Nanotecnolog�a de ADN

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La nanotecnolog�a de ADN consta del dise�o y creaci�n artificial de nanoestructuras

a partir de �cidos nucl�icos. Un ejemplo puede ser este tetraedro construido a
partir de ADN. 1? Cada esquina del tetraedro est� formada por 20 pares de bases de
ADN de cadena doble y cada v�rtice es una uni�n de tres brazos. Las 4 hebras de ADN
que forman las 4 caras del tetraedro se presentan con c�digos de colores.
La nanotecnolog�a de ADN involucra el dise�o y la construcci�n artificial de
estructuras a partir de �cidos nucleicos con el prop�sito de usos tecnol�gicos. En
la nanotecnolog�a de ADN, los �cidos nucleeicos son usados como materiales (no-
biol�gicos) "de construcci�n" y no como las mol�culas portadoras de informaci�n
gen�tica que son en las c�lulas. Investigadores en este campo han creado
estructuras est�ticas tales como redes cristalinas de dos y tres dimensiones,
nanotubos, poliedros y figuras arbitrarias, as� como m�quinas funcionales a nivel
molecular y computaci�n basada en ADN. Este campo de investigaci�n se ha comenzado
a utilizar como una herramienta para resolver problemas de ciencia b�sica,
problemas en biolog�a estructural y en biof�sica, incluyendo las aplicaciones de
cristalograf�a de rayos X y espectroscop�a de prote�nas para la determinaci�n de
las mismas. Aplicaciones potenciales a nivel molecular en electr�nicos y en
nanomedicina tambi�n est�n siendo investigados.

El concepto de "nanotecnolog�a de ADN" fue acu�ado por primera vez a principios de

1980 por Nadrian Seeman y no fue hasta mediados de los 2000 que el concepto se
defini� como un campo de investigaci�n y comenz� a ganar atenci�n. El hecho de
poder utilizar a los �cidos nucleicos como materiales de construcci�n radica en las
estrictas reglas de apareamiento entre las bases nitrogenadas, lo que permite que
hebras con secuencias complementarias de ADN se unan y formen estructuras r�gidas y
fuertes de cadena doble. Como resultado se obtienen estructuras complejas que se
ensamblan selectivamente gracias al dise�o racional en la secuencia de bases y que
pueden ser controladas a nanoescala. Existen diversos m�todos de ensamblaje para
construir estas estructuras. Por ejemplo, las estructuras basadas en azulejos (las
cuales se construyen a partir de estructuras m�s peque�as), el m�todo del "ADN
origami" (en el cual las estructuras se doblan), o las estructuras reconfigurables
(las cuales se pueden reestructurar a partir de t�cnicas de desplazamiento en las
cadenas). A pesar de que el nombre de esta ciencia hace referencia espec�ficamente
al uso del ADN como material de construcci�n, se ha usado tambi�n el ARN como
material de construcci�n por lo que otro nombre alternativo que se le da es el de
nanotecnolog�a de �cidos nucl�icos.

�ndice
1 Conceptos Fundamentales
1.1 Propiedades de los �cidos Nucleicos
1.2 Subcampos de la Nanotecnolog�a de ADN
2 Nanotecnolog�a estructural de ADN
2.1 Entramados de ADN
2.2 Estructuras discretas
2.3 Ensamblaje con plantillas
3 Nanotecnolog�a de ADN din�mica
3.1 Dispositivos nanoqu�micos
3.2 Cascadas de desplazamiento de hebras
4 Aplicaciones
5 Dise�o
5.1 Dise�o de la estructura
5.2 Dise�o de la secuencia
6 Materiales y m�todos
7 Historia
8 Ver tambi�n
9 Referencias
10 Bibliograf�a
11 Enlaces externos
Conceptos Fundamentales

Estas 4 hebras se asocian en un brazo de ADN de 4 uniones porque esta estructura

maximiza el n�mero de correcto apareamiento entre las bases, con A apareada a T y C
apareada a G.2?3? Vea esta imagen para un modelo m�s realista de una uni�n de 4
brazos en tercera dimensi�n.

Esta complejo supramolecular de entrecruzamiento doble (DX) consiste en 5 cadenas

de ADN sencillas que cuando se aparean entre ellas forman 2 dominios de h�lice
doble (uno superior y el otro inferior). Existe un punto de cruce en el que las
cadenas cruzan entre s� del dominio inferior al dominio superior y viceversa.2?
Propiedades de los �cidos Nucleicos
La nanotecnolog�a se define normalmente como el estudio de materiales y
dispositivos con caracter�sticas en una escala menor a 100 nan�metros. La
tecnolog�a de ADN, es espec�ficamente un ejemplo de dise�o de ensamblaje molecular
tipo bottom-up en el que los componentes moleculares espont�neamente se organizan
en estructuras estables. Esta estructura particular es inducida por las propiedades
f�sicas y qu�micas de los materiales de construcci�n que los
investigadores/dise�adores seleccionan.4? En el caso de la nanotecnolog�a de ADN,
los materiales de construcci�n son cadenas de �cidos nucleicos, como lo es el ADN.
Estas cadenas son casi siempre sint�ticas y se utilizan casi siempre fuera del
contexto de la c�lula viva. El ADN es un material de construcci�n muy apto para las
construcciones a nanoescala ya que el apareamiento entre dos cadenas de �cido
nucleico para formar nanoestructuras espec�ficas depende de la simple regla entre
el apareamiento de bases que, hoy en d�a, es entendida a la perfecci�n. Estas
cualidades hacen que el ensamblaje de estructuras de �cidos nucleicos sea f�cil de
controlar durante el dise�o y la construcci�n. Esta propiedad de apareamiento entre
bases es ausente en otro tipo de materiales usados en la nanotecnolog�a como las
prote�nas (para el cual el dise�o es muy complicado), y algunas nanopart�culas, las
cuales no tienen la capacidad de un ensamblaje inducido-espec�fico.5?

