Universidad Nacional del Santa, E.A.

P de Biotecnología, Año 2019, páginas 01-15

Predicción del modelo estructural 3D de la proteína de unión

“amiA” en “Streptococcus pneumoniae”
Modelamiento y comparación estructural, por homología, threading y ab initio

Crhistian Montenegro Valderrama 1

1
Crhistian Mark Montenegro Valderrama, estudiante de pregrado, Universidad Nacional del Santa,
c2mv.gm@gmail.com.

RESUMEN

Palabras clave: Streptococcus pneumoniae, proteína de unión amiA, herramientas bioinformáticas.

En el siguiente artículo usaremos herramientas bioinformáticas como: Swiss model, Phyre 2 y Robbeta para
la predicción de modelos estructurales. Por homología, threading, y ab initio, respectivamente; además
mediante el uso de PDBsum, Ramachandran Plot Analysis y ModFOLD, analizaremos, evaluaremos por
precisión y calidad, la proteína predicha estructuralmente en un modelo 3D, respectivamente; usaremos la
secuencia de aminoácidos, de la proteína de unión “amiA” de “Streptococcus pneumoniae” serotipo 4 (cepa
ATCC BAA-334 / TIGR4), contenida en UniProt, cuyo estado es revisado y evidencia experimental a nivel de
proteína, no obstante no incluye esta proteína modelada en 3D.

Recibido: 26 de Julio de 2019. Aceptado: 26 de Julio de 2019

Received: July 26, 2019 Accepted: July 26, 2019

Prediction of the 3D structural model of the binding protein "amiA" in "Streptococcus pneumoniae"

ABSTRACT

In the following article we will use bioinformatics tools such as: Swiss model, Phyre 2 and Robbeta for the
prediction of structural models. By homology, threading, and ab initio, respectively; In addition, through the
use of PDBsum, Ramachandran Plot Analysis and ModFOLD, we will analyze, evaluate by precision and
quality, the structurally predicted protein in a 3D model, respectively; we will use the amino acid sequence, of
the binding protein "amiA" of "Streptococcus pneumoniae" serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4),
contained in UniProt, whose status is reviewed and experimental evidence at the protein level, however not
includes this protein modeled in 3D.

Keywords: Streptococcus pneumoniae, binding protein "amiA", bioinformatics tools.

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1. INTRODUCCIÓN Para el análisis estructural completo de cada

