25/7/2019 Maxent - Nichos y Áreas de Distribución

Nichos y Área s de Distribución

Busc ar en est e sit io

ENM/SDM en la Selección de un m étodo apropiado >

Practica Maxent
Pro po sit o y Guia del
Usuario
Ant es que nada: el diseño 1. Que hace Maxent y como. Que
del est udio
calcula. Los detalles de
¿Que dat o s debo incluir?
esta sección se encuentran en el
Selecció n de un mét o do
apro piado documento al pie (Las Salidas de
Maxent Maxent). Maxent es un algoritmo
GARP cuya teoría esta sumamente bien
Bio clim en DIVA-Gis entendida (Elith et al. 2011, Phillips y
Met o do s Est adist ico s Dudik, 2008) y que en la practica ha
Validacio n del mo delo demostrado dar buenos resultados. Sin
Resumiendo . Lo que se embargo es un método que tiende a
debe hacer y lo que no se
debe hacer "abrazar" mucho los datos. Esto es, es
mejor para "interpolar" entre puntos
Los Tipos de Datos de ocurrencia que para predecir áreas La pantalla original de Maxent
Existentes no observadas. Abajo se incluye el
Dat o s Ambient ales documento tutorial de Maxent escrito
Param etro Sugerencias para
Dat o s de Ocurrencias y por su autor, S. Phillips, y otro
Ausencias experim entar
documento con sugerencias practicas
Paquet es de R para dat o s de Create Esta opción es útil para una
o ccurrencias sobre el uso de Maxent. response v isualizacion rapida de las formas
2. Que parametros tiene. En la tabla curves de las respuestas, pero no son
Conceptos y Teoria de la derecha se comentan los substituto de un analisis detallad
por Jacknife.
Lo s Pro blemas principales settings de Maxent.
Co ncept uales
3. Salidas. Sentido de Raw y
SDM y ENM Make pictures Prov ee imágenes de
Logistic. La salida cruda de Maxent of predictions la proy ección geográfica de los
La Dualidad de
Hut chinso n es una medida de similitud de los resultados del modelo.
ambientes en cada pixel a los pixeles Do Jacknife to Esta opción es muy útil, y a que
Diagrama BAM
measure permite un análisis de
Caso s ext remo s del donde la especie ha sido
variable la contribución de cada v ariable a
BAM
observada. Podría considerarse como importance las características finales del
Pro babilidades y el BAM
una aproximación a la distribución modelo (Peterson y Cohoon,
Eco lo gía de Po blacio nes 1999). Las graficas de salida son
y el BAM potencial. Para
particularmente informativ as.aa
Definicio nes
cualquier retícula realistamente
Output format Como se describe en el documento
grande, los valores del raw output de anexo (abajo), la opción de
Miscelanea Maxent son muy pequeños (deben salida logística representa un
sumar a uno sobre todos los elementos intento de estimar la probabilidad
Biblio grafia
de presencia en cada pixel, bajo
So bre lo s aut o res de la retícula). En cambio, bajo el
un supuesto simplificador
Curso Febrero 2014 supuesto de que se puede asignar un representado por
Mapa del sit io valor conocido de probabilidad de el parámetro llamado "default
observacion a los pixeles llamados prevalence", que se asume igual a
0.5. La salida cruda es un
"típicos", se considera que la salida
estimado de la probabilidad de

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logistica de Maxent es una estar en un pixel x, dado que se

observ o a la especie. Las salidas
aproximación a la verdadera
crudas y logística tienen
probabilidad de presencia. El usuario una relación monotonica, pero no
debe decidir cual es ese valor de lineal. La salida acumulativ a se
probabilidad tipica. Maxent asigna un usa muy poco.
Output file Se usa generalmente la salida tipo
default de 0.5. No se recomienda
ty pe "asc" que puede ser importada por
cambiarlo. El segundo un SIG.
documento incluido abajo es Auto features Generalmente se utiliza el default.
una explicación mas detallada de las
salidas de Maxent.
4. Maxent y Point Processes.
Publicaciones muy recientes muestran
matematicamente que Maxent es
esencialmente equivalente a un
proceso de Poisson Puntual estimado
con los puntos del background
adecuadamente ponderados.
Sugerimos consultar los articulos de
Fithian & Hastie (2012) y Royle et al.
(2012) incluidos abajo.
5. La salida matematica de Maxent.
Maxent calcula una probabilidad como
una funcion de Gibbs, cuyo exponente
es una froma cuadratica en los
"features". Los valores necesarios para
calcular la forma cuadratica (esto es la
esencia de la salida de Maxent) se
encuentran en el archivo de lambdas
creado por Maxent
(NombreEspecie.lambdas), que es un
text file con el valor de la lambda para
cada feature (lineal, cuadraticos y
cross-products). La explicacion de este
archivo (!casi universalmente
ignorado!), que repito, es la ESENCIA
de Maxent, esta en el texto de Wilson
(2009) incluido abajo.
6. FCF = Frequently Commited
Fuckups.
1. Confundir la salida logista con la
salida cruda.
2. Usar la salida cruda desde el
valor mas chico.
3. No saber asignar un umbral para
decidir si Y=1.
4. Usar como salida la "imagen"( el
.jpg) del mapa de Maxent.
7 . Recomendaciones.
1. Explorar los efectos de cambiar
los defaults.
2. Usar la salida logistica.
3. Usar como umbral de
probabilidad la mínima de los
puntos de ocurrencia (Least
Observed Value Threshold).
4. Aprender a manejar archivos .asc
de ArcMap.

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Č
Ċ FithianHastie2012MaxentLogis…Jorge Soberon, 16 ago. 2013 18:03 v .1 ď
Ċ LasprobabilidadesdeMaxent.pdf (181k)
Jorge Soberon, 18 ene. 2012 11:58 v .1 ď
Ċ Merow et al_2013.pdf (901k) Enrique Martínez Mey er, 5 feb. 2014 9:38v .1 ď
Ċ OtrasProbabilidadesdeMaxent.… Jorge Soberon, 5 mar. 2019 12:52 v .1 ď
Ċ Roy le_et_al_2012PresenceOnly …Jorge Soberon, 16 ago. 2013 18:03 v .1 ď
Ċ T utorialMaxentSPhillips.pdf (2218k)
Jorge Soberon, 14 jul. 2011 15:40 v .1 ď
Ċ Wilson2009MaxEntLam bdaFil… Jorge Soberon, 8 dic. 2016 13:38 v .1 ď

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