La estructura de una mol�cula de �cido nucleico consiste en una secuencia de

nucle�tidos que puede ser distinguida seg�n las bases nitrogenadas que contenga. En
el ADN, pueden presentarse cuatro bases que son: adenina (A), timina (T), guanina
(G) y citocina (C). Los �cidos nucleicos tienen la propiedad de que solamente dos
mol�culas se unir�n una a otra, si las cadenas son complementarias para formar de
esta manera la doble cadena. Esto significa que una base se aparea con su base
complementaria: A solo se aparea con T y C solo se aparea con G. 6? Ya que el
correcto apareamiento entre las bases es energ�ticamente favorable
(termodin�micamente favorable), las cadenas de �cidos nucleicos se unen solas unas
a otras en la manera en la que se maximiza el n�mero correcto de apareamientos.
Esto implica entonces que la secuencia de bases en un sistema de cadenas determina
el patr�n de c�mo estas se unir�n y por lo tanto, permite el f�cil control de la
estructura en general. En la tecnolog�a de ADN, las secuencias de las cadenas son
dise�adas l�gicamente por los investigadores para que el apareamiento entre bases y
sus interacciones cause el plegamiento deseado para obtener la estructura
deseada.7?8? A pesar de que el ADN es el material de construcci�n m�s utilizado, se
pueden realizar estructuras a partir de otros materiales como el ARN y el �cido
peptidonucleico (por sus siglas en ingl�s, PNA). 3? 9?

Subcampos de la Nanotecnolog�a de ADN

La nanotecnolog�a de ADN se puede clasificar en dos campos: la nanotecnolog�a
estrucutral de ADN y la nanotecnolog�a din�mica de ADN. La nanotecnolog�a
estructural de ADN, normalmente abreviada SDN por sus siglas en ingl�s, se enfoca
en sintetizar y caracterizar complejos de �cidos nucleicos as� como caracterizar
tipos de materiales que generen ensamblajes est�ticos y en equilibrio. Por otro
lado, la nanotecnolog�a din�mica de ADN se enfoca a complejos no est�ticos con un
comportamiento de no-equilibrio, tales como los que pueden reconfigurarse seg�n
est�mulos f�sicos y qu�micos. Algunos complejos tales como los dispositivos
nanomec�nicos de �cidos nucl�icos combinan caracter�sticas de ambas.10? 11?

Los complejos que se construyen en el campo de la nanotecnolog�a estructural de ADN

usan �cidos nucleicos topol�gicamente hibridados que contienen ligaciones
(uniones). En contraste, la mayor�a del ADN biol�gico existe en una forma no
h�brida, es decir, en su forma de cadena doble. Una de las estructuras h�bridas m�s
simples es la ligaci�n (uni�n) de cuatro brazos que consiste en cuatro cadenas
h�bridas individuales de ADN que se aparean por complementariedad en ciertos puntos
espec�ficos denotados por un patr�n. A diferencia de la estructura natural de una
ligaci�n de cuatro brazos (denominada Holliday Junction), en la estructural
artificial inm�vil cada brazo tiene una secuencia de bases diferente causando que
el punto de ligaci�n o cruce pueda ser programado en una cierta posici�n.

Varias uniones se pueden combinar en el mismo complejo. Tal es el caso de los

motivos estructurales de doble cruce DX, los cuales contienen dos dominios
helicoidales con hebras paralelas individuales que cruzan entre los dominios en dos
puntos. Cada punto es en s� mismo una uni�n topol�gica de cuatro brazos, pero
limitada a una sola orientaci�n, proporcionando de esta manera una rigidez que hace
que el DX sea el motivo estructural m�s utilizado y adecuado en la construcci�n de
complejos de ADN grandes.3?

La rama din�mica de la nanotecnolog�a de ADN usa un mecanismo llamado

desplazamiento de cadena mediado en puntos de apoyo el cual es un mecanismo que
permite que los complejos basados en �cidos nucleicos se puedan reconfigurar en
respuesta a la adici�n de una nueva cadena de �cidos nucleicos. En este proceso,
una hebra creciente de �cidos nucleicos se une a los extremos pegajosos (tambi�n
conocidos como extremos adhesivos) de una cadena doble pre-existente para luego
desplazar una de las dos hebras de la cadena original mediante un proceso
denominado "migraci�n de rama". El resultado final es que una de las hebras de la
cadena original es intercambiada por otra nueva.9? Adem�s, las estructuras o
complejos reconfigurables pueden ser construidos con la ayuda de mol�culas
funcionales tales como la desoxirriboenzima y la riboenzima, las cuales son enzimas
capaces de catalizar reacciones qu�micas y apt�meros que se pueden unir a prote�nas
espec�ficas o a mol�culas peque�as.12?

Nanotecnolog�a estructural de ADN

La nanotecnolog�a estructural de ADN (muchas veces abreviada en ingl�s como SDN),
se enfoca en sintetizar y caracterizar complejos de �cidos nucleicos y materiales
donde el ensamblaje se realiza en un equilibrio est�tico. La doble cadena de �cidos
nucleicos tiene una estructura tridimensional geom�trica y robusta que hace posible
la predicci�n del dise�o de estructuras m�s complejas. Este tipo de estructuras han
sido recientemente creadas en dos y tres dimensiones, as� como de forma peri�dica y
aperi�dica.10?

