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TEMA 1. BASES DE LA BIOQUÍMICA.

1. Definición de bioquímica y propiedades de los seres vivos.


Definición de bioquímica.
La bioquímica se pregunta acerca del modo en que miles de diferentes moléculas inanimadas dieron lugar a las
complejas propiedades de los organismo vivos.
Cuando estas moléculas se aíslan y examinan individualmente, cumplen todas las leyes físicas y químicas que
describen el comportamiento de la materia inanimada, del mismo modo que ocurre con todos los procesos que
tienen lugar en los organismos vivos. El estudio de la bioquímica muestra el modo en que las colecciones de
moléculas inanimadas que constituyen los organismos vivos interaccionan para mantener y perpetuar la vida,
rigiéndose únicamente por las mismas leyes físicas y químicas que gobiernan todo el universo.
La bioquímica describe en términos moleculares aquellas estructuras, mecanismos y procesos químicos
compartidos por todos los organismos y proporciona los principios de organización que subyacen en todas las
diversas formas de vida.
Propiedades de los seres vivos.
o Elevado grado de complejidad química y de organización: las estructuras internas celulares están
formadas por miles de moléculas diferentes, entre las que se encuentran polímeros muy largos, cada uno de
ellos con su propia secuencia de subunidades, estructura tridimensional y capacidad de interacción específica
y selectiva con otras moléculas.
o Existencia de sistemas para la extracción, transformación y uso de la energía: esto permite a los
organismos construir y mantener sus complejas estructuras y realizar trabajo mecánico, químico, osmótico y
eléctrico. Esto se opone a la tendencia que tiene la materia a degradarse hacia un estado más desordenado y
buscar el equilibrio con el entorno.
o La existencia de funciones definidas para cada componente de un organismo y la regulación de las
interacciones entre ellos: esto es cierto para estructuras macroscópicas, pero también para las
microscópicas y compuestos químicos individuales. Existe una relación dinámica entre los componentes
químicos de un organismo vivo: los cambios producidos en un componente originan cambios
compensatorios en otro, de manera que el conjunto posee un carácter propio.
o Mecanismos para detectar y responder a las alteraciones en su entorno: mediante un ajuste constante a
estos cambios gracias a la adaptación de sus procesos químicos internos.
o La capacidad de autorreplicarse y autoensamblarse: cada célula contiene miles de moléculas diferentes,
pero a pesar de ello, cada célula es una copia fiel del original y toda la información para su construcción
están contenida en el material genético.
o La capacidad de cambiar a lo largo del tiempo mediante una evolución gradual: los organismos
varían sus estrategias vitales heredadas en pasos muy pequeños. Tras millones de años, existe una enorme
diversidad de formas de vida, diferentes superficialmente, pero relacionadas en lo fundamental gracias a sus
ancestros comunes. Esta unidad fundamental se refleja a nivel molecular en la similitud de secuencias génicas
y estructuras proteicas.

2. Complejidad de los seres vivos.


o Las células son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos.
o En la evolución de los eucariotas hay que tener presente la teoría endosimbionte.
o Organismos aeróbicos: obtienen energía mediante la transferencia de electrones desde las moléculas de
combustible al oxígeno.
o Organismos anaerobios: obtienen energía mediante la transferencia de electrones hacia el nitrato
(producen nitrógeno), sulfato (producen azufre) o dióxido de carbono (producen metano). Existen
organismos anaerobios obligados (mueren en presencia de oxígeno) y facultativos (capaces de vivir con y
sin oxígeno).
o Organismos fotótrofos: recolectan y utilizan la luz solar para obtener energía.
o Organismo quimiótrofos: Obtienen energía a partir de la oxidación de combustibles químicos. A su
vez estos se dividen en litótrofos (oxidan combustibles inorgánicos) y organótrofos (oxidan
compuestos orgánicos)
o Organismos autótrofos: obtienen el carbono a partir del dióxido de carbono.
o Organismos heterótrofos: obtienen el carbono a partir de compuestos orgánicos.

