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Biochemie-Zusammenfassung von und für LM01

Kapitel 4: Aminosäuren (AS)

AS sind die monomeren Einheiten der Proteine und somit Ausgangssubstanzen für die
Proteinsynthese. Des weitern sind sie auch für den Energiestoffwechsel und als Botenstoffe und
Zwischenprodukte im Stoffwechsel von Bedeutung.

1. Die Aminosäuren der Proteine

A) Struktur/Allgemeine Eigenschaften:

Mit Ausnahme von Glycin weisen alle AS ein asymmetrisches Kohlenstoffatom auf. AS besitzen
mindestens zwei inoniserbare Gruppen:
-die Aminogruppe (NH3+)mit einem pK von ca. 2.2 und die
-Carboxygruppe(COO-), pK ca. 9.4.
Manche AS wie Glutamat oder Lysin besitzen drei ionisierbare Gruppen. AS sind also Zwitterionen.
Sie können, abhängig vom pH, eine positive oder eine negative Ladung annehmen.
Nur die 20 proteinogenen AS sind im genetischen Code berücksichtigt und können durch Translation
in Proteine eingebaut werden.

Übersicht:
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Im physiologischen pH –Bereich (~pH7) sind sowohl die Carboxygruppen als auch die Aminogruppen
der Aminosäuren vollständig ionisiert. Eine AS kann deshalb entweder als Säure oder als Base
wirken (=Ampholyt).
Weitere Eigenschaften der AS:
-hoher Schmelzpunkt (~300°C) da Zwitter-Ionen gleiche physikal. Eigenschaften wie ionische
Verbindungen haben
-gut wasserlöslich

B) Peptidbindungen
Zwischen -Carboxy- und -Amino-Gruppen kann durch Eliminierung von H 20 (=Kondensation) eine
Verknüpfung entstehen, die Peptidbindung. Polymere aus zwei, drei, wenigen (3-10) oder vielen
Aminosäure-Resten hiessen entsprechend Di-, Tri-, Oligo- bzw. Polypeptide (oft nur „Peptide“
genannt).
Proteine sind Moleküle aus einer oder mehreren Polypeptid-Ketten (40-4000 AS-Reste).
Polypeptide sind lineare Ketten, also ohne Verzweigungen, und werden von N-Terminus
(Aminoterminus) nach C-Terminus (Carboxytermunus) geschrieben.
Riesige Vielfalt verschiedener Protein-Molekülen: 20n Möglichkeiten

C) Klassifizierung und Charakteristika


Es gibt verschiedene Arten, die 20 Standard-AS zu klassifizieren, z.B. gemäss der Polaritäten ihrer
Seitenketten R. (zur Erinnerung: hydrophobe R meiden Kontakt mit Wasser, hydrophile R werden in
Lösung gebracht)

9 Unpolare (=hydrophob): Pro*, Gly*, Ala, Val, Leu, Lle, Met, Phe, Trp
6 Polare, ungeladen: Ser, Thr, Asp, Glu, Tyr, Cys (S-Brücken)
5 Polare, geladen: Lys, Arg, His bei pH7 basisch und positiv geladen
Asp, Glu bei pH7 sauer und negativ geladen
*Spezialfälle, da Gly nur ein H als Rest besitzt und Pro eine -Iminosäure ist
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Weil Proteine aus AS bestehen und manche AS negativ oder positiv geladene Reste tragen (Glu:
-COO-, Lys –NH3+), tragen auch die meisten Proteine Ladungen. Die Nettoladung (alle Ladungen der
AS-Reste und von N- und C- Terminus) hängt vom pH der umgebenden Lösung ab. Hat das Protein
bei physiologischem pH eine positive Nettoladung, nennt man es basisch, hat es eine negative
Nettoladung, heisst es sauer. Der isoelektrische Punkt pI eines Proteins ist der pH-Wert, an dem
seine Nettolandung = 0 ist.

pI = ½ (pKi + pKj) (pK sind Dissoziationskonstanten der Ionisierungsschritte)

in wässriger Lösung nehmen AS praktisch nicht die neutrale Form ein.