Entramados de ADN
El ensamblaje del arreglo DX

Diagrama esquem�tico. Cada barra representa un dominio de doble h�lice de ADN, las
figuras representan la complementariedad de los extremos pegajosos. El complejo DX
superior se va a unir con otros complejos DX en arreglos bidimensionales. 2?

Esta es un imagen del arreglo vista con un microscopio electr�nico. Los motivos
individuales DX (concebidos como azulejos) son claramente visibles en la totalidad
de la estructura. El campo de magnificaci�n es de 150nm.
Izquierda, un modelo de "azulejos" de ADN utilizado para construir una red de
celos�as bidimensional. Derecha, arreglo de celos�as visto desde un microscopio
electr�nico.13? 14?
Ejemplo de un entramado aperi�dico en dos dimensiones con un patr�n asemejado a los
fractales.

El fractal de Sierpinski gasket.

Arreglos de ADN que muestran los fractales de Sierpinski gasket en sus

superficies15?
Los complejos de �cidos nucleicos peque�os pueden ser dise�ados con "extremos
pegajosos" y ser combinados en celos�as de dos dimensiones que contengan un patr�n
teselado construido a partir de mol�culas (que pueden ser consideradas como
azulejos).10? El ejemplo m�s reciente de este tipo de complejos es aquel en que se
utiliza la estructura DX (doble entrecruzamiento) justamente como azulejo, donde
cada estructura forma parte de la celos�a ya que contiene cuatro extremos pegajosos
que pueden unirse entre s� para formar una "red" cristalina r�gida bi-dimensional
de ADN. 16?17? Arreglos en dos dimensiones han sido construidos a partir de otros
motivos tambi�n, incluyendo el arreglo "Holliday",18? y otros arreglos basados en
el motivo DX que hacen uso de esquemas de doble cohesi�n scheme.19?20? Las dos
im�genes superiores muestran ejemplos de entramados basados en azulejos de motivos.

Se pueden crear arreglos en dos dimensiones con estructuras aperi�dicas cuyo

ensamblaje requiere de algoritmos espec�ficos que generalmente se programan
computacionalmente.21? Los azulejos "DX" pueden ser construidos con extremos
pegajosos a la elecci�n de quien los dise�e actuando de esta forma como "azulejos
de Wang". Se ha demostrado que un arreglo DX cuyo ensamblaje codifica una operaci�n
XOR permite que el arreglo de ADN genere de forma aut�noma un fractal que se conoce
como Tri�ngulo de Sierpinski. La tercera imagen a la derecha muestra este tipo de
arreglo.15? Otro sistema que tambi�n ha sido estudiado es el del contador binario,
en el cual el arreglo est� codificado por n�meros binarios crecientes. Ambos
ejemplos, (XOR y contador binario) muestran como la programaci�n de algoritmos
puede ser incorporada a la creaci�n de arreglos de �cidos nucl�icos.22?

Los arreglos de tipo DX han sido utilizados para formar nanotubos huecos con
di�metros de entre de 4 a 20 nm mediante entramados que se curvan entre s�.23?
Estos nanotubos son similares en forma y tama�o a los nanotubos de carbono, solo
que estos no son conductores el�ctricos como los de carbono, por lo que su
modificaci�n y apareamiento con otras estructuras es mucho m�s f�cil. 24? Uno de
los tantos esquemas utilizados para construir nanotubos se basa en usar los motivos
DX que se curvan en s� mismos.25? Cuando se usan motivos como azulejos de una sola
cadena la rigidez de los tubos son una propiedad que emerge una vez que estos se
curvan en s� mismos.26?

La creaci�n de entramados tridimensionales a partir de ADN ha sido la meta

alcanzada m�s reciente de la nanotecnolog�a, ya que estos supon�an un dif�cil reto
de llevar a cabo. El �xito se alcanz� en el 2009, cuando cient�ficos decidieron
utilizar un motivo que se basaba en el concepto de tensegridad, el cual consta en
un balance entre tensi�n y compresi�n.21?27?

Estructuras discretas
Varios investigadores han sintetizado una gran cantidad de complejos
tridimensionales con formas y conexiones de poliedros, cubos y octaedros lo que
significa que los d�plex de ADN marcan los v�rtices de estas estructuras.28? Sin
embargo, las construcciones de poliedros son muy dif�ciles de realizar ya que se
requieren m�ltiples ligaciones y pasos de s�ntesis en fases s�lidas para
crearlos.29? Trabajos recientes han reportado que las construcciones de este tipo
de estructuras son m�s f�ciles hoy en d�a. 30? Por ejemplo, los octaedros hechos de
cadenas simples dise�adas para doblarse en la conformaci�n correcta,31? y los
tetraedros que puede ser construidos a partir de cuatro cadenas de ADN en un simple
paso, como se muestra al principio de este art�culo.1?

Las nanoestructuras de figuras arbitrarias e irregulares son usualmente construidas

mediante el m�todo de origami de ADN. Estas estructuras utilizan largas hebras de
virus como andamios, las cuales permiten que las cadenas originales se doblen en la
figura deseada seg�n se les haya dise�ado computacionalmente creando cadenas cortas
"engrapadas". Este m�todo tiene la ventaja de ser sencillo al momento de dise�ar ya
que las secuencias de �cidos nucl�icos son predeterminadas por la secuencia de las
cadenas del andamio (en ingl�s, scaffold) lo que implica que no es necesaria una
alta pureza y una alta estequiometr�a a diferencia de lo que sucede en la mayor�a
de los m�todos de ensamblaje donde s� son necesarios estos dos atributos. La
primera estructura que se cre� con el m�todo del ADN origami fue la de una "carita
feliz" con estructura bidimensional y un borrador del mapa del hemisferio oeste.28?
32? Estructuras s�lidas tridimensionales pueden ser creadas usando h�lices
paralelas de ADN organizadas en un patr�n de "panal"33? y tambi�n, las estructuras
con forma de "carita feliz" en dos dimensiones puede ser dise�adas para
superponerse y formar una estructura hueca tridimensional parecida a una caja de
cart�n. Esta estructura puede ser programada para abrirse y cerrarse seg�n
est�mulos, d�ndoles un potencial incre�ble para ser utilizadas como c�psulas
moleculares.34?35?

