [1]. Otra característica morfológica encontrado en bacterias
oligotróficas, aunque con menos frecuencia que la pequeña forma cocoides, se
conoce como el tallo, una extensión cilíndrica delgada de la envoltura celular que
sobresale desde el cuerpo celular y sirve como una antena de barrido de
nutrientes pensado para mejorar la e fi ciencia de la absorción de nutrientes [5] (.
Figs 1 y 2). Además, algunas especies de bacterias pueden variar su forma con
el fin de optimizar su capacidad de sobrevivir y reproducirse en diferentes
condiciones ambientales o como una parte natural de su ciclo de vida, un
proceso conocido como plasticidad morfológica [6]. Cuando el fi bacteria del
suelo filamentosa Streptomyces coelicolor fi en sí NDS en un entorno favorable,
se forma un micelio vegetativo ramificado que permite que se extienda y
madriguera profundamente en el sustrato circundante (Fig. 1F). Sin embargo,
cuando el entorno se vuelve desfavorable, las ramas se extienden hacia arriba
desde la superficie para formar hifas aéreas, que diferenciar aún más en una
serie de esporas que se liberan en el medio ambiente para facilitar la dispersión
celular [7]. plasticidad morfológica es también
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Perspectivas y vistas generales . . . .
un sello de una serie de agentes patógenos. Por ejemplo, uropathogenic Escherichia
coli ( UPEC) cambia de inmóviles varillas de cocos, a continuación, a las barras
móviles, y en última instancia a una forma filamentosa fi cuyo tamaño está
pensado para evitar la fagocitosis durante el curso de la infección [6]. H. pylori
y Campylobacter jejuni se ha demostrado que asumir formas cocoides después de
la inanición y, aunque estas células coccoidshaped son no cultivables, la
investigación ha demostrado que estas células son todavía capaces de infectar
hosts [8, 9].
El análisis filogenético sugiere que el último ancestro común de bacterias
fue probablemente en forma de varilla, dando lugar a diversos tiempos a Cocci /
ovococci u otras formas [10]. Se ha sugerido que existe una correlación signi fi
cativa entre la forma celular y la disposición de la dcw grupo de genes
implicados en la división celular y la síntesis de la pared celular [11], pero
queda por ver si esta correlación todavía lleva a cabo, dado el cada vez mayor
cantidad de datos genómicas disponibles. variaciones morfológicas se
encuentran a menudo en especies bacterianas estrechamente relacionadas: la
diversidad en el número y la colocación de los tallos o flagelos en varios phyla
[12-16], la variación en el número y la forma de endosporas en el Firmicutes
[17], la diversidad estructural de los cuerpos fructíferos de
mixobacterias [ 18], y las diversas formas helicoidales dentro de la
Helicobacter y Campylobacter géneros [19, 20], por nombrar sólo unos pocos. Los
mecanismos que controlan los cambios de forma dentro de una especie
bacteriana están comenzando a ser entendida, pero los mecanismos por los que
las nuevas morfologías evolucionado a partir de los ancestrales mayoría aún no
se han descrito. Sin embargo, aunque varios estudios han establecido claramente
los mecanismos moleculares detrás transiciones morfológicas en eucariotas
multicelulares, poniendo de relieve la importancia de la regulación y funcional
evolución de la secuencia en las plantas y animales reinos [21-25], los
mecanismos subyacentes a las transiciones que conducen a la diversidad
morfológica de bacterias siguen siendo desconocidos. En esta revisión se
describen los mecanismos de generación de forma de la célula bacteriana y la
evolución, y se discute la importancia de realizar estudios de células bacterianas y
la biología del desarrollo futuro en un marco filogenético comparativo.
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ensayos críticos
Figura 2. SpmX es el morfógeno evolución de la síntesis de tallo. UNA: micrografías electrónicas de transmisión de tres De hecho, la interrupción de la estructura de PG o
especies con distinto posicionamiento tallo. SEGUNDO: árbol filogenético y la trayectoria evolutiva inferido de síntesis en E. coli y Bacillus subtilis
posicionamiento tallo. Colores de sombreado, ramas, y SpmX (círculos rellenos) denotan la polar (rojo), sub-polar (púrpura), y
puede conducir rápidamente a una célula de forma redonda llamado
bi-lateral (amarillo) acechar posicionamiento, respectivamente. Las flechas apuntan a la origen de respectivas morfologías. El
un “esferoplastos” [26, 28, 29].
tamaño de SpmX se indica en los aminoácidos (AA). NP, no orthologs presente. Barra de escala, el número de sustituciones
por sitio. DO: organización de los dominios de SpmX. Los dominios transmembrana (TM) se muestran como barras grises.
Todas las versiones de SpmX comparten un dominio de muramidasa conservadas N-terminal putativo y dos dominios
transmembrana C-terminal. Sin embargo, la zona intermedia es muy variable en longitud y secuencia. RE: Las formas no tan simples de la generación de
esfera, formas de varilla, o en espiral simples

SpmX se requiere para la síntesis de tallo en Asticcacaulis. Imágenes de microscopía electrónica de transmisión de Asticcacaulis
especies y su respectiva spmX¯ mutantes sin tallo. MI: mapas de calor de la localización en la SpmX A. biprosthecum
La morfogénesis de diferentes formas bacterianas
spmX¯ mutante SpmX expresar AB-
requiere la modulación espacio-temporal de la maquinaria
EGFP (izquierda), SpmX AE EGFP (derecha, arriba) o el SpmX quimérico AB-AE EGFP, con el N-terminal A. biprosthecum dominio
muramidasa fusionado al extremo C-terminal A. excentricus de síntesis de PG, los mecanismos exactos de los que
dominios intermedios y TM (derecha, abajo). Nótese que tanto SpmX AE EGFP y la SpmX quimérico AB-AE EGFP son capaces permanecen en gran parte desconocida. La mayoría de
de conducir transiciones morfológicas de bi-lateral a sub-polar predominantemente. “N” indica el número de focos los estudios se han centrado en unos pocos organismos
analizados. Figura adaptada de Jiang et al. (2014) con permiso. modelo, revelando algunos de los principios de cómo se
generan los / ovoide, varilla, y formas básicas esfera
espiral.