pH = pK + log[A-]/[AH] Gleichung für eine ionisierbare Gruppe

1. Optische Aktivität

Mit Ausnahme von Glycin sind alle AS optisch aktiv (drehen die Schwingungsebene von
polarisiertem Licht). Das -C-Atom stellt ein chirales Zentrum dar, d.h. es gibt zwei verschiedene
Enantiomere (Spiegelbilder). Alle aus Proteinen isolierten  -AS bis auf Glycin haben L-Konfiguration

Zur Formeldarstellung chiraler Zentren dient die sog. Fischer-Projektion. Man beachte, dass dabei
alle horizontalen Substituenten vor dem Papier, alle vertikalen hinter dem Papier liegen.
Um die Konfiguration einer Verbindung mit mehreren asymmetrischen Zentren eindeutig zu beschreiben, wende man das (R-S)-
System an; die vier verschiedenen Gruppen an einem Chiralitätszentrum werden in einer Prioritätsreihenfolge geordnet (a, b, c
und d). Auf ‚niedrigste Priorität hinunterschauen’ R = rechtsdrehend, S = linksdrehend.

Bei der normalen chemischen Synthese chiraler Verbindungen entsteht im allgemeinen stets ein
Racemat (1:1 Mischungen von Enantiomeren).

2. Seltene Aminosäuren

Ausser den 20 proteinogenen AS gibt es weitere AS mit biologischer Funktion. Diese „seltenen“ AS
entstehen durch spezifische chemische Modifikationen, indem Aminosäuren posttranslational (=nach
ihrem Einbau in Proteine) weiter verändert werden, z.B. phosphoryliert, acyliert, methyliert oder
hydroxyliert.
Neben Bausteinen von Peptiden und Proteinen können AS somit auch als Neurotransmitter,
Intermediate des Stoffwechsels und als Gifte eine Rolle spielen.
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Kapitel 8: Faltung, Dynamik und strukturelle Evolution der Proteine

Dieses Kapitel informiert über das dynamische Verhalten der Proteine. Es zeigt, wie ungeordnete
Polypeptide sich in ihre nativen Strukturen falten und betrachtet dynamische Eigenschaften nativer
Proteine, also die Art sowie funktionelle Bedeutung ihrer internen Bewegungen.

1. Proteinfaltung

Die Proteinfaltung ist der letzte Schritt bei der Proteinbiosynthese:

TranskriptionTranslationProteinfaltung

Unter physiologischen Bedingungen falten sich unstrukturierte Polypeptidketten (Abkürzung U für


„unfolded“) in wässriger Lösung spontan in ihre biologisch aktive, dreidimensionale Struktur
(Abkürzung N für „native“). Die Primärstruktur des Proteins diktiert also offensichtlich seine
dreidimensionale Struktur. Im Gegensatz zur Primärstruktur, die durch die AS-Sequenz festgelegt
ist, kann die 3D-Proteinstruktur heute noch nicht vorhergesagt werden.

Der Faltungsprozess beinhaltet die folgenden, zentralen Dogmen der Biochemie von Proteinen:

- Die biologisch aktive, dreidimensionale Struktur eines Proteins (der native Zustand des Proteins) ist
einzigartig und ausschliesslich durch seine Aminosäuresequenz und Kettenlänge (Primärstruktur)
festgelegt.
- Die biologisch aktive, 3D-Struktur eines Proteins ist der thermodynamisch günstigste Zustand, den
eine Polypeptidkette in wässriger Lösung einnehmen kann

Die Proteinfaltung wird weitgehend von den inneren Resten des Proteins bestimmt und ist ein von
hydrophoben Kräften getriebener Prozess.

A)Protein-Renaturierung (=Wiederherstellung der nativen Faltung)


Zum Verlust der nativen Konformation, zur Denaturierung, kommt es bei extremen pH-Werten, bei
hohen Temperaturen oder durch Einwirkung von organischen Lösungsmitteln (z.B.
Harnstoff[OC(NH2)2], Guanidiniumchlorid), Detergentien und anderen denaturierenden Substanzen
(=Denaturierungsmittel).
Unter renaturierenden Bedingungen ist für viele denaturierte Proteine die Rückfaltung in ihre native
Struktur eine Sache von Sekunden. Proteine falten daher nach einem geordneten Faltungsablauf
und nicht durch zufälliges Ausprobieren aller möglichen Konformationen.