Ensamblaje con plantillas

Las estructuras de �cidos nucleicos pueden dise�arse para incorporar (hospedar)
otras mol�culas que no necesariamente sean de �cidos nucleicos que normalmente se
llaman heteroelementos los cuales incluyen: prote�nas, nanopart�culas met�licas,
puntos cu�nticos y fullerenos. Esto permite la construcci�n de materiales y
dispositivos con una amplia gama de funcionalidades, mucho m�s grande de la que
tienen los �cidos nucleicos por s� mismos. La meta es usar la propiedad de
autoensamblaje de los �cidos nucleicos para "calcar" y asociar otras nanopart�culas
a estas estructuras y que puedan coexistir, controlando de esta manera su posici�n
y orientaci�n.28? 36?

Muchos de estos m�todos usan una uni�n covalente mediante oligonucle�tidos con
amidas o tioles (grupos funcionales que permiten la uni�n de heteroelementos). Esta
uni�n covalente ha sido utilizada para a�adir part�culas de oro. 37? y para
organizar prote�nas como la estreptavidina en patrones espec�ficos en arreglos tipo
DX.38?39? Los nanotubos de carbono han demostrado ser buenos hospederos para cierto
tipo de mol�culas actuando como dispositivos electr�nicos moleculares.40? Adem�s,
los �cidos nucleicos pueden metalizarse, lo que implica que el �cido nucleico puede
ser reemplazado por un metal conservando la forma y la estructura originales.41? y
permitiendo la litograf�a y solidificaci�n de estas superficies.2?

Nanotecnolog�a de ADN din�mica

La nanotecnolog�a din�mica de ADN normalmente hace uso de los desplazamientos de

cadena mediados por puntos de apoyo. En este ejemplo, la cadena roja se une a
regi�n de apoyo comprendida por una hebra sencilla (en verde, regi�n 1) y luego
mediante un proceso de migraci�n se une a la regi�n 2, donde la cadena azul es
desplazada y liberada del complejo. Reacciones como esta son usadas para
din�micamente reconfigurar o ensamblar nanoestructuras de �cidos nucleicos. Adem�s,
las cadenas roja y azul pueden ser utilizadas como se�ales en cascadas moleculares
de se�alizaci�n.
La nanotecnolog�a din�mica de ADN se enfoca en crear sistemas de �cidos nucleicos
con funcionalidades din�micas relacionadas con su estructura en general, tales como
la computaci�n y el movimiento mec�nico. Existe una superposici�n entre la
nanotecnolog�a estructural y la nanotecnolog�a din�mica, ya que las estructuras
pueden ser formadas mediante alineaci�n y luego ser reconfiguradas din�micamente, o
bien, puede ser construidas de forma din�mica desde el principio.28?42?

Dispositivos nanoqu�micos
Los complejos de ADN se han dise�ado para cambiar su conformaci�n mediante
est�mulos convirtiendo a estas estructuras en dispositivos nanorob�ticos.
Inicialmente, estas construidas en la misma manera que las estructuras est�ticas en
el campo de la nanotecnolog�a estructural de ADN, sin embargo, est�n dise�adas para
que su reconfiguraci�n din�mica sea posible despu�s del ensamblaje inicial.11?42?
El primer dispositivo de este tipo fue el que pod�a realizar la transici�n de la
forma ADN-B a la forma ADN-Z gracias a est�mulos proporcionados por cambios en la
soluci�n amortiguadora en la que se encontraba, de esta manera cuando hab�a cambios
en la soluci�n la estructura se torc�a seg�n fuera el caso.43? Sin embargo, todas
las estructuras que fueran colocadas en el buffer sufr�an cambios estructurales al
mismo tiempo, por lo que los siguientes sistemas creados trataron de limitar y
especificar las condiciones de cambio para cada estructura. De esta forma,
m�ltiples estructuras pod�an ser operadas independientemente en la misma soluci�n.
Algunos ejemplos de tales sistemas son los tweezers moleculares, estructuras que
pueden cambiar desde la forma PX (entrecruzamiento paran�mico) a la forma JX2
(uni�n doble tipo J) mediante expansiones y contracciones que son controladas por
est�ndares.44? 45? 46? Este tipo de estructuras han sido tambi�n din�micamente
dise�adas para abrirse o cerrarse y actual como jaulas moleculares para liberar
otras mol�culas funcionales al momento de abrirse.34?47?48?

Los caminantes de ADN (en ingl�s, DNA walkers) son una clase de nanom�quinas de
�cidos nucleicos que presentan movimiento direccional mediante una v�a o camino
lineal. Varios esquemas de este tipo han sido propuestos.42? Una estrategia es la
de controlar el movimiento de la mol�cula caminante (o "walker" en ingl�s) usando
controles de est�ndar que necesitan ser manualmente a�adidos a la secuencia.49?50?
Otro enfoque es el de usar enzimas de restricci�n o desoxiriboenzimas para cortar
las cadenas y hacer que la mol�cula caminante se mueva hacia adelante
aut�nomamente.51?52? Un �ltimo sistema, que se encuentra en desarrollo, puede
caminar sobre una superficie de dos dimensiones en vez de hacerlo en una sola
aparte de seleccionar a mol�culas espec�ficas y moverlas.53? Adicionalmente, se ha
demostrado que un caminante lineal puede realizar la s�ntesis a partir de una
cadena muestra mientras avanza por su recorrido permitiendo de esta manera una
s�ntesis qu�mica en multipasos dirigida por el caminante. 54?