La naturaleza de la forma bacteriana
La pared celular bacteriana juega un papel fundamental en el mantenimiento de la forma de
las células bacterianas [26]. La forma más frecuente de la pared celular bacteriana es el
peptidoglicano (PG), una estructura compuesta de filamentos de glicano hechas de
repetición de subunidades de disacárido compuestas de NORTE- ácido acetilmurámico
(MurNAc) y NORTE- Acetilglucosamina (GlcNAc), que se reticula adicionalmente por
puentes de pentapéptidos unidos a las unidades MurNAc (Para los detalles véase la Fig.
3). La estructura similar a una malla resultante es lo suficientemente rígido para mantener
las formas bacterianas, sin embargo, también es elástica y puede ser dinámicamente
modificado ed [26, 27].
Conceptualmente, hay dos modos principales de la síntesis de PG cuya combinación
probablemente conduce a la mayoría de las formas bacterianas: el crecimiento y la
citocinesis, que pueden tener una ascendencia común [30]. (1) Crecimiento. El crecimiento
puede producirse por síntesis de PG distribuido uniformemente por toda la célula (el
crecimiento dispersa) o de una o muchas zonas espacialmente restringidas, lo que lleva a
un crecimiento zonal. Como se explica a continuación, el crecimiento zonal puede ser
especi fi espacialmente por varios mecanismos moleculares para producir diferentes
formas. (2) La citocinesis (a menudo llamado tabicación en bacterias). La división celular
requiere dirigir la síntesis de PG hacia adentro, generalmente en el midcell, perpendicular
al eje largo de la célula. La división celular se rige principalmente por la tubulina

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Membrana externa
MurNAc

GlcNAc

L-Ala
PBP
ensayos críticos

lípido II
D-Glu
meso Dap D-Ala
undecaprenil
PAG
periplasma Fosfato

Membrana interna

murg MurJ P segundo

Citoplasma
MurABCDEF
UDP UDP MRay
UDP

me lípidos lípido II

Figura 3. Un modelo simplificada de la síntesis de peptidoglicano en E. coli. la síntesis de PG es un proceso complejo Cómo se hacen las esferas: La simetría
coordinado por una serie de proteínas que se conservan en casi todas las especies bacterianas. Debido al alcance de esta perfecta
revisión, sólo vamos a cubrir brevemente los fundamentos bioquímicos de la síntesis de PG usando E. coli como un ejemplo
(para revisiones detalladas ver [26, 27]). la síntesis de PG comienza con la síntesis de precursores de PG en el citoplasma.
Un cuerpo de la célula esférica es intuitiva, ya que es
La uridina difosfato azúcar de nucleótido NORTE- Acetilglucosamina (UDPGlcNAc) se convierte en uridina difosfato NORTE- ácido
físicamente la forma perfecta para una estructura unida a la
acetilmurámico (UDP-MurNAc) por MurAB. MurCEDF entonces catalizar la adición de una cadena lateral de aminoácido a
UDPMurNAc a través de la adición secuencial de L-alanina (L-Ala), ácido D-glutámico (D-Glu), membrana bajo presión osmótica. células esféricas son
generados por uniformemente creciente hacia el interior
desde el tabique de la célula en división. Este mecanismo
meso ácido diaminopimélico ( meso Salto; un derivado de lisina), y dos D-alaninas (DALA). Este UDP-MurNAc-pentapéptido asegura que ambas células hijas son igualmente esférica
está entonces anclado a la membrana interna a través de la lípido transporte de fosfato de undecaprenilo por MRay para
(Fig. 4F) [38]. Además, las regiones de crecimiento periférica
formar resto lipídico I. A UDP-GlcNAc está unido a Lípido I a través de enlace glucosídico por murg para formar el precursor
alrededor del tabique pueden alargar el cuerpo de la célula
disaccharidepentapeptide conocido como Lípido II , el bloque de construcción básico de la PG. El disacárido-pentapéptido es
en forma de esfera, esculpiendo una célula de forma oval
fl ipped través de la membrana interna al espacio periplásmico por una ippase fl (MurJ [112, 113]) en el que se incorpora en
la cadena de PG naciente por la proteína de unión a penicilina actividad transglycoslylase (PBP). Una vez incorporado, PBP (Fig. 4G) [38]. Este llamado crecimiento periférico está
transpeptidasas reticulación meso Dap de un pentapéptido a D-Ala de un pentapéptido contrario, concomitante con la escisión coordinado por DivIVA y FtsZ en Steotococos neumonia [ 38-40].
del terminal D-Ala, incorporando así una nueva cadena en el sáculo PG. Debido a los papeles cruciales de estas actividades DivIVA se une preferentemente a las regiones de células
enzimáticas en la síntesis de PG, PG transpeptidases, también conocidas como proteínas de unión a penicilina (PBP), siendo curvado negativamente y acciona diferentes tipos de
los mejores objetivos para los antibióticos. Además de la maquinaria de síntesis, también existen numerosas enzimas para
crecimiento zonal (véase abajo). Curiosamente, la mayoría de
remodelar la estructura de PG existente (para una revisión, por favor ver [27]). Es importante señalar que el PG no es
las bacterias esféricas o de forma ovalada carecen del
esencial para los organismos para formar formas distintas, como se ve en algunas especies bacterianas parásitos
homólogo de actina MreB gen (Fig. 5) que se requiere para la
intracelulares que carecen de PG, tal como
síntesis de PG lateral en muchas especies en forma de barra
(véase más adelante) [41]. Si esto es una pérdida secundaria
o la causa de la evolución de la varilla a la esfera / ovococcus
Mycoplasma y espiroplasmas en Tenericutes (Mollicutes), y bacterias de vida libre como el Planctomycetes [114, 115]. queda por investigar.
Curiosamente, el trabajo reciente ha demostrado que en el grupo de Chlamydia, donde la presencia de un PG era incierta, al
menos dos especies tienen una estructura PG detectable [64, 116]. Estos hallazgos sugieren que este nuevo examen
riguroso de otras especies bacterianas fi cientes presumiblemente PG-DE, tales como la Planctomycetes, es crucial para
nuestra comprensión de la evolución de la síntesis de la pared celular de las bacterias.

¿Cómo se hacen las barras: Muchas soluciones a un mismo

homólogo FtsZ [31], que se ensambla en filamentos para formar una estructura de
anillo (Z-ring) alrededor del plano de división (Fig. 4) [32-34]. reclutas FtsZ, directa
o indirectamente, un gran número de proteínas implicadas en la síntesis de PG,
como se muestra en varias especies [30]. Todavía no está claro si el anillo Z es la
principal fuerza impulsora durante la división celular, o si el anillo Z simplemente
sirve como un andamio para proteínas que proporcionan fuerza constrictiva
[33-35]. FtsZ se conserva en todos los phyla bacteriana a excepción de la
Tenericutes (Mollicutes), Planctomycetes y el grupo Chlamydia [36, 37].
problema
Sintetizar una forma de varilla se puede lograr a través de un número de mecanismos,
incluyendo algunas variaciones en el crecimiento zonal (Fig. 4A-E). Se requiere que el
MreB actina homólogo para la elongación celular en forma de vara por la síntesis de PG
dispersado a lo largo del cuerpo de la célula en un número de especies, incluyendo los
principales modelos experimentales E. coli, B. subtilis, y C. crescentus
(Fig. 4A). MreB ha postulado para formar filamentos membraneassociated
que giran circunferencialmente dentro del cuerpo celular [42-44]. Aunque
todavía se debate si