Die Faltung nimmt also keinen zufälligen Verlauf an, da ein ‚Ausprobieren’ von verschiedenen
Konformationen unendlich viel Zeit bräuchte. Der Faltungsablauf muss sich deshalb in geordneten
Bahnen vollziehen, wobei die Annäherung an den nativen Zustand von rasch zunehmender
konformationeller Stabilisierung begleitet sein muss.

Posttranslational veränderte Proteine können sich einer spontanen Renaturierung widersetzen: Viele
der sog. Knäuelkonformationen der Proteine werden durch den Einsatz von Protein-Disulfidisomerase
renaturiert, aber in ihrem nativen Zustand von diesem Enzym nicht mehr verändert. In
posttranslational modifizierten Proteinen können jedoch Disulfid-Bindungen dazu beitragen, das
Protein in seinem anderweitig instabilen nativen Zustand zu stabilisieren.
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B) Faltungsabläufe

Mehrstufen-Prozess:
1) Rasche, reversible Bildung lokaler Sekundärstrukturen (-Helices, -Schleifen), sog. Faltungs-
Nuclei.
2) Nuclei mit ‚richtiger’, beinahe nativer Struktur vergrössern sich, und bilden eine native Domäne.
Gefaltete Einheiten sind so also zu grösseren Faltungseinheiten kondensiert.
3) Mehrere Domänen bilden nun zusammen ein „molten globule“ (fast native Untereinheit).
4) Nach kleineren konformationellen Anpassungen erreicht die Polypeptidkette eine kompaktere
Tertiärstruktur.
5) Bei mehreren Untereinheiten eines Proteins ordnen sich diese zu einer (fast) nativen
Quartärstruktur zusammen.
6) Schliesslich wird die native Struktur des Proteins durch weitere kleine Anpassungen erreicht.

Dieses kurz zusammengefasste Faltungsschema, das den geordneten Faltungsablauf von Proteinen
aufzeigt, wurde am überzeugendsten von Renaturierungsstudien mit BPTI (basischem (bovinem)
pankreatischem Trypsin-Inhibitor) nachgewiesen. Dabei bildeten sich native Disulfid-Bindungen in
weitgehend spezifischer, aber indirekter Abfolge.

Renaturierungsstudien von BPTI und anderen Proteinen mit Disulfid-Bindungen untermauern die
Hypothese, dass Proteinfaltung weitgehend geordnet, wenn auch nicht unbedingt auf direktem
Wege erfolgt. Von der Evolution wurden also Protein-Primärstrukturen entwickelt, die effiziente
Faltungswege wählen und möglichst stabile native Konformationen einnehmen.

Die Primärstrukturen von Proteinen bestimmen den Faltungsablauf. Wie schon erwähnt, gibt die AS-
Sequenz eines Proteins seine native Struktur vor, und zwar durch Spezifizierung einer Reihe von
Schritten, die letztlich den Faltungsablauf festlegen.
Chaperone („Hilfsproteine“, „molekulare Lotsen“) wirken an der in-vivo-Faltung von Polypeptiden mit.
Sie sind nicht Bestandteil dieser Polypeptide, sie vermitteln nur die korrekte Faltung, wie sie von der
AS-Sequenz vorgegeben ist. Die Protein-Disulfidisomerase katalysiert ebenfalls die korrekte Faltung.