Cascadas de desplazamiento de hebras

Las cascadas de desplazamiento de cadenas o hebras pueden ser usadas tanto con
prop�sitos computacionales como con prop�sitos estructurales. Una reacci�n de
desplazamiento de cadena individual (o hebra) involucra la s�ntesis de una nueva
secuencia en respuesta a la presencia de alguna hebra iniciadora. Muchas de estas
reacciones pueden ser ligadas a cascadas bioqu�micas donde la nueva secuencia de
una reacci�n puede generar una nueva reacci�n de desplazamiento en alguna otra
parte de la construcci�n. Todo esto, permite la construcci�n de redes qu�micas con
muchos componentes, con habilidades computacionales y de procesamiento de
informaci�n compleja. Estas cascadas son energ�ticamente favorables dado a la
formaci�n de los nuevos pares de bases aumentando la entrop�a gracias al
desensamble que provocan las reacciones. Las cascadas de desplazamiento de hebras
permiten operaciones isot�rmicas al contrario de lo que sucede con la forma
tradicional de ensamblaje de �cidos nucleicos en la cual se necesita calor para
poder llevar a cabo el alineamiento, en estos casos la temperatura se eleva y se
disminuye para asegurar la correcta formaci�n de la estructura. Las reacciones de
desplazamiento de cadena puede tambi�n catalizar la funcionalidad de las especies
iniciadoras, lo que implica que menos de un equivalente de iniciador puede realizar
la reacci�n completa.11?55?

Los complejos de desplazamientos de cadenas pueden ser usados para hacer "puertas
l�gicas moleculares" capaces de computaci�n compleja. A diferencia de las
computadoras electr�nicas tradicionales (que usan corriente el�ctrica tanto de
entrada como de salida), las computadoras moleculares usan concentraciones
espec�ficas de algunas especias qu�micas como se�ales. En el caso de circuitos de
cadena de desplazamiento de �cidos nucleicos, la se�al es la presencia de una
cadena de �cidos nucleicos que ha sido liberada o consumida por efectos de
apareamiento o desapareamiento a otras cadenas en estos complejos. Este enfoque ha
sido utilizado para hacer "puertas" l�gicas (en ingl�s, logic gates) tales como las
puertas l�gicas "y", "o" y "no".56? Recientemente, se ha demostrado que un circuito
de cuatro bits ha sido capaz de computar la ra�z cuadrada de 0-15, usando un
sistema de puertas con 130 cadenas de ADN.57?

Otro uso de las cascadas de desplazamiento de cadenas puede ser el de realizar

estructuras mediante el ensamblaje de motivos din�micos. Estas usan una estructura
extra de "horquilla" para los reactivos, as� cuando la cadena de se�alizaci�n se
une la cadena que se libera esta queda pegada al complejo y no se desensambla o
degrada. De esta forma las horquillas pueden a�adirse a complejos crecientes. Este
m�todo se ha utilizado para hacer estructuras simples como las uniones de tres y
cuatro brazos as� como dendr�meros.55?

Aplicaciones
La nanotecnolog�a de ADN proporciona una de las pocas formas para crear estructuras
complejas y dise�adas con preciso control a nivel nanoescala. El campo de esta
ciencia ha empezado a ver aplicaci�n en la resoluci�n de problemas cient�ficos
b�sicos en la biolog�a estructural y la biof�sica. La aplicaci�n m�s reciente,
todav�a en desarrollo, es en el campo de la cristalograf�a, donde las mol�culas que
son dif�ciles de cristalizar cuando se encuentran aisladas pueden ser re-acomodadas
en estructurales tridimensionales con ayuda de entramados de �cidos nucleicos (en
ingl�s, nucleic acid lattices) que permiten la determinaci�n y caracterizaci�n de
su estructura. Otra aplicaci�n es la de usar las barras de ADN origami para
reemplazar cristales l�quidos en experimentos de acoplamiento dipolar residual en
la espectroscop�a de resonancia magn�tica de prote�nas. Usar ADN tipo origami es
ventajoso porque a diferencia de los cristales l�quidos, el ADN origami es
tolerante a detergentes, los cuales se necesitan para re-suspender membranas de
prote�nas en soluci�n. Los caminantes de ADN tambi�n se han utilizado para
movilizar y dirigir part�culas en s�ntesis qu�micas. Adem�s, el ADN origami ha
ayudado al estudio biof�sico de las enzimas y sus propiedades de plegamiento y
funcionalidad.10?58?

La nanotecnolog�a de ADN est� creciendo con un gran potencial en aplicaciones sobre

el mundo real. La habilidad de los arreglos de �cidos nucl�icos de acomodar otras
mol�culas indica que la nanotecnolog�a de ADN tiene un gran potencial en
aplicaciones electr�nicas de escala molecular. El ensamblaje de estas estructuras
podr�a ser usado para regular el ensamblaje de elementos moleculares electr�nicos
tales como cables moleculares, proporcionando un m�todo de control nanom�trico para
crear dispositivos moleculares parecidos a plataformas donde se pueden adjuntar
otras mol�culas.10?28? La nanotecnolog�a de ADN se ha comparado con el concepto de
materia programable ya que une los conceptos de programaci�n y computaci�n con el
de las propiedades f�sicas de los �cidos nucleicos, haciendo de este material,
materia programable.59?