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UNA) SEGUNDO) DO) RE)

ensayos críticos
Barra de acoplamiento (ovococcoid filamentoso)
Barra de acoplamiento (clásico) de la varilla (unipolar) Barra de acoplamiento (bipolar)

leyendas
MI) F) SOL)

el crecimiento del tabique

el crecimiento disperso
(División)

Esfera (cocoides) Ovococcoid Periférica o el

Barra de acoplamiento (longitudinal) el crecimiento polar / Zonal
crecimiento pre-septal

H) YO) - - - J) - - -
+ + + + + +

+ + + + + +

- - - - - -
Filamentosas y la ramificación Espiral (activo) Espiral (pasivo)

Figura 4. Mecanismos subyacentes a la síntesis de varias formas bacterianas. Las flechas indican la dirección de los detenido [42-44]. Las simulaciones han predicho que la
diversos mecanismos de crecimiento zonales. A-E: Las diversas formas de hacer un cuerpo de la célula en forma de barra. rotación de MreB puede ser crítica para la morfogénesis
Se requiere la tabicación para resolver dos o más células hijas en cada caso (anillo verde). UNA: El modelo de alargamiento
de la forma de barra, asegurando apropiadamente
dispersa en el que el nuevo material se incorpora uniformemente en la pared lateral (rojo discontinuo anillos). En E. coli
distribuido incorporación PG en todo el cuerpo celular
[49-51]. Retroalimentación entre geometría de la celda y
y C. crescentus, un tipo especializado de crecimiento llamado crecimiento pre-septal también contribuye a la elongación (bandas
la localización
púrpura). SEGUNDO: crecimiento Unipolar alarga el cuerpo de la célula en un “florecimiento” moda (tapa azul). En A. tumefaciens, alargamiento MreB se dirige a la síntesis de PG a las
pre-septal se produce y define el futuros sitios de crecimiento polar activo (bandas púrpura). DO: Algunas especies Actinobacteria regiones de curvatura negativa PG para mantener la
alargar el cuerpo de la célula de una manera bi-polar (casquillos azules), impulsado por DivIVA como se detalla en el texto. RE: células forma de varilla [51].
ovococcoid filamentosos también pueden conseguir un cuerpo de la célula en forma de varilla por una combinación de inhibición de
la división celular (anillos verde) y el crecimiento periférica persistente alrededor de la región septal (bandas púrpura), como se ve en
Además del modo dispersa de crecimiento descrito
anteriormente, algunas especies en forma de barra, tales
como E. coli y C. crescentus,
Lactococcus lactis. MI: Sorprendentemente, uno gammaproteobacteria ectosymbiotic que se adhiere a la superficie del
nematodo marina Laxus oneistus crece en anchura y divide longitudinalmente. El anillo Z también se posiciona también alargar en parte de la midcell usando síntesis
longitudinalmente para dividir la célula (anillo verde). F-G: La esfera (cocoides) y la forma ovalada (ovococcoid) utilizan llamado pre-septal PG (Fig. 4A, bandas de color púrpura).
crecimiento septal (anillo verde) para sintetizar los hemisferios de dos células hijas respectivos. Además, las regiones de Este modo FtsZ dependiente de la síntesis de PG se
crecimiento periférico (bandas púrpura) pueden alargar el cuerpo de la célula sphereshaped para esculpir una célula de produce justo antes de la tabicación [52-54] y
forma ovalada. H: Los filamentos larga ramificada de
probablemente implica una interacción con MreB. Estas
dos proteínas co-localizar en C. crescentus [ 55, 56] y
Streptomyces coelicolor se consiguen mediante el crecimiento punta en posiciones discretas dirigidas por el DivIVA proteína
(CAPS azul), como se detalla en el texto principal. I-J: La forma en espiral se puede lograr en al menos dos formas diferentes.
Un mecanismo de “activo” en la que las proteínas se localizan a un lado del cilindro celular e inducen la formación de curvatura E. coli [ 57], y recientemente se han demostrado que
negativa mediante la relajación de los enlaces cruzados de hebras de glicano ( YO, rayas rojas). Alternativamente, las proteínas interactúan directamente en E. coli para transferir las
del citoesqueleto pueden inducir la formación de curvatura positiva por moldeo físicamente un lado del cuerpo de la celda ( J, Rayas enzimas de síntesis de PG de la maquinaria elongación
azules). La curvatura positivo y negativo del cuerpo celular se indican mediante þ y señales. El posicionamiento del anillo Z es celular a la midcell para la síntesis de PG pre-septal y / o
impreciso en el único organismo en forma de espiral estudiado Helicobacter pylori, por lo tanto no se representa en los esquemas.
septal [57]. Por lo tanto, la acción coordinada de MreB y
FtsZ aparentemente media un paso de dispersado para la
síntesis de PG zonal en muchas especies.

MreB puede formar filamentos extendidos o, parches discretos simplemente locales
[45, 46], la síntesis de PG lateral está claramente asociada con MreB [47]. Cuando se
interrumpe la síntesis MreB, la localización de las proteínas de síntesis de PG también
se interrumpe, y las células se vea varios defectos de crecimiento que conduce a una
morfología celular redondeado [48]. A la inversa, cuando se interrumpe la síntesis de
PG, ya sea mediante el agotamiento de los precursores de PG o la adición de
antibióticos, la rotación de MreB filamentos se
Alternativamente, la forma de varilla puede lograrse mediante la fromone
elongación celular o bothpoles. Por ejemplo, Agrobacterium tumefaciens crece
unipolarmente (Fig. 4B) y la actinobacteria
Corynebacterium glutamicum y Tuberculosis micobacteriana
crecer bipolarmente (Fig. 4C) [58-62]. el crecimiento polar en C. glutamicum
[58] y M. tuberculosis [ 62] requiere DivIVA, la interrupción de los cuales conduce a
una forma de la célula redondeada, similar a cuando alargamiento dispersado se
interrumpe en forma de barra E. coli o

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ensayos críticos C. Jiang et al. Perspectivas y vistas generales . . . .