2. Proteindynamik

Es gibt drei Kategorien von intramolekularen Bewegungen:


Atomare Fluktuation (z.B. Vibrationen), Kollektive Bewegungen, und Induzierte
Konformationsveränderungen (Atomgruppen bewegen sich aufgrund bestimmter Stimuli)

Proteine haben keine starren, fixierten Strukturen, sondern sind flexible, rasch fluktuierende
(‚atmende’) Moleküle, deren strukturelle Mobilitäten wichtig für die entsprechende Funktion sind.
Proteine sind an ihren Peripherien beweglicher als in ihrem Innern.
Die theoretische Analyse der Proteinbeweglichkeiten zeigt, dass die Strukturen des nativen/gefalteten
Proteins aus einer grossen Anzahl nahe verwandter und rasch ineinander überführbarer,
konformationeller Zustände mit nahezu gleichen Stabilitäten bestehen. Diese Teilzustände mit leicht
unterschiedlichen atomaren Anordnungen gehen zufällig ineinander über, und zwar mit
Geschwindigkeiten, die mit der Temperatur zunehmen, jedoch auch abhängig von Protein und der
Position des aromatischen Rings innerhalb des Protein.
Die Mobilität von Proteinkernen kann nämlich durch das Umkippen aromatischer Ringe gezeigt
werden. Durch die sog. NMR-Messung wird ersichtlich, dass die Kippfrequenzen bei
Temperaturerhöhung stark ansteigen.
Mit sog. Wasserstoffaustausch-Studien konnte schliesslich gezeigt werden, dass Proteine eine
Vielzahl seltener innerer Bewegungen ausführen Die Spannungsunterschiede im Kern gehen
wahrscheinlich mit lokalen Auffaltungen des Proteins einher.
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3. Strukturelle Evolution

Wir wissen, dass sich Proteine durch Punktmutationen und Gen-Duplikationen entwickeln ( Kap 6.3).
So haben sich im Laufe der Zeit homologe Proteine auseinanderentwickelt und neue Funktionen
angenommen. Die Proteinstruktur ist erstaunlich tolerant gegenüber Substitution einzelner AS, vor
allem wenn diese aussen gelegene Reste betreffen. Im Proteinkern hingegen lassen sich AS nur
gegen Reste ähnlicher Eigenschaften (in Hydrophobie, Volumen etc.) ohne Beeinträchtigung der
Funktion austauschen. Die Evolution zielt deshalb darauf hin, die Proteinstruktur zu konservieren
und nicht die AS-Sequenz.

A) Struktur des Cytochroms c – ein Beispiel für die vorher erwähnte Erhaltung der 3D-Struktur
Eukaryotische Cytochromen c (globuläre Proteine mit einer kovalent gebundenen Häm-Gruppe) und
prokaryotische Cytochromen c ähneln strukturell einander, obwohl es wenige Ähnlichkeiten zwischen
ihren AS-Sequenzen gibt. Auch dies bedeutet, dass während evolutionärer Veränderungen eher
dreidimensionale Strukturen als AS-Sequenzen erhalten werden.

B) Gen-Duplikation
Gen-Duplikationen können die Ausbildung neuer Funktionen durch strukturelle Evolution fördern. In
mehr als der Hälfte der etwa 50 Multidomänen-Proteine mit bekannter Struktur sind mindestens zwei
Domänen strukturell verwandt. Wahrscheinlich haben sie sich durch Duplikation eines Ur-Gens, das
einen Domänen-Vorläufer codierte, entstanden. Die beiden Gene fusionierten dann unter Bildung
eines einzigen Gens, das eine Polypeptidkette mit zwei ähnlichen Domänen spezifiziert. Beispiel:
strukturelle Ähnlichkeit zwischen den coenzymbindenden Domänen der Dehydrogenasen.
Die strukturellen Unterschiede zwischen den beiden Domänen folgen deshalb aus ihrer divergenten
Evolution (durch Selektion verursachte Abweichung). Durch die genetische Kombination der
strukturellen Bausteine kann die Natur neue Funktionen weitaus schneller entwickeln als durch
Evolution einer völlig neuartigen Struktur mittels Punktmutationen.

Wichtige Grundlagen: Zusammenfassung des Kapitels 7; Skript von Herrn Glockshuber; „organische
Chemie“-Buch

Quellen:
Biochemie/ Voet,Voet/ VCH-Verlag
Biochemie Light/ Rehm,Hammer/ Verlag Harri Deutsch

Priska Hüsler, phuesler@student.ethz.ch