En 1763 la Compañía de Jesús estableció varios cursos adicionales en los colegios
en forma de "academias", con estudios de matemáticas, lenguas modernas, griego, física, química, historia y geografía, porque la Universidad no impartía esas materias.
Se le dio prioridad a la física sobre la metafísica y la experimentación sobre la pura
especulación. Conjugó la ciencia moderna con la ortodoxia religiosa, a la que los historiadores han llamado la ilustración católica. La salida de los jesuitas, la clausura de los colegios y el abandono de las misiones entre los indios de Sonora, Sinaloa y Chihuahua causaron resistencia y resentimiento en el virreinato. Para intentar reponer los estudios después de la expulsión, los franciscanos, agustinos y dominicos consiguieron de la Real y Pontificia Universidad de México la validación de los cursos que ofrecían de gramática latina y humanidades a los alumnos laicos en sus noviciados. Los seminarios diocesanos también admitieron más estudiantes seglares.
En Puebla, Guanajuato, Guadalajara, Querétaro y México se reabrieron los colegios
antes ocupados por los jesuitas, bajo la dirección y financiamiento del gobierno. Con todo, se reestableció menos de la mitad de los colegios expulsados y buena parte de los fondos recabados por la venta de las fincas rurales de los patronatos fue enviada a España, produciendo una descapitalización de la educación en la Nueva España.
Instituciones ilustradas
La ilustración hace referencia al interés del gobierno de aumentar la participación
en la enseñanza, con el objetivo de promover el progreso en las virtudes, ciencias y artes. Así mismo, el Estado quería:
Extender la educación básica entre los pobres.
Imponer el uso del español en las escuelas Modernizar la enseñanza Reducir la participación de la iglesia en las escuelas Promover la razón y no la tradición Desarrollo de personas útiles y buen gusto A pesar de lo que se pensaba implementar en las escuelas, los criollos tenían la creencia de que existía una sabiduría en la medicina, arte, arquitectura, botánica y técnicas mineras. Cabe recalcar que esos conocimientos fueron adquiridos por los nativos de nuestro país mucho antes de la llegada de los españoles.
Escuela de cirugía
En 1768 se estableció en la ciudad de México la Escuela Real de Anatomía Practica
y Operaciones de cirugía. Se consideraba que la cirugía y la medicina eran dos casos totalmente diferentes. En esta escuela, sólo daban cátedra los peninsulares, nadie más. Se combinó la teoría con la práctica. Algunos de los cursos que se impartían eran:
Anatomía Fisiología Operaciones Clínica quirúrgica Elementos de medicina legal
La Academia de San Carlos
En la misma ciudad se promovió la construcción de una academia parecida a la que
se ubicaba en Madrid, España. En 1784 fue aprobada y al año siguiente abrió sus puertas, las clases que se impartían eran dibujo, escultura, arquitectura, grabado y matemáticas. Los profesores criollos fueron reemplazados por aquellos de origen español. La situación empeoro cuando se dieron cuenta que los maestros se aprovechan de los alumnos y ellos hacían su trabajo. Fue así como en 1788 se reinstalaron a los profesores criollos. Se dio prioridad a enseñanza de las matemáticas, en 1790 se enseñó la geometría a los estudiantes de bellas artes.
Catedra de Botánica
Sr empezó a utilizar náhuatl en sus investigaciones y la gente se asombró de las
exploraciones que realizó con los alumnos en los alrededores de México para recoger plantas medicinales. No solamente enseñó a los estudiantes a clasificar las plantas según las siete familias de Linneo, sino también a analizar SLIS usos y nombres indígenas.
El antiguo colegio de San Pedro en Mérida, Yucatán: una residencia para universitarios (siglo XVIII).: La fundación, los benefactores y el corpus documental