Muchas lesiones bloquean la transcripción de la misma manera que bloquean la
replicación. Por lo tanto las células afrontan un problema inmediato incluso si no están sintetizando ADN: deben ser capaces de sintetizar proteínas clave para sobrevivir. El mecanismo denominado reparación acoplada a la transcripción repara la hebra molde en las regiones transcritas con mayor rapidez que en las demás regiones. La importancia de este proceso para la supervivencia es obvia. La presencia de una ARN polimerasa bloqueada por una lesión puede impedir el normal reconocimiento de las lesiones. La reparación acoplada a la transcripción es una reparación por escisión desencadenada por un complejo atascado de ARN polimerasa. En las células eucariotas un complejo que contiene CSA y CSB ( cuyas mutaciones causan el síndrome de Cocayne, una enfermedad provocada por deficiencia en la reparación) reconoce la ARN polimerasa detenida, la desplaza la lesión y recluta proteínas de reparación. La vía de reparación por escisión de nucleótidos se usa para muchos tipos de lesiones. Utiliza XPA, THIIF y otros factores de reparación, pero XPC no es necesario para el reconocimiento de la lesión. Resultados recientes sugieren que la reparación acoplada a la transcripción también actúa sobre las lesiones oxidativas reparadas por escisión de base. Una vez completada la reparación, la ARN polimerasa puede continuar la síntesis.