proteína, se usaron: PDBsum Generate
Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) sigue (www.ebi.ac.uk/thornton-
siendo un importante patógeno humano, srv/databases/pdbsum/Generate.html).
responsable de la alta morbilidad y mortalidad
mundiales a pesar de la disponibilidad de Para la evaluación de los modelos predichos se
antibióticos y la actual vacuna conjugada de usaron:
polisacáridos 13-valente. El neumococo es Para la precisión de los aminoácidos en el modelo
comúnmente un colonizador en la nasofaringe y 3D, Ramachandran Plot Analysis
comparte el nicho con muchos otros (mordred.bioc.cam.ac.uk/~rapper/rampage.php).
microorganismos. Pneumococcus tiene más de 60 Para la calidad de los modelos 3D, ModFOLD
transportadores ABC, y muchos se conservan entre (Versión 6.0),
cepas (Durmort y Brown, 2015). Los (www.reading.ac.uk/bioinf/ModFOLD/ModFOLD6_f
transportadores ABC desempeñan un papel en las orm.html).
funciones celulares generalizadas, particularmente
en la importación y exportación de sustratos, Después de tener los resultados de la predicción ab
incluidos micronutrientes, aminoácidos, péptidos, initio, los (5) modelos generados, se compararon,
azúcares, antibióticos y péptidos antimicrobianos para obtener el modelo con más precisión, que fue
(Durmort y Brown, 2015). El primer transportador analizado por su estructura, y calidad
ABC que se descubrió en bacterias grampositivas comparándolo con la secuencia de aminoácidos.
está codificado por el locus Ami y es homólogo a la
oligopéptido permeasa (Opp) de Salmonella
typhimurium y Escherichia coli (Alloing et al., 1990).
El transportador, llamado Ami-AliA / AliB permeasa,
está compuesto por tres lipoproteínas de unión al 1. RESULTADOS
sustrato AmiA, AliA y AliB, AmiC y AmiD, que Comparación por homología (SWISS model)
forman los dominios transmembrana del Según la tabla (01), se obtuvo el mejor modelo con
transportador y AmiE y AmiF, que son las ATPasas código PDB:6NPO, cuya identidad con la secuencia
(Alloing et al. , 1990, 1994). Los genes que de los aminoácidos fue de 26.63%, qmean -5.29 y
codifican amiA y amiC a amiF son parte del mismo resolución de 2.4 A.
operón, mientras que aliA y aliB se encuentran en
otras partes del genoma neumocócico (Alloing et Comparación por Threading (Phyre 2)
al., 1990). Se ha sugerido que Ami-AliA / AliB Según la tabla (02), a partir de la secuencia de
desempeña un papel en la señalización ambiental, aminoácidos, se obtuvieron 20 templates, con
lo que genera competencia (Claverys et al., 2000)
modelo 3D, donde se obtuvieron solo 10 modelos
además de desempeñar un papel en la
colonización exitosa de la nasofaringe (Kerr et al., altamente similares, cuyo modelo más similar fue
2004).[1] código PDB:6NPO, cuya identidad con la secuencia
de los aminoácidos fue de 26.63%, qmean -5.29 y
2. MATERIALES Y METODO resolución de 2.4 A.
La secuencia de aminoácidos [ver Secuencia de Comparación por ab initio (Robetta)
aminoácidos] se extrajeron de Uniprot
Se obtuvieron (05) modelos a partir de la secuencia
(www.uniprot.org), con código P18791
(https://www.uniprot.org/uniprot/P18791). de aminoácidos.

Las predicciones de la estructura tridimensional de Análisis de precisión (Ramachandran Plot Analysis)

la proteína se realizaron, de acuerdo a lo siguiente: Según la tabla (03), el modelo con más precisión
homología, en Swiss model fue el modelo número 04
(swissmodel.expasy.org); threading, en Phyre 2 (full_model_5576_4.pdb).
(www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2); ab initio, en Robetta
(www.new.robetta.org). Análisis de precisión (PDBsum en Ramachandran)

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Según las tablas (03, 04) y figuras (01), el modelo

número 04, tiene un valor del factor G, de 0.20. ANEXO:

INFORMACION ADICIONAL DEL FORMATO

Análisis de la calidad (ModFOLD)
2. DISCUSIÓN (O ANÁLISIS DE RESULTADOS)
Los resultados de comparación por homología y
threading, dan el mismo modelo, la proteína con
código PDB:6NPO.
En análisis de calidad (ModFOLD), al comparar la
secuencia de aminoácidos y la proteína con código
PDB:6NPO, nos dió error. Por lo cual, solo serviría
la predicción del modelo estructural 3D por ab initio.
3. CONCLUSION
Se concluye que el mejor método para obtener un
modelo 3D de la secuencia de aminoácidos es el
modelo número 04 (full_model_5576_4.pdb).
4. REFERENCIAS BIBLIOGRÁFICAS
Artículos:
[1] Nasher, F., Heller, M., & Hathaway, L. J. (2018).
Streptococcus pneumoniae Proteins AmiA, AliA,
and AliB Bind Peptides Found in Ribosomal
Proteins of Other Bacterial Species. Frontiers in
Microbiology, 8.
Secuencia de aminoácidos
>sp|P18791|23-659
CSSSKSSDSSAPKAYGYVYTADPETLDYLISSKNSTTVVTS
NGIDGLFTNDNYGNLAPAVAEDWEVSKDGLTYTYKIRKG
VKWFTSDGEEYAEVTAKDFVNGLKHAADKKSEAMYLAE
NSVKGLADYLSGTSTDFSTVGVKAVDDYTLQYTLNQPEP
FWNSKLTYSIFWPLNEEFETSKGSDFAKPTDPTSLLYNGP
FLLKGLTAKSSVEFVKNEQYWDKENVHLDTINLAYYDGS
DQESLERNFTSGAYSYARLYPTSSNYSKVAEEYKDNIYYTQ
SGSGIAGLGVNIDRQSYNYTSKTTDSEKVATKKALLNKDF
RQALNFALDRSAYSAQINGKDGAALAVRNLFVKPDFVSA
GEKTFGDLVAAQLPAYGDEWKGVNLADGQDGLFNADK
AKAEFAKAKKALEADGVQFPIHLDVPVDQASKNYISRIQS
FKQSVETVLGVENVVVDIQQMTSDEFLNITYYAANASSE
DWDVSGGVSWGPDYQDPSTYLDILKTTSSETTKTYLGFD
NPNSPSVVQVGLKEYDKLVDEAARETSDLNVRYEKYAAA
QAWLTDSSLFIPAMASSGAAPVLSRIVPFTGASAQTGSK
GSDVYFKYLKSQDKVVTKEEYEKAREKWLKEKAESNEKA
QKELASHVK

Figuras y Tablas

Tabla 01
Modelamiento por homología
PD Olig Lig G QM identidad Reso
B id o- and M EA de lució
Esta os Q N secuenci n
do E a
6NP Mon Nad 0. - 26.63% 2.4 A
O.1. óme a 53 5.2
A ro 9
6ep Mon Nad 0. - 16.92% 2.04
y.1. óme a 49 6.3 A
A ro 9

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favorecida %) %) %) %) )
Tabla 02 Número de 45 33 27 27 23 29
Modelamiento Threading residuos (7.6 (5. (4. (4. (3. (4.6
Rank Model Pairs RMSD TM- en región %) 2% 3% 3% 6% %)
score permitida ) ) ) )
16 c4fajA_ 491 2.917 0.85 Número de 19 4 5 1 2 3
(Chain 'A') residuos (3.2 (0. (0. (0. (0. (0.5
9 c6dtfA_ 485 2.996 0.83 en región %) 6% 8% 2% 3% %)
(Chain 'B') atípica ) ) ) )
7 c3o9pA_ 482 3.11 0.83
(Chain 'C') Tabla (03)
6 d1jeta_ 476 3.038 0.82
(Chain 'D')
12 c3zs6A_ 470 3.024 0.82
(Chain 'E')
17 c4gl8B_ 461 2.797 0.8
(Chain 'F')
10 c6hlxA_ 450 3.54 0.75
(Chain 'G')
15 c3m8uA_ 439 3.631 0.73
(Chain 'H')
11 d1zlqa1 433 4.024 0.7
(Chain 'I')
18 c4oetA_ 424 4.332 0.68
(Chain 'J') Tabla (04)
2 c2wokA_ 428 4.638 0.67
(Chain 'K')
20 c5isuA_ 431 4.706 0.67
(Chain 'L')
13 c5icqA_ 399 4.931 0.64
(Chain 'M')
19 d1uqwa_ 382 4.77 0.61
(Chain 'N')
4 c4qfkG_ 375 5.133 0.59
(Chain 'O')
3 c3tpaA_ 356 5.097 0.58
(Chain 'P')
5 c4oerA_ 318 4.658 0.56
(Chain 'Q')
14 c4onyB_ 324 5.065 0.56
(Chain 'R') Figura (01)
8 d1dpea_ 306 5.184 0.54
(Chain 'S')

Tabla (03)
Rampage Hom ab initio
ologí
a
1 1 2 3 4 5
Número de 527 598 603 607 610 603
residuos (89.2 (94 (95 (95 (96 (95.
en región %) .2 .0 .6 .1 0%

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