Figura 5. La distribución de FtsZ, MreB, y DivIVA en bacterias Gram-positivos seleccionados. Se muestrearon aleatoriamente Curiosamente, la forma de varilla también puede ser generado
138 géneros en diferentes órdenes y luego elegimos 1-3 especies en cada género, de preferencia con genomas terminado. La por todavía más mecanismos. Lactococcus lactis, una especie
Aqui fi CAE / thermotogae grupo externo es un grupo bacteriano-profundo ramificada que normalmente se encuentran en
ovococcoid, puede formar células filamentosas en forma de
ambientes extremos. En general, el árbol filogenético es representativa del resultado de 186 genomas en la muestra: (1) FtsZ se
barra fi largas en un medio sintético (Fig. 4D). L. lactis también
encuentra en todas las especies estudiadas. (2) MreB no se encuentra en la mayoría de las especies Actinobacteria y cocoides.
lacksMreB (Fig. 5), el logro de su fi forma de varilla filamentosa
Sin embargo, observamos excepciones a esta “regla”, como varias especies de cocos en la Firmicutes y Actinobacteria hemos
identificado capaces MreB. (3) DivIVA está casi estrictamente restringido a bacterias Gram-positivas (Firmicutes y mediante la formación de una serie de zonas de crecimiento
Actinobacteria). El árbol filogenético de especies representativas (seleccionado basado en el alcance de esta revisión) periféricos en Z-anillos que se inhibió por la citocinesis (Fig. 4D,
perteneciente a Actinobacteria, Firmicutes, Proteobacteria y los extremófilos de ramificación profundas grupo externo se calculó las bandas de color púrpura) [65]. Finalmente, quizás la forma
basándose en la alineación de la proteína GyrA utilizando el método de máxima verosimilitud basado en el modelo LG en MEGA más excéntrica de la síntesis de una varilla se encuentra en uno
6 [117], apoyado por 100 repeticiones de arranque. Una distribución Gamma discreta con posiciones invariantes se utiliza para
gammaproteobacteria ectosymbiotic (no nombrado
modelar las diferencias de tipo evolutivas entre sitios. El árbol está dibujado a escala, con longitudes de rama medidos en el
formalmente) que se adhiere a la superficie del nematodo
número de sustituciones por sitio. El valor bajo apoyo para agrupar Firmicutes y Actinobacteria juntos está de acuerdo con un
marina Laxus oneistus [ 66]. Esta bacteria ectosymbiotic adjunta
informe anterior [118]. Llenado o círculos abiertos indican la presencia genómico o ausencia de FtsZ (verde), MreB (rojo), y
DivIVA (azul) detectada por el Bi-direccional método Hit Best (BBH) [119], respectivamente. Tenga en cuenta que DivIVA sólo a su polarmente anfitrión y forma una monocapa bio película
está presente en especies de bacterias Gram-positivas (Firmicutes y Actinobacteria), aunque su función diverge signi fi que se expande como el nematodo crece en tamaño. Esta
cativamente en diferentes especies. Específicamente, DivIVA se requiere para la elongación polar en Actinobacteria pero no en bacteria crece en anchura y divide longitudinalmente,
Firmicutes. Además de cocoides especies / ovococcoid, MreB está ausente en especies polarmente crecimiento (incluyendo A. desafiando lo que se conoce en todas las especies estudiadas
tumefaciens en Proteobacteria), a excepción de S. coelicolor en el que se requiere MreB para la esporulación, pero no
previamente en forma de barra bacterianas (Fig. 4E). Este
elongación de rotura [73].
mecanismo de crecimiento es bien tomaintaincoverage
suitedecologically de la superficie de los nematodos. No es
sorprendente que el anillo Z se alsopositioned longitudinalmente
para

B. subtilis Células. Curiosamente, A. tumefaciens, C. glutamicum,
y M. tuberculosis todos carecen MreB, lo que sugiere que el mecanismo de
alargamiento polar es funcionalmente equivalente a MreBdirected dispersa
elongación (Fig. 5). Queda por determinar si la evolución de los mecanismos de
crecimiento polares hizo MreB prescindible en estos clados. Curiosamente, en el
caso de
A. tumefaciens, células que se han duplicado en longitud cambian su
crecimiento zonal de un polar a un modo de pre-septal análoga al modo de
pre-septal descrito anteriormente para E. coli
y C. crescentus ( La Fig. 4B, las bandas de color púrpura), que posiciona el
elongationmachinery en los nuevos polos siguiente división [59]. Es posible que el
crecimiento polar surgió en células con forma de varilla que perdieron la dispersedmode
de crecimiento, pero insteadmaintained crecimiento preseptal y reutilizados para el
crecimiento en los polos. Sin embargo, queda por determinar qué modo de crecimiento
es ancestral. Desde los modos de crecimiento ahora se pueden detectar fácilmente
withrecentlydeveloped fl uorescentprobes forPGsynthesis [63, 64], la evolución de los
modos de crecimiento puede ser analizado experimentalmente en un contexto
filogenético adecuada para determinar estados ancestrales y derivados.
coordinar thecytokinesisof células twodaughter, bringingupthe
fascinatingquestionofhowFtsZcan localizan inthis moda [66].
¿Cómo se hacen espirales: El arte de la torsión
La forma en espiral es un poco más complicado para generar, y estudios mecanísticos
son relativamente escasos. La forma en espiral retorcida puede ser vista como una
suma de al menos tres modos de crecimiento diferentes: (1) de elongación, (2) de
curvatura, y (3) de torsión [3, 67]. Existen al menos dos mecanismos diferentes para la
generación de una espiral, ambos de los cuales utilizan el crecimiento diferencial de la
PG para inducir la curvatura positiva o negativa en un lado del cuerpo de la célula
cilíndrica. El primero es un mecanismo de “activa” en la que los genes son
directamente associatedwith la generación de la forma helicoidal. H. pylori, una especie
patógena bien conocido por su forma helicoidal icónica, ha sido el principal organismo
modelo para el estudio de este mecanismo. Un número de genes se ha demostrado
que afectan a la naturaleza helicoidal del cuerpo de la célula en diferentes grados. Se
sugirió que la forma helicoidal se consigue por local de Modificación de reticulaciones
PG para cada giro para crear