o Membrana plasmática: define la periferia de la célula, separándola del medio externo. Está compuestas
por moléculas de lípidos y proteínas que forman una barrera hidrofóbica fina, dura y flexible. La
membrana actúa como barrera frente a la libre circulación de iones inorgánicos y de la mayor parte de
compuestos cargados o polares. Las proteínas transportadoras permiten el paso de ciertos iones y
moléculas; las proteínas receptoras transmiten señales hacia el interior; las enzimas de membrana
participan en algunas reacciones. Gracias a la interacción no covalente entre lípidos y proteínas, la
membrana presenta un alto grado de flexibilidad, permitiendo que se produzcan cambios en la forma y el
tamaño de la célula.
o Citoplasma: es el volumen interno limitado por la membrana celular y está compuesta por una
disolución acuosa, el citosol, y una gran variedad de partículas en suspensión con funciones específicas.
El citosol es una disolución muy concentrada que contiene enzimas, moléculas de RNA, aminoácidos,
nucleótidos, metabolitos, coenzimas, iones inorgánicos y estructuras macromoleculares como los
ribosomas y proteosomas (síntesis y degradación de proteínas, respectivamente)
o Núcleo o nucleoide: presente en todas las células al menos durante una parte de su ciclo vital. Es el que
almacena y replica el genoma (en bacterias y arqueas no se encuentra separado del citoplasma) y se
encuentra englobado en el interior de una doble membrana, la envoltura nuclear. En algunas bacterias
existen además unos segmentos circulares de DNA más pequeños, llamados plásmidos, que en
ocasiones confieren resistencia a antibióticos y toxinas.
o Citoesqueleto: trama tridimensional e interconectada formada por filamentos de actina, filamentos
intermedios y microtúbulos (se diferencian en la anchura, composición y función específica) que
proporciona estructura y organización al citoplasma y mantienen la forma de la célula. Los distintos tipos
de componentes están formados por subunidades más pequeñas. Estos filamentos no son estructuras
permanentes, sino que fluctúan entre su forma monomérica y filamentosa. Su localización celular varía
según el ciclo vital.
o Sistema de endomembranas: segrega procesos metabólicos específicos y aporta superficies en las que
tienen lugar ciertas reacciones enzimáticas. En ellas se producen la exocitosis y la endocitosis, que
implica la fusión y fisión de membranas, permitiendo la comunicación entre la célula y el medio externo.
o Complejo de Golgi: procesa, empaqueta y distribuye proteínas a otros orgánulos para su posterior
exportación.
o Retículo endoplásmico liso: síntesis de lípidos y metabolismo de fármacos.
o Retículo endoplásmico rugoso: síntesis de proteínas.
o Peroxisomas: oxidación de ácidos grasos para la obtención de energía.
o Lisosoma: degradación de los restos intracelulares para la recuperación de algunas moléculas, como
aminoácidos.
o Mitocondria: producción de ATP mediante un conjunto de reacciones de oxidación y reducción en
cadena.
o Cloroplasto: almacenamiento la energía solar para su posterior utilización en la producción de ATP y
glúcidos.
o Pared celular: confiere forma y rigidez.
o Plasmodesmos: permiten el intercambio de sustancias entre células vegetales.
o Vacuola: degrada y recicla macromoléculas y almacena metabolitos.
o El límite de tamaño inferior viene marcado probablemente por el número mínimo de cada una de las
diferentes biomoléculas necesarias.
o El límite de tamaño superior viene marcado por la velocidad de difusión de las moléculas disueltas en
sistemas acuosos. Por ejemplo, si una célula está especializada en acciones que requieren mucha energía,
necesitará oxígeno que deberá extraer del medio y transportarlo; si se trata de una célula pequeña, la
relación entre el área de su superficie y el volumen es grande, el oxígeno alcanza todas las partes
fácilmente por difusión, pero al aumentar el tamaño disminuye esta relación hasta llegar a un punto en el
que el oxígeno consumido es mayor al suministrado.

3. Jerarquía y organización de los seres vivos.


Las células eucarióticas son mucho mayores que las bacterias (tener en cuenta que las mitocondrias y
cloroplastos presentes en las células eucariotas son bacterias que fueron asimiladas).
Para la separación de componentes celulares se puede llevar a cabo un procedimiento de fraccionamiento celular
típico mediante una homogeneización suave, que destruye la membrana plasmática, pero no los orgánulos. A
continuación se procede a la centrifugación diferencial, mediante la cual los distintos componentes precipitarán
según su tamaño.

