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Procedimiento:
Primero haz doble clic sobre el icono del programa rasmol o ejecuta el programa, se
abrirán dos ventanas una de visualización (de fondo negro) y otra de comandos (fondo
blanco) que aparece en la barra de tareas inferior de window, luego ajusta las ventanas
de manera que puedan trabajar con ambas simultáneamente.
Luego abre un archivo de extensión pdb, para esto haz clic en el menú “File” (archivo)
y luego en el item “open” (abrir) por ejemplo 1BTL.pdb que corresponde al archivo de
una B-Lactamasa.
Ahora para ahorrar tinta en las impresiones de las imágenes cambiemos el fondo de
visualización. Para ello en la ventana de comandos, la de la derecha, donde el cursor
parpadea haremos un clic con el mouse y tecleamos “background white”, con esto
cambiamos el fondo (background) de visualización desde negro a blanco.
Para trabajar con la molécula revisaremos el uso del “mouse”, para usar este se sigue la
secuencia clic y arrastrar, a continuación se observa una tabla resumen:
Acción Mouse
Rotar X, Y Botón izquierda
Trasladar X, Y Botón derecha
Rotar Z Shift derecha
Zoom Shift izquierda
Plano seleccionado (Slab) Control izquierda
Practica los controles del mouse sobre la molécula. Los movimientos deben ser suaves
para no recargar la memoria del computador.
Display Despliegue de la
estructura
Wireframe Alambres
Backbone Esqueleto
Sticks Bastones
Spacefill Esferas de espacio lleno
Ball & Stick Bolas y bastones
Ribbons Cintas
Strands Hebras
Cartoons Caricatura
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Estas son las distintas opciones para visualizar nuestra molécula, selecciona aquella en
la que se represente mejor los que quieres mostrar u observar. En el ejemplo se
seleccionó “cartoons”.
Después selecciona en el menú “Colours” (colores) y prueba todos los ítems de esta
opción:
En nuestro ejemplo la opción “Hydrogens” no nos será útil ya que nuestra molécula no
los contiene, la opción “Hetero Atoms” tampoco nos servirá, ya que esta molécula
tampoco contiene heteroátomos. Pero si abrimos un nuevo archivo, el de la molécula de
Hemoglobina, Open se despliega la proteína con sus 4 cadenas , si las coloreamos de
acuerdo a las cadenas, cada una de un color distinto, menú Colour opción chain y
hacemos en la ventana de comandos ( la blanca) select hetero, y luego seleccionamos
del menú Display la opción ball&stick aparecerán las moléculas de solvente y de los
grupos Hemo de la Hemoglobina
Además si quieres etiquetar tus residuos primero debes seleccionar, y luego tipear en la
línea de comandos “label” para etiquetar el átomo y este puede ir acompañado de otros
parámetros cómo:
%a Nombre del átomo
%b, %t Factor B/temperatura
%c, %s Identificador de cadena
%e Símbolo del elemento atómico
%i Número seriado del átomo.
%n Nombre de residuo en código tres letras
%r Número de residuo
%M Número del modelo NMR
%A Identificador de conformación alternativa
En fin existen otros comandos que nos pueden ser útiles para obtener información de la
molécula en estudio estos se deben tipear en la ventana de comandos como por ejemplo:
Se puede usar el menú “Files” en los ítems para abrir archivos, obtener información,
imprimir, configurar la impresión, cerrar el archivo o salir del programa. En el menú
“Export” se pueden exportar la imagen en pantalla en los formatos bmp, gif, epsf, ppm
y rast, para ser utilizada en otros programas. Para acceder a ayuda esta el menú “Help”.
SPDVB.
Este programa un poco más complejo por poseer un mayor número de herramientas ya
que no sólo es de visualización de moléculas, sino que ofrece otras alternativas para
trabajar con macromoléculas.
Primero debes correr el programa ya sea haciendo un doble clic sobre el icono o
ejecutándolo directamente. Aparecen dos ventanas una de presentación en primer plano
y la de visualización del programa de fondo, con un clic sobre la presentación esta se
cierra y ya puedes trabajar.
Haz click en el menú “Windows” el ítem “Panel de control”, acomoda las ventanas de
manera qué puedas visualizar los cambios que vayas realizando, con la barra de
desplazamiento llega al tope inferior (o presiona la tecla Av Pág), y selecciona el
residuo de Ser70. Este debe de quedar de color rojo al ser seleccionado, uso del mouse
en el panel de control:
Acción Mouse
Selección de un residuo o de grupos de estructura secundaria
Botón izquierda
dependiendo de sobre que objeto se realice el clic
Centrar molécula Botón derecha
Selecciona todos los residuos entre dos seleccionados Shift + botón izquierda
Permite seleccionar o deseleccionar sin afectar el grupo seleccionado Control + botón izquierda
Permite seleccionar o deseleccionar entre dos grupos Control+shift+mouse
Ahora, selecciona en el menú “Display” el ítem "Show Only H-bonds from selection"
(mostrar sólo los átomos desde la selección con los puentes hidrógeno). Luego
selecciona el ítem "Show only groups with visible H-bond" (mostrar sólo los grupos
con puentes hidrógeno visible) del mismo menú. Finalmente presiona el botón derecho
del mouse para PC para reescalar y recentrar la vista sobre el residuo que quieres que
quede central en el panel de control.
Ahora sólo observas a la Ser70 más los dos puentes hidrógeno que forma con Lys73,
muestra aquellos residuos de los alrededores desde el 66-76 y luego coloréalos todos,
pero diferenciando aquellos involucrados en la catálisis.
Se ha observa un grupo sulfato en la entrada del sitio activo, por lo que también es
interesante visualizarlo. Estos grupos generalmente se encuentran al final del panel de
control y con un clic en el casillero de “show” se podrá ver. El residuo Glu168 ha sido
determinado con una importancia catalítica clave, por lo que es necesario observar su
posición y hacer algunas mediciones. Haz lo mismo que con el grupo sulfato.
Ya haz utilizado la barra de herramientas para mover tú molécula, pero hay que saber
que hace cada icono:
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Permite
Al hacer un clic sobre algún residuo este se puede cambiar por otro.
Hola
o
Permite visualizar el archivo texto de la molécula.
Permite mover toda la vista, pero al hacer clic sobre esta cambia a
que mueve sólo la selección, actualizando las coordenadas al guardar.
Ya que has guardado los cambios hasta ahora puedes realizar mediciones de distancias,
de ángulo phi, psi, de ángulos entre átomos, mutaciones, etc. Tanto para los residuos
Ser70, Lys73, Glu168 y la molécula de sulfato.
a b
a) Aquí observas que algunos átomos fueron etiquetados y medidas distancias, tanto desde la Ser70
(Morado) como de la Lys73 hasta el residuo Glu168 (ambos en rojo), siendo 10.73 Å y 11.09 Å,
respectivamente. b) En la figura se observan los puentes hidrógeno en verde igual que en el ejemplo
anterior y la medición de dos ángulos de 108.39 para el de Ser y de 108.45 para Lys.
c d
c) En la figura están las distancias desde la Ser70 (morado) y la Lys 73 (rojo) al sulfato (amarillo y rojo),
siendo 4.74 Å y 6.74 Å, respectivamente. d) Las mismas mediciones pero ahora el residuo de Lys73 fue
mutado por Arg73, eligiéndose el rotámero de puntuación 0, la medida de distancia para Arg73 (rojo) es
de 4.79 Å.