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.... Perspectivas y vistas generales
regiones flexibles que introducen la curvatura negativa, formando con ello la forma
espiral (Fig. 4I) [3, 49, 68]. El mecanismo alternativo “pasiva” puede estar mediada por
la proteína de los filamentos la forma de la célula “moldeo”. En C. crescentus, el
intermedio filamento (IF) -como citoesqueleto CRES proteína forma un haz de proteína
en un solo lado del cuerpo de la célula [69]. Al limitar el crecimiento lateral local,
posiblemente a través de MreB, este mecanismo presenta curvatura positiva, lo que
resulta en un cuerpo de la célula en forma de medialuna [70]. sin embargo, el C.
crescentus cuerpo celular curvado es en realidad también se retorció (Fig. 4J). Esto se
hace evidente durante el crecimiento prolongado en fase estacionaria, lo que resulta en
FI hélices filamentosas [71], lo que indica que un mecanismo pasivo similar también
puede facilitar la síntesis de un cuerpo de la célula en forma de espiral.
crecimiento Zonal se utiliza para generar formas complejas
En la sección anterior, que se resumen brevemente décadas de investigación sobre Y.
simples morfologías celulares bacterianas. Específicamente, hemos demostrado que las
barras simples pueden ser alcanzados por al menos cinco diferentes mecanismos, algunos
de los cuales pueden ser utilizados para generar otras formas. Sin embargo, el “elefante
en la habitación” metafórica pregunta sigue siendo: ¿qué mecanismos se requieren para
generar formas celulares más complejas o excéntricos? Por desgracia, se sabe poco
acerca de cómo estas formas se generan a nivel molecular o incluso celular.
Conceptualmente, estas morfologías complejas (Fig. 1) se puede lograr mediante la
especificación de zonas de la síntesis de PG para orientar el crecimiento en específico c
localizaciones subcelulares [19, 72].
Un ejemplo clásico de cómo el posicionamiento de crecimiento zonal puede
generar morfologías complejas proviene de estudios de la formación de rama en Streptomyces.
Como es el caso para la mayoría, si no todos, Actinomycetales, Streptomyces especies C. crescentus, un organismo modelo para el desarrollo de bacterias y la adhesión
crecen polarmente. Adicionalmente, Streptomyces especies menudo iniciar el
crecimiento lateral para formar filamentos larga ramificada, resultando en una
compleja red de micelio ramificado (Fig. 1F). En S. coelicolor, la formación de nuevas
ramas se produce detrás de la punta de la creciente hifas [7, 73]. La unión curvatura
DivIVA negativo de proteína se localiza en los polos de crecimiento hifas y forma
una estructura llamada polarisome, que recluta la maquinaria de síntesis de PG. La
fosforilación de DivIVA por la quinasa AfsK hace que el desmontaje de parte del
polarisome apical. Los focos DivIVA resultantes quedan detrás de la punta de
crecimiento inician la formación de nuevos polarisomes y por lo tanto la formación
de una nueva zona de crecimiento (Fig. 4H) [7, 74, 75]. En Firmicutes, se requiere
DivIVA para prevenir la formación del anillo Z en los nuevos polos de la célula
después de la división en B. subtilis, y coordinar alargamiento midcell en S.
pneumoniae [ 76, 77]. Curiosamente, sólo a partir de especies DivIVA Actinobacteria
(ya sea S. coelicolor o M. tuberculosis), pero no Firmicutes ( B. subtilis o S.
pneumoniae), puede rescatar el defecto alargamiento de una divIVA mutante en el
Actinobacterium C. glutamicum [ 58]. Estos resultados indican que la función de
DivIVA es diferente en Actinobacteria en comparación con el Firmicutes (Fig. 5),
pero el modo de crecimiento sólo se ha estudiado en unas pocas especies en estos
grupos. Puede ser que el papel de DivIVAhas se desplazó de la síntesis de PG
septal regulación en Firmicutes de coordinar el crecimiento polar y el crecimiento
lateral de ramificación en Actinobacteria (Fig. 5). Un estudio filogenético robusta de
la modalidad de crecimiento y DivIVA
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C. Jiang et al.
se requiere la función de este grupo para resolver el estado ancestral de DivIVA
(véase la sección “El emergente campo de la biología celular bacteriana evolutiva”).
ensayos críticos
El conocimiento obtenido de estudio de la formación en la rama
S. coelicolor proporciona una visión de los mecanismos que generan morfologías
complejas: la naturaleza se extiende y se basa en formas básicas. En comparación con
las células en forma de barra, S. coelicolor
de ramificación puede ser visto como un resultado del crecimiento zonal controlada
en posiciones localizadas discretas a lo largo del cuerpo celular. Esta simple
estrategia es más e fi ciente con un mecanismo altamente modular, en la que un
regulador maestro controla la actividad y / o la localización de todo el complejo / vía.
Aquí, simplemente cambiando la ubicación de DivIVA es a la vez ciente fi necesario y
suf para reclutar la maquinaria de síntesis de PG a nuevas posiciones a partir de
ramas. Sin embargo, DivIVA no se encuentra en las bacterias Gram-negativas, que
poseen igual, si no más, la diversidad morfológica. Por lo tanto, una gran variedad de
tales mecanismos modulares debe existir, como se demuestra en el siguiente
ejemplo.
El mecanismo y la evolución de la morfogénesis: El estudio de la
síntesis de tallo y localización proporciona un modelo
El tallo es una extensión delgada, apéndice-como de las tres capas de la envoltura
celular (membrana interna, peptidoglicano, y la membrana externa) encontrado en
filogenéticamente diversos grupos de bacterias [14] (Figs. 1 y 2). No debe
confundirse con la estructura de las hifas en Streptomyces, el tallo es mucho más
estrecho que el cuerpo de la célula y por lo tanto un orgánulo morfológicamente
distinta, análoga a la cilio de las células eucarióticas [78]. estructura de tallo, la
síntesis y la función han estudiado en beenmostly
[79-81]. El tallo se sintetiza a partir de su región cellproximal y está compartimentada
desde el cuerpo celular por estructuras proteicas denominadas bandas cruzadas [81,
82]. El tallo aumenta la flotabilidad de células y se puede utilizar como un orgánulo
de eliminación de nutrientes [5, 83, 84]. En C. crescentus, el tallo crece precisamente
de la ubicación polar que lleva el disco adhesivo adhesivo, y por lo tanto empuja la
célula unido lejos de la superficie. Debido a que hay poca o ninguna de flujo en la
superficie, empujando la celda de distancia proporciona acceso a los nutrientes
debido fl: el aumento de la distancia de la superficie del 1 al 10 metro m proporcionaría
una 10% de aumento de nutrientes fl ux [5, 83, 85]. El tallo puede incluso servir como
un “canal de parto” a través de la cual las bacterias en ciernes producen células hijas
en las familias Hyphomonadaceae y Hyphomicrobiaceae [86]. Aunque los estudios
han demostrado que ciertos genes involucrados en la síntesis de PG y su
modulación juegan un papel en la síntesis del tallo, el mecanismo molecular exacto
para la síntesis de tallo y posicionamiento permanece indeterminado [87].
Recientemente, un estudio de la biología celular evolutiva ha proporcionado
nuevos conocimientos sobre los mecanismos de la síntesis de tallo y posicionamiento.
En el estrechamente relacionado Asticcacaulis género, el número y ubicación de los
tallos difiere drásticamente del de C. crescentus, sin embargo, su estructura parece
idéntico en los dos géneros [13] (Figs. 1 y 2). En C. crescentus, el tallo se coloca en un
poste de una sola célula; en excentricus Asticcacaulis,
el tallo se hace en una posición subpolar fuera del centro de un polo celular; y fi
nalmente, en biprosthecum Asticcacaulis, dos tallos son