4. Sillares estructurales y macromoléculas.

5. Composición química de los seres vivos.


Menos de 30 de los más de 90 elementos químicos presentes en la naturaleza son esenciales para los seres
vivos. La mayoría de los elementos de la materia viva tiene un número atómico relativamente bajo. Los
cuatro elementos más abundantes (en términos de porcentaje sobre el número total de átomos) son H, O, N y
C, que representan más del 99% de la masa de la mayoría de las células. Son los elementos más ligeros
capaces de formar uno, dos, tres y cuatro enlaces covalentes. Los oligoelementos representan una
fracción minúscula del peso del cuerpo humano, pero todos ellos son esenciales para la vida.
La química de los organismos vivos se organiza alrededor del carbono, que representa más de la mitad del
peso seco de las células. El carbono puede formar enlaces simples con átomos de hidrógeno y tanto enlaces
simples como dobles con los átomos de oxígeno y nitrógeno. La facilidad del carbono para formar enlaces
simples C-C de gran estabilidad es de gran importancia en la biología. Cada átomo puede formar hasta cuatro
enlaces con otros átomos de carbono, proyectándose en forma de tetraedro con ángulos de 109,5° y una
longitud media de 0,154 nm. Existe libertad de rotación alrededor de cada enlace simple. Un enlace doble es
más corto (0,134 nm) y sólo permite una rotación limitada alrededor de su eje.
Los átomos de carbono enlazados covalentemente en las biomoléculas pueden formar cadenas linares,
ramificadas y estructuras cíclicas. Es probable que esta versatilidad del átomo de carbono fuera la causa
principal de la elección de los compuestos carbonados para formar la maquinaria molecular de las células
(ninguna otro elemento puede formar moléculas con formas y tamaños tan diferente y con tanta variedad de
grupos funcionales).
El conjunto de moléculas que forman parte de una célula recibe el nombre de metaboloma. Gran parte de las
moléculas biológicas son macromoléculas, polímeros de masa molecular superior a 5000 y construidos a partir
de precursores simples. Los polímeros más cortos se denominan oligómeros. La síntesis de macromoléculas es
una de las actividades celulares que más energía consume. Estas macromoléculas pueden formar después
estructuras supramoleculares complejas, dando lugar a las unidades funcionales (como los ribosomas). Las
proteínas constituyen la fracción celular más importante (sin incluir el agua). Algunas actúan como
enzimas, otras sirven como elementos estructurales, receptores de señales o transportadores. Al conjunto
de proteínas que funcionan en una célula se llama proteoma.
Los ácidos nucleicos son polímeros de nucleótidos que almacenan y transmiten la información genética.
Los polisacáridos, polímeros de azúcares simples, tienen tres funciones: sirven como almacén de
combustibles energéticos, como componentes estructurales rígidos de las paredes celulares y como
elementos de reconocimiento extracelular. Los polímeros más cortos de azúcares, los oligosacáridos, actúan
como señales específicas cuando se presentan unidos a proteínas o lípidos de la superficie celular.
Los lípidos, derivados de hidrocarburos insolubles en agua, sirven como componentes estructurales de las
membranas, reserva de combustible, pigmentos y señales intracelulares.

6. Grupos funcionales y estereoquímica.


Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomoléculas son de importancia vital para su función, del
mismo modo que resulta crucial la distribución de los átomos de una biomolécula en el espacio tridimensional,
es decir, su estereoquímica. Los compuestos del carbono existen normalmente como estereoisómeros,
moléculas que contienen los mismos enlaces químicos pero con diferente configuración o distribución espacial.
Las interacciones entre biomoléculas con estereoespecíficas, lo que implica que las moléculas que interactúan
tengan una configuración específica.
La configuración es el resultado de la presencia de dobles enlaces, alrededor de los cuales no existe libertad de
rotación, o de centros quirales, alrededor de los cuales los grupos sustituyentes se disponen según una
orientación específica. La característica de los estereoisómeros es que no pueden ser interconvertidos sin romper
temporalmente uno o más enlaces covalentes.
El concepto de conformación molecular describe la disposición espacial de los grupos sustituyentes que tienen
libertad para adoptar posiciones diferentes en el espacio sin necesidad de romper enlaces, gracias a la libertad de
rotación de los mismos.