PRÁCTICA 1

SIMULACIÓN DE LA
AMPLIFICACIÓN DE ADN
Biología molecular
Dra. Teresa Sandoval

24/03/2019
Introducción

Desde la aparición de la técnica de Southern Blot en 19751 se han experimentado notables

progresos en la detección de fragmentos específicos de ácidos nucleicos. La identificación y
caracterización de estos fragmentos constituyen un procedimiento central en una gran
cantidad de experimentos relacionados con la biología molecular.2,3 Sin embargo? estas
técnicas, utilizadas hasta el momento, carecían de la especificidad y la sensibilidad que
requieren estos procesos de identificación y caracterización, haciéndose difícil la detección
de copias únicas de genes presentes en una muestra o la discriminación entre un gen salvaje
y uno mutante.
La técnica de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) (Polymerase Chain Reaction),
creada y desarrollada por Millis y col. de la Cetus Corporation,4 ha devenido una poderosa
herramienta que cumple con los requisitos de especificidad y sensibilidad que exigen la
caracterización de los ácidos nucleicos, pudiendo detectar con ella de forma fácil la presencia
de estas biomoléculas en una muestra, aun cuando sus cantidades se enmarcan en el orden de
los picogramos.5,6 La PCR es un método enzimático in vitro que permite la amplificación
de una secuencia específica del ADN.
Esta técnica se basa en el uso de dos oligonucleótidos que luego de reconocer la secuencia
complementaria en la molécula de ADN, son alargados cíclicamente mediado por la acción
de la ADN Polimerasa. Cada ciclo de la técnica generalmente 20 ó 30 en total, implica la
desnaturalización del ADN, el apareamiento de los oligonucleóticos y la síntesis del nuevo
fragmento de ADN a partir del oligonucleótido, lo que resulta en un crecimiento exponencial
de millones de copias del fragmento seleccionado.7 La reacción de síntesis es catalizada por
una ADN Polimerasa termoestable, obtenida del Thermus aquaticus.8
En menos de una hora de actividades enzimáticas se generan microgramos del fragmento de
ADN de interés, a partir de una copia única existente en la muestra. La especificidad de esta
reacción se mantiene aun cuando en la muestra original existe una mezcla compleja de ácidos
nucleicos, permitiendo así manipular en el laboratorio cantidades muy limitadas de material
genético.

1
Esta técnica ha disminuido el tiempo de trabajo requerido para producir suficiente material
de experimentación, comparado con el tiempo empleado cuando se utilizan los métodos
tradicionales de amplificación biológica. En todos aquellos procedimientos donde se necesita
el aislamiento y purificación del ácido nucleico, se hace más fácil el trabajo cuando aplicamos
la técnica de PCR, ya que el fragmento de interés es el que prevalece en la muestra.
La existencia del Proyecto Genoma 2000 permitirá al mundo científico del nuevo siglo tener
un mapa genético del hombre. Tanto en la ejecución de este proyecto como en su aplicación
práctica es fundamental la técnica de PCR.
La aparición de un número cada vez mayor de artículos científicos donde se refiere la técnica
de PCR motivó la realización de esta revisión con el objetivo de informar al lector sobre los
principios de la misma, sus múltiples aplicaciones en diferentes campos del conocimiento
científico, así como informar sobre otros aspectos que permiten comprender y aplicar este
procedimiento con mayor facilidad.

2
Objetivos
1. Identificar los medios electrónicos de información de biotecnología.
2. Analizar con programas de biología molecular secuencia de ADN.
3. Diseñar primers (oligonucleótidos).

Material

 Computadora
 Internet

Metodología
1. Buscar una secuencia de ADN en el gene bank.
2. Identificar en ella el codón de inicio y de término.
3. Diseñar los primers forward y reverso.