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 C. Jiang et al.
posicionado bilateralmente en el cuerpo celular [12-14] (. Figs 1 y 2). Los tallos se
sintetizan a partir de su región de cuerpo proximal de células en todas las especies, lo
que sugiere que puede existir un mecanismo molecular común para tener en cuenta el
posicionamiento y el crecimiento de los tallos de [14]. Para identificar potenciales
morfógenos tallo, la localización de proteínas conocidas para localizar polarmente en C.
crescentus se determinó en A. biprosthecum, que conduce a la identificación de dos
ensayos críticos
proteínas que se localizan en la base de sus tallos bilaterales en lugar del polo celular
[14]. Una de las proteínas, SpmX, ha demostrado ser necesaria para la síntesis tallo
en el
Asticcacaulis género (Fig. 2D), mientras que no se requiere en
C. crescentus [ 88]. Expresión de SpmX en una especie exógenos podía
conducir la síntesis de tallo en las posiciones alternativas (Fig. 2E). Estos
resultados muestran que SpmX es necesaria y su fi ciente para conducir la
síntesis de tallo a especí posiciones fi c, lo que indica que funciona de una
manera modular, al igual que DivIVA en la localización de la maquinaria de
síntesis de PG requerida para la formación de rama en S. coelicolor. Por lo tanto,
SpmX sirve como un morfógeno para la síntesis de tallo en
Asticcacaulis, responsable de coordinar el crecimiento zonal en lugares dependiente
de especie para producir el tallo (s), en última instancia contribuye a la diversidad
de forma de la célula [14].
¿Cómo evolucionó posicionamiento tallo?
Los tallos se reproducen fielmente a fi posiciones definidas de por un número de
diversas especies a través de filos múltiples, pero las posiciones pueden variar
entre las especies. La progresión evolutiva de posicionamiento tallo, deducido de
la filogenia, coloca el tallo polar de C. crescentus ancestral a tallos sub-polares y
bi-laterales (Fig. 2B) [14]. Esta progresión intuitiva está de acuerdo con el principio
evolutivo que estructuras más complejas suelen ser construido a partir de los más
simples, pero similares [89]. SpmX regula el desarrollo de C. crescentus, pero no
es necesario para la síntesis de tallo en esta especie, por lo que es un candidato
sorprendente para un morfógeno para el posicionamiento en el tallo
Asticcacaulis [ 88]. Estas observaciones indican que ciertos cambios han ocurrido
SpmX a evolucionar nuevas funciones. El proceso de reutilización de una unidad
biológica existente (gen, camino, de órganos, etc.) para una nueva función se
conoce como cooptación [90]. Con base en estudios similares biología del desarrollo
evolutivo (evo-devo) de organismos multicelulares eucariotas, tales cambios podrían
ser de regulación y / o funcional. Coincidentemente, el Asticcacaulis SpmX se ha
expandido por tantos como 400 aminoácidos a más de 800, en comparación con los
435 aminoácidos de Caulobacter SpmX (Fig. 2C). Además, esta expansión se limita
a una región intermedia altamente divergente, como el dominio de muramidasa
N-terminal y dominios transmembrana C-terminal permanecerá conservada (Fig.
2C). Para probar la hipótesis de que la expansión de este dominio es la clave para
el papel de SpmX en la síntesis de tallo, una serie de proteínas quiméricas, en el
que dominios separados de SpmX de diferentes especies se fusionan entre sí, se
construyeron para probar su función en la síntesis de tallo y posicionamiento en
diferentes especies. Los resultados indicaron que a través de cambios progresivos
en su dominio divergente C-terminal, SpmX evolucionó la capacidad de sintetizar y,
a continuación apuntar, tallo síntesis en las posiciones fi cos (Fig. 2E). Por último,
pero no menos importante, se ha demostrado que la sobre-expresión de SpmX en A.
excentricus conduce a la formación de múltiples sub-polar
420
Perspectivas y vistas generales . . . .
tallos, dando a entender que un aumento en el nivel de expresión de SpmX podría ser
un requisito previo para la síntesis de tallo bi-lateral en
A. biprosthecum [ 14].
En resumen, la evolución funcional de un dominio especí fi co de SpmX es
la clave para la evolución de la morfología celular en Asticcacaulis y Caulobacter.
Aunque SpmX no es necesaria para la síntesis de tallo en C. crescentus,
es seguramente
razonable suponer que existe en una proteína análoga a SpmX C. crescentus para
coordinar la síntesis de tallo, y que los mecanismos de síntesis de tallo aguas
abajo reales son probablemente homóloga en Asticcacaulis y Caulobacter, que
resulta en casi idéntica ultraestructura tallo. Por otra parte, para generar
morfologías celulares complejas, como se observa en algunos de los
Rhizobiales ( La Fig. 1 l) [59], que carecen spmX ortólogos, pueden existir un
morfógeno análoga a SpmX para coordinar el crecimiento zonal que especi
morfologías distintas fi ca.
El emergente campo de la biología celular
bacteriana evolutiva
Tenemos brevemente cubierto lo básico esfera, formas de varilla, y en espiral se
puede generar en las bacterias. Además, describimos los mecanismos
subyacentes a la síntesis de dos morfologías complejas distintas, ramificación
celular y tallos. Si bien es evidente que nuestro conocimiento de cómo las formas
bacterianas son generados es aún muy limitada, se observa un patrón emergente
en el que formas complejas pueden evolucionar a partir de formas básicas
utilizando un mecanismo de crecimiento de zona controlada por evolutivo similar.
Suchmechanisms sólo son identificables whenwe investigar múltiples especies que
son morfológicamente distintos pero estrechamente relacionados. La importancia
del uso de los principios evolutivos y biología comparativa filogenéticamente
informados en el estudio de los procesos complejos se ilustra muy bien en el
evo-devo (evolución del desarrollo) de campo [91]. Tres mecanismos importantes
han surgido de los estudios de las transiciones morfológicas en eucariotas: (1)
cambios en los elementos cisregulatory o secuencias de proteínas se asocian con
frecuencia con las transiciones morfológicas; (2) modularidad está presente
habitualmente en themorphogenesis vías (morfógeno); y (3) genes con funciones
existentes pueden adquirir nuevas funciones a través de la evolución (cooptación)
[91-93].
Aunque los estudios evo-devo han centrado históricamente en la forma de
los eucariotas multicelulares, sus hallazgos son potencialmente aplicables a
cualquier proceso evolutivo. Por el contrario, cualquier proceso biológico celular
puede ser estudiada usando los enfoques de la evo-devo con modificaciones
menores, como ejemplificado en el emergente campo de la biología celular
evolutiva que estos principios se están empezando a ser aplicada a la evolución
de la organización subcelular [94].
¿Por qué la biología celular evolutiva en bacterias?
Dos ejemplos ilustran los beneficios potenciales de estudio de la biología celular
evolutiva en bacterias: (1) El papel de SpmX en la síntesis de tallo no podía inferirse
de su papel en el modelo estudiado mucho C. crescentus y en lugar de su
descubrimiento requiere su estudio en el estrechamente relacionado Asticcacaulis género.
En
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.... Perspectivas y vistas generales
Además, la maquinaria para la síntesis de tallo sigue siendo identificados en cualquier
género. Ahora, SpmX se puede utilizar como punto de partida para identificar la
maquinaria de síntesis de tallo aguas abajo en
Asticcacaulis y los conocimientos adquiridos se puede aplicar de nuevo a C. crescentus, donde
especies filogenéticamente estrechamente relacionados. Sin embargo, los animales tienen