En un estudio conducido por un grupo de cient�ficos del iNANO center y el CDNA

Center en la Universidad de Aarhus, Aarhus, investigadores han sido capaces de
construir peque�as cajas multisensoriales en 3D. Esta nanopart�cula fue
caracterizada mediante un microscopio de fuerza at�mica, un microscopio electr�nico
de transmisi�n y tambi�n mediante la transferencia de energ�a de resonancia de
F�rster. La cajita construida present� un mecanismo de cerrado �nico, lo que le
permit�a abrirse y cerrarse como respuesta a un �nico set de mol�culas de ADN y ARN
espec�ficas. Los autores propusieron que este dispositivo de ADN pod�a ser
utilizado en amplias aplicaciones tal como la de controlar la funci�n de dep�sito
mol�culas, por ejemplo en medicina, controlando la administraci�n de f�rmacos en
funci�n a ciertos est�mulos o estructuras.60?

Por lo tanto, hay muchas aplicaciones potenciales para la nanotecnolog�a de ADN en

la medicina al hacer uso de este tipo de habilidades programables y crear "f�rmacos
inteligentes" biocompatibles para la administraci�n de medicinas en sitios
espec�ficos. Uno de estos tipos sistemas que actualmente se encuentra bajo
investigaci�n, utiliza cajas huecas de ADN que contienen prote�nas que inducen la
apoptosis (o muerte celular) que solo abrir�n su estructura de puerta cerca de
c�lulas cancerosas.58?61? Ha habido tambi�n un inter�s adicional en expresar este
tipo de estructuras en bacterias modificadas gen�ticamente usando ARN para el
ensamblado. Sin embargo, no se sabe si estas estructuras ser�n eficientes al
momento del plegamiento o al momento de ensamblarse en el citoplasma de la c�lula.
Si resultan ser exitosas, esto podr�a abilitar la evoluci�n dirigida de
nanoestructuras.28?

Cient�ficos en la Universidad de Oxford reportaron el autoensamblaje de cuatro

cadenas cortas de ADN sint�tico en una jaula que era capaz de entrar a las c�lulas
y de sobrevivir en ellas por lo menos 48 horas. Las estructuras de tetraedro fueron
marcadas con marcadores fluorescentes y se encontraron intactas en el las c�lulas
cultivadas en laboratorio de ri��n a pesar de la respuesta de ataque por las
enzimas celulares despu�s de dos d�as. Este experimento demostr� el potencial de lo
que puede suponer la administraci�n espec�fica de f�rmacos a nivel molecular usando
las "jaulas" de ADN sint�tico. 62?63?64? Tambi�n, en el Instituto Tecnol�gico de
Massachusetts un tetraedro de ADN fue utilizado para liberar ARN de interferencia
en un modelo de rat�n. La administraci�n de tratamientos en donde los ARN de
interferencia son liberados han demostrado ser un �xito usando en conjunto l�pidos
o pol�meros, pero a�n hay limitaciones de seguridad y de impreciso blanco (es
decir, que se libere el compuesto en una ubicaci�n no deseada), adem�s de una vida
corta en el torrente sangu�neo. Esta nanoestructura de ADN creado por el equipo del
MIT consiste en 6 cadenas de ADN que forman un tetraedro con una cadena simple the
ARN pegada a cada una de las 6 equinas. El tetraedro es equipado a parte con
prote�nas de sitio espec�fico, tres mol�culas de folato que gu�an a la estructura a
lugares donde hay una gran cantidad de receptores de folato que normalmente se
encuentran en grandes cantidades en ciertos tumores. El resultado demuestra que la
expresi�n g�nica que fue efectivamente modificada por el ARN de interferencia
proponiendo as� un futuro prometedor de esta nanoestructura como una herramienta
para terapias g�nicas mediante la administraci�n y liberaci�n de ARN de
interferencia.65?66?

Dise�o
Las nanoestructuras de ADN debe ser dise�adas racionalmente para que las cadenas
individuales de �cidos nucleicos se ensamblen en las conformaciones deseadas. Este
proceso usualmente comienza con la especificaci�n de la estructura deseada
(estructura terciaria), as� como la de su funcionalidad. Despu�s, la estructura
secundaria del complejo es determinada al especificar el acomodo entre las cadenas
de �cidos nucleicos y qu� partes de las cadenas deber�n unirse unas con otras. El
�ltimo paso, es el dise�o la estructura primaria, que consta en la especificaci�n
de la secuencia de bases que se va a utilizar. En teor�a, el proceso de dise�o es
como el proceso en reversa del plegamiento de las prote�nas.67?68?

Dise�o de la estructura
El primer paso del dise�o de nanoestructuras de ADN es el de decidir c�mo una
estructura puede ser representada mediante un arreglo espec�fico de cadenas de
�cidos nucleicos. Este paso determina a la estructura secundaria a la estructura
primaria.67? Varios enfoques han sido utilizados:

Estructuras basadas en azulejos: Este enfoque rompe a la estructura objetivo en

estructuras m�s peque�as que poseen la caracter�stica de cadenas de �cidos
nucleicos con fuertes enlaces de uni�n, as� como interacciones un poco menos
fuertes que unen a las peque�as estructuras entre s�. Este enfoque es normalmente
utilizado para hacer entramados con patrones peri�dicos, pero tambi�n puede ser
usado para implementar un autoensamblaje algor�tmico haciendo posibles plataformas
para la computaci�n de ADN. Esta estrategia fue la que se utiliz� con mayor
frecuencia a mediados de 1990 y hasta mediados de los 2000's, que fue cuando el
m�todo de ADN origami empez� a desarrollarse.67?69?
Estructuras plegables: Una alternativa al m�todo de los azulejos es el del
plegamiento a partir de una cadena larga. Esta cadena larga puede tener una
secuencia dise�ada que se pliegue debido a las interacciones con ella misma o bien,
puede ser plegada en una forma deseada usando cadenas m�s cortas denominadas
"grapas" que ayudan a forzar el plegamiento de la cadena larga. Este m�todo es
conocido como origami de ADN y permite la creaci�n de figuras bidimensionales y
tridimensionales de ADN. 28?32?
Ensamblaje din�mico: Este enfoque controla directamente la cin�tica qu�mica del
autoensamblado del ADN al momento de especificar a todos los intermediarios en el
mecanismo de reacci�n a parte de la especificaci�n del producto final. Esto se hace
usando materiales iniciales que adoptan una estructura de horquilla, estos entonces
se van modificando estructuralmente en una cascada de reacciones con orden
espec�fico. Este enfoque tiene la ventaja de poder realizarse mediante procesos
isot�rmicos (a temperatura constante) que no requieren del cambio de temperatura
para el alineamiento y apareamiento de las bases para formar la estructura
deseada.28?55?
Dise�o de la secuencia
Despu�s de que cualquiera de los enfoques mencionados anteriormente se haya
utilizado para dise�ar la estructura secundaria del complejo objetivo, una
secuencia de nucle�tidos debe construirse. El dise�o del �cido nucl�ico consta en
asignar bases nitrogenadas espec�ficas para que estas se asocien en la conformaci�n
deseada. La mayor�a de los m�todos tienen el objetivo de dise�ar secuencias para
que la estructura final tenga la menor cantidad de Energ�a de Gibbs (es decir, que
sea un ensamblaje espont�neo), por lo que este m�todo es el m�s favorable
termodin�micamente hablando ya que estructuras ensambladas de forma incorrecta
tienden a tener energ�as de Gibbs elevadas lo que causa un mal funcionamiento y
probablemente desensamble de la estructura. Este proceso se realiza mediante
m�todos heur�sticos tales como la minimizaci�n de la secuencia sim�trica, o
utilizando el modelo termodin�mico del "vecino m�s cercano", (en ingl�s, nearest
neighbor), el cual es m�s exacto pero m�s tardado y complejo a nivel computacional.
Modelos geom�tricos son utilizados para examinar la estructura terciaria de las
nanoestructuras para asegurar que los complejos no est�n demasiado tensados.68?70?

El dise�o de �cidos nucl�icos tiene objetivos similares a los del dise�o de

prote�nas. En ambos, la secuencia de mon�meros es dise�ada para favorecer las
estructuras objetivo y para desfavorecer otras estructuras que puedan llegar a
formarse. El dise�o de �cidos nucleicos tiene la ventaja de ser mucho m�s f�cil a
nivel computacional que el del dise�o de prote�nas, ya que la regla de apareamiento
entre las bases es mucho m�s sencilla y no requiere informaci�n completa sobre la
estructura para poder llevarse a cabo un dise�o. Esto permite el uso de simples
m�todos heur�sticos que generan buenos borradores de dise�os. Sin embargo, las
estructuras de �cidos nucleicos son menos vers�tiles que las de las prote�nas ya
que estas �ltimas poseen una mayor habilidad para plegarse de acuerdo a la
polaridad y carga de los 20 posibles amino�cidos, mientras que los �cidos nucleicos
tienen una diversidad limitada a solo 4 posibles formas de nucle�tidos.70?

Materiales y m�todos

Electroforesis en gel. M�todos como este se utilizan para realizar ensayos de

formaci�n en complejos tipo DX para asegurar que la estructura deseada se est�
ensamblando adecuadamente. Cada canal vertical, contiene una serie de bandas donde
cada banda espec�fica la estructura de cada intermediario que surge en la reacci�n.
Las secuencias de las cadenas de ADN para generar una estructura deseada son
dise�adas computacionalmente usando softwares de modelaje molecular y modelaje
termodin�mico.68?70? Posteriormente, los �cidos nucl�icos son sintetizados usando
m�todos de s�ntesis de oligonucle�tidos, usualmente automatizados en un
sintetizador de oligonnucle�tidos, algunas cadenas de secuencias comunes y
conocidas est�n ya disponibles a la venta.71? Las cadenas pueden ser purificadas
mediante electroforesis para desnaturalizaci�n si se requiere72? y las
concentraciones se puede determinar mediante m�todos de cuantificaci�n de �cidos
nucl�icos usando espectroscop�a ultravioleta.73?

La estructura totalmente ensamblada y completa puede ser verificada usando un gel

de electroforesis para estado nativo, el cual proporciona informaci�n de tama�o y
figura para complejos de �cidos nucl�icos. Tambi�n, un ensayo de cambio en la
corrida electrofor�tica puede proporcionar informaci�n de si la estructura deseada
incorpora todas las cadenas necesarias.74?

Las estructuras de �cidos nucleicos pueden ser directamente visualizadas mediante

microscopios de fuerza at�mica, el cual sirve para visualizar estructuras en dos
dimensiones pero no tan �til para visualizar estructuras discretas en tres
dimensiones por la fr�gil interacci�n de la punta del microscopio con la muestra de
�cidos nucleicos, para ello, se utiliza el microscopio electr�nico de transmisi�n o
bien, el microscopio crioelectr�nico. Entramados m�s grandes y de tres dimensiones
son analizados por cristalograf�a de rayos X.75?76?

