Hacia un sistema natural de organismos: propuesta para los dominios Archaea,

Bacteria y Eucarya.
Resumen
Las estructuras y secuencias moleculares son generalmente más reveladoras de las relaciones
evolutivas que los fenotipos clásicos (particularmente entre los microorganismos). En
consecuencia, la base para la definición de taxa ha cambiado progresivamente desde el nivel
del organismo al celular al nivel molecular. Las comparaciones moleculares muestran que la
vida en este planeta se divide en tres grupos primarios, conocidos comúnmente como las
eubacterias, las arqueobacterias y los eucariotas. Los tres son muy diferentes, las diferencias
que los separan son de una naturaleza más profunda que las diferencias que separan los reinos
típicos, como los animales y las plantas. Desafortunadamente, ninguno de los puntos de vista
aceptados convencionalmente de las relaciones naturales entre los sistemas vivos, es decir,
la taxonomía de los cinco reinos o la dicotomía eucariótico-procariota, refleja esta división
tripartita primaria del mundo viviente. Para remediar esta situación, proponemos que se
establezca un sistema formal de organismos en el cual, por encima del nivel del reino, exista
un nuevo taxón llamado "dominio". La vida en este planeta se vería entonces como que
comprende tres dominios, las Bacterias, la Archaea y la Eucarya, cada una con dos o más
reinos. (Los Eucarya, por ejemplo, contienen Animalia, Plantae, Fungi, y muchos otros por
definir). Aunque la estructura taxonómica dentro de Bacteria y Eucarya no se trata aquí,
Archaea se subdivide formalmente en los dos reinos Euryarchaeota (que abarca los
metanógenos y sus parientes fenotípicamente diversos) y Crenarchaeota (que comprende el
agrupamiento relativamente estrecho de bacterias extremadamente termofílicas, cuyo
fenotipo general parece se asemejan a la mayoría del fenotipo ancestral de la Archaea.

En la Fig. 1 es un árbol filogenético universales, que muestra las relaciones entre los grupos
primarios. La raíz del árbol es visto para separar el eubacterias de los otros dos primaria
grupos, por lo que las arqueobacterias y eucariotas específicos (pero distante) parientes. Una
relación entre arqueobacteriasy eucariotas no es demasiado sorprendente, ya que con unos
pocos excepciones (el rRNA ser uno) las versiones archaebacterial de las moléculas se
parecen a sus homólogos eucariotas más que sus los eubacterial (24, 29, 30). Entre los
ribosomal proteínas también hay casos donde el archaebacterial y homólogos eucariotas no
tienen contrapartida evidente entre la eubacterias (29, 30).
Figura 1.Árbol filogenético universal en forma arraigada, que muestra los tres dominios.
Ramificación longitudes de pedidos y la rama se basan en el rRNA La comparación de secuencias (y
se han tomado de la figura 4 de la ref. 2). La posición de la raíz se determinó comparando (los pocos
conocida) secuencias de pares de genes parálogos que divergieron entre sí antes de que los tres linajes
principales salieron de su ancestral común condición (27). [Esta estrategia de enraizamiento (28) en
efecto utiliza un conjunto de (primitivamente duplicado) los genes como afuera de la otra.] Los
números en la rama puntas corresponden a los siguientes grupos de organismos (2). Bacterias: 1, los
Thermotogales; 2, Flavobacterium y familiares; 3, las cianobacterias; 4, las bacterias púrpuras; 5, las
bacterias Gram-positivas; y 6, las bacterias verdes del azufre. Dist: el reino Crenarchaeota: 7, el
género Pyrodictium; y 8, el género Thermoproteus; y el reino Euryarchaeota: 9, los Thermococcales;
10, el Methanococcales; 11, el Methanobacteriales; 12, el Methanomicrobiales; y 13, los halófilos
extremos. Eukarya: 14, los animales; 15, los ciliados; 16, el verde plantas; 17, los hongos; 18, los
flagelados; y 19, los microsporidios.

Dominio Eucaria [EV adjetivo griego (bueno, en cierto moderna usos comunes); y el
sustantivo griego Kapwv (tuerca o del núcleo; se refiere al núcleo en uso módem biológica)]:
células eucariota; lípidos de membrana de células predominantemente glicerol diésteres de
acilo graso; ribosomas que contienen un tipo eucariota de rRNA (2, 18, 19).
Las bacterias de dominio [r'pov sustantivo griego f3aK (pequeña varilla o personal)]: células
procariotas; lípidos de membrana predominantemente diacildiésteres de glicerol; ribosomas
que contienen un bacteriana (UE) tipo de rRNA (2, 18, 19).
Dominio Archaea [apliiq adjetivo griego (antiguo, primitivo)]: células procariotas; lípidos de
membrana predominantemente isoprenoidesdiéteres de glicerina o de diglicerinatetraethers;
ribosomas que contiene un tipo archaeal de rRNA (2, 18, 19).
Unido Euryarchaeota (arqueas) [E'tsP adjetivo griego (Amplio, amplia, amplio), para el
espectro relativamente amplio de nichos ocupados por estos organismos y sus variados
patrones del metabolismo; apXaloq adjetivo griego (antiguo, primitivo)]: ribosomas que
contienen un tipo euryarchaeal de ARNr (2, 18, 19).
Unido Crenarchaeota (arqueas) [sustantivo griego K P 7 (Primavera, fuente), por la
semejanza aparente de este fenotipoal ancestro (fuente) del dominio Archaea; yadjetivo
griego 6pXaloq (antiguos y primitivos)]: ribosomasque contiene un tipo crenarchaeal de
rRNA (2, 18, 19).