la mayor parte de la maquinaria de síntesis de tallo se espera que sea la misma dada la
ultraestructura común de los tallos en los dos géneros. (2) La varilla en forma de A.
tumefaciens
se había supuesto para alargar mediante la incorporación de nuevo material PG de
manera dispersa a lo largo de la pared lateral, similar a
E. coli [ 95]. Sin embargo, se conocen muchas especies filogenéticamente
estrechamente relacionados Rhizobiales creciendo polarmente. además, el A.
tumefaciens genoma carece MreB, que es esencial para la elongación celular disperso
en E. coli y B. subtilis. Estas observaciones evolutivas llevaron a probar el modo de
crecimiento de
A. tumefaciens, que conduce al descubrimiento de que A. tumefaciens,
y probablemente la mayoría de las especies en el orden Rhizobiales, crecen polarmente
[59]. Será necesario un estudio más detallado de los modos de crecimiento en el
Alphaproteobacteria responder a esta pregunta.
secuenciación de próxima generación allana el camino para estudios de
biología celular evolutivos bacterianas
Los recientes avances en la secuenciación de próxima generación (NGS) tecnologías han
permitido la secuenciación asequible de un gran número de genomas [96]. En el momento
de escribir estas líneas, aproximadamente 22.000 genomas de bacterias habían sido
secuenciados y depositados en bases de datos públicas. Sin embargo, la mayoría de los
esfuerzos de secuenciación se han centrado en las cepas patógenas y algunos
organismos modelo seleccionados, tales como E. coli y B. subtilis,
aunque se están realizando esfuerzos para compilar una enciclopedia genómico
filogenia guiado de bacterias [97]. La disponibilidad de datos genómica ofrece la
oportunidad de estudiar diferentes organismos sin manipulación experimental. Por
ejemplo, la presencia o ausencia de las rutas metabólicas se pueden utilizar para
definir la forma de vida de las especies de interés [98]. Por otra parte, la conservación
evolutiva de los genes ayuda a predecir si una proteína de interés puede tener
importantes en términos generales o speciesspeci funciones fi cos. Por ejemplo, FtsZ y
MreB son ampliamente conservados en la mayoría de los phyla bacteriana, apoyando
sus papeles cruciales como se describe anteriormente, mientras que SpmX sólo se
encuentra en Caulobacter- especies relacionadas, indicando que su papel debe ser
específica para este clado de bacterias, tales como la regulación del desarrollo y / o
tallo síntesis. Por último, las secuencias genómicas enabletheconstructionof
rigorousphylogenies, whichisessential en estudios evolutivos bacterianas, como
veremos a continuación.
Los cuatro pasos clave en la investigación en biología celular bacteriana
evolutiva
Mallarino et al. (2012) tienen summarizeda researchapproach para estudios
evo-devo de evolución morfológica animal, que incluye tres pasos principales:
(1) cationes cuanti fi de variación morfológica, (2) identificación de mecanismo
de desarrollo candidato, y (3) análisis funcional de los genes y las vías. Aquí
adaptar estos tres pasos para el bacteriana evolutiva biología celular de
campo, con un ingrediente clave añade como el primer paso:
rigorousphylogeneticanalysis a identifyclosely relatedspecies con variaciones
de interés (Fig. 6):
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análisis filogenético rigurosa de especies bacterianas
En eucariotas, los estudios se centran en la evolución morfológica siempre se realizan dentro de las
ensayos críticos
numerosas características morfológicas visibles que se pueden utilizar para predecir de forma fiable
la filogenia mayor parte del tiempo (sólo las aves parecen pájaros). En las bacterias, la filogenia no
puede predecirse con fiabilidad basa en rasgos morfológicos por sí solos ya que no hay variación de
carácter estatal insu fi ciente en la morfología bacteriana, especialmente en la ronda más común, de
forma ovalada, y las especies en forma de bastón. Además, la evolución convergente en forma
bacteriana complica el análisis (la forma cocoides potencialmente surgió varias veces).
herramientas de análisis cuantitativo de imágenes automatizados Sin embargo, el análisis
sistemático de tamaño de celda y la forma en diversas especies bacterianas usando recientemente
desarrollado podría proporcionar una resolución ner fi para aliviar este problema [14, 50, 99, 100].
Por lo tanto, para evaluar de forma fiable la filogenia de las bacterias, los datos moleculares
relevantes son esenciales. Tradicionalmente, la secuencia de ARNr 16S se ha usado para inferir la
filogenia de las bacterias, pero en los casos en que la filogenia es difícil de resolver sobre la base de
un solo gen, la mejor estrategia es para secuenciar los genomas de interés, que se está
convirtiendo cada vez más asequibles [101 ]. Por ejemplo, para estudiar posicionamiento tallo,
varios estrechamente relacionados pecioladas y especies no pedunculados se secuenciaron [102]
de modo que el análisis filogenético riguroso podría realizarse para proporcionar información sobre
la generación de la variación morfológica [14]. pero en los casos en que la filogenia es difícil de
resolver sobre la base de un solo gen, la mejor estrategia es secuenciar los genomas de interés,
que se está convirtiendo cada vez más asequibles [101]. Por ejemplo, para estudiar
posicionamiento tallo, varios estrechamente relacionados pecioladas y especies no pedunculados
se secuenciaron [102] de modo que el análisis filogenético riguroso podría realizarse para
proporcionar información sobre la generación de la variación morfológica [14]. pero en los casos en
que la filogenia es difícil de resolver sobre la base de un solo gen, la mejor estrategia es secuenciar
los genomas de interés, que se está convirtiendo cada vez más asequibles [101]. Por ejemplo, para estudiar posicionamient
Quanti fi cación de la variación fenotípica
Después de un análisis filogenético rigurosa, es esencial para caracterizar
cuantitativamente los rasgos morfológicos. En el caso de posicionamiento tallo, la
diferencia puede ser obvio, pero dentro de la especie pedunculados, también hay
variaciones en la longitud o incluso el diámetro de los tallos, lo que requeriría una
caracterización más exhaustiva. Alternativamente, la forma espiral de diversa Helicobacter
y Campylobacter especies son inherentemente diferentes y también requieren
caracterizaciones rigurosos. Finalmente, desde la perspectiva de la biología
celular, la variación fenotípica se puede observar en diferentes formas: variación
en la función y localización de las proteínas de interés, los cambios en la
disposición de los orgánulos intracelulares, e incluso divergencia de la función de
genes después de la duplicación, todos los cuales requieren riguroso fi cación
cuanti.
La identificación de los mecanismos evolutivos candidatos
La identificación de los mecanismos evolutivos candidatos por lo general requiere un
enfoque sistemático y creativo. Una estrategia consiste en aprovechar el conocimiento
existente mediante la ramificación organismos fromestablishedmodel. Por ejemplo, en
el estudio de la síntesis de tallo en el Caulobacter clado, fue explotada conocimiento
acerca de la localización de reguladores de desarrollo para identificar las proteínas
que se localizan en la base de los tallos en Asticcacaulis. Del mismo modo, los
mecanismos por los que se forman en las ramas Streptomyces pueden haber
evolucionado de crecimiento polar, como el morfógeno ramificación, DivIVA, también
se requiere para el crecimiento polar en el estrechamente relacionado en forma de
barra Corynebacterium y Mycobacterium ( Fig. 5). Sería interesante
421
 C. Jiang et al. Perspectivas y vistas generales . . . .