Historia
El concepto de "nanotecnolog�a de ADN" fue acu�ado por primera vez por Nadrian
Seeman a principios de 1980.77? La motivaci�n original de Seeman era la de crear
entramados tridimensionales de ADN para orientar a otra mol�culas m�s grandes y que
esto simplificara el estudio de cristalograf�a eliminando las dificultades que se
presentan al tratar de obtener cristales puros. Esta idea se le ocurri� a Seeman a
finales de los 80's tras haber descubierto la similitud entre la xilograf�a de M.C
Escher y un arreglo de ADN de seis brazos.3?78? Un n�mero bastante accesible de
estructuras ramificadas de ADN se conoc�an en ese entonces, incluyendo la
"horquilla de replicaci�n" del ADN y la estructura "Holliday", pero el enfoque de
Seeman era que las uniones de �cidos nucleicos pod�an ser creadas al dise�ar
adecuadamente las secuencias de las cadenas para remover la simetr�a en la mol�cula
ensamblada y estas uniones inm�viles podr�an ser en principio combinadas con
entramados r�gidos cristalinos. El primer ensayo te�rico proponiendo este enfoque
fue publicado en 1982, y la primera demostraci�n experimental fue publicada al
siguiente a�o.5?

En 1991, el laboratorio de Seeman public� un reporte donde se detallaba la s�ntesis

de un cubo hecho a partir de ADN, la primera nanoestructura tridimensional
sintetizada a partir de ADN, por la cual Seeman recibi� el premio Feynman en
Nanotecnolog�a otorgado por el Instituto Foresight de Nanotecnolog�a. A este gran
�xito le sigui� la creaci�n de un octaedro truncado. No obstante, pronto se hizo
claro el hecho de que estas estructuras poligonales con uniones (v�rtices)
flexibles no eran lo suficientemente r�gidas como para extenderse a entramados
tridimensionales. A esto, Seeman desarroll� motivos estructurales m�s r�gidos como
el motivo de "doble entrecruzamiento" DX, y en 1998 en colaboraci�n con Erik
Winfree, public� la creaci�n de entramados bidimensionales con motivos DX como
azulejos.3?77?79? Esta estructura basada en azulejos ten�a la capacidad de
implementar la computaci�n de ADN, lo que se termin� por demostrar en el reporte
que Winfree y Paul Rothemund publicaron en el 2004, el cual hablaba sobre el
autoensamblaje algor�tmico del fractal de Sierpinski Gasket y por el que ganaron el
premio Feynman en Nanotecnolog�a en el 2006. La clave de este �xito fue que Winfree
observ� que los motivos DX pod�an ser capaces de computar algoritmos.77? La
construcci�n de un entramado tridimensional fue finalmente publicada por Seeman en
el 2009, casi treinta a�os despu�s de que �l se propuso la idea.58?
Nuevas propiedades y capacidades del ADN se siguieron descubriendo durante los a�os
2000. La primera nanom�quina (un motivo que cambia su estructura en respuesta a
est�mulos) fue presentada por Seeman en 1999. Un sistema mejorado de este fue el
que present� Bernard Yurke al siguiente a�o, el cual utilizaba desplazamientos de
cadena mediados por puntos de apoyo. El siguiente avance fue el de trasladar estas
estructuras al concepto mec�nica funcional y fue entonces en el 2004 y 2005 que se
crearon los caminantes de ADN (o walkers, en ingl�s) presentados por varios equipos
de trabajo, entre ellos los de Seeman, Niles Pierce, Andrew Turberfield, y Chengde
Mao.42? La idea de usar arreglos de ADN para "calcar" (o controlar) el ensamblaje
de otras mol�culas tales como nanopart�culas y prote�nas, sugerida primero por
Bruche Robinson y Seeman en 1987,80? fue completada en el 2006 y en el 2007 por los
grupos de investigaci�n de Hao Yan, Peter Dervan, y Thomas LaBean.5?36?

En el 2006, Rothemund demostr� por primera vez la t�cnica de ADN origami para crear
de manera f�cil y r�pida estructuras plegadas de ADN de formas arbitrarias.
Rothemund propuso este m�todo al basarse de forma intermedia entre los conceptos de
los entramados de Seeman (los cuales usan cadenas cortas) y el octaedro de William
Shih (el cual consiste en una sola cadena muy larga y plegada). La idea de
Rothemund del ADN origami se basa en tener una sola cadena muy larga de �cidos
nucleicos que se pliega con ayuda de cadenas cortas de �cidos nucleicos. Este
m�todo permiti� la creaci�n de muchas estructuras largas que antes no pod�an
construirse mediante una forma menos demandante en niveles de dise�o y s�ntesis.79?
El tema del "ADN origami" lleg� a ser la portada de la revista Nature el 15 de
marzo de 2006.32? La investigaci�n de Rothemund presentaba estructuras
bidimensionales, que posteriormente fueron tridimensionales gracias al trabajo de
Douglas et al. en el 2009.33? Tambi�n, J�rgen Kjems y sus colaboradores presentaron
estructuras tridimensionales huecas construidas a partir de estructuras (planos)
bidimensionales.58?

La nanotecnolog�a de ADN fue recibida en primera instancia con algo de escepticismo

debido al uso no biol�gico de los �cidos nucleicos como materiales de construcci�n
para crear estructuras y computar algoritmos, a parte de no tener aplicaciones
s�lidas. En el art�culo cient�fico de Seeman, que hablaba sobre el primer cubito
sintetizado, publicado en 1991 fue rechazado por la revista Science ya que un
revisor critic� al art�culo con falta de aplicaciones relevantes para la biolog�a.
Sin embargo, a principios del 2010, el campo de la nanotecnolog�a se hab�a
extendido y hab�an aumentado potencialmente las aplicaciones de esta en la ciencia
b�sica, consider�ndose viable el uso de las nanoestructuras en la medicina y otras
ciencias.58?81? La nanotecnolog�a pas� de ser estudiada en pocos laboratorios en el
2001 a ser estudiada en m�s de 60 laboratorios en el 2010, lo que increment� el
talento y el avance cient�fico de la misma.21?

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