Secuencia de ADN

>NC_012861.1:842945-843681 Candida dubliniensis CD36 chromosome 2,

complete sequence
ATGATTAGATCAACAATAGCTAAGAGTTTCCATAGATTTCTCACTACTAACACCCCAGCACCAGCAGCAC
CTCCTCCACCTTCACATTTCTCAAACCCTAAAGAAATACCCGAGCCATTTGGTGCTGGAACCGACACCAA
TGCTGTTTATCAACAACAACAACAACAGCAGGCAACACCAGTACCAAATACAAAACCGACCCAAGATGGT
TCAATAAAAGAAATAACGGCGTTAATAGCAATGTTTGCTCTTGCATATATTGCCATTGACAATTATACTG
AACGAATAAGACTAGAAAAACTTCATAATGAAACCAGTGCCATTAATTTAAAAGCATTACAGATTCAACA
ATTAAATCATCAACGAGAAAAGAAACAAAAAGATTTAACATTATTACAAGAACGACGAGAGATTGCTAAA
CGAGATTTCAAAATGAGTTTACATATTGCAATGTTACGGAAACAATTAATGGATTTAGGAGTCTCACCAA
TAGAATTAGATTTAGCGATTAAAGAATTTGAAAAAAATGTTAAATTAGATAATTCAATAAAAAATGTCAC
TGGTCAATATTTATGGTTAGATGATTCTTCAGGTATGTTAAAGATTTTGGTGTCCACCCACCTCCCTTTT
CACAACTTATACTAACATGATCATTTTTCTTCTTTTTTATTATTTTAGATCTTAAACAATATCTTCCGGA
CCCAATGGAATATGATAAAGCAAGAAAAAACAAATAA

3
Resultados

Nombre del Producto % Longitud

ID Secuencia de nucleótidos (5’-3’) %GC Tm
Gen (pb) Aligmt. (pb)
Fungus-
conserved 58.7
8046529F Forward CGACGAGAGATTGCTAAACG 50.0 None 20
[ Candida °C
219
dubliniensis
CD36] 59.7
8046529R Reverse GTGGGTGGACACCAAAATCT 50.0 Weak 20
°C
NC_012861.1:842945-843681 Candida dubliniensis CD36 chromosome 2, complete sequence
CGACGAGAGATTGCTAAACGAGATTTCAAAATGAGTTTACATATTGCAATGTTACGGAAACAATTAATGGATTTAG
GAGTCTCACCAATAGAATTAGATTTAGCGATTAAAGAATTTGAAAAAAATGTTAAATTAGATAATTCAATAAAAAA
TGTCACTGGTCAATATTTATGGTTAGATGATTCTTCAGGTATGTTAAAGATTTTGGTGTCCACCCAC

Análisis de resultados
Se encontraron los primers de la secuencia de candida dubliniensis CD36 que cumplían con los requerimientos primordiales.

Cuestionario
1. ¿Qué es y cuál es el codón de inicio? Es una secuencia de ARN de tres nucleótidos (es decir, un codón) que indica a la maquinaria
celular el lugar de la cadena en el que comienza la traducción del ARN mensajero. En el ADN se encuentra codificado en
el triplete «TAC» (timina-adenina-citosina), mientras que, en el ARN mensajero, queda como «AUG» (adenina-uracilo-guanina).
2. ¿Qué es un primer? Es una cadena de ácido nucleico o de una molécula relacionada que sirve como punto de partida para la
replicación del ADN. Es una secuencia corta de ácido nucleico que contiene un grupo 3'OH libre que forma pares

5
 de bases complementarios a una hebra molde y actúa como punto de inicio para la
adición de nucleótidos con el fin de copiar la hebra molde.
3. ¿Cómo debe ser el primer reversa? Debe ir en sentido opuesto al primer foward.
4. ¿Qué pasa si se corre el marco de lectura? Debido a la naturaleza ternaria del código
genético comprendido como una sucesión de codones; la inserción o deleción de un
número de nucleótidos no divisible por tres, puede cambiar el marco de lectura del
gen, provocando una traducción completamente diferente a la original.
5. ¿Qué puede pasar si se cambia una base en las copias? Provoca alteraciones en el
ADN lo que puede replicar en enfermedades o mutaciones.

Conclusión
Los requerimientos para formar primers son muy específicos, pero con ayuda de algunos
softwares podemos facilitar este proceso, ya que lo hacen todo más sencillo y práctico.

Referencias Bibliográficas
1. KLUG, W. S., y CUMMINGS, M. R., 1998. Conceptos de Genética, 5ta Ed. Prentice
Hall Iberia.
2. Pedrosa Amado, Andrés. (1999). Reacción en cadena de la polimerasa. Revista
Archivo Médico de Camagüey, 3(2) Recuperado en 24 de marzo de 2019, de
http://scielo.sld.cu/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1025-
02551999000200011&lng=es&tlng=es.