La Figura 6. Pasos de la investigación en biología celular

• colección de cepas • Cuantificar variación de la
forma y los rasgos evolutiva en bacterias. Cada uno de los cuatro pasos es
• secuenciación de próxima morfológicos
indispensable para identificar los mecanismos evolutivos
generación
subyacentes variación en diferentes especies de
• filogenia • Comparar los rasgos desde la
perspectiva de la biología celular cualquiera de una célula o perspectiva biología del
reconstrucción
desarrollo. La construcción de una filogenia rigurosa es la
ensayos críticos

2. base de los estudios de biología celular evolutivos, en el

1. filogenética
La cuantificación de que una filogenia poco fiable dará lugar a malas
rigurosa
fenotípica interpretaciones de la historia evolutiva de las especies /
análisis
variación rasgos y errores en el diseño e implementación
experimental. Desarrollo de herramientas genéticas en
organismos modelo sirve como otro obstáculo técnico para
este tipo de estudios; sin embargo, ciertos enfoques
bioquímicos, tales como el uso de antibióticos, sondas
moleculares fi c universales o específicos, o anticuerpos
4. Los estudios 3. Identificación de
específicos, pueden ser explotados para estudiar
funcionales de los mecanismos
organismos donde los experimentos genéticos no son
genes o vías evolutivos
factibles.
candidatos
• Desarrollo de • genómica
comparativa
herramientas genéticas
• genética entre • Candidato pantalla
especies • Pantalla aleatoria
• estudios de biología celular

de muestra más especies en Actinobacteria para ver si la función de DivIVA en la moda, en el que cada paso puede requerir revisiones sobre la base de la otra etapa
formación de rama es un estado derivada. (s).

Los estudios funcionales de genes o vías

Una vez que los genes candidatos o vías se identifican, el siguiente paso crítico es
estudiar los genes candidatos en el organismo modelo y no organismos modelo
estrechamente relacionadas. Por ejemplo, después SpmXwas identi fi ed como un
candidatemorphogen para la síntesis de tallo, spmX mutantes se construyeron en
tanto
Asticcacaulis especies y se encontró que eran sin tallo,
confirmando la predicción (Fig. 2D). A continuación, la genética de complementación
cruzada proporciona una prueba de gran alcance en cuanto a si los cambios en los
genes de interés generan variación fenotípica en especies estrechamente
relacionadas. Por ejemplo, diferentes alelos de SpmX se expresaron en diferentes
cepas de la misma promotor xilosa-inducible, asegurando que la única variable fue la
proteína SpmX. Los resultados mostraron que exógeno SpmX todavía podía
conducir la síntesis de tallo, aunque en una posición diferente, lo que indica que la
evolución SpmX es el mecanismo subyacente a la evolución de tallo de
posicionamiento (Fig. 2E). Este estudio también demostró otra de las ventajas de
ramificación hacia fuera de un organismo modelo, ya que las herramientas genéticas
relacionadas son mucho más propensos a trabajar en organismos modelo
estrechamente relacionados.
Es importante señalar que los cuatro pasos no tienen que ser ordenados
en un flujo diagrama de la manera (Fig. 6). Por ejemplo, tras la cuantificación
de rasgos morfológicos, las cepas secuenciadas podrían no abarcar la
variación necesaria ya sea en el celular o el nivel molecular, lo que conduciría
a más esfuerzos colección de cepas y de secuenciación. Alternativamente,
después de los estudios funcionales, los genes candidatos o vías no pueden
demostrar su fi ciente para dar cuenta de la variación observada en los
organismos elegidos, lo que requeriría ya sea colección de cepas adicional y /
o una estrategia revisada para identificar genes candidatos o vías. Por lo
tanto, es más apropiado para percibir los cuatro pasos en una dinámica
Conclusiones y perspectivas
A través de miles de años de evolución, las bacterias han alcanzado su éxito
dominante en el mundo de hoy [1]. Como se ha dicho con elegancia Theodosius
Dobzhansky: “Nada en biología tiene sentido excepto a la luz de la evolución” [103].
Los beneficios de la comprensión de los mecanismos subyacentes a la evolución de
la forma de bacterias y otros procesos celulares incluyen: (1) La confirmación de los
conocimientos adquiridos a partir de sistemas de modelos, a menudo limitadas a los
estudios de una sola especie, y la expansión de lo que no podemos aprender de
organismos modelo; (2) la comprensión de cómo los genes de edad pueden ser
co-optó por un nuevo propósito por medio de la evolución de las secuencias
reguladoras y / o de proteínas; (3) posibles implicaciones en la ciencia médica; Como
se describió anteriormente, muchas especies patógenas utilizan de forma para su
ventaja al invadir hosts, algunos son incluso capaces de transformar en el fl y; (4) la
capacidad de controlar la forma o procesos metabólicos de las células bacterianas
puede ser potencialmente útil en biología sintética para maximizar la e fi ciencia de
aplicaciones industriales, tales como la fermentación, debido a que la capacidad de
absorción de nutrientes en el micro-escala está limitada por difusión [ 5]; (5)
finalmente, el estudio de los mecanismos subyacentes de Darwin “un sinfín de
formas más bella” [104] proporciona una excelente oportunidad para los
investigadores para transmitir la belleza de la evolución y la ciencia al público e
inspirar a las futuras generaciones de científicos.
Expresiones de gratitud
Agradecemos al laboratorio Brun para la lectura crítica del manuscrito.
Agradecemos a Charles Daghlian, Paul Hoskisson, Hans-Peter Klenk, Nikos
Kyrpides, Ellen Quardokus, Christian Riedel, y Teresa Thiel para proporcionar
generosamente electrones

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micrografías que se utilizarán en esta revisión. Nuestro trabajo en biología
celular bacteriana evolutiva ha sido apoyada por los Institutos Nacionales de
Salud de subvención GM051986 y National Science Foundation de Grant
MCB0731950 a YVB. YVB fue apoyado por una beca Fulbright premio durante la
redacción de este artículo.
Los autores han declarado no hay conflicto de intereses.
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