Proteinas ribosoma procariota

Muchos dominios dentro de las proteínas de unión a DNA en procariotes contienen la estructura
de hélice-vuelta-hélice, el cual posee 2 hélices á con la misma orientación que se encuentran
conectadas con una región en forma de asa (fig. 1). Las proteínas lambda cro, CAP y la proteína
represora lambda de Escherichia coli, fueron las primeras proteínas de esta clase estudiadas por
cristalografía. Estudios comparativos entre estas tres proteínas revelaron la presencia de un
conservado dominio de reconocimiento consistente de dos alfa-hélices simétricas (homodímeros)
separadas por un giro discreto en forma beta. Otras proteínas que presentan esta misma
estructura son: represor Lac, represor P434,cro P434, represor trp, proteína FIS, homeodominios,
resolvasa gama-delta

Eucaria

Todas las proteínas mencionadas anteriormente contienen hélices alfa que presumiblemente
interactúan con la hendidura mayor del DNA. Sin embargo existen estudios en los cuales se
describe otra familia de proteínas de unión a DNA, que a diferencia de las anteriores se
caracterizan por tener dos cadenas antiparalelas de hojas-beta en vez de hélices alfa. La
interacción de este complejo es entre las hendiduras del DNA de doble cadena y en la torsión
hacia la derecha de la estructura de las hojas-beta. La estructura de los represores arc y metJ de E.
coli confirman la estructura de hoja-beta para una interacción específica de DNA con su hendidura
mayor.

El ribosoma consta de tres sitios: el sitio A, el sitio P y el sitio E. El sitio A es el punto de entrada
para el aminoacil-ARNt (excepto para el primer aminoacil-ARNt, fmet-ARNt, que entra en el sitio
P). El sitio P es donde se "aloja" el peptidil-ARNt. Y el sitio E es el sitio de salida del ARNt, una vez
descargado tras ofrecer su aminoácido a la cadena peptídica en crecimiento.

Sitios funcionales del ribosoma

La iniciación de la traducción en procariotas comienza con las subunidades 50s y 30s sin asociar. El
IF-1 (factor de iniciación 1) bloquea el sitio A para asegurar que el fMet-ARNt sólo se puede
acoplar al sitio P y que ningún otro aminoacil-ARNt puede acoplarse al sitio A durante la iniciación,
mientras que el IF-3 bloquea el sitio E y evita que las dos subunidades se asocien. El IF-2 es una
GTPasa pequeña que se asocia con el fmet-ARNt y le ayuda a acoplarse con la subunidad
ribosómica pequeña. El ARNr 16s de la subunidad ribosómica pequeña 30S reconoce el sitio de
acoplamiento ribosómico del ARNm (la secuencia Shine-Dalgarno, 5-10 pares de bases por delante
del codón de iniciación (AUG). La secuencia Shine-Dalgarno solo se encuentra en las procariotas).
Esto ayuda a posicionar correctamente el ribosoma sobre el ARNm para que el sitio P esté
directamente sobre el codón de iniciación AUG. El IF-3 ayuda a posicionar el fmet-ARNt en el sitio
P, de manera que el fmet-ARNt interactúa mediante el emparejamiento de bases con el codón de
iniciación del ARNm (AUG). La iniciación termina cuando la subunidad ribosómica grande se une al
sistema provocando el desacoplamiento de los factores de iniciación. Hay que tener en cuenta que
las procariotas pueden distinguir entre un codón normal AUG (que codifica la metionina) y un
codón de iniciación AUG (que codifica la formilmetionina e indica el comienzo de un nuevo
proceso de traducción).
Localización

Se les encuentra en el citosol, en las mitocondrias, en el retículo endoplasmático rugoso y en los

cloroplastos. Sólo son visibles al microscopio electrónico, debido a su reducido tamaño (29 nm en
células procariotas y 32 nm en eucariotas). Bajo el microscopio electrónico se observan como
estructuras redondeadas, densas a los electrones.

Flavobacterium

Las Flavobacterias son un grupo de bacterias Gram negativas que afectan de manera importante a
peces de producción, causando grandes estragos económicos. Siendo el agente etiológico más
conocido dentro de este grupo Flavobacterium psychrophilum, patogénico para varias especies
entre ellas las más importantes Salmón del atlántico (Salmon salar) y trucha arcoíris
(Oncorhynchus mykiss), afectando principalmente a alevines y peces juveniles, causando
mortalidades de entre 50 a 90%. F. psychrophilum tiene manifestación clínica de 2 tipos la primera
caracterizada por lesiones musculocutáneas que ha recibido varias denominaciones la más sonada
“Enfermedad del agua Fría” (CWD), y la segunda de tipo sistémico conocido como “Síndrome del
Alevín de la trucha arcoíris” (RTFS). En México el RTFS no ha sido reportado de manera oficial o
científica, sin embargo; se sugiere la presencia de este patógeno en granjas del Estado de México y
Michoacán al encontrarse un incremento en los casos de contingencia sanitaria, cuya
manifestación clínica corresponde a una infección septicémica diagnosticada en el departamento
de sanidad acuícola del CIESA-FMVZ-UAEMex. De dichos casos se han obtenido 13 aislados con
perfil fenotípico y bioquímico similar al grupo patogénico conocido como Flavobacterium spp. Sin
embargo con la utilización de PCR convencional se determinó que solo 8 de los 13 aislados de
flavobacterias corresponden a la especie psycrophilum. A partir de caracterización genética del
gen de la girasa subunidad B (gyrB) por RFLPPCR de los aislados se encontraron presentes los
genotipos B en todos los aislados, así como el genotipo S y R. Se determinó que están presentes
tanto el linaje I y el II (predominante) con el estudio del gen 16S ARNr.

Aquifex

El phylum Aquificae es una colección diversa de bacterias que viven en entornos ambientales
severos. Se han encontrado en aguas termales, piscinas de azufre y respiraderos térmicos en el
océano. Los miembros del género Aquifex , por ejemplo, son productivos en agua entre 85 y 95 °
C. Son los miembros dominantes de la mayoría de los manantiales termales neutros a alcalinos por
encima de los 60 ° C. Son autótrofos y los principales fijadores de carbono en estos entornos. Son
verdaderas bacterias (dominio de las bacterias).

Las dos especies generalmente clasificadas en Aquifex son A. pyrophilus y A. aeolicus . Ambos
son altamente termófilos, y crecen mejor en temperatura del agua de 85 ° C a 95 ° C. Ambas
especies conocidas son bacterias en forma de bastón con una longitud de dos a seis micras y un
diámetro de alrededor de 0,5 micras. Son autótrofos gramnegativos y no formadores de esporas.
Aquifex significa "fabricante de agua" en latín, y se refiere al hecho de que su método de
respiración crea agua. Tienden a formar agregados celulares compuestos de hasta cien células
individuales. A. pyrophilus puede incluso crecer anaeróbicamente reduciendo el nitrógeno en
lugar de oxígeno. Al igual que otras bacterias termófilas, Aquifex tiene usos importantes en
procesos industriales.